extensions/net.sf.basedb.genepattern/trunk/resources/submit.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
1108 04 Jun 09 nicklas 1
1108 04 Jun 09 nicklas 2 <%@page import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"%>
1108 04 Jun 09 nicklas 3 <%@page import="net.sf.basedb.core.UserDefaultSetting"%><%-- $Id $
1102 29 May 09 nicklas 4   ------------------------------------------------------------------
1102 29 May 09 nicklas 5   Copyright (C) 2009 Nicklas Nordborg
1102 29 May 09 nicklas 6
1102 29 May 09 nicklas 7   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
1102 29 May 09 nicklas 8   Available at http://base.thep.lu.se/
1102 29 May 09 nicklas 9
1102 29 May 09 nicklas 10   BASE is free software; you can redistribute it and/or
1102 29 May 09 nicklas 11   modify it under the terms of the GNU General Public License
1102 29 May 09 nicklas 12   as published by the Free Software Foundation; either version 3
1102 29 May 09 nicklas 13   of the License, or (at your option) any later version.
1102 29 May 09 nicklas 14
1102 29 May 09 nicklas 15   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
1102 29 May 09 nicklas 16   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
1102 29 May 09 nicklas 17   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
1102 29 May 09 nicklas 18   GNU General Public License for more details.
1102 29 May 09 nicklas 19
1102 29 May 09 nicklas 20   You should have received a copy of the GNU General Public License
1102 29 May 09 nicklas 21   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
1102 29 May 09 nicklas 22   ------------------------------------------------------------------
1102 29 May 09 nicklas 23
1102 29 May 09 nicklas 24   @author Nicklas
1102 29 May 09 nicklas 25 --%>
1102 29 May 09 nicklas 26 <%@ page
1102 29 May 09 nicklas 27   pageEncoding="UTF-8"
1102 29 May 09 nicklas 28   session="false"
1102 29 May 09 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.Application"
1102 29 May 09 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
1102 29 May 09 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
1102 29 May 09 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.User"
1108 04 Jun 09 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.UserDefaultSetting"
1108 04 Jun 09 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
1102 29 May 09 nicklas 35   import="net.sf.basedb.core.Presets"
1108 04 Jun 09 nicklas 36   import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
1108 04 Jun 09 nicklas 37   import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
1108 04 Jun 09 nicklas 38   import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
1102 29 May 09 nicklas 39   import="net.sf.basedb.core.Presets.Preset"
1102 29 May 09 nicklas 40   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
1102 29 May 09 nicklas 41   import="net.sf.basedb.clients.web.WebException"
1102 29 May 09 nicklas 42   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
1102 29 May 09 nicklas 43   import="net.sf.basedb.util.Values"
1108 04 Jun 09 nicklas 44   import="java.util.List"
1102 29 May 09 nicklas 45 %>
1108 04 Jun 09 nicklas 46 <%!
1108 04 Jun 09 nicklas 47 private void savePreset(DbControl dc, Presets presets)
1108 04 Jun 09 nicklas 48 {
1108 04 Jun 09 nicklas 49   SessionControl sc = dc.getSessionControl();
1108 04 Jun 09 nicklas 50   String setting = "net.sf.basedb.genepattern.options";
1108 04 Jun 09 nicklas 51   String xml = presets.asXml();
1108 04 Jun 09 nicklas 52
1108 04 Jun 09 nicklas 53   // Save to memory
1108 04 Jun 09 nicklas 54   sc.setUserDefaultSetting(setting, xml);
1108 04 Jun 09 nicklas 55   
1108 04 Jun 09 nicklas 56   // Save to db
1108 04 Jun 09 nicklas 57   User user = User.getById(dc, sc.getLoggedInUserId());
1108 04 Jun 09 nicklas 58   ItemQuery<UserDefaultSetting> query = UserDefaultSetting.getQuery(user);
1108 04 Jun 09 nicklas 59   query.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("name"), Expressions.string(setting)));
1108 04 Jun 09 nicklas 60   List<UserDefaultSetting> result = query.list(dc);
1108 04 Jun 09 nicklas 61   UserDefaultSetting gpServers = null;
1108 04 Jun 09 nicklas 62   if (result.size() > 0)
1108 04 Jun 09 nicklas 63   {
1108 04 Jun 09 nicklas 64     gpServers = result.get(0);
1108 04 Jun 09 nicklas 65     gpServers.setValue(xml);
1108 04 Jun 09 nicklas 66   }
1108 04 Jun 09 nicklas 67   else
1108 04 Jun 09 nicklas 68   {
1108 04 Jun 09 nicklas 69     gpServers = UserDefaultSetting.getNew(dc, user, setting, xml);
1108 04 Jun 09 nicklas 70     dc.saveItem(gpServers);
1108 04 Jun 09 nicklas 71   }
1108 04 Jun 09 nicklas 72 }
1108 04 Jun 09 nicklas 73 %>
1102 29 May 09 nicklas 74 <%
1102 29 May 09 nicklas 75 SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
1102 29 May 09 nicklas 76 String ID = sc.getId();
1102 29 May 09 nicklas 77 String cmd = request.getParameter("cmd");
1102 29 May 09 nicklas 78 String root = request.getContextPath()+"/";
1102 29 May 09 nicklas 79
1102 29 May 09 nicklas 80 String redirect = null;
1102 29 May 09 nicklas 81 String message = null;
1108 04 Jun 09 nicklas 82 DbControl dc = null;
1102 29 May 09 nicklas 83 try
1102 29 May 09 nicklas 84 {
1102 29 May 09 nicklas 85   if ("SaveServer".equals(cmd))
1102 29 May 09 nicklas 86   {
1108 04 Jun 09 nicklas 87     dc = sc.newDbControl();
1108 04 Jun 09 nicklas 88     String presetsXml = sc.getUserDefaultSetting("net.sf.basedb.genepattern.options");
1102 29 May 09 nicklas 89     Presets presets = new Presets();
1102 29 May 09 nicklas 90     if (presetsXml != null) presets.loadFrom(presetsXml);
1106 02 Jun 09 nicklas 91     String originalGpServer = request.getParameter("originalGpServer");
1102 29 May 09 nicklas 92     String gpServer = request.getParameter("gpServer");
1102 29 May 09 nicklas 93     Preset server = presets.getPreset(gpServer);
1106 02 Jun 09 nicklas 94     if ("".equals(originalGpServer))
1106 02 Jun 09 nicklas 95     {
1106 02 Jun 09 nicklas 96       // Adding a new server - check if one already exists
1106 02 Jun 09 nicklas 97       if (server.getSetting("server.login") != null)
1106 02 Jun 09 nicklas 98       {
1106 02 Jun 09 nicklas 99         throw new WebException("popup", "Server exists", "The server {1} already exists", gpServer);
1106 02 Jun 09 nicklas 100       }
1106 02 Jun 09 nicklas 101     }
1106 02 Jun 09 nicklas 102     else if (!gpServer.equals(originalGpServer))
1106 02 Jun 09 nicklas 103     {
1106 02 Jun 09 nicklas 104       // The URL of an existing server has been modified
1106 02 Jun 09 nicklas 105       presets.deletePreset(originalGpServer);
1106 02 Jun 09 nicklas 106     }
1102 29 May 09 nicklas 107     server.setSetting("server.login", request.getParameter("gpLogin"));
1102 29 May 09 nicklas 108     server.setSetting("server.password", request.getParameter("gpPassword"));
1126 15 Jun 09 nicklas 109     server.setSetting("base.url", request.getParameter("baseUrl"));
1108 04 Jun 09 nicklas 110     savePreset(dc, presets);
1108 04 Jun 09 nicklas 111     dc.commit();
1106 02 Jun 09 nicklas 112     message = gpServer + " saved";
1102 29 May 09 nicklas 113   }
1102 29 May 09 nicklas 114   else if ("RemoveServer".equals(cmd))
1102 29 May 09 nicklas 115   {
1108 04 Jun 09 nicklas 116     dc = sc.newDbControl();
1108 04 Jun 09 nicklas 117     String presetsXml = sc.getUserDefaultSetting("net.sf.basedb.genepattern.options");
1102 29 May 09 nicklas 118     Presets presets = new Presets();
1102 29 May 09 nicklas 119     if (presetsXml != null) presets.loadFrom(presetsXml);
1102 29 May 09 nicklas 120     String gpServer = request.getParameter("gpServer");
1102 29 May 09 nicklas 121     presets.deletePreset(gpServer);
1108 04 Jun 09 nicklas 122     savePreset(dc, presets);
1108 04 Jun 09 nicklas 123     dc.commit();
1126 15 Jun 09 nicklas 124     message = gpServer + " deleted";
1102 29 May 09 nicklas 125   }
1102 29 May 09 nicklas 126   else
1102 29 May 09 nicklas 127   {
1102 29 May 09 nicklas 128     throw new WebException("popup", "Invalid command", "The command {1} is not recognised as a valid command.", cmd);
1102 29 May 09 nicklas 129   }
1102 29 May 09 nicklas 130 }
1102 29 May 09 nicklas 131 finally
1108 04 Jun 09 nicklas 132 {
1108 04 Jun 09 nicklas 133   if (dc != null) dc.close();  
1108 04 Jun 09 nicklas 134 }
1102 29 May 09 nicklas 135 if (message == null)
1102 29 May 09 nicklas 136 {
1102 29 May 09 nicklas 137   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=0&wait=0");
1102 29 May 09 nicklas 138 }
1102 29 May 09 nicklas 139 else
1102 29 May 09 nicklas 140 {
1102 29 May 09 nicklas 141   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&message="+HTML.urlEncode(message));
1102 29 May 09 nicklas 142 }
1126 15 Jun 09 nicklas 143 %>

Generated on Tue Nov 21 03:24:35 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)