mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/util/JacknifedMatrixByGenes.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: JacknifedMatrixByGenes.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.2 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/02/23 20:59:59 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: caliente $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.util;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.util.Random;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 16
2 26 Feb 07 jari 17 import org.tigr.util.FloatMatrix;
2 26 Feb 07 jari 18
2 26 Feb 07 jari 19 public class JacknifedMatrixByGenes {
2 26 Feb 07 jari 20     
2 26 Feb 07 jari 21     public Vector resampledIndices = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 22     int jackknifedGene;
2 26 Feb 07 jari 23     
2 26 Feb 07 jari 24     
2 26 Feb 07 jari 25     //the following method "extracts" the 2D array from an ExpressionMatrix object to be used by the subsampleMatrix method in creating a resampled matrix.
2 26 Feb 07 jari 26     float[][] get2DArrFromExpMatrix(FloatMatrix expMatrix) {
2 26 Feb 07 jari 27   
2 26 Feb 07 jari 28   int geneDim = expMatrix.getRowDimension();
2 26 Feb 07 jari 29   int expDim = expMatrix.getColumnDimension();
2 26 Feb 07 jari 30   float[][] expArray = new float[geneDim][expDim];
2 26 Feb 07 jari 31   int x, y;
2 26 Feb 07 jari 32   
2 26 Feb 07 jari 33   for (x = 0; x < geneDim; x++) {
2 26 Feb 07 jari 34       for (y = 0; y < expDim; y++) {
2 26 Feb 07 jari 35     expArray[x][y] = expMatrix.get(x,y);
2 26 Feb 07 jari 36       }
2 26 Feb 07 jari 37   }
2 26 Feb 07 jari 38   
2 26 Feb 07 jari 39   return expArray;
2 26 Feb 07 jari 40     }
2 26 Feb 07 jari 41     
2 26 Feb 07 jari 42     
2 26 Feb 07 jari 43     float[][] resampleMatrix(FloatMatrix expMatrix) {//create a jacknifed 2D array by genes
2 26 Feb 07 jari 44   
2 26 Feb 07 jari 45   float[][] aMatrix = get2DArrFromExpMatrix(expMatrix);
2 26 Feb 07 jari 46   float[][] newMatrix = new float[aMatrix.length - 1][aMatrix[0].length];
2 26 Feb 07 jari 47   int numGenes = aMatrix.length;
2 26 Feb 07 jari 48   int numExps = aMatrix[0].length;
2 26 Feb 07 jari 49   int randGene;
2 26 Feb 07 jari 50   int k = 0;
2 26 Feb 07 jari 51   Random generator = new Random();
2 26 Feb 07 jari 52   
2 26 Feb 07 jari 53   randGene = generator.nextInt(numGenes);
2 26 Feb 07 jari 54   
2 26 Feb 07 jari 55   for (int i = 0; i < numExps; i++) {
2 26 Feb 07 jari 56       k = 0;
2 26 Feb 07 jari 57       for (int j = 0; j < numGenes; j++) {
2 26 Feb 07 jari 58     if (j != randGene) {
2 26 Feb 07 jari 59         newMatrix[k][i] = aMatrix[j][i];
2 26 Feb 07 jari 60         k++;
2 26 Feb 07 jari 61     }
2 26 Feb 07 jari 62       }
2 26 Feb 07 jari 63   }
2 26 Feb 07 jari 64   
2 26 Feb 07 jari 65   jackknifedGene = randGene;
2 26 Feb 07 jari 66   
2 26 Feb 07 jari 67   for (int i = 0; i < numGenes; i++) {
2 26 Feb 07 jari 68       if (i != jackknifedGene) {
2 26 Feb 07 jari 69     resampledIndices.add(new Integer(i));
2 26 Feb 07 jari 70       }
2 26 Feb 07 jari 71   }
2 26 Feb 07 jari 72   
2 26 Feb 07 jari 73   return newMatrix;
2 26 Feb 07 jari 74   
2 26 Feb 07 jari 75     }
2 26 Feb 07 jari 76     
2 26 Feb 07 jari 77     
2 26 Feb 07 jari 78     public FloatMatrix createResampExpMatrixObject(FloatMatrix ExpMatrix) {
2 26 Feb 07 jari 79   
2 26 Feb 07 jari 80   int x, y;
2 26 Feb 07 jari 81   float[][] resampledArray = resampleMatrix(ExpMatrix);
2 26 Feb 07 jari 82   
2 26 Feb 07 jari 83   FloatMatrix resampMatrixObject = new FloatMatrix(resampledArray);
2 26 Feb 07 jari 84   
2 26 Feb 07 jari 85   return resampMatrixObject;
2 26 Feb 07 jari 86     }
2 26 Feb 07 jari 87     
2 26 Feb 07 jari 88     
2 26 Feb 07 jari 89     
2 26 Feb 07 jari 90     void printMatrix(float[][] matrix) {
2 26 Feb 07 jari 91   
2 26 Feb 07 jari 92   int i, j  = 0;
2 26 Feb 07 jari 93   for (i = 0; i < matrix[0].length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 94       for (j = 0; j < matrix.length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 95     System.out.print(((int) (matrix[j][i] * 100)) / 100 + " ");
2 26 Feb 07 jari 96       }
2 26 Feb 07 jari 97       System.out.println();
2 26 Feb 07 jari 98   }
2 26 Feb 07 jari 99     }
2 26 Feb 07 jari 100     
2 26 Feb 07 jari 101 }

Generated on Thu Jul 20 09:31:17 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)