mev-4.0.01/source/org/tigr/remote/gateway/MEVRequestAcceptStrategy.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: MEVRequestAcceptStrategy.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.3 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2005/03/10 15:30:16 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: braistedj $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.remote.gateway;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.io.BufferedInputStream;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.io.BufferedOutputStream;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.io.BufferedReader;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.io.IOException;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.io.InputStream;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.io.InputStreamReader;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.io.OutputStream;
2 26 Feb 07 jari 21
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.servlet.http.HttpServletRequest;
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.servlet.http.HttpServletResponse;
2 26 Feb 07 jari 24 import javax.servlet.http.HttpUtils;
2 26 Feb 07 jari 25
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.util.ConfMap;
2 26 Feb 07 jari 27
2 26 Feb 07 jari 28 class MEVRequestAcceptStrategy {
2 26 Feb 07 jari 29     private static final int MAX_PACKET_SIZE = 1024*1024; // 1M chunk
2 26 Feb 07 jari 30     
2 26 Feb 07 jari 31     /**
2 26 Feb 07 jari 32      * Constructs a <code>MEVRequestAcceptStrategy</code> with specified configuration.
2 26 Feb 07 jari 33      */
2 26 Feb 07 jari 34     public MEVRequestAcceptStrategy( ConfMap cfg ) {
2 26 Feb 07 jari 35   m_pvmProxyName = cfg.getString("gateway.pvm.proxy-name");
2 26 Feb 07 jari 36   m_pvmSlaveName = cfg.getString("gateway.pvm.slave-name");
2 26 Feb 07 jari 37   m_pvmURL       = cfg.getProperty("gateway.pvm.slave.http","").trim();
2 26 Feb 07 jari 38   m_pvmRoot      = cfg.getProperty("gateway.pvm.root-path","").trim();
2 26 Feb 07 jari 39     }
2 26 Feb 07 jari 40     
2 26 Feb 07 jari 41     /**
2 26 Feb 07 jari 42      * Checkes if specified input stream contains an error.
2 26 Feb 07 jari 43      */
2 26 Feb 07 jari 44     private static void checkError( InputStream in ) throws IOException {
2 26 Feb 07 jari 45   BufferedReader reader =  new BufferedReader(  new InputStreamReader( in ) );
2 26 Feb 07 jari 46   String result = reader.readLine();
2 26 Feb 07 jari 47   if (result != null) {
2 26 Feb 07 jari 48       if (!result.startsWith("OK")) {
2 26 Feb 07 jari 49     result = reader.readLine();
2 26 Feb 07 jari 50     throw new IOException("Cannot send to PVM: " + result );
2 26 Feb 07 jari 51       }
2 26 Feb 07 jari 52   } else
2 26 Feb 07 jari 53       throw new IOException("Bad pvmproxy response.");
2 26 Feb 07 jari 54     }
2 26 Feb 07 jari 55     
2 26 Feb 07 jari 56     /**
2 26 Feb 07 jari 57      * Constructs PVM url to execute post response.
2 26 Feb 07 jari 58      */
2 26 Feb 07 jari 59     private void constructURL(HttpServletRequest req) throws IOException {
2 26 Feb 07 jari 60   if (m_pvmURL == null || ( m_pvmURL.trim().equals("") )) {
2 26 Feb 07 jari 61       StringBuffer sb = HttpUtils.getRequestURL( req );
2 26 Feb 07 jari 62       sb.append("?post-response");
2 26 Feb 07 jari 63       m_pvmURL = sb.toString();
2 26 Feb 07 jari 64   }
2 26 Feb 07 jari 65     }
2 26 Feb 07 jari 66     
2 26 Feb 07 jari 67     /**
2 26 Feb 07 jari 68      * Starts pvmproxy and waits for it to finish.
2 26 Feb 07 jari 69      * The exact protocol is defined at TIGR-MEV/remote/src/pvmproxy/pvmproxy.cpp file
2 26 Feb 07 jari 70      */
2 26 Feb 07 jari 71     public void acceptMEVRequest( HttpServletRequest req, HttpServletResponse resp )
2 26 Feb 07 jari 72     throws IOException, InterruptedException {
2 26 Feb 07 jari 73   if (req.getContentLength() < 1)
2 26 Feb 07 jari 74       throw new IOException("Bad content length: " + req.getContentLength() );
2 26 Feb 07 jari 75   constructURL( req );
2 26 Feb 07 jari 76   Runtime runtime = Runtime.getRuntime();
2 26 Feb 07 jari 77   String cmdarray[] = {m_pvmProxyName, m_pvmSlaveName, m_pvmURL, getSessionIdString( req )};
2 26 Feb 07 jari 78   Process process;
2 26 Feb 07 jari 79   if (!m_pvmRoot.equals("")) {
2 26 Feb 07 jari 80       String envp[] = { "PVM_ROOT=" + m_pvmRoot};
2 26 Feb 07 jari 81       process = runtime.exec( cmdarray, envp );
2 26 Feb 07 jari 82   } else
2 26 Feb 07 jari 83       process = runtime.exec( cmdarray );
2 26 Feb 07 jari 84   
2 26 Feb 07 jari 85   // ad hoc:
2 26 Feb 07 jari 86   OutputStream out = new BufferedOutputStream( process.getOutputStream(), 1024*1024 );
2 26 Feb 07 jari 87   InputStream in   = new BufferedInputStream( process.getInputStream() );
2 26 Feb 07 jari 88   InputStream wwwIn = new BufferedInputStream( req.getInputStream() );
2 26 Feb 07 jari 89   
2 26 Feb 07 jari 90   checkError( in );
2 26 Feb 07 jari 91   
2 26 Feb 07 jari 92   int i = 0;
2 26 Feb 07 jari 93   byte[] b = new byte[1024*100];
2 26 Feb 07 jari 94   int cnt;
2 26 Feb 07 jari 95   while ((cnt = wwwIn.read(b)) >= 0) {
2 26 Feb 07 jari 96       out.write(b, 0, cnt);
2 26 Feb 07 jari 97       i += cnt;
2 26 Feb 07 jari 98   }
2 26 Feb 07 jari 99   if (i < 10) throw new IOException("read only : " + i);
2 26 Feb 07 jari 100   out.flush();
2 26 Feb 07 jari 101   out.close();
2 26 Feb 07 jari 102   checkError( in );
2 26 Feb 07 jari 103   
2 26 Feb 07 jari 104   process.waitFor();
2 26 Feb 07 jari 105   int code = process.exitValue();
2 26 Feb 07 jari 106   
2 26 Feb 07 jari 107   if (code != 0)
2 26 Feb 07 jari 108       throw new IOException("pvmproxy exit code != 0");
2 26 Feb 07 jari 109     }
2 26 Feb 07 jari 110     
2 26 Feb 07 jari 111     /**
2 26 Feb 07 jari 112      *  Create a string, which identifies this session among others.
2 26 Feb 07 jari 113      *  Since we are not sure, what cookie is used exactly to identify this session,
2 26 Feb 07 jari 114      *  we will use all of them.
2 26 Feb 07 jari 115      *
2 26 Feb 07 jari 116      *  New:
2 26 Feb 07 jari 117      *  We use the folllowing: getSessionId as string.
2 26 Feb 07 jari 118      *  This should be used as JSESSIONID cookie value
2 26 Feb 07 jari 119      */
2 26 Feb 07 jari 120     private final String getSessionIdString(HttpServletRequest req) throws IOException {
2 26 Feb 07 jari 121   return "JSESSIONID=" + req.getSession().getId();
2 26 Feb 07 jari 122     }
2 26 Feb 07 jari 123     
2 26 Feb 07 jari 124     private String m_pvmProxyName;
2 26 Feb 07 jari 125     private String m_pvmSlaveName;
2 26 Feb 07 jari 126     private String m_pvmURL;
2 26 Feb 07 jari 127     private String m_pvmRoot;
2 26 Feb 07 jari 128 }

Generated on Thu Jul 20 09:31:22 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)