mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/script/scriptGUI/ScriptClusterSelectionInfoViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2004, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: ScriptClusterSelectionInfoViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.5 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/02/23 20:59:58 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: caliente $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.script.scriptGUI;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.GridBagConstraints;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.GridBagLayout;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 import javax.swing.JComponent;
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.JLabel;
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.JTextPane;
2 26 Feb 07 jari 24
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmData;
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.ViewerAdapter;
2 26 Feb 07 jari 27
2 26 Feb 07 jari 28 /** The ScriptClusterSelectionInfoViewer presents the results of cluster selection algorithms
2 26 Feb 07 jari 29  * and the criteria upon which the selections were made.
2 26 Feb 07 jari 30  */
2 26 Feb 07 jari 31 public class ScriptClusterSelectionInfoViewer extends ViewerAdapter implements java.io.Serializable {
2 26 Feb 07 jari 32     public static final long serialVersionUID = 1000102010301020001L;
2 26 Feb 07 jari 33     
2 26 Feb 07 jari 34     private JComponent header;
2 26 Feb 07 jari 35     private JTextPane  content;
2 26 Feb 07 jari 36     private boolean clusterGenes;
2 26 Feb 07 jari 37     
2 26 Feb 07 jari 38     /** Constructs a <code>ScriptClusterSelectionInfoViewer</code> with specified
2 26 Feb 07 jari 39      * clusters and number of genes.
2 26 Feb 07 jari 40      * @param algData
2 26 Feb 07 jari 41      */
2 26 Feb 07 jari 42     public ScriptClusterSelectionInfoViewer(AlgorithmData algData) {
2 26 Feb 07 jari 43         header  = createHeader();
2 26 Feb 07 jari 44         this.clusterGenes = algData.getParams().getBoolean("process-gene-clusters");
2 26 Feb 07 jari 45         content = createContent(algData);
2 26 Feb 07 jari 46         setMaxWidth(content, header);
2 26 Feb 07 jari 47     }
2 26 Feb 07 jari 48     
2 26 Feb 07 jari 49     
2 26 Feb 07 jari 50     private void writeObject(java.io.ObjectOutputStream oos) throws java.io.IOException {
2 26 Feb 07 jari 51         oos.writeBoolean(this.clusterGenes);
2 26 Feb 07 jari 52         oos.writeObject(this.content.getText());
2 26 Feb 07 jari 53     }
2 26 Feb 07 jari 54     
2 26 Feb 07 jari 55     
2 26 Feb 07 jari 56     
2 26 Feb 07 jari 57     private void readObject(java.io.ObjectInputStream ois) throws java.io.IOException, ClassNotFoundException {
2 26 Feb 07 jari 58         header = createHeader();
2 26 Feb 07 jari 59         this.clusterGenes = ois.readBoolean();
2 26 Feb 07 jari 60         String contentString = (String)ois.readObject();
2 26 Feb 07 jari 61         this.content = new JTextPane();
2 26 Feb 07 jari 62         this.content.setContentType("text/html");
2 26 Feb 07 jari 63         this.content.setEditable(false);
2 26 Feb 07 jari 64         this.content.setMargin(new Insets(0, 10, 0, 0));
2 26 Feb 07 jari 65         this.content.setText(contentString);
2 26 Feb 07 jari 66         this.content.setCaretPosition(0);
2 26 Feb 07 jari 67     }
2 26 Feb 07 jari 68    
2 26 Feb 07 jari 69     /**
2 26 Feb 07 jari 70      * Returns component to be inserted into the framework scroll pane.
2 26 Feb 07 jari 71      */
2 26 Feb 07 jari 72     public JComponent getContentComponent() {
2 26 Feb 07 jari 73         return content;
2 26 Feb 07 jari 74     }
2 26 Feb 07 jari 75     
2 26 Feb 07 jari 76     /**
2 26 Feb 07 jari 77      * Returns the viewer header.
2 26 Feb 07 jari 78      */
2 26 Feb 07 jari 79     public JComponent getHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 80         return header;
2 26 Feb 07 jari 81     }
2 26 Feb 07 jari 82     
2 26 Feb 07 jari 83     /**
2 26 Feb 07 jari 84      * Creates the viewer header.
2 26 Feb 07 jari 85      */
2 26 Feb 07 jari 86     private JComponent createHeader() {
2 26 Feb 07 jari 87         JPanel panel = new JPanel(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 88         panel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 89         GridBagConstraints gbc = new GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 90         gbc.fill = GridBagConstraints.HORIZONTAL;
2 26 Feb 07 jari 91         gbc.insets = new Insets(10, 0, 10, 0);
2 26 Feb 07 jari 92         panel.add(new JLabel("<html><body bgcolor='#FFFFFF'><font face='serif' size='5' color='#000080'><b>Cluster Selection Information</b></font></body></html>"), gbc);
2 26 Feb 07 jari 93         return panel;
2 26 Feb 07 jari 94     }
2 26 Feb 07 jari 95     
2 26 Feb 07 jari 96     /**
2 26 Feb 07 jari 97      * Creates the viewer content component.
2 26 Feb 07 jari 98      */
2 26 Feb 07 jari 99     private JTextPane createContent(AlgorithmData algData) {
2 26 Feb 07 jari 100         
2 26 Feb 07 jari 101         String algName = algData.getParams().getString("name");
2 26 Feb 07 jari 102         int numOfDesiredClusters = algData.getParams().getInt("desired-cluster-count");
2 26 Feb 07 jari 103         String [] div = algData.getStringArray("diversity-value-array");
2 26 Feb 07 jari 104         String [] pop = algData.getStringArray("cluster-population-array");
2 26 Feb 07 jari 105         int popLimit = algData.getParams().getInt("minimum-cluster-size");
2 26 Feb 07 jari 106         
2 26 Feb 07 jari 107         JTextPane area = new JTextPane();
2 26 Feb 07 jari 108         area.setContentType("text/html");
2 26 Feb 07 jari 109         area.setEditable(false);
2 26 Feb 07 jari 110         area.setMargin(new Insets(0, 10, 0, 0));
2 26 Feb 07 jari 111         
2 26 Feb 07 jari 112         String text;
2 26 Feb 07 jari 113         
2 26 Feb 07 jari 114         int population;
2 26 Feb 07 jari 115         
2 26 Feb 07 jari 116         if(algName.equals("Diversity Ranking Cluster Selection")) {
2 26 Feb 07 jari 117             boolean useCentroid = algData.getParams().getBoolean("use-centroid-based-variability");
2 26 Feb 07 jari 118             
2 26 Feb 07 jari 119             text = "<html><body bgcolor='#FFFFFF'><font face='serif' size='5'>";
2 26 Feb 07 jari 120             text += "<br>Number of Desired Clusters: "+numOfDesiredClusters+"<br>";
2 26 Feb 07 jari 121             text += "Minimum Cluster Size (population): "+popLimit+"<br>";
2 26 Feb 07 jari 122             if(useCentroid)
2 26 Feb 07 jari 123                 text += "Diversity Measurement: Centroid Based Diversity (mean gene-to-centroid dist.)<br>";
2 26 Feb 07 jari 124             else
2 26 Feb 07 jari 125                 text += "Diversity Measurement: Intra-gene Based Diversity (mean gene-to-gene dist.)<br>";
2 26 Feb 07 jari 126             
2 26 Feb 07 jari 127             text += "<br><br>Note: Clusters are sorted by diversity.  Selected clusters are in <b>bold</b> type.<br>";
2 26 Feb 07 jari 128             
2 26 Feb 07 jari 129             
2 26 Feb 07 jari 130             text += "<table cellpadding=10><th><u>Div. Rank</u></th><th><u>Diversity</u></th><th><u>Population</u></td>";
2 26 Feb 07 jari 131             int clusterCount = 0;
2 26 Feb 07 jari 132             for(int i = 0; i < div.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 133                 population = Integer.parseInt(pop[i]);
2 26 Feb 07 jari 134                 if(population >= popLimit && clusterCount < numOfDesiredClusters) {
2 26 Feb 07 jari 135                     text += "<tr align=center><td><b>"+(i+1)+"</b></td><td><b>"+div[i]+"</b></td><td><b>"+pop[i]+"</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 136                     clusterCount++;
2 26 Feb 07 jari 137                 }
2 26 Feb 07 jari 138                 else
2 26 Feb 07 jari 139                     text += "<tr align=center><td>"+(i+1)+"</td><td>"+div[i]+"</td><td>"+pop[i]+"</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 140             }
2 26 Feb 07 jari 141                 text += "</table></body></html>";
2 26 Feb 07 jari 142         } else {
2 26 Feb 07 jari 143             boolean useVariance = algData.getParams().getBoolean("use-centroid-variance");
2 26 Feb 07 jari 144             
2 26 Feb 07 jari 145             text = "<html><body bgcolor='#FFFFFF'><font face='serif' size='5'>";
2 26 Feb 07 jari 146             text += "<br>Number of Desired Clusters: "+numOfDesiredClusters+"<br>";
2 26 Feb 07 jari 147             text += "Minimum Cluster Size (population): "+popLimit+"<br>";
2 26 Feb 07 jari 148             if(useVariance) {
2 26 Feb 07 jari 149                 text += "Selection Criteria: Centroid Variance<br>";
2 26 Feb 07 jari 150                 text += "<br><br>Note: Clusters are sorted by decreasing variance.  Selected clusters are in <b>bold</b> type.<br>";
2 26 Feb 07 jari 151             text += "<table cellpadding=10><th><u>Var. Rank</u></th><th><u>Variance</u></th><th><u>Population</u></td>";
2 26 Feb 07 jari 152             } else {
2 26 Feb 07 jari 153                 text += "Selection Criteria: Centroid Entropy<br>";            
2 26 Feb 07 jari 154                 text += "<br><br>Note: Clusters are sorted by decreasing entropy.  Selected clusters are in <b>bold</b> type.<br>";
2 26 Feb 07 jari 155             text += "<table cellpadding=10><th><u>Entropy Rank</u></th><th><u>Entropy</u></th><th><u>Population</u></td>";
2 26 Feb 07 jari 156             }
2 26 Feb 07 jari 157             
2 26 Feb 07 jari 158             int clusterCount = 0;
2 26 Feb 07 jari 159             for(int i = 0; i < div.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 160                 population = Integer.parseInt(pop[i]);
2 26 Feb 07 jari 161                 if(population >= popLimit && clusterCount < numOfDesiredClusters) {
2 26 Feb 07 jari 162                     text += "<tr align=center><td><b>"+(i+1)+"</b></td><td><b>"+div[i]+"</b></td><td><b>"+pop[i]+"</b></td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 163                     clusterCount++;
2 26 Feb 07 jari 164                 }
2 26 Feb 07 jari 165                 else
2 26 Feb 07 jari 166                     text += "<tr align=center><td>"+(i+1)+"</td><td>"+div[i]+"</td><td>"+pop[i]+"</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 167             }
2 26 Feb 07 jari 168             text += "</table></body></html>";
2 26 Feb 07 jari 169         }
2 26 Feb 07 jari 170         
2 26 Feb 07 jari 171         area.setText(text);
2 26 Feb 07 jari 172         area.setCaretPosition(0);
2 26 Feb 07 jari 173         return area;
2 26 Feb 07 jari 174     }
2 26 Feb 07 jari 175     
2 26 Feb 07 jari 176     /**
2 26 Feb 07 jari 177      * Synchronize content and header sizes.
2 26 Feb 07 jari 178      */
2 26 Feb 07 jari 179     private void setMaxWidth(JComponent content, JComponent header) {
2 26 Feb 07 jari 180         int c_width = content.getPreferredSize().width;
2 26 Feb 07 jari 181         int h_width = header.getPreferredSize().width;
2 26 Feb 07 jari 182         if (c_width > h_width) {
2 26 Feb 07 jari 183             header.setPreferredSize(new Dimension(c_width, header.getPreferredSize().height));
2 26 Feb 07 jari 184         } else {
2 26 Feb 07 jari 185             content.setPreferredSize(new Dimension(h_width, content.getPreferredSize().height));
2 26 Feb 07 jari 186         }
2 26 Feb 07 jari 187     }
2 26 Feb 07 jari 188     
2 26 Feb 07 jari 189     /** Returns a component to be inserted into the scroll pane row header
2 26 Feb 07 jari 190      */
2 26 Feb 07 jari 191     public JComponent getRowHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 192         return null;
2 26 Feb 07 jari 193     }
2 26 Feb 07 jari 194     
2 26 Feb 07 jari 195 }

Generated on Thu Jul 20 09:30:31 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)