extensions/net.sf.basedb.meludi/trunk/META-INF/extensions.xml

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2933 14 Nov 14 olle 1 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
2933 14 Nov 14 olle 2 <extensions xmlns="http://base.thep.lu.se/extensions.xsd">
2933 14 Nov 14 olle 3   <about safe-resources="1">
2933 14 Nov 14 olle 4     <name>MeLuDi package</name>
2933 14 Nov 14 olle 5     <description>
2933 14 Nov 14 olle 6       A package for simplified registration of biosources
2933 14 Nov 14 olle 7       and samples.
2933 14 Nov 14 olle 8     </description>
6805 24 Aug 22 olle 9     <version>1.6.0</version>
5465 04 Jun 19 olle 10     <min-base-version>3.15.0</min-base-version>
2933 14 Nov 14 olle 11     <copyright>BASE development team</copyright>
2933 14 Nov 14 olle 12     <email>basedb-users@lists.sourceforge.net</email>
2933 14 Nov 14 olle 13     <url>http://baseplugins.thep.lu.se/wiki/net.sf.basedb.meludi</url>
2933 14 Nov 14 olle 14   </about>
2933 14 Nov 14 olle 15
2933 14 Nov 14 olle 16 <!--
2933 14 Nov 14 olle 17   <plugin-definition id="CaliperSampleNameExporter">
2933 14 Nov 14 olle 18     <about>
2933 14 Nov 14 olle 19       <name>Caliper sample name exporter</name>
2933 14 Nov 14 olle 20       <description>
2933 14 Nov 14 olle 21         Plug-in that export the sample names on a bioplate to a
2933 14 Nov 14 olle 22         CSV file that can be used by the Caliper software. The
2933 14 Nov 14 olle 23         exported file has one line for each non-empty well with
2933 14 Nov 14 olle 24         five columns. Only the first two columns are used:
2933 14 Nov 14 olle 25         Well coordinate, sample name.
2933 14 Nov 14 olle 26       </description>
2933 14 Nov 14 olle 27     </about>
2933 14 Nov 14 olle 28     <plugin-class>net.sf.basedb.meludi.plugins.CaliperSampleNameExporter</plugin-class>
2933 14 Nov 14 olle 29     <settings>
2933 14 Nov 14 olle 30       <property name="everyone-use">1</property>
2933 14 Nov 14 olle 31       <property name="immediate-execution">1</property>
2933 14 Nov 14 olle 32     </settings>
2933 14 Nov 14 olle 33   </plugin-definition>
2933 14 Nov 14 olle 34
2933 14 Nov 14 olle 35   <plugin-definition id="CaliperRunParametersExporter">
2933 14 Nov 14 olle 36     <about>
2933 14 Nov 14 olle 37       <name>Caliper run parameters exporter</name>
2933 14 Nov 14 olle 38       <description>
2933 14 Nov 14 olle 39         Plug-in that export run file parameters that can be used by the
2933 14 Nov 14 olle 40         Caliper software. The run file include information about Assay Type,
2933 14 Nov 14 olle 41         Plate Name, selected wells, etc.
2933 14 Nov 14 olle 42       </description>
2933 14 Nov 14 olle 43     </about>
2933 14 Nov 14 olle 44     <plugin-class>net.sf.basedb.meludi.plugins.CaliperRunParametersExporter</plugin-class>
2933 14 Nov 14 olle 45     <settings>
2933 14 Nov 14 olle 46       <property name="everyone-use">1</property>
2933 14 Nov 14 olle 47       <property name="immediate-execution">1</property>
2933 14 Nov 14 olle 48     </settings>
2933 14 Nov 14 olle 49   </plugin-definition>
2933 14 Nov 14 olle 50
2933 14 Nov 14 olle 51   <plugin-definition id="CaliperLibPrepParametersExporter">
2933 14 Nov 14 olle 52     <about>
2933 14 Nov 14 olle 53       <name>Caliper library preparation parameters exporter</name>
2933 14 Nov 14 olle 54       <description>
2933 14 Nov 14 olle 55         Plug-in that export run file parameters that can be used by the
2933 14 Nov 14 olle 56         Caliper software. The run file include information about Assay Type,
2933 14 Nov 14 olle 57         Plate Name, selected wells, etc.
2933 14 Nov 14 olle 58       </description>
2933 14 Nov 14 olle 59     </about>
2933 14 Nov 14 olle 60     <plugin-class>net.sf.basedb.meludi.plugins.CaliperLibPrepParametersExporter</plugin-class>
2933 14 Nov 14 olle 61     <settings>
2933 14 Nov 14 olle 62       <property name="everyone-use">1</property>
2933 14 Nov 14 olle 63       <property name="immediate-execution">1</property>
2933 14 Nov 14 olle 64     </settings>
2933 14 Nov 14 olle 65   </plugin-definition>
2933 14 Nov 14 olle 66
2933 14 Nov 14 olle 67   <plugin-definition id="QubitSampleNameExporter">
2933 14 Nov 14 olle 68     <about>
2933 14 Nov 14 olle 69       <name>Qubit sample name exporter</name>
2933 14 Nov 14 olle 70       <description>
2933 14 Nov 14 olle 71         Plug-in that export the sample names on a bioplate to a
2933 14 Nov 14 olle 72         tab-separated file that the operator can use to fill in
2933 14 Nov 14 olle 73         concentration measurements from the Qubit. When all data
2933 14 Nov 14 olle 74         has been filled in, the file can be uploaded to BASE and
2933 14 Nov 14 olle 75         the concentration values are imported as annotations.
2933 14 Nov 14 olle 76       </description>
2933 14 Nov 14 olle 77     </about>
2933 14 Nov 14 olle 78     <plugin-class>net.sf.basedb.meludi.plugins.QubitSampleNameExporter</plugin-class>
2933 14 Nov 14 olle 79     <settings>
2933 14 Nov 14 olle 80       <property name="everyone-use">1</property>
2933 14 Nov 14 olle 81       <property name="immediate-execution">1</property>
2933 14 Nov 14 olle 82     </settings>
2933 14 Nov 14 olle 83   </plugin-definition>
2933 14 Nov 14 olle 84
2933 14 Nov 14 olle 85   <plugin-definition id="FlowCellSampleSheetExporter">
2933 14 Nov 14 olle 86     <about>
2933 14 Nov 14 olle 87       <name>Flow cell sample sheet exporter</name>
2933 14 Nov 14 olle 88       <description>
2933 14 Nov 14 olle 89         Plug-in for exporting information about libraries used in a flow cell.
2933 14 Nov 14 olle 90         The generated tab-separated text file used used by analysis software
2933 14 Nov 14 olle 91         to pick up data from the sequencing.
2933 14 Nov 14 olle 92       </description>
2933 14 Nov 14 olle 93     </about>
2933 14 Nov 14 olle 94     <plugin-class>net.sf.basedb.meludi.plugins.FlowCellSampleSheetExporter</plugin-class>
2933 14 Nov 14 olle 95     <settings>
2933 14 Nov 14 olle 96       <property name="everyone-use">1</property>
2933 14 Nov 14 olle 97       <property name="immediate-execution">1</property>
2933 14 Nov 14 olle 98     </settings>
2933 14 Nov 14 olle 99   </plugin-definition>
2933 14 Nov 14 olle 100 -->
2933 14 Nov 14 olle 101
2933 14 Nov 14 olle 102   <extension
2933 14 Nov 14 olle 103     id="net.sf.basedb.meludi"
2933 14 Nov 14 olle 104     extends="net.sf.basedb.clients.web.menu.extensions"
2933 14 Nov 14 olle 105     >
2933 14 Nov 14 olle 106     <index>10</index>
2933 14 Nov 14 olle 107     <about safe-scripts="1">
2933 14 Nov 14 olle 108       <name>MeLuDi</name>
2933 14 Nov 14 olle 109       <description>
2933 14 Nov 14 olle 110         Menu entry for accessing MeLuDi-specific operations.
2933 14 Nov 14 olle 111       </description>
2933 14 Nov 14 olle 112     </about>
2933 14 Nov 14 olle 113     <action-factory>
2933 14 Nov 14 olle 114       <factory-class>
2933 14 Nov 14 olle 115         net.sf.basedb.clients.web.extensions.menu.FixedMenuItemFactory
2933 14 Nov 14 olle 116       </factory-class>
2933 14 Nov 14 olle 117       <parameters>
2933 14 Nov 14 olle 118         <title>MeLuDi</title>
2933 14 Nov 14 olle 119         <tooltip>Access MeLuDi operations</tooltip>
2933 14 Nov 14 olle 120         <icon>~/images/musical_note.png</icon>
2933 14 Nov 14 olle 121         <data-url>~/index.jsp?ID=$SESSION-ID$</data-url>
2933 14 Nov 14 olle 122       </parameters>
2933 14 Nov 14 olle 123     </action-factory>
2933 14 Nov 14 olle 124   </extension>
2933 14 Nov 14 olle 125   
2933 14 Nov 14 olle 126   <extension
2933 14 Nov 14 olle 127     id="net.sf.basedb.meludi.toolbar.case-summary"
2933 14 Nov 14 olle 128     >
2933 14 Nov 14 olle 129     <extends>
2933 14 Nov 14 olle 130       <ref index="1">net.sf.basedb.clients.web.toolbar.item.sample</ref>
2933 14 Nov 14 olle 131       <ref index="1">net.sf.basedb.clients.web.toolbar.item.extract</ref>
2933 14 Nov 14 olle 132     </extends>
2933 14 Nov 14 olle 133     <about safe-scripts="1">
2933 14 Nov 14 olle 134       <name>Case summary</name>
2933 14 Nov 14 olle 135       <description>
2933 14 Nov 14 olle 136         Adds a button to the toolbar of sample and extracts pages
2933 14 Nov 14 olle 137         that opens the 'case summary' for the case that the current
2933 14 Nov 14 olle 138         item is part of. Works for all items that have a name pattern
2933 14 Nov 14 olle 139         that starts with 7 digits.
2933 14 Nov 14 olle 140       </description>
2933 14 Nov 14 olle 141     </about>
2933 14 Nov 14 olle 142     <action-factory>
2933 14 Nov 14 olle 143       <factory-class>
2933 14 Nov 14 olle 144         net.sf.basedb.meludi.extensions.CaseSummaryButtonFactory
2933 14 Nov 14 olle 145       </factory-class>
2933 14 Nov 14 olle 146       <parameters>
2933 14 Nov 14 olle 147         <title>Case summary</title>
2933 14 Nov 14 olle 148         <clazz>button auto-init</clazz>
2933 14 Nov 14 olle 149         <data-auto-init>meludi-case-summary-link</data-auto-init>
2933 14 Nov 14 olle 150         <data-home>$HOME$</data-home>
2933 14 Nov 14 olle 151         <icon>~/images/case_summary.png</icon>
2933 14 Nov 14 olle 152         <script>~/scripts/case-summary.js</script>
2933 14 Nov 14 olle 153       </parameters>
2933 14 Nov 14 olle 154     </action-factory>
2933 14 Nov 14 olle 155   </extension>
2933 14 Nov 14 olle 156   
2933 14 Nov 14 olle 157   <extension
2933 14 Nov 14 olle 158     id="net.sf.basedb.meludi.list-column"
2933 14 Nov 14 olle 159     >
2933 14 Nov 14 olle 160     <extends>
2933 14 Nov 14 olle 161       <ref index="1">net.sf.basedb.clients.web.listcolumn.sample</ref>
2933 14 Nov 14 olle 162       <ref index="1">net.sf.basedb.clients.web.listcolumn.extract</ref>
2933 14 Nov 14 olle 163       <ref index="1">net.sf.basedb.clients.web.listcolumn.bioplate</ref>
2933 14 Nov 14 olle 164     </extends>
2933 14 Nov 14 olle 165     <index>2</index>
2933 14 Nov 14 olle 166     <about safe-scripts="1">
2933 14 Nov 14 olle 167       <name>MeLuDi column</name>
2933 14 Nov 14 olle 168       <description>
2933 14 Nov 14 olle 169         Add a column to the list page of samples, extract and bioplates
2933 14 Nov 14 olle 170         for including some MeLuDi-specific links.
2933 14 Nov 14 olle 171       </description>
2933 14 Nov 14 olle 172     </about>
2933 14 Nov 14 olle 173     <action-factory>
2933 14 Nov 14 olle 174       <factory-class>
2933 14 Nov 14 olle 175         net.sf.basedb.meludi.extensions.MeludiListColumnsFactory
2933 14 Nov 14 olle 176       </factory-class>
2933 14 Nov 14 olle 177     </action-factory>
2933 14 Nov 14 olle 178   </extension>
2933 14 Nov 14 olle 179   
2933 14 Nov 14 olle 180   
2933 14 Nov 14 olle 181   <extension
2933 14 Nov 14 olle 182     id="net.sf.basedb.meludi.overview.case-summary"
2933 14 Nov 14 olle 183     extends="net.sf.basedb.clients.web.overview.info-details"
2933 14 Nov 14 olle 184     >
2933 14 Nov 14 olle 185     <index>1</index>
2933 14 Nov 14 olle 186     <about safe-scripts="1">
2933 14 Nov 14 olle 187       <name>Case overview</name>
2933 14 Nov 14 olle 188       <description>
2933 14 Nov 14 olle 189         Adds a section to the information pane in the "Item overview"
2933 14 Nov 14 olle 190         functionality that display a link to the "Case summary" 
2933 14 Nov 14 olle 191         function in MeLuDi for all items that have a name pattern
2933 14 Nov 14 olle 192         that starts with 7 digits.
2933 14 Nov 14 olle 193       </description>
2933 14 Nov 14 olle 194     </about>
2933 14 Nov 14 olle 195     <action-factory>
2933 14 Nov 14 olle 196       <factory-class>
2933 14 Nov 14 olle 197         net.sf.basedb.meludi.extensions.CaseSummarySectionFactory
2933 14 Nov 14 olle 198       </factory-class>
2933 14 Nov 14 olle 199       <parameters>
2933 14 Nov 14 olle 200         <id>meludi.case-summary</id>
2933 14 Nov 14 olle 201         <title>MeLuDi</title>
2933 14 Nov 14 olle 202         <include>~/reports/case_summary_hook.jsp</include>
2933 14 Nov 14 olle 203       </parameters>
2933 14 Nov 14 olle 204     </action-factory>
2933 14 Nov 14 olle 205   </extension>
2933 14 Nov 14 olle 206
2933 14 Nov 14 olle 207 <!--  
2933 14 Nov 14 olle 208   <extension
2933 14 Nov 14 olle 209     id="net.sf.basedb.meludi.toolbar.histology-score"
2933 14 Nov 14 olle 210     extends="net.sf.basedb.clients.web.toolbar.item.bioplate"
2933 14 Nov 14 olle 211     >
2933 14 Nov 14 olle 212     <about safe-scripts="1">
2933 14 Nov 14 olle 213       <name>Histology score</name>
2933 14 Nov 14 olle 214       <description>
2933 14 Nov 14 olle 215         Adds a button to the toolbar of paraffin blocks and
2933 14 Nov 14 olle 216         HE stain bioplates that start the 'histology scoring wizard'.
2933 14 Nov 14 olle 217       </description>
2933 14 Nov 14 olle 218     </about>
2933 14 Nov 14 olle 219     <action-factory>
2933 14 Nov 14 olle 220       <factory-class>
2933 14 Nov 14 olle 221         net.sf.basedb.meludi.extensions.HistologyScoreButtonFactory
2933 14 Nov 14 olle 222       </factory-class>
2933 14 Nov 14 olle 223       <parameters>
2933 14 Nov 14 olle 224         <title>Score HE glass</title>
2933 14 Nov 14 olle 225         <clazz>button auto-init</clazz>
2933 14 Nov 14 olle 226         <data-auto-init>meludi-he-score-link</data-auto-init>
2933 14 Nov 14 olle 227         <data-home>$HOME$</data-home>
2933 14 Nov 14 olle 228         <icon>~/images/microscope.png</icon>
2933 14 Nov 14 olle 229         <script>~/scripts/he-score.js</script>
2933 14 Nov 14 olle 230       </parameters>
2933 14 Nov 14 olle 231     </action-factory>
2933 14 Nov 14 olle 232   </extension>
2933 14 Nov 14 olle 233 -->
2933 14 Nov 14 olle 234
2933 14 Nov 14 olle 235 <!--
2933 14 Nov 14 olle 236   <extension
2933 14 Nov 14 olle 237     id="net.sf.basedb.meludi.grid.ogs-service"
2933 14 Nov 14 olle 238     extends="net.sf.basedb.clients.web.services"
2933 14 Nov 14 olle 239     >
2933 14 Nov 14 olle 240     <about>
2933 14 Nov 14 olle 241       <name>Open Grid Scheduler service</name>
2933 14 Nov 14 olle 242       <description>
2933 14 Nov 14 olle 243         A service for managing Open Grid Scheduler hosts
2933 14 Nov 14 olle 244         which makes it possible to connect to, execute commands,
2933 14 Nov 14 olle 245         control jobs, etc. on configured hosts.
2933 14 Nov 14 olle 246       </description>
2933 14 Nov 14 olle 247     </about>
2933 14 Nov 14 olle 248     <action-factory>
2933 14 Nov 14 olle 249       <factory-class>
2933 14 Nov 14 olle 250         net.sf.basedb.meludi.grid.OpenGridServiceFactory
2933 14 Nov 14 olle 251       </factory-class>
2933 14 Nov 14 olle 252     </action-factory>
2933 14 Nov 14 olle 253   </extension>
2933 14 Nov 14 olle 254   
2933 14 Nov 14 olle 255   <extension
2933 14 Nov 14 olle 256     id="net.sf.basedb.meludi.grid.job-signal"
2933 14 Nov 14 olle 257     extends="net.sf.basedb.core.signal.job"
2933 14 Nov 14 olle 258     >
2933 14 Nov 14 olle 259     <about>
2933 14 Nov 14 olle 260       <name>Open Grid Scheduler signal handler</name>
2933 14 Nov 14 olle 261       <description>
2933 14 Nov 14 olle 262         Responds to signals sent from BASE. Support
2933 14 Nov 14 olle 263         for ABORT and STATUS signals.
2933 14 Nov 14 olle 264       </description>
2933 14 Nov 14 olle 265     </about>
2933 14 Nov 14 olle 266     <action-factory>
2933 14 Nov 14 olle 267       <factory-class>
2933 14 Nov 14 olle 268         net.sf.basedb.meludi.grid.OpenGridSignalHandlerFactory
2933 14 Nov 14 olle 269       </factory-class>
2933 14 Nov 14 olle 270     </action-factory>
2933 14 Nov 14 olle 271   </extension>
2933 14 Nov 14 olle 272 -->
2933 14 Nov 14 olle 273
3100 21 Jan 15 olle 274   <extension
3100 21 Jan 15 olle 275     id="net.sf.basedb.meludi.counter-service"
3100 21 Jan 15 olle 276     extends="net.sf.basedb.clients.web.services"
3100 21 Jan 15 olle 277     >
3100 21 Jan 15 olle 278     <about>
3100 21 Jan 15 olle 279       <name>Auto-confirm service</name>
3100 21 Jan 15 olle 280       <description>
3100 21 Jan 15 olle 281         A service that count the number of items at
3100 21 Jan 15 olle 282         various stages in the lab and analysis process.
3100 21 Jan 15 olle 283         The counters are presented on the MeLuDi index page.
3100 21 Jan 15 olle 284         If this service is stopped the counter will not
3100 21 Jan 15 olle 285         be updated.
3100 21 Jan 15 olle 286       </description>
3100 21 Jan 15 olle 287     </about>
3100 21 Jan 15 olle 288     <action-factory>
3100 21 Jan 15 olle 289       <factory-class>
3100 21 Jan 15 olle 290         net.sf.basedb.meludi.counter.CounterServiceFactory
3100 21 Jan 15 olle 291       </factory-class>
3100 21 Jan 15 olle 292     </action-factory>
3100 21 Jan 15 olle 293   </extension>
3100 21 Jan 15 olle 294   
2933 14 Nov 14 olle 295 </extensions>

Generated on Tue Nov 21 03:25:37 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)