mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/util/Adjustment.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1
2 26 Feb 07 jari 2 /*
2 26 Feb 07 jari 3 Copyright @ 1999-2005, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 4 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 5  */
2 26 Feb 07 jari 6 /*
2 26 Feb 07 jari 7  * $RCSfile: Adjustment.java,v $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Revision: 1.7 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Date: 2006/02/24 16:52:41 $
2 26 Feb 07 jari 10  * $Author: wwang67 $
2 26 Feb 07 jari 11  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 12  */
2 26 Feb 07 jari 13 package org.tigr.microarray.util;
2 26 Feb 07 jari 14
2 26 Feb 07 jari 15 import java.util.ArrayList;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.util.Arrays;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.util.Collections;
2 26 Feb 07 jari 18
2 26 Feb 07 jari 19 import org.tigr.util.FloatMatrix;
2 26 Feb 07 jari 20
2 26 Feb 07 jari 21
2 26 Feb 07 jari 22 public class Adjustment {
2 26 Feb 07 jari 23     
2 26 Feb 07 jari 24     public static void log2Transform(FloatMatrix matrix) {
2 26 Feb 07 jari 25         float value;
2 26 Feb 07 jari 26         for (int i=0; i<matrix.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 27             for (int j=0; j<matrix.getColumnDimension(); j++) {
2 26 Feb 07 jari 28                 value=matrix.get(i,j);
2 26 Feb 07 jari 29                 if (!Float.isNaN(value)) {
2 26 Feb 07 jari 30                     if (value>0) {
2 26 Feb 07 jari 31                         matrix.set(i,j,(float)(Math.log(value)/0.69314718));
2 26 Feb 07 jari 32                     } else {
2 26 Feb 07 jari 33                         matrix.set(i,j,Float.NaN);
2 26 Feb 07 jari 34                     }
2 26 Feb 07 jari 35                 }
2 26 Feb 07 jari 36             }
2 26 Feb 07 jari 37         }
2 26 Feb 07 jari 38     }
2 26 Feb 07 jari 39
2 26 Feb 07 jari 40     public static void unlog2Transform(FloatMatrix matrix) {
2 26 Feb 07 jari 41         float value;
2 26 Feb 07 jari 42         for (int i=0; i<matrix.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 43             for (int j=0; j<matrix.getColumnDimension(); j++) {
2 26 Feb 07 jari 44                 value=matrix.get(i,j);
2 26 Feb 07 jari 45                 if (!Float.isNaN(value)) {
2 26 Feb 07 jari 46                         matrix.set(i,j,(float)(Math.pow(2,value)));
2 26 Feb 07 jari 47                 }
2 26 Feb 07 jari 48             }
2 26 Feb 07 jari 49         }
2 26 Feb 07 jari 50     }
2 26 Feb 07 jari 51     public static void normalizeSpots(FloatMatrix matrix) {
2 26 Feb 07 jari 52         for (int i=0; i<matrix.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 53             normalizeGene(matrix, i);
2 26 Feb 07 jari 54         }
2 26 Feb 07 jari 55     }
2 26 Feb 07 jari 56     
2 26 Feb 07 jari 57     public static void divideSpotsRMS(FloatMatrix matrix) {
2 26 Feb 07 jari 58         for (int i=0; i<matrix.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 59             divideGeneByRMS(matrix, i);
2 26 Feb 07 jari 60         }
2 26 Feb 07 jari 61     }
2 26 Feb 07 jari 62     
2 26 Feb 07 jari 63     // pcahan -- affy-abs specific adjustments
2 26 Feb 07 jari 64     public static void divideGenesMedian(FloatMatrix matrix) {
2 26 Feb 07 jari 65         float median = 0f;
2 26 Feb 07 jari 66         float value = 0f;
2 26 Feb 07 jari 67         int num_samples = matrix.getColumnDimension();
2 26 Feb 07 jari 68         int num_genes = matrix.getRowDimension();
2 26 Feb 07 jari 69         
2 26 Feb 07 jari 70         ArrayList row = new ArrayList(num_genes);
2 26 Feb 07 jari 71         // foreach gene
2 26 Feb 07 jari 72         for (int gene = 0; gene < num_genes; gene++) {
2 26 Feb 07 jari 73             median = 0f;
2 26 Feb 07 jari 74             
2 26 Feb 07 jari 75             // get median
2 26 Feb 07 jari 76             for (int sample = 0; sample < num_samples; sample++) {
2 26 Feb 07 jari 77                 row.add(sample, new Float(matrix.get(gene,sample)));
2 26 Feb 07 jari 78             }
2 26 Feb 07 jari 79             
2 26 Feb 07 jari 80             median = getGeneMedian(row);
2 26 Feb 07 jari 81             
2 26 Feb 07 jari 82             // set value = signal/median
2 26 Feb 07 jari 83             for (int sample = 0; sample < num_samples; sample++) {
2 26 Feb 07 jari 84                 value = matrix.get(gene, sample);
2 26 Feb 07 jari 85                 
2 26 Feb 07 jari 86                 matrix.set(gene, sample, (float) (value / median));
2 26 Feb 07 jari 87             }
2 26 Feb 07 jari 88             row.clear();
2 26 Feb 07 jari 89         }
2 26 Feb 07 jari 90     }
2 26 Feb 07 jari 91     
2 26 Feb 07 jari 92     public static void divideGenesMean(FloatMatrix matrix) {
2 26 Feb 07 jari 93         
2 26 Feb 07 jari 94         for (int g=0; g<matrix.getRowDimension(); g++) {
2 26 Feb 07 jari 95             double Mean = 0.0;
2 26 Feb 07 jari 96             int i;
2 26 Feb 07 jari 97             int n = matrix.getColumnDimension();
2 26 Feb 07 jari 98             int validN = 0;
2 26 Feb 07 jari 99             
2 26 Feb 07 jari 100             float value;
2 26 Feb 07 jari 101             for (i = 0; i < n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 102                 value = matrix.get(g, i);
2 26 Feb 07 jari 103                 if (!Float.isNaN(value)) {
2 26 Feb 07 jari 104                     Mean += value;
2 26 Feb 07 jari 105                     validN++;
2 26 Feb 07 jari 106                 }
2 26 Feb 07 jari 107             }
2 26 Feb 07 jari 108             
2 26 Feb 07 jari 109             if(validN > 0)
2 26 Feb 07 jari 110                 Mean /= (double)validN;
2 26 Feb 07 jari 111  
2 26 Feb 07 jari 112             for (i = 0; i < n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 113                 value = matrix.get(g, i);
2 26 Feb 07 jari 114                 if (!Float.isNaN(value)) {
2 26 Feb 07 jari 115                     matrix.set(g, i, (float) (value / Mean));
2 26 Feb 07 jari 116                 }
2 26 Feb 07 jari 117             }
2 26 Feb 07 jari 118         }
2 26 Feb 07 jari 119     }
2 26 Feb 07 jari 120     
2 26 Feb 07 jari 121     
2 26 Feb 07 jari 122     public static void divideSpotsSD(FloatMatrix matrix) {
2 26 Feb 07 jari 123         for (int i=0; i<matrix.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 124             divideGeneBySD(matrix, i);
2 26 Feb 07 jari 125         }
2 26 Feb 07 jari 126     }
2 26 Feb 07 jari 127     
2 26 Feb 07 jari 128     public static void meanCenterSpots(FloatMatrix matrix) {
2 26 Feb 07 jari 129         for (int i=0; i<matrix.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 130             meanCenterGene(matrix, i);
2 26 Feb 07 jari 131         }
2 26 Feb 07 jari 132     }
2 26 Feb 07 jari 133     
2 26 Feb 07 jari 134     public static void medianCenterSpots(FloatMatrix matrix) {
2 26 Feb 07 jari 135         for (int i=0; i<matrix.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 136             medianCenterGene(matrix, i);
2 26 Feb 07 jari 137         }
2 26 Feb 07 jari 138     }
2 26 Feb 07 jari 139     
2 26 Feb 07 jari 140     public static void digitalSpots(FloatMatrix matrix) {
2 26 Feb 07 jari 141         for (int i=0; i<matrix.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 142             makeDigitalGene(matrix, i);
2 26 Feb 07 jari 143         }
2 26 Feb 07 jari 144     }
2 26 Feb 07 jari 145     
2 26 Feb 07 jari 146     public static void normalizeExperiments(FloatMatrix matrix) {
2 26 Feb 07 jari 147         for (int i=0; i<matrix.getColumnDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 148             normalizeExperiment(matrix, i);
2 26 Feb 07 jari 149         }
2 26 Feb 07 jari 150     }
2 26 Feb 07 jari 151     
2 26 Feb 07 jari 152     public static void divideExperimentsRMS(FloatMatrix matrix) {
2 26 Feb 07 jari 153         for (int i=0; i<matrix.getColumnDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 154             divideExperimentByRMS(matrix, i);
2 26 Feb 07 jari 155         }
2 26 Feb 07 jari 156     }
2 26 Feb 07 jari 157     
2 26 Feb 07 jari 158     public static void divideExperimentsSD(FloatMatrix matrix) {
2 26 Feb 07 jari 159         for (int i=0; i<matrix.getColumnDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 160             divideExperimentBySD(matrix, i);
2 26 Feb 07 jari 161         }
2 26 Feb 07 jari 162     }
2 26 Feb 07 jari 163     
2 26 Feb 07 jari 164     public static void meanCenterExperiments(FloatMatrix matrix) {
2 26 Feb 07 jari 165         for (int i=0; i<matrix.getColumnDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 166             meanCenterExperiment(matrix, i);
2 26 Feb 07 jari 167         }
2 26 Feb 07 jari 168     }
2 26 Feb 07 jari 169     
2 26 Feb 07 jari 170     public static void medianCenterExperiments(FloatMatrix matrix) {
2 26 Feb 07 jari 171         for (int i=0; i<matrix.getColumnDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 172             medianCenterExperiment(matrix, i);
2 26 Feb 07 jari 173         }
2 26 Feb 07 jari 174     }
2 26 Feb 07 jari 175     
2 26 Feb 07 jari 176     public static void digitalExperiments(FloatMatrix matrix) {
2 26 Feb 07 jari 177         for (int i=0; i<matrix.getColumnDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 178             makeDigitalExperiment(matrix, i);
2 26 Feb 07 jari 179         }
2 26 Feb 07 jari 180     }
2 26 Feb 07 jari 181     
2 26 Feb 07 jari 182     public static void log10toLog2(FloatMatrix matrix) {
2 26 Feb 07 jari 183         float value;
2 26 Feb 07 jari 184         for (int i=0; i<matrix.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 185             for (int j=0; j<matrix.getColumnDimension(); j++) {
2 26 Feb 07 jari 186                 value=matrix.get(i,j);
2 26 Feb 07 jari 187                 if (!Float.isNaN(value)) matrix.set(i,j,(float)(value/0.301029995));
2 26 Feb 07 jari 188             }
2 26 Feb 07 jari 189         }
2 26 Feb 07 jari 190     }
2 26 Feb 07 jari 191     public static void log2toLog10(FloatMatrix matrix) {
2 26 Feb 07 jari 192         float value;
2 26 Feb 07 jari 193         for (int i=0; i<matrix.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 194             for (int j=0; j<matrix.getColumnDimension(); j++) {
2 26 Feb 07 jari 195                 value=matrix.get(i,j);
2 26 Feb 07 jari 196                 if (!Float.isNaN(value)) matrix.set(i,j,(float)(value*0.301029995));
2 26 Feb 07 jari 197             }
2 26 Feb 07 jari 198         }
2 26 Feb 07 jari 199     }
2 26 Feb 07 jari 200     private static void normalizeGene(FloatMatrix matrix, int GeneNumber) {
2 26 Feb 07 jari 201         double Mean=0.0;
2 26 Feb 07 jari 202         double StandardDeviation=0.0;
2 26 Feb 07 jari 203         int i;
2 26 Feb 07 jari 204         int n=matrix.getColumnDimension();
2 26 Feb 07 jari 205         int validN = 0;
2 26 Feb 07 jari 206         float value;
2 26 Feb 07 jari 207         for (i=0; i<n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 208             value=matrix.get(GeneNumber,i);
2 26 Feb 07 jari 209             if (!Float.isNaN(value)) {
2 26 Feb 07 jari 210                 Mean += value;
2 26 Feb 07 jari 211                 validN++;
2 26 Feb 07 jari 212             }
2 26 Feb 07 jari 213         }
2 26 Feb 07 jari 214         
2 26 Feb 07 jari 215         if(validN > 0)
2 26 Feb 07 jari 216             Mean /= (double)validN;
2 26 Feb 07 jari 217         
2 26 Feb 07 jari 218         for (i=0; i<n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 219             value=matrix.get(GeneNumber,i);
2 26 Feb 07 jari 220             if (!Float.isNaN(value)) StandardDeviation+=Math.pow((value-Mean),2);
2 26 Feb 07 jari 221         }
2 26 Feb 07 jari 222         
2 26 Feb 07 jari 223         if(validN > 1)
2 26 Feb 07 jari 224             StandardDeviation=Math.sqrt(StandardDeviation/(double)(validN-1));
2 26 Feb 07 jari 225         else
2 26 Feb 07 jari 226             StandardDeviation=0.0d;
2 26 Feb 07 jari 227         
2 26 Feb 07 jari 228         for (i=0; i<n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 229             value=matrix.get(GeneNumber,i);
2 26 Feb 07 jari 230             if (!Float.isNaN(value)) {
2 26 Feb 07 jari 231                 if (StandardDeviation!=0) {
2 26 Feb 07 jari 232                     matrix.set(GeneNumber,i,(float)((value-Mean)/StandardDeviation));
2 26 Feb 07 jari 233                 } else {
2 26 Feb 07 jari 234                     matrix.set(GeneNumber,i,(float)((value-Mean)/Float.MIN_VALUE));
2 26 Feb 07 jari 235                 }
2 26 Feb 07 jari 236             }
2 26 Feb 07 jari 237         }
2 26 Feb 07 jari 238     }
2 26 Feb 07 jari 239     
2 26 Feb 07 jari 240     
2 26 Feb 07 jari 241     private static void divideGeneByRMS(FloatMatrix matrix, int GeneNumber) {
2 26 Feb 07 jari 242         double Mean=0.0;
2 26 Feb 07 jari 243         double RMS=0.0;
2 26 Feb 07 jari 244         float value=0.0f;
2 26 Feb 07 jari 245         int i;
2 26 Feb 07 jari 246         int n=matrix.getColumnDimension();
2 26 Feb 07 jari 247         int validN = 0;
2 26 Feb 07 jari 248         for (i=0; i<n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 249             value=matrix.get(GeneNumber,i);
2 26 Feb 07 jari 250             if (!Float.isNaN(value)) {
2 26 Feb 07 jari 251                 RMS+=Math.pow((value),2);
2 26 Feb 07 jari 252                 validN++;
2 26 Feb 07 jari 253             }
2 26 Feb 07 jari 254         }
2 26 Feb 07 jari 255         if(validN > 1)
2 26 Feb 07 jari 256             RMS=Math.sqrt(RMS/(double)(validN-1));
2 26 Feb 07 jari 257         else if(validN == 0)
2 26 Feb 07 jari 258             RMS=Math.sqrt(RMS);
2 26 Feb 07 jari 259         else
2 26 Feb 07 jari 260             RMS=0.0d;
2 26 Feb 07 jari 261         
2 26 Feb 07 jari 262         for (i=0; i<n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 263             value=matrix.get(GeneNumber,i);
2 26 Feb 07 jari 264             if (!Float.isNaN(value)) {
2 26 Feb 07 jari 265                 if (RMS!=0) {
2 26 Feb 07 jari 266                     matrix.set(GeneNumber,i,(float)((value)/RMS));
2 26 Feb 07 jari 267                 } else {
2 26 Feb 07 jari 268                     matrix.set(GeneNumber,i,(float)((value)/Float.MIN_VALUE));
2 26 Feb 07 jari 269                 }
2 26 Feb 07 jari 270             }
2 26 Feb 07 jari 271         }
2 26 Feb 07 jari 272     }
2 26 Feb 07 jari 273     
2 26 Feb 07 jari 274     private static void divideGeneBySD(FloatMatrix matrix, int GeneNumber) {
2 26 Feb 07 jari 275         double Mean=0.0;
2 26 Feb 07 jari 276         double StandardDeviation=0.0;
2 26 Feb 07 jari 277         int i;
2 26 Feb 07 jari 278         int n=matrix.getColumnDimension();
2 26 Feb 07 jari 279         int validN = 0;
2 26 Feb 07 jari 280         float value;
2 26 Feb 07 jari 281         for (i=0; i<n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 282             value=matrix.get(GeneNumber,i);
2 26 Feb 07 jari 283             if (!Float.isNaN(value)) {
2 26 Feb 07 jari 284                 Mean += value;
2 26 Feb 07 jari 285                 validN++;
2 26 Feb 07 jari 286             }
2 26 Feb 07 jari 287         }
2 26 Feb 07 jari 288         
2 26 Feb 07 jari 289         if(validN > 0)
2 26 Feb 07 jari 290             Mean /= (double)validN;
2 26 Feb 07 jari 291         
2 26 Feb 07 jari 292         for (i=0; i<n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 293             value=matrix.get(GeneNumber,i);
2 26 Feb 07 jari 294             if (!Float.isNaN(value)) StandardDeviation+=Math.pow((value-Mean),2);
2 26 Feb 07 jari 295         }
2 26 Feb 07 jari 296         
2 26 Feb 07 jari 297         if(validN > 1)
2 26 Feb 07 jari 298             StandardDeviation=Math.sqrt(StandardDeviation/(double)(validN-1));
2 26 Feb 07 jari 299         else
2 26 Feb 07 jari 300             StandardDeviation=0.0d;
2 26 Feb 07 jari 301         
2 26 Feb 07 jari 302         for (i=0; i<n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 303             value=matrix.get(GeneNumber,i);
2 26 Feb 07 jari 304             if (!Float.isNaN(value)) {
2 26 Feb 07 jari 305                 if (StandardDeviation!=0) {
2 26 Feb 07 jari 306                     matrix.set(GeneNumber,i,(float)((value)/StandardDeviation));
2 26 Feb 07 jari 307                 } else {
2 26 Feb 07 jari 308                     matrix.set(GeneNumber,i,(float)((value)/Float.MIN_VALUE));
2 26 Feb 07 jari 309                 }
2 26 Feb 07 jari 310             }
2 26 Feb 07 jari 311         }
2 26 Feb 07 jari 312     }
2 26 Feb 07 jari 313     
2 26 Feb 07 jari 314     public static void meanCenterGene(FloatMatrix matrix, int GeneNumber) {
2 26 Feb 07 jari 315         double Mean=0.0;
2 26 Feb 07 jari 316         int i;
2 26 Feb 07 jari 317         int n=matrix.getColumnDimension();
2 26 Feb 07 jari 318         int validN = 0;
2 26 Feb 07 jari 319         float value;
2 26 Feb 07 jari 320         for (i=0; i<n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 321             value=matrix.get(GeneNumber,i);
2 26 Feb 07 jari 322             if (!Float.isNaN(value)) {
2 26 Feb 07 jari 323                 Mean += value;
2 26 Feb 07 jari 324                 validN++;
2 26 Feb 07 jari 325             }
2 26 Feb 07 jari 326         }
2 26 Feb 07 jari 327         
2 26 Feb 07 jari 328         if(validN > 0)
2 26 Feb 07 jari 329             Mean /= (double)validN;
2 26 Feb 07 jari 330         
2 26 Feb 07 jari 331         for (i=0; i<n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 332             value=matrix.get(GeneNumber,i);
2 26 Feb 07 jari 333             if (!Float.isNaN(value)) {
2 26 Feb 07 jari 334                 matrix.set(GeneNumber,i,(float)(value-Mean));
2 26 Feb 07 jari 335             }
2 26 Feb 07 jari 336         }
2 26 Feb 07 jari 337     }
2 26 Feb 07 jari 338     
2 26 Feb 07 jari 339     private static void medianCenterGene(FloatMatrix matrix, int GeneNumber) {
2 26 Feb 07 jari 340         int i;
2 26 Feb 07 jari 341         int n=matrix.getColumnDimension();
2 26 Feb 07 jari 342         float value;
2 26 Feb 07 jari 343         int k=0;
2 26 Feb 07 jari 344         for (i=0; i<n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 345             value=matrix.get(GeneNumber,i);
2 26 Feb 07 jari 346             if (!Float.isNaN(value)) k++;
2 26 Feb 07 jari 347         }
2 26 Feb 07 jari 348         float[] DummyArray=new float [k];
2 26 Feb 07 jari 349         k=0;
2 26 Feb 07 jari 350         for (i=0; i<n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 351             value=matrix.get(GeneNumber,i);
2 26 Feb 07 jari 352             if (!Float.isNaN(value)) {
2 26 Feb 07 jari 353                 DummyArray[k]=value;
2 26 Feb 07 jari 354                 k++;
2 26 Feb 07 jari 355             }
2 26 Feb 07 jari 356         }
2 26 Feb 07 jari 357         Arrays.sort(DummyArray);
2 26 Feb 07 jari 358         float Median=0.0f;
2 26 Feb 07 jari 359         if (k%2==0) {
2 26 Feb 07 jari 360             if (k>0) Median=(float)(0.5*(DummyArray[k/2-1]+DummyArray[(k/2)]));
2 26 Feb 07 jari 361         } else {
2 26 Feb 07 jari 362             Median=DummyArray[(k+1)/2-1];
2 26 Feb 07 jari 363         }
2 26 Feb 07 jari 364         for (i=0; i<n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 365             value=matrix.get(GeneNumber,i);
2 26 Feb 07 jari 366             if (!Float.isNaN(value)) {
2 26 Feb 07 jari 367                 matrix.set(GeneNumber,i,(float)(value-Median));
2 26 Feb 07 jari 368             }
2 26 Feb 07 jari 369         }
2 26 Feb 07 jari 370     }
2 26 Feb 07 jari 371     
2 26 Feb 07 jari 372     private static void makeDigitalGene(FloatMatrix matrix, int Gene) {
2 26 Feb 07 jari 373         int n=matrix.getColumnDimension();
2 26 Feb 07 jari 374         int NumberOfBins=(int)Math.floor(Math.log(n)/Math.log(2));
2 26 Feb 07 jari 375         int Step=1000000/NumberOfBins;
2 26 Feb 07 jari 376         float Minimum=Float.MAX_VALUE;
2 26 Feb 07 jari 377         float Maximum=0;
2 26 Feb 07 jari 378         for (int i=0; i<n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 379             if (matrix.get(Gene,i)<Minimum) Minimum=matrix.get(Gene,i);
2 26 Feb 07 jari 380         }
2 26 Feb 07 jari 381         for (int i=0; i<n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 382             matrix.set(Gene,i,matrix.get(Gene,i)-Minimum);
2 26 Feb 07 jari 383         }
2 26 Feb 07 jari 384         for (int i=0; i<n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 385             if (matrix.get(Gene,i)>Maximum) Maximum=matrix.get(Gene,i);
2 26 Feb 07 jari 386         }
2 26 Feb 07 jari 387         for (int i=0; i<n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 388             matrix.set(Gene,i,matrix.get(Gene,i)/Maximum);
2 26 Feb 07 jari 389         }
2 26 Feb 07 jari 390         for (int i=0; i<n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 391             if (matrix.get(Gene,i)==1.0) {
2 26 Feb 07 jari 392                 matrix.set(Gene,i,(float)NumberOfBins);
2 26 Feb 07 jari 393             } else {
2 26 Feb 07 jari 394                 matrix.set(Gene,i,(float)(Math.floor(matrix.get(Gene,i)*1000000/Step)+1));
2 26 Feb 07 jari 395             }
2 26 Feb 07 jari 396         }
2 26 Feb 07 jari 397     }
2 26 Feb 07 jari 398     
2 26 Feb 07 jari 399     private static void normalizeExperiment(FloatMatrix matrix, int ExperimentNumber) {
2 26 Feb 07 jari 400         double Mean=0.0;
2 26 Feb 07 jari 401         double StandardDeviation=0.0;
2 26 Feb 07 jari 402         int i;
2 26 Feb 07 jari 403         int n=matrix.getRowDimension();
2 26 Feb 07 jari 404         int validN = 0;
2 26 Feb 07 jari 405         float value;
2 26 Feb 07 jari 406         for (i=0; i<n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 407             value=matrix.get(i,ExperimentNumber);
2 26 Feb 07 jari 408             if (!Float.isNaN(value)) {
2 26 Feb 07 jari 409                 Mean += value;
2 26 Feb 07 jari 410                 validN++;
2 26 Feb 07 jari 411             }
2 26 Feb 07 jari 412         }
2 26 Feb 07 jari 413         
2 26 Feb 07 jari 414         if(validN > 0)
2 26 Feb 07 jari 415             Mean /= (double)validN;
2 26 Feb 07 jari 416         
2 26 Feb 07 jari 417         for (i=0; i<n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 418             value=matrix.get(i,ExperimentNumber);
2 26 Feb 07 jari 419             if (!Float.isNaN(value)) StandardDeviation+=Math.pow((value-Mean),2);
2 26 Feb 07 jari 420         }
2 26 Feb 07 jari 421         
2 26 Feb 07 jari 422         if(validN > 1)
2 26 Feb 07 jari 423             StandardDeviation=Math.sqrt(StandardDeviation/(double)(validN-1));
2 26 Feb 07 jari 424         else
2 26 Feb 07 jari 425             StandardDeviation=0.0d;
2 26 Feb 07 jari 426         
2 26 Feb 07 jari 427         for (i=0; i<n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 428             value=matrix.get(i,ExperimentNumber);
2 26 Feb 07 jari 429             if (!Float.isNaN(value)) {
2 26 Feb 07 jari 430                 if (StandardDeviation!=0) {
2 26 Feb 07 jari 431                     matrix.set(i,ExperimentNumber,(float)((value-Mean)/StandardDeviation));
2 26 Feb 07 jari 432                 } else {
2 26 Feb 07 jari 433                     matrix.set(i,ExperimentNumber,(float)((value-Mean)/Float.MIN_VALUE));
2 26 Feb 07 jari 434                 }
2 26 Feb 07 jari 435             }
2 26 Feb 07 jari 436         }
2 26 Feb 07 jari 437     }
2 26 Feb 07 jari 438     
2 26 Feb 07 jari 439     private static void divideExperimentBySD(FloatMatrix matrix, int ExperimentNumber) {
2 26 Feb 07 jari 440         double Mean=0.0;
2 26 Feb 07 jari 441         double StandardDeviation=0.0;
2 26 Feb 07 jari 442         int i;
2 26 Feb 07 jari 443         int n=matrix.getRowDimension();
2 26 Feb 07 jari 444         int validN = 0;
2 26 Feb 07 jari 445         float value;
2 26 Feb 07 jari 446         for (i=0; i<n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 447             value=matrix.get(i,ExperimentNumber);
2 26 Feb 07 jari 448             if (!Float.isNaN(value)) {
2 26 Feb 07 jari 449                 Mean += value;
2 26 Feb 07 jari 450                 validN++;
2 26 Feb 07 jari 451             }
2 26 Feb 07 jari 452         }
2 26 Feb 07 jari 453         
2 26 Feb 07 jari 454         if(validN > 0)
2 26 Feb 07 jari 455             Mean /= (double)validN;
2 26 Feb 07 jari 456         
2 26 Feb 07 jari 457         for (i=0; i<n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 458             value=matrix.get(i,ExperimentNumber);
2 26 Feb 07 jari 459             if (!Float.isNaN(value)) StandardDeviation+=Math.pow((value-Mean),2);
2 26 Feb 07 jari 460         }
2 26 Feb 07 jari 461         
2 26 Feb 07 jari 462         if(validN > 1)
2 26 Feb 07 jari 463             StandardDeviation=Math.sqrt(StandardDeviation/(double)(validN-1));
2 26 Feb 07 jari 464         else
2 26 Feb 07 jari 465             StandardDeviation=0.0d;
2 26 Feb 07 jari 466         
2 26 Feb 07 jari 467         for (i=0; i<n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 468             value=matrix.get(i,ExperimentNumber);
2 26 Feb 07 jari 469             if (!Float.isNaN(value)) {
2 26 Feb 07 jari 470                 if (StandardDeviation!=0) {
2 26 Feb 07 jari 471                     matrix.set(i,ExperimentNumber,(float)((value)/StandardDeviation));
2 26 Feb 07 jari 472                 } else {
2 26 Feb 07 jari 473                     matrix.set(i,ExperimentNumber,(float)((value)/Float.MIN_VALUE));
2 26 Feb 07 jari 474                 }
2 26 Feb 07 jari 475             }
2 26 Feb 07 jari 476         }
2 26 Feb 07 jari 477     }
2 26 Feb 07 jari 478     
2 26 Feb 07 jari 479     private static void divideExperimentByRMS(FloatMatrix matrix, int ExperimentNumber) {
2 26 Feb 07 jari 480         double Mean=0.0;
2 26 Feb 07 jari 481         double RMS=0.0;
2 26 Feb 07 jari 482         float value;
2 26 Feb 07 jari 483         int i;
2 26 Feb 07 jari 484         int n=matrix.getRowDimension();
2 26 Feb 07 jari 485         int validN = 0;
2 26 Feb 07 jari 486         for (i=0; i<n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 487             value=matrix.get(i,ExperimentNumber);
2 26 Feb 07 jari 488             if (!Float.isNaN(value)) {
2 26 Feb 07 jari 489                 RMS+=Math.pow(value,2);
2 26 Feb 07 jari 490                 validN++;
2 26 Feb 07 jari 491             }
2 26 Feb 07 jari 492         }
2 26 Feb 07 jari 493         if(validN > 0)
2 26 Feb 07 jari 494             RMS=Math.sqrt(RMS/(double)(validN));
2 26 Feb 07 jari 495         
2 26 Feb 07 jari 496         for (i=0; i<n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 497             value=matrix.get(i,ExperimentNumber);
2 26 Feb 07 jari 498             if (!Float.isNaN(value)) {
2 26 Feb 07 jari 499                 if (RMS!=0) {
2 26 Feb 07 jari 500                     matrix.set(i,ExperimentNumber,(float)((value)/RMS));
2 26 Feb 07 jari 501                 } else {
2 26 Feb 07 jari 502                     matrix.set(i,ExperimentNumber,(float)((value)/Float.MIN_VALUE));
2 26 Feb 07 jari 503                 }
2 26 Feb 07 jari 504             }
2 26 Feb 07 jari 505         }
2 26 Feb 07 jari 506     }
2 26 Feb 07 jari 507     
2 26 Feb 07 jari 508     private static void meanCenterExperiment(FloatMatrix matrix, int ExperimentNumber) {
2 26 Feb 07 jari 509         double Mean=0.0;
2 26 Feb 07 jari 510         int i;
2 26 Feb 07 jari 511         int n=matrix.getRowDimension();
2 26 Feb 07 jari 512         int validN = 0;
2 26 Feb 07 jari 513         float value;
2 26 Feb 07 jari 514         for (i=0; i<n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 515             value=matrix.get(i,ExperimentNumber);
2 26 Feb 07 jari 516             if (!Float.isNaN(value)) {
2 26 Feb 07 jari 517                 Mean += value;
2 26 Feb 07 jari 518                 validN++;
2 26 Feb 07 jari 519             }
2 26 Feb 07 jari 520         }
2 26 Feb 07 jari 521         
2 26 Feb 07 jari 522         if(validN > 0)
2 26 Feb 07 jari 523             Mean /= (double)validN;
2 26 Feb 07 jari 524         
2 26 Feb 07 jari 525         for (i=0; i<n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 526             value=matrix.get(i,ExperimentNumber);
2 26 Feb 07 jari 527             if (!Float.isNaN(value)) {
2 26 Feb 07 jari 528                 matrix.set(i,ExperimentNumber,(float)(value-Mean));
2 26 Feb 07 jari 529             }
2 26 Feb 07 jari 530         }
2 26 Feb 07 jari 531     }
2 26 Feb 07 jari 532     
2 26 Feb 07 jari 533     private static void medianCenterExperiment(FloatMatrix matrix, int ExperimentNumber) {
2 26 Feb 07 jari 534         int i;
2 26 Feb 07 jari 535         int n=matrix.getRowDimension();
2 26 Feb 07 jari 536         float value;
2 26 Feb 07 jari 537         int k=0;
2 26 Feb 07 jari 538         for (i=0; i<n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 539             value=matrix.get(i,ExperimentNumber);
2 26 Feb 07 jari 540             if (!Float.isNaN(value)) k++;
2 26 Feb 07 jari 541         }
2 26 Feb 07 jari 542         float[] DummyArray=new float [k];
2 26 Feb 07 jari 543         k=0;
2 26 Feb 07 jari 544         for (i=0; i<n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 545             value=matrix.get(i,ExperimentNumber);
2 26 Feb 07 jari 546             if (!Float.isNaN(value)) {
2 26 Feb 07 jari 547                 DummyArray[k]=value;
2 26 Feb 07 jari 548                 k++;
2 26 Feb 07 jari 549             }
2 26 Feb 07 jari 550         }
2 26 Feb 07 jari 551         Arrays.sort(DummyArray);
2 26 Feb 07 jari 552         float Median=0.0f;
2 26 Feb 07 jari 553         if (k%2==0) {
2 26 Feb 07 jari 554             if (k>0) Median=(float)(0.5*(DummyArray[k/2-1]+DummyArray[(k/2)]));
2 26 Feb 07 jari 555         } else {
2 26 Feb 07 jari 556             Median=DummyArray[(k+1)/2-1];
2 26 Feb 07 jari 557         }
2 26 Feb 07 jari 558         for (i=0; i<n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 559             value=matrix.get(i,ExperimentNumber);
2 26 Feb 07 jari 560             if (!Float.isNaN(value)) {
2 26 Feb 07 jari 561                 matrix.set(i,ExperimentNumber,(float)(value-Median));
2 26 Feb 07 jari 562             }
2 26 Feb 07 jari 563         }
2 26 Feb 07 jari 564     }
2 26 Feb 07 jari 565     
2 26 Feb 07 jari 566     private static void makeDigitalExperiment(FloatMatrix matrix, int Experiment) {
2 26 Feb 07 jari 567         int n=matrix.getRowDimension();
2 26 Feb 07 jari 568         int NumberOfBins=(int)Math.floor(Math.log(n)/Math.log(2));
2 26 Feb 07 jari 569         int Step=1000000/NumberOfBins;
2 26 Feb 07 jari 570         float Minimum=Float.MAX_VALUE;
2 26 Feb 07 jari 571         float Maximum=0;
2 26 Feb 07 jari 572         for (int i=0; i<n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 573             if (matrix.get(i,Experiment)<Minimum) Minimum=matrix.get(i,Experiment);
2 26 Feb 07 jari 574         }
2 26 Feb 07 jari 575         for (int i=0; i<n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 576             matrix.set(i,Experiment,matrix.get(i,Experiment)-Minimum);
2 26 Feb 07 jari 577         }
2 26 Feb 07 jari 578         for (int i=0; i<n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 579             if (matrix.get(i,Experiment)>Maximum) Maximum=matrix.get(i,Experiment);
2 26 Feb 07 jari 580         }
2 26 Feb 07 jari 581         if (Maximum!=0) {
2 26 Feb 07 jari 582             for (int i=0; i<n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 583                 matrix.set(i,Experiment,matrix.get(i,Experiment)/Maximum);
2 26 Feb 07 jari 584             }
2 26 Feb 07 jari 585         }
2 26 Feb 07 jari 586         for (int i=0; i<n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 587             if (matrix.get(i,Experiment)==1.0) {
2 26 Feb 07 jari 588                 matrix.set(i,Experiment,(float)NumberOfBins);
2 26 Feb 07 jari 589             } else {
2 26 Feb 07 jari 590                 matrix.set(i,Experiment,(float)(Math.floor(matrix.get(i,Experiment)*1000000/Step)+1));
2 26 Feb 07 jari 591             }
2 26 Feb 07 jari 592         }
2 26 Feb 07 jari 593     }
2 26 Feb 07 jari 594     
2 26 Feb 07 jari 595     // pcahan
2 26 Feb 07 jari 596     public static float getGeneMedian( ArrayList float_array ) {
2 26 Feb 07 jari 597         
2 26 Feb 07 jari 598         Collections.sort(float_array);
2 26 Feb 07 jari 599         
2 26 Feb 07 jari 600         Float median;
2 26 Feb 07 jari 601         
2 26 Feb 07 jari 602         if (float_array.size() == 1){
2 26 Feb 07 jari 603             return ( (Float) float_array.get(0)).floatValue();
2 26 Feb 07 jari 604         }
2 26 Feb 07 jari 605         
2 26 Feb 07 jari 606         int center = float_array.size() / 2;
2 26 Feb 07 jari 607         
2 26 Feb 07 jari 608         if (float_array.size() % 2 == 0) {
2 26 Feb 07 jari 609             Float a, b;
2 26 Feb 07 jari 610             a = (Float) float_array.get(center);
2 26 Feb 07 jari 611             b = (Float) float_array.get(center - 1);
2 26 Feb 07 jari 612             median = new Float(( a.floatValue() + b.floatValue() )/2);
2 26 Feb 07 jari 613         }
2 26 Feb 07 jari 614         else {
2 26 Feb 07 jari 615             median = (Float)float_array.get( center );
2 26 Feb 07 jari 616         }
2 26 Feb 07 jari 617         return median.floatValue();
2 26 Feb 07 jari 618     }
2 26 Feb 07 jari 619 }
2 26 Feb 07 jari 620

Generated on Thu Jul 20 09:31:15 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)