extensions/net.sf.basedb.genepattern/trunk/build.xml

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
1090 27 May 09 nicklas 1 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
1090 27 May 09 nicklas 2 <project 
1090 27 May 09 nicklas 3   name="GenePattern" 
1090 27 May 09 nicklas 4   default="jar" 
1090 27 May 09 nicklas 5   basedir=".">
1090 27 May 09 nicklas 6
1090 27 May 09 nicklas 7   <!--create this file if you need to override values from properties below -->
1090 27 May 09 nicklas 8   <property file="build.properties" />
1090 27 May 09 nicklas 9   
1090 27 May 09 nicklas 10   <!-- variables used -->
1090 27 May 09 nicklas 11   <property name="name" value="gp-integration" />
1090 27 May 09 nicklas 12   <property name="version" value="1.0pre" />
1090 27 May 09 nicklas 13   <property name="src" location="src" description="Location of source files" />
1090 27 May 09 nicklas 14   <property name="build" location="build" description="Location of compiled files" />
1090 27 May 09 nicklas 15   <property name="jar.name" value="${name}.jar" 
1090 27 May 09 nicklas 16     description="Name of JAR file with the extensions." />
1090 27 May 09 nicklas 17   <property name="tar.prefix" value="${name}-${version}" 
1090 27 May 09 nicklas 18     description="Prefix of .tar.gz file for download." />
1090 27 May 09 nicklas 19   <property name="tar.name" value="${tar.prefix}.tar.gz" 
1090 27 May 09 nicklas 20     description="Full name of .tar.gz file for download." />
1090 27 May 09 nicklas 21   <property name="javac.arg" value="-Xlint:unchecked" />
1090 27 May 09 nicklas 22   <property name="javac.source" value="1.5" />
1090 27 May 09 nicklas 23   <property name="javac.target" value="1.5" />
1090 27 May 09 nicklas 24   <property name="javac.encoding" value="UTF-8" />
1117 10 Jun 09 nicklas 25   <property name="depend.jars" value="http://base2.thep.lu.se/base/jars/2.13.0" />
1103 29 May 09 nicklas 26   <property name="genepattern.jars" value="http://genepattern.broad.mit.edu/gp/downloads" />
1090 27 May 09 nicklas 27
1090 27 May 09 nicklas 28   <!-- set up classpath for compiling -->
1090 27 May 09 nicklas 29   <path id="classpath">
1090 27 May 09 nicklas 30     <fileset dir="lib">
1090 27 May 09 nicklas 31       <include name="**/*.jar" />
1090 27 May 09 nicklas 32     </fileset>
1090 27 May 09 nicklas 33   </path>
1090 27 May 09 nicklas 34
1090 27 May 09 nicklas 35   <target name="init">
1090 27 May 09 nicklas 36     <mkdir dir="${build}" />
1090 27 May 09 nicklas 37   </target>
1090 27 May 09 nicklas 38     
1090 27 May 09 nicklas 39   <target name="clean">
1090 27 May 09 nicklas 40     <delete failonerror="false" includeemptydirs="true">
1090 27 May 09 nicklas 41       <fileset dir="${build}" defaultexcludes="no" />
1090 27 May 09 nicklas 42       <fileset file="${jar.name}" />
1090 27 May 09 nicklas 43       <fileset file="${tar.name}" />
1090 27 May 09 nicklas 44     </delete>
1090 27 May 09 nicklas 45   </target>
1090 27 May 09 nicklas 46   
1090 27 May 09 nicklas 47   <target
1090 27 May 09 nicklas 48     name="package"
1090 27 May 09 nicklas 49     depends="clean,jar"
1090 27 May 09 nicklas 50     description="Clean and create binary distribution package"
1090 27 May 09 nicklas 51     >
1090 27 May 09 nicklas 52     <tar
1090 27 May 09 nicklas 53       destfile="${tar.name}"
1090 27 May 09 nicklas 54       longfile="gnu"
1090 27 May 09 nicklas 55       compression="gzip"
1090 27 May 09 nicklas 56       >
1090 27 May 09 nicklas 57       <tarfileset
1090 27 May 09 nicklas 58         dir="."
1090 27 May 09 nicklas 59         prefix="${tar.prefix}"
1090 27 May 09 nicklas 60         preserveLeadingSlashes="true"
1138 24 Jun 09 nicklas 61         includes="${jar.name},download.xml,README,LICENSE*,lib/genepattern/*"
1104 29 May 09 nicklas 62         excludes="lib/genepattern/GenePattern.jar,lib/genepattern/gp-modules.jar"
1090 27 May 09 nicklas 63         >
1090 27 May 09 nicklas 64       </tarfileset>
1090 27 May 09 nicklas 65     </tar>
1090 27 May 09 nicklas 66   </target>  
1090 27 May 09 nicklas 67   
1090 27 May 09 nicklas 68   <target 
1090 27 May 09 nicklas 69     name="jar"
1090 27 May 09 nicklas 70     depends="build"
1090 27 May 09 nicklas 71     description="Creates the extension JAR file"
1090 27 May 09 nicklas 72     >
1090 27 May 09 nicklas 73     <copy todir="${build}">
1090 27 May 09 nicklas 74       <fileset dir="." includes="META-INF/*" />
1090 27 May 09 nicklas 75     </copy>
1091 27 May 09 nicklas 76     <replace token="%%plugins.jar%%" value="${jar.name}" file="${build}/META-INF/base-plugins.xml" />
1090 27 May 09 nicklas 77     <jar 
1090 27 May 09 nicklas 78       jarfile="${jar.name}" 
1104 29 May 09 nicklas 79       manifest="${build}/META-INF/MANIFEST.MF"
1090 27 May 09 nicklas 80       >
1090 27 May 09 nicklas 81       <fileset dir="${build}" />
1138 24 Jun 09 nicklas 82       <fileset dir="." includes="resources/**" 
1138 24 Jun 09 nicklas 83         excludes="resources/visualizer/runVisualizer.jar"/>
1090 27 May 09 nicklas 84     </jar>
1090 27 May 09 nicklas 85   </target>
1090 27 May 09 nicklas 86   
1090 27 May 09 nicklas 87   <target 
1090 27 May 09 nicklas 88     name="build"
1090 27 May 09 nicklas 89     depends="init,checkjar"
1090 27 May 09 nicklas 90     description="Compiles the plugin and put in jar"
1090 27 May 09 nicklas 91     >
1090 27 May 09 nicklas 92     <mkdir dir="${build}" />
1090 27 May 09 nicklas 93     <javac 
1090 27 May 09 nicklas 94       encoding="${javac.encoding}" 
1090 27 May 09 nicklas 95       srcdir="${src}" 
1090 27 May 09 nicklas 96       destdir="${build}" 
1090 27 May 09 nicklas 97       debug="true" 
1090 27 May 09 nicklas 98       classpathref="classpath"
1090 27 May 09 nicklas 99       source="${javac.source}"
1090 27 May 09 nicklas 100       target="${javac.target}"
1090 27 May 09 nicklas 101       >
1090 27 May 09 nicklas 102       <compilerarg value="${javac.arg}" />
1090 27 May 09 nicklas 103     </javac>
1090 27 May 09 nicklas 104   </target>
1090 27 May 09 nicklas 105   
1090 27 May 09 nicklas 106   <target 
1090 27 May 09 nicklas 107     name="checkjar"
1090 27 May 09 nicklas 108     description="Checks that the BASE2Core.jar, BASE2Webclient.jar, BASE2CorePlugins.jar and BASE2WSClient.jar exists."
1090 27 May 09 nicklas 109     >
1090 27 May 09 nicklas 110     <available classname="net.sf.basedb.util.export.spotdata.AbstractBioAssaySetExporter" 
1090 27 May 09 nicklas 111       classpathref="classpath" property="base2core" />
1090 27 May 09 nicklas 112     <available classname="net.sf.basedb.plugins.util.Parameters" 
1090 27 May 09 nicklas 113       classpathref="classpath" property="base2plugins" />
1090 27 May 09 nicklas 114     <available classname="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.FixedButtonFactory" 
1090 27 May 09 nicklas 115       classpathref="classpath" property="base2web" />
1090 27 May 09 nicklas 116     <available classname="net.sf.basedb.info.BioAssaySetInfo" 
1090 27 May 09 nicklas 117       classpathref="classpath" property="base2webservice" />
1103 29 May 09 nicklas 118     <available classname="org.genepattern.client.GPClient"
1103 29 May 09 nicklas 119       classpathref="classpath" property="genepattern.lib" />
1090 27 May 09 nicklas 120     <fail unless="base2core" message="Can't find BASE2Core.jar in ./lib/compile. Try 'ant download-lib' to download the missing file." />
1090 27 May 09 nicklas 121     <fail unless="base2plugins" message="Can't find BASE2CorePlugins.jar in ./lib/compile. Try 'ant download-lib' to download the missing file." />
1090 27 May 09 nicklas 122     <fail unless="base2web" message="Can't find BASE2Webclient.jar in ./lib/compile. Try 'ant download-lib' to download the missing file." />
1090 27 May 09 nicklas 123     <fail unless="base2webservice" message="Can't find BASE2WSClient.jar in ./lib/compile. Try 'ant download-lib' to download the missing file." />
1103 29 May 09 nicklas 124     <fail unless="genepattern.lib" message="Can't find GenePattern.jar in ./lib/genepattern. Try 'ant download-lib' to download the missing file." />
1103 29 May 09 nicklas 125     <echo>Found all required BASE and GenePattern JAR files.</echo>
1090 27 May 09 nicklas 126   </target>
1090 27 May 09 nicklas 127   
1090 27 May 09 nicklas 128   <target 
1090 27 May 09 nicklas 129     name="download-lib"
1103 29 May 09 nicklas 130     description="Download BASE and GenePattern JAR files"
1090 27 May 09 nicklas 131     >
1090 27 May 09 nicklas 132     <echo>
1090 27 May 09 nicklas 133 -------------------------------------------------------    
1090 27 May 09 nicklas 134 NOTE! You may specifiy a different download location by 
1103 29 May 09 nicklas 135 creating the file './build.properties' and setting
1103 29 May 09 nicklas 136 'depend.jars' and 'genepattern.jars' to the URLs to 
1103 29 May 09 nicklas 137 download from.
1090 27 May 09 nicklas 138 -------------------------------------------------------
1090 27 May 09 nicklas 139     </echo>
1090 27 May 09 nicklas 140     <download-lib file="BASE2Core.jar" />
1090 27 May 09 nicklas 141     <download-lib file="BASE2CorePlugins.jar" />
1090 27 May 09 nicklas 142     <download-lib file="BASE2Webclient.jar" />
1090 27 May 09 nicklas 143     <download-lib file="BASE2WSClient.jar" />
1103 29 May 09 nicklas 144     <!-- We only need some files from the GenePattern.zip file -->
1138 24 Jun 09 nicklas 145     <download-lib file="runVisualizer.jar" todir="./resources/visualizer" from="${genepattern.jars}" />
1103 29 May 09 nicklas 146     <download-lib file="GenePattern.zip" todir="${build}" from="${genepattern.jars}" />
1103 29 May 09 nicklas 147     <unzip dest="lib/genepattern" src="${build}/GenePattern.zip">
1103 29 May 09 nicklas 148       <patternset>
1103 29 May 09 nicklas 149         <include name="GenePattern.jar" />
1103 29 May 09 nicklas 150         <include name="lib/gp-modules.jar" />
1103 29 May 09 nicklas 151       </patternset>
1103 29 May 09 nicklas 152       <mapper type="flatten"/>
1103 29 May 09 nicklas 153     </unzip>
1138 24 Jun 09 nicklas 154     <delete file="${build}/GenePattern.zip" />
1090 27 May 09 nicklas 155   </target>
1090 27 May 09 nicklas 156   
1090 27 May 09 nicklas 157   <macrodef name="download-lib" description="Download BASE core JAR files">
1090 27 May 09 nicklas 158     <attribute name="file" />
1103 29 May 09 nicklas 159     <attribute name="todir" default="lib/compile"/>
1103 29 May 09 nicklas 160     <attribute name="from" default="${depend.jars}" />
1090 27 May 09 nicklas 161     <sequential>
1139 24 Jun 09 nicklas 162       <mkdir dir="@{todir}" />
1090 27 May 09 nicklas 163       <get 
1103 29 May 09 nicklas 164         dest="@{todir}/@{file}" 
1103 29 May 09 nicklas 165         src="@{from}/@{file}" 
1090 27 May 09 nicklas 166         usetimestamp="true" 
1090 27 May 09 nicklas 167         verbose="true"
1090 27 May 09 nicklas 168         ignoreerrors="true"
1090 27 May 09 nicklas 169       />
1090 27 May 09 nicklas 170     </sequential>
1090 27 May 09 nicklas 171   </macrodef>
1090 27 May 09 nicklas 172 </project>

Generated on Tue Nov 21 03:24:50 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)