mev-4.0.01/source/org/tigr/util/Query.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 2001-2002, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4
2 26 Feb 07 jari 5 This software is provided "AS IS".  TIGR makes no warranties, express
2 26 Feb 07 jari 6 or implied, including no representation or warranty with respect to
2 26 Feb 07 jari 7 the performance of the software and derivatives or their safety,
2 26 Feb 07 jari 8 effectiveness, or commercial viability.  TIGR does not warrant the
2 26 Feb 07 jari 9 merchantability or fitness of the software and derivatives for any
2 26 Feb 07 jari 10 particular purpose, or that they may be exploited without infringing
2 26 Feb 07 jari 11 the copyrights, patent rights or property rights of others. TIGR shall
2 26 Feb 07 jari 12 not be liable for any claim, demand or action for any loss, harm,
2 26 Feb 07 jari 13 illness or other damage or injury arising from access to or use of the
2 26 Feb 07 jari 14 software or associated information, including without limitation any
2 26 Feb 07 jari 15 direct, indirect, incidental, exemplary, special or consequential
2 26 Feb 07 jari 16 damages.
2 26 Feb 07 jari 17
2 26 Feb 07 jari 18 This software program may not be sold, leased, transferred, exported
2 26 Feb 07 jari 19 or otherwise disclaimed to anyone, in whole or in part, without the
2 26 Feb 07 jari 20 prior written consent of TIGR.
2 26 Feb 07 jari 21 */
2 26 Feb 07 jari 22
2 26 Feb 07 jari 23 package org.tigr.util;
2 26 Feb 07 jari 24
2 26 Feb 07 jari 25 import java.sql.Connection;
2 26 Feb 07 jari 26 import java.sql.ResultSet;
2 26 Feb 07 jari 27 import java.sql.ResultSetMetaData;
2 26 Feb 07 jari 28 import java.sql.SQLException;
2 26 Feb 07 jari 29 import java.sql.SQLWarning;
2 26 Feb 07 jari 30 import java.sql.Statement;
2 26 Feb 07 jari 31 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 32
2 26 Feb 07 jari 33 public class Query {
2 26 Feb 07 jari 34
2 26 Feb 07 jari 35   private String queryString;
2 26 Feb 07 jari 36   private static final int SYBASE = 0;
2 26 Feb 07 jari 37   private static final int MYSQL = 1;
2 26 Feb 07 jari 38
2 26 Feb 07 jari 39   public Query(String queryString) {
2 26 Feb 07 jari 40     this.queryString = queryString;
2 26 Feb 07 jari 41   }
2 26 Feb 07 jari 42
2 26 Feb 07 jari 43   public Vector execute(Connection c) throws SQLException {
2 26 Feb 07 jari 44   //public Vector execute(Connection c) {
2 26 Feb 07 jari 45     return execute(c, true);
2 26 Feb 07 jari 46   }
2 26 Feb 07 jari 47
2 26 Feb 07 jari 48   public Vector execute(Connection c, boolean returnHeadings) throws SQLException {
2 26 Feb 07 jari 49   //public Vector execute(Connection c, boolean returnHeadings) {
2 26 Feb 07 jari 50     Vector resultVector = null;
2 26 Feb 07 jari 51     Statement s = null;
2 26 Feb 07 jari 52     ResultSet rs = null;
2 26 Feb 07 jari 53     ResultSetMetaData rsmd = null;
2 26 Feb 07 jari 54     int columnCount = 0;
2 26 Feb 07 jari 55     String[] rowResults, columnLabels;
2 26 Feb 07 jari 56
2 26 Feb 07 jari 57     try {
2 26 Feb 07 jari 58       resultVector = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 59       s = c.createStatement();
2 26 Feb 07 jari 60       boolean isQuery = s.execute(queryString);
2 26 Feb 07 jari 61
2 26 Feb 07 jari 62       if (isQuery) {
2 26 Feb 07 jari 63
2 26 Feb 07 jari 64         rs = s.getResultSet();
2 26 Feb 07 jari 65         rsmd = rs.getMetaData();
2 26 Feb 07 jari 66         columnCount = rsmd.getColumnCount();
2 26 Feb 07 jari 67
2 26 Feb 07 jari 68         if (returnHeadings) {
2 26 Feb 07 jari 69
2 26 Feb 07 jari 70           columnLabels = new String[columnCount];
2 26 Feb 07 jari 71           for (int i = 0; i < columnCount; i++) columnLabels[i] = rsmd.getColumnLabel(i + 1);
2 26 Feb 07 jari 72           if (columnLabels.length > 0) resultVector.addElement(columnLabels);
2 26 Feb 07 jari 73         }
2 26 Feb 07 jari 74
2 26 Feb 07 jari 75         while(rs.next()) {
2 26 Feb 07 jari 76
2 26 Feb 07 jari 77           rowResults = new String[columnCount];
2 26 Feb 07 jari 78           for (int i = 0; i < columnCount; i++) {
2 26 Feb 07 jari 79             try {
2 26 Feb 07 jari 80               if (rs.getObject(i + 1).toString().trim() == null) {
2 26 Feb 07 jari 81                 rowResults[i] = "null";
2 26 Feb 07 jari 82               } else {
2 26 Feb 07 jari 83                 rowResults[i] = rs.getObject(i + 1).toString().trim();
2 26 Feb 07 jari 84               }
2 26 Feb 07 jari 85             } catch (NullPointerException npe) {
2 26 Feb 07 jari 86               rowResults[i] = "null";
2 26 Feb 07 jari 87             }
2 26 Feb 07 jari 88           }
2 26 Feb 07 jari 89
2 26 Feb 07 jari 90         resultVector.addElement(rowResults);
2 26 Feb 07 jari 91         }
2 26 Feb 07 jari 92
2 26 Feb 07 jari 93       } else {
2 26 Feb 07 jari 94
2 26 Feb 07 jari 95         if (returnHeadings) resultVector.addElement(new String[]{"Rows affected"});
2 26 Feb 07 jari 96         resultVector.addElement(new String[]{"" + s.getUpdateCount()});
2 26 Feb 07 jari 97       }
2 26 Feb 07 jari 98
2 26 Feb 07 jari 99       for (SQLWarning w = c.getWarnings(); w != null; w = w.getNextWarning()) {
2 26 Feb 07 jari 100         System.out.println("SQLWarning: " + w.getMessage() + ": " + w.getSQLState());
2 26 Feb 07 jari 101       }
2 26 Feb 07 jari 102
2 26 Feb 07 jari 103       if (rs != null) rs.close();
2 26 Feb 07 jari 104       s.close();
2 26 Feb 07 jari 105
2 26 Feb 07 jari 106     } catch (SQLException sqle) {
2 26 Feb 07 jari 107
2 26 Feb 07 jari 108       throw sqle;
2 26 Feb 07 jari 109     }
2 26 Feb 07 jari 110       // we might not be able to use 'finally' here.  If we use, the method will
2 26 Feb 07 jari 111       // ALWAYS return the updateCount and never throw the sqle. /JL
2 26 Feb 07 jari 112     /*} finally {
2 26 Feb 07 jari 113
2 26 Feb 07 jari 114       return resultVector;
2 26 Feb 07 jari 115     }*/
2 26 Feb 07 jari 116
2 26 Feb 07 jari 117     return resultVector;
2 26 Feb 07 jari 118   }
2 26 Feb 07 jari 119
2 26 Feb 07 jari 120   public Vector executeQuery(Connection c) throws SQLException {
2 26 Feb 07 jari 121   //public Vector executeQuery(Connection c) {
2 26 Feb 07 jari 122     return executeQuery(c, true);
2 26 Feb 07 jari 123   }
2 26 Feb 07 jari 124
2 26 Feb 07 jari 125   public Vector executeQuery(Connection c, boolean returnHeadings) throws SQLException {
2 26 Feb 07 jari 126   //public Vector executeQuery(Connection c, boolean returnHeadings) {
2 26 Feb 07 jari 127     Vector resultVector = null;
2 26 Feb 07 jari 128     Statement s = null;
2 26 Feb 07 jari 129     ResultSet rs = null;
2 26 Feb 07 jari 130     ResultSetMetaData rsmd = null;
2 26 Feb 07 jari 131     int columnCount = 0;
2 26 Feb 07 jari 132     String[] rowResults, columnLabels;
2 26 Feb 07 jari 133
2 26 Feb 07 jari 134     try {
2 26 Feb 07 jari 135       resultVector = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 136       s = c.createStatement();
2 26 Feb 07 jari 137       rs = s.executeQuery(queryString);
2 26 Feb 07 jari 138       rsmd = rs.getMetaData();
2 26 Feb 07 jari 139       columnCount = rsmd.getColumnCount();
2 26 Feb 07 jari 140
2 26 Feb 07 jari 141       if (returnHeadings) {
2 26 Feb 07 jari 142         columnLabels = new String[columnCount];
2 26 Feb 07 jari 143         for (int i = 0; i < columnCount; i++) columnLabels[i] = rsmd.getColumnLabel(i + 1);
2 26 Feb 07 jari 144         if (columnLabels.length > 0) resultVector.addElement(columnLabels);
2 26 Feb 07 jari 145       }
2 26 Feb 07 jari 146
2 26 Feb 07 jari 147     } catch (SQLException sqle) {
2 26 Feb 07 jari 148
2 26 Feb 07 jari 149       //System.out.println("SQLException: " + sqle);
2 26 Feb 07 jari 150       throw sqle;
2 26 Feb 07 jari 151     }
2 26 Feb 07 jari 152
2 26 Feb 07 jari 153     try {
2 26 Feb 07 jari 154       while(rs.next()) {
2 26 Feb 07 jari 155         rowResults = new String[columnCount];
2 26 Feb 07 jari 156         for (int i = 0; i < columnCount; i++) {
2 26 Feb 07 jari 157           try {
2 26 Feb 07 jari 158             if (rs.getObject(i + 1).toString().trim() == null) {
2 26 Feb 07 jari 159               rowResults[i] = "null";
2 26 Feb 07 jari 160             } else {
2 26 Feb 07 jari 161               rowResults[i] = rs.getObject(i + 1).toString().trim();
2 26 Feb 07 jari 162             }
2 26 Feb 07 jari 163           } catch (NullPointerException npe) {
2 26 Feb 07 jari 164             rowResults[i] = "null";
2 26 Feb 07 jari 165           }
2 26 Feb 07 jari 166         }
2 26 Feb 07 jari 167
2 26 Feb 07 jari 168       resultVector.addElement(rowResults);
2 26 Feb 07 jari 169       }
2 26 Feb 07 jari 170
2 26 Feb 07 jari 171       for (SQLWarning w = c.getWarnings(); w != null; w = w.getNextWarning()) {
2 26 Feb 07 jari 172         System.out.println("SQLWarning: " + w.getMessage() + ": " + w.getSQLState());
2 26 Feb 07 jari 173       }
2 26 Feb 07 jari 174
2 26 Feb 07 jari 175       if (rs != null) rs.close();
2 26 Feb 07 jari 176       s.close();
2 26 Feb 07 jari 177
2 26 Feb 07 jari 178     } catch (SQLException sqle) {
2 26 Feb 07 jari 179
2 26 Feb 07 jari 180       //System.out.println("SQLException: " + sqle);
2 26 Feb 07 jari 181       throw sqle;
2 26 Feb 07 jari 182     }
2 26 Feb 07 jari 183       // we might not be able to use 'finally' here.  If we use, the method will
2 26 Feb 07 jari 184       // ALWAYS return the updateCount and never throw the sqle. -- JL
2 26 Feb 07 jari 185
2 26 Feb 07 jari 186     /*} finally {
2 26 Feb 07 jari 187
2 26 Feb 07 jari 188       return resultVector;
2 26 Feb 07 jari 189     }*/
2 26 Feb 07 jari 190
2 26 Feb 07 jari 191     return resultVector;
2 26 Feb 07 jari 192   }
2 26 Feb 07 jari 193
2 26 Feb 07 jari 194   public int executeUpdate(Connection c) throws SQLException {
2 26 Feb 07 jari 195   //public int executeUpdate(Connection c) {
2 26 Feb 07 jari 196     int updateCount = 0;
2 26 Feb 07 jari 197
2 26 Feb 07 jari 198     try {
2 26 Feb 07 jari 199
2 26 Feb 07 jari 200       Statement s = c.createStatement();
2 26 Feb 07 jari 201       updateCount = s.executeUpdate(queryString);
2 26 Feb 07 jari 202       for (SQLWarning w = c.getWarnings(); w != null; w = w.getNextWarning()) {
2 26 Feb 07 jari 203         System.out.println("SQLWarning: " + w.getMessage() + ": " + w.getSQLState());
2 26 Feb 07 jari 204       }
2 26 Feb 07 jari 205
2 26 Feb 07 jari 206       s.close();
2 26 Feb 07 jari 207
2 26 Feb 07 jari 208     } catch (SQLException sqle) {
2 26 Feb 07 jari 209       //System.out.println("SQLException: " + sqle);
2 26 Feb 07 jari 210       throw sqle;
2 26 Feb 07 jari 211     }
2 26 Feb 07 jari 212     // we might not be able to use 'finally' here.  If we use, the method will
2 26 Feb 07 jari 213     // ALWAYS return the updateCount and never throw the sqle. -- JL
2 26 Feb 07 jari 214     /*} finally {
2 26 Feb 07 jari 215
2 26 Feb 07 jari 216       return updateCount;
2 26 Feb 07 jari 217     }*/
2 26 Feb 07 jari 218       return updateCount;
2 26 Feb 07 jari 219   }
2 26 Feb 07 jari 220
2 26 Feb 07 jari 221   public static Vector resultsToList(Vector results) {
2 26 Feb 07 jari 222     String[] rowResults;
2 26 Feb 07 jari 223     Vector resultVector = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 224
2 26 Feb 07 jari 225     for (int i = 0; i < results.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 226       rowResults = (String[]) results.elementAt(i);
2 26 Feb 07 jari 227       resultVector.addElement(rowResults[0]);
2 26 Feb 07 jari 228     }
2 26 Feb 07 jari 229
2 26 Feb 07 jari 230     return resultVector;
2 26 Feb 07 jari 231   }
2 26 Feb 07 jari 232
2 26 Feb 07 jari 233   public void setQueryStatement(String code){
2 26 Feb 07 jari 234     queryString = code;
2 26 Feb 07 jari 235   }
2 26 Feb 07 jari 236
2 26 Feb 07 jari 237   public static Vector resultsToVectors(Vector results) {
2 26 Feb 07 jari 238     String[] rowResults;
2 26 Feb 07 jari 239     Vector newResults;
2 26 Feb 07 jari 240     Vector resultVector = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 241
2 26 Feb 07 jari 242     for (int i = 0; i < results.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 243       newResults = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 244       rowResults = (String[]) results.elementAt(i);
2 26 Feb 07 jari 245
2 26 Feb 07 jari 246       for (int j = 0; j < rowResults.length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 247         newResults.addElement(rowResults[j]);
2 26 Feb 07 jari 248       }
2 26 Feb 07 jari 249
2 26 Feb 07 jari 250       resultVector.addElement(newResults);
2 26 Feb 07 jari 251     }
2 26 Feb 07 jari 252
2 26 Feb 07 jari 253     return resultVector;
2 26 Feb 07 jari 254   }
2 26 Feb 07 jari 255
2 26 Feb 07 jari 256   public String toString() {
2 26 Feb 07 jari 257     return queryString;
2 26 Feb 07 jari 258   }
2 26 Feb 07 jari 259
2 26 Feb 07 jari 260   /****************************************************************************
2 26 Feb 07 jari 261    * <b>Description: </b>
2 26 Feb 07 jari 262    *    starts a transaction for a DBMS.
2 26 Feb 07 jari 263    * <p><b>Parameters: </b>
2 26 Feb 07 jari 264    * <br> c -- the connection created with a DBMS.
2 26 Feb 07 jari 265    * <br> dbSys -- the DBMS to be handled; 0: Sybase; 1: MySql.
2 26 Feb 07 jari 266    ***************************************************************************/
2 26 Feb 07 jari 267   public static void beginTransaction(Connection c, int dbSys) throws SQLException {
2 26 Feb 07 jari 268     try {
2 26 Feb 07 jari 269       // Set the autocommit flag to false to enable transactions
2 26 Feb 07 jari 270       c.setAutoCommit(false);
2 26 Feb 07 jari 271
2 26 Feb 07 jari 272       // Explicitly set the chained to off and begin transaction
2 26 Feb 07 jari 273       Statement stmt = c.createStatement();
2 26 Feb 07 jari 274       if(dbSys == MYSQL){
2 26 Feb 07 jari 275         stmt.execute("BEGIN");
2 26 Feb 07 jari 276       } else if (dbSys == SYBASE){
2 26 Feb 07 jari 277         stmt.execute("SET CHAINED OFF");
2 26 Feb 07 jari 278         stmt.execute("BEGIN TRANSACTION");
2 26 Feb 07 jari 279       } else {
2 26 Feb 07 jari 280         System.out.println("Error: No DBMS found.");
2 26 Feb 07 jari 281       }
2 26 Feb 07 jari 282     } catch (SQLException sqle) {
2 26 Feb 07 jari 283
2 26 Feb 07 jari 284       throw sqle;
2 26 Feb 07 jari 285     }
2 26 Feb 07 jari 286   }
2 26 Feb 07 jari 287
2 26 Feb 07 jari 288   /*****************************************************************************
2 26 Feb 07 jari 289   * endTransaction:  transaction handling for DB
2 26 Feb 07 jari 290   ***************************************************************************/
2 26 Feb 07 jari 291
2 26 Feb 07 jari 292   /* Complete transaction by executing a commit command and set the autocommit flag
2 26 Feb 07 jari 293   * back to true
2 26 Feb 07 jari 294   */
2 26 Feb 07 jari 295   public static void endTransaction(Connection c) throws SQLException {
2 26 Feb 07 jari 296     try {
2 26 Feb 07 jari 297
2 26 Feb 07 jari 298       c.commit();  // Make the database changes permanent
2 26 Feb 07 jari 299       c.setAutoCommit(true);
2 26 Feb 07 jari 300
2 26 Feb 07 jari 301     } catch (SQLException sqle) {
2 26 Feb 07 jari 302
2 26 Feb 07 jari 303       throw sqle;
2 26 Feb 07 jari 304     }
2 26 Feb 07 jari 305   }
2 26 Feb 07 jari 306
2 26 Feb 07 jari 307   /*****************************************************************************
2 26 Feb 07 jari 308   * abortTransaction:  transaction handling for DB
2 26 Feb 07 jari 309   ***************************************************************************/
2 26 Feb 07 jari 310
2 26 Feb 07 jari 311   /* Abort the transaction by rolling back changes made to the database and
2 26 Feb 07 jari 312   * set the autocommit flag back to true
2 26 Feb 07 jari 313   */
2 26 Feb 07 jari 314   public static void abortTransaction(Connection c) throws SQLException {
2 26 Feb 07 jari 315
2 26 Feb 07 jari 316     try {
2 26 Feb 07 jari 317
2 26 Feb 07 jari 318       c.rollback();  // Rollback database changes
2 26 Feb 07 jari 319       c.setAutoCommit(true);
2 26 Feb 07 jari 320
2 26 Feb 07 jari 321     } catch (SQLException sqle) {
2 26 Feb 07 jari 322
2 26 Feb 07 jari 323       throw sqle;
2 26 Feb 07 jari 324     }
2 26 Feb 07 jari 325   }
2 26 Feb 07 jari 326 }

Generated on Thu Jul 20 09:32:01 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)