mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/script/scriptGUI/ScriptExperimentCentroidViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: ScriptExperimentCentroidViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.3 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2005/03/10 15:39:55 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: braistedj $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.script.scriptGUI;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 22
2 26 Feb 07 jari 23 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 24 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterCentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 26
2 26 Feb 07 jari 27 public class ScriptExperimentCentroidViewer extends ExperimentClusterCentroidViewer {
2 26 Feb 07 jari 28     
2 26 Feb 07 jari 29     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 30     
2 26 Feb 07 jari 31     /**
2 26 Feb 07 jari 32      * Construct a <code>KMCCentroidViewer</code> with specified experiment
2 26 Feb 07 jari 33      * and clusters.
2 26 Feb 07 jari 34      */
2 26 Feb 07 jari 35     public ScriptExperimentCentroidViewer(Experiment experiment, int[][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 36         super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 37         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 38         this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 39         getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 40     }
2 26 Feb 07 jari 41     
2 26 Feb 07 jari 42     
2 26 Feb 07 jari 43     private void writeObject(java.io.ObjectOutputStream oos) throws java.io.IOException { }
2 26 Feb 07 jari 44     
2 26 Feb 07 jari 45     private void readObject(java.io.ObjectInputStream ois) throws java.io.IOException, ClassNotFoundException {
2 26 Feb 07 jari 46         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 47         this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 48         getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 49     }
2 26 Feb 07 jari 50     
2 26 Feb 07 jari 51
2 26 Feb 07 jari 52     /**
2 26 Feb 07 jari 53      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 54      */
2 26 Feb 07 jari 55     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 56         JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 57         addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 58         return popup;
2 26 Feb 07 jari 59     }
2 26 Feb 07 jari 60     
2 26 Feb 07 jari 61     
2 26 Feb 07 jari 62     /**
2 26 Feb 07 jari 63      * Saves all clusters.
2 26 Feb 07 jari 64      */
2 26 Feb 07 jari 65     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 66         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 67         try {
2 26 Feb 07 jari 68             ExperimentUtil.saveAllExperimentClusters(frame, getExperiment(), getData(), getClusters());
2 26 Feb 07 jari 69         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 70             JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save clusters!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 71             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 72         }
2 26 Feb 07 jari 73     }
2 26 Feb 07 jari 74     
2 26 Feb 07 jari 75     /**
2 26 Feb 07 jari 76      * Save the viewer cluster.
2 26 Feb 07 jari 77      */
2 26 Feb 07 jari 78     private void onSaveCluster() {
2 26 Feb 07 jari 79         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 80         try {
2 26 Feb 07 jari 81             ExperimentUtil.saveExperimentCluster(frame, getExperiment(), getData(), getCluster());
2 26 Feb 07 jari 82         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 83             JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 84             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 85         }
2 26 Feb 07 jari 86     }
2 26 Feb 07 jari 87     
2 26 Feb 07 jari 88     /**
2 26 Feb 07 jari 89      * Sets a public color.
2 26 Feb 07 jari 90      */
2 26 Feb 07 jari 91     //    private void onSetColor() {
2 26 Feb 07 jari 92     //  Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 93     //  Color newColor = JColorChooser.showDialog(frame, "Choose color", DEF_CLUSTER_COLOR);
2 26 Feb 07 jari 94     //  if (newColor != null) {
2 26 Feb 07 jari 95     //      setClusterColor(newColor);
2 26 Feb 07 jari 96     ////  }
2 26 Feb 07 jari 97     //    }
2 26 Feb 07 jari 98     
2 26 Feb 07 jari 99     /**
2 26 Feb 07 jari 100      * Removes a public color.
2 26 Feb 07 jari 101      */
2 26 Feb 07 jari 102     private void onSetDefaultColor() {
2 26 Feb 07 jari 103         setClusterColor(null);
2 26 Feb 07 jari 104     }
2 26 Feb 07 jari 105     
2 26 Feb 07 jari 106     /**
2 26 Feb 07 jari 107      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 108      */
2 26 Feb 07 jari 109     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 110         
2 26 Feb 07 jari 111         public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 112             String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 113             if (command.equals(SAVE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 114                 onSaveCluster();
2 26 Feb 07 jari 115             } else if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 116                 onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 117             } else if (command.equals(STORE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 118                 storeCluster();
2 26 Feb 07 jari 119             } else if (command.equals(SET_DEF_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 120                 onSetDefaultColor();
2 26 Feb 07 jari 121             } else if(command.equals(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 122                 yRangeOption = ExperimentClusterCentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX;
2 26 Feb 07 jari 123                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 124                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 125                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 126             } else if(command.equals(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 127                 yRangeOption = ExperimentClusterCentroidViewer.USE_CLUSTER_MAX;
2 26 Feb 07 jari 128                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 129                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 130                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 131             } else if(command.equals(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 132                 launchNewSession();
2 26 Feb 07 jari 133             }
2 26 Feb 07 jari 134             
2 26 Feb 07 jari 135         }
2 26 Feb 07 jari 136         
2 26 Feb 07 jari 137         public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 138             maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 139         }
2 26 Feb 07 jari 140         
2 26 Feb 07 jari 141         public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 142             maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 143         }
2 26 Feb 07 jari 144         
2 26 Feb 07 jari 145         private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 146             if (!e.isPopupTrigger() || getCluster() == null || getCluster().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 147                 return;
2 26 Feb 07 jari 148             }
2 26 Feb 07 jari 149             popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 150         }
2 26 Feb 07 jari 151     }
2 26 Feb 07 jari 152     
2 26 Feb 07 jari 153 }
2 26 Feb 07 jari 154

Generated on Thu Jul 20 09:30:32 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)