mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/script/util/ScriptConstants.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2004, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * ScriptConstants.java
2 26 Feb 07 jari 7  *
2 26 Feb 07 jari 8  * Created on March 4, 2004, 11:09 AM
2 26 Feb 07 jari 9  */
2 26 Feb 07 jari 10
2 26 Feb 07 jari 11 package org.tigr.microarray.mev.script.util;
2 26 Feb 07 jari 12
2 26 Feb 07 jari 13 /** ScriptConstants contains primary constants used under the
2 26 Feb 07 jari 14  * scripting packages.
2 26 Feb 07 jari 15  * @author braisted
2 26 Feb 07 jari 16  */
2 26 Feb 07 jari 17 public class ScriptConstants {
2 26 Feb 07 jari 18     
2 26 Feb 07 jari 19     //need to modify to 
2 26 Feb 07 jari 20     /** Current document type string.
2 26 Feb 07 jari 21      */    
2 26 Feb 07 jari 22     public static final String DOCTYPE_STRING = "<!DOCTYPE TM4ML SYSTEM " +
2 26 Feb 07 jari 23               "\"mev_script_dtd.dtd\">";
2 26 Feb 07 jari 24     
2 26 Feb 07 jari 25     //cluster types
2 26 Feb 07 jari 26     public static final int CLUSTER_TYPE_GENE = 0;  
2 26 Feb 07 jari 27     public static final int CLUSTER_TYPE_EXPERIMENT = 1;
2 26 Feb 07 jari 28     
2 26 Feb 07 jari 29     //Algorithm types  
2 26 Feb 07 jari 30     public static final String ALGORITHM_TYPE_CLUSTER = "cluster";    
2 26 Feb 07 jari 31     public static final String ALGORITHM_TYPE_CLUSTER_GENES = "cluster-genes";    
2 26 Feb 07 jari 32     public static final String ALGORITHM_TYPE_CLUSTER_EXPERIMENTS = "cluster-experiments";
2 26 Feb 07 jari 33     public static final String ALGORITHM_TYPE_CLUSTER_SELECTION = "cluster-selection";
2 26 Feb 07 jari 34     public static final String ALGORITHM_TYPE_GENE_CLUSTER_SELECTION = "gene-cluster-selection";
2 26 Feb 07 jari 35     public static final String ALGORITHM_TYPE_EXPERIMENT_CLUSTER_SELECTION = "experiment-cluster-selection";
2 26 Feb 07 jari 36     public static final String ALGORITHM_TYPE_ADJUSTMENT = "data-adjustment";
2 26 Feb 07 jari 37     public static final String ALGORITHM_TYPE_NORMALIZATION = "data-normalization";
2 26 Feb 07 jari 38     public static final String ALGORITHM_TYPE_VISUALIZATION = "data-visualization";
2 26 Feb 07 jari 39     
2 26 Feb 07 jari 40     //Ouput data classes
2 26 Feb 07 jari 41     public static final String OUTPUT_DATA_CLASS_SINGLE_OUTPUT = "single-output";    
2 26 Feb 07 jari 42     public static final String OUTPUT_DATA_CLASS_MULTICLUSTER_OUTPUT = "multi-cluster-output";
2 26 Feb 07 jari 43     public static final String OUTPUT_DATA_CLASS_GENE_MULTICLUSTER_OUTPUT = "multi-gene-cluster-output";
2 26 Feb 07 jari 44     public static final String OUTPUT_DATA_CLASS_EXPERIMENT_MULTICLUSTER_OUTPUT = "multi-experiment-cluster-output";
2 26 Feb 07 jari 45     public static final String OUTPUT_DATA_CLASS_PARTITION_OUTPUT = "partition-output";
2 26 Feb 07 jari 46     public static final String OUTPUT_DATA_CLASS_CLUSTER_SELECTION_OUTPUT = "cluster-selection-output";
2 26 Feb 07 jari 47
2 26 Feb 07 jari 48     public static final String MEV_COMMENT_INDENT = "            ";    
2 26 Feb 07 jari 49
2 26 Feb 07 jari 50     //primary input data types
2 26 Feb 07 jari 51     private static final String INPUT_DATA_TYPE_MEV = "mev";
2 26 Feb 07 jari 52     private static final String INPUT_DATA_TYPE_TAV = "tav";
2 26 Feb 07 jari 53     private static final String INPUT_DATA_TYPE_TDMS = "tab-delimited-mulitple-sample";
2 26 Feb 07 jari 54     private static final String INPUT_DATA_TYPE_GENEPIX = "gpr";
2 26 Feb 07 jari 55     private static final String INPUT_DATA_TYPE_AFFY_ABS = "affy-abs";
2 26 Feb 07 jari 56     private static final String INPUT_DATA_TYPE_AFFY_REF = "affy-ref";
2 26 Feb 07 jari 57     private static final String INPUT_DATA_TYPE_AFFY_MEAN = "affy-mean";
2 26 Feb 07 jari 58     
2 26 Feb 07 jari 59     //primary inpt file types
2 26 Feb 07 jari 60     private static final String INPUT_FILE_TYPE_DATA = "data-file";
2 26 Feb 07 jari 61     private static final String INPUT_FILE_ANNOT_DATA = "data-file";
2 26 Feb 07 jari 62     private static final String INPUT_FILE_PREFERENCE_DATA = "preference-file";
2 26 Feb 07 jari 63
2 26 Feb 07 jari 64     //output modes
2 26 Feb 07 jari 65     public static final int SCRIPT_OUTPUT_MODE_INTERNAL_OUTPUT = 0;
2 26 Feb 07 jari 66     public static final int SCRIPT_OUTPUT_MODE_FILE_OUTPUT = 1;
2 26 Feb 07 jari 67     public static final int SCRIPT_OUTPUT_MODE_EXTERNAL_OUTPUT = 2;
2 26 Feb 07 jari 68     
2 26 Feb 07 jari 69     //adjustement constants 
2 26 Feb 07 jari 70     //'spots'
2 26 Feb 07 jari 71     private static final int ADJUSTMENT_NORM_SPOTS = 101;
2 26 Feb 07 jari 72     private static final int ADJUSTMENT_DIV_SPOTS_RMS = 102;
2 26 Feb 07 jari 73     private static final int ADJUSTMENT_DIV_SPOTS_SD = 103;
2 26 Feb 07 jari 74     private static final int ADJUSTMENT_SPOTS_MEAN_CENTER = 104;
2 26 Feb 07 jari 75     private static final int ADJUSTMENT_SPOTS_MEDIANN_CENTER = 105;
2 26 Feb 07 jari 76     private static final int ADJUSTMENT_SPOTS_DIGITAL = 106;
2 26 Feb 07 jari 77
2 26 Feb 07 jari 78     //'Exp'
2 26 Feb 07 jari 79     private static final int ADJUSTMENT_NORM_EXPS = 201;
2 26 Feb 07 jari 80     private static final int ADJUSTMENT_DIV_EXPS_RMS = 202;
2 26 Feb 07 jari 81     private static final int ADJUSTMENT_DIV_EXPS_SD = 203;
2 26 Feb 07 jari 82     private static final int ADJUSTMENT_EXPS_MEAN_CENTER = 204;
2 26 Feb 07 jari 83     private static final int ADJUSTMENT_EXPS_MEDIANN_CENTER = 205;
2 26 Feb 07 jari 84     private static final int ADJUSTMENT_EXPS_DIGITAL = 206;
2 26 Feb 07 jari 85     
2 26 Feb 07 jari 86     //Cutoff / Filtering constants
2 26 Feb 07 jari 87     private static final int ADJUSTMENT_EXP_PERCENT_CUTOFF = 301;
2 26 Feb 07 jari 88     private static final int ADJUSTMENT_EXP_LOWER_CUTOFF = 302;
2 26 Feb 07 jari 89     
2 26 Feb 07 jari 90     public String [] getAttributeNames (String ElementType) {
2 26 Feb 07 jari 91         return null;
2 26 Feb 07 jari 92     }
2 26 Feb 07 jari 93 }

Generated on Thu Jul 20 09:30:40 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)