mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/persistence/ISlideDataPersistenceDelegate.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  * Created on Jul 11, 2005
2 26 Feb 07 jari 3  *
2 26 Feb 07 jari 4  * TODO To change the template for this generated file go to
2 26 Feb 07 jari 5  * Window - Preferences - Java - Code Style - Code Templates
2 26 Feb 07 jari 6  */
2 26 Feb 07 jari 7 package org.tigr.microarray.mev.persistence;
2 26 Feb 07 jari 8
2 26 Feb 07 jari 9 import java.beans.*;
2 26 Feb 07 jari 10 import java.io.DataOutputStream;
2 26 Feb 07 jari 11 import java.io.File;
2 26 Feb 07 jari 12 import java.io.FileOutputStream;
2 26 Feb 07 jari 13 import java.io.IOException;
2 26 Feb 07 jari 14
2 26 Feb 07 jari 15 import org.tigr.microarray.mev.*;
2 26 Feb 07 jari 16
2 26 Feb 07 jari 17 /**
2 26 Feb 07 jari 18  * @author eleanora
2 26 Feb 07 jari 19  *
2 26 Feb 07 jari 20  * TODO To change the template for this generated type comment go to
2 26 Feb 07 jari 21  * Window - Preferences - Java - Code Style - Code Templates
2 26 Feb 07 jari 22  */
2 26 Feb 07 jari 23 public class ISlideDataPersistenceDelegate extends
2 26 Feb 07 jari 24     PersistenceDelegate {
2 26 Feb 07 jari 25
2 26 Feb 07 jari 26   /* (non-Javadoc)
2 26 Feb 07 jari 27    * @see java.beans.PersistenceDelegate#instantiate(java.lang.Object, java.beans.Encoder)
2 26 Feb 07 jari 28    */
2 26 Feb 07 jari 29   protected Expression instantiate(Object oldInstance, Encoder encoder) {
2 26 Feb 07 jari 30     Expression e;
2 26 Feb 07 jari 31     try {
2 26 Feb 07 jari 32       if(oldInstance instanceof FloatSlideData){
2 26 Feb 07 jari 33         FloatSlideData fsd = (FloatSlideData) oldInstance;
2 26 Feb 07 jari 34         
2 26 Feb 07 jari 35         File outputFile = File.createTempFile(MultipleArrayViewer.CURRENT_TEMP_DIR + System.getProperty("file.separator") + "floatslidedata", ".bin");
2 26 Feb 07 jari 36             outputFile.deleteOnExit();
2 26 Feb 07 jari 37             DataOutputStream dos = new DataOutputStream(new FileOutputStream(outputFile));
2 26 Feb 07 jari 38             PersistenceObjectFactory.writeFloatSlideDataIntensities(dos, fsd);
2 26 Feb 07 jari 39             dos.close();
2 26 Feb 07 jari 40             
2 26 Feb 07 jari 41         e = new Expression((FloatSlideData) oldInstance, new PersistenceObjectFactory().getClass(), "makeFloatSlideData",
2 26 Feb 07 jari 42             new Object[]{fsd.getSlideDataKeys(), fsd.getSlideDataLabels(), fsd.getFullSlideFileName(), 
2 26 Feb 07 jari 43               fsd.getSlideDataName(), new Boolean(fsd.getIsNonZero()), new Integer(fsd.getNormalizedState()), 
2 26 Feb 07 jari 44               new Integer(fsd.getSortState()), fsd.getSpotInformationData(), new Integer(fsd.getDataType()), fsd.getSlideMetaData(),
2 26 Feb 07 jari 45               outputFile.getName()});
2 26 Feb 07 jari 46       } else {
2 26 Feb 07 jari 47         SlideData sd = (SlideData) oldInstance;
2 26 Feb 07 jari 48         
2 26 Feb 07 jari 49         File annotationFile = File.createTempFile(MultipleArrayViewer.CURRENT_TEMP_DIR + System.getProperty("file.separator") + "slidedataannotation", ".bin");
2 26 Feb 07 jari 50         annotationFile.deleteOnExit();
2 26 Feb 07 jari 51         DataOutputStream dos = new DataOutputStream(new FileOutputStream(annotationFile));
2 26 Feb 07 jari 52         PersistenceObjectFactory.writeSlideDataAnnotation(dos, sd);
2 26 Feb 07 jari 53         dos.close();
2 26 Feb 07 jari 54         
2 26 Feb 07 jari 55         File outputFile = File.createTempFile(MultipleArrayViewer.CURRENT_TEMP_DIR + System.getProperty("file.separator") + "slidedata", ".bin");
2 26 Feb 07 jari 56         outputFile.deleteOnExit();
2 26 Feb 07 jari 57         dos = new DataOutputStream(new FileOutputStream(outputFile));
2 26 Feb 07 jari 58         PersistenceObjectFactory.writeSlideDataIntensities(dos, sd);
2 26 Feb 07 jari 59         dos.close();
2 26 Feb 07 jari 60         
2 26 Feb 07 jari 61         e = new Expression((SlideData)oldInstance, new PersistenceObjectFactory().getClass(), "makeSlideData",
2 26 Feb 07 jari 62             new Object[]{sd.getSlideDataName(), sd.getSlideDataKeys(), sd.getSampleLabelKey(),
2 26 Feb 07 jari 63               sd.getSlideDataLabels(), sd.getSlideFileName(), new Boolean(sd.isNonZero()), new Integer(sd.getRows()), new Integer(sd.getColumns()),
2 26 Feb 07 jari 64               new Integer(sd.getNormalizedState()), new Integer(sd.getSortState()), sd.getSpotInformationData(), sd.getFieldNames(), new Integer(sd.getDataType()),
2 26 Feb 07 jari 65               annotationFile.getName(), outputFile.getName()/*, progBar*/});
2 26 Feb 07 jari 66
2 26 Feb 07 jari 67       }
2 26 Feb 07 jari 68     } catch (IOException ioe){
2 26 Feb 07 jari 69       System.out.println("Can't write to file to save FloatMatrix");
2 26 Feb 07 jari 70       return null;
2 26 Feb 07 jari 71     }
2 26 Feb 07 jari 72     return e;
2 26 Feb 07 jari 73   }
2 26 Feb 07 jari 74   public void initialize(Class type, Object oldInstance, Object newInstance, Encoder encoder) {
2 26 Feb 07 jari 75     return;
2 26 Feb 07 jari 76   }
2 26 Feb 07 jari 77 }

Generated on Thu Jul 20 09:30:09 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)