mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/script/util/ScriptDataTransformer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2004, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * ScriptDataTransformer.java
2 26 Feb 07 jari 7  *
2 26 Feb 07 jari 8  * Created on March 26, 2004, 10:24 AM
2 26 Feb 07 jari 9  */
2 26 Feb 07 jari 10
2 26 Feb 07 jari 11 package org.tigr.microarray.mev.script.util;
2 26 Feb 07 jari 12
2 26 Feb 07 jari 13 import java.util.Arrays;
2 26 Feb 07 jari 14 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 15
2 26 Feb 07 jari 16 import org.tigr.microarray.mev.DetectionFilter;
2 26 Feb 07 jari 17 import org.tigr.microarray.mev.FoldFilter;
2 26 Feb 07 jari 18 import org.tigr.microarray.mev.ISlideData;
2 26 Feb 07 jari 19 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmData;
2 26 Feb 07 jari 20 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmParameters;
2 26 Feb 07 jari 21 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.impl.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 22 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 23 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 24 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IFramework;
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.util.Adjustment;
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.util.FloatMatrix;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.util.QSort;
2 26 Feb 07 jari 28
2 26 Feb 07 jari 29
2 26 Feb 07 jari 30 /** The ScriptDataTransformer class supports script execution by providing
2 26 Feb 07 jari 31  * methods to produce new Experiment objects with trimmed gene or experiment
2 26 Feb 07 jari 32  * lists representing results from scripting algorithms.  The class also handles
2 26 Feb 07 jari 33  * the execution of all Adjustment class algorithms and all of the Cluster Selection
2 26 Feb 07 jari 34  * class algorithms.
2 26 Feb 07 jari 35  * @author braisted
2 26 Feb 07 jari 36  */
2 26 Feb 07 jari 37 public class ScriptDataTransformer {
2 26 Feb 07 jari 38     
2 26 Feb 07 jari 39     /** The base Experiment object to be modified by the transformer.
2 26 Feb 07 jari 40      */    
2 26 Feb 07 jari 41     private Experiment experiment;
2 26 Feb 07 jari 42     /** MeV's framework object.
2 26 Feb 07 jari 43      */    
2 26 Feb 07 jari 44     private IFramework framework;
2 26 Feb 07 jari 45     
2 26 Feb 07 jari 46     /** Creates a new instance of ScriptDataTransformer
2 26 Feb 07 jari 47      * @param experiment Experiment object, target of transformation
2 26 Feb 07 jari 48      * @param framework MeV IFramework
2 26 Feb 07 jari 49      */
2 26 Feb 07 jari 50     public ScriptDataTransformer(Experiment experiment, IFramework framework) {
2 26 Feb 07 jari 51         this.experiment = experiment.copy();
2 26 Feb 07 jari 52         this.framework = framework;
2 26 Feb 07 jari 53     }
2 26 Feb 07 jari 54     
2 26 Feb 07 jari 55     /** Transforms the Experiment object according to the AlgorithmData's parameter
2 26 Feb 07 jari 56      * set.  These transformations include processing of Adjustment class algorithms.
2 26 Feb 07 jari 57      * @param data AlgorithmData holding the parameters used of a transformation.
2 26 Feb 07 jari 58      * @return
2 26 Feb 07 jari 59      */    
2 26 Feb 07 jari 60     public Experiment transformData(AlgorithmData data) {
2 26 Feb 07 jari 61         AlgorithmParameters params = data.getParams();
2 26 Feb 07 jari 62    
2 26 Feb 07 jari 63         String algName = params.getString("name");
2 26 Feb 07 jari 64
2 26 Feb 07 jari 65         if(algName == null)
2 26 Feb 07 jari 66             return null;
2 26 Feb 07 jari 67         
2 26 Feb 07 jari 68         if(algName.equals("Percentage Cutoff")) {
2 26 Feb 07 jari 69             float percent = params.getFloat("percent-cutoff");
2 26 Feb 07 jari 70             experiment = createPercentCutoffExperiment(percent);
2 26 Feb 07 jari 71         } else if (algName.equals("Lower Cutoff")) {
2 26 Feb 07 jari 72             float cy3Cutoff = params.getFloat("cy3-lower-cutoff");
2 26 Feb 07 jari 73             float cy5Cutoff = params.getFloat("cy5-lower-cutoff");
2 26 Feb 07 jari 74             //create gene list where all must excede limits
2 26 Feb 07 jari 75             
2 26 Feb 07 jari 76         } else if(algName.equals("Affy Detection Filter")) {
2 26 Feb 07 jari 77             experiment = applyAffyDetectionFilter(data);
2 26 Feb 07 jari 78         } else if(algName.equals("Affy Fold Filter")) {
2 26 Feb 07 jari 79             experiment = applyAffyFoldFilter(data);
2 26 Feb 07 jari 80         } else if(algName.equals("Normalize Spots")) {
2 26 Feb 07 jari 81             Adjustment.normalizeSpots(experiment.getMatrix());
2 26 Feb 07 jari 82         } else if(algName.equals("Divide Spots by RMS")) {
2 26 Feb 07 jari 83             Adjustment.divideSpotsRMS(experiment.getMatrix());
2 26 Feb 07 jari 84         } else if(algName.equals("Divide Spots by SD")) {
2 26 Feb 07 jari 85             Adjustment.divideSpotsSD(experiment.getMatrix());
2 26 Feb 07 jari 86         } else if(algName.equals("Mean Center Spots")) {
2 26 Feb 07 jari 87             Adjustment.meanCenterSpots(experiment.getMatrix());
2 26 Feb 07 jari 88         } else if(algName.equals("Median Center Spots")) {
2 26 Feb 07 jari 89             Adjustment.medianCenterSpots(experiment.getMatrix());
2 26 Feb 07 jari 90         } else if(algName.equals("Digital Spots")) {
2 26 Feb 07 jari 91             Adjustment.digitalSpots(experiment.getMatrix());
2 26 Feb 07 jari 92         } else if(algName.equals("Normalize Experiments")) {
2 26 Feb 07 jari 93             Adjustment.normalizeExperiments(experiment.getMatrix());
2 26 Feb 07 jari 94         } else if(algName.equals("Divide Experiments by RMS")) {
2 26 Feb 07 jari 95             Adjustment.divideExperimentsRMS(experiment.getMatrix());
2 26 Feb 07 jari 96         } else if(algName.equals("Divide Experiments by SD")) {
2 26 Feb 07 jari 97             Adjustment.divideExperimentsSD(experiment.getMatrix());
2 26 Feb 07 jari 98         } else if(algName.equals("Mean Center Experiments")) {
2 26 Feb 07 jari 99             Adjustment.meanCenterExperiments(experiment.getMatrix());
2 26 Feb 07 jari 100         } else if(algName.equals("Median Center Experiments")) {
2 26 Feb 07 jari 101             Adjustment.medianCenterExperiments(experiment.getMatrix());
2 26 Feb 07 jari 102         } else if(algName.equals("Digital Experiments")) {
2 26 Feb 07 jari 103             Adjustment.digitalExperiments(experiment.getMatrix());
2 26 Feb 07 jari 104         }
2 26 Feb 07 jari 105         return experiment;
2 26 Feb 07 jari 106     }
2 26 Feb 07 jari 107     
2 26 Feb 07 jari 108     
2 26 Feb 07 jari 109     /** Creates a new experiment based on cut-off criteria (%).  Genes are retained
2 26 Feb 07 jari 110      * if they have more than the criteria % of valid expression values over the
2 26 Feb 07 jari 111      * loaded samples.
2 26 Feb 07 jari 112      * @param percent Percentage criteria.
2 26 Feb 07 jari 113      * @return
2 26 Feb 07 jari 114      */    
2 26 Feb 07 jari 115     private Experiment createPercentCutoffExperiment(float percent) {
2 26 Feb 07 jari 116        
2 26 Feb 07 jari 117         FloatMatrix fm = experiment.getMatrix();
2 26 Feb 07 jari 118         int [] origRowMap = experiment.getRowMappingArrayCopy();
2 26 Feb 07 jari 119         int colCount = fm.getColumnDimension();
2 26 Feb 07 jari 120         int validExperimentCount = (int) (colCount * (percent/100f));
2 26 Feb 07 jari 121         boolean [] isValid = new boolean[fm.getRowDimension()];
2 26 Feb 07 jari 122         int cnt;
2 26 Feb 07 jari 123         int validCount = 0;
2 26 Feb 07 jari 124         
2 26 Feb 07 jari 125         //validate genes
2 26 Feb 07 jari 126         for(int i = 0; i < isValid.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 127             cnt = 0;
2 26 Feb 07 jari 128             for(int j = 0; j < colCount; j++) {
2 26 Feb 07 jari 129                 if(!Float.isNaN(fm.A[i][j]))
2 26 Feb 07 jari 130                     cnt++;
2 26 Feb 07 jari 131                 if(cnt > validExperimentCount) {
2 26 Feb 07 jari 132                     isValid[i] = true;
2 26 Feb 07 jari 133                     validCount++;
2 26 Feb 07 jari 134                     break;
2 26 Feb 07 jari 135                 }
2 26 Feb 07 jari 136             }
2 26 Feb 07 jari 137         }
2 26 Feb 07 jari 138         
2 26 Feb 07 jari 139         float [][] matrix = new float[validCount][colCount];
2 26 Feb 07 jari 140         int [] newRowMap = new int[validCount];
2 26 Feb 07 jari 141         int currRow = 0;
2 26 Feb 07 jari 142         
2 26 Feb 07 jari 143         for(int i = 0; i < fm.A.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 144             if(isValid[i]) {
2 26 Feb 07 jari 145                 newRowMap[currRow] = origRowMap[i];
2 26 Feb 07 jari 146                 for(int j = 0; j < colCount; j++) {
2 26 Feb 07 jari 147                     matrix[currRow][j] = fm.A[i][j];
2 26 Feb 07 jari 148                 }
2 26 Feb 07 jari 149                 currRow++;
2 26 Feb 07 jari 150             }
2 26 Feb 07 jari 151         }
2 26 Feb 07 jari 152         
2 26 Feb 07 jari 153         return new Experiment(new FloatMatrix(matrix), experiment.getColumnIndicesCopy(), newRowMap);
2 26 Feb 07 jari 154     }
2 26 Feb 07 jari 155     
2 26 Feb 07 jari 156     
2 26 Feb 07 jari 157     /** Trims the experiment based on index list.  Boolean value indicates if
2 26 Feb 07 jari 158      * its a gene or experment trim.
2 26 Feb 07 jari 159      * @param indices Element indices to retain
2 26 Feb 07 jari 160      * @param geneCut if true genes will be trimmed, else experiments will be trimmed
2 26 Feb 07 jari 161      * @return
2 26 Feb 07 jari 162      */    
2 26 Feb 07 jari 163     public Experiment getTrimmedExperiment(int [] indices, boolean geneCut) {
2 26 Feb 07 jari 164         if(geneCut)
2 26 Feb 07 jari 165             return getReducedExperiment_GeneReduction(indices);
2 26 Feb 07 jari 166         return getReducedExperiment_ExperimentReduction(indices);
2 26 Feb 07 jari 167     }
2 26 Feb 07 jari 168     
2 26 Feb 07 jari 169     
2 26 Feb 07 jari 170     /** Specifically trims genes based on passed indices which are to be
2 26 Feb 07 jari 171      * retained.
2 26 Feb 07 jari 172      * @param indices Gene indices to retain
2 26 Feb 07 jari 173      * @return
2 26 Feb 07 jari 174      */    
2 26 Feb 07 jari 175     private Experiment getReducedExperiment_GeneReduction(int [] indices) {
2 26 Feb 07 jari 176         FloatMatrix fm = experiment.getMatrix();
2 26 Feb 07 jari 177         int [] origRowMap = experiment.getRowMappingArrayCopy();
2 26 Feb 07 jari 178         int colCount = fm.getColumnDimension();
2 26 Feb 07 jari 179         float [][] matrix = new float[indices.length][colCount];
2 26 Feb 07 jari 180         int [] newRowMap = new int[indices.length];
2 26 Feb 07 jari 181         int currRow = 0;
2 26 Feb 07 jari 182         
2 26 Feb 07 jari 183         int dataRow = 0;
2 26 Feb 07 jari 184         for(int i = 0; i < indices.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 185             dataRow = origRowMap[indices[i]];
2 26 Feb 07 jari 186             newRowMap[i] = dataRow;
2 26 Feb 07 jari 187             for(int j = 0; j < colCount; j++) {
2 26 Feb 07 jari 188                 matrix[i][j] = fm.A[indices[i]][j];
2 26 Feb 07 jari 189             }
2 26 Feb 07 jari 190         }
2 26 Feb 07 jari 191         return new Experiment(new FloatMatrix(matrix), experiment.getColumnIndicesCopy(), newRowMap);
2 26 Feb 07 jari 192     }
2 26 Feb 07 jari 193     
2 26 Feb 07 jari 194     /** Trims experiments based on indices to retain
2 26 Feb 07 jari 195      * @param colIndices Experiment indicies to retain
2 26 Feb 07 jari 196      * @return
2 26 Feb 07 jari 197      */    
2 26 Feb 07 jari 198     private Experiment getReducedExperiment_ExperimentReduction(int [] colIndices) {
2 26 Feb 07 jari 199         FloatMatrix fm = experiment.getMatrix();
2 26 Feb 07 jari 200         int rowCount = fm.getRowDimension();
2 26 Feb 07 jari 201         float [][] matrix = new float[rowCount][colIndices.length];
2 26 Feb 07 jari 202         
2 26 Feb 07 jari 203         for(int i = 0; i < rowCount; i++) {
2 26 Feb 07 jari 204             for(int j = 0; j < colIndices.length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 205                 matrix[i][j] = fm.A[i][colIndices[j]];
2 26 Feb 07 jari 206             }
2 26 Feb 07 jari 207         }
2 26 Feb 07 jari 208         return new Experiment(new FloatMatrix(matrix), colIndices, experiment.getRowMappingArrayCopy());
2 26 Feb 07 jari 209     }
2 26 Feb 07 jari 210     
2 26 Feb 07 jari 211     /** This is the main support for cluster selection class algorithms.
2 26 Feb 07 jari 212      * The resulting indices represent the selected clusters and the
2 26 Feb 07 jari 213      * AlgorithmData passed in is augmented with values upon which the
2 26 Feb 07 jari 214      * selection was based, e.g. calculated cluter diversities or
2 26 Feb 07 jari 215      * centroid varibilities.  Note tht the input AlgorithmData indicates
2 26 Feb 07 jari 216      * the selection algorithm and parameters as well as the critical boolean
2 26 Feb 07 jari 217      * indicator to direct the selection of gene vs. experiment clusters.
2 26 Feb 07 jari 218      * @param algData AlgorithmData containing the parameters.
2 26 Feb 07 jari 219      * @param clusters Cluster indices
2 26 Feb 07 jari 220      * @return
2 26 Feb 07 jari 221      */
2 26 Feb 07 jari 222     public int [][] selectClusters(AlgorithmData algData, int [][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 223         AlgorithmParameters params = algData.getParams();
2 26 Feb 07 jari 224         int numOfDesiredClusters = params.getInt("desired-cluster-count");
2 26 Feb 07 jari 225         int minClusterSize = params.getInt("minimum-cluster-size");
2 26 Feb 07 jari 226         boolean areGeneClusters = params.getBoolean("process-gene-clusters");
2 26 Feb 07 jari 227         String algName = params.getString("name");
2 26 Feb 07 jari 228         int [][] selectedClusters;
2 26 Feb 07 jari 229         int [][] orderedClusters;
2 26 Feb 07 jari 230         
2 26 Feb 07 jari 231         if(algName.equals("Diversity Ranking Cluster Selection")) {
2 26 Feb 07 jari 232             int function = params.getInt("distance-function");
2 26 Feb 07 jari 233             boolean useAbsolute = params.getBoolean("use-absolute");
2 26 Feb 07 jari 234             boolean useCentroidBasedDiversity = params.getBoolean("use-centroid-based-variability");
2 26 Feb 07 jari 235             orderedClusters = getClustersBasedOnDiversityRank(algData, experiment.getMatrix(), clusters, areGeneClusters, useCentroidBasedDiversity, function, useAbsolute);
2 26 Feb 07 jari 236             
2 26 Feb 07 jari 237             int clusterCount = 0;
2 26 Feb 07 jari 238             Vector clusterVector = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 239             for(int i = 0; i < orderedClusters.length && clusterCount < numOfDesiredClusters; i++) {
2 26 Feb 07 jari 240                 if(orderedClusters[i].length >= minClusterSize) {
2 26 Feb 07 jari 241                     clusterVector.add(orderedClusters[i]);
2 26 Feb 07 jari 242                     clusterCount++;
2 26 Feb 07 jari 243                 }
2 26 Feb 07 jari 244             }
2 26 Feb 07 jari 245             
2 26 Feb 07 jari 246             selectedClusters = new int[clusterVector.size()][];
2 26 Feb 07 jari 247             
2 26 Feb 07 jari 248             for(int i = 0; i < selectedClusters.length; i++)
2 26 Feb 07 jari 249                 selectedClusters[i] = (int [])(clusterVector.elementAt(i));
2 26 Feb 07 jari 250             
2 26 Feb 07 jari 251         } else { // (if other algorithms are added --> if(algName.equals("Centroid Entropy/Variance Ranking Cluster Selection")) {
2 26 Feb 07 jari 252             FloatMatrix matrix = this.experiment.getMatrix();
2 26 Feb 07 jari 253             
2 26 Feb 07 jari 254             if(!areGeneClusters)
2 26 Feb 07 jari 255                 matrix = matrix.transpose();
2 26 Feb 07 jari 256             
2 26 Feb 07 jari 257             FloatMatrix means = getMeans(matrix, clusters);
2 26 Feb 07 jari 258             
2 26 Feb 07 jari 259             //restore matrix
2 26 Feb 07 jari 260             if(!areGeneClusters)
2 26 Feb 07 jari 261                 matrix = matrix.transpose();
2 26 Feb 07 jari 262             
2 26 Feb 07 jari 263             boolean useCentroidVariance = params.getBoolean("use-centroid-variance");
2 26 Feb 07 jari 264             if(useCentroidVariance)
2 26 Feb 07 jari 265                 orderedClusters = getClustersBasedOnVarianceRank(algData, means, clusters, areGeneClusters);
2 26 Feb 07 jari 266             else
2 26 Feb 07 jari 267                 orderedClusters = getClustersBasedOnEntropyRank(algData, means, clusters, areGeneClusters);
2 26 Feb 07 jari 268             
2 26 Feb 07 jari 269             int clusterCount = 0;
2 26 Feb 07 jari 270             Vector clusterVector = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 271             for(int i = 0; i < orderedClusters.length && clusterCount < numOfDesiredClusters; i++) {
2 26 Feb 07 jari 272                 if(orderedClusters[i].length >= minClusterSize) {
2 26 Feb 07 jari 273                     clusterVector.add(orderedClusters[i]);
2 26 Feb 07 jari 274                     clusterCount++;
2 26 Feb 07 jari 275                 }
2 26 Feb 07 jari 276             }
2 26 Feb 07 jari 277             
2 26 Feb 07 jari 278             selectedClusters = new int[clusterVector.size()][];
2 26 Feb 07 jari 279             
2 26 Feb 07 jari 280             for(int i = 0; i < selectedClusters.length; i++)
2 26 Feb 07 jari 281                 selectedClusters[i] = (int [])(clusterVector.elementAt(i));
2 26 Feb 07 jari 282         }
2 26 Feb 07 jari 283         return selectedClusters;
2 26 Feb 07 jari 284     }
2 26 Feb 07 jari 285     
2 26 Feb 07 jari 286     
2 26 Feb 07 jari 287     /** Applys the diveristy rank cluster selection.
2 26 Feb 07 jari 288      * @param algData parameters
2 26 Feb 07 jari 289      * @param data Input data
2 26 Feb 07 jari 290      * @param inputClusters clusters
2 26 Feb 07 jari 291      * @param geneClusters indicates nature of input clusters
2 26 Feb 07 jari 292      * @param useCentroids indicates if centroids should be used or if diversity should
2 26 Feb 07 jari 293      * be intra-gene distances.
2 26 Feb 07 jari 294      * @param function distance function
2 26 Feb 07 jari 295      * @param absolute is distance absolute
2 26 Feb 07 jari 296      * @return
2 26 Feb 07 jari 297      */    
2 26 Feb 07 jari 298     private int [][] getClustersBasedOnDiversityRank(AlgorithmData algData, FloatMatrix data, int [][] inputClusters, boolean geneClusters, boolean useCentroids, int function, boolean absolute) {
2 26 Feb 07 jari 299         FloatMatrix means;
2 26 Feb 07 jari 300         float [] diversities;
2 26 Feb 07 jari 301         int [][] newClusters = new int[inputClusters.length][];
2 26 Feb 07 jari 302         
2 26 Feb 07 jari 303         //insures that means are correct
2 26 Feb 07 jari 304         if(!geneClusters)
2 26 Feb 07 jari 305             data = data.transpose();
2 26 Feb 07 jari 306         
2 26 Feb 07 jari 307         if(useCentroids) {
2 26 Feb 07 jari 308             means = getMeans(data, inputClusters);
2 26 Feb 07 jari 309             diversities = getCentroidBasedDiversities(data, means, inputClusters, function, absolute);
2 26 Feb 07 jari 310         } else {
2 26 Feb 07 jari 311             diversities = getGeneBasedDiversities(data, inputClusters, function, absolute);
2 26 Feb 07 jari 312         }
2 26 Feb 07 jari 313         
2 26 Feb 07 jari 314         QSort sort = new QSort(diversities);
2 26 Feb 07 jari 315         diversities = sort.getSorted();
2 26 Feb 07 jari 316         
2 26 Feb 07 jari 317         int [] origOrder = sort.getOrigIndx();
2 26 Feb 07 jari 318         
2 26 Feb 07 jari 319         for(int i = 0; i < newClusters.length; i++)
2 26 Feb 07 jari 320             newClusters[i] = inputClusters[origOrder[i]];
2 26 Feb 07 jari 321         
2 26 Feb 07 jari 322         //store results
2 26 Feb 07 jari 323         String [] diversityArray = new String[diversities.length];
2 26 Feb 07 jari 324         String [] clusterPop = new String[diversities.length];
2 26 Feb 07 jari 325         for(int i = 0; i < diversities.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 326             diversityArray[i] = String.valueOf(diversities[i]);
2 26 Feb 07 jari 327             clusterPop[i] = String.valueOf(newClusters[i].length);
2 26 Feb 07 jari 328         }
2 26 Feb 07 jari 329         algData.addStringArray("diversity-value-array", diversityArray);
2 26 Feb 07 jari 330         algData.addStringArray("cluster-population-array", clusterPop);
2 26 Feb 07 jari 331         
2 26 Feb 07 jari 332         
2 26 Feb 07 jari 333         //transpose to restore original ordering
2 26 Feb 07 jari 334         if(!geneClusters)
2 26 Feb 07 jari 335             data = data.transpose();
2 26 Feb 07 jari 336         
2 26 Feb 07 jari 337         return newClusters;
2 26 Feb 07 jari 338     }
2 26 Feb 07 jari 339     
2 26 Feb 07 jari 340     
2 26 Feb 07 jari 341     /**  Calculates means for the clusters
2 26 Feb 07 jari 342      * @param data Expression matrix
2 26 Feb 07 jari 343      * @param clusters cluster indices
2 26 Feb 07 jari 344      * @return
2 26 Feb 07 jari 345      */
2 26 Feb 07 jari 346     private FloatMatrix getMeans(FloatMatrix data, int [][] clusters){
2 26 Feb 07 jari 347         FloatMatrix means = new FloatMatrix(clusters.length, data.getColumnDimension());
2 26 Feb 07 jari 348         for(int i = 0; i < clusters.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 349             means.A[i] = getMeans(data, clusters[i]);
2 26 Feb 07 jari 350         }
2 26 Feb 07 jari 351         return means;
2 26 Feb 07 jari 352     }
2 26 Feb 07 jari 353     
2 26 Feb 07 jari 354     
2 26 Feb 07 jari 355     /**  Returns a set of means for an element
2 26 Feb 07 jari 356      * @return
2 26 Feb 07 jari 357      * @param data input data
2 26 Feb 07 jari 358      * @param indices indices to use */
2 26 Feb 07 jari 359     private float [] getMeans(FloatMatrix data, int [] indices){
2 26 Feb 07 jari 360         int nSamples = data.getColumnDimension();
2 26 Feb 07 jari 361         float [] means = new float[nSamples];
2 26 Feb 07 jari 362         float sum = 0;
2 26 Feb 07 jari 363         float n = 0;
2 26 Feb 07 jari 364         float value;
2 26 Feb 07 jari 365         for(int i = 0; i < nSamples; i++){
2 26 Feb 07 jari 366             n = 0;
2 26 Feb 07 jari 367             sum = 0;
2 26 Feb 07 jari 368             for(int j = 0; j < indices.length; j++){
2 26 Feb 07 jari 369                 value = data.get(indices[j],i);
2 26 Feb 07 jari 370                 if(!Float.isNaN(value)){
2 26 Feb 07 jari 371                     sum += value;
2 26 Feb 07 jari 372                     n++;
2 26 Feb 07 jari 373                 }
2 26 Feb 07 jari 374             }
2 26 Feb 07 jari 375             if(n > 0)
2 26 Feb 07 jari 376                 means[i] = sum/n;
2 26 Feb 07 jari 377             else
2 26 Feb 07 jari 378                 means[i] = Float.NaN;
2 26 Feb 07 jari 379         }
2 26 Feb 07 jari 380         return means;
2 26 Feb 07 jari 381     }
2 26 Feb 07 jari 382     
2 26 Feb 07 jari 383     /** Gest the centroid based diversities
2 26 Feb 07 jari 384      * @return
2 26 Feb 07 jari 385      * @param data Input data
2 26 Feb 07 jari 386      * @param means Centroids (means patterns)
2 26 Feb 07 jari 387      * @param clusters cluster indicies
2 26 Feb 07 jari 388      * @param function distance function
2 26 Feb 07 jari 389      * @param absolute use absolute distance? */    
2 26 Feb 07 jari 390     private float [] getCentroidBasedDiversities(FloatMatrix data, FloatMatrix means, int [][] clusters, int function, boolean absolute) {
2 26 Feb 07 jari 391         float [] div = new float[clusters.length];
2 26 Feb 07 jari 392         
2 26 Feb 07 jari 393         for(int i = 0; i < div.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 394             div[i] = 0;
2 26 Feb 07 jari 395             for(int j = 0; j < clusters[i].length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 396                 div[i] += ExperimentUtil.geneDistance(means, data, i, clusters[i][j], function, 1.0f, absolute);
2 26 Feb 07 jari 397             }
2 26 Feb 07 jari 398             div[i] /= clusters[i].length;
2 26 Feb 07 jari 399         }
2 26 Feb 07 jari 400         return div;
2 26 Feb 07 jari 401     }
2 26 Feb 07 jari 402     
2 26 Feb 07 jari 403     /** get diversity based on intra gene diatance.
2 26 Feb 07 jari 404      * @param data
2 26 Feb 07 jari 405      * @param clusters
2 26 Feb 07 jari 406      * @param function
2 26 Feb 07 jari 407      * @param absolute
2 26 Feb 07 jari 408      * @return
2 26 Feb 07 jari 409      */    
2 26 Feb 07 jari 410     private float [] getGeneBasedDiversities(FloatMatrix data, int [][] clusters, int function, boolean absolute) {
2 26 Feb 07 jari 411         float [] div = new float[clusters.length];
2 26 Feb 07 jari 412         
2 26 Feb 07 jari 413         //for each cluser
2 26 Feb 07 jari 414         for(int i = 0; i < div.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 415             div[i] = 0;
2 26 Feb 07 jari 416             for(int j = 0; j < clusters[i].length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 417                 for(int k = 0; k < clusters[i].length/2; k++) {
2 26 Feb 07 jari 418                     div[i] += ExperimentUtil.geneDistance(data, data, clusters[i][j], clusters[i][k], function, 1.0f, absolute);
2 26 Feb 07 jari 419                 }
2 26 Feb 07 jari 420             }
2 26 Feb 07 jari 421             div[i] /= (Math.pow(clusters[i].length, 2.0))/2-(clusters[i].length)/2;
2 26 Feb 07 jari 422         }
2 26 Feb 07 jari 423         return div;
2 26 Feb 07 jari 424     }
2 26 Feb 07 jari 425     
2 26 Feb 07 jari 426     /** Select clusters based on variance ranking
2 26 Feb 07 jari 427      * @param algData
2 26 Feb 07 jari 428      * @param means
2 26 Feb 07 jari 429      * @param clusters
2 26 Feb 07 jari 430      * @param areGeneClusters
2 26 Feb 07 jari 431      * @return  */    
2 26 Feb 07 jari 432     private int [][] getClustersBasedOnVarianceRank(AlgorithmData algData, FloatMatrix means, int [][] clusters, boolean areGeneClusters) {
2 26 Feb 07 jari 433         float [] variances = getCentroidVariances(means);
2 26 Feb 07 jari 434         int [][] newClusters = new int[clusters.length][];
2 26 Feb 07 jari 435         
2 26 Feb 07 jari 436         QSort sort = new QSort(variances, QSort.DESCENDING);
2 26 Feb 07 jari 437         variances = sort.getSorted();
2 26 Feb 07 jari 438         
2 26 Feb 07 jari 439         int [] origOrder = sort.getOrigIndx();
2 26 Feb 07 jari 440         
2 26 Feb 07 jari 441         for(int i = 0; i < newClusters.length; i++)
2 26 Feb 07 jari 442             newClusters[i] = clusters[origOrder[i]];
2 26 Feb 07 jari 443         
2 26 Feb 07 jari 444         //store results
2 26 Feb 07 jari 445         String [] varianceArray = new String[variances.length];
2 26 Feb 07 jari 446         String [] clusterPop = new String[variances.length];
2 26 Feb 07 jari 447         for(int i = 0; i < variances.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 448             varianceArray[i] = String.valueOf(variances[i]);
2 26 Feb 07 jari 449             clusterPop[i] = String.valueOf(newClusters[i].length);
2 26 Feb 07 jari 450         }
2 26 Feb 07 jari 451         algData.addStringArray("diversity-value-array", varianceArray);
2 26 Feb 07 jari 452         algData.addStringArray("cluster-population-array", clusterPop);
2 26 Feb 07 jari 453         
2 26 Feb 07 jari 454         return newClusters;
2 26 Feb 07 jari 455     }
2 26 Feb 07 jari 456     
2 26 Feb 07 jari 457     /** returns centroid based variances
2 26 Feb 07 jari 458      */    
2 26 Feb 07 jari 459     private float [] getCentroidVariances(FloatMatrix means) {
2 26 Feb 07 jari 460         float [] vars = new float[means.getRowDimension()];
2 26 Feb 07 jari 461         int cols = means.getColumnDimension();
2 26 Feb 07 jari 462         float sos;
2 26 Feb 07 jari 463         float mean;
2 26 Feb 07 jari 464         
2 26 Feb 07 jari 465         for(int i = 0; i < vars.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 466             sos = 0;
2 26 Feb 07 jari 467             mean = getMean(means.A[i]);
2 26 Feb 07 jari 468             for(int j = 0; j < cols ; j++) {
2 26 Feb 07 jari 469                 sos += Math.pow((means.A[i][j]-mean),2);
2 26 Feb 07 jari 470             }
2 26 Feb 07 jari 471             vars[i] = sos;
2 26 Feb 07 jari 472         }
2 26 Feb 07 jari 473         return vars;
2 26 Feb 07 jari 474     }
2 26 Feb 07 jari 475     
2 26 Feb 07 jari 476     /** returns a mean value for input
2 26 Feb 07 jari 477      */    
2 26 Feb 07 jari 478     private float getMean(float [] vals) {
2 26 Feb 07 jari 479         float mean = 0;
2 26 Feb 07 jari 480         int n = 0;
2 26 Feb 07 jari 481         for(int i = 0; i < vals.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 482             if(!Float.isNaN(vals[i])) {
2 26 Feb 07 jari 483                 n++;
2 26 Feb 07 jari 484                 mean += vals[i];
2 26 Feb 07 jari 485             }
2 26 Feb 07 jari 486         }
2 26 Feb 07 jari 487         return (n > 0 ? ((float)(mean/n)) : 0f);
2 26 Feb 07 jari 488     }
2 26 Feb 07 jari 489     
2 26 Feb 07 jari 490     /** returns clusters based on entropy ranking.
2 26 Feb 07 jari 491      */    
2 26 Feb 07 jari 492     private int [][] getClustersBasedOnEntropyRank(AlgorithmData algData, FloatMatrix means, int [][] clusters, boolean areGeneClusters) {
2 26 Feb 07 jari 493         float [] entropies = new float[means.getRowDimension()];
2 26 Feb 07 jari 494         
2 26 Feb 07 jari 495         for(int i = 0; i < entropies.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 496             entropies[i] = (float)(getEntropy(means.A[i]));
2 26 Feb 07 jari 497         }
2 26 Feb 07 jari 498         
2 26 Feb 07 jari 499         int [][] newClusters = new int[clusters.length][];
2 26 Feb 07 jari 500         
2 26 Feb 07 jari 501         QSort sort = new QSort(entropies, QSort.DESCENDING);
2 26 Feb 07 jari 502         entropies = sort.getSorted();
2 26 Feb 07 jari 503         
2 26 Feb 07 jari 504         int [] origOrder = sort.getOrigIndx();
2 26 Feb 07 jari 505         
2 26 Feb 07 jari 506         for(int i = 0; i < newClusters.length; i++)
2 26 Feb 07 jari 507             newClusters[i] = clusters[origOrder[i]];
2 26 Feb 07 jari 508         
2 26 Feb 07 jari 509         //store results
2 26 Feb 07 jari 510         String [] varianceArray = new String[entropies.length];
2 26 Feb 07 jari 511         String [] clusterPop = new String[entropies.length];
2 26 Feb 07 jari 512         for(int i = 0; i < entropies.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 513             varianceArray[i] = String.valueOf(entropies[i]);
2 26 Feb 07 jari 514             clusterPop[i] = String.valueOf(newClusters[i].length);
2 26 Feb 07 jari 515         }
2 26 Feb 07 jari 516         algData.addStringArray("diversity-value-array", varianceArray);
2 26 Feb 07 jari 517         algData.addStringArray("cluster-population-array", clusterPop);
2 26 Feb 07 jari 518         
2 26 Feb 07 jari 519         return newClusters;
2 26 Feb 07 jari 520     }
2 26 Feb 07 jari 521     
2 26 Feb 07 jari 522     
2 26 Feb 07 jari 523     /** returns the entropy of a set of values, entropy method extracted from
2 26 Feb 07 jari 524      * RN.java.
2 26 Feb 07 jari 525      */    
2 26 Feb 07 jari 526     private double getEntropy(float[] pVector) {
2 26 Feb 07 jari 527         int c_DecileCount = 10;
2 26 Feb 07 jari 528         double fltMin = Double.MAX_VALUE;
2 26 Feb 07 jari 529         double fltMax = -Double.MAX_VALUE;
2 26 Feb 07 jari 530         int i=0;
2 26 Feb 07 jari 531         int[] arrDeciles = new int[c_DecileCount];
2 26 Feb 07 jari 532         
2 26 Feb 07 jari 533         final int iSize = pVector.length;
2 26 Feb 07 jari 534         int iValCount = 0;
2 26 Feb 07 jari 535         for (i=0; i<iSize; i++) {
2 26 Feb 07 jari 536             if (Double.isNaN(pVector[i]))
2 26 Feb 07 jari 537                 continue;
2 26 Feb 07 jari 538             fltMin = Math.min(fltMin, pVector[i]);
2 26 Feb 07 jari 539             fltMax = Math.max(fltMax, pVector[i]);
2 26 Feb 07 jari 540             iValCount++;
2 26 Feb 07 jari 541         }
2 26 Feb 07 jari 542         
2 26 Feb 07 jari 543         double fltStep = (fltMax-fltMin)/(c_DecileCount);
2 26 Feb 07 jari 544         if (fltStep == 0d) {
2 26 Feb 07 jari 545             return -1.0*Math.log(1.0)/(Math.log(2.0));
2 26 Feb 07 jari 546         }
2 26 Feb 07 jari 547         
2 26 Feb 07 jari 548         if (fltMin == Double.MAX_VALUE)
2 26 Feb 07 jari 549             return 0d;
2 26 Feb 07 jari 550         
2 26 Feb 07 jari 551         Arrays.fill(arrDeciles, 0);
2 26 Feb 07 jari 552         for (i=0; i<iSize; i++) {
2 26 Feb 07 jari 553             if (Double.isNaN(pVector[i]))
2 26 Feb 07 jari 554                 continue;
2 26 Feb 07 jari 555             int iDecileInd = (int)Math.ceil((pVector[i]-fltMin)/fltStep)-1;
2 26 Feb 07 jari 556             if (iDecileInd < 0) {
2 26 Feb 07 jari 557                 iDecileInd = 0;
2 26 Feb 07 jari 558             }
2 26 Feb 07 jari 559             arrDeciles[iDecileInd]++;
2 26 Feb 07 jari 560         }
2 26 Feb 07 jari 561         if (iValCount == 0)
2 26 Feb 07 jari 562             return 0d;
2 26 Feb 07 jari 563         
2 26 Feb 07 jari 564         // finally, calculate entropy
2 26 Feb 07 jari 565         double dblEntropy=0;
2 26 Feb 07 jari 566         
2 26 Feb 07 jari 567         for (i=0; i<c_DecileCount; i++) {
2 26 Feb 07 jari 568             if (arrDeciles[i] == 0) {
2 26 Feb 07 jari 569                 continue;
2 26 Feb 07 jari 570             }
2 26 Feb 07 jari 571             double dblPx=((double)arrDeciles[i])/iValCount;
2 26 Feb 07 jari 572             dblEntropy += dblPx*Math.log(dblPx)/(Math.log(2.0)); // log2(x)==log(x)/log(2)
2 26 Feb 07 jari 573         }
2 26 Feb 07 jari 574         return -dblEntropy;
2 26 Feb 07 jari 575     }
2 26 Feb 07 jari 576     
2 26 Feb 07 jari 577     /** Applies the detection filter trim
2 26 Feb 07 jari 578      */    
2 26 Feb 07 jari 579     private Experiment applyAffyDetectionFilter(AlgorithmData algData) {
2 26 Feb 07 jari 580
2 26 Feb 07 jari 581         //parameters
2 26 Feb 07 jari 582         AlgorithmParameters params = algData.getParams();
2 26 Feb 07 jari 583         
2 26 Feb 07 jari 584         //get IData
2 26 Feb 07 jari 585         IData data = framework.getData();
2 26 Feb 07 jari 586         
2 26 Feb 07 jari 587         //extract indices in Experiment to check
2 26 Feb 07 jari 588         int [] rows = experiment.getRowMappingArrayCopy();
2 26 Feb 07 jari 589         int [] cols = experiment.getColumnIndicesCopy();
2 26 Feb 07 jari 590         int numGenes = experiment.getNumberOfGenes();
2 26 Feb 07 jari 591         int expCount = experiment.getNumberOfSamples();
2 26 Feb 07 jari 592
2 26 Feb 07 jari 593         
2 26 Feb 07 jari 594         //construct DetectionFilter and set properties
2 26 Feb 07 jari 595         String [] expNames = new String[expCount];
2 26 Feb 07 jari 596         for(int i = 0; i < expNames.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 597             expNames[i] = data.getFullSampleName(cols[i]);
2 26 Feb 07 jari 598         }
2 26 Feb 07 jari 599         DetectionFilter filter = new DetectionFilter(expNames);
2 26 Feb 07 jari 600         filter.set_both(params.getBoolean("is-required-in-both-groups"));
2 26 Feb 07 jari 601       
2 26 Feb 07 jari 602         int [] numReq = algData.getIntArray("number-required");
2 26 Feb 07 jari 603         //  filter.set_num_required(algData.getIntArray("number-required"));
2 26 Feb 07 jari 604         //this takes a group number, and a number required
2 26 Feb 07 jari 605         for(int i = 0; i < numReq.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 606             filter.set_num_required(i, numReq[i]);
2 26 Feb 07 jari 607         }
2 26 Feb 07 jari 608         
2 26 Feb 07 jari 609         int [] groupMembership = algData.getIntArray("group-memberships");
2 26 Feb 07 jari 610         //filter.set_group_membership();
2 26 Feb 07 jari 611         //takes a group index and the file (col) index?
2 26 Feb 07 jari 612         for(int i = 0; i < groupMembership.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 613             filter.set_group_membership(groupMembership[i], i);
2 26 Feb 07 jari 614         }
2 26 Feb 07 jari 615         
2 26 Feb 07 jari 616         String [] detectionCalls = new String[expCount];
2 26 Feb 07 jari 617         String detection;
2 26 Feb 07 jari 618         ISlideData slideData;  //supports getDetection(int row)
2 26 Feb 07 jari 619         boolean [] isPresent = new boolean[numGenes]; 
2 26 Feb 07 jari 620         int numPresent = 0; 
2 26 Feb 07 jari 621         boolean present;
2 26 Feb 07 jari 622         
2 26 Feb 07 jari 623         //tally present genes
2 26 Feb 07 jari 624         for(int probe = 0; probe < numGenes; probe++) {         
2 26 Feb 07 jari 625             for(int exp = 0; exp < expCount; exp++) {
2 26 Feb 07 jari 626                 detectionCalls[exp] = data.getFeature(cols[exp]).getDetection(rows[probe]);                
2 26 Feb 07 jari 627             }                        
2 26 Feb 07 jari 628             present = filter.keep_gene(detectionCalls);
2 26 Feb 07 jari 629             if(present) {
2 26 Feb 07 jari 630                 isPresent[probe] = true;
2 26 Feb 07 jari 631                 numPresent++;
2 26 Feb 07 jari 632             }
2 26 Feb 07 jari 633         }
2 26 Feb 07 jari 634
2 26 Feb 07 jari 635         //construct Experiment
2 26 Feb 07 jari 636         FloatMatrix matrix = experiment.getMatrix();
2 26 Feb 07 jari 637         float [][] values = new float[numPresent][expCount];
2 26 Feb 07 jari 638         int [] rowMap = new int[numPresent];
2 26 Feb 07 jari 639         int cnt = 0;
2 26 Feb 07 jari 640         for(int i = 0; i < numGenes; i++) {
2 26 Feb 07 jari 641             if(isPresent[i]) {                
2 26 Feb 07 jari 642                 rowMap[cnt] = rows[i];
2 26 Feb 07 jari 643                 values[cnt] = matrix.A[i];                
2 26 Feb 07 jari 644                 cnt++;
2 26 Feb 07 jari 645             }
2 26 Feb 07 jari 646         }
2 26 Feb 07 jari 647         
2 26 Feb 07 jari 648         return (new Experiment(new FloatMatrix(values), cols, rowMap));
2 26 Feb 07 jari 649     }
2 26 Feb 07 jari 650     
2 26 Feb 07 jari 651
2 26 Feb 07 jari 652
2 26 Feb 07 jari 653     /** applies the affy fold filter trim
2 26 Feb 07 jari 654      * @param algData
2 26 Feb 07 jari 655      * @return  */    
2 26 Feb 07 jari 656     private Experiment applyAffyFoldFilter(AlgorithmData algData) {
2 26 Feb 07 jari 657         
2 26 Feb 07 jari 658         //parameters
2 26 Feb 07 jari 659         AlgorithmParameters params = algData.getParams();
2 26 Feb 07 jari 660         
2 26 Feb 07 jari 661         //get IData
2 26 Feb 07 jari 662         IData data = framework.getData();
2 26 Feb 07 jari 663         FloatMatrix matrix = experiment.getMatrix();
2 26 Feb 07 jari 664                 
2 26 Feb 07 jari 665         //extract indices in Experiment to check
2 26 Feb 07 jari 666         int [] rows = experiment.getRowMappingArrayCopy();
2 26 Feb 07 jari 667         int [] cols = experiment.getColumnIndicesCopy();
2 26 Feb 07 jari 668         int numGenes = experiment.getNumberOfGenes();
2 26 Feb 07 jari 669         int expCount = experiment.getNumberOfSamples();
2 26 Feb 07 jari 670
2 26 Feb 07 jari 671         
2 26 Feb 07 jari 672         //construct DetectionFilter and set properties
2 26 Feb 07 jari 673         String [] expNames = new String[expCount];
2 26 Feb 07 jari 674         for(int i = 0; i < expNames.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 675             expNames[i] = data.getFullSampleName(cols[i]);
2 26 Feb 07 jari 676         }
2 26 Feb 07 jari 677         FoldFilter filter = new FoldFilter(expNames);
2 26 Feb 07 jari 678         float foldChange = params.getFloat("fold-change");
2 26 Feb 07 jari 679         int [] numReq = algData.getIntArray("number-of-members");
2 26 Feb 07 jari 680         String divider = params.getString("divider-string");
2 26 Feb 07 jari 681         
2 26 Feb 07 jari 682         filter.set_fold_change(foldChange);
2 26 Feb 07 jari 683         filter.set_divider(divider);
2 26 Feb 07 jari 684         
2 26 Feb 07 jari 685         int [] groupMembership = algData.getIntArray("group-memberships");
2 26 Feb 07 jari 686
2 26 Feb 07 jari 687         for(int i = 0; i < groupMembership.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 688             filter.set_group_membership(groupMembership[i], i);
2 26 Feb 07 jari 689         }
2 26 Feb 07 jari 690         
2 26 Feb 07 jari 691         float [] foldHits = new float[expCount];
2 26 Feb 07 jari 692         String detection;
2 26 Feb 07 jari 693         ISlideData slideData;  //supports getDetection(int row)
2 26 Feb 07 jari 694         boolean [] isPresent = new boolean[numGenes]; 
2 26 Feb 07 jari 695         int numPresent = 0; 
2 26 Feb 07 jari 696         boolean present;
2 26 Feb 07 jari 697         float [] vals = new float[numGenes];
2 26 Feb 07 jari 698         //tally present genes
2 26 Feb 07 jari 699         for(int probe = 0; probe < numGenes; probe++) {         
2 26 Feb 07 jari 700            //for(int exp = 0; exp < expCount; exp++) {
2 26 Feb 07 jari 701            //     foldHits[exp] = data.getFeature(cols[exp]).get_fold_change(rows[probe]);                
2 26 Feb 07 jari 702             //}                        
2 26 Feb 07 jari 703             present = filter.keep_gene(matrix.A[probe]);
2 26 Feb 07 jari 704             if(present) {
2 26 Feb 07 jari 705                 isPresent[probe] = true;
2 26 Feb 07 jari 706                 numPresent++;
2 26 Feb 07 jari 707             }
2 26 Feb 07 jari 708         }
2 26 Feb 07 jari 709
2 26 Feb 07 jari 710         //construct Experiment
2 26 Feb 07 jari 711         float [][] values = new float[numPresent][expCount];
2 26 Feb 07 jari 712         int [] rowMap = new int[numPresent];
2 26 Feb 07 jari 713         int cnt = 0;
2 26 Feb 07 jari 714         for(int i = 0; i < numGenes; i++) {
2 26 Feb 07 jari 715             if(isPresent[i]) {                
2 26 Feb 07 jari 716                 rowMap[cnt] = rows[i];
2 26 Feb 07 jari 717                 values[cnt] = matrix.A[i];                
2 26 Feb 07 jari 718                 cnt++;
2 26 Feb 07 jari 719             }
2 26 Feb 07 jari 720         }
2 26 Feb 07 jari 721         
2 26 Feb 07 jari 722         return (new Experiment(new FloatMatrix(values), cols, rowMap));
2 26 Feb 07 jari 723    
2 26 Feb 07 jari 724         }
2 26 Feb 07 jari 725         
2 26 Feb 07 jari 726         
2 26 Feb 07 jari 727     
2 26 Feb 07 jari 728 }

Generated on Thu Jul 20 09:30:40 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)