extensions/net.sf.basedb.meludi/trunk/resources/index.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2933 14 Nov 14 olle 1 <%@ page
2933 14 Nov 14 olle 2   pageEncoding="UTF-8"
2933 14 Nov 14 olle 3   session="false"
2933 14 Nov 14 olle 4   import="net.sf.basedb.core.Application"
2933 14 Nov 14 olle 5   import="net.sf.basedb.core.User"
2933 14 Nov 14 olle 6   import="net.sf.basedb.core.Role"
2933 14 Nov 14 olle 7   import="net.sf.basedb.core.Group"
2933 14 Nov 14 olle 8   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
2933 14 Nov 14 olle 9   import="net.sf.basedb.core.Item"
2933 14 Nov 14 olle 10   import="net.sf.basedb.core.Permission"
4724 29 Mar 18 olle 11   import="net.sf.basedb.core.Project"
2933 14 Nov 14 olle 12   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
2933 14 Nov 14 olle 13   import="net.sf.basedb.core.SystemItems"
2933 14 Nov 14 olle 14   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
2933 14 Nov 14 olle 15   import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
2933 14 Nov 14 olle 16   import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
2933 14 Nov 14 olle 17   import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
2933 14 Nov 14 olle 18   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
2933 14 Nov 14 olle 19   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
2933 14 Nov 14 olle 20   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
2933 14 Nov 14 olle 21   import="net.sf.basedb.util.Values"
2933 14 Nov 14 olle 22   import="java.util.List"
2933 14 Nov 14 olle 23 %>
2933 14 Nov 14 olle 24 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
2933 14 Nov 14 olle 25 <%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
2933 14 Nov 14 olle 26 <%
2933 14 Nov 14 olle 27 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(request, true);
2933 14 Nov 14 olle 28 final String ID = sc.getId();
2933 14 Nov 14 olle 29 final float scale = Base.getScale(sc);
2933 14 Nov 14 olle 30 final String home = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.meludi");
2933 14 Nov 14 olle 31 DbControl dc = null;
2933 14 Nov 14 olle 32 try
2933 14 Nov 14 olle 33 {
2933 14 Nov 14 olle 34   dc = sc.newDbControl();
2933 14 Nov 14 olle 35   final User user = User.getById(dc, sc.getLoggedInUserId());
2933 14 Nov 14 olle 36   
2933 14 Nov 14 olle 37   boolean isAdmin = user.getId() == SystemItems.getId(User.ROOT);
2933 14 Nov 14 olle 38   boolean isPatientCurator = false;
4724 29 Mar 18 olle 39   boolean isUsingReferralGeneration = false;
4733 05 Apr 18 olle 40   boolean isUsingWorkflowAltRec = false;
5686 25 Oct 19 olle 41   boolean isUsingWorkflowAltNtr = false;
6783 25 Jul 22 olle 42   boolean isUsingWorkflowAltLucas = false;
2933 14 Nov 14 olle 43   if (!isAdmin)
2933 14 Nov 14 olle 44   {
2933 14 Nov 14 olle 45     try
2933 14 Nov 14 olle 46     {
2933 14 Nov 14 olle 47       Role admin = Role.getById(dc, SystemItems.getId(Role.ADMINISTRATOR));
2933 14 Nov 14 olle 48       isAdmin = sc.isMemberOf(admin);
2933 14 Nov 14 olle 49     }
2933 14 Nov 14 olle 50     catch (RuntimeException ex)
2933 14 Nov 14 olle 51     {}
2933 14 Nov 14 olle 52   }
2933 14 Nov 14 olle 53   try
2933 14 Nov 14 olle 54   {
2933 14 Nov 14 olle 55     ItemQuery<Group> query = Group.getQuery();
2933 14 Nov 14 olle 56     query.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("name"), Expressions.string("PatientCurator")));
2933 14 Nov 14 olle 57     List<Group> result = query.list(dc);
2933 14 Nov 14 olle 58     if (result.size() == 1)
2933 14 Nov 14 olle 59     {
2933 14 Nov 14 olle 60       isPatientCurator = sc.isMemberOf(result.get(0));
2933 14 Nov 14 olle 61     }
4724 29 Mar 18 olle 62     // This code part should be exchanged for code not checking for a hard-coded project name
4724 29 Mar 18 olle 63     Project activeProject = Project.getById(dc, sc.getActiveProjectId());
4724 29 Mar 18 olle 64     String projectName = activeProject.getName();
4724 29 Mar 18 olle 65     if (projectName != null && projectName.equals("SCAN-B-rec"))
4724 29 Mar 18 olle 66     {
4724 29 Mar 18 olle 67       isUsingReferralGeneration = true;
4733 05 Apr 18 olle 68       isUsingWorkflowAltRec = true;
4724 29 Mar 18 olle 69     }
5686 25 Oct 19 olle 70     if (projectName != null && projectName.equals("NordicTrip"))
5686 25 Oct 19 olle 71     {
5686 25 Oct 19 olle 72       isUsingReferralGeneration = true;
5686 25 Oct 19 olle 73       isUsingWorkflowAltNtr = true;
5686 25 Oct 19 olle 74     }
6783 25 Jul 22 olle 75     if (projectName != null && projectName.equals("LUCAS"))
6783 25 Jul 22 olle 76     {
6783 25 Jul 22 olle 77       isUsingReferralGeneration = true;
6783 25 Jul 22 olle 78       isUsingWorkflowAltLucas = true;
6783 25 Jul 22 olle 79     }
6783 25 Jul 22 olle 80     System.out.println("index.jsp: projectName = \"" + projectName + "\" isUsingReferralGeneration = " + isUsingReferralGeneration + " isUsingWorkflowAltRec = " + isUsingWorkflowAltRec + " isUsingWorkflowAltNtr = " + isUsingWorkflowAltNtr + " isUsingWorkflowAltLucas = " + isUsingWorkflowAltLucas);
2933 14 Nov 14 olle 81   }
2933 14 Nov 14 olle 82   catch (RuntimeException ex)
2933 14 Nov 14 olle 83   {}
2933 14 Nov 14 olle 84 %>
2933 14 Nov 14 olle 85 <base:page type="default" >
2933 14 Nov 14 olle 86 <base:head styles="path.css,~css/meludi-2.css" scripts="~index.js,~meludi-2.js">
2933 14 Nov 14 olle 87 <style>
2933 14 Nov 14 olle 88 dl
2933 14 Nov 14 olle 89 {
2933 14 Nov 14 olle 90   margin-top: 0px;
2933 14 Nov 14 olle 91   padding: 3px;
2933 14 Nov 14 olle 92 }
2933 14 Nov 14 olle 93 dt
2933 14 Nov 14 olle 94 {
2933 14 Nov 14 olle 95   margin-top: 0.5em;
2933 14 Nov 14 olle 96   margin-left: 0.5em;
2933 14 Nov 14 olle 97 }
2933 14 Nov 14 olle 98 dd
2933 14 Nov 14 olle 99 {
2933 14 Nov 14 olle 100   margin-left: 0.5em;
2933 14 Nov 14 olle 101   margin-bottom: 0.5em;
2933 14 Nov 14 olle 102   padding-left: 3em;
2933 14 Nov 14 olle 103 }
2933 14 Nov 14 olle 104 ul
2933 14 Nov 14 olle 105 {
2933 14 Nov 14 olle 106   margin-top: 0px;
2933 14 Nov 14 olle 107   margin-bottom: 0px;
2933 14 Nov 14 olle 108   margin-left: 0em;
2933 14 Nov 14 olle 109   padding-left: 0em;
2933 14 Nov 14 olle 110 }
2933 14 Nov 14 olle 111 li
2933 14 Nov 14 olle 112 {
2933 14 Nov 14 olle 113   margin-left: 0em;
2933 14 Nov 14 olle 114 }
2933 14 Nov 14 olle 115 img
2933 14 Nov 14 olle 116 {
2933 14 Nov 14 olle 117   vertical-align: text-bottom;
2933 14 Nov 14 olle 118 }
2933 14 Nov 14 olle 119 h3
2933 14 Nov 14 olle 120 {
2933 14 Nov 14 olle 121   color: #333377;
2933 14 Nov 14 olle 122   background: #E8E8E8;
2933 14 Nov 14 olle 123   font-weight: bold;
2933 14 Nov 14 olle 124   margin: 0;
2933 14 Nov 14 olle 125   padding: 1px 4px 1px 4px;
2933 14 Nov 14 olle 126   border: 1px solid #A0A0A0;
2933 14 Nov 14 olle 127   font-size: 1em;
2933 14 Nov 14 olle 128 }
2933 14 Nov 14 olle 129 .not-implemented
2933 14 Nov 14 olle 130 {
2933 14 Nov 14 olle 131   filter: url(css/filters.svg#grayscale); /* Firfox, etc */
2933 14 Nov 14 olle 132   filter: gray; /* IE */
2933 14 Nov 14 olle 133   opacity: 0.75;
2933 14 Nov 14 olle 134   pointer-events: none;
2933 14 Nov 14 olle 135 }
2933 14 Nov 14 olle 136
2933 14 Nov 14 olle 137 .not-implemented:after
2933 14 Nov 14 olle 138 {
2933 14 Nov 14 olle 139   content: ' -- coming soon';
2933 14 Nov 14 olle 140 }
3100 21 Jan 15 olle 141
3100 21 Jan 15 olle 142 span.counter
2933 14 Nov 14 olle 143 {
3100 21 Jan 15 olle 144   color: #666666;
2933 14 Nov 14 olle 145   font-style: italic;
2933 14 Nov 14 olle 146 }
2933 14 Nov 14 olle 147
3100 21 Jan 15 olle 148 span.counter.done:before
3100 21 Jan 15 olle 149 {
3100 21 Jan 15 olle 150   content: '(';
3100 21 Jan 15 olle 151   padding-right: 1px;
3100 21 Jan 15 olle 152 }
3100 21 Jan 15 olle 153
3100 21 Jan 15 olle 154 span.counter + .counter.done:before
3100 21 Jan 15 olle 155 {
3100 21 Jan 15 olle 156   content: '+';
3100 21 Jan 15 olle 157   padding-left: 2px;
3100 21 Jan 15 olle 158   padding-right: 2px;
3100 21 Jan 15 olle 159 }
3100 21 Jan 15 olle 160
3100 21 Jan 15 olle 161 span.counter.done:not(.more):after
3100 21 Jan 15 olle 162 {
3100 21 Jan 15 olle 163   content: ')';
3100 21 Jan 15 olle 164   padding-left: 1px;
3100 21 Jan 15 olle 165 }
3100 21 Jan 15 olle 166
2933 14 Nov 14 olle 167 .require-permission
2933 14 Nov 14 olle 168 {
2933 14 Nov 14 olle 169   color: #999999;
2933 14 Nov 14 olle 170   font-style: italic;
2933 14 Nov 14 olle 171 }
2933 14 Nov 14 olle 172
2933 14 Nov 14 olle 173 .snake-quote
2933 14 Nov 14 olle 174 {
2933 14 Nov 14 olle 175   width: 28em;
2933 14 Nov 14 olle 176 }
2933 14 Nov 14 olle 177
2933 14 Nov 14 olle 178 .snake-quote-source
2933 14 Nov 14 olle 179 {
2933 14 Nov 14 olle 180   margin-top: 0.5em;
2933 14 Nov 14 olle 181   float: right;
2933 14 Nov 14 olle 182   font-style: italic;
2933 14 Nov 14 olle 183 }
2933 14 Nov 14 olle 184
2933 14 Nov 14 olle 185 .snake-quote .notify-message
2933 14 Nov 14 olle 186 {
2933 14 Nov 14 olle 187   margin: 0;
2933 14 Nov 14 olle 188 }
2933 14 Nov 14 olle 189
2933 14 Nov 14 olle 190 .snake-quote .notify-message:before
2933 14 Nov 14 olle 191 {
2933 14 Nov 14 olle 192   margin: 0;
2933 14 Nov 14 olle 193   content: '';
2933 14 Nov 14 olle 194 }
2933 14 Nov 14 olle 195
3028 11 Dec 14 olle 196 .meludi-reggie
3028 11 Dec 14 olle 197 {
3028 11 Dec 14 olle 198   width: 26em;
3028 11 Dec 14 olle 199 }
3028 11 Dec 14 olle 200
3028 11 Dec 14 olle 201 .meludi-reggie-source
3028 11 Dec 14 olle 202 {
3028 11 Dec 14 olle 203   margin-top: 0.5em;
3028 11 Dec 14 olle 204   float: right;
3028 11 Dec 14 olle 205   font-style: italic;
3028 11 Dec 14 olle 206 }
3028 11 Dec 14 olle 207
3028 11 Dec 14 olle 208 .meludi-reggie .notify-message
3028 11 Dec 14 olle 209 {
3028 11 Dec 14 olle 210   margin: 0;
3028 11 Dec 14 olle 211   background-color: white;
3028 11 Dec 14 olle 212 }
3028 11 Dec 14 olle 213
3028 11 Dec 14 olle 214 .meludi-reggie .notify-message:before
3028 11 Dec 14 olle 215 {
3028 11 Dec 14 olle 216   margin: 0;
3028 11 Dec 14 olle 217   content: '';
3028 11 Dec 14 olle 218   background-color: white;
3028 11 Dec 14 olle 219 }
3028 11 Dec 14 olle 220
3100 21 Jan 15 olle 221 #summary-stats
3100 21 Jan 15 olle 222 {
3100 21 Jan 15 olle 223   font-variant: small-caps;
3100 21 Jan 15 olle 224   font-size: 125%;
3100 21 Jan 15 olle 225   
3100 21 Jan 15 olle 226   border-top-width: 2px;
3100 21 Jan 15 olle 227   border-bottom-width: 2px;
3100 21 Jan 15 olle 228   margin-top: 2em;
3100 21 Jan 15 olle 229   margin-left: auto;
3100 21 Jan 15 olle 230   margin-right: auto;
3100 21 Jan 15 olle 231   display: table;
3100 21 Jan 15 olle 232   padding: 0.5em;
3100 21 Jan 15 olle 233 }
3100 21 Jan 15 olle 234
3100 21 Jan 15 olle 235 div.counter
3100 21 Jan 15 olle 236 {
3100 21 Jan 15 olle 237   display: inline-block;
3100 21 Jan 15 olle 238   min-width: 4em;
3100 21 Jan 15 olle 239   text-align: right;
3100 21 Jan 15 olle 240   padding-right: 0.25em;
3100 21 Jan 15 olle 241   font-size: 120%;
3100 21 Jan 15 olle 242   font-weight: bold;
3100 21 Jan 15 olle 243 }
3100 21 Jan 15 olle 244
2933 14 Nov 14 olle 245 </style>
2933 14 Nov 14 olle 246 </base:head>
2933 14 Nov 14 olle 247 <base:body>
2933 14 Nov 14 olle 248
2933 14 Nov 14 olle 249   <p:path><p:pathelement title="" /></p:path>
2933 14 Nov 14 olle 250
2933 14 Nov 14 olle 251   <div class="content">
2933 14 Nov 14 olle 252     <form name="meludi" id="wizard">
2933 14 Nov 14 olle 253     <div id="wizard-status" style="position: absolute; z-index: 99; left: 25%; right: 25%; top: 25%; height: auto; text-align: center;"></div>
2933 14 Nov 14 olle 254 <!--
2933 14 Nov 14 olle 255     <div class="absolutefull" style="width: 33%;">
2933 14 Nov 14 olle 256 -->
2933 14 Nov 14 olle 257     <div class="absolutefull" style="width: 50%;">
2933 14 Nov 14 olle 258       <div class="absolutefull" style="left: 1em; right: 0.5em; ">
2964 20 Nov 14 olle 259
2933 14 Nov 14 olle 260         <h3>Sample processing wizards</h3>
2933 14 Nov 14 olle 261         <dl class="leftborder rightborder bottomborder has-lib-prep">
2933 14 Nov 14 olle 262
2933 14 Nov 14 olle 263         <dt>
2933 14 Nov 14 olle 264           <base:icon image="<%=home+"/images/specimen.png" %>" />
2964 20 Nov 14 olle 265           Case registration
2933 14 Nov 14 olle 266         </dt>
2933 14 Nov 14 olle 267         <dd>
2933 14 Nov 14 olle 268           <ul>
4832 05 Jun 18 olle 269           <%
4832 05 Jun 18 olle 270           if (isUsingWorkflowAltRec)
4832 05 Jun 18 olle 271           {
4832 05 Jun 18 olle 272           %>
4832 05 Jun 18 olle 273           <li><i>Case registration performed using personal information wizards</i></li>
4861 19 Jun 18 olle 274
4861 19 Jun 18 olle 275           <li><span class="require-permission" data-role="SamplePrep" data-link="sampleproc/labelgeneration.jsp?ID=<%=ID%>"
4861 19 Jun 18 olle 276             >Create label file for a number of new cases</span>
4861 19 Jun 18 olle 277           
4832 05 Jun 18 olle 278           <%
4832 05 Jun 18 olle 279           }
4832 05 Jun 18 olle 280           else
4832 05 Jun 18 olle 281           {
4832 05 Jun 18 olle 282           %>
2964 20 Nov 14 olle 283           <li><span class="require-permission" data-role="SamplePrep" data-link="sampleproc/labelgeneration.jsp?ID=<%=ID%>"
2964 20 Nov 14 olle 284             >Create label file for a number of new cases</span>
2964 20 Nov 14 olle 285           
4733 05 Apr 18 olle 286           <%
4733 05 Apr 18 olle 287           if (isUsingWorkflowAltRec)
4733 05 Apr 18 olle 288           {
4733 05 Apr 18 olle 289           %>
4733 05 Apr 18 olle 290           <li><span class="require-permission" data-role="SamplePrep" data-link="sampleproc/specimentube_alt_rec.jsp?ID=<%=ID%>"
4733 05 Apr 18 olle 291             >Register new cases without patient info</span>
4733 05 Apr 18 olle 292
4733 05 Apr 18 olle 293           <%
4733 05 Apr 18 olle 294           }
4733 05 Apr 18 olle 295           else
4733 05 Apr 18 olle 296           {
4733 05 Apr 18 olle 297           %>
2964 20 Nov 14 olle 298           <li><span class="require-permission" data-role="SamplePrep" data-link="sampleproc/specimentube.jsp?ID=<%=ID%>"
2964 20 Nov 14 olle 299             >Register new cases without patient info</span>
3412 22 Jun 15 olle 300
4733 05 Apr 18 olle 301           <%
4733 05 Apr 18 olle 302           }
4733 05 Apr 18 olle 303           %>
4733 05 Apr 18 olle 304
4247 22 Nov 16 olle 305           <li><span class="require-permission" data-role="SamplePrep" data-link="sampleproc/specimen_new_extract_items.jsp?ID=<%=ID%>"
4247 22 Nov 16 olle 306             >Optional - Create extract items for extra specimen</span>
4247 22 Nov 16 olle 307
3412 22 Jun 15 olle 308           <li><span class="require-permission" data-role="SamplePrep" data-link="sampleproc/extramaterial.jsp?ID=<%=ID%>"
3412 22 Jun 15 olle 309             >Register new extra material</span>
4832 05 Jun 18 olle 310           <%
4832 05 Jun 18 olle 311           }
4832 05 Jun 18 olle 312           %>
2933 14 Nov 14 olle 313           </ul>
2933 14 Nov 14 olle 314         </dd>
2933 14 Nov 14 olle 315
3028 11 Dec 14 olle 316 <!--
2933 14 Nov 14 olle 317         <dt>
2933 14 Nov 14 olle 318           More coming soon - Check this space!
2933 14 Nov 14 olle 319         </dt>
3028 11 Dec 14 olle 320 -->
2933 14 Nov 14 olle 321         <dt>
2933 14 Nov 14 olle 322           <base:icon image="<%=home+"/images/extraction.png" %>" />
2933 14 Nov 14 olle 323           DNA/RNA extraction wizards
2933 14 Nov 14 olle 324         </dt>
2933 14 Nov 14 olle 325         <dd>
2933 14 Nov 14 olle 326           <ul>
3176 06 Mar 15 olle 327 <!--
2933 14 Nov 14 olle 328           <li><span disabled="disabled">Coming soon - maybe...</span>
2933 14 Nov 14 olle 329
2933 14 Nov 14 olle 330           <li><span class="require-permission" data-role="SamplePrep" data-link="sampleproc/partitionform.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 331             >Register new selections of existing specimens</span>
2933 14 Nov 14 olle 332             <span class="counter" id="count.specimen" 
2933 14 Nov 14 olle 333               data-servlet="PartitionRegistration.servlet?cmd=CountSpecimenTubes" 
2933 14 Nov 14 olle 334               title="Number of unselected specimen">∙</span>
2933 14 Nov 14 olle 335           
2933 14 Nov 14 olle 336           <li><span class="require-permission" data-role="SamplePrep" data-link="sampleproc/allprep_protocol.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 337             >Lab tracking protocol for Allprep isolation</span> 
2933 14 Nov 14 olle 338             <span class="counter" id="count.lysate.1" 
2933 14 Nov 14 olle 339               data-servlet="Extraction.servlet?cmd=CountUnprocessedLysates"
2933 14 Nov 14 olle 340               title="Number of unprocessed selections">∙</span>
3176 06 Mar 15 olle 341 -->
3176 06 Mar 15 olle 342           <li><span class="require-permission" data-role="SamplePrep" data-link="sampleproc/extraction_preparation.jsp?ID=<%=ID%>"
3501 21 Sep 15 olle 343             >Lab tracking protocol for FFPE extraction</span> 
3180 17 Mar 15 olle 344             <span class="counter" data-counter="unprocessed-extract-source-items"
3180 17 Mar 15 olle 345               title="Number of unprocessed specimens and unquantified RNA/DNA">∙</span>
2933 14 Nov 14 olle 346
3502 22 Sep 15 olle 347           <li><span class="require-permission" data-role="SamplePrep" data-link="sampleproc/extraction_startlist_removal.jsp?ID=<%=ID%>"
3502 22 Sep 15 olle 348             >Optional - Undo last step, remove unprocessed start list</span> 
3502 22 Sep 15 olle 349             <span class="counter" data-counter="start-lists-not-processed" 
3502 22 Sep 15 olle 350               title="Number of unprocessed start item lists">∙</span>
3502 22 Sep 15 olle 351
2933 14 Nov 14 olle 352           <li><span class="require-permission" data-role="SamplePrep" data-link="sampleproc/extraction_registration.jsp?ID=<%=ID%>"
3176 06 Mar 15 olle 353             >DNA/RNA registration/quantification</span> 
3432 29 Jun 15 olle 354             <span class="counter" data-counter="start-lists-not-processed" 
3432 29 Jun 15 olle 355               title="Number of unprocessed start item lists">∙</span>
3225 02 Apr 15 olle 356
3225 02 Apr 15 olle 357           <li><span class="require-permission" data-role="SamplePrep" data-link="sampleproc/extraction_formcopy.jsp?ID=<%=ID%>"
3336 13 May 15 olle 358             >Lab tracking protocol/report copy</span> 
3432 29 Jun 15 olle 359             <span class="counter" data-counter="start-lists" 
3432 29 Jun 15 olle 360               title="Number of start item lists">∙</span>
3432 29 Jun 15 olle 361
3176 06 Mar 15 olle 362 <!--
2933 14 Nov 14 olle 363             <span class="counter" id="count.lysate.2" 
2933 14 Nov 14 olle 364               data-copy-from="count.lysate.1"
2933 14 Nov 14 olle 365               title="Number of unprocessed selections">∙</span>
3176 06 Mar 15 olle 366 -->
3176 06 Mar 15 olle 367 <!--
3176 06 Mar 15 olle 368           <li><span class="require-permission" data-role="SamplePrep" data-link="sampleproc/rna_quantification.jsp?ID=<%=ID%>"
3176 06 Mar 15 olle 369             >RNA quantification</span> 
3176 06 Mar 15 olle 370             <span class="counter" data-counter="rna-without-original-quantity" 
3176 06 Mar 15 olle 371               title="Number of RNA items without original quantity">∙</span>
2933 14 Nov 14 olle 372           </ul>
2933 14 Nov 14 olle 373         </dd>
3176 06 Mar 15 olle 374 -->
3176 06 Mar 15 olle 375 <!--
2933 14 Nov 14 olle 376         <dt>
2933 14 Nov 14 olle 377           <base:icon image="<%=home+"/images/rnaqc.png" %>" />
2933 14 Nov 14 olle 378           RNA quality control wizards
2933 14 Nov 14 olle 379         </dt>
2933 14 Nov 14 olle 380         <dd>
2933 14 Nov 14 olle 381           <ul>
2933 14 Nov 14 olle 382           <li><span disabled="disabled">Coming soon - maybe...</span>
2933 14 Nov 14 olle 383
2933 14 Nov 14 olle 384           <li><span class="require-permission" data-role="SamplePrep" data-link="sampleproc/rnaqc_aliquot.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 385             >Create aliquots on Bioanalyzer/Caliper plates</span> 
2933 14 Nov 14 olle 386             <span class="counter" id="count.rnaqc" 
2933 14 Nov 14 olle 387               data-servlet="RnaQc.servlet?cmd=CountRnaExtractsWithoutQc"
2933 14 Nov 14 olle 388               title="Number of RNA waiting for QC">∙</span>
2933 14 Nov 14 olle 389           
2933 14 Nov 14 olle 390           <li><span class="require-permission" data-role="SamplePrep" data-link="sampleproc/rnaqc_plate_export.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 391             >Export Caliper sample names and run parameters</span> 
2933 14 Nov 14 olle 392             <span class="counter" id="count.caliper-plates.1" 
2933 14 Nov 14 olle 393               data-servlet="RnaQc.servlet?cmd=CountActiveRnaQcBioPlates"
2933 14 Nov 14 olle 394               title="Number of active Caliper plates">∙</span>
2933 14 Nov 14 olle 395           
2933 14 Nov 14 olle 396           <li><span class="require-permission" data-role="SamplePrep" data-link="sampleproc/rnaqc_plate_import.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 397             >Import RQS scores from Caliper well table file</span> 
2933 14 Nov 14 olle 398             <span class="counter" id="count.caliper-plates.2" 
2933 14 Nov 14 olle 399               data-copy-from="count.caliper-plates.1"
2933 14 Nov 14 olle 400               title="Number of active Caliper plates">∙</span>
2933 14 Nov 14 olle 401           </ul>
2933 14 Nov 14 olle 402         </dd>
2933 14 Nov 14 olle 403 -->    
2933 14 Nov 14 olle 404         </dl>
2933 14 Nov 14 olle 405
2933 14 Nov 14 olle 406 <!--      
2933 14 Nov 14 olle 407         <h3>Histology wizards</h3>
2933 14 Nov 14 olle 408         <dl class="leftborder rightborder bottomborder">      
2933 14 Nov 14 olle 409         <dt>
2933 14 Nov 14 olle 410           <base:icon image="<%=home+"/images/histology.png" %>" />
2933 14 Nov 14 olle 411           Embedding and staining wizards
2933 14 Nov 14 olle 412         </dt>
2933 14 Nov 14 olle 413         <dd>
2933 14 Nov 14 olle 414           <ul>
2933 14 Nov 14 olle 415           <li><span class="require-permission" data-role="Histology" data-link="sampleproc/histology_protocol.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 416             >Lab tracking protocol for FFPE/HE</span> 
2933 14 Nov 14 olle 417             <span class="counter" id="count.histology-lists" 
2933 14 Nov 14 olle 418               data-servlet="Histology.servlet?cmd=CountActiveHistologyWorkLists"
2933 14 Nov 14 olle 419               title="Number of active histology work lists">∙</span>
2933 14 Nov 14 olle 420           
2933 14 Nov 14 olle 421           <li><span class="require-permission" data-role="Histology" data-link="sampleproc/histology_block.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 422             >Register paraffin blocks</span> 
2933 14 Nov 14 olle 423             <span class="counter" id="count.paraffin-blocks"
2933 14 Nov 14 olle 424               data-servlet="Histology.servlet?cmd=CountParaffinBlocks"
2933 14 Nov 14 olle 425                title="Number of paraffin blocks waiting for registration">∙</span>
2933 14 Nov 14 olle 426
2933 14 Nov 14 olle 427           <li><span class="require-permission" data-role="Histology" data-link="sampleproc/histology_labels.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 428             >Download HE glass labels</span>
2933 14 Nov 14 olle 429           
2933 14 Nov 14 olle 430           <li><span class="require-permission" data-role="Histology" data-link="sampleproc/histology_glass.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 431             >Register HE glass</span> 
2933 14 Nov 14 olle 432             <span class="counter" id="count.paraffin-blocks-without-heglass" 
2933 14 Nov 14 olle 433               data-servlet="Histology.servlet?cmd=CountParaffinBlocksWithoutHeGlass"
2933 14 Nov 14 olle 434               title="Number of paraffin blocks without HE glass">∙</span>
2933 14 Nov 14 olle 435           </ul>
2933 14 Nov 14 olle 436         </dd>
2933 14 Nov 14 olle 437         
2933 14 Nov 14 olle 438         <dt>
2933 14 Nov 14 olle 439           <base:icon image="<%=home+"/images/microscope.png" %>" />
2933 14 Nov 14 olle 440           Scoring wizard
2933 14 Nov 14 olle 441         </dt>
2933 14 Nov 14 olle 442         <dd>
2933 14 Nov 14 olle 443           <ul>
2933 14 Nov 14 olle 444           <li><span class="require-permission" data-role="Histology" data-link="sampleproc/histology_score.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 445             >Score HE glass</span> 
2933 14 Nov 14 olle 446             <span class="counter" id="count.unscored-heglass" 
2933 14 Nov 14 olle 447               data-servlet="Histology.servlet?cmd=CountUnscoredHeGlass"
2933 14 Nov 14 olle 448               title="Number of unscored HE glass">∙</span>
2933 14 Nov 14 olle 449           </ul>
2933 14 Nov 14 olle 450         </dd>
2933 14 Nov 14 olle 451         </dl>
2933 14 Nov 14 olle 452 -->
2933 14 Nov 14 olle 453       
3703 19 Jan 16 olle 454         <h3>Library preparation wizards</h3>
3449 28 Jul 15 olle 455         <dl class="leftborder rightborder bottomborder">
3449 28 Jul 15 olle 456
2933 14 Nov 14 olle 457 <!--      
2933 14 Nov 14 olle 458         <dt>
2933 14 Nov 14 olle 459           <base:icon image="<%=home+"/images/pipette.png" %>" />
2933 14 Nov 14 olle 460           RNA to cDNA wizards
2933 14 Nov 14 olle 461         </dt>
2933 14 Nov 14 olle 462         <dd>
2933 14 Nov 14 olle 463           <ul>
3536 13 Oct 15 olle 464           <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/select_rna.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 465             >Create new mRNA plate</span> 
2933 14 Nov 14 olle 466             <span class="counter" id="count.rna-without-mrna" 
2933 14 Nov 14 olle 467               data-servlet="MRna.servlet?cmd=CountRnaWithoutMRna"
2933 14 Nov 14 olle 468               title="Number of RNA with no mRNA">∙</span>
2933 14 Nov 14 olle 469           
2933 14 Nov 14 olle 470           <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/mrna_protocol.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 471             >Lab protocols for mRNA and cDNA preparation</span> 
2933 14 Nov 14 olle 472             <span class="counter" id="count.mrna-plates" 
2933 14 Nov 14 olle 473               data-servlet="MRna.servlet?cmd=CountUnprocessedPlates&plateType=MRNA"
2933 14 Nov 14 olle 474               title="Number of mRNA plates waiting for registration">∙</span>
2933 14 Nov 14 olle 475           
2933 14 Nov 14 olle 476           <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/rna_dilution_registration.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 477             >RNA dilution registration</span>
2933 14 Nov 14 olle 478             <span class="counter" id="count.undiluted-mrna-plates" 
2933 14 Nov 14 olle 479               data-servlet="MRna.servlet?cmd=CountUndilutedMRNAPlates"
2933 14 Nov 14 olle 480               title="Number of mRNA plates waiting for dilution">∙</span>
2933 14 Nov 14 olle 481           
2933 14 Nov 14 olle 482           <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/mrna_registration.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 483             >mRNA registration and quality control results</span> 
2933 14 Nov 14 olle 484             <span class="counter" id="count.diluted-mrna-plates" 
2933 14 Nov 14 olle 485               data-servlet="MRna.servlet?cmd=CountDilutedMRNAPlates"
2933 14 Nov 14 olle 486               title="Number of mRNA plates waiting for registration">∙</span>
2933 14 Nov 14 olle 487           
2933 14 Nov 14 olle 488           <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/cdna_registration.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 489             >cDNA registration</span> 
2933 14 Nov 14 olle 490             <span class="counter" id="count.cdna-plates.1" 
2933 14 Nov 14 olle 491               data-servlet="MRna.servlet?cmd=CountUnprocessedPlates&plateType=CDNA"
2933 14 Nov 14 olle 492               title="Number of cDNA plates waiting for registration">∙</span>
2933 14 Nov 14 olle 493           </ul>
2933 14 Nov 14 olle 494         </dd>
3449 28 Jul 15 olle 495 -->
2933 14 Nov 14 olle 496
2933 14 Nov 14 olle 497         <dt>
3538 13 Oct 15 olle 498           <base:icon image="<%=home+"/images/import.png" %>" />
3538 13 Oct 15 olle 499           Reagent kit management wizards
3538 13 Oct 15 olle 500         </dt>
3538 13 Oct 15 olle 501         <dd>
3538 13 Oct 15 olle 502           <ul>
3538 13 Oct 15 olle 503           <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/add_consumables_lot_number_file.jsp?ID=<%=ID%>"
3538 13 Oct 15 olle 504             >Add new consumables lot number file</span>
3538 13 Oct 15 olle 505 <!--
3538 13 Oct 15 olle 506             <span class="counter" data-counter="start-lists-processed" 
3538 13 Oct 15 olle 507               title="Number of processed start item lists">∙</span>
3538 13 Oct 15 olle 508 -->
3554 20 Oct 15 olle 509           <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/add_new_libprep_kit.jsp?ID=<%=ID%>"
3554 20 Oct 15 olle 510             >Add new library preparation kit</span>
3554 20 Oct 15 olle 511 <!--
3554 20 Oct 15 olle 512             <span class="counter" data-counter="start-lists-processed" 
3554 20 Oct 15 olle 513               title="Number of processed start item lists">∙</span>
3554 20 Oct 15 olle 514 -->
3561 27 Oct 15 olle 515           <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/inspect_libprep_kit_data.jsp?ID=<%=ID%>"
3560 27 Oct 15 olle 516             >Inspect/edit library preparation kit data</span>
3547 16 Oct 15 olle 517 <!--
3547 16 Oct 15 olle 518             <span class="counter" data-counter="start-lists-processed" 
3547 16 Oct 15 olle 519               title="Number of processed start item lists">∙</span>
3547 16 Oct 15 olle 520 -->
3656 09 Dec 15 olle 521           <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/inspect_libprep_used_kits.jsp?ID=<%=ID%>"
3656 09 Dec 15 olle 522             >Inspect used library preparation kits</span>
3656 09 Dec 15 olle 523 <!--
3656 09 Dec 15 olle 524             <span class="counter" data-counter="start-lists-processed" 
3656 09 Dec 15 olle 525               title="Number of processed start item lists">∙</span>
3656 09 Dec 15 olle 526 -->
3538 13 Oct 15 olle 527           </ul>
3538 13 Oct 15 olle 528         </dd>
3538 13 Oct 15 olle 529         <dt>
3449 28 Jul 15 olle 530           <base:icon image="<%=home+"/images/pipette.png" %>" />
3449 28 Jul 15 olle 531           Start DNA plate wizards
3449 28 Jul 15 olle 532         </dt>
3449 28 Jul 15 olle 533         <dd>
3449 28 Jul 15 olle 534           <ul>
3719 22 Jan 16 olle 535           <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/mark_dna_for_qpcr.jsp?ID=<%=ID%>"
3719 22 Jan 16 olle 536             >Mark DNA for qPCR</span> 
3719 22 Jan 16 olle 537             <span class="counter" data-counter="start-lists-processed-an-item-not-on-lib-plate" 
3719 22 Jan 16 olle 538               title="Number of processed start item lists with an item not on lib plate">∙</span>
3719 22 Jan 16 olle 539
3536 13 Oct 15 olle 540           <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/select_dna_for_start_plate.jsp?ID=<%=ID%>"
3449 28 Jul 15 olle 541             >Create new start DNA plate</span> 
3644 03 Dec 15 olle 542             <span class="counter" data-counter="start-lists-processed-an-item-not-on-lib-plate" 
3644 03 Dec 15 olle 543               title="Number of processed start item lists with an item not on lib plate">∙</span>
3449 28 Jul 15 olle 544
3652 08 Dec 15 olle 545           <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/inspect_start_plate.jsp?ID=<%=ID%>"
3652 08 Dec 15 olle 546             >Inspect start DNA plate</span> 
3652 08 Dec 15 olle 547             <span class="counter" data-counter="dna-plates" 
3652 08 Dec 15 olle 548               title="Number of start DNA library plates">∙</span>
3652 08 Dec 15 olle 549
3449 28 Jul 15 olle 550 <!--          
3536 13 Oct 15 olle 551           <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/select_dna.jsp?ID=<%=ID%>"
3449 28 Jul 15 olle 552             >Create new DNA plate</span> 
3449 28 Jul 15 olle 553             <span class="counter" id="count.rna-without-mrna" 
3449 28 Jul 15 olle 554               data-servlet="MRna.servlet?cmd=CountRnaWithoutMRna"
3449 28 Jul 15 olle 555               title="Number of DNA">∙</span>
3449 28 Jul 15 olle 556 -->
3449 28 Jul 15 olle 557
3449 28 Jul 15 olle 558 <!-- Entry for non-working dna_protocol.jsp has temporarily(?) been replaced by libprep_protocol.jsp -->
3449 28 Jul 15 olle 559 <!--  
3449 28 Jul 15 olle 560           <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/dna_protocol.jsp?ID=<%=ID%>"
3449 28 Jul 15 olle 561             >Lab protocols for DNA preparation</span> 
3449 28 Jul 15 olle 562             <span class="counter" data-counter="dna-plates-without-eventdate" 
3449 28 Jul 15 olle 563               title="Number of start DNA plates waiting for registration">∙</span>          
3449 28 Jul 15 olle 564 -->
3642 02 Dec 15 olle 565 <!--
3449 28 Jul 15 olle 566           <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/libprep_protocol.jsp?ID=<%=ID%>"
3449 28 Jul 15 olle 567             >Lab protocols and files for library preparation</span> 
3449 28 Jul 15 olle 568             <span class="counter" data-counter="dna-plates-without-eventdate" 
3449 28 Jul 15 olle 569               title="Number of start DNA plates waiting for registration">∙</span>          
3449 28 Jul 15 olle 570
3449 28 Jul 15 olle 571           <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/assign_barcode.jsp?ID=<%=ID%>"
3449 28 Jul 15 olle 572             >Assign barcodes to DNA plate</span> 
3449 28 Jul 15 olle 573             <span class="counter" data-counter="dna-plates-without-eventdate" 
3449 28 Jul 15 olle 574               title="Number of DNA plates waiting for barcode layout">∙</span>          
3642 02 Dec 15 olle 575 -->
3642 02 Dec 15 olle 576
3449 28 Jul 15 olle 577 <!--          
3449 28 Jul 15 olle 578           <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/rna_dilution_registration.jsp?ID=<%=ID%>"
3449 28 Jul 15 olle 579             >RNA dilution registration</span>
3449 28 Jul 15 olle 580             <span class="counter" id="count.undiluted-mrna-plates" 
3449 28 Jul 15 olle 581               data-servlet="MRna.servlet?cmd=CountUndilutedMRNAPlates"
3449 28 Jul 15 olle 582               title="Number of mRNA plates waiting for dilution">∙</span>
3449 28 Jul 15 olle 583           
3449 28 Jul 15 olle 584           <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/mrna_registration.jsp?ID=<%=ID%>"
3449 28 Jul 15 olle 585             >mRNA registration and quality control results</span> 
3449 28 Jul 15 olle 586             <span class="counter" id="count.diluted-mrna-plates" 
3449 28 Jul 15 olle 587               data-servlet="MRna.servlet?cmd=CountDilutedMRNAPlates"
3449 28 Jul 15 olle 588               title="Number of mRNA plates waiting for registration">∙</span>
3449 28 Jul 15 olle 589           
3449 28 Jul 15 olle 590           <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/cdna_registration.jsp?ID=<%=ID%>"
3449 28 Jul 15 olle 591             >cDNA registration</span> 
3449 28 Jul 15 olle 592             <span class="counter" id="count.cdna-plates.1" 
3449 28 Jul 15 olle 593               data-servlet="MRna.servlet?cmd=CountUnprocessedPlates&plateType=CDNA"
3449 28 Jul 15 olle 594               title="Number of cDNA plates waiting for registration">∙</span>
3449 28 Jul 15 olle 595 -->
3449 28 Jul 15 olle 596           </ul>
3449 28 Jul 15 olle 597         </dd>
3449 28 Jul 15 olle 598
3449 28 Jul 15 olle 599 <!--
3449 28 Jul 15 olle 600         <dt>
2933 14 Nov 14 olle 601           <base:icon image="<%=home+"/images/libprep.png" %>" />
2933 14 Nov 14 olle 602           Library preparation wizards
2933 14 Nov 14 olle 603         </dt>
2933 14 Nov 14 olle 604         <dd>
2933 14 Nov 14 olle 605           <ul>
2933 14 Nov 14 olle 606           <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/assign_barcode.jsp?ID=<%=ID%>"
3449 28 Jul 15 olle 607             >Assign barcodes to DNA plate</span> 
3449 28 Jul 15 olle 608             <span class="counter" id="count.dna-plates-for-barcoding" 
3449 28 Jul 15 olle 609               data-servlet="LibPrep.servlet?cmd=CountDNAPlatesForBarcoding"
3449 28 Jul 15 olle 610               title="Number of DNA plates waiting for barcode layout">∙</span>
2933 14 Nov 14 olle 611           
2933 14 Nov 14 olle 612           <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/libprep_protocol.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 613             >Lab protocols and files for library preparation</span> 
2933 14 Nov 14 olle 614             <span class="counter" id="count.lib-plates.1" 
2933 14 Nov 14 olle 615               data-servlet="LibPrep.servlet?cmd=CountLibPlatesForLibPrep"
2933 14 Nov 14 olle 616               title="Number of Lib plates waiting for registration">∙</span>
2933 14 Nov 14 olle 617           
2933 14 Nov 14 olle 618           <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/libqc_registration.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 619             >Register quality control results</span> 
2933 14 Nov 14 olle 620             <span class="counter" id="count.lib-plates.2" 
2933 14 Nov 14 olle 621               data-copy-from="count.lib-plates.1"
2933 14 Nov 14 olle 622               title="Number of Lib plates waiting for registration">∙</span>
2933 14 Nov 14 olle 623           
2933 14 Nov 14 olle 624           <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/lib_registration.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 625             >Library registration</span> 
2933 14 Nov 14 olle 626             <span class="counter" id="count.lib-plates.3" 
2933 14 Nov 14 olle 627               data-copy-from="count.lib-plates.1"
2933 14 Nov 14 olle 628               title="Number of Lib plates waiting for registration">∙</span>
2933 14 Nov 14 olle 629           </ul>
2933 14 Nov 14 olle 630         </dd>
2933 14 Nov 14 olle 631         <dt>
2933 14 Nov 14 olle 632           <base:icon image="<%=home+"/images/pool.png" %>" />
2933 14 Nov 14 olle 633           Pooling wizards
2933 14 Nov 14 olle 634         </dt>
2933 14 Nov 14 olle 635         <dd>
2933 14 Nov 14 olle 636           <ul>
2933 14 Nov 14 olle 637           <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/create_pools.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 638             >Create pooled libraries</span> 
2933 14 Nov 14 olle 639             <span class="counter" id="count.lib-plates-for-pooling"
2933 14 Nov 14 olle 640               data-servlet="Pool.servlet?cmd=CountLibraryPlatesForPooling" 
2933 14 Nov 14 olle 641               title="Number of Lib plates waiting for pooling">∙</span>
2933 14 Nov 14 olle 642           
2933 14 Nov 14 olle 643           <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/pool_protocol.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 644             >Lab protocols for pooling</span> 
2933 14 Nov 14 olle 645             <span class="counter" id="count.pools.1" 
2933 14 Nov 14 olle 646               data-servlet="Pool.servlet?cmd=CountUnprocessedPools"
2933 14 Nov 14 olle 647               title="Number of pools waiting for registration">∙</span>
2933 14 Nov 14 olle 648           
2933 14 Nov 14 olle 649           <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/pool_registration.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 650             >Register pooled libraries</span> 
2933 14 Nov 14 olle 651             <span class="counter" id="count.pools.2" 
2933 14 Nov 14 olle 652               data-copy-from="count.pools.1"
2933 14 Nov 14 olle 653               title="Number of pools waiting for registration">∙</span>
2933 14 Nov 14 olle 654           </ul>
2933 14 Nov 14 olle 655         </dd>
2933 14 Nov 14 olle 656         
2933 14 Nov 14 olle 657         <dt>
2933 14 Nov 14 olle 658           <base:icon image="<%=home+"/images/flowcell.png" %>" />
2933 14 Nov 14 olle 659           Clustering and sequencing wizards
2933 14 Nov 14 olle 660         </dt>
2933 14 Nov 14 olle 661         <dd>
2933 14 Nov 14 olle 662           <ul>
2933 14 Nov 14 olle 663           <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/create_flowcells.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 664             >Create flow cells</span> 
2933 14 Nov 14 olle 665             <span class="counter" id="count.unused-pools" 
2933 14 Nov 14 olle 666               data-servlet="FlowCell.servlet?cmd=CountUnusedPools"
2933 14 Nov 14 olle 667               title="Number of pools waiting for sequencing">∙</span>
2933 14 Nov 14 olle 668           
2933 14 Nov 14 olle 669           <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/flowcell_protocol.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 670             >Lab protocol for clustering and sequencing</span> 
2933 14 Nov 14 olle 671             <span class="counter" id="count.flow-cells.1" 
2933 14 Nov 14 olle 672               data-servlet="FlowCell.servlet?cmd=CountUnprocessedFlowCells"
2933 14 Nov 14 olle 673               title="Number of flow cells waiting for clustering">∙</span>
2933 14 Nov 14 olle 674           
2933 14 Nov 14 olle 675           <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/flowcell_registration.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 676             >Register clustering</span> 
2933 14 Nov 14 olle 677             <span class="counter" id="count.flow-cells.2" 
2933 14 Nov 14 olle 678               data-copy-from="count.flow-cells.1"
2933 14 Nov 14 olle 679               title="Number of flow cells waiting for clustering">∙</span>
2933 14 Nov 14 olle 680
2933 14 Nov 14 olle 681           <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/sequencing_started.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 682             >Register sequencing started</span> 
2933 14 Nov 14 olle 683             <span class="counter" id="count.clustered-flow-cells"
2933 14 Nov 14 olle 684               data-servlet="FlowCell.servlet?cmd=CountClusteredFlowCells" 
2933 14 Nov 14 olle 685               title="Number of flow cells waiting for sequencing">∙</span>
2933 14 Nov 14 olle 686
2933 14 Nov 14 olle 687           <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/sequencing_ended.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 688             >Register sequencing ended</span> 
2933 14 Nov 14 olle 689             <span class="counter" id="count.sequencing-run" 
2933 14 Nov 14 olle 690               data-servlet="SequencingRun.servlet?cmd=CountActiveSequencingRuns"
2933 14 Nov 14 olle 691               title="Number of active sequencing runs">∙</span>
2933 14 Nov 14 olle 692           </ul>
2933 14 Nov 14 olle 693         </dd>
3449 28 Jul 15 olle 694 -->
2933 14 Nov 14 olle 695
2933 14 Nov 14 olle 696         </dl>
3100 21 Jan 15 olle 697         
3100 21 Jan 15 olle 698         <div id="summary-stats">
3100 21 Jan 15 olle 699           <div class="counter" data-counter="patients-all" 
3100 21 Jan 15 olle 700             title="Total number of patients">∙</div> Patients<br>
3100 21 Jan 15 olle 701           <div class="counter" data-counter="specimen-all" 
3100 21 Jan 15 olle 702             title="Total number of specimen tubes">∙</div> Specimen Tubes<br>
3100 21 Jan 15 olle 703           <div class="counter" data-counter="dna-all-extracted" 
3100 21 Jan 15 olle 704             title="Total number of extracted DNA">∙</div> Extracted Dna<br>
3100 21 Jan 15 olle 705           <div class="counter" data-counter="rna-all-extracted" 
3100 21 Jan 15 olle 706             title="Total number of extracted RNA">∙</div> Extracted Rna<br>
3100 21 Jan 15 olle 707         </div>
2933 14 Nov 14 olle 708       </div>
2933 14 Nov 14 olle 709     </div>
2933 14 Nov 14 olle 710
2933 14 Nov 14 olle 711 <!--    
2933 14 Nov 14 olle 712     <div class="absolutefull" style="width: 34%; left: 33%; right: auto;">
2933 14 Nov 14 olle 713       <div class="absolutefull" style="left: 0.5em; right: 0.5em;">
2933 14 Nov 14 olle 714         <h3>Secondary analysis wizards</h3>
2933 14 Nov 14 olle 715         <dl class="leftborder rightborder bottomborder">
2933 14 Nov 14 olle 716           <dt>
2933 14 Nov 14 olle 717             <base:icon image="<%=home+"/images/server.png" %>" />
2933 14 Nov 14 olle 718             Demux and merge wizards
2933 14 Nov 14 olle 719           </dt>
2933 14 Nov 14 olle 720           <dd>
2933 14 Nov 14 olle 721             <ul>
2933 14 Nov 14 olle 722             <li><span class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="analysis/sequencing_confirm.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 723               >Confirm sequencing completed</span> 
2933 14 Nov 14 olle 724               <span class="counter" id="count.unconfirmed-sequencing-run" 
2933 14 Nov 14 olle 725                 data-servlet="SequencingRun.servlet?cmd=CountUnconfirmedSequencingRuns"
2933 14 Nov 14 olle 726                 title="Number of ended but not confirmed sequencing runs">∙</span>
2933 14 Nov 14 olle 727             
2933 14 Nov 14 olle 728             <li><span class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="analysis/demux_start.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 729               >Start demux and merge</span> 
2933 14 Nov 14 olle 730               <span class="counter" id="count.confirmed-sequencing-run" 
2933 14 Nov 14 olle 731                 data-servlet="DemuxMerge.servlet?cmd=CountConfirmedSequencingRuns"
2933 14 Nov 14 olle 732                 title="Number of confirmed sequencing runs waiting to be demuxed">∙</span>
2933 14 Nov 14 olle 733             
2933 14 Nov 14 olle 734             <li><span class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="analysis/demux_confirm.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 735               >Confirm demux and merge completed</span> 
2933 14 Nov 14 olle 736               <span class="counter" id="count.unconfirmed-demux-jobs" 
2933 14 Nov 14 olle 737                 data-servlet="DemuxMerge.servlet?cmd=CountUnconfirmedDemuxJobs"
2933 14 Nov 14 olle 738                 title="Number of demux jobs waiting for confirmation">∙</span>
2933 14 Nov 14 olle 739             </ul>
2933 14 Nov 14 olle 740           </dd>
2933 14 Nov 14 olle 741           
2933 14 Nov 14 olle 742           <dt>
2933 14 Nov 14 olle 743             <base:icon image="<%=home+"/images/align.png" %>" />
2933 14 Nov 14 olle 744             Masking and alignment wizards
2933 14 Nov 14 olle 745           </dt>
2933 14 Nov 14 olle 746           <dd>
2933 14 Nov 14 olle 747             <ul>
2933 14 Nov 14 olle 748             <li><span class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="analysis/align_start.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 749               >Start masking and alignment</span> 
2933 14 Nov 14 olle 750               <span class="counter" id="count.merged-sequences-for-alignment" 
2933 14 Nov 14 olle 751                 data-servlet="MaskAlign.servlet?cmd=CountMergedSequencesForAlignment"
2933 14 Nov 14 olle 752                 title="Number of merged sequences waiting for alignment">∙</span>
2933 14 Nov 14 olle 753                 
2933 14 Nov 14 olle 754             <li><span class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="analysis/align_confirm.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 755               >Confirm masking and alignment completed</span> 
2933 14 Nov 14 olle 756               <span class="counter" id="count.merged-unconfirmed-aligned-sequences" 
2933 14 Nov 14 olle 757                 data-servlet="MaskAlign.servlet?cmd=CountUnconfirmedAlignedSequences"
2933 14 Nov 14 olle 758                 title="Number of aligned sequences waiting for confirmation">∙</span>
2933 14 Nov 14 olle 759             </ul>
2933 14 Nov 14 olle 760           </dd>
2933 14 Nov 14 olle 761           <dt>
2933 14 Nov 14 olle 762           
2933 14 Nov 14 olle 763             <base:icon image="<%=home+"/images/wizard.png" %>" />
2933 14 Nov 14 olle 764             Feature extraction wizards
2933 14 Nov 14 olle 765           </dt>
2933 14 Nov 14 olle 766           <dd>
2933 14 Nov 14 olle 767             <ul>
2933 14 Nov 14 olle 768             <li><span class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="analysis/cufflinks_start.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 769               >Start feature extraction</span> 
2933 14 Nov 14 olle 770             <span class="counter" id="count.aligned-sequences-for-cufflinks" 
2933 14 Nov 14 olle 771                 data-servlet="Cufflinks.servlet?cmd=CountConfirmedAlignedSequences"
2933 14 Nov 14 olle 772                 title="Number of aligned sequences confirmed for Cufflinks">∙</span>
2933 14 Nov 14 olle 773             <li><span class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="analysis/cufflinks_confirm.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 774               >Confirm feature extraction completed</span>
2933 14 Nov 14 olle 775             <span class="counter" id="count.unconfirmed-cufflinks" 
2933 14 Nov 14 olle 776               data-servlet="Cufflinks.servlet?cmd=CountUnconfirmed"
2933 14 Nov 14 olle 777               title="Number of Cufflinks jobs waiting for confirmation">∙</span>
2933 14 Nov 14 olle 778             </ul>
2933 14 Nov 14 olle 779           </dd>
2933 14 Nov 14 olle 780         </dl>
2933 14 Nov 14 olle 781         
2933 14 Nov 14 olle 782         
2933 14 Nov 14 olle 783       </div>
2933 14 Nov 14 olle 784     </div>
2933 14 Nov 14 olle 785 -->
2933 14 Nov 14 olle 786
2933 14 Nov 14 olle 787 <!--
2933 14 Nov 14 olle 788     <div class="absolutefull" style="width: 33%; left: auto;">
2933 14 Nov 14 olle 789 -->
2933 14 Nov 14 olle 790     <div class="absolutefull" style="width: 50%; left: auto;">
2933 14 Nov 14 olle 791       <div class="absolutefull" style="left: 0.5em; right: 1em;">
2933 14 Nov 14 olle 792         <%
2933 14 Nov 14 olle 793         if (isAdmin)
2933 14 Nov 14 olle 794         {
2933 14 Nov 14 olle 795           %>
2933 14 Nov 14 olle 796           <h3>Server administrator wizards</h3>
2933 14 Nov 14 olle 797           <dl class="leftborder rightborder bottomborder">
2933 14 Nov 14 olle 798           <dt>
2933 14 Nov 14 olle 799             <base:icon image="<%=home + "/images/install.png" %>" />
2933 14 Nov 14 olle 800             <span class="require-permission" data-role="Administrator" data-link="admin/install.jsp?ID=<%=ID%>">Installation wizard</span>
2933 14 Nov 14 olle 801           </dt>
2933 14 Nov 14 olle 802           <dd>
2933 14 Nov 14 olle 803             <ul>
2933 14 Nov 14 olle 804             <li>Check that annotation types and other items used by <span id="programtitle">this program</span> exists in BASE.
2933 14 Nov 14 olle 805             <li>Create missing items.
3443 22 Jul 15 olle 806             </ul>
3443 22 Jul 15 olle 807           </dd>
3642 02 Dec 15 olle 808 <!--
3443 22 Jul 15 olle 809           <dt>
3443 22 Jul 15 olle 810             <base:icon image="<%=home+"/images/wrench.png" %>" />
3443 22 Jul 15 olle 811             Special conversion tools
3443 22 Jul 15 olle 812           </dt>
3443 22 Jul 15 olle 813           <dd>
3443 22 Jul 15 olle 814             <ul>
3501 21 Sep 15 olle 815             <li><span class="require-permission" data-role="Administrator" data-link="admin/update_start_list_with_lot_numbers_from_extract.jsp?ID=<%=ID%>">
3501 21 Sep 15 olle 816               Update processed start lists with lot numbers from extracts</span> 
3501 21 Sep 15 olle 817               <span class="counter" data-counter="start-lists-processed" 
3501 21 Sep 15 olle 818                 title="Number of processed start item lists">∙</span>          
3501 21 Sep 15 olle 819             </ul>
3501 21 Sep 15 olle 820           </dd>
3642 02 Dec 15 olle 821 -->
3501 21 Sep 15 olle 822 <!--
3501 21 Sep 15 olle 823           <dd>
3501 21 Sep 15 olle 824             <ul>
3441 21 Jul 15 olle 825             <li><span class="require-permission" data-role="Administrator" data-link="admin/create_start_list_from_start_plate.jsp?ID=<%=ID%>">
3441 21 Jul 15 olle 826               Create start lists from start DNA plates</span> 
3441 21 Jul 15 olle 827               <span class="counter" data-counter="dna-plates" 
3441 21 Jul 15 olle 828                 title="Number of start DNA plates">∙</span>          
2933 14 Nov 14 olle 829             </ul>
2933 14 Nov 14 olle 830           </dd>
3463 31 Jul 15 olle 831 -->
2933 14 Nov 14 olle 832 <!--
2933 14 Nov 14 olle 833           <dt>
2933 14 Nov 14 olle 834             <base:icon image="<%=home + "/images/ogs-cluster.png"%>" />
2933 14 Nov 14 olle 835             <span class="require-permission" data-role="Administrator" data-link="admin/grid/list-clusters.jsp?ID=<%=ID%>">Open Grid Scheduler</span>
2933 14 Nov 14 olle 836 -->
2933 14 Nov 14 olle 837           </dl>
2933 14 Nov 14 olle 838           <%
2933 14 Nov 14 olle 839         }
2933 14 Nov 14 olle 840         if (isPatientCurator || isAdmin)
2933 14 Nov 14 olle 841         {
2933 14 Nov 14 olle 842           %>
2933 14 Nov 14 olle 843           <h3>Personal information wizards</h3>
2933 14 Nov 14 olle 844           <dl class="leftborder rightborder bottomborder">
4733 05 Apr 18 olle 845           <%
4873 26 Jun 18 olle 846           if (isUsingReferralGeneration)
4873 26 Jun 18 olle 847           {
4873 26 Jun 18 olle 848           %>
4873 26 Jun 18 olle 849           <dt>
4873 26 Jun 18 olle 850             <base:icon image="<%=home + "/images/report.png" %>"/>
4873 26 Jun 18 olle 851             Referral forms
4873 26 Jun 18 olle 852           </dt>
4873 26 Jun 18 olle 853           <dd>
5686 25 Oct 19 olle 854             <%
5686 25 Oct 19 olle 855             if (isUsingWorkflowAltNtr)
5686 25 Oct 19 olle 856             {
5686 25 Oct 19 olle 857             %>
4873 26 Jun 18 olle 858             <ul>
5686 25 Oct 19 olle 859             <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/generate-referral-forms_alt_ntr.jsp?ID=<%=ID%>"
5686 25 Oct 19 olle 860               >Generate referral forms</span>
5686 25 Oct 19 olle 861             </ul>
5686 25 Oct 19 olle 862             <%
5686 25 Oct 19 olle 863             }
6783 25 Jul 22 olle 864             else if (isUsingWorkflowAltLucas)
6783 25 Jul 22 olle 865             {
6783 25 Jul 22 olle 866             %>
6783 25 Jul 22 olle 867             <ul>
6783 25 Jul 22 olle 868             <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/generate-referral-forms_alt_lucas.jsp?ID=<%=ID%>"
6783 25 Jul 22 olle 869               >Generate referral forms</span>
6783 25 Jul 22 olle 870             </ul>
6783 25 Jul 22 olle 871             <%
6783 25 Jul 22 olle 872             }
5686 25 Oct 19 olle 873             else
5686 25 Oct 19 olle 874             {
5686 25 Oct 19 olle 875             %>
5686 25 Oct 19 olle 876             <ul>
4873 26 Jun 18 olle 877             <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/generate-referral-forms.jsp?ID=<%=ID%>"
4873 26 Jun 18 olle 878               >Generate referral forms</span>
4873 26 Jun 18 olle 879             </ul>
5686 25 Oct 19 olle 880             <%
5686 25 Oct 19 olle 881             }
5686 25 Oct 19 olle 882             %>
4873 26 Jun 18 olle 883           </dd>
4873 26 Jun 18 olle 884           <%
4873 26 Jun 18 olle 885           }
4873 26 Jun 18 olle 886           %>
4873 26 Jun 18 olle 887           <%
4733 05 Apr 18 olle 888           if (isUsingWorkflowAltRec)
4733 05 Apr 18 olle 889           {
4733 05 Apr 18 olle 890           %>
2933 14 Nov 14 olle 891           <dt>
4785 27 Apr 18 olle 892             <base:icon image="<%=home+"/images/personal.png" %>" />
4785 27 Apr 18 olle 893             Case & consent registration
4785 27 Apr 18 olle 894           </dt>
4785 27 Apr 18 olle 895           <dd>
4785 27 Apr 18 olle 896             <ul>
4786 27 Apr 18 olle 897             <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/consentform_alt_rec.jsp?ID=<%=ID%>"
4832 05 Jun 18 olle 898               >Consent form registration</span>
4785 27 Apr 18 olle 899             </ul>
4785 27 Apr 18 olle 900           </dd>
4909 12 Jul 18 olle 901           <dt>
5062 30 Oct 18 olle 902             <base:icon image="<%=home+"/images/blood.png" %>" />
5062 30 Oct 18 olle 903             Blood compilation and registration
5062 30 Oct 18 olle 904           </dt>
5062 30 Oct 18 olle 905           <dd>
5062 30 Oct 18 olle 906             <ul>
5062 30 Oct 18 olle 907
5062 30 Oct 18 olle 908             <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/baseline_from_file_alt_rec.jsp?ID=<%=ID%>"
5062 30 Oct 18 olle 909               >BASE-line registration</span>
5062 30 Oct 18 olle 910           </dd>
5062 30 Oct 18 olle 911           <dt>
4909 12 Jul 18 olle 912             <base:icon image="<%=home+"/images/specimen.png" %>" />
4909 12 Jul 18 olle 913             Sample compilation and registration
4909 12 Jul 18 olle 914           </dt>
4909 12 Jul 18 olle 915           <dd>
4909 12 Jul 18 olle 916             <ul>
5000 03 Oct 18 olle 917
4916 16 Jul 18 olle 918             <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/ffpe_block_order_form.jsp?ID=<%=ID%>"
4916 16 Jul 18 olle 919               >FFPE block order form</span> 
5158 30 Nov 18 olle 920               <span class="counter" data-counter="cases-unused-for-ffpe-block-order-form"
5158 30 Nov 18 olle 921               title="Number of cases with consent unused for FFPE block order form">∙</span>
4916 16 Jul 18 olle 922
5044 19 Oct 18 olle 923             <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/ffpe_block_registration_alt_rec.jsp?ID=<%=ID%>"
5044 19 Oct 18 olle 924               >FFPE block registration</span> 
5237 16 Jan 19 olle 925               <span class="counter" data-counter="cases-with-unprocessed-ffpe-block-orders"
5237 16 Jan 19 olle 926               title="Number of cases with consent and unprocessed FFPE block orders">∙</span>
5044 19 Oct 18 olle 927
4909 12 Jul 18 olle 928             <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/ffpe_section_order_form.jsp?ID=<%=ID%>"
5000 03 Oct 18 olle 929               >FFPE section order form</span> 
5061 30 Oct 18 olle 930               <span class="counter" data-counter="ffpeblocks-unused-for-section-order-form"
5061 30 Oct 18 olle 931               title="Number of FFPE blocks unused for section order form">∙</span>
5060 29 Oct 18 olle 932
5060 29 Oct 18 olle 933             <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/ffpe_section_registration_alt_rec.jsp?ID=<%=ID%>"
5060 29 Oct 18 olle 934               >FFPE section (specimen) registration</span> 
5061 30 Oct 18 olle 935               <span class="counter" data-counter="ffpeblocks-unused-for-section"
5061 30 Oct 18 olle 936               title="Number of FFPE blocks unused for section">∙</span>
5848 02 Mar 20 olle 937
5848 02 Mar 20 olle 938             <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/ffpe_section_tumour_cell_pct_alt_rec.jsp?ID=<%=ID%>"
5848 02 Mar 20 olle 939               >FFPE section (specimen) tumour cell percentage</span> 
5848 02 Mar 20 olle 940               <span class="counter" data-counter="unprocessed-extract-source-items"
5848 02 Mar 20 olle 941               title="Number of unprocessed specimens">∙</span>
5000 03 Oct 18 olle 942 <!--
5000 03 Oct 18 olle 943             <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/ffpe_section_order_form_sequential.jsp?ID=<%=ID%>"
5000 03 Oct 18 olle 944               >FFPE section order form - sequential FFPE block names</span> 
5000 03 Oct 18 olle 945 -->
5062 30 Oct 18 olle 946
5062 30 Oct 18 olle 947             <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/ffpe_block_returnal_alt_rec.jsp?ID=<%=ID%>"
5396 03 May 19 olle 948               >FFPE block return registration</span> 
5062 30 Oct 18 olle 949               <span class="counter" data-counter="ffpeblocks-unreturned"
5062 30 Oct 18 olle 950               title="Number of unreturned FFPE blocks">∙</span>
4909 12 Jul 18 olle 951             </ul>
4909 12 Jul 18 olle 952           </dd>
4733 05 Apr 18 olle 953           <%
4733 05 Apr 18 olle 954           }
5686 25 Oct 19 olle 955           else if (isUsingWorkflowAltNtr)
5686 25 Oct 19 olle 956           {
5686 25 Oct 19 olle 957           %>
5686 25 Oct 19 olle 958 <!--
5686 25 Oct 19 olle 959           <dt>
5686 25 Oct 19 olle 960             <base:icon image="<%=home+"/images/personal.png" %>" />
5686 25 Oct 19 olle 961             Case registration
5686 25 Oct 19 olle 962           </dt>
5686 25 Oct 19 olle 963           <dd>
5686 25 Oct 19 olle 964             <ul>
5686 25 Oct 19 olle 965             <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/referralform_alt_ntr.jsp?ID=<%=ID%>"
5686 25 Oct 19 olle 966               >Referral form registration</span>
5686 25 Oct 19 olle 967             </ul>
5686 25 Oct 19 olle 968           </dd>
5686 25 Oct 19 olle 969           <dt>
5686 25 Oct 19 olle 970             <base:icon image="<%=home+"/images/blood.png" %>" />
5686 25 Oct 19 olle 971             Blood compilation and registration
5686 25 Oct 19 olle 972           </dt>
5686 25 Oct 19 olle 973           <dd>
5686 25 Oct 19 olle 974             <ul>
5686 25 Oct 19 olle 975
5686 25 Oct 19 olle 976             <li><sp"resources/personal/generate-referral-forms_alt_ntr.jsp"an class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/baseline_from_file_alt_ntr.jsp?ID=<%=ID%>"
5686 25 Oct 19 olle 977               >BASE-line registration</span>
5686 25 Oct 19 olle 978           </dd>
5686 25 Oct 19 olle 979           <dt>
5686 25 Oct 19 olle 980             <base:icon image="<%=home+"/images/specimen.png" %>" />
5686 25 Oct 19 olle 981             Sample compilation and registration
5686 25 Oct 19 olle 982           </dt>
5686 25 Oct 19 olle 983           <dd>
5686 25 Oct 19 olle 984             <ul>
5686 25 Oct 19 olle 985
5686 25 Oct 19 olle 986             <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/ffpe_block_registration_alt_ntr.jsp?ID=<%=ID%>"
5686 25 Oct 19 olle 987               >FFPE block registration</span> 
5686 25 Oct 19 olle 988               <span class="counter" data-counter="cases-with-unprocessed-ffpe-block-orders"
5686 25 Oct 19 olle 989               title="Number of cases with consent and unprocessed FFPE block orders">∙</span>
5686 25 Oct 19 olle 990
5686 25 Oct 19 olle 991             <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/ffpe_section_order_form.jsp?ID=<%=ID%>"
5686 25 Oct 19 olle 992               >FFPE section order form</span> 
5686 25 Oct 19 olle 993               <span class="counter" data-counter="ffpeblocks-unused-for-section-order-form"
5686 25 Oct 19 olle 994               title="Number of FFPE blocks unused for section order form">∙</span>
5686 25 Oct 19 olle 995
5686 25 Oct 19 olle 996             <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/ffpe_section_registration_alt_rec.jsp?ID=<%=ID%>"
5686 25 Oct 19 olle 997               >FFPE section (specimen) registration</span> 
5686 25 Oct 19 olle 998               <span class="counter" data-counter="ffpeblocks-unused-for-section"
5686 25 Oct 19 olle 999               title="Number of FFPE blocks unused for section">∙</span>
5686 25 Oct 19 olle 1000 -->
5686 25 Oct 19 olle 1001 <!--
5686 25 Oct 19 olle 1002             <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/ffpe_section_order_form_sequential.jsp?ID=<%=ID%>"
5686 25 Oct 19 olle 1003               >FFPE section order form - sequential FFPE block names</span> 
5686 25 Oct 19 olle 1004 -->
5686 25 Oct 19 olle 1005 <!--
5686 25 Oct 19 olle 1006
5686 25 Oct 19 olle 1007             <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/ffpe_block_returnal_alt_rec.jsp?ID=<%=ID%>"
5686 25 Oct 19 olle 1008               >FFPE block return registration</span> 
5686 25 Oct 19 olle 1009               <span class="counter" data-counter="ffpeblocks-unreturned"
5686 25 Oct 19 olle 1010               title="Number of unreturned FFPE blocks">∙</span>
5686 25 Oct 19 olle 1011             </ul>
5686 25 Oct 19 olle 1012           </dd>
5686 25 Oct 19 olle 1013 -->
5686 25 Oct 19 olle 1014           <%
5686 25 Oct 19 olle 1015           }
6783 25 Jul 22 olle 1016           else if (isUsingWorkflowAltLucas)
6783 25 Jul 22 olle 1017           {
6783 25 Jul 22 olle 1018           %>
6783 25 Jul 22 olle 1019 <!--
6783 25 Jul 22 olle 1020           <dt>
6783 25 Jul 22 olle 1021             <base:icon image="<%=home+"/images/personal.png" %>" />
6783 25 Jul 22 olle 1022             Case registration
6783 25 Jul 22 olle 1023           </dt>
6783 25 Jul 22 olle 1024           <dd>
6783 25 Jul 22 olle 1025             <ul>
6783 25 Jul 22 olle 1026             <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/referralform_alt_lucas.jsp?ID=<%=ID%>"
6783 25 Jul 22 olle 1027               >Referral form registration</span>
6783 25 Jul 22 olle 1028             </ul>
6783 25 Jul 22 olle 1029           </dd>
6783 25 Jul 22 olle 1030           <dt>
6783 25 Jul 22 olle 1031             <base:icon image="<%=home+"/images/blood.png" %>" />
6783 25 Jul 22 olle 1032             Blood compilation and registration
6783 25 Jul 22 olle 1033           </dt>
6783 25 Jul 22 olle 1034           <dd>
6783 25 Jul 22 olle 1035             <ul>
6783 25 Jul 22 olle 1036
6783 25 Jul 22 olle 1037             <li><sp"resources/personal/generate-referral-forms_alt_lucas.jsp"an class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/baseline_from_file_alt_lucas.jsp?ID=<%=ID%>"
6783 25 Jul 22 olle 1038               >BASE-line registration</span>
6783 25 Jul 22 olle 1039           </dd>
6783 25 Jul 22 olle 1040           <dt>
6783 25 Jul 22 olle 1041             <base:icon image="<%=home+"/images/specimen.png" %>" />
6783 25 Jul 22 olle 1042             Sample compilation and registration
6783 25 Jul 22 olle 1043           </dt>
6783 25 Jul 22 olle 1044           <dd>
6783 25 Jul 22 olle 1045             <ul>
6783 25 Jul 22 olle 1046
6783 25 Jul 22 olle 1047             <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/ffpe_block_registration_alt_lucas.jsp?ID=<%=ID%>"
6783 25 Jul 22 olle 1048               >FFPE block registration</span> 
6783 25 Jul 22 olle 1049               <span class="counter" data-counter="cases-with-unprocessed-ffpe-block-orders"
6783 25 Jul 22 olle 1050               title="Number of cases with consent and unprocessed FFPE block orders">∙</span>
6783 25 Jul 22 olle 1051
6783 25 Jul 22 olle 1052             <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/ffpe_section_order_form.jsp?ID=<%=ID%>"
6783 25 Jul 22 olle 1053               >FFPE section order form</span> 
6783 25 Jul 22 olle 1054               <span class="counter" data-counter="ffpeblocks-unused-for-section-order-form"
6783 25 Jul 22 olle 1055               title="Number of FFPE blocks unused for section order form">∙</span>
6783 25 Jul 22 olle 1056
6783 25 Jul 22 olle 1057             <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/ffpe_section_registration_alt_rec.jsp?ID=<%=ID%>"
6783 25 Jul 22 olle 1058               >FFPE section (specimen) registration</span> 
6783 25 Jul 22 olle 1059               <span class="counter" data-counter="ffpeblocks-unused-for-section"
6783 25 Jul 22 olle 1060               title="Number of FFPE blocks unused for section">∙</span>
6783 25 Jul 22 olle 1061 -->
6783 25 Jul 22 olle 1062 <!--
6783 25 Jul 22 olle 1063             <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/ffpe_section_order_form_sequential.jsp?ID=<%=ID%>"
6783 25 Jul 22 olle 1064               >FFPE section order form - sequential FFPE block names</span> 
6783 25 Jul 22 olle 1065 -->
6783 25 Jul 22 olle 1066 <!--
6783 25 Jul 22 olle 1067
6783 25 Jul 22 olle 1068             <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/ffpe_block_returnal_alt_rec.jsp?ID=<%=ID%>"
6783 25 Jul 22 olle 1069               >FFPE block return registration</span> 
6783 25 Jul 22 olle 1070               <span class="counter" data-counter="ffpeblocks-unreturned"
6783 25 Jul 22 olle 1071               title="Number of unreturned FFPE blocks">∙</span>
6783 25 Jul 22 olle 1072             </ul>
6783 25 Jul 22 olle 1073           </dd>
6783 25 Jul 22 olle 1074 -->
6783 25 Jul 22 olle 1075           <%
6783 25 Jul 22 olle 1076           }
4733 05 Apr 18 olle 1077           else
4733 05 Apr 18 olle 1078           {
4733 05 Apr 18 olle 1079           %>
4733 05 Apr 18 olle 1080           <dt>
4733 05 Apr 18 olle 1081             <base:icon image="<%=home + "/images/personal.png" %>"/>
2933 14 Nov 14 olle 1082             <span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/persinfo.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 1083               >Pathology referral form registration</span>
2933 14 Nov 14 olle 1084           </dt>
2933 14 Nov 14 olle 1085           <dd>
2933 14 Nov 14 olle 1086             <ul>
2933 14 Nov 14 olle 1087             <li>Register new cases and patients.
2933 14 Nov 14 olle 1088             <li>Update existing cases with patient info.
3103 22 Jan 15 olle 1089             <span class="counter" data-counter="cases-without-patient" 
3103 22 Jan 15 olle 1090               title="Number of case items without patient">∙</span>
2933 14 Nov 14 olle 1091             </ul>
2933 14 Nov 14 olle 1092           </dd>
4724 29 Mar 18 olle 1093           <%
4733 05 Apr 18 olle 1094           }
4733 05 Apr 18 olle 1095           %>
2933 14 Nov 14 olle 1096 <!--      
2933 14 Nov 14 olle 1097           <dt>
2933 14 Nov 14 olle 1098             <base:icon image="<%=home+"/images/export_import.png" %>" />
2933 14 Nov 14 olle 1099             Export/import information to/from external registers.
2933 14 Nov 14 olle 1100           </dt>
2933 14 Nov 14 olle 1101           <dd>
2933 14 Nov 14 olle 1102             <ul>
2933 14 Nov 14 olle 1103             <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/export-monthly-oplist.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 1104               >Export monthly operation list</span>
2933 14 Nov 14 olle 1105               
2933 14 Nov 14 olle 1106             <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/export-inca.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 1107               >INCA export</span>
2933 14 Nov 14 olle 1108
2933 14 Nov 14 olle 1109             <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/export_missing_data_sample_list.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 1110               >Export missing data sample list</span>
2933 14 Nov 14 olle 1111
2933 14 Nov 14 olle 1112             <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/export_missing_consent_data_sample_list.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 1113               >Export missing consent data sample list</span>
2933 14 Nov 14 olle 1114             </ul>
2933 14 Nov 14 olle 1115           </dd>
2933 14 Nov 14 olle 1116
2933 14 Nov 14 olle 1117           <dt>
2933 14 Nov 14 olle 1118             <base:icon image="<%=home+"/images/delete.png" %>" />
2933 14 Nov 14 olle 1119             Retraction wizard
2933 14 Nov 14 olle 1120           </dt>
2933 14 Nov 14 olle 1121           <dd>
2933 14 Nov 14 olle 1122             <ul>
2933 14 Nov 14 olle 1123             <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/retractionform.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 1124               >Mark extracts for retraction</span>
2933 14 Nov 14 olle 1125             </ul>
2933 14 Nov 14 olle 1126           </dd>
2933 14 Nov 14 olle 1127 -->
2933 14 Nov 14 olle 1128           </dl>
2933 14 Nov 14 olle 1129           <%
2933 14 Nov 14 olle 1130         }
2933 14 Nov 14 olle 1131         %>
2933 14 Nov 14 olle 1132         
2933 14 Nov 14 olle 1133         <h3>Statistics and reporting wizards</h3>
2933 14 Nov 14 olle 1134         <dl class="leftborder rightborder bottomborder">
2933 14 Nov 14 olle 1135           <dt>
2933 14 Nov 14 olle 1136             <base:icon image="<%=home+"/images/case_summary.png" %>" />
2933 14 Nov 14 olle 1137             Case summary
2933 14 Nov 14 olle 1138           </dt>
2933 14 Nov 14 olle 1139           <dd>
2933 14 Nov 14 olle 1140             <table>
4788 02 May 18 olle 1141             <%
4788 02 May 18 olle 1142             if (isUsingWorkflowAltRec)
4788 02 May 18 olle 1143             {
4788 02 May 18 olle 1144             %>
2933 14 Nov 14 olle 1145             <tr>
5162 03 Dec 18 olle 1146               <ul>
5162 03 Dec 18 olle 1147               <li><span class="require-permission" data-role="" data-link="reports/case_summary_shortcut_alt_rec.jsp?ID=<%=ID%>"
5162 03 Dec 18 olle 1148                 >Case summary shortcut</span>
5162 03 Dec 18 olle 1149               <!--
5162 03 Dec 18 olle 1150                 <span class="counter" data-counter="cases"
5162 03 Dec 18 olle 1151                 title="Number of cases">∙</span>
5162 03 Dec 18 olle 1152               -->
5162 03 Dec 18 olle 1153               </ul>
5162 03 Dec 18 olle 1154             </tr>
5162 03 Dec 18 olle 1155             <tr>
2933 14 Nov 14 olle 1156               <td><input type="text" class="text" 
4788 02 May 18 olle 1157                 name="caseName_alt_rec" id="caseName_alt_rec" title="Please enter a case id (&quot;ML&quot; + 5 digits)" 
4788 02 May 18 olle 1158                 style="width: 15em;"></td>
4788 02 May 18 olle 1159               <td><base:button id="btnCaseSummary_alt_rec" title="Go" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" /></td>
4788 02 May 18 olle 1160             </tr>
4788 02 May 18 olle 1161             <%
4788 02 May 18 olle 1162             }
4788 02 May 18 olle 1163             else
4788 02 May 18 olle 1164             {
4788 02 May 18 olle 1165             %>
4788 02 May 18 olle 1166             <tr>
5325 05 Mar 19 olle 1167               <ul>
5325 05 Mar 19 olle 1168               <li><span class="require-permission" data-role="" data-link="reports/case_summary_shortcut.jsp?ID=<%=ID%>"
5325 05 Mar 19 olle 1169                 >Case summary shortcut</span>
5325 05 Mar 19 olle 1170               <!--
5325 05 Mar 19 olle 1171                 <span class="counter" data-counter="cases"
5325 05 Mar 19 olle 1172                 title="Number of cases">∙</span>
5325 05 Mar 19 olle 1173               -->
5325 05 Mar 19 olle 1174               </ul>
5325 05 Mar 19 olle 1175             </tr>
5325 05 Mar 19 olle 1176             <tr>
4788 02 May 18 olle 1177               <td><input type="text" class="text" 
3041 15 Dec 14 olle 1178                 name="caseName" id="caseName" title="Please enter a case id (&quot;ML&quot; + 5 digits)" 
2933 14 Nov 14 olle 1179                 style="width: 15em;"></td>
2933 14 Nov 14 olle 1180               <td><base:button id="btnCaseSummary" title="Go" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" /></td>
2933 14 Nov 14 olle 1181             </tr>
4788 02 May 18 olle 1182             <%
4788 02 May 18 olle 1183             }
4788 02 May 18 olle 1184             %>
2933 14 Nov 14 olle 1185             </table>
2933 14 Nov 14 olle 1186           </dd>
2933 14 Nov 14 olle 1187         
2933 14 Nov 14 olle 1188           <dt>
2933 14 Nov 14 olle 1189             <base:icon image="<%=home+"/images/report.png" %>" />
2933 14 Nov 14 olle 1190             <span class="require-permission" data-role="" data-link="reports/samplereportgenerator.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 1191               >Sample source report</span>
2933 14 Nov 14 olle 1192           </dt>        
2933 14 Nov 14 olle 1193           <dd>        
2933 14 Nov 14 olle 1194             <ul>
2933 14 Nov 14 olle 1195             <li>Sample count report</li>
2933 14 Nov 14 olle 1196             <li>Patient count report</li> 
2933 14 Nov 14 olle 1197             <li>Overview report</li> 
2933 14 Nov 14 olle 1198             <li>Missing sample data report</li> 
2933 14 Nov 14 olle 1199             </ul>
2933 14 Nov 14 olle 1200           </dd>
2933 14 Nov 14 olle 1201           <dt>
2933 14 Nov 14 olle 1202             <base:icon image="<%=home+"/images/chart_bar.png" %>" />
3505 23 Sep 15 olle 1203             <span class="require-permission" data-role="" data-link="reports/meludi_quarter_month_report_generator.jsp?ID=<%=ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 1204               >Sample processing statistics</span>
2933 14 Nov 14 olle 1205           </dt>        
2933 14 Nov 14 olle 1206           <dd>        
2933 14 Nov 14 olle 1207             <ul>
3505 23 Sep 15 olle 1208             <li>MeLuDI quarter/month report</li> 
2933 14 Nov 14 olle 1209             </ul>
2933 14 Nov 14 olle 1210           </dd>
2933 14 Nov 14 olle 1211         </dl>
2933 14 Nov 14 olle 1212       </div>
2933 14 Nov 14 olle 1213     </div>
2933 14 Nov 14 olle 1214     </form>
2933 14 Nov 14 olle 1215   </div>
2933 14 Nov 14 olle 1216   
2933 14 Nov 14 olle 1217 </base:body>
2933 14 Nov 14 olle 1218 </base:page>
2933 14 Nov 14 olle 1219 <%
2933 14 Nov 14 olle 1220 }
2933 14 Nov 14 olle 1221 finally
2933 14 Nov 14 olle 1222 {
2933 14 Nov 14 olle 1223   if (dc != null) dc.close();
2933 14 Nov 14 olle 1224 }
2933 14 Nov 14 olle 1225 %>

Generated on Tue Nov 21 03:26:40 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)