mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/script/scriptGUI/ScriptCentroidViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2004, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: ScriptCentroidViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.5 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2005/03/10 15:39:55 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: braistedj $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.script.scriptGUI;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 22
2 26 Feb 07 jari 23 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 24 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 26
2 26 Feb 07 jari 27 public class ScriptCentroidViewer extends CentroidViewer implements java.io.Serializable {
2 26 Feb 07 jari 28     public static final long serialVersionUID = 1000102010301010001L;    
2 26 Feb 07 jari 29     
2 26 Feb 07 jari 30     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 31     
2 26 Feb 07 jari 32     
2 26 Feb 07 jari 33     /**
2 26 Feb 07 jari 34      * Construct a <code>KMCCentroidViewer</code> with specified experiment
2 26 Feb 07 jari 35      * and clusters.
2 26 Feb 07 jari 36      */
2 26 Feb 07 jari 37     public ScriptCentroidViewer(Experiment experiment, int[][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 38   super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 39   Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 40   this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 41   getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 42     }
2 26 Feb 07 jari 43     
2 26 Feb 07 jari 44    
2 26 Feb 07 jari 45     private void writeObject(java.io.ObjectOutputStream oos) throws java.io.IOException { }    
2 26 Feb 07 jari 46     
2 26 Feb 07 jari 47     private void readObject(java.io.ObjectInputStream ois) throws java.io.IOException, ClassNotFoundException {        
2 26 Feb 07 jari 48         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 49   this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 50   getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 51     }
2 26 Feb 07 jari 52        
2 26 Feb 07 jari 53     /**
2 26 Feb 07 jari 54      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 55      */
2 26 Feb 07 jari 56     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 57   JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 58   addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 59   return popup;
2 26 Feb 07 jari 60     }
2 26 Feb 07 jari 61     
2 26 Feb 07 jari 62     
2 26 Feb 07 jari 63     /**
2 26 Feb 07 jari 64      * Saves all clusters.
2 26 Feb 07 jari 65      */
2 26 Feb 07 jari 66     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 67   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 68   try {
2 26 Feb 07 jari 69       ExperimentUtil.saveExperiment(frame, getExperiment(), getData(), getClusters());
2 26 Feb 07 jari 70   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 71       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save clusters!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 72       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 73   }
2 26 Feb 07 jari 74     }
2 26 Feb 07 jari 75     
2 26 Feb 07 jari 76     /**
2 26 Feb 07 jari 77      * Save the viewer cluster.
2 26 Feb 07 jari 78      */
2 26 Feb 07 jari 79     private void onSaveCluster() {
2 26 Feb 07 jari 80   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 81   try {
2 26 Feb 07 jari 82       ExperimentUtil.saveExperiment(frame, getExperiment(), getData(), getCluster());
2 26 Feb 07 jari 83   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 84       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 85       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 86   }
2 26 Feb 07 jari 87     }
2 26 Feb 07 jari 88     
2 26 Feb 07 jari 89     
2 26 Feb 07 jari 90     /**
2 26 Feb 07 jari 91      * Removes a public color.
2 26 Feb 07 jari 92      */
2 26 Feb 07 jari 93     private void onSetDefaultColor() {
2 26 Feb 07 jari 94   setClusterColor(null);
2 26 Feb 07 jari 95     }
2 26 Feb 07 jari 96     
2 26 Feb 07 jari 97     /**
2 26 Feb 07 jari 98      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 99      */
2 26 Feb 07 jari 100     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 101   
2 26 Feb 07 jari 102   public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 103       String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 104       if (command.equals(SAVE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 105     onSaveCluster();
2 26 Feb 07 jari 106       } else if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 107     onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 108       } else if (command.equals(STORE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 109     storeCluster();
2 26 Feb 07 jari 110       } else if (command.equals(SET_DEF_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 111     onSetDefaultColor();
2 26 Feb 07 jari 112       } else if(command.equals(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 113                 yRangeOption = CentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX;
2 26 Feb 07 jari 114                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 115                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 116                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 117             } else if(command.equals(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 118                 yRangeOption = CentroidViewer.USE_CLUSTER_MAX;
2 26 Feb 07 jari 119                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 120                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 121                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 122             } else if(command.equals(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 123                 launchNewSession();
2 26 Feb 07 jari 124             } else if(command.equals(TOGGLE_REF_LINE_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 125                 showRefLine = !showRefLine;
2 26 Feb 07 jari 126                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 127             }
2 26 Feb 07 jari 128             
2 26 Feb 07 jari 129   }
2 26 Feb 07 jari 130   
2 26 Feb 07 jari 131   public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 132       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 133   }
2 26 Feb 07 jari 134   
2 26 Feb 07 jari 135   public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 136       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 137   }
2 26 Feb 07 jari 138   
2 26 Feb 07 jari 139   private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 140       if (!e.isPopupTrigger() || getCluster() == null || getCluster().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 141     return;
2 26 Feb 07 jari 142       }
2 26 Feb 07 jari 143       popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 144   }
2 26 Feb 07 jari 145     }
2 26 Feb 07 jari 146     
2 26 Feb 07 jari 147 }

Generated on Thu Jul 20 09:30:30 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)