mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/r/RamaInitDialog.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  * Created on Jul 1, 2005
2 26 Feb 07 jari 3  */
2 26 Feb 07 jari 4 package org.tigr.microarray.mev.r;
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 import java.awt.BorderLayout;
2 26 Feb 07 jari 7 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 8 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 9 import java.awt.Font;
2 26 Feb 07 jari 10 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 11 import java.awt.Toolkit;
2 26 Feb 07 jari 12 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 13 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.event.ItemEvent;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.event.ItemListener;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.event.WindowEvent;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.util.StringTokenizer;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 import javax.swing.BorderFactory;
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.Box;
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.BoxLayout;
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.ButtonGroup;
2 26 Feb 07 jari 24 import javax.swing.JButton;
2 26 Feb 07 jari 25 import javax.swing.JCheckBox;
2 26 Feb 07 jari 26 import javax.swing.JComboBox;
2 26 Feb 07 jari 27 import javax.swing.JLabel;
2 26 Feb 07 jari 28 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 29 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 30 import javax.swing.JRadioButton;
2 26 Feb 07 jari 31 import javax.swing.JSpinner;
2 26 Feb 07 jari 32 import javax.swing.JTextArea;
2 26 Feb 07 jari 33 import javax.swing.JTextField;
2 26 Feb 07 jari 34 import javax.swing.SpinnerNumberModel;
2 26 Feb 07 jari 35 import javax.swing.SpringLayout;
2 26 Feb 07 jari 36 import javax.swing.border.Border;
2 26 Feb 07 jari 37 import javax.swing.border.TitledBorder;
2 26 Feb 07 jari 38
2 26 Feb 07 jari 39 import org.tigr.microarray.mev.TMEV;
2 26 Feb 07 jari 40 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 41 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.AlgorithmDialog;
2 26 Feb 07 jari 42 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.DialogListener;
2 26 Feb 07 jari 43 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.dialogHelpUtil.HelpWindow;
2 26 Feb 07 jari 44
2 26 Feb 07 jari 45 /**
2 26 Feb 07 jari 46  * @author iVu
2 26 Feb 07 jari 47  */
2 26 Feb 07 jari 48 public class RamaInitDialog extends AlgorithmDialog {
2 26 Feb 07 jari 49   private int result;
2 26 Feb 07 jari 50   private int dataType;
2 26 Feb 07 jari 51   private boolean connAdded = false;
2 26 Feb 07 jari 52   
2 26 Feb 07 jari 53   private RHyb[] ramaHybs;
2 26 Feb 07 jari 54   
2 26 Feb 07 jari 55   private Vector vCy3Radio;
2 26 Feb 07 jari 56   private Vector vRamaHyb;
2 26 Feb 07 jari 57   
2 26 Feb 07 jari 58   private JCheckBox advCheckBox;
2 26 Feb 07 jari 59   private JSpinner burnInSpinner;
2 26 Feb 07 jari 60   private JSpinner numIterSpinner;
2 26 Feb 07 jari 61   private JLabel burnInLabel;
2 26 Feb 07 jari 62   private JLabel numIterLabel;
2 26 Feb 07 jari 63   private JButton addConnButton;
2 26 Feb 07 jari 64   private JComboBox connCombo;
2 26 Feb 07 jari 65   private JTextField newConn;
2 26 Feb 07 jari 66   private JCheckBox allOutBox;
2 26 Feb 07 jari 67   private JLabel allOutLabel;
2 26 Feb 07 jari 68   
2 26 Feb 07 jari 69   public static String DEFAULT_ADD_TEXT = "or enter a new server";
2 26 Feb 07 jari 70   
2 26 Feb 07 jari 71
2 26 Feb 07 jari 72   /**
2 26 Feb 07 jari 73    * @param parent
2 26 Feb 07 jari 74    * @param title
2 26 Feb 07 jari 75    * @param modal
2 26 Feb 07 jari 76    */
2 26 Feb 07 jari 77   public RamaInitDialog( Frame parent, String[] hybNames, int dataTypeP ) {
2 26 Feb 07 jari 78     super( parent, "RamaInitDialog", true );
2 26 Feb 07 jari 79     this.setResizable( true );
2 26 Feb 07 jari 80     this.setSize( 600, 500 );
2 26 Feb 07 jari 81     this.dataType = dataTypeP;
2 26 Feb 07 jari 82     
2 26 Feb 07 jari 83     Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 84     super.addWindowListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 85     super.setActionListeners(listener);
2 26 Feb 07 jari 86     
2 26 Feb 07 jari 87     //initialize variables
2 26 Feb 07 jari 88     this.vCy3Radio = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 89     this.vRamaHyb = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 90     this.ramaHybs = new RHyb[ hybNames.length ];
2 26 Feb 07 jari 91     
2 26 Feb 07 jari 92     JPanel mainPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 93     mainPanel.add( this.createTwoColorPanel( hybNames, this.dataType ), BorderLayout.CENTER );
2 26 Feb 07 jari 94     mainPanel.add( this.createParamPanel(), BorderLayout.SOUTH );
2 26 Feb 07 jari 95     this.addContent( mainPanel );
2 26 Feb 07 jari 96   }//constructor
2 26 Feb 07 jari 97   
2 26 Feb 07 jari 98   
2 26 Feb 07 jari 99   /**
2 26 Feb 07 jari 100    * This is the main content window of the dialog box
2 26 Feb 07 jari 101    * @return
2 26 Feb 07 jari 102    */
2 26 Feb 07 jari 103   private JPanel createParamPanel() {
2 26 Feb 07 jari 104     Font font11 = new Font( "Arial", Font.PLAIN, 11 );
2 26 Feb 07 jari 105     Font font = new Font( "Arial", Font.PLAIN, 12 );
2 26 Feb 07 jari 106     Dimension dSpinner = new Dimension( 70, 25 );
2 26 Feb 07 jari 107     Dimension dArea = new Dimension( 140, 80 );
2 26 Feb 07 jari 108     Dimension dCombo = new Dimension( 170, 25 );
2 26 Feb 07 jari 109     Dimension dSpace = new Dimension( 100, 5 );
2 26 Feb 07 jari 110     Dimension dButton = new Dimension( 60, 20 );
2 26 Feb 07 jari 111     Dimension dAddConn = new Dimension( 120, 20 );
2 26 Feb 07 jari 112     
2 26 Feb 07 jari 113     //create a JCheckBox allowing user to activate Adv Params
2 26 Feb 07 jari 114     this.advCheckBox = new JCheckBox( "Advanced Parameters" );
2 26 Feb 07 jari 115     this.advCheckBox.setFont( font11 );
2 26 Feb 07 jari 116     AdvListener al = new AdvListener();
2 26 Feb 07 jari 117     this.advCheckBox.addActionListener( al );
2 26 Feb 07 jari 118     JPanel checkPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 119     checkPanel.add( this.advCheckBox );
2 26 Feb 07 jari 120     
2 26 Feb 07 jari 121     //create adv params
2 26 Feb 07 jari 122     SpinnerNumberModel burnInModel = new SpinnerNumberModel( 1000, 1, 100000, 1 );
2 26 Feb 07 jari 123     SpinnerNumberModel numIterModel = new SpinnerNumberModel( 21000, 1, 100000, 1 );
2 26 Feb 07 jari 124     this.burnInSpinner = new JSpinner( burnInModel );
2 26 Feb 07 jari 125     this.numIterSpinner = new JSpinner( numIterModel );
2 26 Feb 07 jari 126     this.burnInSpinner.setPreferredSize( dSpinner );
2 26 Feb 07 jari 127     this.numIterSpinner.setPreferredSize( dSpinner );
2 26 Feb 07 jari 128     this.burnInSpinner.setMaximumSize( dSpinner );
2 26 Feb 07 jari 129     this.numIterSpinner.setMaximumSize( dSpinner );
2 26 Feb 07 jari 130     this.burnInLabel = new JLabel( "Burn In Period" );  //min.Iter
2 26 Feb 07 jari 131     this.numIterLabel = new JLabel( "# Iterations" );  //B
2 26 Feb 07 jari 132     this.burnInLabel.setFont( font11 );
2 26 Feb 07 jari 133     this.numIterLabel.setFont( font11 );
2 26 Feb 07 jari 134     this.allOutBox = new JCheckBox();
2 26 Feb 07 jari 135     this.allOutLabel = new JLabel( "log credible intervals" );
2 26 Feb 07 jari 136     this.allOutLabel.setFont( font11 );
2 26 Feb 07 jari 137     this.allOutBox.setSelected( true );
2 26 Feb 07 jari 138     
2 26 Feb 07 jari 139     //create connection pull down
2 26 Feb 07 jari 140     String[] connStrings = this.getConnString();
2 26 Feb 07 jari 141     this.connCombo = new JComboBox( connStrings );
2 26 Feb 07 jari 142     this.connCombo.setPreferredSize( dCombo );
2 26 Feb 07 jari 143     
2 26 Feb 07 jari 144     this.newConn = new JTextField( RamaInitDialog.DEFAULT_ADD_TEXT );
2 26 Feb 07 jari 145     this.newConn.setPreferredSize( dAddConn );
2 26 Feb 07 jari 146     this.newConn.setFont( font11 );
2 26 Feb 07 jari 147     this.addConnButton = new JButton( "Add" );
2 26 Feb 07 jari 148     this.addConnButton.addActionListener( al );
2 26 Feb 07 jari 149     this.addConnButton.setPreferredSize( dButton );
2 26 Feb 07 jari 150     this.addConnButton.setFont( font11 );
2 26 Feb 07 jari 151     JPanel addPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 152     addPanel.add( this.newConn );
2 26 Feb 07 jari 153     addPanel.add( this.addConnButton );
2 26 Feb 07 jari 154     
2 26 Feb 07 jari 155     //add to its own panel
2 26 Feb 07 jari 156     JPanel comboPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 157     BoxLayout box = new BoxLayout( comboPanel, BoxLayout.Y_AXIS ) ;
2 26 Feb 07 jari 158     comboPanel.setLayout( box );
2 26 Feb 07 jari 159     comboPanel.add( Box.createRigidArea( dSpace ) );
2 26 Feb 07 jari 160     comboPanel.add( this.connCombo );
2 26 Feb 07 jari 161     comboPanel.add( Box.createRigidArea( dSpace ) );
2 26 Feb 07 jari 162     comboPanel.add( addPanel );
2 26 Feb 07 jari 163     Border greyLine = BorderFactory.createLineBorder( Color.LIGHT_GRAY, 1 );
2 26 Feb 07 jari 164     TitledBorder border = BorderFactory.createTitledBorder( greyLine, 
2 26 Feb 07 jari 165         "Rserve Connection", TitledBorder.TOP, TitledBorder.CENTER, font11 );
2 26 Feb 07 jari 166     //
2 26 Feb 07 jari 167     comboPanel.setBorder( border );
2 26 Feb 07 jari 168     
2 26 Feb 07 jari 169     //disable as default
2 26 Feb 07 jari 170     this.burnInSpinner.setEnabled( false );
2 26 Feb 07 jari 171     this.numIterSpinner.setEnabled( false );
2 26 Feb 07 jari 172     this.allOutBox.setEnabled( false );
2 26 Feb 07 jari 173     this.burnInLabel.setForeground( Color.GRAY );
2 26 Feb 07 jari 174     this.numIterLabel.setForeground( Color.GRAY );
2 26 Feb 07 jari 175     this.allOutLabel.setForeground( Color.GRAY );
2 26 Feb 07 jari 176     
2 26 Feb 07 jari 177     JPanel paramPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 178     SpringLayout sl = new SpringLayout();
2 26 Feb 07 jari 179     paramPanel.setLayout( sl );
2 26 Feb 07 jari 180     paramPanel.add( this.burnInLabel );
2 26 Feb 07 jari 181     paramPanel.add( this.burnInSpinner );
2 26 Feb 07 jari 182     paramPanel.add( this.numIterLabel );
2 26 Feb 07 jari 183     paramPanel.add( this.numIterSpinner );
2 26 Feb 07 jari 184     //paramPanel.add( this.allOutLabel );
2 26 Feb 07 jari 185     //paramPanel.add( this.allOutBox );
2 26 Feb 07 jari 186     SpringUtilities.makeCompactGrid( paramPanel, 2, 2, 5, 5, 5, 5 );
2 26 Feb 07 jari 187     
2 26 Feb 07 jari 188     JPanel leftPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 189     leftPanel.setLayout( new BorderLayout() );
2 26 Feb 07 jari 190     leftPanel.add( checkPanel, BorderLayout.NORTH );
2 26 Feb 07 jari 191     leftPanel.add( paramPanel, BorderLayout.CENTER );
2 26 Feb 07 jari 192     leftPanel.setBorder( BorderFactory.createLineBorder( Color.LIGHT_GRAY, 1 ) );
2 26 Feb 07 jari 193     
2 26 Feb 07 jari 194     JPanel labelPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 195     Color color = labelPanel.getBackground();
2 26 Feb 07 jari 196     JTextArea area = new JTextArea();
2 26 Feb 07 jari 197     area.setBackground( color );
2 26 Feb 07 jari 198     area.setForeground( Color.BLUE );
2 26 Feb 07 jari 199     area.setEditable( false );
2 26 Feb 07 jari 200     area.setPreferredSize( dArea );
2 26 Feb 07 jari 201     area.setFont( font );
2 26 Feb 07 jari 202     area.setText( "Now would be a good\ntime to start Rserve\n\nClick the info button\nfor help (lower left)" );
2 26 Feb 07 jari 203     labelPanel.add( area );
2 26 Feb 07 jari 204     
2 26 Feb 07 jari 205     JPanel returnPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 206     returnPanel.add( leftPanel );
2 26 Feb 07 jari 207     returnPanel.add( labelPanel );
2 26 Feb 07 jari 208     returnPanel.add( comboPanel );
2 26 Feb 07 jari 209     
2 26 Feb 07 jari 210     return returnPanel;
2 26 Feb 07 jari 211   }//createParamPanel()
2 26 Feb 07 jari 212   
2 26 Feb 07 jari 213   
2 26 Feb 07 jari 214   //need to list the hybs and let user label exp vs control
2 26 Feb 07 jari 215   private JPanel createTwoColorPanel( String[] hybNames, int dataTypeP ) {
2 26 Feb 07 jari 216     //JPanel for listing the hybs and the radio buttons and check boxes
2 26 Feb 07 jari 217     JPanel listPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 218     BoxLayout hybBox = new BoxLayout( listPanel, BoxLayout.Y_AXIS );
2 26 Feb 07 jari 219     listPanel.setLayout( hybBox );
2 26 Feb 07 jari 220     
2 26 Feb 07 jari 221     Dimension dLabel = new Dimension( 330, 15 );
2 26 Feb 07 jari 222     Dimension dCheck = new Dimension( 50, 15 );
2 26 Feb 07 jari 223     Dimension dRow = new Dimension( 450, 25 );
2 26 Feb 07 jari 224     Font font = new Font( "Arial", Font.PLAIN, 11 );
2 26 Feb 07 jari 225     
2 26 Feb 07 jari 226     //JLabel spacer
2 26 Feb 07 jari 227     JLabel spacer = new JLabel( "" );
2 26 Feb 07 jari 228     spacer.setMinimumSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 229     spacer.setMaximumSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 230     spacer.setPreferredSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 231     
2 26 Feb 07 jari 232     //Column headers
2 26 Feb 07 jari 233     JLabel hybColLabel;
2 26 Feb 07 jari 234     JLabel cy3Label;
2 26 Feb 07 jari 235     JLabel cy5Label;
2 26 Feb 07 jari 236     if( dataTypeP == IData.DATA_TYPE_AFFY_ABS ) {
2 26 Feb 07 jari 237       hybColLabel = new JLabel( "For each chip, denote whether it is Treated or Control" );
2 26 Feb 07 jari 238       cy3Label = new JLabel( "Treated" );
2 26 Feb 07 jari 239       cy5Label = new JLabel( "Control" );
2 26 Feb 07 jari 240     } else {
2 26 Feb 07 jari 241       hybColLabel = new JLabel( "For each slide, mark Control Sample's dye color" );
2 26 Feb 07 jari 242       cy3Label = new JLabel( "Cy3" );
2 26 Feb 07 jari 243       cy5Label = new JLabel( "Cy5" );
2 26 Feb 07 jari 244     }
2 26 Feb 07 jari 245     hybColLabel.setFont( font );
2 26 Feb 07 jari 246     hybColLabel.setForeground( Color.gray );
2 26 Feb 07 jari 247     hybColLabel.setMinimumSize( dLabel );
2 26 Feb 07 jari 248     hybColLabel.setMaximumSize( dLabel );
2 26 Feb 07 jari 249     hybColLabel.setPreferredSize( dLabel );
2 26 Feb 07 jari 250     cy3Label.setFont( font );
2 26 Feb 07 jari 251     cy3Label.setForeground( Color.gray );
2 26 Feb 07 jari 252     cy3Label.setMinimumSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 253     cy3Label.setMaximumSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 254     cy3Label.setPreferredSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 255     cy5Label.setFont( font );
2 26 Feb 07 jari 256     cy5Label.setForeground( Color.gray );
2 26 Feb 07 jari 257     cy5Label.setMinimumSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 258     cy5Label.setMaximumSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 259     cy5Label.setPreferredSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 260     
2 26 Feb 07 jari 261     JPanel titlePanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 262     titlePanel.add( hybColLabel );
2 26 Feb 07 jari 263     titlePanel.add( cy3Label );
2 26 Feb 07 jari 264     titlePanel.add( cy5Label );
2 26 Feb 07 jari 265     listPanel.add( titlePanel );
2 26 Feb 07 jari 266     
2 26 Feb 07 jari 267     int iHyb = hybNames.length;
2 26 Feb 07 jari 268     int iHalf = iHyb / 2;
2 26 Feb 07 jari 269     
2 26 Feb 07 jari 270     for( int h = 0; h < iHyb; h ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 271       //JLabel spacer
2 26 Feb 07 jari 272       JLabel spaceLabel = new JLabel( "" );
2 26 Feb 07 jari 273       spaceLabel.setMinimumSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 274       spaceLabel.setMaximumSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 275       spaceLabel.setPreferredSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 276       
2 26 Feb 07 jari 277       //display the hyb name and radio buttons so user can label them
2 26 Feb 07 jari 278       JLabel hybLabel = new JLabel( hybNames[ h ] );
2 26 Feb 07 jari 279       hybLabel.setMinimumSize( dLabel );
2 26 Feb 07 jari 280       hybLabel.setMaximumSize( dLabel );
2 26 Feb 07 jari 281       hybLabel.setPreferredSize( dLabel );
2 26 Feb 07 jari 282       
2 26 Feb 07 jari 283       JRadioButton cy3Button = new JRadioButton();
2 26 Feb 07 jari 284       JRadioButton cy5Button = new JRadioButton();
2 26 Feb 07 jari 285       cy3Button.setMinimumSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 286       cy3Button.setMaximumSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 287       cy3Button.setPreferredSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 288       cy5Button.setMinimumSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 289       cy5Button.setMaximumSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 290       cy5Button.setPreferredSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 291       
2 26 Feb 07 jari 292       //add them to a group so they are mutually exclusive
2 26 Feb 07 jari 293       ButtonGroup sampleGroup = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 294       sampleGroup.add( cy3Button );
2 26 Feb 07 jari 295       sampleGroup.add( cy5Button );
2 26 Feb 07 jari 296       //
2 26 Feb 07 jari 297       //by default, split the hybs in half for ease
2 26 Feb 07 jari 298       if( h < iHalf ) {
2 26 Feb 07 jari 299         cy3Button.setSelected( false );
2 26 Feb 07 jari 300         cy5Button.setSelected( true );
2 26 Feb 07 jari 301       } else {
2 26 Feb 07 jari 302         cy3Button.setSelected( true );
2 26 Feb 07 jari 303         cy5Button.setSelected( false );
2 26 Feb 07 jari 304       }
2 26 Feb 07 jari 305       
2 26 Feb 07 jari 306       JPanel rowPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 307       rowPanel.add( hybLabel );
2 26 Feb 07 jari 308       rowPanel.add( cy3Button );
2 26 Feb 07 jari 309       rowPanel.add( cy5Button );
2 26 Feb 07 jari 310       rowPanel.setMaximumSize( dRow );
2 26 Feb 07 jari 311       rowPanel.setMinimumSize( dRow );
2 26 Feb 07 jari 312       rowPanel.setPreferredSize( dRow );
2 26 Feb 07 jari 313       
2 26 Feb 07 jari 314       //color every other row
2 26 Feb 07 jari 315       if( h % 2 == 0 ) {
2 26 Feb 07 jari 316         rowPanel.setBackground( Color.LIGHT_GRAY );
2 26 Feb 07 jari 317         cy3Button.setBackground( Color.LIGHT_GRAY );
2 26 Feb 07 jari 318         cy5Button.setBackground( Color.LIGHT_GRAY );
2 26 Feb 07 jari 319       }
2 26 Feb 07 jari 320       
2 26 Feb 07 jari 321       RHyb hyb;
2 26 Feb 07 jari 322       
2 26 Feb 07 jari 323       if( dataTypeP == IData.DATA_TYPE_AFFY_ABS ) {
2 26 Feb 07 jari 324         hyb = new RHyb( h, hybNames[ h ], cy3Button, 
2 26 Feb 07 jari 325             IData.DATA_TYPE_AFFY_ABS );
2 26 Feb 07 jari 326       } else {
2 26 Feb 07 jari 327         hyb = new RHyb( h, hybNames[ h ], cy3Button, 
2 26 Feb 07 jari 328             IData.DATA_TYPE_TWO_INTENSITY );
2 26 Feb 07 jari 329       }
2 26 Feb 07 jari 330       this.ramaHybs[ h ] = hyb;
2 26 Feb 07 jari 331       this.vRamaHyb.add( hyb );
2 26 Feb 07 jari 332       listPanel.add( rowPanel );
2 26 Feb 07 jari 333     }
2 26 Feb 07 jari 334
2 26 Feb 07 jari 335     listPanel.add( Box.createVerticalGlue() );
2 26 Feb 07 jari 336     listPanel.setBorder( BorderFactory.createLineBorder( Color.LIGHT_GRAY, 1 ) );
2 26 Feb 07 jari 337     return listPanel;
2 26 Feb 07 jari 338   }
2 26 Feb 07 jari 339   
2 26 Feb 07 jari 340   /**
2 26 Feb 07 jari 341    * Shows the dialog.
2 26 Feb 07 jari 342    */
2 26 Feb 07 jari 343   public int showModal() {
2 26 Feb 07 jari 344     Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
2 26 Feb 07 jari 345     setLocation((screenSize.width - getSize().width)/2, (screenSize.height - getSize().height)/2);
2 26 Feb 07 jari 346     show();
2 26 Feb 07 jari 347     return result;
2 26 Feb 07 jari 348   }//end showModal()
2 26 Feb 07 jari 349   
2 26 Feb 07 jari 350   
2 26 Feb 07 jari 351   /**
2 26 Feb 07 jari 352    * 
2 26 Feb 07 jari 353    * @param message
2 26 Feb 07 jari 354    */
2 26 Feb 07 jari 355   public void error( String message ) {
2 26 Feb 07 jari 356     JOptionPane.showMessageDialog( this, message, "Input Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
2 26 Feb 07 jari 357   }//end error()
2 26 Feb 07 jari 358   
2 26 Feb 07 jari 359   
2 26 Feb 07 jari 360   /**
2 26 Feb 07 jari 361    * 
2 26 Feb 07 jari 362    * @author iVu
2 26 Feb 07 jari 363    */
2 26 Feb 07 jari 364   private class AdvListener implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 365     public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 366       Object source = e.getSource();
2 26 Feb 07 jari 367       
2 26 Feb 07 jari 368       if( source == advCheckBox ) {
2 26 Feb 07 jari 369         onAdvancedClicked();
2 26 Feb 07 jari 370       }
2 26 Feb 07 jari 371       if( source == addConnButton ) {
2 26 Feb 07 jari 372         String s = ( String ) newConn.getText().trim();
2 26 Feb 07 jari 373         if( s.equals( RamaInitDialog.DEFAULT_ADD_TEXT ) ) {
2 26 Feb 07 jari 374           //do nothing
2 26 Feb 07 jari 375         } else if( s.equals( "" ) ) {
2 26 Feb 07 jari 376           //do nothing
2 26 Feb 07 jari 377         } else {
2 26 Feb 07 jari 378           int itemKount = connCombo.getItemCount();
2 26 Feb 07 jari 379           boolean alreadyThere = false;
2 26 Feb 07 jari 380           for( int i = 0; i < itemKount; i ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 381             String item = ( String ) connCombo.getItemAt( i );
2 26 Feb 07 jari 382             if( s.equals( item ) ) {
2 26 Feb 07 jari 383               alreadyThere = true;
2 26 Feb 07 jari 384               break;
2 26 Feb 07 jari 385             }
2 26 Feb 07 jari 386           }
2 26 Feb 07 jari 387           if( ! alreadyThere ) {
2 26 Feb 07 jari 388             connAdded = true;
2 26 Feb 07 jari 389             connCombo.insertItemAt( s, 0 );
2 26 Feb 07 jari 390             connCombo.setSelectedIndex( 0 );
2 26 Feb 07 jari 391           }
2 26 Feb 07 jari 392         }
2 26 Feb 07 jari 393       }
2 26 Feb 07 jari 394     }//end actionPerformed()
2 26 Feb 07 jari 395   }//end class
2 26 Feb 07 jari 396   
2 26 Feb 07 jari 397   
2 26 Feb 07 jari 398   /**
2 26 Feb 07 jari 399    * Enable or Disable the advanced parameters
2 26 Feb 07 jari 400    *
2 26 Feb 07 jari 401    */
2 26 Feb 07 jari 402   private void onAdvancedClicked() {
2 26 Feb 07 jari 403     if( this.advCheckBox.isSelected() ) {
2 26 Feb 07 jari 404       this.burnInSpinner.setEnabled( true );
2 26 Feb 07 jari 405       this.numIterSpinner.setEnabled( true );
2 26 Feb 07 jari 406       this.allOutBox.setEnabled( true );
2 26 Feb 07 jari 407       this.burnInLabel.setForeground( Color.BLACK );
2 26 Feb 07 jari 408       this.numIterLabel.setForeground( Color.BLACK );
2 26 Feb 07 jari 409       this.allOutLabel.setForeground( Color.BLACK );
2 26 Feb 07 jari 410     } else {
2 26 Feb 07 jari 411       this.burnInSpinner.setEnabled( false );
2 26 Feb 07 jari 412       this.numIterSpinner.setEnabled( false );
2 26 Feb 07 jari 413       this.allOutBox.setEnabled( false );
2 26 Feb 07 jari 414       this.burnInLabel.setForeground( Color.LIGHT_GRAY );
2 26 Feb 07 jari 415       this.numIterLabel.setForeground( Color.LIGHT_GRAY );
2 26 Feb 07 jari 416       this.allOutLabel.setForeground( Color.LIGHT_GRAY );
2 26 Feb 07 jari 417     }
2 26 Feb 07 jari 418   }//onAdvancedClicked()
2 26 Feb 07 jari 419   
2 26 Feb 07 jari 420   
2 26 Feb 07 jari 421   
2 26 Feb 07 jari 422   private boolean verifyHybs() {
2 26 Feb 07 jari 423     RHybSet rhs = this.getRamaHybSet();
2 26 Feb 07 jari 424     
2 26 Feb 07 jari 425     if( this.dataType == IData.DATA_TYPE_TWO_INTENSITY ) {
2 26 Feb 07 jari 426       if( rhs.isFlip() ) {
2 26 Feb 07 jari 427         //make sure there are at least 2 of each
2 26 Feb 07 jari 428         return this.atLeastTwo( rhs );
2 26 Feb 07 jari 429       } else {
2 26 Feb 07 jari 430         return true;
2 26 Feb 07 jari 431       }
2 26 Feb 07 jari 432     } else {  //Affy data
2 26 Feb 07 jari 433       return this.isBalanced( rhs );
2 26 Feb 07 jari 434     }
2 26 Feb 07 jari 435   }//verifyHybs()
2 26 Feb 07 jari 436   
2 26 Feb 07 jari 437   /**
2 26 Feb 07 jari 438    * Can't average less than 2
2 26 Feb 07 jari 439    * @param rhs
2 26 Feb 07 jari 440    * @return
2 26 Feb 07 jari 441    */
2 26 Feb 07 jari 442   private boolean atLeastTwo( RHybSet rhs ) {
2 26 Feb 07 jari 443     Vector vRamaHyb = rhs.getVRamaHyb();
2 26 Feb 07 jari 444     
2 26 Feb 07 jari 445     int iOne = 0;
2 26 Feb 07 jari 446     int iTwo = 0;
2 26 Feb 07 jari 447     
2 26 Feb 07 jari 448     for( int r = 0; r < vRamaHyb.size(); r ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 449       RHyb hyb = ( RHyb ) vRamaHyb.elementAt( r );
2 26 Feb 07 jari 450       if( hyb.controlCy3() ) {
2 26 Feb 07 jari 451         iOne ++;
2 26 Feb 07 jari 452       } else {
2 26 Feb 07 jari 453         iTwo ++;
2 26 Feb 07 jari 454       }
2 26 Feb 07 jari 455     }//r
2 26 Feb 07 jari 456     
2 26 Feb 07 jari 457     if( iOne > 1 && iTwo > 1 ) {
2 26 Feb 07 jari 458       //good
2 26 Feb 07 jari 459       return true;
2 26 Feb 07 jari 460     } else {
2 26 Feb 07 jari 461       //bad
2 26 Feb 07 jari 462       this.error( "For dye-swap experiments, there must be at least 2 hybs of each color state" );
2 26 Feb 07 jari 463       return false;
2 26 Feb 07 jari 464     }
2 26 Feb 07 jari 465   }
2 26 Feb 07 jari 466   
2 26 Feb 07 jari 467   /**
2 26 Feb 07 jari 468    * Tests to make sure there is a Treated for every Control and vice versa
2 26 Feb 07 jari 469    * @param rhs
2 26 Feb 07 jari 470    * @return
2 26 Feb 07 jari 471    */
2 26 Feb 07 jari 472   private boolean isBalanced( RHybSet rhs ) {
2 26 Feb 07 jari 473     Vector vRamaHyb = rhs.getVRamaHyb();
2 26 Feb 07 jari 474     
2 26 Feb 07 jari 475     int iTreated = 0;
2 26 Feb 07 jari 476     int iControl = 0;
2 26 Feb 07 jari 477     
2 26 Feb 07 jari 478     for( int r = 0; r < vRamaHyb.size(); r ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 479       RHyb hyb = ( RHyb ) vRamaHyb.elementAt( r );
2 26 Feb 07 jari 480       if( hyb.oneIsTreated() ) {
2 26 Feb 07 jari 481         iTreated ++;
2 26 Feb 07 jari 482       } else {
2 26 Feb 07 jari 483         iControl ++;
2 26 Feb 07 jari 484       }
2 26 Feb 07 jari 485     }//r
2 26 Feb 07 jari 486     
2 26 Feb 07 jari 487     if( iTreated == iControl ) {
2 26 Feb 07 jari 488       return true;
2 26 Feb 07 jari 489     } else {
2 26 Feb 07 jari 490       this.error( "For affy data, you must have the same # of Treated and Control Chips" );
2 26 Feb 07 jari 491       return false;
2 26 Feb 07 jari 492     }
2 26 Feb 07 jari 493   }
2 26 Feb 07 jari 494   
2 26 Feb 07 jari 495   
2 26 Feb 07 jari 496   /**
2 26 Feb 07 jari 497    * Splits semicolon separated strings into String[]
2 26 Feb 07 jari 498    * @param rPath
2 26 Feb 07 jari 499    * @return
2 26 Feb 07 jari 500    */
2 26 Feb 07 jari 501   private String[] getConnString() {
2 26 Feb 07 jari 502     //try to get the connection string from the pref file default is ("localhost:6311")
2 26 Feb 07 jari 503     String rPath = TMEV.getRPath();
2 26 Feb 07 jari 504     
2 26 Feb 07 jari 505     String[] toReturn;
2 26 Feb 07 jari 506     
2 26 Feb 07 jari 507     StringTokenizer st = new StringTokenizer( rPath, ";" );
2 26 Feb 07 jari 508     int tokenKount = st.countTokens();
2 26 Feb 07 jari 509     toReturn = new String[ tokenKount ];
2 26 Feb 07 jari 510     for( int i = 0; i < tokenKount; i ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 511       String token = st.nextToken();
2 26 Feb 07 jari 512       toReturn[ i ] = token;
2 26 Feb 07 jari 513     }//i
2 26 Feb 07 jari 514     
2 26 Feb 07 jari 515     return toReturn;
2 26 Feb 07 jari 516   }//getConnString
2 26 Feb 07 jari 517   
2 26 Feb 07 jari 518     
2 26 Feb 07 jari 519   /**
2 26 Feb 07 jari 520    * The class to listen to the dialog and check boxes items events.
2 26 Feb 07 jari 521    */
2 26 Feb 07 jari 522   private class Listener extends DialogListener implements ItemListener {
2 26 Feb 07 jari 523         
2 26 Feb 07 jari 524     public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 525       String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 526       if (command.equals("ok-command")) {
2 26 Feb 07 jari 527         if( verifyHybs() ) {
2 26 Feb 07 jari 528           result = JOptionPane.OK_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 529           dispose();
2 26 Feb 07 jari 530         }
2 26 Feb 07 jari 531       } else if (command.equals("cancel-command")) {
2 26 Feb 07 jari 532         result = JOptionPane.CANCEL_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 533         dispose();
2 26 Feb 07 jari 534       } else if (command.equals("reset-command")) {
2 26 Feb 07 jari 535         //resetControls();
2 26 Feb 07 jari 536         result = JOptionPane.CANCEL_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 537         return;
2 26 Feb 07 jari 538       } else if (command.equals("info-command")) {
2 26 Feb 07 jari 539         HelpWindow hw = new HelpWindow(RamaInitDialog.this, "RAMA Initialization Dialog");
2 26 Feb 07 jari 540         result = JOptionPane.CANCEL_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 541         if(hw.getWindowContent()){
2 26 Feb 07 jari 542           hw.setSize(450,600);
2 26 Feb 07 jari 543           hw.setLocation();
2 26 Feb 07 jari 544           hw.show();
2 26 Feb 07 jari 545           return;
2 26 Feb 07 jari 546         } else {
2 26 Feb 07 jari 547           hw.setVisible(false);
2 26 Feb 07 jari 548           hw.dispose();
2 26 Feb 07 jari 549           return;
2 26 Feb 07 jari 550         }
2 26 Feb 07 jari 551       }
2 26 Feb 07 jari 552     }//end actionPerformed()
2 26 Feb 07 jari 553         
2 26 Feb 07 jari 554     public void itemStateChanged(ItemEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 555       //okButton.setEnabled(genes_box.isSelected() || cluster_box.isSelected());
2 26 Feb 07 jari 556     }
2 26 Feb 07 jari 557         
2 26 Feb 07 jari 558     public void windowClosing(WindowEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 559       result = JOptionPane.CLOSED_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 560       dispose();
2 26 Feb 07 jari 561     }
2 26 Feb 07 jari 562   }//end internal Listener class
2 26 Feb 07 jari 563   
2 26 Feb 07 jari 564   
2 26 Feb 07 jari 565   public boolean getAllOut() {
2 26 Feb 07 jari 566     return this.allOutBox.isSelected();
2 26 Feb 07 jari 567   }
2 26 Feb 07 jari 568   public int getBurnIn() {
2 26 Feb 07 jari 569     SpinnerNumberModel model = ( SpinnerNumberModel ) this.burnInSpinner.getModel();
2 26 Feb 07 jari 570     return model.getNumber().intValue();
2 26 Feb 07 jari 571   }
2 26 Feb 07 jari 572   public int getNumIter() {
2 26 Feb 07 jari 573     SpinnerNumberModel model = ( SpinnerNumberModel ) this.numIterSpinner.getModel();
2 26 Feb 07 jari 574     return model.getNumber().intValue();
2 26 Feb 07 jari 575   }
2 26 Feb 07 jari 576   public RHybSet getRamaHybSet() {
2 26 Feb 07 jari 577     return new RHybSet( this.vRamaHyb );
2 26 Feb 07 jari 578   }
2 26 Feb 07 jari 579   public String getSelectedConnString() {
2 26 Feb 07 jari 580     return ( String ) this.connCombo.getSelectedItem();
2 26 Feb 07 jari 581   }
2 26 Feb 07 jari 582   public String getRPathToWrite() {
2 26 Feb 07 jari 583     StringBuffer sb = new StringBuffer();
2 26 Feb 07 jari 584     for( int i = 0; i < this.connCombo.getItemCount(); i ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 585       String s = ( String ) this.connCombo.getItemAt( i );
2 26 Feb 07 jari 586       if( i > 0 ) {
2 26 Feb 07 jari 587         sb.append( ";" );
2 26 Feb 07 jari 588       }
2 26 Feb 07 jari 589       sb.append( s );
2 26 Feb 07 jari 590     }
2 26 Feb 07 jari 591     return sb.toString();
2 26 Feb 07 jari 592   }
2 26 Feb 07 jari 593   public boolean connAdded() {
2 26 Feb 07 jari 594     return this.connAdded;
2 26 Feb 07 jari 595   }
2 26 Feb 07 jari 596   
2 26 Feb 07 jari 597   
2 26 Feb 07 jari 598   //  test harness
2 26 Feb 07 jari 599   public static void main(String [] args) {
2 26 Feb 07 jari 600     System.out.println( "RamaInitDialog invoked by main" );
2 26 Feb 07 jari 601     
2 26 Feb 07 jari 602     String[] names = new String[ 8 ];
2 26 Feb 07 jari 603     names[ 0 ] = "one";
2 26 Feb 07 jari 604     names[ 1 ] = "two";
2 26 Feb 07 jari 605     names[ 2 ] = "three";
2 26 Feb 07 jari 606     names[ 3 ] = "four";
2 26 Feb 07 jari 607     names[ 4 ] = "five";
2 26 Feb 07 jari 608     names[ 5 ] = "six";
2 26 Feb 07 jari 609     names[ 6 ] = "seven";
2 26 Feb 07 jari 610     names[ 7 ] = "eight";
2 26 Feb 07 jari 611     
2 26 Feb 07 jari 612     RamaInitDialog uid = new RamaInitDialog( new Frame(), names, IData.DATA_TYPE_AFFY_ABS );
2 26 Feb 07 jari 613     //RamaInitDialog uid = new RamaInitDialog( new Frame(), names, IData.DATA_TYPE_TWO_INTENSITY );
2 26 Feb 07 jari 614     uid.showModal();
2 26 Feb 07 jari 615   }//end main
2 26 Feb 07 jari 616 }//end class
2 26 Feb 07 jari 617
2 26 Feb 07 jari 618
2 26 Feb 07 jari 619 /*
2 26 Feb 07 jari 620 */
2 26 Feb 07 jari 621 /*
2 26 Feb 07 jari 622   public Vector getVRamaHyb() {
2 26 Feb 07 jari 623     return this.vRamaHyb;
2 26 Feb 07 jari 624   }
2 26 Feb 07 jari 625   public Vector getVOne() {
2 26 Feb 07 jari 626     return this.vOne;
2 26 Feb 07 jari 627   }
2 26 Feb 07 jari 628   public Vector getVTwo() {
2 26 Feb 07 jari 629     return this.vTwo;
2 26 Feb 07 jari 630   }
2 26 Feb 07 jari 631   public Vector getVOneFlip() {
2 26 Feb 07 jari 632     return this.vOneFlip;
2 26 Feb 07 jari 633   }
2 26 Feb 07 jari 634   public Vector getVTwoFlip() {
2 26 Feb 07 jari 635     return this.vTwoFlip;
2 26 Feb 07 jari 636   }
2 26 Feb 07 jari 637   /**
2 26 Feb 07 jari 638    * Creates a Vector of RamaHybs where: treated-Cy3 | control-Cy5
2 26 Feb 07 jari 639    * @return
2 26 Feb 07 jari 640    
2 26 Feb 07 jari 641   public Vector getVRamaHybTreatCy3() {
2 26 Feb 07 jari 642     Vector vReturn = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 643     
2 26 Feb 07 jari 644     for( int h = 0; h < this.ramaHybs.length; h ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 645       if( ! this.ramaHybs[ h ].controlCy3() ) {
2 26 Feb 07 jari 646         vReturn.add( this.ramaHybs[ h ] );
2 26 Feb 07 jari 647       }
2 26 Feb 07 jari 648     }
2 26 Feb 07 jari 649     
2 26 Feb 07 jari 650     return vReturn;
2 26 Feb 07 jari 651   }
2 26 Feb 07 jari 652   /**
2 26 Feb 07 jari 653    * Creates a Vector of RamaHybs where: control-Cy3 | treated-Cy5
2 26 Feb 07 jari 654    * @return
2 26 Feb 07 jari 655    
2 26 Feb 07 jari 656   public Vector getVRamaHybTreatCy5() {
2 26 Feb 07 jari 657     Vector vReturn = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 658     
2 26 Feb 07 jari 659     for( int h = 0; h < this.ramaHybs.length; h ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 660       if( this.ramaHybs[ h ].controlCy3() ) {
2 26 Feb 07 jari 661         vReturn.add( this.ramaHybs[ h ] );
2 26 Feb 07 jari 662       }
2 26 Feb 07 jari 663     }
2 26 Feb 07 jari 664     
2 26 Feb 07 jari 665     return vReturn;
2 26 Feb 07 jari 666   }
2 26 Feb 07 jari 667   
2 26 Feb 07 jari 668   
2 26 Feb 07 jari 669   private JPanel createListPanel( String[] hybNames ) {
2 26 Feb 07 jari 670     Dimension dLabel = new Dimension( 180, 15 );
2 26 Feb 07 jari 671     Dimension dCheck = new Dimension( 20, 15 );
2 26 Feb 07 jari 672     Dimension dForty = new Dimension( 40, 15 );
2 26 Feb 07 jari 673     Font font = new Font( "Arial", Font.PLAIN, 11 );
2 26 Feb 07 jari 674     
2 26 Feb 07 jari 675     //JLabel spacer
2 26 Feb 07 jari 676     JLabel spacer = new JLabel( "" );
2 26 Feb 07 jari 677     spacer.setMinimumSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 678     spacer.setMaximumSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 679     spacer.setPreferredSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 680     
2 26 Feb 07 jari 681     //JPanel for listing the hybs and the radio buttons and check boxes
2 26 Feb 07 jari 682     JPanel listPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 683     BoxLayout hybBox = new BoxLayout( listPanel, BoxLayout.Y_AXIS );
2 26 Feb 07 jari 684     listPanel.setLayout( hybBox );
2 26 Feb 07 jari 685     
2 26 Feb 07 jari 686     //column labels
2 26 Feb 07 jari 687     JLabel hybColLabel = new JLabel( "Slide Name" );
2 26 Feb 07 jari 688     hybColLabel.setFont( font );
2 26 Feb 07 jari 689     hybColLabel.setForeground( Color.gray );
2 26 Feb 07 jari 690     hybColLabel.setMinimumSize( dLabel );
2 26 Feb 07 jari 691     hybColLabel.setMaximumSize( dLabel );
2 26 Feb 07 jari 692     hybColLabel.setPreferredSize( dLabel );
2 26 Feb 07 jari 693     JLabel expLabel = new JLabel( "Exp" );
2 26 Feb 07 jari 694     expLabel.setFont( font );
2 26 Feb 07 jari 695     expLabel.setForeground( Color.gray );
2 26 Feb 07 jari 696     expLabel.setMinimumSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 697     expLabel.setMaximumSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 698     expLabel.setPreferredSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 699     JLabel conLabel = new JLabel( "Con" );
2 26 Feb 07 jari 700     conLabel.setFont( font );
2 26 Feb 07 jari 701     conLabel.setForeground( Color.gray );
2 26 Feb 07 jari 702     conLabel.setMinimumSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 703     conLabel.setMaximumSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 704     conLabel.setPreferredSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 705     JLabel flipLabel = new JLabel( "Flip" );
2 26 Feb 07 jari 706     flipLabel.setFont( font );
2 26 Feb 07 jari 707     flipLabel.setForeground( Color.gray );
2 26 Feb 07 jari 708     flipLabel.setMinimumSize( dForty );
2 26 Feb 07 jari 709     flipLabel.setMaximumSize( dForty );
2 26 Feb 07 jari 710     flipLabel.setPreferredSize( dForty );
2 26 Feb 07 jari 711     JPanel titlePanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 712     titlePanel.add( hybColLabel );
2 26 Feb 07 jari 713     titlePanel.add( expLabel );
2 26 Feb 07 jari 714     titlePanel.add( conLabel );
2 26 Feb 07 jari 715     titlePanel.add( spacer );
2 26 Feb 07 jari 716     titlePanel.add( flipLabel );
2 26 Feb 07 jari 717     listPanel.add( titlePanel );
2 26 Feb 07 jari 718     
2 26 Feb 07 jari 719     //display a list of the hybs and ask
2 26 Feb 07 jari 720     int iHybs = hybNames.length;
2 26 Feb 07 jari 721     int iHalf = iHybs / 2;
2 26 Feb 07 jari 722     
2 26 Feb 07 jari 723     //loop through the hybs
2 26 Feb 07 jari 724     for( int h = 0; h < iHybs; h ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 725       //JLabel spacer
2 26 Feb 07 jari 726       JLabel spaceLabel = new JLabel( "" );
2 26 Feb 07 jari 727       spaceLabel.setMinimumSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 728       spaceLabel.setMaximumSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 729       spaceLabel.setPreferredSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 730       
2 26 Feb 07 jari 731       //display the hyb name and radio buttons so user can label them
2 26 Feb 07 jari 732       JLabel hybLabel = new JLabel( hybNames[ h ] );
2 26 Feb 07 jari 733       hybLabel.setMinimumSize( dLabel );
2 26 Feb 07 jari 734       hybLabel.setMaximumSize( dLabel );
2 26 Feb 07 jari 735       hybLabel.setPreferredSize( dLabel );
2 26 Feb 07 jari 736       
2 26 Feb 07 jari 737       JRadioButton oneButton = new JRadioButton();
2 26 Feb 07 jari 738       JRadioButton twoButton = new JRadioButton();
2 26 Feb 07 jari 739       oneButton.setMinimumSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 740       oneButton.setMaximumSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 741       oneButton.setPreferredSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 742       twoButton.setMinimumSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 743       twoButton.setMaximumSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 744       twoButton.setPreferredSize( dCheck );
2 26 Feb 07 jari 745       this.vCy3Radio.add( twoButton );
2 26 Feb 07 jari 746       //this.vExpRadio.add( expButton );
2 26 Feb 07 jari 747       
2 26 Feb 07 jari 748       //add them to a group so they are mutually exclusive
2 26 Feb 07 jari 749       ButtonGroup sampleGroup = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 750       sampleGroup.add( oneButton );
2 26 Feb 07 jari 751       sampleGroup.add( twoButton );
2 26 Feb 07 jari 752       
2 26 Feb 07 jari 753       JCheckBox flipBox = new JCheckBox();
2 26 Feb 07 jari 754       flipBox.setMinimumSize( dForty );
2 26 Feb 07 jari 755       flipBox.setMaximumSize( dForty );
2 26 Feb 07 jari 756       flipBox.setPreferredSize( dForty );
2 26 Feb 07 jari 757       this.vFlipCheck.add( flipBox );
2 26 Feb 07 jari 758       
2 26 Feb 07 jari 759       //by default, split the hybs in half for ease
2 26 Feb 07 jari 760       if( h < iHalf ) {
2 26 Feb 07 jari 761         oneButton.setSelected( false );
2 26 Feb 07 jari 762         twoButton.setSelected( true );
2 26 Feb 07 jari 763       } else {
2 26 Feb 07 jari 764         oneButton.setSelected( true );
2 26 Feb 07 jari 765         twoButton.setSelected( false );
2 26 Feb 07 jari 766       }
2 26 Feb 07 jari 767       
2 26 Feb 07 jari 768       //also check half the hybs as flipped
2 26 Feb 07 jari 769       if( h >= iHalf/2 && h < iHalf ) {
2 26 Feb 07 jari 770         flipBox.setSelected( true );
2 26 Feb 07 jari 771       } else if( h >= ( iHalf + iHalf / 2 ) ) {
2 26 Feb 07 jari 772         flipBox.setSelected( true );
2 26 Feb 07 jari 773       }
2 26 Feb 07 jari 774       
2 26 Feb 07 jari 775       JPanel rowPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 776       rowPanel.add( hybLabel );
2 26 Feb 07 jari 777       rowPanel.add( oneButton );
2 26 Feb 07 jari 778       rowPanel.add( twoButton );
2 26 Feb 07 jari 779       rowPanel.add( spaceLabel );
2 26 Feb 07 jari 780       rowPanel.add( flipBox );
2 26 Feb 07 jari 781       Dimension dRow = new Dimension( 350, 25 );
2 26 Feb 07 jari 782       rowPanel.setMaximumSize( dRow );
2 26 Feb 07 jari 783       rowPanel.setMinimumSize( dRow );
2 26 Feb 07 jari 784       rowPanel.setPreferredSize( dRow );
2 26 Feb 07 jari 785       
2 26 Feb 07 jari 786       //color every other row
2 26 Feb 07 jari 787       if( h % 2 == 0 ) {
2 26 Feb 07 jari 788         rowPanel.setBackground( Color.LIGHT_GRAY );
2 26 Feb 07 jari 789         oneButton.setBackground( Color.LIGHT_GRAY );
2 26 Feb 07 jari 790         twoButton.setBackground( Color.LIGHT_GRAY );
2 26 Feb 07 jari 791         flipBox.setBackground( Color.LIGHT_GRAY );
2 26 Feb 07 jari 792       }
2 26 Feb 07 jari 793       
2 26 Feb 07 jari 794       RamaHyb hyb = new RamaHyb( h, hybNames[ h ], oneButton, flipBox );
2 26 Feb 07 jari 795       this.vRamaHyb.add( hyb );
2 26 Feb 07 jari 796       listPanel.add( rowPanel );
2 26 Feb 07 jari 797     }//h
2 26 Feb 07 jari 798
2 26 Feb 07 jari 799     //listPanel.add( Box.createRigidArea( new Dimension( 100, 200 ) ) );
2 26 Feb 07 jari 800     listPanel.add( Box.createVerticalGlue() );
2 26 Feb 07 jari 801     listPanel.setBorder( BorderFactory.createLineBorder( Color.LIGHT_GRAY, 1 ) );
2 26 Feb 07 jari 802     return listPanel;
2 26 Feb 07 jari 803   }//initializeGUI()
2 26 Feb 07 jari 804 */
2 26 Feb 07 jari 805
2 26 Feb 07 jari 806 /*
2 26 Feb 07 jari 807 private boolean verifyHybs() {
2 26 Feb 07 jari 808   this.vOne = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 809   this.vOneFlip = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 810   this.vTwo = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 811   this.vTwoFlip = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 812   
2 26 Feb 07 jari 813   //loop through the RamaHybs
2 26 Feb 07 jari 814   for( int h = 0; h < vRamaHyb.size(); h ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 815     RamaHyb hyb = ( RamaHyb ) vRamaHyb.elementAt( h );
2 26 Feb 07 jari 816     
2 26 Feb 07 jari 817     //place it in the appropriate array
2 26 Feb 07 jari 818     if( hyb.controlCy3() ) {
2 26 Feb 07 jari 819       if( hyb.isFlip() ) {
2 26 Feb 07 jari 820         this.vOneFlip.add( hyb );
2 26 Feb 07 jari 821       } else {
2 26 Feb 07 jari 822         this.vOne.add( hyb );
2 26 Feb 07 jari 823       }
2 26 Feb 07 jari 824     } else {
2 26 Feb 07 jari 825       if( hyb.isFlip() ) {
2 26 Feb 07 jari 826         this.vTwoFlip.add( hyb );
2 26 Feb 07 jari 827       } else {
2 26 Feb 07 jari 828         this.vTwo.add( hyb );
2 26 Feb 07 jari 829       }
2 26 Feb 07 jari 830     }
2 26 Feb 07 jari 831   }//h
2 26 Feb 07 jari 832   
2 26 Feb 07 jari 833   //make sure there is balance
2 26 Feb 07 jari 834   if( vOne.size() != vTwo.size() ) {
2 26 Feb 07 jari 835     //problems
2 26 Feb 07 jari 836     this.error( "Rama will only work if there are the hybs are balanced"
2 26 Feb 07 jari 837         + " for treatments and color flips" );
2 26 Feb 07 jari 838     return false;
2 26 Feb 07 jari 839   }
2 26 Feb 07 jari 840   
2 26 Feb 07 jari 841   return true;
2 26 Feb 07 jari 842 }//verifyHybs()
2 26 Feb 07 jari 843 */

Generated on Thu Jul 20 09:30:21 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)