extensions/net.sf.basedb.genepattern/trunk/resources/run_visualizer.jsp

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1132 18 Jun 09 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
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1134 22 Jun 09 nicklas 24   @author Nicklas
1132 18 Jun 09 nicklas 25 --%>
1132 18 Jun 09 nicklas 26 <%@ page
1132 18 Jun 09 nicklas 27   pageEncoding="UTF-8"
1132 18 Jun 09 nicklas 28   session="false"
1132 18 Jun 09 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
1132 18 Jun 09 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.Presets"
1132 18 Jun 09 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.Presets.Preset"
1132 18 Jun 09 nicklas 32   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
1134 22 Jun 09 nicklas 33   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
1132 18 Jun 09 nicklas 34   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
1132 18 Jun 09 nicklas 35 %>
1132 18 Jun 09 nicklas 36 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
1132 18 Jun 09 nicklas 37 <%
1132 18 Jun 09 nicklas 38 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(request, true);
1132 18 Jun 09 nicklas 39 final String ID = sc.getId();
1132 18 Jun 09 nicklas 40
1132 18 Jun 09 nicklas 41 String presetsXml = sc.getUserDefaultSetting("net.sf.basedb.genepattern.options");
1132 18 Jun 09 nicklas 42 Presets presets = new Presets();
1132 18 Jun 09 nicklas 43 if (presetsXml != null) presets.loadFrom(presetsXml);
1134 22 Jun 09 nicklas 44 final String homeUrl = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.genepattern.options");
1132 18 Jun 09 nicklas 45 %>
1132 18 Jun 09 nicklas 46 <base:page type="popup" title="">
1134 22 Jun 09 nicklas 47 <base:head scripts="ajax.js">
1132 18 Jun 09 nicklas 48   <script language="JavaScript">
1134 22 Jun 09 nicklas 49   function doVisualize()
1132 18 Jun 09 nicklas 50   {
1132 18 Jun 09 nicklas 51     var frm = document.forms['visualizer'];
1134 22 Jun 09 nicklas 52     frm.submit();
1132 18 Jun 09 nicklas 53   }
1134 22 Jun 09 nicklas 54   function getModuleList()
1132 18 Jun 09 nicklas 55   {
1132 18 Jun 09 nicklas 56     var frm = document.forms['visualizer'];
1134 22 Jun 09 nicklas 57     var url = '<%=homeUrl%>/Ajax.servlet?ID=<%=ID%>&cmd=ListModules';
1134 22 Jun 09 nicklas 58     url += '&server=' + encodeURIComponent(frm['server'].value);
1134 22 Jun 09 nicklas 59     var request = Ajax.getXmlHttpRequest();
1134 22 Jun 09 nicklas 60     request.open("GET", url, true);
1134 22 Jun 09 nicklas 61     Ajax.setReadyStateHandler(request, getModulesListCallback);
1134 22 Jun 09 nicklas 62     request.send(null);
1134 22 Jun 09 nicklas 63     document.getElementById('ajaxStatus').innerHTML = 'Please wait. . .';
1134 22 Jun 09 nicklas 64     setTimeout('showProgress()', 250);
1132 18 Jun 09 nicklas 65   }
1134 22 Jun 09 nicklas 66   function showProgress()
1132 18 Jun 09 nicklas 67   {
1134 22 Jun 09 nicklas 68     var progress = document.getElementById('ajaxStatus');
1134 22 Jun 09 nicklas 69     if (progress.innerHTML.indexOf('Please wait') == 0)
1134 22 Jun 09 nicklas 70     {
1134 22 Jun 09 nicklas 71       progress.innerHTML += ' .';
1134 22 Jun 09 nicklas 72       setTimeout('showProgress()', 250);
1134 22 Jun 09 nicklas 73     }
1134 22 Jun 09 nicklas 74   }
1134 22 Jun 09 nicklas 75
1134 22 Jun 09 nicklas 76   function getModulesListCallback(request)
1134 22 Jun 09 nicklas 77   {
1134 22 Jun 09 nicklas 78     if (document.getElementById('ajaxStatus').innerHTML.indexOf('Please wait') != 0) return;
1132 18 Jun 09 nicklas 79     var frm = document.forms['visualizer'];
1134 22 Jun 09 nicklas 80     var responseText = request != null ? 
1134 22 Jun 09 nicklas 81       request.responseText :
1134 22 Jun 09 nicklas 82       'status:error\nstacktrace:No response from server';
1134 22 Jun 09 nicklas 83     var response = Ajax.parseResponse(responseText);
1134 22 Jun 09 nicklas 84     if (response.isError())
1134 22 Jun 09 nicklas 85     {
1134 22 Jun 09 nicklas 86       var stacktrace = response.getElements()[0]['stacktrace'];
1134 22 Jun 09 nicklas 87       document.getElementById('ajaxStatus').innerHTML = 
1134 22 Jun 09 nicklas 88         '<div class="error stacktrace" style="width: 420px; height: 15em; overflow: auto;">' + stacktrace + '</div>';
1134 22 Jun 09 nicklas 89     }
1134 22 Jun 09 nicklas 90     else
1134 22 Jun 09 nicklas 91     {
1134 22 Jun 09 nicklas 92       var modules = response.getElements();
1134 22 Jun 09 nicklas 93       modules.sort(compareGpModules);
1134 22 Jun 09 nicklas 94       var html = '<div style="width: 420px; height: 15em; overflow: auto;">';
1134 22 Jun 09 nicklas 95       for (var i = 0; i < modules.length; i++)
1134 22 Jun 09 nicklas 96       {
1134 22 Jun 09 nicklas 97         var type = modules[i]['taskType'];
1134 22 Jun 09 nicklas 98         if (type == 'Visualizer')
1134 22 Jun 09 nicklas 99         {
1134 22 Jun 09 nicklas 100           html += '<a id="module.' + i + '" href="javascript:setModule('+i+')" title="' + modules[i]['description'] + '">';
1134 22 Jun 09 nicklas 101           html += modules[i]['name'] + '</a><br>';
1134 22 Jun 09 nicklas 102         }
1134 22 Jun 09 nicklas 103       }
1134 22 Jun 09 nicklas 104       html += '</div>';
1134 22 Jun 09 nicklas 105       document.getElementById('ajaxStatus').innerHTML = html;
1134 22 Jun 09 nicklas 106     }
1132 18 Jun 09 nicklas 107   }
1134 22 Jun 09 nicklas 108   function compareGpModules(m1, m2)
1132 18 Jun 09 nicklas 109   {
1134 22 Jun 09 nicklas 110     var type1 = m1['taskType'];
1134 22 Jun 09 nicklas 111     var type2 = m2['taskType'];
1134 22 Jun 09 nicklas 112     if (type1 < type2) return -1;
1134 22 Jun 09 nicklas 113     if (type1 > type2) return 1;
1134 22 Jun 09 nicklas 114     var name1 = m1['name'];
1134 22 Jun 09 nicklas 115     var name2 = m2['name'];
1134 22 Jun 09 nicklas 116     if (name1 < name2) return -1;
1134 22 Jun 09 nicklas 117     if (name1 > name2) return 1;
1134 22 Jun 09 nicklas 118     return 0;
1134 22 Jun 09 nicklas 119   }
1134 22 Jun 09 nicklas 120   function setModule(index)
1134 22 Jun 09 nicklas 121   {
1132 18 Jun 09 nicklas 122     var frm = document.forms['visualizer'];
1134 22 Jun 09 nicklas 123     frm['module'].value = document.getElementById('module.'+index).innerHTML;
1132 18 Jun 09 nicklas 124   }
1132 18 Jun 09 nicklas 125   </script>
1132 18 Jun 09 nicklas 126 </base:head>
1132 18 Jun 09 nicklas 127 <base:body>
1132 18 Jun 09 nicklas 128   
1132 18 Jun 09 nicklas 129   <form action="Visualizer.servlet" method="post" name="visualizer">
1132 18 Jun 09 nicklas 130   <input type="hidden" name="ID" value="<%=ID%>">
1134 22 Jun 09 nicklas 131   <input type="hidden" name="cmd" value="SelectServerModule">
1132 18 Jun 09 nicklas 132   
1134 22 Jun 09 nicklas 133   <h3 class="docked">Run visualizer</h3>
1134 22 Jun 09 nicklas 134   <div class="boxedbottom">
1132 18 Jun 09 nicklas 135     <table class="form" cellspacing=0>
1132 18 Jun 09 nicklas 136     <tr>
1134 22 Jun 09 nicklas 137       <td></td>
1134 22 Jun 09 nicklas 138       <td>Select a GenePattern visualizer module.</td>
1134 22 Jun 09 nicklas 139     </tr>
1134 22 Jun 09 nicklas 140     <tr>
1134 22 Jun 09 nicklas 141       <td class="prompt">GenePattern server</td>
1132 18 Jun 09 nicklas 142       <td>
1134 22 Jun 09 nicklas 143       <select name="server" class="required">
1132 18 Jun 09 nicklas 144       <%
1132 18 Jun 09 nicklas 145       for (Presets.Preset server : presets)
1132 18 Jun 09 nicklas 146       {
1132 18 Jun 09 nicklas 147         %>
1134 22 Jun 09 nicklas 148         <option><%=HTML.encodeTags(server.getName())%>
1132 18 Jun 09 nicklas 149         <%
1132 18 Jun 09 nicklas 150       }
1132 18 Jun 09 nicklas 151       %>
1132 18 Jun 09 nicklas 152       </select>
1132 18 Jun 09 nicklas 153       </td>
1132 18 Jun 09 nicklas 154     </tr>
1132 18 Jun 09 nicklas 155     <tr>
1134 22 Jun 09 nicklas 156       <td class="prompt">Visualizer module</td>
1132 18 Jun 09 nicklas 157       <td>
1134 22 Jun 09 nicklas 158         <input class="text required" type="text" name="module" size="40" value="">
1132 18 Jun 09 nicklas 159       </td>
1132 18 Jun 09 nicklas 160     </tr>
1132 18 Jun 09 nicklas 161     <tr>
1134 22 Jun 09 nicklas 162       <td class="prompt">Available modules</td>
1134 22 Jun 09 nicklas 163       <td>
1134 22 Jun 09 nicklas 164       <table border=0 cellspacing=0><tr><td><base:button 
1134 22 Jun 09 nicklas 165           title="Get list" onclick="getModuleList()"
1134 22 Jun 09 nicklas 166           image="<%=homeUrl + "/images/genepattern.gif" %>"
1134 22 Jun 09 nicklas 167           /></td>
1134 22 Jun 09 nicklas 168         </tr></table>
1134 22 Jun 09 nicklas 169       </td>
1132 18 Jun 09 nicklas 170     </tr>
1132 18 Jun 09 nicklas 171     <tr>
1134 22 Jun 09 nicklas 172       <td class="prompt"></td>
1134 22 Jun 09 nicklas 173       <td id="ajaxStatus"></td>
1132 18 Jun 09 nicklas 174     </tr>
1132 18 Jun 09 nicklas 175     </table>
1134 22 Jun 09 nicklas 176     </div>
1134 22 Jun 09 nicklas 177
1134 22 Jun 09 nicklas 178
1132 18 Jun 09 nicklas 179     </form>
1132 18 Jun 09 nicklas 180     <table align="center">
1132 18 Jun 09 nicklas 181     <tr>
1132 18 Jun 09 nicklas 182       <td width="50%"><base:button onclick="doVisualize();" title="Next" /></td>
1132 18 Jun 09 nicklas 183       <td width="50%"><base:button onclick="window.close();" title="Cancel" /></td>
1132 18 Jun 09 nicklas 184     </tr>
1132 18 Jun 09 nicklas 185     </table>
1132 18 Jun 09 nicklas 186
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