mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/motif/SequenceLogo.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2005, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: SequenceLogo.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.4 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/02/23 20:59:57 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: caliente $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.motif;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Font;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Graphics2D;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.font.FontRenderContext;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.font.TextLayout;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.geom.AffineTransform;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.geom.Rectangle2D;
2 26 Feb 07 jari 21
2 26 Feb 07 jari 22 public class SequenceLogo {
2 26 Feb 07 jari 23     int[][] Matrix;
2 26 Feb 07 jari 24     public int NumberOfBases;
2 26 Feb 07 jari 25     
2 26 Feb 07 jari 26     public SequenceLogo(int[][] matrix) {
2 26 Feb 07 jari 27   Matrix=matrix;
2 26 Feb 07 jari 28   NumberOfBases=Matrix[0].length;
2 26 Feb 07 jari 29     }
2 26 Feb 07 jari 30     
2 26 Feb 07 jari 31     public void Paint(Graphics2D g2, int x, int y, int Width, int Height, int Start, boolean DrawYAxis) {
2 26 Feb 07 jari 32   double ScaleX=1;
2 26 Feb 07 jari 33   double ScaleY=1;
2 26 Feb 07 jari 34   double BaseY;
2 26 Feb 07 jari 35   double H;
2 26 Feb 07 jari 36   double R;
2 26 Feb 07 jari 37   double Sum;
2 26 Feb 07 jari 38   double BaseHeightFactor=4;
2 26 Feb 07 jari 39   double BaseWidth=0;
2 26 Feb 07 jari 40   double BaseHeight=0;
2 26 Feb 07 jari 41   int Minimum;
2 26 Feb 07 jari 42   int MaxIndex=0;
2 26 Feb 07 jari 43   boolean ElementFound=false;
2 26 Feb 07 jari 44   float[] PreviousBase=new float[NumberOfBases];
2 26 Feb 07 jari 45   String Base="";
2 26 Feb 07 jari 46   String Bases="ACGT";
2 26 Feb 07 jari 47   Rectangle2D Bounds;
2 26 Feb 07 jari 48   TextLayout Layout;
2 26 Feb 07 jari 49   Font LogoFont = new Font("serif",Font.BOLD, 400);
2 26 Feb 07 jari 50   g2.setFont(LogoFont);
2 26 Feb 07 jari 51   AffineTransform OldTransform=g2.getTransform();
2 26 Feb 07 jari 52   FontRenderContext frc = g2.getFontRenderContext();
2 26 Feb 07 jari 53   for (int k=0; k<4; k++) {
2 26 Feb 07 jari 54       for (int i=0; i<NumberOfBases; i++) {
2 26 Feb 07 jari 55     g2.setTransform(OldTransform);
2 26 Feb 07 jari 56     Minimum=Integer.MAX_VALUE;
2 26 Feb 07 jari 57     H=0;
2 26 Feb 07 jari 58     Sum=0;
2 26 Feb 07 jari 59     for (int j=0; j<4; j++) Sum+=Math.abs(Matrix[j][i]);
2 26 Feb 07 jari 60     ElementFound=false;
2 26 Feb 07 jari 61     for (int j=0; j<4; j++) {
2 26 Feb 07 jari 62         
2 26 Feb 07 jari 63         if ((Matrix[j][i]>0) && (Matrix[j][i]<=Minimum)) {
2 26 Feb 07 jari 64       Minimum=Matrix[j][i];
2 26 Feb 07 jari 65       Base=Bases.substring(j,j+1);
2 26 Feb 07 jari 66       MaxIndex=j;
2 26 Feb 07 jari 67       BaseHeightFactor=Minimum*4;
2 26 Feb 07 jari 68       ElementFound=true;
2 26 Feb 07 jari 69         }
2 26 Feb 07 jari 70         if (Matrix[j][i]!=0) H+=((float)Math.abs(Matrix[j][i]/(double)Sum))*Math.log((float)Math.abs(Matrix[j][i]/(double)Sum))/Math.log(2);
2 26 Feb 07 jari 71     }
2 26 Feb 07 jari 72     H=-H;
2 26 Feb 07 jari 73     R=2-H;
2 26 Feb 07 jari 74     double Test=0.5;
2 26 Feb 07 jari 75     BaseHeightFactor=(float)Math.abs(Matrix[MaxIndex][i]/(double)Sum)*R;
2 26 Feb 07 jari 76     BaseHeightFactor*=0.5;  // Maximum is 2 bit NOT 1 !!
2 26 Feb 07 jari 77     if (Matrix[MaxIndex][i]>0) Matrix[MaxIndex][i]=-Matrix[MaxIndex][i];
2 26 Feb 07 jari 78     if (!ElementFound) continue;
2 26 Feb 07 jari 79     if (Base.compareTo("A")==0) g2.setColor(Color.green);
2 26 Feb 07 jari 80     if (Base.compareTo("C")==0) g2.setColor(Color.blue);
2 26 Feb 07 jari 81     if (Base.compareTo("G")==0) g2.setColor(Color.orange);
2 26 Feb 07 jari 82     if (Base.compareTo("T")==0) g2.setColor(Color.red);
2 26 Feb 07 jari 83     Layout = new TextLayout(Base,LogoFont, g2.getFontRenderContext());
2 26 Feb 07 jari 84     Bounds = Layout.getBounds();
2 26 Feb 07 jari 85     BaseY=y+Height-((int)Bounds.getHeight()+(int)Bounds.getY())*BaseHeightFactor;
2 26 Feb 07 jari 86     BaseHeight=(int)Bounds.getHeight();
2 26 Feb 07 jari 87     BaseWidth=(int)Bounds.getWidth();
2 26 Feb 07 jari 88     ScaleX=(Width)/((BaseWidth)*NumberOfBases);
2 26 Feb 07 jari 89     ScaleY=(Height*BaseHeightFactor)/BaseHeight;
2 26 Feb 07 jari 90     g2.scale(ScaleX,ScaleY);
2 26 Feb 07 jari 91     Layout.draw(g2,(float) (((x+1)/ScaleX-Bounds.getX()+i*BaseWidth)),(float) (BaseY/ScaleY-PreviousBase[i]/ScaleY));
2 26 Feb 07 jari 92     PreviousBase[i]+=(float)((BaseHeight)*ScaleY);
2 26 Feb 07 jari 93       }
2 26 Feb 07 jari 94   }
2 26 Feb 07 jari 95   for (int i=0; i<NumberOfBases; i++) {
2 26 Feb 07 jari 96       for (int j=0; j<4; j++) {
2 26 Feb 07 jari 97     Matrix[j][i]=Math.abs(Matrix[j][i]);
2 26 Feb 07 jari 98       }
2 26 Feb 07 jari 99   }
2 26 Feb 07 jari 100   g2.setTransform(OldTransform);
2 26 Feb 07 jari 101   BaseHeightFactor=0.9;
2 26 Feb 07 jari 102   Layout = new TextLayout(String.valueOf(Start),LogoFont, g2.getFontRenderContext());
2 26 Feb 07 jari 103   Bounds = Layout.getBounds();
2 26 Feb 07 jari 104   BaseWidth=(int)Bounds.getHeight();
2 26 Feb 07 jari 105   ScaleX=(Width)/((BaseWidth)*NumberOfBases);
2 26 Feb 07 jari 106   ScaleY=ScaleX;
2 26 Feb 07 jari 107   ScaleX*=BaseHeightFactor;
2 26 Feb 07 jari 108   g2.scale(ScaleX,ScaleY);
2 26 Feb 07 jari 109   g2.setColor(Color.black);
2 26 Feb 07 jari 110   g2.rotate(-Math.PI/2.0);
2 26 Feb 07 jari 111   for (int i=0; i<NumberOfBases; i++) {
2 26 Feb 07 jari 112       Layout = new TextLayout(String.valueOf(i+Start),LogoFont, g2.getFontRenderContext());
2 26 Feb 07 jari 113       Bounds = Layout.getBounds();
2 26 Feb 07 jari 114       BaseHeight=(int)Bounds.getWidth()+BaseWidth*0.5+Bounds.getX();
2 26 Feb 07 jari 115       Layout.draw(g2,(float)((-y-Height)/ScaleY-BaseHeight),(float)((x/ScaleX+(i+1)/BaseHeightFactor*BaseWidth)));
2 26 Feb 07 jari 116   }
2 26 Feb 07 jari 117   if (DrawYAxis) {
2 26 Feb 07 jari 118       Layout = new TextLayout("bits",LogoFont, g2.getFontRenderContext());
2 26 Feb 07 jari 119       Bounds = Layout.getBounds();
2 26 Feb 07 jari 120       BaseHeight=(int)Bounds.getWidth()+BaseWidth*0.5+Bounds.getX();
2 26 Feb 07 jari 121       Layout.draw(g2,(float)((-y-Height/2.0)/ScaleY-BaseHeight/2.0),(float)(x/ScaleX-BaseWidth*0.25));
2 26 Feb 07 jari 122       g2.rotate(Math.PI/2.0);
2 26 Feb 07 jari 123       Layout = new TextLayout("0",LogoFont, g2.getFontRenderContext());
2 26 Feb 07 jari 124       Bounds = Layout.getBounds();
2 26 Feb 07 jari 125       BaseHeight=(int)Bounds.getHeight();
2 26 Feb 07 jari 126       Layout.draw(g2,(float)((x/ScaleX)-BaseWidth),(float)((y+Height)/ScaleY));
2 26 Feb 07 jari 127       Layout = new TextLayout("2",LogoFont, g2.getFontRenderContext());
2 26 Feb 07 jari 128       Layout.draw(g2,(float)((x/ScaleX)-BaseWidth),(float)((y)/ScaleY+BaseHeight));
2 26 Feb 07 jari 129   }
2 26 Feb 07 jari 130   g2.setTransform(OldTransform);
2 26 Feb 07 jari 131   g2.setColor(new Color(0,0,128));
2 26 Feb 07 jari 132   g2.drawRect(x-1,y,Width+2,Height);
2 26 Feb 07 jari 133     }
2 26 Feb 07 jari 134 }

Generated on Thu Jul 20 09:30:05 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)