mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/persistence/MultipleArrayDataPersistenceDelegate.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1
2 26 Feb 07 jari 2 package org.tigr.microarray.mev.persistence;
2 26 Feb 07 jari 3
2 26 Feb 07 jari 4 import java.beans.*;
2 26 Feb 07 jari 5 import java.util.ArrayList;
2 26 Feb 07 jari 6
2 26 Feb 07 jari 7 import org.tigr.microarray.mev.MultipleArrayData;
2 26 Feb 07 jari 8
2 26 Feb 07 jari 9
2 26 Feb 07 jari 10 public class MultipleArrayDataPersistenceDelegate extends PersistenceDelegate {
2 26 Feb 07 jari 11   public Expression instantiate(Object oldInstance, Encoder encoder) {
2 26 Feb 07 jari 12     MultipleArrayData mad = (MultipleArrayData) oldInstance;
2 26 Feb 07 jari 13     Expression e = new Expression((MultipleArrayData)oldInstance, oldInstance.getClass(), "new",
2 26 Feb 07 jari 14         new Object[]{ 
2 26 Feb 07 jari 15             mad.getExperiment(), 
2 26 Feb 07 jari 16             new Boolean(mad.getUseMainData()), 
2 26 Feb 07 jari 17             mad.getAlternateExperiment(), 
2 26 Feb 07 jari 18             new Float(mad.getPercentageCutoff()), 
2 26 Feb 07 jari 19             new Boolean(mad.isPercentageCutoff()), 
2 26 Feb 07 jari 20             new Boolean(mad.isVarianceFilter()), 
2 26 Feb 07 jari 21             new Boolean(mad.isDetectionFilter()), 
2 26 Feb 07 jari 22             new Boolean(mad.isFoldFilter()),
2 26 Feb 07 jari 23             new Boolean(mad.getdfSet()), 
2 26 Feb 07 jari 24             new Boolean(mad.getffSet()), 
2 26 Feb 07 jari 25             mad.getDetectionFilter(), 
2 26 Feb 07 jari 26             mad.getFoldFilter(), 
2 26 Feb 07 jari 27             new Boolean(mad.areMedianIntensities()), 
2 26 Feb 07 jari 28             new Boolean(mad.isLowerCutoffs()), 
2 26 Feb 07 jari 29             new Float(mad.getLowerCY3Cutoff()), 
2 26 Feb 07 jari 30             new Float(mad.getLowerCY5Cutoff()), 
2 26 Feb 07 jari 31             mad.getExperimentColorsSaved(), 
2 26 Feb 07 jari 32             mad.getSpotColors(), 
2 26 Feb 07 jari 33             mad.getCurrentSampleLabelKey(),
2 26 Feb 07 jari 34             mad.getFeaturesList(),
2 26 Feb 07 jari 35             new Integer(mad.getDataType()),
2 26 Feb 07 jari 36             //Raktim CGH variables. 04/11
2 26 Feb 07 jari 37             mad.getSamplesOrder(),/*AsList()*/
2 26 Feb 07 jari 38             new Boolean(mad.isHasDyeSwap()),
2 26 Feb 07 jari 39             new Boolean(mad.isCGHData()),
2 26 Feb 07 jari 40             new Boolean(mad.isLog2Data()),
2 26 Feb 07 jari 41             mad.getClones(),
2 26 Feb 07 jari 42             new Integer(mad.getCGHSpecies()),
2 26 Feb 07 jari 43             mad.getMultipleArrayDataState()
2 26 Feb 07 jari 44             });
2 26 Feb 07 jari 45 //    System.out.println("MultipleArrayDataPersistenceDelegate Expression: " + e.toString());
2 26 Feb 07 jari 46     return e;
2 26 Feb 07 jari 47   }
2 26 Feb 07 jari 48
2 26 Feb 07 jari 49   public void initialize(Class type, Object oldInstance, Object newInstance, XMLEncoder encoder){
2 26 Feb 07 jari 50     ;
2 26 Feb 07 jari 51   }
2 26 Feb 07 jari 52 }

Generated on Thu Jul 20 09:30:10 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)