mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/r/RTest.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  * Created on Jan 26, 2006
2 26 Feb 07 jari 3  */
2 26 Feb 07 jari 4 package org.tigr.microarray.mev.r;
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 import java.io.File;
2 26 Feb 07 jari 7 import java.io.FileWriter;
2 26 Feb 07 jari 8 import java.io.IOException;
2 26 Feb 07 jari 9
2 26 Feb 07 jari 10 import javax.swing.JFileChooser;
2 26 Feb 07 jari 11 import javax.swing.JFrame;
2 26 Feb 07 jari 12
2 26 Feb 07 jari 13 import org.tigr.microarray.mev.TMEV;
2 26 Feb 07 jari 14
2 26 Feb 07 jari 15 /**
2 26 Feb 07 jari 16  * @author iVu
2 26 Feb 07 jari 17  */
2 26 Feb 07 jari 18 public class RTest {
2 26 Feb 07 jari 19   public static void main( String[] args ) {
2 26 Feb 07 jari 20     onSave( true );
2 26 Feb 07 jari 21   }
2 26 Feb 07 jari 22   
2 26 Feb 07 jari 23   
2 26 Feb 07 jari 24     /**
2 26 Feb 07 jari 25      * 
2 26 Feb 07 jari 26      * @param gamma1
2 26 Feb 07 jari 27      * @param gamma2
2 26 Feb 07 jari 28      * @param genes
2 26 Feb 07 jari 29      */
2 26 Feb 07 jari 30     private static void onSave( boolean allOut ) {
2 26 Feb 07 jari 31         String currentPath = TMEV.getDataPath();
2 26 Feb 07 jari 32         RamaTextFileFilter textFilter = new RamaTextFileFilter();
2 26 Feb 07 jari 33         JFileChooser chooser = new JFileChooser(currentPath);
2 26 Feb 07 jari 34         chooser.addChoosableFileFilter(textFilter);
2 26 Feb 07 jari 35         if( chooser.showSaveDialog( new JFrame() ) == JFileChooser.APPROVE_OPTION ) {
2 26 Feb 07 jari 36             File saveFile;
2 26 Feb 07 jari 37
2 26 Feb 07 jari 38             if( chooser.getFileFilter() == textFilter ) {
2 26 Feb 07 jari 39                 //make sure to add .txt
2 26 Feb 07 jari 40                 String path = chooser.getSelectedFile().getPath();
2 26 Feb 07 jari 41                 System.out.println( "path" + path );
2 26 Feb 07 jari 42                 if( path.toLowerCase().endsWith("txt") ) {
2 26 Feb 07 jari 43                     //great, already ok
2 26 Feb 07 jari 44                     saveFile = new File(path);
2 26 Feb 07 jari 45                 } else {
2 26 Feb 07 jari 46                     //add it
2 26 Feb 07 jari 47                     String subPath;
2 26 Feb 07 jari 48                     int period = path.lastIndexOf(".");
2 26 Feb 07 jari 49                     System.out.println( "period:" + period );
2 26 Feb 07 jari 50                     if( period != -1 ) {
2 26 Feb 07 jari 51                         System.out.println("period found");
2 26 Feb 07 jari 52                         subPath = path.substring(0, period);
2 26 Feb 07 jari 53                     } else {
2 26 Feb 07 jari 54                         System.out.println("period not found");
2 26 Feb 07 jari 55                         subPath = path;
2 26 Feb 07 jari 56                     }
2 26 Feb 07 jari 57                     String newPath = subPath + ".txt";
2 26 Feb 07 jari 58                     System.out.println( "newPath:" + newPath );
2 26 Feb 07 jari 59                     saveFile = new File(newPath);
2 26 Feb 07 jari 60                 }
2 26 Feb 07 jari 61             } else {
2 26 Feb 07 jari 62                 saveFile = chooser.getSelectedFile();
2 26 Feb 07 jari 63             }
2 26 Feb 07 jari 64             StringBuffer sb = new StringBuffer();
2 26 Feb 07 jari 65             sb.append( "GeneName" );
2 26 Feb 07 jari 66             sb.append( Rama.TAB );
2 26 Feb 07 jari 67             sb.append( "IntensityA" );
2 26 Feb 07 jari 68             sb.append( Rama.TAB );
2 26 Feb 07 jari 69             sb.append( "IntensityB" );
2 26 Feb 07 jari 70             if( allOut ) {
2 26 Feb 07 jari 71               sb.append( Rama.TAB );
2 26 Feb 07 jari 72               sb.append( "qLow" );
2 26 Feb 07 jari 73               sb.append( Rama.TAB );
2 26 Feb 07 jari 74               sb.append( "qUp" );
2 26 Feb 07 jari 75             }
2 26 Feb 07 jari 76             sb.append( Rama.END_LINE );
2 26 Feb 07 jari 77             /*
2 26 Feb 07 jari 78             for( int i = 0; i < genes.length; i++ ) {
2 26 Feb 07 jari 79               sb.append( genes[ i ] );
2 26 Feb 07 jari 80                 sb.append( Rama.TAB );
2 26 Feb 07 jari 81               sb.append( gamma1[ i ] );
2 26 Feb 07 jari 82                 sb.append( Rama.TAB );
2 26 Feb 07 jari 83               sb.append( gamma2[ i ] );
2 26 Feb 07 jari 84               if( allOut ) {
2 26 Feb 07 jari 85                 sb.append( Rama.TAB );
2 26 Feb 07 jari 86                 sb.append( qLo[ i ] );
2 26 Feb 07 jari 87                 sb.append( Rama.TAB );
2 26 Feb 07 jari 88                 sb.append( qUp[ i ] );
2 26 Feb 07 jari 89               }
2 26 Feb 07 jari 90         sb.append( Rama.END_LINE );
2 26 Feb 07 jari 91             }//i
2 26 Feb 07 jari 92             */
2 26 Feb 07 jari 93             writeFile(saveFile, sb.toString());
2 26 Feb 07 jari 94         } else {
2 26 Feb 07 jari 95             //System.out.println("User cancelled Gene List Save");
2 26 Feb 07 jari 96         }
2 26 Feb 07 jari 97         
2 26 Feb 07 jari 98         System.exit( 0 );
2 26 Feb 07 jari 99     }//onSaveGeneList()
2 26 Feb 07 jari 100
2 26 Feb 07 jari 101
2 26 Feb 07 jari 102     /**
2 26 Feb 07 jari 103      * Write the String s to File f
2 26 Feb 07 jari 104      * 
2 26 Feb 07 jari 105      * @param f
2 26 Feb 07 jari 106      * @param s
2 26 Feb 07 jari 107      */
2 26 Feb 07 jari 108     private static void writeFile(File f, String s) {
2 26 Feb 07 jari 109         try {
2 26 Feb 07 jari 110             FileWriter fw = new FileWriter(f);
2 26 Feb 07 jari 111             fw.write(s);
2 26 Feb 07 jari 112             fw.flush();
2 26 Feb 07 jari 113             fw.close();
2 26 Feb 07 jari 114         } catch( IOException e ) {
2 26 Feb 07 jari 115             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 116         }
2 26 Feb 07 jari 117     }//writeFile()
2 26 Feb 07 jari 118 }

Generated on Thu Jul 20 09:30:19 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)