extensions/net.sf.basedb.genepattern/trunk/src/net/sf/basedb/genepattern/plugin/GctExporterPlugin.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
1091 27 May 09 nicklas 1 package net.sf.basedb.genepattern.plugin;
1091 27 May 09 nicklas 2
1091 27 May 09 nicklas 3 import java.io.IOException;
1091 27 May 09 nicklas 4 import java.io.OutputStreamWriter;
1091 27 May 09 nicklas 5 import java.util.ArrayList;
1091 27 May 09 nicklas 6 import java.util.Arrays;
1091 27 May 09 nicklas 7 import java.util.Collections;
1091 27 May 09 nicklas 8 import java.util.List;
1091 27 May 09 nicklas 9 import java.util.Set;
1091 27 May 09 nicklas 10
1091 27 May 09 nicklas 11 import net.sf.basedb.core.BaseException;
1091 27 May 09 nicklas 12 import net.sf.basedb.core.BioAssaySet;
1091 27 May 09 nicklas 13 import net.sf.basedb.core.BooleanParameterType;
1091 27 May 09 nicklas 14 import net.sf.basedb.core.Config;
1091 27 May 09 nicklas 15 import net.sf.basedb.core.DataFileType;
1091 27 May 09 nicklas 16 import net.sf.basedb.core.DbControl;
1091 27 May 09 nicklas 17 import net.sf.basedb.core.ExtendedProperties;
1091 27 May 09 nicklas 18 import net.sf.basedb.core.ExtendedProperty;
1091 27 May 09 nicklas 19 import net.sf.basedb.core.File;
1091 27 May 09 nicklas 20 import net.sf.basedb.core.FileSetMember;
1091 27 May 09 nicklas 21 import net.sf.basedb.core.FileStoreUtil;
1091 27 May 09 nicklas 22 import net.sf.basedb.core.FileType;
1091 27 May 09 nicklas 23 import net.sf.basedb.core.Item;
1091 27 May 09 nicklas 24 import net.sf.basedb.core.ItemNotFoundException;
1091 27 May 09 nicklas 25 import net.sf.basedb.core.ItemParameterType;
1091 27 May 09 nicklas 26 import net.sf.basedb.core.Job;
1091 27 May 09 nicklas 27 import net.sf.basedb.core.Path;
1091 27 May 09 nicklas 28 import net.sf.basedb.core.Permission;
1091 27 May 09 nicklas 29 import net.sf.basedb.core.PluginDefinition;
1091 27 May 09 nicklas 30 import net.sf.basedb.core.PluginParameter;
1091 27 May 09 nicklas 31 import net.sf.basedb.core.ProgressReporter;
1091 27 May 09 nicklas 32 import net.sf.basedb.core.RequestInformation;
1091 27 May 09 nicklas 33 import net.sf.basedb.core.StringParameterType;
1091 27 May 09 nicklas 34 import net.sf.basedb.core.SystemItems;
1091 27 May 09 nicklas 35 import net.sf.basedb.core.plugin.About;
1091 27 May 09 nicklas 36 import net.sf.basedb.core.plugin.AboutImpl;
1091 27 May 09 nicklas 37 import net.sf.basedb.core.plugin.AbstractExporterPlugin;
1091 27 May 09 nicklas 38 import net.sf.basedb.core.plugin.ExportOutputStream;
1091 27 May 09 nicklas 39 import net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext;
1091 27 May 09 nicklas 40 import net.sf.basedb.core.plugin.InteractivePlugin;
1091 27 May 09 nicklas 41 import net.sf.basedb.core.plugin.Request;
1091 27 May 09 nicklas 42 import net.sf.basedb.core.plugin.Response;
1091 27 May 09 nicklas 43 import net.sf.basedb.core.signal.SignalHandler;
1091 27 May 09 nicklas 44 import net.sf.basedb.core.signal.SignalTarget;
1091 27 May 09 nicklas 45 import net.sf.basedb.core.signal.ThreadSignalHandler;
1091 27 May 09 nicklas 46 import net.sf.basedb.genepattern.GenePattern;
1091 27 May 09 nicklas 47 import net.sf.basedb.genepattern.export.GctExporter;
1091 27 May 09 nicklas 48 import net.sf.basedb.plugins.util.Parameters;
1091 27 May 09 nicklas 49 import net.sf.basedb.util.Enumeration;
1091 27 May 09 nicklas 50 import net.sf.basedb.util.export.TableWriter;
1091 27 May 09 nicklas 51 import net.sf.basedb.util.export.spotdata.ExportableFieldFactory;
1091 27 May 09 nicklas 52
1091 27 May 09 nicklas 53 /**
1091 27 May 09 nicklas 54   Plug-in for exporting data to GenePattern GCT format.
1091 27 May 09 nicklas 55   
1091 27 May 09 nicklas 56   @author Nicklas
1091 27 May 09 nicklas 57   @since 1.0
1091 27 May 09 nicklas 58 */
1091 27 May 09 nicklas 59 public class GctExporterPlugin 
1091 27 May 09 nicklas 60   extends AbstractExporterPlugin
1091 27 May 09 nicklas 61   implements InteractivePlugin, SignalTarget
1091 27 May 09 nicklas 62 {
1091 27 May 09 nicklas 63
1091 27 May 09 nicklas 64   private ThreadSignalHandler signalHandler;
1091 27 May 09 nicklas 65   private RequestInformation configureJob;
1091 27 May 09 nicklas 66   
1091 27 May 09 nicklas 67   public GctExporterPlugin()
1091 27 May 09 nicklas 68   {}
1091 27 May 09 nicklas 69   
1091 27 May 09 nicklas 70   /*
1091 27 May 09 nicklas 71     From the Plugin interface
1091 27 May 09 nicklas 72     -------------------------------------------
1091 27 May 09 nicklas 73   */
1091 27 May 09 nicklas 74   @Override
1091 27 May 09 nicklas 75   public About getAbout()
1091 27 May 09 nicklas 76   {
1091 27 May 09 nicklas 77     return new AboutImpl(
1091 27 May 09 nicklas 78         "GenePattern GCT exporter",
1091 27 May 09 nicklas 79         "Exports bioassay set data to GenePattern GCT format. The " +
1091 27 May 09 nicklas 80         "resulting file can be used in GenePattern for further analysis.",
1091 27 May 09 nicklas 81         GenePattern.VERSION,
1091 27 May 09 nicklas 82         GenePattern.COPYRIGHT,
1091 27 May 09 nicklas 83         null,
1091 27 May 09 nicklas 84         GenePattern.EMAIL,
1091 27 May 09 nicklas 85         GenePattern.URL
1091 27 May 09 nicklas 86       );
1091 27 May 09 nicklas 87   }
1091 27 May 09 nicklas 88   @Override
1091 27 May 09 nicklas 89   public boolean supportsConfigurations()
1091 27 May 09 nicklas 90   {
1091 27 May 09 nicklas 91     return false;
1091 27 May 09 nicklas 92   }
1091 27 May 09 nicklas 93   @Override
1091 27 May 09 nicklas 94   public boolean requiresConfiguration()
1091 27 May 09 nicklas 95   {
1091 27 May 09 nicklas 96     return false;
1091 27 May 09 nicklas 97   }
1091 27 May 09 nicklas 98   // -----------------------------------------------
1091 27 May 09 nicklas 99   /*
1091 27 May 09 nicklas 100     From the InteractivePlugin interface
1091 27 May 09 nicklas 101     -------------------------------------------
1091 27 May 09 nicklas 102   */
1091 27 May 09 nicklas 103   @Override
1091 27 May 09 nicklas 104   public Set<GuiContext> getGuiContexts()
1091 27 May 09 nicklas 105   {
1091 27 May 09 nicklas 106     return Collections.singleton(GuiContext.item(Item.BIOASSAYSET));
1091 27 May 09 nicklas 107   }
1091 27 May 09 nicklas 108   @Override
1091 27 May 09 nicklas 109   public String isInContext(GuiContext context, Object item)
1091 27 May 09 nicklas 110   {
1091 27 May 09 nicklas 111     String message = null;  
1091 27 May 09 nicklas 112     if (item == null)
1091 27 May 09 nicklas 113     {
1091 27 May 09 nicklas 114       message = "The object is null";
1091 27 May 09 nicklas 115     }
1091 27 May 09 nicklas 116     else if (!(item instanceof BioAssaySet))
1091 27 May 09 nicklas 117     {
1091 27 May 09 nicklas 118       message = "The object is not a BioAssaySet: " + item;
1091 27 May 09 nicklas 119     }
1091 27 May 09 nicklas 120     else
1091 27 May 09 nicklas 121     {
1091 27 May 09 nicklas 122       BioAssaySet bas = (BioAssaySet)item;
1091 27 May 09 nicklas 123       if (bas.getNumSpots() <= 0)
1091 27 May 09 nicklas 124       {
1091 27 May 09 nicklas 125         message = "This plug-in requires spot data in the database";
1091 27 May 09 nicklas 126       }
1091 27 May 09 nicklas 127     }
1091 27 May 09 nicklas 128     return message;
1091 27 May 09 nicklas 129   }
1091 27 May 09 nicklas 130   
1091 27 May 09 nicklas 131   @Override
1091 27 May 09 nicklas 132   public RequestInformation getRequestInformation(GuiContext context, String command)
1091 27 May 09 nicklas 133     throws BaseException
1091 27 May 09 nicklas 134   {
1091 27 May 09 nicklas 135     RequestInformation requestInformation = null;
1091 27 May 09 nicklas 136     if (command.equals(Request.COMMAND_CONFIGURE_JOB))
1091 27 May 09 nicklas 137     {
1091 27 May 09 nicklas 138       requestInformation = getConfigureJobParameters(context, null);
1091 27 May 09 nicklas 139     }
1091 27 May 09 nicklas 140     return requestInformation;
1091 27 May 09 nicklas 141   }
1091 27 May 09 nicklas 142   
1091 27 May 09 nicklas 143   @Override
1091 27 May 09 nicklas 144   public void configure(GuiContext context, Request request, Response response)
1091 27 May 09 nicklas 145   {
1091 27 May 09 nicklas 146     try
1091 27 May 09 nicklas 147     {
1091 27 May 09 nicklas 148       String command = request.getCommand();
1091 27 May 09 nicklas 149       if (command.equals(Request.COMMAND_CONFIGURE_JOB))
1091 27 May 09 nicklas 150       {
1091 27 May 09 nicklas 151         RequestInformation ri = getConfigureJobParameters(context, !request.isAllowedImmediateExecution());
1091 27 May 09 nicklas 152         List<Throwable> errors = validateRequestParameters(ri.getParameters(), request);
1091 27 May 09 nicklas 153         if (errors != null)
1091 27 May 09 nicklas 154         {
1091 27 May 09 nicklas 155           response.setError(errors.size()+" invalid parameter(s) were found " +
1091 27 May 09 nicklas 156                             "in the request", errors);
1091 27 May 09 nicklas 157           return;
1091 27 May 09 nicklas 158         }
1091 27 May 09 nicklas 159         String fileName = (String)request.getParameterValue(SAVE_AS);
1091 27 May 09 nicklas 160         if (fileName == null)
1091 27 May 09 nicklas 161         {
1091 27 May 09 nicklas 162           if (!request.isAllowedImmediateExecution())
1091 27 May 09 nicklas 163           {
1091 27 May 09 nicklas 164             response.setError("Immediate download is not allowed. Please specify a filename", null);
1091 27 May 09 nicklas 165             return;
1091 27 May 09 nicklas 166           }
1091 27 May 09 nicklas 167         }
1091 27 May 09 nicklas 168         else
1091 27 May 09 nicklas 169         {
1091 27 May 09 nicklas 170           boolean overwrite = Boolean.TRUE.equals(request.getParameterValue(OVERWRITE));
1091 27 May 09 nicklas 171           if (!pathCanBeUsed(fileName, overwrite))
1091 27 May 09 nicklas 172           {
1091 27 May 09 nicklas 173             response.setError("File exists: " + fileName + 
1091 27 May 09 nicklas 174                 "; Please select a different file name.", null);
1091 27 May 09 nicklas 175             return;
1091 27 May 09 nicklas 176           }
1091 27 May 09 nicklas 177         }
1091 27 May 09 nicklas 178
1091 27 May 09 nicklas 179         // Source and file options
1091 27 May 09 nicklas 180         storeValue(job, request, ri.getParameter("source"));
1091 27 May 09 nicklas 181         storeValue(job, request, ri.getParameter("descriptionProperty"));
1091 27 May 09 nicklas 182         storeValue(job, request, ri.getParameter(SAVE_AS));
1091 27 May 09 nicklas 183         storeValue(job, request, ri.getParameter(Parameters.CHARSET_PARAMETER));
1091 27 May 09 nicklas 184         storeValue(job, request, ri.getParameter(OVERWRITE));
1091 27 May 09 nicklas 185         storeValue(job, request, ri.getParameter("attachToBioAssaySet"));
1091 27 May 09 nicklas 186         
1091 27 May 09 nicklas 187         if (job.getValue(SAVE_AS) == null)
1091 27 May 09 nicklas 188         {
1091 27 May 09 nicklas 189           // No filename --> immediate download
1091 27 May 09 nicklas 190           BioAssaySet source = (BioAssaySet)request.getParameterValue("source");
1091 27 May 09 nicklas 191           response.setDownloadImmediately("Export bioassay set " + 
1091 27 May 09 nicklas 192               source.getName(), Job.ExecutionTime.SHORT, true);
1091 27 May 09 nicklas 193         }
1091 27 May 09 nicklas 194         else
1091 27 May 09 nicklas 195         {
1091 27 May 09 nicklas 196           response.setDone("Job configuration complete", Job.ExecutionTime.SHORT);
1091 27 May 09 nicklas 197         }
1091 27 May 09 nicklas 198       }
1091 27 May 09 nicklas 199     }
1091 27 May 09 nicklas 200     catch (Throwable ex)
1091 27 May 09 nicklas 201     {
1091 27 May 09 nicklas 202       response.setError(ex.getMessage(), Arrays.asList(ex));
1091 27 May 09 nicklas 203     }
1091 27 May 09 nicklas 204   }
1091 27 May 09 nicklas 205   // --------------------------------------------
1091 27 May 09 nicklas 206   /*
1091 27 May 09 nicklas 207     From the SignalTarget interface
1091 27 May 09 nicklas 208     -------------------------------------------
1091 27 May 09 nicklas 209   */
1091 27 May 09 nicklas 210   @Override
1091 27 May 09 nicklas 211   public SignalHandler getSignalHandler()
1091 27 May 09 nicklas 212   {
1091 27 May 09 nicklas 213     signalHandler = new ThreadSignalHandler();
1091 27 May 09 nicklas 214     return signalHandler;
1091 27 May 09 nicklas 215   }
1091 27 May 09 nicklas 216   // -------------------------------------------
1091 27 May 09 nicklas 217   /*
1091 27 May 09 nicklas 218     From AbstractExporterPlugin
1091 27 May 09 nicklas 219     ------------------------------------------.
1091 27 May 09 nicklas 220   */
1091 27 May 09 nicklas 221   private DbControl dc;
1091 27 May 09 nicklas 222   private BioAssaySet bas;
1091 27 May 09 nicklas 223   
1091 27 May 09 nicklas 224   @Override
1091 27 May 09 nicklas 225   protected void begin(DbControl dc)
1091 27 May 09 nicklas 226   {
1091 27 May 09 nicklas 227     super.begin(dc);
1091 27 May 09 nicklas 228     this.dc = dc;
1091 27 May 09 nicklas 229     bas = (BioAssaySet)job.getValue("source");
1091 27 May 09 nicklas 230   }  
1091 27 May 09 nicklas 231   
1091 27 May 09 nicklas 232   @Override
1091 27 May 09 nicklas 233   protected void performExport(ExportOutputStream out, ProgressReporter progress)
1091 27 May 09 nicklas 234     throws IOException
1091 27 May 09 nicklas 235   {
1091 27 May 09 nicklas 236     if (signalHandler != null) signalHandler.setWorkerThread(null);
1091 27 May 09 nicklas 237   
1091 27 May 09 nicklas 238     // Get job configuration parameters
1091 27 May 09 nicklas 239     BioAssaySet source = (BioAssaySet)job.getValue("source");
1091 27 May 09 nicklas 240     source = BioAssaySet.getById(dc, source.getId());
1091 27 May 09 nicklas 241     boolean attachToBioAssaySet = Boolean.TRUE.equals(job.getValue("attachToBioAssaySet"));
1091 27 May 09 nicklas 242     String characterSet = (String)job.getValue(Parameters.CHARSET_PARAMETER);
1091 27 May 09 nicklas 243     if (characterSet == null) characterSet = Config.getCharset();
1091 27 May 09 nicklas 244     String description = (String)job.getValue("descriptionProperty");
1091 27 May 09 nicklas 245
1091 27 May 09 nicklas 246     if (progress != null) progress.display(0, "Exporting ...");
1091 27 May 09 nicklas 247     
1091 27 May 09 nicklas 248     // Make settings on the exported file
1091 27 May 09 nicklas 249     out.setMimeType("text/plain");
1091 27 May 09 nicklas 250     String filename = source.getName() + "-" + source.getId() + ".gct";
1091 27 May 09 nicklas 251     out.setFilename(Path.makeSafeFilename(filename, ""));
1091 27 May 09 nicklas 252     out.setCharacterSet(characterSet);
1091 27 May 09 nicklas 253     File exportFile = out.getFile();
1091 27 May 09 nicklas 254   
1091 27 May 09 nicklas 255     // Prepare for export
1091 27 May 09 nicklas 256     GctExporter exporter = new GctExporter();
1091 27 May 09 nicklas 257     
1091 27 May 09 nicklas 258     exporter.setDbControl(dc);
1091 27 May 09 nicklas 259     exporter.setProgressReporter(progress);
1091 27 May 09 nicklas 260     exporter.setSource(source);
1091 27 May 09 nicklas 261     if (description != null)
1091 27 May 09 nicklas 262     {
1091 27 May 09 nicklas 263       exporter.setDescriptionField(ExportableFieldFactory.reporter(description, "Description", null, null));
1091 27 May 09 nicklas 264     }
1091 27 May 09 nicklas 265     exporter.setWriter(new TableWriter(new OutputStreamWriter(out, characterSet)));
1091 27 May 09 nicklas 266     exporter.doExport();
1091 27 May 09 nicklas 267     
1091 27 May 09 nicklas 268     if (attachToBioAssaySet && exportFile != null)
1091 27 May 09 nicklas 269     {
1091 27 May 09 nicklas 270       FileSetMember file = FileStoreUtil.setDataFile(dc, source, GenePattern.GCT_FILE, exportFile);
1091 27 May 09 nicklas 271       file.setValid(true, null);
1091 27 May 09 nicklas 272     }
1091 27 May 09 nicklas 273   }
1091 27 May 09 nicklas 274   
1091 27 May 09 nicklas 275   @Override
1091 27 May 09 nicklas 276   protected void end(boolean success)
1091 27 May 09 nicklas 277   {
1091 27 May 09 nicklas 278     this.dc = null;
1091 27 May 09 nicklas 279   }
1091 27 May 09 nicklas 280   
1091 27 May 09 nicklas 281   @Override
1091 27 May 09 nicklas 282   protected String getSuccessMessage()
1091 27 May 09 nicklas 283   {
1091 27 May 09 nicklas 284     return "Bioassay set '" + bas.getName() + 
1091 27 May 09 nicklas 285       "' exported successfully to GenePattern GCT format";
1091 27 May 09 nicklas 286   }
1091 27 May 09 nicklas 287   // -------------------------------------------
1091 27 May 09 nicklas 288
1091 27 May 09 nicklas 289   private RequestInformation getConfigureJobParameters(GuiContext context, Boolean requireFile)
1091 27 May 09 nicklas 290   {
1091 27 May 09 nicklas 291     if (configureJob != null) return configureJob;
1091 27 May 09 nicklas 292
1091 27 May 09 nicklas 293     DbControl dc = null;
1091 27 May 09 nicklas 294     try
1091 27 May 09 nicklas 295     {
1091 27 May 09 nicklas 296       dc = sc.newDbControl();
1091 27 May 09 nicklas 297       int currentBioAssaySetId = sc.getCurrentContext(Item.BIOASSAYSET).getId();      
1091 27 May 09 nicklas 298       BioAssaySet source = BioAssaySet.getById(dc, currentBioAssaySetId);
1091 27 May 09 nicklas 299       
1091 27 May 09 nicklas 300       // Generate a default path if a file is required
1091 27 May 09 nicklas 301       String defaultPath = null;
1091 27 May 09 nicklas 302       if (requireFile == null)
1091 27 May 09 nicklas 303       {
1091 27 May 09 nicklas 304         PluginDefinition pd = job.getPluginDefinition();
1091 27 May 09 nicklas 305         requireFile = pd == null ? false : !pd.getAllowImmediateExecution();
1091 27 May 09 nicklas 306       }
1091 27 May 09 nicklas 307       if (requireFile)
1091 27 May 09 nicklas 308       {
1091 27 May 09 nicklas 309         defaultPath = "~/" + Path.makeSafeFilename(
1091 27 May 09 nicklas 310             source.getName() + "-" + source.getId(), "").toLowerCase() + "tdms.txt";
1091 27 May 09 nicklas 311       }
1091 27 May 09 nicklas 312       
1091 27 May 09 nicklas 313       List<PluginParameter<?>> parameters = new ArrayList<PluginParameter<?>>();
1091 27 May 09 nicklas 314       
1091 27 May 09 nicklas 315       // Source bioassay set parameter
1091 27 May 09 nicklas 316       parameters.add(new PluginParameter<BioAssaySet>(
1091 27 May 09 nicklas 317           "source",
1091 27 May 09 nicklas 318           "Bioassay set",
1091 27 May 09 nicklas 319           "The bioassay set to export",
1091 27 May 09 nicklas 320           new ItemParameterType<BioAssaySet>(BioAssaySet.class, source, true, 1, null) 
1091 27 May 09 nicklas 321         ));
1091 27 May 09 nicklas 322       
1091 27 May 09 nicklas 323       Enumeration<String, String> reporterProperties = new Enumeration<String, String>();
1091 27 May 09 nicklas 324       reporterProperties.add("name", "Name");
1091 27 May 09 nicklas 325       reporterProperties.add("symbol", "Gene symbol");
1091 27 May 09 nicklas 326       reporterProperties.add("description", "Description");
1091 27 May 09 nicklas 327       for (ExtendedProperty ep : ExtendedProperties.getProperties("ReporterData"))
1091 27 May 09 nicklas 328       {
1091 27 May 09 nicklas 329         String name = ep.getName();
1091 27 May 09 nicklas 330         reporterProperties.add(name, ep.getTitle());
1091 27 May 09 nicklas 331       }
1091 27 May 09 nicklas 332       
1091 27 May 09 nicklas 333       StringParameterType columnParameterType = new StringParameterType(
1091 27 May 09 nicklas 334           255, null, false, 1, 0, 0, reporterProperties);
1091 27 May 09 nicklas 335       parameters.add(new PluginParameter<String>(
1091 27 May 09 nicklas 336           "descriptionProperty",
1091 27 May 09 nicklas 337           "Description",
1091 27 May 09 nicklas 338           "Select the reporter annotation that you want to use as a " +
1091 27 May 09 nicklas 339           "description, or leave it empty if you don't need it.",
1091 27 May 09 nicklas 340           "description",
1091 27 May 09 nicklas 341           columnParameterType
1091 27 May 09 nicklas 342         ));
1091 27 May 09 nicklas 343
1091 27 May 09 nicklas 344       
1091 27 May 09 nicklas 345       // Save to file options
1091 27 May 09 nicklas 346       parameters.add(getSaveAsParameter(null, null, defaultPath, requireFile));
1091 27 May 09 nicklas 347       parameters.add(Parameters.charsetParameter(
1091 27 May 09 nicklas 348           "Character set", 
1091 27 May 09 nicklas 349           "The character set to use when writing the GCT file. If this parameter " +
1091 27 May 09 nicklas 350           "is not set, the system default is used (" + Config.getCharset() + ").", 
1091 27 May 09 nicklas 351           Config.getCharset()));
1091 27 May 09 nicklas 352       parameters.add(getOverwriteParameter(null, null));
1091 27 May 09 nicklas 353       if (checkGctFileType(dc) != null)
1091 27 May 09 nicklas 354       {
1091 27 May 09 nicklas 355         parameters.add(new PluginParameter<Boolean>(
1091 27 May 09 nicklas 356             "attachToBioAssaySet",
1091 27 May 09 nicklas 357             "Attach file to bioassay set",
1091 27 May 09 nicklas 358             "Deselect this option if you don't want the generated file to " +
1091 27 May 09 nicklas 359             "become attached to the current bioassay set. This option is ignored " +
1091 27 May 09 nicklas 360             "if the file isn't saved in the BASE file system.",
1091 27 May 09 nicklas 361             new BooleanParameterType(true, false)
1091 27 May 09 nicklas 362           ));
1091 27 May 09 nicklas 363       }
1091 27 May 09 nicklas 364       dc.commit();
1091 27 May 09 nicklas 365
1091 27 May 09 nicklas 366       configureJob = new RequestInformation(
1091 27 May 09 nicklas 367           Request.COMMAND_CONFIGURE_JOB,
1091 27 May 09 nicklas 368           "Select export options.",
1091 27 May 09 nicklas 369           "Select a file name (if required) and other options such as " +
1091 27 May 09 nicklas 370           "which fields to export.",
1091 27 May 09 nicklas 371           parameters
1091 27 May 09 nicklas 372         );
1091 27 May 09 nicklas 373     }
1091 27 May 09 nicklas 374     finally
1091 27 May 09 nicklas 375     {
1091 27 May 09 nicklas 376       if (dc != null) dc.close();
1091 27 May 09 nicklas 377     }
1091 27 May 09 nicklas 378     return configureJob;
1091 27 May 09 nicklas 379   }
1091 27 May 09 nicklas 380   
1091 27 May 09 nicklas 381   public DataFileType checkGctFileType(DbControl dc)
1091 27 May 09 nicklas 382   {
1091 27 May 09 nicklas 383     DataFileType gct = null;
1091 27 May 09 nicklas 384     try
1091 27 May 09 nicklas 385     {
1091 27 May 09 nicklas 386       gct = DataFileType.getByExternalId(dc, GenePattern.GCT_FILE);
1091 27 May 09 nicklas 387     }
1091 27 May 09 nicklas 388     catch (ItemNotFoundException ex)
1091 27 May 09 nicklas 389     {
1091 27 May 09 nicklas 390       if (dc.getSessionControl().hasPermission(Permission.CREATE, Item.DATAFILETYPE))
1091 27 May 09 nicklas 391       {
1091 27 May 09 nicklas 392         gct = DataFileType.getNew(dc, GenePattern.GCT_FILE, Item.BIOASSAYSET);
1091 27 May 09 nicklas 393         gct.setName("GenePattern GCT");
1091 27 May 09 nicklas 394         gct.setDescription("A GenePattern GCT file");
1091 27 May 09 nicklas 395         gct.setGenericType(FileType.getById(dc, SystemItems.getId(FileType.SPOT_DATA)));
1091 27 May 09 nicklas 396         dc.saveItem(gct);
1091 27 May 09 nicklas 397       }
1091 27 May 09 nicklas 398     }
1091 27 May 09 nicklas 399     catch (Exception ex)
1091 27 May 09 nicklas 400     {}
1091 27 May 09 nicklas 401     return gct;
1091 27 May 09 nicklas 402   }
1091 27 May 09 nicklas 403
1091 27 May 09 nicklas 404   
1091 27 May 09 nicklas 405 }

Generated on Tue Nov 21 03:24:40 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)