extensions/net.sf.basedb.meludi/trunk/resources/admin/create_start_list_from_start_plate.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3441 21 Jul 15 olle 1 <%@ page
3441 21 Jul 15 olle 2   pageEncoding="UTF-8"
3441 21 Jul 15 olle 3   session="false"
3441 21 Jul 15 olle 4   import="net.sf.basedb.core.Application"
3441 21 Jul 15 olle 5   import="net.sf.basedb.core.User"
3441 21 Jul 15 olle 6   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
3441 21 Jul 15 olle 7   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
3441 21 Jul 15 olle 8   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
3441 21 Jul 15 olle 9   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
3441 21 Jul 15 olle 10   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
3441 21 Jul 15 olle 11   import="net.sf.basedb.util.Values"
3441 21 Jul 15 olle 12   import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
3441 21 Jul 15 olle 13 %>
3441 21 Jul 15 olle 14 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
3441 21 Jul 15 olle 15 <%@ taglib prefix="m" uri="/WEB-INF/menu.tld" %>
3441 21 Jul 15 olle 16 <%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
3441 21 Jul 15 olle 17 <%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
3441 21 Jul 15 olle 18 <%
3441 21 Jul 15 olle 19 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(request, true);
3441 21 Jul 15 olle 20 final String ID = sc.getId();
3441 21 Jul 15 olle 21 final float scale = Base.getScale(sc);
3441 21 Jul 15 olle 22 final String home = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.meludi");
3441 21 Jul 15 olle 23 DbControl dc = null;
3441 21 Jul 15 olle 24 try
3441 21 Jul 15 olle 25 {
3441 21 Jul 15 olle 26   dc = sc.newDbControl();
3441 21 Jul 15 olle 27   final User user = User.getById(dc, sc.getLoggedInUserId());
3441 21 Jul 15 olle 28 %>
3441 21 Jul 15 olle 29 <base:page type="default">
3441 21 Jul 15 olle 30 <base:head 
3441 21 Jul 15 olle 31   scripts="~../meludi-2.js,~create_start_list_from_start_plate.js,~plate.js,js-draw.js" 
3441 21 Jul 15 olle 32   styles="path.css,toolbar.css,~../css/meludi-2.css"
3441 21 Jul 15 olle 33   >
3441 21 Jul 15 olle 34
3441 21 Jul 15 olle 35 </base:head>
3441 21 Jul 15 olle 36 <base:body>
3441 21 Jul 15 olle 37   <p:path><p:pathelement 
3441 21 Jul 15 olle 38     title="MeLuDI" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
3441 21 Jul 15 olle 39     /><p:pathelement title="Create start lists from start DNA plates"
3441 21 Jul 15 olle 40     /></p:path>
3441 21 Jul 15 olle 41   
3441 21 Jul 15 olle 42   <div class="content">
3441 21 Jul 15 olle 43   
3441 21 Jul 15 olle 44   <form name="meludi" id="wizard" class="wizard">
3441 21 Jul 15 olle 45   
3441 21 Jul 15 olle 46   <div class="step auto-hide" id="step-1">
3441 21 Jul 15 olle 47     <div class="step-no">1</div>
3441 21 Jul 15 olle 48     <div class="step-title">Select start DNA plate[s] to create start list[s] from</div>
3441 21 Jul 15 olle 49     <div class="step-content">
3441 21 Jul 15 olle 50   
3441 21 Jul 15 olle 51       <div class="bg-filled-50" style="padding: 2px;">
3441 21 Jul 15 olle 52         This wizard is intended for converting start lists used in MeLuDI v1.2.* to<br>
3441 21 Jul 15 olle 53         start item lists used in v1.3. The following assumptions must be met for success:<br>
3441 21 Jul 15 olle 54         <br>
3441 21 Jul 15 olle 55         1. The start plate contains a list of all related MeLuDI item names as annotation.<br>
3441 21 Jul 15 olle 56         2. The start plate contains a list of all related extra material names as annotation.<br>
3441 21 Jul 15 olle 57         3. All related specimens and extracts have already been created with the specified names.<br>
3441 21 Jul 15 olle 58         <br>
3441 21 Jul 15 olle 59         For each start plate, a start item list will be created, with the following properties:<br>
3441 21 Jul 15 olle 60         <br>
3441 21 Jul 15 olle 61         a. The start list name is that of the start plate with prefix "LP" exchanged for "SL".<br>
3441 21 Jul 15 olle 62         b. All relevant start plate annotations are copied to corresponding start list annotations.<br>
3441 21 Jul 15 olle 63         c. Items named in start plate annotations are added as start list members (DNA child extracts represent specimens).<br>
3441 21 Jul 15 olle 64         d. An optional start plate creation date is stored in start list "ListExtractionDate" annotation.<br>
3441 21 Jul 15 olle 65         <br>
3441 21 Jul 15 olle 66         After controlling the created start lists, the start plates may be deleted.<br>
3441 21 Jul 15 olle 67         The latter will reappear in the library preparation wizards, when they are to be filled with samples.<br>
3441 21 Jul 15 olle 68         <br>
3441 21 Jul 15 olle 69       </div>
3441 21 Jul 15 olle 70
3441 21 Jul 15 olle 71       <table class="step-form">
3441 21 Jul 15 olle 72       <tr class="align-top">
3441 21 Jul 15 olle 73         <td class="prompt">Start DNA plates</td>
3441 21 Jul 15 olle 74         <td class="input">
3441 21 Jul 15 olle 75           <select name="startPlate" id="startPlate" multiple size="30"></select>
3441 21 Jul 15 olle 76         </td>
3441 21 Jul 15 olle 77         <td class="status" id="startPlate.status"></td>
3441 21 Jul 15 olle 78         <td class="help">
3441 21 Jul 15 olle 79           <span id="startPlate.message" class="message" ></span>
3441 21 Jul 15 olle 80           Select start DNA plate[s] to create start list[s] from.
3441 21 Jul 15 olle 81         </td>
3441 21 Jul 15 olle 82       </tr>
3441 21 Jul 15 olle 83       </table>
3441 21 Jul 15 olle 84       <select name="extractSourceItems" id="extractSourceItems" multiple size="30"></select>
3441 21 Jul 15 olle 85     </div>
3441 21 Jul 15 olle 86   </div>
3441 21 Jul 15 olle 87
3441 21 Jul 15 olle 88   <div id="wizard-status"></div>
3441 21 Jul 15 olle 89   
3441 21 Jul 15 olle 90   <table class="navigation" id="navigation">
3441 21 Jul 15 olle 91   <tr>
3441 21 Jul 15 olle 92     <td><base:button id="gocancel" title="Cancel" /></td>
3441 21 Jul 15 olle 93     <td><base:button id="gonext" title="Next" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" /></td>
3441 21 Jul 15 olle 94     <td><base:button id="goregister" title="Register" image="<%=home+"/images/import.png"%>"  /></td>
3441 21 Jul 15 olle 95     <td><base:button id="gorestart" title="Restart" image="<%=home+"/images/goback.png"%>" /></td>
3441 21 Jul 15 olle 96     <td id="gonext-message" class="message"></td>
3441 21 Jul 15 olle 97   </tr>
3441 21 Jul 15 olle 98   </table>
3441 21 Jul 15 olle 99
3441 21 Jul 15 olle 100   </form>
3441 21 Jul 15 olle 101   </div>
3441 21 Jul 15 olle 102 </base:body>
3441 21 Jul 15 olle 103 </base:page>
3441 21 Jul 15 olle 104 <%
3441 21 Jul 15 olle 105 }
3441 21 Jul 15 olle 106 finally
3441 21 Jul 15 olle 107 {
3441 21 Jul 15 olle 108   if (dc != null) dc.close();
3441 21 Jul 15 olle 109 }
3441 21 Jul 15 olle 110 %>

Generated on Tue Nov 21 03:25:42 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)