mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/script/scriptGUI/ScriptExperimentCentroidsViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: ScriptExperimentCentroidsViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.3 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2005/03/10 15:39:55 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: braistedj $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.script.scriptGUI;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 import javax.swing.JMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 23
2 26 Feb 07 jari 24 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterCentroidsViewer;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 28 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.GUIFactory;
2 26 Feb 07 jari 29
2 26 Feb 07 jari 30 public class ScriptExperimentCentroidsViewer extends ExperimentClusterCentroidsViewer {
2 26 Feb 07 jari 31     
2 26 Feb 07 jari 32     private static final String SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD = "save-all-clusters-cmd";
2 26 Feb 07 jari 33     private static final String SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD = "set-y-to-exp-max-cmd";
2 26 Feb 07 jari 34     private static final String SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD = "set-y-to-cluster-max-cmd";
2 26 Feb 07 jari 35     
2 26 Feb 07 jari 36     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 37     private JMenuItem setOverallMaxMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 38     private JMenuItem setClusterMaxMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 39     
2 26 Feb 07 jari 40     /**
2 26 Feb 07 jari 41      * Constructs a <code>KMCCentroidsViewer</code> for specified experiment
2 26 Feb 07 jari 42      * and clusters.
2 26 Feb 07 jari 43      */
2 26 Feb 07 jari 44     public ScriptExperimentCentroidsViewer(Experiment experiment, int[][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 45         super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 46         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 47         this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 48         getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 49     }
2 26 Feb 07 jari 50     
2 26 Feb 07 jari 51     
2 26 Feb 07 jari 52     private void writeObject(java.io.ObjectOutputStream oos) throws java.io.IOException { }
2 26 Feb 07 jari 53     
2 26 Feb 07 jari 54     private void readObject(java.io.ObjectInputStream ois) throws java.io.IOException, ClassNotFoundException {
2 26 Feb 07 jari 55         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 56         this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 57         getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 58     }
2 26 Feb 07 jari 59     
2 26 Feb 07 jari 60     /**
2 26 Feb 07 jari 61      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 62      */
2 26 Feb 07 jari 63     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 64         JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 65         addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 66         return popup;
2 26 Feb 07 jari 67     }
2 26 Feb 07 jari 68     
2 26 Feb 07 jari 69     /**
2 26 Feb 07 jari 70      * Adds the viewer specific menu items.
2 26 Feb 07 jari 71      */
2 26 Feb 07 jari 72     private void addMenuItems(JPopupMenu menu, Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 73         JMenuItem menuItem;
2 26 Feb 07 jari 74         menuItem = new JMenuItem("Save all clusters", GUIFactory.getIcon("save16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 75         menuItem.setActionCommand(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD);
2 26 Feb 07 jari 76         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 77         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 78         
2 26 Feb 07 jari 79         setOverallMaxMenuItem = new JMenuItem("Set Y to overall max...", GUIFactory.getIcon("Y_range_expand.gif"));
2 26 Feb 07 jari 80         setOverallMaxMenuItem.setActionCommand(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD);
2 26 Feb 07 jari 81         setOverallMaxMenuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 82         setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 83         menu.add(setOverallMaxMenuItem);
2 26 Feb 07 jari 84         
2 26 Feb 07 jari 85         setClusterMaxMenuItem = new JMenuItem("Set Y to cluster max...", GUIFactory.getIcon("Y_range_expand.gif"));
2 26 Feb 07 jari 86         setClusterMaxMenuItem.setActionCommand(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD);
2 26 Feb 07 jari 87         setClusterMaxMenuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 88         menu.add(setClusterMaxMenuItem);
2 26 Feb 07 jari 89     }
2 26 Feb 07 jari 90     
2 26 Feb 07 jari 91     /**
2 26 Feb 07 jari 92      * Saves all clusters.
2 26 Feb 07 jari 93      */
2 26 Feb 07 jari 94     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 95         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 96         try {
2 26 Feb 07 jari 97             ExperimentUtil.saveAllExperimentClusters(frame, getExperiment(), getData(), getClusters());
2 26 Feb 07 jari 98         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 99             JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 100             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 101         }
2 26 Feb 07 jari 102     }
2 26 Feb 07 jari 103     
2 26 Feb 07 jari 104     /**
2 26 Feb 07 jari 105      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 106      */
2 26 Feb 07 jari 107     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 108         
2 26 Feb 07 jari 109         public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 110             String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 111             if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 112                 onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 113             } else if(command.equals(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 114                 setAllYRanges(CentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX);
2 26 Feb 07 jari 115                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 116                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 117                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 118             } else if(command.equals(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 119                 setAllYRanges(CentroidViewer.USE_CLUSTER_MAX);
2 26 Feb 07 jari 120                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 121                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 122                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 123             }
2 26 Feb 07 jari 124         }
2 26 Feb 07 jari 125         
2 26 Feb 07 jari 126         private void setAllYRanges(int yRangeOption){
2 26 Feb 07 jari 127             int numClusters = getClusters().length;
2 26 Feb 07 jari 128             for(int i = 0; i < numClusters; i++){
2 26 Feb 07 jari 129                 centroidViewer.setClusterIndex(i);
2 26 Feb 07 jari 130                 centroidViewer.setYRangeOption(yRangeOption);
2 26 Feb 07 jari 131             }
2 26 Feb 07 jari 132         }
2 26 Feb 07 jari 133         
2 26 Feb 07 jari 134         public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 135             maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 136         }
2 26 Feb 07 jari 137         
2 26 Feb 07 jari 138         public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 139             maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 140         }
2 26 Feb 07 jari 141         
2 26 Feb 07 jari 142         private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 143             if (!e.isPopupTrigger()) {
2 26 Feb 07 jari 144                 return;
2 26 Feb 07 jari 145             }
2 26 Feb 07 jari 146             popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 147         }
2 26 Feb 07 jari 148     }
2 26 Feb 07 jari 149 }
2 26 Feb 07 jari 150

Generated on Thu Jul 20 09:30:32 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)