mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/util/BootstrappedMatrixByGenes.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: BootstrappedMatrixByGenes.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.2 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/02/23 20:59:59 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: caliente $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.util;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.util.Random;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 16
2 26 Feb 07 jari 17 import org.tigr.util.FloatMatrix;
2 26 Feb 07 jari 18
2 26 Feb 07 jari 19 public class BootstrappedMatrixByGenes {
2 26 Feb 07 jari 20     
2 26 Feb 07 jari 21     
2 26 Feb 07 jari 22     public Vector resampledIndices = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 23     
2 26 Feb 07 jari 24     //the following method "extracts" the 2D array from an ExpressionMatrix object to be used by the subsampleMatrix method in creating a resampled matrix.
2 26 Feb 07 jari 25     float[][] get2DArrFromExpMatrix(FloatMatrix expMatrix) {
2 26 Feb 07 jari 26   int geneDim = expMatrix.getRowDimension();
2 26 Feb 07 jari 27   int expDim = expMatrix.getColumnDimension();
2 26 Feb 07 jari 28   float[][] expArray = new float[geneDim][expDim];
2 26 Feb 07 jari 29   int x, y;
2 26 Feb 07 jari 30   
2 26 Feb 07 jari 31   for (x = 0; x < geneDim; x++) {
2 26 Feb 07 jari 32       for (y = 0; y < expDim; y++) {
2 26 Feb 07 jari 33     expArray[x][y] = expMatrix.get(x,y);
2 26 Feb 07 jari 34       }
2 26 Feb 07 jari 35   }
2 26 Feb 07 jari 36   return expArray;
2 26 Feb 07 jari 37     }
2 26 Feb 07 jari 38     
2 26 Feb 07 jari 39     
2 26 Feb 07 jari 40     float[][] resampleMatrix(FloatMatrix expMatrix) {//This creates a resampled array (resampling done on genes) of the same dimensions as the original array
2 26 Feb 07 jari 41   
2 26 Feb 07 jari 42   float[][] aMatrix = get2DArrFromExpMatrix(expMatrix);
2 26 Feb 07 jari 43   float[][] newMatrix = new float[aMatrix.length][aMatrix[0].length];
2 26 Feb 07 jari 44   int s, t, u;
2 26 Feb 07 jari 45   int numGenes = aMatrix.length;
2 26 Feb 07 jari 46   int randGene;
2 26 Feb 07 jari 47   Random generator = new Random();
2 26 Feb 07 jari 48   
2 26 Feb 07 jari 49   final int STYLE = 2; //0 = Reshuffled, 1 = Reversed, 2 = Resampled
2 26 Feb 07 jari 50   
2 26 Feb 07 jari 51   if (STYLE == 0) {
2 26 Feb 07 jari 52 /*
2 26 Feb 07 jari 53     Vector reverseIDs = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 54     float[] temp = new float[aMatrix.length];
2 26 Feb 07 jari 55     String tempID = null;
2 26 Feb 07 jari 56  
2 26 Feb 07 jari 57     Vector shuffledUniqueIDs = (Vector) ExpMatrix.UniqueIDs.clone();
2 26 Feb 07 jari 58  
2 26 Feb 07 jari 59     for (s = numGenes; s > 0; s--) {
2 26 Feb 07 jari 60  
2 26 Feb 07 jari 61       randGene = generator.nextInt(s);
2 26 Feb 07 jari 62       for (int j = 0; j < aMatrix.length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 63         temp[j] = aMatrix[j][randGene];
2 26 Feb 07 jari 64         tempID = (String) shuffledUniqueIDs.elementAt(randGene);
2 26 Feb 07 jari 65       }
2 26 Feb 07 jari 66       for (int j = 0; j < aMatrix.length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 67         aMatrix[j][randGene] = aMatrix[j][s - 1];
2 26 Feb 07 jari 68         shuffledUniqueIDs.setElementAt(shuffledUniqueIDs.elementAt(s - 1), randGene);
2 26 Feb 07 jari 69       }
2 26 Feb 07 jari 70       for (int j = 0; j < aMatrix.length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 71         aMatrix[j][s - 1] = temp[j];
2 26 Feb 07 jari 72         shuffledUniqueIDs.setElementAt(tempID, (s - 1));
2 26 Feb 07 jari 73       }
2 26 Feb 07 jari 74  
2 26 Feb 07 jari 75       //reverseIDs.add((String) ExpMatrix.GetUniqueID(randGene));
2 26 Feb 07 jari 76     }
2 26 Feb 07 jari 77  
2 26 Feb 07 jari 78     //for (int i = reverseIDs.size(); i > 0; i--) {
2 26 Feb 07 jari 79     //  resampledUniqueIDNames.add(reverseIDs.elementAt(i - 1));
2 26 Feb 07 jari 80     //}
2 26 Feb 07 jari 81  
2 26 Feb 07 jari 82     resampledUniqueIDNames = shuffledUniqueIDs;
2 26 Feb 07 jari 83  */
2 26 Feb 07 jari 84       
2 26 Feb 07 jari 85   } else if (STYLE == 1) {
2 26 Feb 07 jari 86       
2 26 Feb 07 jari 87     /*
2 26 Feb 07 jari 88     float[] temp = new float[aMatrix.length];
2 26 Feb 07 jari 89     for (int i = 0; i < numGenes; i++) {
2 26 Feb 07 jari 90      
2 26 Feb 07 jari 91       for (int j = 0; j < aMatrix.length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 92         temp[j] = aMatrix[j][randGene];
2 26 Feb 07 jari 93         tempID = (String) shuffledUniqueIDs.elementAt(randGene);
2 26 Feb 07 jari 94       }
2 26 Feb 07 jari 95       for (int j = 0; j < aMatrix.length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 96         aMatrix[j][randGene] = aMatrix[j][s - 1];
2 26 Feb 07 jari 97         shuffledUniqueIDs.setElementAt(shuffledUniqueIDs.elementAt(s - 1), randGene);
2 26 Feb 07 jari 98       }
2 26 Feb 07 jari 99       for (int j = 0; j < aMatrix.length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 100         aMatrix[j][s - 1] = temp[j];
2 26 Feb 07 jari 101         shuffledUniqueIDs.setElementAt(tempID, (s - 1));
2 26 Feb 07 jari 102       }
2 26 Feb 07 jari 103     }
2 26 Feb 07 jari 104     Vector reverseIDs = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 105     for (int i = 0; i < numGenes; i++) {
2 26 Feb 07 jari 106       reverseIDs.add((String) ExpMatrix.GetUniqueID(i));
2 26 Feb 07 jari 107     }
2 26 Feb 07 jari 108     for (int i = reverseIDs.size(); i > 0; i--) {
2 26 Feb 07 jari 109       resampledUniqueIDNames.add(reverseIDs.elementAt(i - 1));
2 26 Feb 07 jari 110     }
2 26 Feb 07 jari 111      
2 26 Feb 07 jari 112     System.out.println("Reversed");
2 26 Feb 07 jari 113     printMatrix(aMatrix);
2 26 Feb 07 jari 114      */
2 26 Feb 07 jari 115       
2 26 Feb 07 jari 116   } else if (STYLE == 2) {
2 26 Feb 07 jari 117       
2 26 Feb 07 jari 118       for (s = 0; s < numGenes; s++) {
2 26 Feb 07 jari 119     randGene = generator.nextInt(numGenes);
2 26 Feb 07 jari 120     for (u = 0; u < newMatrix[0].length; u++) {
2 26 Feb 07 jari 121         newMatrix[s][u] = aMatrix[randGene][u];
2 26 Feb 07 jari 122     }
2 26 Feb 07 jari 123     resampledIndices.add(new Integer(randGene));
2 26 Feb 07 jari 124       }
2 26 Feb 07 jari 125       
2 26 Feb 07 jari 126       aMatrix = newMatrix;
2 26 Feb 07 jari 127   }
2 26 Feb 07 jari 128   
2 26 Feb 07 jari 129   return aMatrix;
2 26 Feb 07 jari 130     }
2 26 Feb 07 jari 131     
2 26 Feb 07 jari 132     
2 26 Feb 07 jari 133     
2 26 Feb 07 jari 134     public FloatMatrix createResampExpMatrixObject(FloatMatrix expMatrix) {
2 26 Feb 07 jari 135   float[][] resampledArray = resampleMatrix(expMatrix);
2 26 Feb 07 jari 136   FloatMatrix resampMatrixObject = new FloatMatrix(resampledArray);
2 26 Feb 07 jari 137   
2 26 Feb 07 jari 138   return resampMatrixObject;
2 26 Feb 07 jari 139     }
2 26 Feb 07 jari 140     
2 26 Feb 07 jari 141     
2 26 Feb 07 jari 142     
2 26 Feb 07 jari 143     void printMatrix(float[][] matrix) {
2 26 Feb 07 jari 144   int i, j  = 0;
2 26 Feb 07 jari 145   for (i = 0; i < matrix[0].length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 146       for (j = 0; j < matrix.length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 147     System.out.print(((int) (matrix[j][i] * 100)) / 100 + " ");
2 26 Feb 07 jari 148       }
2 26 Feb 07 jari 149       System.out.println();
2 26 Feb 07 jari 150   }
2 26 Feb 07 jari 151     }
2 26 Feb 07 jari 152     
2 26 Feb 07 jari 153 }

Generated on Thu Jul 20 09:31:16 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)