mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/script/scriptGUI/ScriptAlgorithmInitDialog.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2004, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * ScriptAlgorithmInitDialog.java
2 26 Feb 07 jari 7  *
2 26 Feb 07 jari 8  * Created on March 4, 2004, 10:56 AM
2 26 Feb 07 jari 9  */
2 26 Feb 07 jari 10
2 26 Feb 07 jari 11 package org.tigr.microarray.mev.script.scriptGUI;
2 26 Feb 07 jari 12
2 26 Feb 07 jari 13 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Graphics;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.GridBagConstraints;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.GridBagLayout;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.Point;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.Toolkit;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 23 import java.awt.event.WindowEvent;
2 26 Feb 07 jari 24 import java.util.Hashtable;
2 26 Feb 07 jari 25
2 26 Feb 07 jari 26 import javax.swing.Action;
2 26 Feb 07 jari 27 import javax.swing.BorderFactory;
2 26 Feb 07 jari 28 import javax.swing.ButtonGroup;
2 26 Feb 07 jari 29 import javax.swing.Icon;
2 26 Feb 07 jari 30 import javax.swing.JButton;
2 26 Feb 07 jari 31 import javax.swing.JCheckBox;
2 26 Feb 07 jari 32 import javax.swing.JFrame;
2 26 Feb 07 jari 33 import javax.swing.JLabel;
2 26 Feb 07 jari 34 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 35 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 36 import javax.swing.JRadioButton;
2 26 Feb 07 jari 37 import javax.swing.JTabbedPane;
2 26 Feb 07 jari 38 import javax.swing.JTextField;
2 26 Feb 07 jari 39 import javax.swing.border.BevelBorder;
2 26 Feb 07 jari 40
2 26 Feb 07 jari 41 import org.tigr.microarray.mev.action.ActionManager;
2 26 Feb 07 jari 42 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IClusterGUI;
2 26 Feb 07 jari 43 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.AlgorithmDialog;
2 26 Feb 07 jari 44 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.DialogListener;
2 26 Feb 07 jari 45 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.ParameterPanel;
2 26 Feb 07 jari 46 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.dialogHelpUtil.HelpWindow;
2 26 Feb 07 jari 47 import org.tigr.microarray.mev.script.util.ScriptConstants;
2 26 Feb 07 jari 48
2 26 Feb 07 jari 49 /** The ScriptAlgorithmInitDialog permits algorithm selection during script construction.
2 26 Feb 07 jari 50  * Three broad scripting algorithm categories exist: analyis (clustering, stat, and classification),
2 26 Feb 07 jari 51  * adjustment algorithms (filters, tranformations), and cluster selections algorithms.
2 26 Feb 07 jari 52  * @author braisted
2 26 Feb 07 jari 53  */
2 26 Feb 07 jari 54 public class ScriptAlgorithmInitDialog extends AlgorithmDialog {
2 26 Feb 07 jari 55     
2 26 Feb 07 jari 56     /** result
2 26 Feb 07 jari 57      */    
2 26 Feb 07 jari 58     private int result;    
2 26 Feb 07 jari 59     /** algorithm index
2 26 Feb 07 jari 60      */    
2 26 Feb 07 jari 61     private int algorithmIndex = -1;    
2 26 Feb 07 jari 62     /** algorithm type
2 26 Feb 07 jari 63      */    
2 26 Feb 07 jari 64     private String algorithmType;
2 26 Feb 07 jari 65     /** current selected algorithm name
2 26 Feb 07 jari 66      */    
2 26 Feb 07 jari 67     private String currentAlgorithmName;    
2 26 Feb 07 jari 68     /** main panel for components
2 26 Feb 07 jari 69      */    
2 26 Feb 07 jari 70     private JPanel mainPanel;
2 26 Feb 07 jari 71     /** action manager to accumulate available mev algorithms for presentation
2 26 Feb 07 jari 72      */    
2 26 Feb 07 jari 73     private ActionManager actionManager;    
2 26 Feb 07 jari 74     /** previews the selections
2 26 Feb 07 jari 75      */    
2 26 Feb 07 jari 76     private PreviewPanel previewPanel;
2 26 Feb 07 jari 77     /** analysis algorithm selection controls
2 26 Feb 07 jari 78      */    
2 26 Feb 07 jari 79     private AlgorithmSelectionPanel algSelPanel;
2 26 Feb 07 jari 80     /** adjustment algorithm controls
2 26 Feb 07 jari 81      */    
2 26 Feb 07 jari 82     private AdjustmentSelectionPanel adjSelPanel;
2 26 Feb 07 jari 83     /** cluster selection parameter controls
2 26 Feb 07 jari 84      */    
2 26 Feb 07 jari 85     private ClusterSelectionPanel clusterSelectionPanel;
2 26 Feb 07 jari 86     
2 26 Feb 07 jari 87         /*
2 26 Feb 07 jari 88          * CLASS DEVELOPMENT NOTES
2 26 Feb 07 jari 89          *
2 26 Feb 07 jari 90          * The main panel will hold all content except super class elements.
2 26 Feb 07 jari 91          * Three tabbed panes will correspond to three algorithm types,
2 26 Feb 07 jari 92          * <cluster | data adjustment | normalization | cluster selection>
2 26 Feb 07 jari 93          * Cluster selection applys to multicluster result only.
2 26 Feb 07 jari 94          * Other type can apply to any result.
2 26 Feb 07 jari 95          *
2 26 Feb 07 jari 96          * Internal classes handle representation of algorithm types.
2 26 Feb 07 jari 97          * Selection type and specific information is displayed in top preview panel.
2 26 Feb 07 jari 98          *
2 26 Feb 07 jari 99          * The main return values will be a type string and associated parameters
2 26 Feb 07 jari 100          * in the case of cluster selection criteria.
2 26 Feb 07 jari 101          */
2 26 Feb 07 jari 102     
2 26 Feb 07 jari 103     
2 26 Feb 07 jari 104     /** Creates a new instance of ScriptAlgorithmInitDialog
2 26 Feb 07 jari 105      * @param manager ActionManager to provide available algorithms
2 26 Feb 07 jari 106      * @param nodeType Node type, data node type can restrict algorithm selection.
2 26 Feb 07 jari 107      * @param isAffyData Indicates if loaded data is for Affymetrix(TM) data, need more filter controls.
2 26 Feb 07 jari 108      */
2 26 Feb 07 jari 109     public ScriptAlgorithmInitDialog(ActionManager manager, String nodeType, boolean isAffyData) {
2 26 Feb 07 jari 110         super(new JFrame(), "Script Algorithm Initialization Dialog", true);
2 26 Feb 07 jari 111         this.actionManager = manager;
2 26 Feb 07 jari 112         algorithmType = ScriptConstants.ALGORITHM_TYPE_CLUSTER;;//default
2 26 Feb 07 jari 113         result = JOptionPane.CANCEL_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 114         
2 26 Feb 07 jari 115         mainPanel = new JPanel(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 116         mainPanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 117         
2 26 Feb 07 jari 118         previewPanel = new PreviewPanel();
2 26 Feb 07 jari 119         algSelPanel = new AlgorithmSelectionPanel(actionManager);
2 26 Feb 07 jari 120         adjSelPanel = new AdjustmentSelectionPanel(isAffyData);
2 26 Feb 07 jari 121         clusterSelectionPanel = new ClusterSelectionPanel();
2 26 Feb 07 jari 122         
2 26 Feb 07 jari 123         JTabbedPane tabbedPane = new JTabbedPane();
2 26 Feb 07 jari 124         tabbedPane.addTab("Analysis Algorithms", algSelPanel);
2 26 Feb 07 jari 125         tabbedPane.addTab("Adjustment Algorithms", adjSelPanel);
2 26 Feb 07 jari 126         tabbedPane.addTab("Cluster Selection Algorithms", clusterSelectionPanel);
2 26 Feb 07 jari 127         
2 26 Feb 07 jari 128         if(nodeType.equals(ScriptConstants.OUTPUT_DATA_CLASS_GENE_MULTICLUSTER_OUTPUT)
2 26 Feb 07 jari 129         || nodeType.equals(ScriptConstants.OUTPUT_DATA_CLASS_EXPERIMENT_MULTICLUSTER_OUTPUT)
2 26 Feb 07 jari 130         || nodeType.equals(ScriptConstants.OUTPUT_DATA_CLASS_MULTICLUSTER_OUTPUT)) {
2 26 Feb 07 jari 131             tabbedPane.setEnabledAt(0, false);
2 26 Feb 07 jari 132             tabbedPane.setEnabledAt(1, false);
2 26 Feb 07 jari 133             tabbedPane.setSelectedIndex(2);
2 26 Feb 07 jari 134         } else {
2 26 Feb 07 jari 135             tabbedPane.setEnabledAt(2, false);
2 26 Feb 07 jari 136         }
2 26 Feb 07 jari 137         
2 26 Feb 07 jari 138         mainPanel.add(previewPanel, new GridBagConstraints(0,0,1,1,1,0,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,0,0,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 139         mainPanel.add(tabbedPane, new GridBagConstraints(0,1,1,2,1,0,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,0,0,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 140         
2 26 Feb 07 jari 141         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 142         addWindowListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 143         addContent(mainPanel);
2 26 Feb 07 jari 144         setActionListeners(listener);
2 26 Feb 07 jari 145         pack();
2 26 Feb 07 jari 146         if(!isAffyData)
2 26 Feb 07 jari 147             setSize(new Dimension(510, 587));
2 26 Feb 07 jari 148         else
2 26 Feb 07 jari 149             setSize(new Dimension(510, 665));
2 26 Feb 07 jari 150     }
2 26 Feb 07 jari 151     
2 26 Feb 07 jari 152     /**
2 26 Feb 07 jari 153      * Shows the dialog.
2 26 Feb 07 jari 154      */
2 26 Feb 07 jari 155     public int showModal() {
2 26 Feb 07 jari 156         Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
2 26 Feb 07 jari 157         setLocation((screenSize.width - getSize().width)/2, (screenSize.height - getSize().height)/2);
2 26 Feb 07 jari 158         show();
2 26 Feb 07 jari 159         return result;
2 26 Feb 07 jari 160     }
2 26 Feb 07 jari 161     
2 26 Feb 07 jari 162     /** Resets the controls
2 26 Feb 07 jari 163      */    
2 26 Feb 07 jari 164     public void onReset() {
2 26 Feb 07 jari 165         this.previewPanel.reset();
2 26 Feb 07 jari 166         this.algSelPanel.reset();
2 26 Feb 07 jari 167         this.adjSelPanel.reset();
2 26 Feb 07 jari 168         this.clusterSelectionPanel.reset();
2 26 Feb 07 jari 169         this.algorithmIndex = -1;
2 26 Feb 07 jari 170         this.algorithmType  = "";
2 26 Feb 07 jari 171         this.currentAlgorithmName = "";
2 26 Feb 07 jari 172     }
2 26 Feb 07 jari 173     
2 26 Feb 07 jari 174     
2 26 Feb 07 jari 175     /** returns the algorithm class
2 26 Feb 07 jari 176      */    
2 26 Feb 07 jari 177     public String getAlgorithmType() {
2 26 Feb 07 jari 178         return algorithmType;
2 26 Feb 07 jari 179     }
2 26 Feb 07 jari 180     
2 26 Feb 07 jari 181     /** returns algorithm name
2 26 Feb 07 jari 182      */    
2 26 Feb 07 jari 183     public String getAlgorithmName() {
2 26 Feb 07 jari 184         return currentAlgorithmName;
2 26 Feb 07 jari 185     }
2 26 Feb 07 jari 186     
2 26 Feb 07 jari 187     /** returns the algorthms index
2 26 Feb 07 jari 188      */    
2 26 Feb 07 jari 189     public int getAlgorithmIndex() {
2 26 Feb 07 jari 190         int index;
2 26 Feb 07 jari 191         if(currentAlgorithmName != null) {
2 26 Feb 07 jari 192             String number = (String)(algSelPanel.indexHash.get(currentAlgorithmName));
2 26 Feb 07 jari 193             if(number != null) {
2 26 Feb 07 jari 194                 return Integer.parseInt(number);
2 26 Feb 07 jari 195             }
2 26 Feb 07 jari 196         }
2 26 Feb 07 jari 197         
2 26 Feb 07 jari 198         return -1;
2 26 Feb 07 jari 199         
2 26 Feb 07 jari 200     }
2 26 Feb 07 jari 201     
2 26 Feb 07 jari 202     
2 26 Feb 07 jari 203     
2 26 Feb 07 jari 204     
2 26 Feb 07 jari 205     /*
2 26 Feb 07 jari 206      *
2 26 Feb 07 jari 207      * Internal Classes
2 26 Feb 07 jari 208      *
2 26 Feb 07 jari 209      */
2 26 Feb 07 jari 210     
2 26 Feb 07 jari 211     
2 26 Feb 07 jari 212     /* Preview Panel simply reports the current selections and key information
2 26 Feb 07 jari 213      * such as algorithm category and algorithm name.
2 26 Feb 07 jari 214      */
2 26 Feb 07 jari 215     
2 26 Feb 07 jari 216     /** Previews the algorithm selection
2 26 Feb 07 jari 217      */    
2 26 Feb 07 jari 218     private class PreviewPanel extends ParameterPanel {
2 26 Feb 07 jari 219         
2 26 Feb 07 jari 220         JTextField categoryValueField;
2 26 Feb 07 jari 221         JTextField algValueField;
2 26 Feb 07 jari 222         
2 26 Feb 07 jari 223         public PreviewPanel() {
2 26 Feb 07 jari 224             super("Selection Preview");
2 26 Feb 07 jari 225             super.setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 226             JLabel categoryLabel = new JLabel("Algorithm Category: ");
2 26 Feb 07 jari 227             categoryValueField = new JTextField("Not Selected", 25);
2 26 Feb 07 jari 228             categoryValueField.setEditable(false);
2 26 Feb 07 jari 229             
2 26 Feb 07 jari 230             JLabel algNameLabel = new JLabel("Algorithm: ");
2 26 Feb 07 jari 231             algValueField = new JTextField("Not Selected", 25);
2 26 Feb 07 jari 232             algValueField.setEditable(false);
2 26 Feb 07 jari 233             
2 26 Feb 07 jari 234             add(categoryLabel, new GridBagConstraints(0,0,1,1,1,1,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(5,20,0,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 235             add(categoryValueField, new GridBagConstraints(1,0,1,1,0,1,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(5,10,0,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 236             add(algNameLabel, new GridBagConstraints(0,1,1,1,1,1,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(10,20,5,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 237             add(algValueField, new GridBagConstraints(1,1,1,1,0,1,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(10,10,5,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 238         }
2 26 Feb 07 jari 239         
2 26 Feb 07 jari 240         public void reset() {
2 26 Feb 07 jari 241             algValueField.setText("Not Selected");
2 26 Feb 07 jari 242             categoryValueField.setText("Not Selected");
2 26 Feb 07 jari 243         }
2 26 Feb 07 jari 244         
2 26 Feb 07 jari 245         public void setValues(String cat, String name) {
2 26 Feb 07 jari 246             algValueField.setText(name);
2 26 Feb 07 jari 247             categoryValueField.setText(cat);
2 26 Feb 07 jari 248         }
2 26 Feb 07 jari 249     }
2 26 Feb 07 jari 250     
2 26 Feb 07 jari 251     /* AlgorithmSelectinoPanel displays all clustering, stat and classification
2 26 Feb 07 jari 252      * algorithms by retrieving them from the action manager.
2 26 Feb 07 jari 253      * The buttons presented have a simple listener to report the algorithm name.
2 26 Feb 07 jari 254      *
2 26 Feb 07 jari 255      * Button arrangemet is to match rows and columns in number with prefference to
2 26 Feb 07 jari 256      * extra rows if needed.
2 26 Feb 07 jari 257      */
2 26 Feb 07 jari 258     
2 26 Feb 07 jari 259     /** Supports analysis algorithm selection.
2 26 Feb 07 jari 260      */    
2 26 Feb 07 jari 261     private class AlgorithmSelectionPanel extends ParameterPanel {
2 26 Feb 07 jari 262         
2 26 Feb 07 jari 263         ButtonPanel buttonPanel;
2 26 Feb 07 jari 264         ButtonListener listener;
2 26 Feb 07 jari 265         Hashtable descriptions;
2 26 Feb 07 jari 266         //Hashtable locations;
2 26 Feb 07 jari 267         Hashtable indexHash;
2 26 Feb 07 jari 268         
2 26 Feb 07 jari 269         AlgorithmSelectionPanel(ActionManager actionManager) {
2 26 Feb 07 jari 270             super("Algorithm Selection");
2 26 Feb 07 jari 271             setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 272             setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 273             listener = new ButtonListener();
2 26 Feb 07 jari 274             buttonPanel = new ButtonPanel();
2 26 Feb 07 jari 275             buttonPanel.setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 276             buttonPanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 277             descriptions = new Hashtable();
2 26 Feb 07 jari 278             indexHash = new Hashtable();
2 26 Feb 07 jari 279             // locations = new Hashtable();
2 26 Feb 07 jari 280             addAlgorithmButtons(actionManager);
2 26 Feb 07 jari 281             add(buttonPanel, new GridBagConstraints(0,0,1,1,1,1,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,0,0,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 282         }
2 26 Feb 07 jari 283         
2 26 Feb 07 jari 284         
2 26 Feb 07 jari 285         private void addAlgorithmButtons(ActionManager manager) {
2 26 Feb 07 jari 286             int algCnt = 0, x, y;
2 26 Feb 07 jari 287             Action action;
2 26 Feb 07 jari 288             
2 26 Feb 07 jari 289             while ((action = manager.getAction(ActionManager.ANALYSIS_ACTION+String.valueOf(algCnt)))!=null)
2 26 Feb 07 jari 290                 algCnt++;
2 26 Feb 07 jari 291             
2 26 Feb 07 jari 292             x = 1;
2 26 Feb 07 jari 293             y = algCnt;
2 26 Feb 07 jari 294             
2 26 Feb 07 jari 295             while(true){
2 26 Feb 07 jari 296                 x++;
2 26 Feb 07 jari 297                 y = (int)Math.floor(algCnt/x);
2 26 Feb 07 jari 298                 y += x*y < algCnt ? 1 : 0;
2 26 Feb 07 jari 299                 if(y<=x)
2 26 Feb 07 jari 300                     break;
2 26 Feb 07 jari 301             }
2 26 Feb 07 jari 302             
2 26 Feb 07 jari 303             algCnt = 0;
2 26 Feb 07 jari 304             JButton button;
2 26 Feb 07 jari 305             GridBagConstraints gbc = new GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 306             gbc.insets = new Insets(4,4,4,4);
2 26 Feb 07 jari 307             int cnt = 0;
2 26 Feb 07 jari 308             for(int i = 0; i < x; i++){
2 26 Feb 07 jari 309                 for(int j = 0; j < y; j++){
2 26 Feb 07 jari 310                     action = manager.getAction(ActionManager.ANALYSIS_ACTION+String.valueOf(cnt));
2 26 Feb 07 jari 311                     if(action != null) {
2 26 Feb 07 jari 312                         button = new JButton();
2 26 Feb 07 jari 313                         button.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 314                         button.setActionCommand((String)action.getValue(Action.NAME));
2 26 Feb 07 jari 315                         button.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 316                         button.setIcon((Icon)action.getValue(ActionManager.LARGE_ICON));
2 26 Feb 07 jari 317                         button.setText("");
2 26 Feb 07 jari 318                         button.setToolTipText((String)action.getValue(Action.SHORT_DESCRIPTION));
2 26 Feb 07 jari 319                         button.setPreferredSize(new Dimension(45,45));
2 26 Feb 07 jari 320                         button.setBorder(BorderFactory.createBevelBorder(BevelBorder.RAISED));
2 26 Feb 07 jari 321                         gbc.gridx = j;
2 26 Feb 07 jari 322                         gbc.gridy = i;
2 26 Feb 07 jari 323                         buttonPanel.add(button, gbc);
2 26 Feb 07 jari 324                         descriptions.put(action.getValue(Action.NAME), action.getValue(Action.SHORT_DESCRIPTION));
2 26 Feb 07 jari 325                         indexHash.put(action.getValue(Action.NAME), String.valueOf(cnt));
2 26 Feb 07 jari 326                         try {
2 26 Feb 07 jari 327                             Class clazz = Class.forName(((String)action.getValue(ActionManager.PARAMETER)));
2 26 Feb 07 jari 328                             IClusterGUI gui = (IClusterGUI)clazz.newInstance();
2 26 Feb 07 jari 329                             button.setEnabled(gui instanceof IScriptGUI);
2 26 Feb 07 jari 330                         } catch (Exception e ) {  }
2 26 Feb 07 jari 331                         // locations.put(button, new Point(button.getLocation()));
2 26 Feb 07 jari 332                     }
2 26 Feb 07 jari 333                     cnt++;
2 26 Feb 07 jari 334                 }
2 26 Feb 07 jari 335             }
2 26 Feb 07 jari 336         }
2 26 Feb 07 jari 337         
2 26 Feb 07 jari 338         public void reset() {
2 26 Feb 07 jari 339             buttonPanel.setSelected(false);
2 26 Feb 07 jari 340             buttonPanel.repaint();
2 26 Feb 07 jari 341         }
2 26 Feb 07 jari 342         
2 26 Feb 07 jari 343         /**
2 26 Feb 07 jari 344          */        
2 26 Feb 07 jari 345         private class ButtonPanel extends JPanel {
2 26 Feb 07 jari 346             boolean isSelected;
2 26 Feb 07 jari 347             Point selectedSector;
2 26 Feb 07 jari 348             JButton selectedButton;
2 26 Feb 07 jari 349             
2 26 Feb 07 jari 350             public ButtonPanel() {
2 26 Feb 07 jari 351                 super();
2 26 Feb 07 jari 352                 isSelected = false;
2 26 Feb 07 jari 353             }
2 26 Feb 07 jari 354             
2 26 Feb 07 jari 355             public void setSelection(JButton button) {
2 26 Feb 07 jari 356                 isSelected = true;
2 26 Feb 07 jari 357                 selectedButton = button;
2 26 Feb 07 jari 358                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 359             }
2 26 Feb 07 jari 360             
2 26 Feb 07 jari 361             public void setSelected(boolean value) {
2 26 Feb 07 jari 362                 isSelected = value;
2 26 Feb 07 jari 363             }
2 26 Feb 07 jari 364             
2 26 Feb 07 jari 365             public void paint(Graphics g) {
2 26 Feb 07 jari 366                 super.paint(g);
2 26 Feb 07 jari 367                 if(isSelected && selectedButton != null) {
2 26 Feb 07 jari 368                     selectedSector = selectedButton.getLocation();
2 26 Feb 07 jari 369                     g.setColor(Color.blue);
2 26 Feb 07 jari 370                     g.drawRect(selectedSector.x-5, selectedSector.y-5, 54, 54);
2 26 Feb 07 jari 371                     g.drawRect(selectedSector.x-4, selectedSector.y-4, 52, 52);
2 26 Feb 07 jari 372                 }
2 26 Feb 07 jari 373             }
2 26 Feb 07 jari 374         }
2 26 Feb 07 jari 375         
2 26 Feb 07 jari 376         // Sets current algorithm
2 26 Feb 07 jari 377         private class ButtonListener implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 378             public void actionPerformed(ActionEvent ae) {
2 26 Feb 07 jari 379                 String algorithmName = ae.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 380                 currentAlgorithmName = algorithmName;
2 26 Feb 07 jari 381                 Object button = ae.getSource();
2 26 Feb 07 jari 382                 
2 26 Feb 07 jari 383                 if(button != null && button instanceof JButton) {
2 26 Feb 07 jari 384                     buttonPanel.setSelection((JButton)button);
2 26 Feb 07 jari 385                     algorithmType = ScriptConstants.ALGORITHM_TYPE_CLUSTER;
2 26 Feb 07 jari 386                     previewPanel.setValues("Analysis Algorithm", algorithmName+": "+((String)descriptions.get(algorithmName)));
2 26 Feb 07 jari 387                 }
2 26 Feb 07 jari 388             }
2 26 Feb 07 jari 389         }
2 26 Feb 07 jari 390         
2 26 Feb 07 jari 391     }
2 26 Feb 07 jari 392     
2 26 Feb 07 jari 393     
2 26 Feb 07 jari 394     
2 26 Feb 07 jari 395     
2 26 Feb 07 jari 396     /** Support selection of adjustment algorithm
2 26 Feb 07 jari 397      */    
2 26 Feb 07 jari 398     private class AdjustmentSelectionPanel extends ParameterPanel {
2 26 Feb 07 jari 399         //Filters (affymetrics as well detection filter and ....)
2 26 Feb 07 jari 400         //Gene Based transformations
2 26 Feb 07 jari 401         //NormSpots /RMS /SD MeanCenter DigSpots
2 26 Feb 07 jari 402         //Experiments (as above)
2 26 Feb 07 jari 403         //intensity adjustments
2 26 Feb 07 jari 404         
2 26 Feb 07 jari 405         ButtonGroup bg;
2 26 Feb 07 jari 406         JCheckBox noneBox;
2 26 Feb 07 jari 407         
2 26 Feb 07 jari 408         public AdjustmentSelectionPanel(boolean isAffyData) {
2 26 Feb 07 jari 409             super("Adjustment Selection");
2 26 Feb 07 jari 410             setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 411             AdjustmentBoxListener listener = new AdjustmentBoxListener();
2 26 Feb 07 jari 412             
2 26 Feb 07 jari 413             bg  = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 414             noneBox = new JCheckBox("none", true);  //used for reset() method
2 26 Feb 07 jari 415             bg.add(noneBox);
2 26 Feb 07 jari 416             
2 26 Feb 07 jari 417             //Filter Panel
2 26 Feb 07 jari 418             ParameterPanel filterPanel = new ParameterPanel("Gene/Row Filters");
2 26 Feb 07 jari 419             filterPanel.setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 420             JCheckBox percBox = createCheckBox("Percentage Cutoff", "Requires x% valid expression values to retain a gene", listener);
2 26 Feb 07 jari 421             JCheckBox lowerBox = createCheckBox("Lower Cutoffs", "Cy3 and Cy5 must have a minium value \n to retain gene. (see info page)", listener);
2 26 Feb 07 jari 422             filterPanel.add(percBox, new GridBagConstraints(0,0,1,1,0,1,GridBagConstraints.CENTER,GridBagConstraints.BOTH, new Insets(5,0,10,25), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 423             filterPanel.add(lowerBox, new GridBagConstraints(1,0,1,1,0,1,GridBagConstraints.CENTER,GridBagConstraints.BOTH, new Insets(5,25,10,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 424             
2 26 Feb 07 jari 425             //Gene Panel
2 26 Feb 07 jari 426             ParameterPanel genePanel = new ParameterPanel("Gene/Row Based Adjustments");
2 26 Feb 07 jari 427             genePanel.setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 428             
2 26 Feb 07 jari 429             JCheckBox gNormBox = createCheckBox("Normalize Genes/Rows","Adjust Vector ||v||=1", listener);
2 26 Feb 07 jari 430             JCheckBox gRMSBox = createCheckBox("Divide Genes/Rows by RMS","Divide values by spot's RMS", listener);
2 26 Feb 07 jari 431             JCheckBox gSDBox = createCheckBox("Divide Genes/Rows by SD","Divide values by spot's SD", listener);
2 26 Feb 07 jari 432             JCheckBox gMCBox = createCheckBox("Mean Center Genes/Rows","Divide values by spot's Mean", listener);
2 26 Feb 07 jari 433             JCheckBox gMedCBox = createCheckBox("Median Center Genes/Rows","Divide values by spot's Median", listener);
2 26 Feb 07 jari 434             JCheckBox gDigBox = createCheckBox("Digital Genes/Rows","Bins spot's values into log2(#Spots) int value bins ", listener);
2 26 Feb 07 jari 435             
2 26 Feb 07 jari 436             genePanel.add(gNormBox, new GridBagConstraints(0,0,1,1,1,1,GridBagConstraints.CENTER,GridBagConstraints.BOTH, new Insets(5,10,10,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 437             genePanel.add(gRMSBox, new GridBagConstraints(0,1,1,1,1,1,GridBagConstraints.CENTER,GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,10,10,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 438             genePanel.add(gSDBox, new GridBagConstraints(0,2,1,1,1,1,GridBagConstraints.CENTER,GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,10,10,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 439             genePanel.add(gMCBox, new GridBagConstraints(0,3,1,1,1,1,GridBagConstraints.CENTER,GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,10,10,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 440             genePanel.add(gMedCBox, new GridBagConstraints(0,4,1,1,1,1,GridBagConstraints.CENTER,GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,10,10,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 441             genePanel.add(gDigBox, new GridBagConstraints(0,5,1,1,1,1,GridBagConstraints.CENTER,GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,10,10,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 442             
2 26 Feb 07 jari 443             //Experiment Panel
2 26 Feb 07 jari 444             ParameterPanel expPanel = new ParameterPanel("Sample/Column Based Adjustments");
2 26 Feb 07 jari 445             expPanel.setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 446             
2 26 Feb 07 jari 447             JCheckBox eNormBox = createCheckBox("Normalize Samples/Columns","Adjust Vector ||v||=1", listener);
2 26 Feb 07 jari 448             JCheckBox eRMSBox = createCheckBox("Divide Samples/Columns by RMS","Divide values by sample's RMS", listener);
2 26 Feb 07 jari 449             JCheckBox eSDBox = createCheckBox("Divide Samples/Columns by SD","Divide values by sample's SD", listener);
2 26 Feb 07 jari 450             JCheckBox eMCBox = createCheckBox("Mean Center Samples/Columns","Divide values by sample's Mean", listener);
2 26 Feb 07 jari 451             JCheckBox eMedCBox = createCheckBox("Median Center Samples/Columns","Divide values by sample's Median", listener);
2 26 Feb 07 jari 452             JCheckBox eDigBox = createCheckBox("Digital Samples/Columns","Bins values into log2(#Exps) int value bins ", listener);
2 26 Feb 07 jari 453             
2 26 Feb 07 jari 454             expPanel.add(eNormBox, new GridBagConstraints(0,0,1,1,1,1,GridBagConstraints.CENTER,GridBagConstraints.BOTH, new Insets(5,10,10,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 455             expPanel.add(eRMSBox, new GridBagConstraints(0,1,1,1,1,1,GridBagConstraints.CENTER,GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,10,10,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 456             expPanel.add(eSDBox, new GridBagConstraints(0,2,1,1,1,1,GridBagConstraints.CENTER,GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,10,10,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 457             expPanel.add(eMCBox, new GridBagConstraints(0,3,1,1,1,1,GridBagConstraints.CENTER,GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,10,10,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 458             expPanel.add(eMedCBox, new GridBagConstraints(0,4,1,1,1,1,GridBagConstraints.CENTER,GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,10,10,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 459             expPanel.add(eDigBox, new GridBagConstraints(0,5,1,1,1,1,GridBagConstraints.CENTER,GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,10,10,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 460             
2 26 Feb 07 jari 461             //Policy Panel  ** This is a global policy not an adjustment
2 26 Feb 07 jari 462             //ParameterPanel polPanel = new ParameterPanel("Experiment Based Adjustments");
2 26 Feb 07 jari 463             //polPanel.setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 464             
2 26 Feb 07 jari 465             //Log Transformations
2 26 Feb 07 jari 466             // Do we want or need these, applies log two transformation to FloatMatrix which is in log 2
2 26 Feb 07 jari 467
2 26 Feb 07 jari 468             add(filterPanel, new GridBagConstraints(0,0,2,1,1,1,GridBagConstraints.CENTER,GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,0,10,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 469             add(genePanel, new GridBagConstraints(0,1,1,1,1,1,GridBagConstraints.CENTER,GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,0,10,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 470             add(expPanel, new GridBagConstraints(1,1,1,1,1,1,GridBagConstraints.CENTER,GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,0,10,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 471             if(isAffyData) {
2 26 Feb 07 jari 472                 //affy based Detection and Fold filters
2 26 Feb 07 jari 473                 ParameterPanel affyPanel = new ParameterPanel("Affimetrix Filtering Options");
2 26 Feb 07 jari 474                 affyPanel.setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 475                 JCheckBox affyDetectionBox = createCheckBox("Detection Filter", "Filters by detection flag.",listener);
2 26 Feb 07 jari 476                 JCheckBox affyFoldBox = createCheckBox("Fold Filter", "Filters by fold change.",listener);
2 26 Feb 07 jari 477                 affyPanel.add(affyDetectionBox, new GridBagConstraints(0,0,1,1,0,1,GridBagConstraints.CENTER,GridBagConstraints.BOTH, new Insets(5,0,10,25), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 478                 affyPanel.add(affyFoldBox, new GridBagConstraints(1,0,1,1,0,1,GridBagConstraints.CENTER,GridBagConstraints.BOTH, new Insets(5,25,10,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 479                            
2 26 Feb 07 jari 480                 add(affyPanel, new GridBagConstraints(0,2,2,1,1,1,GridBagConstraints.CENTER,GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,0,10,0), 0,0));                
2 26 Feb 07 jari 481             }
2 26 Feb 07 jari 482         }
2 26 Feb 07 jari 483         
2 26 Feb 07 jari 484
2 26 Feb 07 jari 485         private JCheckBox createCheckBox(String label, String toolTip, ActionListener listener) {
2 26 Feb 07 jari 486             JCheckBox box = new JCheckBox(label);
2 26 Feb 07 jari 487             box.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 488             box.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 489             box.setActionCommand(label);
2 26 Feb 07 jari 490             box.setToolTipText(toolTip);
2 26 Feb 07 jari 491             box.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 492             bg.add(box);
2 26 Feb 07 jari 493             return box;
2 26 Feb 07 jari 494         }
2 26 Feb 07 jari 495         
2 26 Feb 07 jari 496         public void reset() {
2 26 Feb 07 jari 497             noneBox.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 498         }
2 26 Feb 07 jari 499         
2 26 Feb 07 jari 500         // Sets current algorithm
2 26 Feb 07 jari 501         private class AdjustmentBoxListener implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 502             public void actionPerformed(ActionEvent ae) {
2 26 Feb 07 jari 503                 String algorithmName = ae.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 504                 currentAlgorithmName = algorithmName;
2 26 Feb 07 jari 505                 previewPanel.setValues("Adjustment Algorithm", algorithmName);
2 26 Feb 07 jari 506                 algorithmType = ScriptConstants.ALGORITHM_TYPE_ADJUSTMENT;
2 26 Feb 07 jari 507             }
2 26 Feb 07 jari 508         }
2 26 Feb 07 jari 509         
2 26 Feb 07 jari 510     }
2 26 Feb 07 jari 511     
2 26 Feb 07 jari 512     private class NormalizationSelectionPanel extends JPanel {
2 26 Feb 07 jari 513         //
2 26 Feb 07 jari 514         
2 26 Feb 07 jari 515     }
2 26 Feb 07 jari 516     
2 26 Feb 07 jari 517     /** Supports selection of cluster selection algorithms
2 26 Feb 07 jari 518      */    
2 26 Feb 07 jari 519     private class ClusterSelectionPanel extends JPanel {
2 26 Feb 07 jari 520         JRadioButton diversityButton;
2 26 Feb 07 jari 521         JRadioButton centroidEntropyButton;
2 26 Feb 07 jari 522         JRadioButton noButton;
2 26 Feb 07 jari 523         
2 26 Feb 07 jari 524         public ClusterSelectionPanel() {
2 26 Feb 07 jari 525             super();
2 26 Feb 07 jari 526             setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 527             ButtonListener listener = new ButtonListener();
2 26 Feb 07 jari 528             
2 26 Feb 07 jari 529             ParameterPanel panel = new ParameterPanel();
2 26 Feb 07 jari 530             panel.setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 531             
2 26 Feb 07 jari 532             diversityButton = new JRadioButton("Diversity Ranking Cluster Selection", false);
2 26 Feb 07 jari 533             diversityButton.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 534             diversityButton.setOpaque(false);
2 26 Feb 07 jari 535             diversityButton.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 536
2 26 Feb 07 jari 537             centroidEntropyButton = new JRadioButton("Centroid Variance or Entropy Cluster Selection", false);
2 26 Feb 07 jari 538             centroidEntropyButton.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 539             centroidEntropyButton.setOpaque(false);            
2 26 Feb 07 jari 540             centroidEntropyButton.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 541                         
2 26 Feb 07 jari 542             noButton = new JRadioButton("hidden", true);
2 26 Feb 07 jari 543             ButtonGroup bg = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 544             bg.add(diversityButton);
2 26 Feb 07 jari 545             bg.add(centroidEntropyButton);
2 26 Feb 07 jari 546             bg.add(noButton);
2 26 Feb 07 jari 547             
2 26 Feb 07 jari 548             panel.add(centroidEntropyButton, new GridBagConstraints(0,0,1,1,0,0, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,0,20,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 549             panel.add(diversityButton, new GridBagConstraints(0,1,1,1,0,0, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(20,0,0,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 550         
2 26 Feb 07 jari 551             add(panel, new GridBagConstraints(0,0,1,1,1,1, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,0,0,0), 0,0));            
2 26 Feb 07 jari 552         }
2 26 Feb 07 jari 553         
2 26 Feb 07 jari 554         public void reset() {
2 26 Feb 07 jari 555             noButton.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 556         }
2 26 Feb 07 jari 557         
2 26 Feb 07 jari 558         // Sets current algorithm
2 26 Feb 07 jari 559         private class ButtonListener implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 560             public void actionPerformed(ActionEvent ae) {
2 26 Feb 07 jari 561                 if(diversityButton.isSelected()) {
2 26 Feb 07 jari 562                     previewPanel.setValues("Cluster Selection", "Diversity Ranking Cluster Selection");
2 26 Feb 07 jari 563                     algorithmType = ScriptConstants.ALGORITHM_TYPE_CLUSTER_SELECTION;
2 26 Feb 07 jari 564                     currentAlgorithmName = "Diversity Ranking Cluster Selection";
2 26 Feb 07 jari 565                 } else if(centroidEntropyButton.isSelected()) {
2 26 Feb 07 jari 566                     previewPanel.setValues("Cluster Selection", "Centroid Entropy Ranking Cluster Selection");
2 26 Feb 07 jari 567                     algorithmType = ScriptConstants.ALGORITHM_TYPE_CLUSTER_SELECTION;
2 26 Feb 07 jari 568                     currentAlgorithmName = "Centroid Entropy/Variance Ranking Cluster Selection";                    
2 26 Feb 07 jari 569                 }
2 26 Feb 07 jari 570             }
2 26 Feb 07 jari 571         }
2 26 Feb 07 jari 572     }
2 26 Feb 07 jari 573     
2 26 Feb 07 jari 574     
2 26 Feb 07 jari 575     
2 26 Feb 07 jari 576     /**
2 26 Feb 07 jari 577      * The class to listen to the dialog events.
2 26 Feb 07 jari 578      */
2 26 Feb 07 jari 579     private class Listener extends DialogListener {
2 26 Feb 07 jari 580         
2 26 Feb 07 jari 581         public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 582             Object source = e.getSource();
2 26 Feb 07 jari 583             if (source == okButton) {
2 26 Feb 07 jari 584                 result = JOptionPane.OK_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 585                 dispose();
2 26 Feb 07 jari 586             } else if (source == cancelButton) {
2 26 Feb 07 jari 587                 result = JOptionPane.CANCEL_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 588                 dispose();
2 26 Feb 07 jari 589             }
2 26 Feb 07 jari 590             else if (source == resetButton) {
2 26 Feb 07 jari 591                 onReset();
2 26 Feb 07 jari 592             }
2 26 Feb 07 jari 593             else if (source == infoButton){
2 26 Feb 07 jari 594                 HelpWindow hw = new HelpWindow(ScriptAlgorithmInitDialog.this, "Script Algorithm Initialization Dialog");
2 26 Feb 07 jari 595                 if(hw.getWindowContent()){
2 26 Feb 07 jari 596                     hw.setSize(450,650);
2 26 Feb 07 jari 597                     hw.setLocation();
2 26 Feb 07 jari 598                     hw.show();
2 26 Feb 07 jari 599                 }
2 26 Feb 07 jari 600                 else {
2 26 Feb 07 jari 601                     hw.setVisible(false);
2 26 Feb 07 jari 602                     hw.dispose();
2 26 Feb 07 jari 603                 }
2 26 Feb 07 jari 604             }
2 26 Feb 07 jari 605         }
2 26 Feb 07 jari 606         
2 26 Feb 07 jari 607         public void windowClosing(WindowEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 608             result = JOptionPane.CLOSED_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 609             dispose();
2 26 Feb 07 jari 610         }
2 26 Feb 07 jari 611     }
2 26 Feb 07 jari 612     
2 26 Feb 07 jari 613 }

Generated on Thu Jul 20 09:30:30 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)