mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/persistence/XMLEncoderFactory.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  * Created on Nov 9, 2005
2 26 Feb 07 jari 3  *
2 26 Feb 07 jari 4  * Creates an XMLEncoder and sets persistence delegates such that the encoder can
2 26 Feb 07 jari 5  * save the viewers and other attendant classes required for MeV state-saving.
2 26 Feb 07 jari 6  */
2 26 Feb 07 jari 7 package org.tigr.microarray.mev.persistence;
2 26 Feb 07 jari 8    
2 26 Feb 07 jari 9 import java.beans.DefaultPersistenceDelegate;
2 26 Feb 07 jari 10 import java.beans.XMLEncoder;
2 26 Feb 07 jari 11 import java.util.Enumeration;
2 26 Feb 07 jari 12
2 26 Feb 07 jari 13 import javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode;
2 26 Feb 07 jari 14
2 26 Feb 07 jari 15 import org.tigr.graph.GraphViewer;
2 26 Feb 07 jari 16 import org.tigr.microarray.mev.FloatSlideData;
2 26 Feb 07 jari 17 import org.tigr.microarray.mev.HistoryViewer;
2 26 Feb 07 jari 18 import org.tigr.microarray.mev.MultipleArrayData;
2 26 Feb 07 jari 19 import org.tigr.microarray.mev.ResultTree;
2 26 Feb 07 jari 20 import org.tigr.microarray.mev.SlideData;
2 26 Feb 07 jari 21 import org.tigr.microarray.mev.cluster.clusterUtil.*;
2 26 Feb 07 jari 22 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 23 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.LeafInfo;
2 26 Feb 07 jari 24 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.*;
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.fom.*;
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLTree;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.ptm.PTMExperimentHeader;
2 26 Feb 07 jari 28 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.sota.*;
2 26 Feb 07 jari 29 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.st.HCLSupportTree;
2 26 Feb 07 jari 30 import org.tigr.util.FloatMatrix;
2 26 Feb 07 jari 31 import org.tigr.util.awt.Viewer;
2 26 Feb 07 jari 32
2 26 Feb 07 jari 33 //import com.sun.j3d.utils.universe.Viewer;
2 26 Feb 07 jari 34
2 26 Feb 07 jari 35 /**
2 26 Feb 07 jari 36  * Factory class for (@link java.beans.XMLEncoder}.  
2 26 Feb 07 jari 37  * 
2 26 Feb 07 jari 38  * @author eleanora
2 26 Feb 07 jari 39  *
2 26 Feb 07 jari 40  */
2 26 Feb 07 jari 41 public abstract class XMLEncoderFactory {
2 26 Feb 07 jari 42   
2 26 Feb 07 jari 43   /** 
2 26 Feb 07 jari 44    * Creates an XMLEncoder to be used for saving the state of a MultipleArrayViewer. 
2 26 Feb 07 jari 45    * Sets persistence delegates such that the encoder can
2 26 Feb 07 jari 46    * save the viewers and other attendant classes required for MeV state-saving.  
2 26 Feb 07 jari 47    * PersistenceDelegates for implementations of IViewer are found in 
2 26 Feb 07 jari 48    * {@link IViewerPersistenceDelegate}.
2 26 Feb 07 jari 49    */
2 26 Feb 07 jari 50   public static XMLEncoder getMAVEncoder(XMLEncoder oos, ResultTree tree){
2 26 Feb 07 jari 51     
2 26 Feb 07 jari 52     DefaultMutableTreeNode analysisNode = tree.getAnalysisNode();
2 26 Feb 07 jari 53         Enumeration allNodes = analysisNode.breadthFirstEnumeration();
2 26 Feb 07 jari 54         DefaultMutableTreeNode dmtn;
2 26 Feb 07 jari 55       IViewerPersistenceDelegate ivpd = new IViewerPersistenceDelegate();
2 26 Feb 07 jari 56       
2 26 Feb 07 jari 57         //Checks the ResultTree for IViewers and assigns a PersistenceDelegate
2 26 Feb 07 jari 58         //for each different type found.  All PersistenceDelegate Expression objects
2 26 Feb 07 jari 59         //for classes extending IViewer are found in the IViewerPersistenceDelegate class. 
2 26 Feb 07 jari 60         while(allNodes.hasMoreElements()){
2 26 Feb 07 jari 61           dmtn = (DefaultMutableTreeNode)allNodes.nextElement();
2 26 Feb 07 jari 62           Object o = dmtn.getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 63           if(o instanceof LeafInfo) {
2 26 Feb 07 jari 64             LeafInfo l = (LeafInfo)o;
2 26 Feb 07 jari 65             if(l.getViewer() != null) {
2 26 Feb 07 jari 66               Object aViewer = l.getViewer();
2 26 Feb 07 jari 67               //System.out.println(aViewer.getClass().toString());
2 26 Feb 07 jari 68               oos.setPersistenceDelegate(
2 26 Feb 07 jari 69                 aViewer.getClass(),
2 26 Feb 07 jari 70               ivpd
2 26 Feb 07 jari 71               );
2 26 Feb 07 jari 72             }
2 26 Feb 07 jari 73           }
2 26 Feb 07 jari 74         }
2 26 Feb 07 jari 75         
2 26 Feb 07 jari 76         //HistoryViewer is an IViewer but is not found in the analysisNode
2 26 Feb 07 jari 77         oos.setPersistenceDelegate(HistoryViewer.class, ivpd);
2 26 Feb 07 jari 78
2 26 Feb 07 jari 79         //The classes below are not normally included in the resultTree, but still
2 26 Feb 07 jari 80         //need to have PersistenceDelegates assigned to them if one of their descendant
2 26 Feb 07 jari 81         //classes are in the resultTree.  Therefore they are always assigned here.  
2 26 Feb 07 jari 82         //Any new IViewer parent classes would also need to be included below.  
2 26 Feb 07 jari 83     oos.setPersistenceDelegate(ExperimentClusterViewer.class, ivpd);
2 26 Feb 07 jari 84     oos.setPersistenceDelegate(ExperimentViewer.class, ivpd);
2 26 Feb 07 jari 85     oos.setPersistenceDelegate(CentroidViewer.class, ivpd);
2 26 Feb 07 jari 86     oos.setPersistenceDelegate(CentroidsViewer.class, ivpd);
2 26 Feb 07 jari 87     oos.setPersistenceDelegate(ClusterTableViewer.class, ivpd);
2 26 Feb 07 jari 88     oos.setPersistenceDelegate(ClusterTableViewer.class, ivpd);
2 26 Feb 07 jari 89     oos.setPersistenceDelegate(ExperimentClusterTableViewer.class, ivpd);
2 26 Feb 07 jari 90     oos.setPersistenceDelegate(ExperimentClusterCentroidViewer.class, ivpd);
2 26 Feb 07 jari 91     oos.setPersistenceDelegate(ClusterRepository.class, new ClusterRepositoryPersistenceDelegate());
2 26 Feb 07 jari 92         oos.setPersistenceDelegate(GraphViewer.class, new ViewerPersistenceDelegate());
2 26 Feb 07 jari 93         oos.setPersistenceDelegate(Viewer.class, new ViewerPersistenceDelegate());
2 26 Feb 07 jari 94         
2 26 Feb 07 jari 95         
2 26 Feb 07 jari 96         //Below are other miscellaneous classes that need custom PersistenceDelegates to be
2 26 Feb 07 jari 97         //properly saved.
2 26 Feb 07 jari 98
2 26 Feb 07 jari 99     oos.setPersistenceDelegate(
2 26 Feb 07 jari 100         BufferedImageWrapper.class,
2 26 Feb 07 jari 101         new BufferedImagePersistenceDelegate()
2 26 Feb 07 jari 102       );
2 26 Feb 07 jari 103     oos.setPersistenceDelegate(
2 26 Feb 07 jari 104           LeafInfo.class, 
2 26 Feb 07 jari 105           new DefaultPersistenceDelegate(LeafInfo.getPersistenceDelegateArgs())
2 26 Feb 07 jari 106         );
2 26 Feb 07 jari 107         oos.setPersistenceDelegate(
2 26 Feb 07 jari 108           FloatMatrix.class, 
2 26 Feb 07 jari 109           new FloatMatrixPersistenceDelegate()
2 26 Feb 07 jari 110         );
2 26 Feb 07 jari 111     oos.setPersistenceDelegate(
2 26 Feb 07 jari 112         ClusterList.class, 
2 26 Feb 07 jari 113         new DefaultPersistenceDelegate(ClusterList.getPersistenceDelegateArgs())
2 26 Feb 07 jari 114     );
2 26 Feb 07 jari 115     oos.setPersistenceDelegate(
2 26 Feb 07 jari 116         Cluster.class, 
2 26 Feb 07 jari 117         Cluster.getPersistenceDelegate()
2 26 Feb 07 jari 118     );
2 26 Feb 07 jari 119     oos.setPersistenceDelegate(
2 26 Feb 07 jari 120         MultipleArrayData.class, 
2 26 Feb 07 jari 121         new MultipleArrayDataPersistenceDelegate()
2 26 Feb 07 jari 122     );
2 26 Feb 07 jari 123     oos.setPersistenceDelegate(
2 26 Feb 07 jari 124         SlideData.class, 
2 26 Feb 07 jari 125         new ISlideDataPersistenceDelegate()
2 26 Feb 07 jari 126     );
2 26 Feb 07 jari 127     oos.setPersistenceDelegate(
2 26 Feb 07 jari 128         FloatSlideData.class, 
2 26 Feb 07 jari 129         new ISlideDataPersistenceDelegate()
2 26 Feb 07 jari 130     );
2 26 Feb 07 jari 131     oos.setPersistenceDelegate(
2 26 Feb 07 jari 132         ExperimentHeader.class, 
2 26 Feb 07 jari 133         new ExperimentHeaderPersistenceDelegate()
2 26 Feb 07 jari 134       );
2 26 Feb 07 jari 135     oos.setPersistenceDelegate(
2 26 Feb 07 jari 136         Experiment.class, 
2 26 Feb 07 jari 137         new ExperimentPersistenceDelegate()
2 26 Feb 07 jari 138       );
2 26 Feb 07 jari 139     oos.setPersistenceDelegate(
2 26 Feb 07 jari 140         HCLTree.class,
2 26 Feb 07 jari 141         HCLTree.getPersistenceDelegate()
2 26 Feb 07 jari 142       );
2 26 Feb 07 jari 143     oos.setPersistenceDelegate(
2 26 Feb 07 jari 144         org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.tease.HCLTree.class,
2 26 Feb 07 jari 145         org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.tease.HCLTree.getPersistenceDelegate()
2 26 Feb 07 jari 146       );
2 26 Feb 07 jari 147     oos.setPersistenceDelegate(
2 26 Feb 07 jari 148         HCLSupportTree.class,
2 26 Feb 07 jari 149         HCLSupportTree.getPersistenceDelegate()
2 26 Feb 07 jari 150       );
2 26 Feb 07 jari 151     oos.setPersistenceDelegate(
2 26 Feb 07 jari 152         ExperimentClusterHeader.class,
2 26 Feb 07 jari 153         new DefaultPersistenceDelegate(ExperimentClusterHeader.getPersistenceDelegateArgs())
2 26 Feb 07 jari 154     );
2 26 Feb 07 jari 155
2 26 Feb 07 jari 156
2 26 Feb 07 jari 157     oos.setPersistenceDelegate(
2 26 Feb 07 jari 158         FOMContentComponent.class,  
2 26 Feb 07 jari 159         new DefaultPersistenceDelegate(FOMContentComponent.getPersistenceDelegateArgs())
2 26 Feb 07 jari 160       );
2 26 Feb 07 jari 161     oos.setPersistenceDelegate(
2 26 Feb 07 jari 162         CastFOMContentComponentB.class,  
2 26 Feb 07 jari 163         new DefaultPersistenceDelegate(CastFOMContentComponentB.getPersistenceDelegateArgs())
2 26 Feb 07 jari 164       );
2 26 Feb 07 jari 165     oos.setPersistenceDelegate(
2 26 Feb 07 jari 166         CastFOMContentComponentA.class,  
2 26 Feb 07 jari 167         new DefaultPersistenceDelegate(CastFOMContentComponentA.getPersistenceDelegateArgs())
2 26 Feb 07 jari 168       );
2 26 Feb 07 jari 169
2 26 Feb 07 jari 170     oos.setPersistenceDelegate(
2 26 Feb 07 jari 171         PTMExperimentHeader.class,  
2 26 Feb 07 jari 172         PTMExperimentHeader.getPersistenceDelegate()
2 26 Feb 07 jari 173       );
2 26 Feb 07 jari 174
2 26 Feb 07 jari 175     oos.setPersistenceDelegate(
2 26 Feb 07 jari 176         SOTATreeData.class,
2 26 Feb 07 jari 177         new SOTATreeDataPersistenceDelegate()
2 26 Feb 07 jari 178       );
2 26 Feb 07 jari 179     
2 26 Feb 07 jari 180     oos.setPersistenceDelegate(
2 26 Feb 07 jari 181         CentroidExperimentHeader.class,
2 26 Feb 07 jari 182         CentroidExperimentHeader.getPersistenceDelegate()
2 26 Feb 07 jari 183       );
2 26 Feb 07 jari 184     return oos;
2 26 Feb 07 jari 185   }
2 26 Feb 07 jari 186 }

Generated on Thu Jul 20 09:30:13 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)