mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/r/RamaHybSet.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  * Created on Aug 22, 2005
2 26 Feb 07 jari 3  */
2 26 Feb 07 jari 4 package org.tigr.microarray.mev.r;
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 7
2 26 Feb 07 jari 8 /**
2 26 Feb 07 jari 9  * RamaHybSet is the group of slides loaded into MeV and assigned to be "Ramafied"
2 26 Feb 07 jari 10  * 
2 26 Feb 07 jari 11  * @author iVu
2 26 Feb 07 jari 12  */
2 26 Feb 07 jari 13 public class RamaHybSet {
2 26 Feb 07 jari 14   private Vector vRamaHyb;
2 26 Feb 07 jari 15   private boolean isFlip;
2 26 Feb 07 jari 16   
2 26 Feb 07 jari 17   
2 26 Feb 07 jari 18   public RamaHybSet( Vector vRamaHybP ) {
2 26 Feb 07 jari 19     this.vRamaHyb = vRamaHybP;
2 26 Feb 07 jari 20     this.determineFlipness( vRamaHybP );
2 26 Feb 07 jari 21   }//constructor
2 26 Feb 07 jari 22   
2 26 Feb 07 jari 23   
2 26 Feb 07 jari 24   /**
2 26 Feb 07 jari 25    * Just look through the RamaHybs to see if they're all the same, or if there
2 26 Feb 07 jari 26    * are flipped ones.
2 26 Feb 07 jari 27    * @param vRamaHybP
2 26 Feb 07 jari 28    */
2 26 Feb 07 jari 29   private void determineFlipness( Vector vRamaHybP ) {
2 26 Feb 07 jari 30     this.isFlip = false;
2 26 Feb 07 jari 31     boolean controlCy3 = false;
2 26 Feb 07 jari 32     for( int i = 0; i < vRamaHybP.size(); i ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 33       RamaHyb hyb = ( RamaHyb ) vRamaHybP.elementAt( i );
2 26 Feb 07 jari 34       if( i == 0 ) {
2 26 Feb 07 jari 35         controlCy3 = hyb.controlCy3();
2 26 Feb 07 jari 36       } else {
2 26 Feb 07 jari 37         boolean nextControlCy3 = hyb.controlCy3();
2 26 Feb 07 jari 38         if( controlCy3 != nextControlCy3 ) {
2 26 Feb 07 jari 39           this.isFlip = true;
2 26 Feb 07 jari 40           break;
2 26 Feb 07 jari 41         }
2 26 Feb 07 jari 42       }
2 26 Feb 07 jari 43       
2 26 Feb 07 jari 44     }
2 26 Feb 07 jari 45   }//determineFlipness()
2 26 Feb 07 jari 46   
2 26 Feb 07 jari 47   
2 26 Feb 07 jari 48   public boolean isFlip() {
2 26 Feb 07 jari 49     return this.isFlip;
2 26 Feb 07 jari 50   }
2 26 Feb 07 jari 51   public Vector getVRamaHyb() {
2 26 Feb 07 jari 52     return this.vRamaHyb;
2 26 Feb 07 jari 53   }
2 26 Feb 07 jari 54 }//end class

Generated on Thu Jul 20 09:30:21 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)