mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/motif/Sequence.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2005, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: Sequence.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.3 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2005/03/10 15:40:35 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: braistedj $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.motif;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 /**************************** Sequence ADT ***************************
2 26 Feb 07 jari 15  * E == <I,S>  2-tuple
2 26 Feb 07 jari 16  * I == sequence identification key
2 26 Feb 07 jari 17  * S == biological sequence
2 26 Feb 07 jari 18  **********************************************************************/
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 public class Sequence {
2 26 Feb 07 jari 21     public int I;                       /* identifier for entity */
2 26 Feb 07 jari 22     public int n;                       /* length of entity sequence */
2 26 Feb 07 jari 23     public boolean xnu;                  /* sequences xnu'ed */
2 26 Feb 07 jari 24     public char[] S;                     /* sequence index in expression matrix*/
2 26 Feb 07 jari 25     public char[] X;                     /* if !xnu'ed == S; else X'ed seq */
2 26 Feb 07 jari 26     public String Info;                   /* description of entity */
2 26 Feb 07 jari 27     
2 26 Feb 07 jari 28     public Sequence(int j, Alphabet A, String SequenceString) {
2 26 Feb 07 jari 29   this.I=j;
2 26 Feb 07 jari 30   this.S=new char[SequenceString.length()];
2 26 Feb 07 jari 31   this.X=new char[SequenceString.length()];
2 26 Feb 07 jari 32   for (int i=0; i<SequenceString.length(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 33       S[i]=A.let2code[SequenceString.charAt(i)];
2 26 Feb 07 jari 34       X[i]=S[i];
2 26 Feb 07 jari 35   }
2 26 Feb 07 jari 36   this.n=SequenceString.length();
2 26 Feb 07 jari 37   this.xnu=false;
2 26 Feb 07 jari 38     }
2 26 Feb 07 jari 39     
2 26 Feb 07 jari 40     public String PutSeqID() {
2 26 Feb 07 jari 41   long  k;
2 26 Feb 07 jari 42   String Text="";
2 26 Feb 07 jari 43   if (Info !=null) {
2 26 Feb 07 jari 44 /*           for (k=0; !isspace(E->info[k]); k++){
2 26 Feb 07 jari 45       if(E->info[k]==0) break;
2 26 Feb 07 jari 46       fprintf(fptr,"%c", E->info[k]);
2 26 Feb 07 jari 47        }*/
2 26 Feb 07 jari 48   } else Text="random"+String.valueOf((int)I);
2 26 Feb 07 jari 49   return Text;
2 26 Feb 07 jari 50     }
2 26 Feb 07 jari 51 }

Generated on Thu Jul 20 09:30:05 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)