mev-4.0.01/source/org/tigr/remote/RemoteAlgorithm.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: RemoteAlgorithm.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.4 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/02/23 21:00:00 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: caliente $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.remote;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AbstractAlgorithm;
2 26 Feb 07 jari 15 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmData;
2 26 Feb 07 jari 16 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmEvent;
2 26 Feb 07 jari 17 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmException;
2 26 Feb 07 jari 18 import org.tigr.remote.communication.ClientCommunicator;
2 26 Feb 07 jari 19 import org.tigr.remote.communication.CommunicatorFactory;
2 26 Feb 07 jari 20 import org.tigr.remote.communication.JobControl;
2 26 Feb 07 jari 21 import org.tigr.remote.protocol.ExecutedJob;
2 26 Feb 07 jari 22 import org.tigr.remote.protocol.FailedJob;
2 26 Feb 07 jari 23 import org.tigr.remote.protocol.FinishedJob;
2 26 Feb 07 jari 24 import org.tigr.remote.protocol.JobData;
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.remote.protocol.JobVisitor;
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.remote.protocol.StartJob;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.remote.protocol.SuccessfulJob;
2 26 Feb 07 jari 28
2 26 Feb 07 jari 29 public class RemoteAlgorithm extends AbstractAlgorithm {
2 26 Feb 07 jari 30     
2 26 Feb 07 jari 31     private String name;
2 26 Feb 07 jari 32     private JobControl control;
2 26 Feb 07 jari 33     
2 26 Feb 07 jari 34     /**
2 26 Feb 07 jari 35      * Constructs a <code>RemoteAlgorithm</code> with specified
2 26 Feb 07 jari 36      * algorithm name.
2 26 Feb 07 jari 37      *
2 26 Feb 07 jari 38      * @param name the name of an algorithm to be executed.
2 26 Feb 07 jari 39      */
2 26 Feb 07 jari 40     public RemoteAlgorithm(String name) {
2 26 Feb 07 jari 41   this.name = name;
2 26 Feb 07 jari 42     }
2 26 Feb 07 jari 43     
2 26 Feb 07 jari 44     /**
2 26 Feb 07 jari 45      * Executes the remote algorithm with a specified <code>AlgorithmData</code>.
2 26 Feb 07 jari 46      * @see AlgorithmData
2 26 Feb 07 jari 47      * @throws AlgorithmException
2 26 Feb 07 jari 48      */
2 26 Feb 07 jari 49     public AlgorithmData execute(AlgorithmData data) throws AlgorithmException {
2 26 Feb 07 jari 50   try {
2 26 Feb 07 jari 51       ClientCommunicator comm = CommunicatorFactory.getCommunicator();
2 26 Feb 07 jari 52       StartJob startJob = new StartJob(comm.getNewJobId(), new JobData(data), name);
2 26 Feb 07 jari 53       this.control = comm.postJob(startJob);
2 26 Feb 07 jari 54       JobExecution exec = new JobExecution(this);
2 26 Feb 07 jari 55       FinishedJob finishedJob;
2 26 Feb 07 jari 56       while (true) {
2 26 Feb 07 jari 57     finishedJob = this.control.getResult();
2 26 Feb 07 jari 58     finishedJob.accept(exec);
2 26 Feb 07 jari 59     if (exec.getResult() != null) // that means, that SuccessfullJob received, we can exit a loop execution
2 26 Feb 07 jari 60         return exec.getResult();
2 26 Feb 07 jari 61       }
2 26 Feb 07 jari 62   } catch (Exception ex) {
2 26 Feb 07 jari 63       throw new AlgorithmException(ex);
2 26 Feb 07 jari 64   }
2 26 Feb 07 jari 65     }
2 26 Feb 07 jari 66     
2 26 Feb 07 jari 67     /**
2 26 Feb 07 jari 68      * Tried to interrupt remote calculation.
2 26 Feb 07 jari 69      */
2 26 Feb 07 jari 70     public void abort() {
2 26 Feb 07 jari 71   if (control == null)
2 26 Feb 07 jari 72       throw new RuntimeException("Not started yet");
2 26 Feb 07 jari 73   else
2 26 Feb 07 jari 74       try {
2 26 Feb 07 jari 75     control.terminate();
2 26 Feb 07 jari 76       } catch (RemoteException ex) {
2 26 Feb 07 jari 77     throw new RuntimeException("Abort error");
2 26 Feb 07 jari 78       }
2 26 Feb 07 jari 79     }
2 26 Feb 07 jari 80     
2 26 Feb 07 jari 81     /**
2 26 Feb 07 jari 82      *  The class to accept progress or result of the remote execution.
2 26 Feb 07 jari 83      */
2 26 Feb 07 jari 84     public class JobExecution implements JobVisitor {
2 26 Feb 07 jari 85   
2 26 Feb 07 jari 86   private RemoteAlgorithm ra;
2 26 Feb 07 jari 87   private AlgorithmData result;
2 26 Feb 07 jari 88   
2 26 Feb 07 jari 89   /**
2 26 Feb 07 jari 90    * Constructs a <code>JobExecution</code> instance for
2 26 Feb 07 jari 91    * the specified remote algorithm.
2 26 Feb 07 jari 92    */
2 26 Feb 07 jari 93   public JobExecution( RemoteAlgorithm ra ) {
2 26 Feb 07 jari 94       this.ra = ra;
2 26 Feb 07 jari 95   }
2 26 Feb 07 jari 96   
2 26 Feb 07 jari 97   /**
2 26 Feb 07 jari 98    * Returns the result of an algorithm execution.
2 26 Feb 07 jari 99    */
2 26 Feb 07 jari 100   public AlgorithmData getResult() {
2 26 Feb 07 jari 101       return result;
2 26 Feb 07 jari 102   }
2 26 Feb 07 jari 103   
2 26 Feb 07 jari 104   /**
2 26 Feb 07 jari 105    * Invoked when job is successfully executed.
2 26 Feb 07 jari 106    */
2 26 Feb 07 jari 107   public void visitSuccessfulJob( SuccessfulJob job ) {
2 26 Feb 07 jari 108       this.result = job.getData().getData();
2 26 Feb 07 jari 109   }
2 26 Feb 07 jari 110   
2 26 Feb 07 jari 111   /**
2 26 Feb 07 jari 112    * Invoked if job is failed.
2 26 Feb 07 jari 113    */
2 26 Feb 07 jari 114   public void visitFailedJob( FailedJob job ) {
2 26 Feb 07 jari 115       throw new RuntimeException( "Server error: " + job.getFail().getDescription() );
2 26 Feb 07 jari 116   }
2 26 Feb 07 jari 117   
2 26 Feb 07 jari 118   /**
2 26 Feb 07 jari 119    * Invoked for an executed job to update progress value.
2 26 Feb 07 jari 120    */
2 26 Feb 07 jari 121   public void visitExecutedJob( ExecutedJob job ) {
2 26 Feb 07 jari 122       AlgorithmEvent ev = job.getEvent();
2 26 Feb 07 jari 123       ra.fireValueChanged(new AlgorithmEvent(this, ev.getId(), ev.getIntValue(), ev.getFloatValue(), ev.getDescription()));
2 26 Feb 07 jari 124   }
2 26 Feb 07 jari 125     }
2 26 Feb 07 jari 126 }

Generated on Thu Jul 20 09:31:42 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)