mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/script/util/ScriptRunner.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2004, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * ScriptRunner.java
2 26 Feb 07 jari 7  *
2 26 Feb 07 jari 8  * Created on March 15, 2004, 3:27 PM
2 26 Feb 07 jari 9  */
2 26 Feb 07 jari 10
2 26 Feb 07 jari 11 package org.tigr.microarray.mev.script.util;
2 26 Feb 07 jari 12
2 26 Feb 07 jari 13 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 14 import java.io.File;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.util.Enumeration;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.util.Hashtable;
2 26 Feb 07 jari 17
2 26 Feb 07 jari 18 import javax.swing.Action;
2 26 Feb 07 jari 19 import javax.swing.JFileChooser;
2 26 Feb 07 jari 20 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode;
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.tree.DefaultTreeModel;
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.tree.TreePath;
2 26 Feb 07 jari 24
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.ResultTree;
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.microarray.mev.TMEV;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.microarray.mev.action.ActionManager;
2 26 Feb 07 jari 28 import org.tigr.microarray.mev.action.AnalysisAction;
2 26 Feb 07 jari 29 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmData;
2 26 Feb 07 jari 30 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 31 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IFramework;
2 26 Feb 07 jari 32 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer;
2 26 Feb 07 jari 33 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.LeafInfo;
2 26 Feb 07 jari 34 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidUserObject;
2 26 Feb 07 jari 35 import org.tigr.microarray.mev.script.Script;
2 26 Feb 07 jari 36 import org.tigr.microarray.mev.script.scriptGUI.IScriptGUI;
2 26 Feb 07 jari 37 import org.tigr.microarray.mev.script.scriptGUI.ScriptCentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 38 import org.tigr.microarray.mev.script.scriptGUI.ScriptCentroidsViewer;
2 26 Feb 07 jari 39 import org.tigr.microarray.mev.script.scriptGUI.ScriptClusterSelectionInfoViewer;
2 26 Feb 07 jari 40 import org.tigr.microarray.mev.script.scriptGUI.ScriptExperimentCentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 41 import org.tigr.microarray.mev.script.scriptGUI.ScriptExperimentCentroidsViewer;
2 26 Feb 07 jari 42 import org.tigr.microarray.mev.script.scriptGUI.ScriptExperimentClusterViewer;
2 26 Feb 07 jari 43 import org.tigr.microarray.mev.script.scriptGUI.ScriptExperimentViewer;
2 26 Feb 07 jari 44 import org.tigr.microarray.mev.script.scriptGUI.ScriptTreeViewer;
2 26 Feb 07 jari 45 import org.tigr.util.FloatMatrix;
2 26 Feb 07 jari 46
2 26 Feb 07 jari 47
2 26 Feb 07 jari 48 /** ScriptRunner supports script execution activities as directed by the
2 26 Feb 07 jari 49  * <CODE>ScriptManager</CODE>
2 26 Feb 07 jari 50  * @author braisted
2 26 Feb 07 jari 51  */
2 26 Feb 07 jari 52 public class ScriptRunner {
2 26 Feb 07 jari 53     
2 26 Feb 07 jari 54     /** Script to run
2 26 Feb 07 jari 55      */    
2 26 Feb 07 jari 56     private Script script;
2 26 Feb 07 jari 57     /** ScriptTree containing objects for execution
2 26 Feb 07 jari 58      */    
2 26 Feb 07 jari 59     private ScriptTree scriptTree;
2 26 Feb 07 jari 60     /** parent's frame
2 26 Feb 07 jari 61      */    
2 26 Feb 07 jari 62     private Frame parentFrame;
2 26 Feb 07 jari 63     /** action manager to provide MeV algorithm access.
2 26 Feb 07 jari 64      */    
2 26 Feb 07 jari 65     private ActionManager actionManager;
2 26 Feb 07 jari 66     /** framework object
2 26 Feb 07 jari 67      */    
2 26 Feb 07 jari 68     private IFramework framework;
2 26 Feb 07 jari 69     /** hashtable of available algorithm classes
2 26 Feb 07 jari 70      */    
2 26 Feb 07 jari 71     private Hashtable classHash;
2 26 Feb 07 jari 72     /** algorithm set collection to execute
2 26 Feb 07 jari 73      */    
2 26 Feb 07 jari 74     private AlgorithmSet [] algSets;
2 26 Feb 07 jari 75     /**
2 26 Feb 07 jari 76      *  Three output modes: internal (0), file (1), external (2)
2 26 Feb 07 jari 77      *  see <code>ScriptConstants</code> document for constant names.
2 26 Feb 07 jari 78      */
2 26 Feb 07 jari 79     private int mode;
2 26 Feb 07 jari 80     
2 26 Feb 07 jari 81     /** Creates a new instance of ScriptRunner
2 26 Feb 07 jari 82      * @param script Script to execute
2 26 Feb 07 jari 83      * @param actionManager action manager provides algorithms
2 26 Feb 07 jari 84      * @param framework
2 26 Feb 07 jari 85      */
2 26 Feb 07 jari 86     public ScriptRunner(Script script, ActionManager actionManager, IFramework framework) {
2 26 Feb 07 jari 87         this.script = script;
2 26 Feb 07 jari 88         scriptTree = script.getScriptTree();
2 26 Feb 07 jari 89         this.actionManager = actionManager;
2 26 Feb 07 jari 90         this.framework = framework;
2 26 Feb 07 jari 91         mode = ScriptConstants.SCRIPT_OUTPUT_MODE_INTERNAL_OUTPUT;
2 26 Feb 07 jari 92         parentFrame = framework.getFrame();
2 26 Feb 07 jari 93         classHash = getClassNames();
2 26 Feb 07 jari 94     }
2 26 Feb 07 jari 95     
2 26 Feb 07 jari 96     /** Sets the output mode (file or internal)
2 26 Feb 07 jari 97      * @param outputMode  */    
2 26 Feb 07 jari 98     public void setOutputMode(int outputMode) {
2 26 Feb 07 jari 99         mode = outputMode;
2 26 Feb 07 jari 100     }
2 26 Feb 07 jari 101     
2 26 Feb 07 jari 102     /** Triggers script execution
2 26 Feb 07 jari 103      * @param outputMode output mode
2 26 Feb 07 jari 104      */    
2 26 Feb 07 jari 105     public void execute(int outputMode) {
2 26 Feb 07 jari 106         mode = outputMode;
2 26 Feb 07 jari 107         Thread thread = new Thread(new Runner());
2 26 Feb 07 jari 108         thread.start();
2 26 Feb 07 jari 109     }
2 26 Feb 07 jari 110     
2 26 Feb 07 jari 111     /** Triggers script execution to interal MeV result tree.
2 26 Feb 07 jari 112      */    
2 26 Feb 07 jari 113     public void execute() {
2 26 Feb 07 jari 114         Thread thread = new Thread(new Runner());
2 26 Feb 07 jari 115         thread.start();
2 26 Feb 07 jari 116     }
2 26 Feb 07 jari 117     
2 26 Feb 07 jari 118     /** Executes a delivered <CODE>AlgorithmSet</CODE>
2 26 Feb 07 jari 119      * @param set set of algorithms and data
2 26 Feb 07 jari 120      * @return
2 26 Feb 07 jari 121      */    
2 26 Feb 07 jari 122     private DefaultMutableTreeNode execute(AlgorithmSet set) {
2 26 Feb 07 jari 123         Experiment experiment = set.getExperiment();
2 26 Feb 07 jari 124         
2 26 Feb 07 jari 125         if(experiment == null) {
2 26 Feb 07 jari 126             DefaultMutableTreeNode emptyNode = new DefaultMutableTreeNode("No Result (empty input data node)");
2 26 Feb 07 jari 127             return emptyNode;
2 26 Feb 07 jari 128         }
2 26 Feb 07 jari 129         
2 26 Feb 07 jari 130         int algCount = set.getAlgorithmCount();
2 26 Feb 07 jari 131         File outputFile;
2 26 Feb 07 jari 132         AlgorithmNode algNode;
2 26 Feb 07 jari 133         AlgorithmData data;
2 26 Feb 07 jari 134         String algName, algType;
2 26 Feb 07 jari 135         
2 26 Feb 07 jari 136         DefaultMutableTreeNode currNode = null, outputNode = null;
2 26 Feb 07 jari 137         
2 26 Feb 07 jari 138         if(mode == ScriptConstants.SCRIPT_OUTPUT_MODE_FILE_OUTPUT) {
2 26 Feb 07 jari 139             JFileChooser chooser = new JFileChooser(TMEV.getFile("data/"));
2 26 Feb 07 jari 140             if(chooser.showOpenDialog(parentFrame) == JFileChooser.APPROVE_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 141                 outputFile = chooser.getSelectedFile();
2 26 Feb 07 jari 142             } else {
2 26 Feb 07 jari 143                 return null;
2 26 Feb 07 jari 144             }
2 26 Feb 07 jari 145         }
2 26 Feb 07 jari 146         
2 26 Feb 07 jari 147         if(algCount > 0) {
2 26 Feb 07 jari 148             //create a node for the alg set and a data info node;
2 26 Feb 07 jari 149         }
2 26 Feb 07 jari 150         
2 26 Feb 07 jari 151         for(int i = 0; i < algCount; i++) {
2 26 Feb 07 jari 152             algNode = set.getAlgorithmNodeAt(i);
2 26 Feb 07 jari 153             data = algNode.getAlgorithmData();
2 26 Feb 07 jari 154             algName = algNode.getAlgorithmName();
2 26 Feb 07 jari 155             algType = algNode.getAlgorithmType();
2 26 Feb 07 jari 156             // int actionIndex = getActionIndex(algName);
2 26 Feb 07 jari 157             
2 26 Feb 07 jari 158             // Action action = actionManager.getAction(actionManager.ANALYSIS_ACTION+String.valueOf(actionIndex));
2 26 Feb 07 jari 159             if(algType.equals(ScriptConstants.ALGORITHM_TYPE_CLUSTER) || algType.equals(ScriptConstants.ALGORITHM_TYPE_CLUSTER_GENES)
2 26 Feb 07 jari 160             || algType.equals(ScriptConstants.ALGORITHM_TYPE_CLUSTER_EXPERIMENTS) || algType.equals(ScriptConstants.ALGORITHM_TYPE_VISUALIZATION)) {
2 26 Feb 07 jari 161                 
2 26 Feb 07 jari 162                 String className = (String)(this.classHash.get(algName));
2 26 Feb 07 jari 163
2 26 Feb 07 jari 164                 try {
2 26 Feb 07 jari 165                     Class clazz = Class.forName(className);
2 26 Feb 07 jari 166                     IScriptGUI gui = (IScriptGUI)clazz.newInstance();
2 26 Feb 07 jari 167                     currNode = gui.executeScript(framework, data, experiment);
2 26 Feb 07 jari 168                 } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 169                     JOptionPane.showMessageDialog(parentFrame, "Can't execute script "+algName+ " algorithm", "Script Parameter Error", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 170                     e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 171                 }
2 26 Feb 07 jari 172                 
2 26 Feb 07 jari 173                 if(currNode != null) {
2 26 Feb 07 jari 174                     if(outputNode == null) {
2 26 Feb 07 jari 175                         outputNode = new DefaultMutableTreeNode("Results");
2 26 Feb 07 jari 176                     }
2 26 Feb 07 jari 177                     outputNode.add(currNode);
2 26 Feb 07 jari 178                     
2 26 Feb 07 jari 179                     attachResultToChildAlgorithmSets(algNode, experiment, extractClusters(currNode));
2 26 Feb 07 jari 180                 }
2 26 Feb 07 jari 181             } else if(algType.equals(ScriptConstants.ALGORITHM_TYPE_ADJUSTMENT)){
2 26 Feb 07 jari 182                 //Handle adjustments here
2 26 Feb 07 jari 183                 data.addParam("name", algName);
2 26 Feb 07 jari 184                 
2 26 Feb 07 jari 185                 ScriptDataTransformer adjuster = new ScriptDataTransformer(experiment, framework);
2 26 Feb 07 jari 186                 Experiment resultExperiment = adjuster.transformData(data); 
2 26 Feb 07 jari 187                 
2 26 Feb 07 jari 188                 //Associate result experiment and indices with the output node's result set if it exists.
2 26 Feb 07 jari 189                 int [][] clusters = new int[1][];
2 26 Feb 07 jari 190                 clusters[0] = getDefaultGeneIndices(resultExperiment.getNumberOfGenes());
2 26 Feb 07 jari 191                 attachResultToChildAlgorithmSets(algNode, resultExperiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 192                 
2 26 Feb 07 jari 193                 if(outputNode == null) {
2 26 Feb 07 jari 194                     outputNode = new DefaultMutableTreeNode("Results");
2 26 Feb 07 jari 195                 }
2 26 Feb 07 jari 196                 
2 26 Feb 07 jari 197                 DefaultMutableTreeNode resultNode = getViewerNodes(resultExperiment);
2 26 Feb 07 jari 198                 resultNode.setUserObject("Data Adjustment: "+algName);
2 26 Feb 07 jari 199                 outputNode.add(resultNode);
2 26 Feb 07 jari 200             } else if(algType.equals(ScriptConstants.ALGORITHM_TYPE_CLUSTER_SELECTION)) {
2 26 Feb 07 jari 201                 //handle cluster selection
2 26 Feb 07 jari 202                 data.addParam("name", algName);
2 26 Feb 07 jari 203                 
2 26 Feb 07 jari 204                 //DataNode node = (DataNode)(algNode.getParent());
2 26 Feb 07 jari 205                 ScriptDataTransformer selector = new ScriptDataTransformer(experiment, framework);
2 26 Feb 07 jari 206                 int [][] selectedClusters = selector.selectClusters(data, set.getClusters());
2 26 Feb 07 jari 207                 
2 26 Feb 07 jari 208                 attachResultToChildAlgorithmSets(algNode, experiment, selectedClusters);
2 26 Feb 07 jari 209                 
2 26 Feb 07 jari 210                 boolean areGeneClusters =data.getParams().getBoolean("process-gene-clusters");
2 26 Feb 07 jari 211                 DefaultMutableTreeNode node = getSelectedClusterViewers(data, experiment, selectedClusters, areGeneClusters);
2 26 Feb 07 jari 212                 
2 26 Feb 07 jari 213                 if(outputNode == null) {
2 26 Feb 07 jari 214                     outputNode = new DefaultMutableTreeNode("Results");
2 26 Feb 07 jari 215                 }
2 26 Feb 07 jari 216                 
2 26 Feb 07 jari 217                 outputNode.add(node);
2 26 Feb 07 jari 218             }
2 26 Feb 07 jari 219         }
2 26 Feb 07 jari 220         return outputNode;
2 26 Feb 07 jari 221     }
2 26 Feb 07 jari 222     
2 26 Feb 07 jari 223     /** Thread runner for execution
2 26 Feb 07 jari 224      */    
2 26 Feb 07 jari 225     private class Runner implements Runnable {
2 26 Feb 07 jari 226         
2 26 Feb 07 jari 227         /** run method to kick of execution
2 26 Feb 07 jari 228          */        
2 26 Feb 07 jari 229         public void run() {
2 26 Feb 07 jari 230             algSets = scriptTree.getAlgorithmSets();
2 26 Feb 07 jari 231             DefaultMutableTreeNode currNode, setNode, algSetViewerNode, dataNode, resultNode, scriptNode;
2 26 Feb 07 jari 232             AlgorithmSet set;
2 26 Feb 07 jari 233             Experiment experiment;
2 26 Feb 07 jari 234             boolean haveResult = false;
2 26 Feb 07 jari 235             DataNode inputNode;
2 26 Feb 07 jari 236             AlgorithmNode inputAlgNode;
2 26 Feb 07 jari 237             
2 26 Feb 07 jari 238             DefaultMutableTreeNode scriptResultNode = new DefaultMutableTreeNode("Script Result");
2 26 Feb 07 jari 239             
2 26 Feb 07 jari 240             if(algSets.length > 0) {
2 26 Feb 07 jari 241                 
2 26 Feb 07 jari 242             }
2 26 Feb 07 jari 243             
2 26 Feb 07 jari 244             for(int i = 0; i < algSets.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 245                 set = algSets[i];
2 26 Feb 07 jari 246                 if(set.getAlgorithmCount() > 0) {
2 26 Feb 07 jari 247                     
2 26 Feb 07 jari 248                     resultNode = execute(set);
2 26 Feb 07 jari 249                     
2 26 Feb 07 jari 250                     if(resultNode != null) {
2 26 Feb 07 jari 251                         experiment = set.getExperiment();
2 26 Feb 07 jari 252                         
2 26 Feb 07 jari 253                         haveResult = true;
2 26 Feb 07 jari 254                         setNode = new DefaultMutableTreeNode("Algorithm Set");
2 26 Feb 07 jari 255                         dataNode = new DefaultMutableTreeNode("Input Data");
2 26 Feb 07 jari 256                         ScriptTree copyTree = new ScriptTree(scriptTree);
2 26 Feb 07 jari 257                         algSetViewerNode = new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Script Tree", new ScriptTreeViewer(copyTree, scriptTree.getScriptManager(), set.getDataNode())));
2 26 Feb 07 jari 258                         
2 26 Feb 07 jari 259                         inputNode = set.getDataNode();
2 26 Feb 07 jari 260                         inputAlgNode = (AlgorithmNode)(inputNode.getParent());
2 26 Feb 07 jari 261                         
2 26 Feb 07 jari 262                         if(inputAlgNode != null) {
2 26 Feb 07 jari 263                             currNode = new DefaultMutableTreeNode("Algorithm Source: "+ inputAlgNode.getAlgorithmName() +
2 26 Feb 07 jari 264                             " ["+inputAlgNode.getDataNodeRef()+","+inputAlgNode.getID()+"] ");
2 26 Feb 07 jari 265                             dataNode.add(currNode);
2 26 Feb 07 jari 266                         }
2 26 Feb 07 jari 267                         
2 26 Feb 07 jari 268                         currNode = new DefaultMutableTreeNode("Input Data Node: "+inputNode.toString());
2 26 Feb 07 jari 269                         dataNode.add(currNode);
2 26 Feb 07 jari 270                         if(experiment != null) {
2 26 Feb 07 jari 271                             currNode = new DefaultMutableTreeNode("Number of Experiments: "+experiment.getNumberOfSamples());
2 26 Feb 07 jari 272                             dataNode.add(currNode);
2 26 Feb 07 jari 273                             currNode = new DefaultMutableTreeNode("Number of Genes: "+experiment.getNumberOfGenes());
2 26 Feb 07 jari 274                             dataNode.add(currNode);
2 26 Feb 07 jari 275                             
2 26 Feb 07 jari 276                             currNode = getViewerNodes(set.getExperiment());
2 26 Feb 07 jari 277                             dataNode.add(currNode);                            
2 26 Feb 07 jari 278                         } else {
2 26 Feb 07 jari 279                             currNode = new DefaultMutableTreeNode("Number of Experiments: 0, null input data");
2 26 Feb 07 jari 280                             dataNode.add(currNode);
2 26 Feb 07 jari 281                             currNode = new DefaultMutableTreeNode("Number of Genes: 0, null input data");
2 26 Feb 07 jari 282                             dataNode.add(currNode);
2 26 Feb 07 jari 283                         }
2 26 Feb 07 jari 284                         setNode.add(algSetViewerNode);
2 26 Feb 07 jari 285                         setNode.add(dataNode);
2 26 Feb 07 jari 286                         setNode.add(resultNode);                        
2 26 Feb 07 jari 287                         scriptResultNode.add(setNode);
2 26 Feb 07 jari 288                     }
2 26 Feb 07 jari 289                 }
2 26 Feb 07 jari 290             }
2 26 Feb 07 jari 291             
2 26 Feb 07 jari 292             ResultTree tree = framework.getResultTree();
2 26 Feb 07 jari 293             //framework.addNode(tree.getAnalysisNode(), scriptResultNode);
2 26 Feb 07 jari 294             framework.addAnalysisResult(scriptResultNode);
2 26 Feb 07 jari 295             tree.scrollPathToVisible(new TreePath(((DefaultTreeModel)(tree.getModel())).getPathToRoot(scriptResultNode)));
2 26 Feb 07 jari 296         }        
2 26 Feb 07 jari 297     }
2 26 Feb 07 jari 298     
2 26 Feb 07 jari 299     /** Constructs viewer nodes for input display
2 26 Feb 07 jari 300      * @param experiment
2 26 Feb 07 jari 301      * @return
2 26 Feb 07 jari 302      */    
2 26 Feb 07 jari 303     private DefaultMutableTreeNode getViewerNodes(Experiment experiment) {
2 26 Feb 07 jari 304         DefaultMutableTreeNode viewerNode = new DefaultMutableTreeNode("Input Data Viewers");
2 26 Feb 07 jari 305         int [][] cluster = new int [1][];
2 26 Feb 07 jari 306         
2 26 Feb 07 jari 307         //since it's a single set, contains all indices in experiment.
2 26 Feb 07 jari 308         cluster[0] = getDefaultGeneIndices(experiment.getNumberOfGenes());
2 26 Feb 07 jari 309         
2 26 Feb 07 jari 310         //Will need to deal with var. exp nums perhaps use exp cluster viewers
2 26 Feb 07 jari 311         
2 26 Feb 07 jari 312         DefaultMutableTreeNode currNode = new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Expression Image", new ScriptExperimentViewer(experiment, cluster)));
2 26 Feb 07 jari 313         viewerNode.add(currNode);
2 26 Feb 07 jari 314         
2 26 Feb 07 jari 315         FloatMatrix matrix = experiment.getMatrix();
2 26 Feb 07 jari 316         FloatMatrix means = getMeans(matrix, cluster);
2 26 Feb 07 jari 317         FloatMatrix vars = getVariances(matrix, means, cluster);
2 26 Feb 07 jari 318         
2 26 Feb 07 jari 319         ScriptCentroidViewer viewer = new ScriptCentroidViewer(experiment, cluster);
2 26 Feb 07 jari 320         viewer.setMeans(means.A);
2 26 Feb 07 jari 321         viewer.setVariances(vars.A);
2 26 Feb 07 jari 322         currNode = new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Centroid Graph", viewer, new CentroidUserObject(0,CentroidUserObject.VARIANCES_MODE)));
2 26 Feb 07 jari 323         viewerNode.add(currNode);
2 26 Feb 07 jari 324         currNode = new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Expression Graph", viewer, new CentroidUserObject(0,CentroidUserObject.VALUES_MODE)));
2 26 Feb 07 jari 325         viewerNode.add(currNode);
2 26 Feb 07 jari 326         
2 26 Feb 07 jari 327         return viewerNode;
2 26 Feb 07 jari 328     }
2 26 Feb 07 jari 329     
2 26 Feb 07 jari 330     /** Returns algorithm class names hash
2 26 Feb 07 jari 331      * @return
2 26 Feb 07 jari 332      */    
2 26 Feb 07 jari 333     private Hashtable getClassNames() {
2 26 Feb 07 jari 334         Hashtable hash = new Hashtable();
2 26 Feb 07 jari 335         int algCnt = 0;
2 26 Feb 07 jari 336         String algName, className;
2 26 Feb 07 jari 337         
2 26 Feb 07 jari 338         AnalysisAction action;
2 26 Feb 07 jari 339         
2 26 Feb 07 jari 340         while ((action = (AnalysisAction)(actionManager.getAction(ActionManager.ANALYSIS_ACTION+String.valueOf(algCnt))))!=null){
2 26 Feb 07 jari 341             
2 26 Feb 07 jari 342             //Name or Short Description??
2 26 Feb 07 jari 343             
2 26 Feb 07 jari 344             algName = (String)(action.getValue(Action.NAME));
2 26 Feb 07 jari 345             className = (String)(action.getValue(ActionManager.PARAMETER));
2 26 Feb 07 jari 346             
2 26 Feb 07 jari 347             hash.put(algName, className);
2 26 Feb 07 jari 348             algCnt++;
2 26 Feb 07 jari 349         }
2 26 Feb 07 jari 350         return hash;
2 26 Feb 07 jari 351     }
2 26 Feb 07 jari 352     
2 26 Feb 07 jari 353     
2 26 Feb 07 jari 354     /**
2 26 Feb 07 jari 355      *  Calculates means for the clusters
2 26 Feb 07 jari 356      */
2 26 Feb 07 jari 357     private FloatMatrix getMeans(FloatMatrix data, int [][] clusters){
2 26 Feb 07 jari 358         FloatMatrix means = new FloatMatrix(clusters.length, data.getColumnDimension());
2 26 Feb 07 jari 359         for(int i = 0; i < clusters.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 360             means.A[i] = getMeans(data, clusters[i]);
2 26 Feb 07 jari 361         }
2 26 Feb 07 jari 362         return means;
2 26 Feb 07 jari 363     }
2 26 Feb 07 jari 364     
2 26 Feb 07 jari 365     
2 26 Feb 07 jari 366     /**
2 26 Feb 07 jari 367      *  Returns a set of means for an element
2 26 Feb 07 jari 368      */
2 26 Feb 07 jari 369     private float [] getMeans(FloatMatrix data, int [] indices){
2 26 Feb 07 jari 370         int nSamples = data.getColumnDimension();
2 26 Feb 07 jari 371         float [] means = new float[nSamples];
2 26 Feb 07 jari 372         float sum = 0;
2 26 Feb 07 jari 373         float n = 0;
2 26 Feb 07 jari 374         float value;
2 26 Feb 07 jari 375         for(int i = 0; i < nSamples; i++){
2 26 Feb 07 jari 376             n = 0;
2 26 Feb 07 jari 377             sum = 0;
2 26 Feb 07 jari 378             for(int j = 0; j < indices.length; j++){
2 26 Feb 07 jari 379                 value = data.get(indices[j],i);
2 26 Feb 07 jari 380                 if(!Float.isNaN(value)){
2 26 Feb 07 jari 381                     sum += value;
2 26 Feb 07 jari 382                     n++;
2 26 Feb 07 jari 383                 }
2 26 Feb 07 jari 384             }
2 26 Feb 07 jari 385             if(n > 0)
2 26 Feb 07 jari 386                 means[i] = sum/n;
2 26 Feb 07 jari 387             else
2 26 Feb 07 jari 388                 means[i] = Float.NaN;
2 26 Feb 07 jari 389         }
2 26 Feb 07 jari 390         return means;
2 26 Feb 07 jari 391     }
2 26 Feb 07 jari 392     
2 26 Feb 07 jari 393     /**
2 26 Feb 07 jari 394      * Returns a matrix of standard deviations grouped by cluster and element
2 26 Feb 07 jari 395      */
2 26 Feb 07 jari 396     private FloatMatrix getVariances(FloatMatrix data, FloatMatrix means, int [][] clusters){
2 26 Feb 07 jari 397         int nSamples = data.getColumnDimension();
2 26 Feb 07 jari 398         FloatMatrix variances = new FloatMatrix(clusters.length, nSamples);
2 26 Feb 07 jari 399         for(int i = 0; i < clusters.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 400             variances.A[i] = getVariances(data, means, clusters[i], i);
2 26 Feb 07 jari 401         }
2 26 Feb 07 jari 402         return variances;
2 26 Feb 07 jari 403     }
2 26 Feb 07 jari 404     
2 26 Feb 07 jari 405     /** returns variances
2 26 Feb 07 jari 406      */    
2 26 Feb 07 jari 407     private float [] getVariances(FloatMatrix data, FloatMatrix means, int [] indices, int clusterIndex){
2 26 Feb 07 jari 408         int nSamples = data.getColumnDimension();
2 26 Feb 07 jari 409         float [] variances = new float[nSamples];
2 26 Feb 07 jari 410         float sse = 0;
2 26 Feb 07 jari 411         float mean;
2 26 Feb 07 jari 412         float value;
2 26 Feb 07 jari 413         int n = 0;
2 26 Feb 07 jari 414         for(int i = 0; i < nSamples; i++){
2 26 Feb 07 jari 415             mean = means.get(clusterIndex, i);
2 26 Feb 07 jari 416             n = 0;
2 26 Feb 07 jari 417             sse = 0;
2 26 Feb 07 jari 418             for(int j = 0; j < indices.length; j++){
2 26 Feb 07 jari 419                 value = data.get(indices[j], i);
2 26 Feb 07 jari 420                 if(!Float.isNaN(value)){
2 26 Feb 07 jari 421                     sse += (float)Math.pow((value - mean),2);
2 26 Feb 07 jari 422                     n++;
2 26 Feb 07 jari 423                 }
2 26 Feb 07 jari 424             }
2 26 Feb 07 jari 425             if(n > 1)
2 26 Feb 07 jari 426                 variances[i] = (float)Math.sqrt(sse/(n-1));
2 26 Feb 07 jari 427             else
2 26 Feb 07 jari 428                 variances[i] = 0.0f;
2 26 Feb 07 jari 429         }
2 26 Feb 07 jari 430         return variances;
2 26 Feb 07 jari 431     }
2 26 Feb 07 jari 432     
2 26 Feb 07 jari 433     /** Returns a set of dfault indices
2 26 Feb 07 jari 434      */    
2 26 Feb 07 jari 435     private int [] getDefaultGeneIndices(int length) {
2 26 Feb 07 jari 436         int [] indices = new int[length];
2 26 Feb 07 jari 437         for(int i = 0; i < indices.length; i++)
2 26 Feb 07 jari 438             indices[i] = i;
2 26 Feb 07 jari 439         
2 26 Feb 07 jari 440         return indices;
2 26 Feb 07 jari 441     }
2 26 Feb 07 jari 442     
2 26 Feb 07 jari 443     private void attachResultToChildAlgorithmSets(AlgorithmNode algNode, Experiment experiment, int [][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 444         //get data ouput nodes
2 26 Feb 07 jari 445         int outputCount = algNode.getChildCount();
2 26 Feb 07 jari 446         DataNode dataNode;
2 26 Feb 07 jari 447         for(int i = 0; i < outputCount; i++) {
2 26 Feb 07 jari 448             dataNode = ((DataNode)algNode.getChildAt(i));
2 26 Feb 07 jari 449             for( int j = 0; j < algSets.length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 450                 if(dataNode == algSets[j].getDataNode()) {
2 26 Feb 07 jari 451                     //if it's not multicluster ouput then append the propper experiment
2 26 Feb 07 jari 452                     
2 26 Feb 07 jari 453                     if(!dataNode.getDataOutputClass().equals(ScriptConstants.OUTPUT_DATA_CLASS_MULTICLUSTER_OUTPUT)
2 26 Feb 07 jari 454                     && !dataNode.getDataOutputClass().equals(ScriptConstants.OUTPUT_DATA_CLASS_GENE_MULTICLUSTER_OUTPUT)
2 26 Feb 07 jari 455                     && !dataNode.getDataOutputClass().equals(ScriptConstants.OUTPUT_DATA_CLASS_EXPERIMENT_MULTICLUSTER_OUTPUT)) {
2 26 Feb 07 jari 456                         if( i < clusters.length ) {
2 26 Feb 07 jari 457                             if(algNode.getAlgorithmType().equals(ScriptConstants.ALGORITHM_TYPE_CLUSTER_EXPERIMENTS))
2 26 Feb 07 jari 458                                 setExperiment(algSets[j], experiment, clusters[i], false);
2 26 Feb 07 jari 459                             else
2 26 Feb 07 jari 460                                 setExperiment(algSets[j], experiment, clusters[i], true);
2 26 Feb 07 jari 461                         }
2 26 Feb 07 jari 462                     }
2 26 Feb 07 jari 463
2 26 Feb 07 jari 464                     //if it IS multicluster output then the next algorithm must be for
2 26 Feb 07 jari 465                     //cluster selection.  This algorithm will require clusters[][] for selection process
2 26 Feb 07 jari 466                     else {
2 26 Feb 07 jari 467                         setExperimentAndClusters(algSets[j], experiment, clusters, algNode);
2 26 Feb 07 jari 468                     }
2 26 Feb 07 jari 469                     
2 26 Feb 07 jari 470                 }
2 26 Feb 07 jari 471             }
2 26 Feb 07 jari 472         }
2 26 Feb 07 jari 473     }
2 26 Feb 07 jari 474     
2 26 Feb 07 jari 475     /** Sets the Experiment into the output nodes
2 26 Feb 07 jari 476      */    
2 26 Feb 07 jari 477     private void setExperiment(AlgorithmSet algSet, Experiment experiment, int [] indices, boolean geneReduction) {
2 26 Feb 07 jari 478         ScriptDataTransformer transformer = new ScriptDataTransformer(experiment, framework);
2 26 Feb 07 jari 479         Experiment trimmedExperiment = transformer.getTrimmedExperiment(indices, geneReduction);
2 26 Feb 07 jari 480         algSet.setExperiment(trimmedExperiment);
2 26 Feb 07 jari 481     }
2 26 Feb 07 jari 482     
2 26 Feb 07 jari 483     
2 26 Feb 07 jari 484     /** Sets Experiment and cluster indicies.
2 26 Feb 07 jari 485      */    
2 26 Feb 07 jari 486     private void setExperimentAndClusters(AlgorithmSet algSet, Experiment experiment, int [][] clusters, AlgorithmNode algNode) {
2 26 Feb 07 jari 487         algSet.setExperiment(experiment);
2 26 Feb 07 jari 488         algSet.setClusters(clusters);
2 26 Feb 07 jari 489         if(algNode.getAlgorithmType().equals(ScriptConstants.ALGORITHM_TYPE_CLUSTER_GENES))
2 26 Feb 07 jari 490             algSet.setClusterType(ScriptConstants.CLUSTER_TYPE_GENE);
2 26 Feb 07 jari 491         else
2 26 Feb 07 jari 492             algSet.setClusterType(ScriptConstants.CLUSTER_TYPE_EXPERIMENT);
2 26 Feb 07 jari 493     }
2 26 Feb 07 jari 494     
2 26 Feb 07 jari 495     /** Extracts cluster results from tree nodes
2 26 Feb 07 jari 496      */    
2 26 Feb 07 jari 497     private int [][] extractClusters(DefaultMutableTreeNode analysisNode) {
2 26 Feb 07 jari 498         
2 26 Feb 07 jari 499         int [][] clusters;
2 26 Feb 07 jari 500         Enumeration _enum = analysisNode.depthFirstEnumeration();
2 26 Feb 07 jari 501         DefaultMutableTreeNode currentNode;
2 26 Feb 07 jari 502         IViewer viewer;
2 26 Feb 07 jari 503         Experiment exp;
2 26 Feb 07 jari 504         
2 26 Feb 07 jari 505         while (_enum.hasMoreElements()){
2 26 Feb 07 jari 506             currentNode = (DefaultMutableTreeNode)_enum.nextElement();
2 26 Feb 07 jari 507             if(currentNode.getUserObject() instanceof LeafInfo){
2 26 Feb 07 jari 508                 viewer = ((LeafInfo)currentNode.getUserObject()).getViewer();
2 26 Feb 07 jari 509                 if(viewer != null) {
2 26 Feb 07 jari 510                     exp = viewer.getExperiment();
2 26 Feb 07 jari 511                     clusters = viewer.getClusters();
2 26 Feb 07 jari 512                     if(exp != null && clusters != null) {
2 26 Feb 07 jari 513                         return clusters;
2 26 Feb 07 jari 514                     }
2 26 Feb 07 jari 515                 }
2 26 Feb 07 jari 516             }
2 26 Feb 07 jari 517         }
2 26 Feb 07 jari 518         return null;
2 26 Feb 07 jari 519     }
2 26 Feb 07 jari 520     /** Constructs cluster viewer for clusters selected
2 26 Feb 07 jari 521      * by cluster selection algorithms
2 26 Feb 07 jari 522      */    
2 26 Feb 07 jari 523     private DefaultMutableTreeNode getSelectedClusterViewers(AlgorithmData data, Experiment experiment, int [][] clusters, boolean areGeneClusters) {
2 26 Feb 07 jari 524         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode("Cluster Selection Results");
2 26 Feb 07 jari 525         addExpressionImages(node, experiment, clusters, areGeneClusters);
2 26 Feb 07 jari 526         addCentroidViews(node, experiment, clusters, areGeneClusters);
2 26 Feb 07 jari 527         addSelectionInfoViewer(node, data);
2 26 Feb 07 jari 528         return node;
2 26 Feb 07 jari 529     }
2 26 Feb 07 jari 530     
2 26 Feb 07 jari 531     /**
2 26 Feb 07 jari 532      * Adds nodes to display clusters data.
2 26 Feb 07 jari 533      */
2 26 Feb 07 jari 534     private void addExpressionImages(DefaultMutableTreeNode root, Experiment experiment, int [][] clusters, boolean clusterGenes) {
2 26 Feb 07 jari 535         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode("Expression Images");
2 26 Feb 07 jari 536         IViewer expViewer;
2 26 Feb 07 jari 537         if(clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 538             expViewer = new ScriptExperimentViewer(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 539         else
2 26 Feb 07 jari 540             expViewer = new ScriptExperimentClusterViewer(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 541         
2 26 Feb 07 jari 542         for (int i=0; i<clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 543             node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster "+String.valueOf(i+1), expViewer, new Integer(i))));
2 26 Feb 07 jari 544         }
2 26 Feb 07 jari 545         root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 546     }
2 26 Feb 07 jari 547     
2 26 Feb 07 jari 548     /**
2 26 Feb 07 jari 549      * Adds nodes to display centroid charts.
2 26 Feb 07 jari 550      */
2 26 Feb 07 jari 551     private void addCentroidViews(DefaultMutableTreeNode root, Experiment experiment, int [][] clusters, boolean clusterGenes) {
2 26 Feb 07 jari 552         DefaultMutableTreeNode centroidNode = new DefaultMutableTreeNode("Centroid Graphs");
2 26 Feb 07 jari 553         DefaultMutableTreeNode expressionNode = new DefaultMutableTreeNode("Expression Graphs");
2 26 Feb 07 jari 554         
2 26 Feb 07 jari 555         FloatMatrix matrix = experiment.getMatrix();
2 26 Feb 07 jari 556         if(!clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 557             matrix = matrix.transpose();
2 26 Feb 07 jari 558         
2 26 Feb 07 jari 559         FloatMatrix means = getMeans(matrix, clusters);
2 26 Feb 07 jari 560         FloatMatrix variances = getVariances(matrix, means, clusters);
2 26 Feb 07 jari 561         
2 26 Feb 07 jari 562         //if ! genes then transpose it back
2 26 Feb 07 jari 563         if(!clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 564             matrix = matrix.transpose();
2 26 Feb 07 jari 565         
2 26 Feb 07 jari 566         
2 26 Feb 07 jari 567         ScriptCentroidViewer centroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 568         ScriptExperimentCentroidViewer expCentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 569         if(clusterGenes){
2 26 Feb 07 jari 570             centroidViewer = new ScriptCentroidViewer(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 571             centroidViewer.setMeans(means.A);
2 26 Feb 07 jari 572             centroidViewer.setVariances(variances.A);
2 26 Feb 07 jari 573             for (int i=0; i<clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 574                 centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster "+String.valueOf(i+1), centroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 575                 expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster "+String.valueOf(i+1), centroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 576             }
2 26 Feb 07 jari 577             
2 26 Feb 07 jari 578             ScriptCentroidsViewer centroidsViewer = new ScriptCentroidsViewer(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 579             centroidsViewer.setMeans(means.A);
2 26 Feb 07 jari 580             centroidsViewer.setVariances(variances.A);
2 26 Feb 07 jari 581             
2 26 Feb 07 jari 582             centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All Clusters", centroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 583             expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All Clusters", centroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 584             
2 26 Feb 07 jari 585         }
2 26 Feb 07 jari 586         else{
2 26 Feb 07 jari 587             expCentroidViewer = new ScriptExperimentCentroidViewer(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 588             
2 26 Feb 07 jari 589             expCentroidViewer.setMeans(means.A);
2 26 Feb 07 jari 590             expCentroidViewer.setVariances(variances.A);
2 26 Feb 07 jari 591             for (int i=0; i<clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 592                 centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster "+String.valueOf(i+1), expCentroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 593                 expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster "+String.valueOf(i+1), expCentroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 594             }
2 26 Feb 07 jari 595             ScriptExperimentCentroidsViewer expCentroidsViewer = new ScriptExperimentCentroidsViewer(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 596             expCentroidsViewer.setMeans(means.A);
2 26 Feb 07 jari 597             expCentroidsViewer.setVariances(variances.A);
2 26 Feb 07 jari 598             
2 26 Feb 07 jari 599             centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All Clusters", expCentroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 600             expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All Clusters", expCentroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 601         }
2 26 Feb 07 jari 602         root.add(centroidNode);
2 26 Feb 07 jari 603         root.add(expressionNode);
2 26 Feb 07 jari 604     }
2 26 Feb 07 jari 605     
2 26 Feb 07 jari 606     /** Creates a viewer for cluster selection results
2 26 Feb 07 jari 607      */    
2 26 Feb 07 jari 608     private void addSelectionInfoViewer(DefaultMutableTreeNode root, AlgorithmData data) {
2 26 Feb 07 jari 609         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Selection Information", new ScriptClusterSelectionInfoViewer(data)));
2 26 Feb 07 jari 610         root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 611     }
2 26 Feb 07 jari 612 }

Generated on Thu Jul 20 09:30:42 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)