extensions/net.sf.basedb.meludi/trunk/resources/personal/persinfo_alt_rec.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4733 05 Apr 18 olle 1 <%@ page
4733 05 Apr 18 olle 2   pageEncoding="UTF-8"
4733 05 Apr 18 olle 3   session="false"
4733 05 Apr 18 olle 4   import="net.sf.basedb.core.Application"
4733 05 Apr 18 olle 5   import="net.sf.basedb.core.User"
4733 05 Apr 18 olle 6   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
4733 05 Apr 18 olle 7   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
4733 05 Apr 18 olle 8   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
4733 05 Apr 18 olle 9   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
4733 05 Apr 18 olle 10   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
4733 05 Apr 18 olle 11   import="net.sf.basedb.util.Values"
4733 05 Apr 18 olle 12 %>
4733 05 Apr 18 olle 13 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
4733 05 Apr 18 olle 14 <%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
4733 05 Apr 18 olle 15 <%
4733 05 Apr 18 olle 16 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(request, true);
4733 05 Apr 18 olle 17 final String ID = sc.getId();
4733 05 Apr 18 olle 18 final float scale = Base.getScale(sc);
4733 05 Apr 18 olle 19 final String home = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.meludi");
4733 05 Apr 18 olle 20 DbControl dc = null;
4733 05 Apr 18 olle 21 try
4733 05 Apr 18 olle 22 {
4733 05 Apr 18 olle 23   dc = sc.newDbControl();
4733 05 Apr 18 olle 24   final User user = User.getById(dc, sc.getLoggedInUserId());
4733 05 Apr 18 olle 25 %>
4733 05 Apr 18 olle 26 <base:page type="default" >
4733 05 Apr 18 olle 27 <base:head 
4733 05 Apr 18 olle 28   scripts="~../meludi-2.js,~persinfo_alt_rec.js" 
4733 05 Apr 18 olle 29   styles="path.css,~../css/meludi-2.css" 
4733 05 Apr 18 olle 30 />
4733 05 Apr 18 olle 31 <base:body>
4733 05 Apr 18 olle 32
4733 05 Apr 18 olle 33   <p:path><p:pathelement
4733 05 Apr 18 olle 34     title="" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
4733 05 Apr 18 olle 35     /><p:pathelement title="Personal information registration" 
4733 05 Apr 18 olle 36     /></p:path>
4733 05 Apr 18 olle 37
4733 05 Apr 18 olle 38   <div class="content">
4733 05 Apr 18 olle 39   <form name="meludi" id="wizard" class="wizard">
4733 05 Apr 18 olle 40   
4733 05 Apr 18 olle 41   <!-- 1. Case + Personal number -->
4733 05 Apr 18 olle 42   <div class="step" id="step-1">
4733 05 Apr 18 olle 43     <div class="step-no">1</div>
4734 05 Apr 18 olle 44     <div class="step-title" id="step-1-title">Enter Case Name and Personal Number</div>
4733 05 Apr 18 olle 45     <div class="step-content">
4733 05 Apr 18 olle 46     
4733 05 Apr 18 olle 47       <table class="step-form">
4733 05 Apr 18 olle 48       <tr>
4733 05 Apr 18 olle 49         <td class="prompt">Case name</td>
4733 05 Apr 18 olle 50         <td class="input">
4733 05 Apr 18 olle 51           <input type="text" name="caseName" id="caseName"
4733 05 Apr 18 olle 52             class="required auto-init" data-auto-init="focus" data-next-focus="personalNumber"
4733 05 Apr 18 olle 53             style="width: 12em;" maxlength="12">
4733 05 Apr 18 olle 54         </td>
4733 05 Apr 18 olle 55         <td class="status" id="caseName.status"></td>
4733 05 Apr 18 olle 56         <td class="help">
4733 05 Apr 18 olle 57           <span id="caseName.message" class="message"></span>
4733 05 Apr 18 olle 58           The case (barcode) associated with this patient.
4733 05 Apr 18 olle 59         </td>
4733 05 Apr 18 olle 60       </tr>
4733 05 Apr 18 olle 61       <tr>
4733 05 Apr 18 olle 62         <td class="prompt">Personal number</td>
4733 05 Apr 18 olle 63         <td class="input">
4733 05 Apr 18 olle 64           <input type="text" name="personalNumber" id="personalNumber"
4733 05 Apr 18 olle 65             class="required"
4733 05 Apr 18 olle 66             style="width: 12em;" maxlength="12">
4733 05 Apr 18 olle 67         </td>
4733 05 Apr 18 olle 68         <td class="status" id="personalNumber.status"></td>
4733 05 Apr 18 olle 69         <td class="help">
4733 05 Apr 18 olle 70           <span id="personalNumber.message" class="message"></span>
4733 05 Apr 18 olle 71           ([YY]YYMMDDZZZZ)
4733 05 Apr 18 olle 72         </td>
4733 05 Apr 18 olle 73       </tr>
4733 05 Apr 18 olle 74       </table>
4733 05 Apr 18 olle 75     </div>
4733 05 Apr 18 olle 76   </div>
4733 05 Apr 18 olle 77
4733 05 Apr 18 olle 78   <!-- 2. New patient registration -->
4733 05 Apr 18 olle 79   <div class="step" id="step-2">
4733 05 Apr 18 olle 80     <div class="step-no">2</div>
4733 05 Apr 18 olle 81     <div class="step-title" id="step-2-title">New patient: Enter all names</div>
4733 05 Apr 18 olle 82     <div class="step-content">
4733 05 Apr 18 olle 83       
4733 05 Apr 18 olle 84       <table class="step-form">
4733 05 Apr 18 olle 85       <tr>
4733 05 Apr 18 olle 86         <td class="prompt">Patient code</td>
4733 05 Apr 18 olle 87         <td class="input"><input type="text" name="patientCode" id="patientCode"
4733 05 Apr 18 olle 88           class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="familyName"
4733 05 Apr 18 olle 89           style="width: 12em;" maxlength="12"></td>
4733 05 Apr 18 olle 90         <td class="status" id="patientCode.status"></td>
4733 05 Apr 18 olle 91         <td class="help">
4733 05 Apr 18 olle 92           <span id="patientCode.message" class="message"></span>
4733 05 Apr 18 olle 93         </td>
4733 05 Apr 18 olle 94       </tr>
4733 05 Apr 18 olle 95       <tr>
4733 05 Apr 18 olle 96         <td class="prompt">Family name</td>
4733 05 Apr 18 olle 97         <td class="input"><input type="text" name="familyName" id="familyName"
4733 05 Apr 18 olle 98           class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="allFirstNames"
4733 05 Apr 18 olle 99           style="width: 20em;" maxlength="255"></td>
4733 05 Apr 18 olle 100         <td class="status" id="familyName.status"></td>
4733 05 Apr 18 olle 101         <td class="help">
4733 05 Apr 18 olle 102           <span id="familyName.message" class="message"></span>
4733 05 Apr 18 olle 103           Keep hyphens, keep åäö, replace all special accented letters [e.g. éèü etc] with standard alphabet character.
4733 05 Apr 18 olle 104         </td>
4733 05 Apr 18 olle 105       </tr>
4733 05 Apr 18 olle 106       <tr>
4733 05 Apr 18 olle 107         <td class="prompt">All first names</td>
4733 05 Apr 18 olle 108         <td class="input"><input type="text" name="allFirstNames" id="allFirstNames"
4733 05 Apr 18 olle 109           style="width: 20em;" maxlength="255"></td>
4733 05 Apr 18 olle 110         <td class="status" id="allFirstNames.status"></td>
4733 05 Apr 18 olle 111         <td class="help">
4733 05 Apr 18 olle 112           <span id="allFirstNames.message" class="message"></span>
4733 05 Apr 18 olle 113           Type all names, see FamilyName comment on valid characters.
4733 05 Apr 18 olle 114         </td>
4733 05 Apr 18 olle 115       </tr>
4733 05 Apr 18 olle 116       <tr>
4733 05 Apr 18 olle 117         <td class="prompt">Gender</td>
4733 05 Apr 18 olle 118         <td class="input" id="gender"></td>
4733 05 Apr 18 olle 119         <td class="status" id="gender.status" rowspan="2"></td>
4733 05 Apr 18 olle 120         <td class="help" rowspan="2">
4733 05 Apr 18 olle 121           <span id="gender.message" class="message"></span>
4733 05 Apr 18 olle 122         </td>
4733 05 Apr 18 olle 123       </tr>
4733 05 Apr 18 olle 124       <tr>
4733 05 Apr 18 olle 125         <td class="prompt">Date of birth</td>
4733 05 Apr 18 olle 126         <td class="input" id="dateOfBirth"></td>
4733 05 Apr 18 olle 127       </tr>
4733 05 Apr 18 olle 128       </table>
4733 05 Apr 18 olle 129       
4733 05 Apr 18 olle 130     </div>
4733 05 Apr 18 olle 131   </div>
4733 05 Apr 18 olle 132
4733 05 Apr 18 olle 133
4733 05 Apr 18 olle 134   <!-- 3. Case registration -->
4733 05 Apr 18 olle 135   <div class="step" id="step-3">
4733 05 Apr 18 olle 136     <div class="step-no">3</div>
4733 05 Apr 18 olle 137     <div class="step-title" id="step-3-title">Enter Case information</div>
4733 05 Apr 18 olle 138     <div class="step-content">
4733 05 Apr 18 olle 139
4733 05 Apr 18 olle 140       <table class="step-form">
4733 05 Apr 18 olle 141       <tr id="plNumberSection">
4733 05 Apr 18 olle 142         <td class="prompt">PL-number</td>
4733 05 Apr 18 olle 143         <td class="input">
4733 05 Apr 18 olle 144           <input type="text" name="plNumber" id="plNumber"
4733 05 Apr 18 olle 145             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="samplingDate"
4733 05 Apr 18 olle 146             style="width: 12em;">
4733 05 Apr 18 olle 147         </td>
4733 05 Apr 18 olle 148         <td class="status" id="plNumber.status"></td>
4733 05 Apr 18 olle 149         <td class="help">
4733 05 Apr 18 olle 150           <span id="plNumber.message" class="message"></span>
4733 05 Apr 18 olle 151           <div id="plNumberMessageText">
4733 05 Apr 18 olle 152           The PL-number associated with this case.
4733 05 Apr 18 olle 153           </div>
4733 05 Apr 18 olle 154         </td>
4733 05 Apr 18 olle 155       </tr>
4733 05 Apr 18 olle 156       <tr id="padSection">
4733 05 Apr 18 olle 157         <td class="prompt">PAD/CL</td>
4733 05 Apr 18 olle 158         <td class="input">
4733 05 Apr 18 olle 159           <input type="text" name="pad" id="pad"
4733 05 Apr 18 olle 160             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="samplingDate"
4733 05 Apr 18 olle 161             style="width: 12em;">
4733 05 Apr 18 olle 162         </td>
4733 05 Apr 18 olle 163         <td class="status" id="pad.status"></td>
4733 05 Apr 18 olle 164         <td class="help">
4733 05 Apr 18 olle 165           <span id="pad.message" class="message"></span>
4733 05 Apr 18 olle 166           <div id="padMessageText">
4733 05 Apr 18 olle 167           The PAD (Patho-Anatomical Diagnosis) or CL (cytology) number for this case.
4733 05 Apr 18 olle 168           </div>
4733 05 Apr 18 olle 169         </td>
4733 05 Apr 18 olle 170       </tr>
4733 05 Apr 18 olle 171       <tr id="nofTubesSection">
4733 05 Apr 18 olle 172         <td class="prompt">Number of tubes</td>
4733 05 Apr 18 olle 173         <td class="input">
4733 05 Apr 18 olle 174           <input type="text" name="nofTubes" id="nofTubes"
4733 05 Apr 18 olle 175             class="required auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="arrivalDate"
4733 05 Apr 18 olle 176               style="width: 12em;" maxlength="4" value="1">
4733 05 Apr 18 olle 177         </td>
4733 05 Apr 18 olle 178         <td class="status" id="nofTubes.status"></td>
4733 05 Apr 18 olle 179         <td class="help">
4733 05 Apr 18 olle 180           <span id="nofTubes.message" class="message"></span>
4733 05 Apr 18 olle 181           Number of tubes in this case.
4733 05 Apr 18 olle 182         </td>
4733 05 Apr 18 olle 183       </tr>
4733 05 Apr 18 olle 184       <tr id="arrivalDateSection" valign="top">
4733 05 Apr 18 olle 185         <td class="prompt">Arrival date</td>
4733 05 Apr 18 olle 186         <td class="input">
4733 05 Apr 18 olle 187           <input type="text" name="arrivalDate" id="arrivalDate" 
4733 05 Apr 18 olle 188             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="samplingDate"
4733 05 Apr 18 olle 189             data-disallow-future-date="1"
4733 05 Apr 18 olle 190             style="width: 12em;" maxlength="10">
4733 05 Apr 18 olle 191             <base:icon 
4733 05 Apr 18 olle 192               id="arrivalDateCalendar"
4733 05 Apr 18 olle 193               subclass="auto-init"
4733 05 Apr 18 olle 194               data-auto-init="calendar"
4733 05 Apr 18 olle 195               data-textarea-id="arrivalDate"
4733 05 Apr 18 olle 196               data-date-format="yyyyMMdd"
4733 05 Apr 18 olle 197               data-title="Arrival date"
4733 05 Apr 18 olle 198               image="calendar.png" 
4733 05 Apr 18 olle 199               tooltip="Select a date from a calendar" 
4733 05 Apr 18 olle 200               tabindex="-1"
4733 05 Apr 18 olle 201             />
4733 05 Apr 18 olle 202         </td>
4733 05 Apr 18 olle 203         <td class="status" id="arrivalDate.status"></td>
4733 05 Apr 18 olle 204         <td class="help">
4733 05 Apr 18 olle 205           <span id="arrivalDate.message" class="message"></span>
4733 05 Apr 18 olle 206           Date when the specimen tubes arrived (YYYYMMDD or MMDD).
4733 05 Apr 18 olle 207         </td>
4733 05 Apr 18 olle 208       </tr>
4733 05 Apr 18 olle 209       <tr id="specimenTubesSection">
4733 05 Apr 18 olle 210         <td class="prompt" id="specimenTubesTitle">Specimen tubes</td>
4733 05 Apr 18 olle 211         <td class="input" id="specimenTubes"><i>not found</i></td>
4733 05 Apr 18 olle 212         <td class="status" id="specimenTubes.status"></td>
4733 05 Apr 18 olle 213         <td class="help">
4733 05 Apr 18 olle 214           <span id="specimenTubes.message" class="message"></span>
4733 05 Apr 18 olle 215           <div id="specimenTubesMessageText">
4733 05 Apr 18 olle 216           The specimen tube(s) associated with this case.
4733 05 Apr 18 olle 217           </div>
4733 05 Apr 18 olle 218         </td>
4733 05 Apr 18 olle 219       </tr>
4733 05 Apr 18 olle 220       <tr id="samplingDateSection">
4733 05 Apr 18 olle 221         <td class="prompt">Sampling date</td>
4733 05 Apr 18 olle 222         <td class="input">
4733 05 Apr 18 olle 223           <input type="text" name="samplingDate" id="samplingDate"
4733 05 Apr 18 olle 224             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="projectFocus"
4733 05 Apr 18 olle 225             style="width: 12em;" maxlength="10">
4733 05 Apr 18 olle 226             <base:icon 
4733 05 Apr 18 olle 227               id="samplingDateCalendar"
4733 05 Apr 18 olle 228               subclass="auto-init"
4733 05 Apr 18 olle 229               data-auto-init="calendar"
4733 05 Apr 18 olle 230               data-textarea-id="samplingDate"
4733 05 Apr 18 olle 231               data-date-format="yyyyMMdd"
4733 05 Apr 18 olle 232               data-title="Sampling date"
4733 05 Apr 18 olle 233               image="calendar.png" 
4733 05 Apr 18 olle 234               tooltip="Select a date from a calendar" 
4733 05 Apr 18 olle 235               tabindex="-1"
4733 05 Apr 18 olle 236             />
4733 05 Apr 18 olle 237         </td>
4733 05 Apr 18 olle 238         <td class="status" id="samplingDate.status"></td>
4733 05 Apr 18 olle 239         <td class="help">
4733 05 Apr 18 olle 240           <span id="samplingDate.message" class="message"></span>
4733 05 Apr 18 olle 241           Date of surgical removal (YYYYMMDD or MMDD).
4733 05 Apr 18 olle 242         </td>
4733 05 Apr 18 olle 243       </tr>
4733 05 Apr 18 olle 244       <tr id="projectFocusSection">
4733 05 Apr 18 olle 245         <td class="prompt">Project focus</td>
4733 05 Apr 18 olle 246         <td class="input">
4733 05 Apr 18 olle 247           <select name="projectFocus" id="projectFocus"
4733 05 Apr 18 olle 248             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="metastasisSite">
4733 05 Apr 18 olle 249             <option selected value="" >unknown
4733 05 Apr 18 olle 250             <option value="melanoma">Melanoma
4733 05 Apr 18 olle 251             <option value="lungcancer">Lung cancer
4733 05 Apr 18 olle 252             <option value="coloncancer">Colon cancer
4733 05 Apr 18 olle 253             <option value="GIST">GIST (Gastrointestinal stromal tumour)
4733 05 Apr 18 olle 254             <option value="breastcancer">Breast cancer
4733 05 Apr 18 olle 255           </select>
4733 05 Apr 18 olle 256         </td>
4733 05 Apr 18 olle 257         <td class="status" id="projectFocus.status"></td>
4733 05 Apr 18 olle 258         <td class="help">
4733 05 Apr 18 olle 259           <span id="projectFocus.message" class="message"></span>
4733 05 Apr 18 olle 260           Project focus for the case (cancer type).
4733 05 Apr 18 olle 261         </td>
4733 05 Apr 18 olle 262       </tr>
4733 05 Apr 18 olle 263       <tr id="metastasisSiteSection">
4733 05 Apr 18 olle 264         <td class="prompt">Metastasis site</td>
4733 05 Apr 18 olle 265         <td class="input">
4733 05 Apr 18 olle 266           <select name="metastasisSite" id="metastasisSite"
4733 05 Apr 18 olle 267             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="mutationAnalysis">
4733 05 Apr 18 olle 268             <option selected value="" >unknown
4733 05 Apr 18 olle 269             <option value="liver">Liver
4733 05 Apr 18 olle 270             <option value="skeleton">Skeleton
4733 05 Apr 18 olle 271             <option value="bone">Bone
4733 05 Apr 18 olle 272           </select>
4733 05 Apr 18 olle 273         </td>
4733 05 Apr 18 olle 274         <td class="status" id="metastasisSite.status"></td>
4733 05 Apr 18 olle 275         <td class="help">
4733 05 Apr 18 olle 276           <span id="metastasisSite.message" class="message"></span>
4733 05 Apr 18 olle 277           Metastasis site.
4733 05 Apr 18 olle 278         </td>
4733 05 Apr 18 olle 279       </tr>
4733 05 Apr 18 olle 280       <tr id="mutationAnalysisSection">
4733 05 Apr 18 olle 281         <td class="prompt">Mutation analysis<br><br>
4734 05 Apr 18 olle 282 <!--
4733 05 Apr 18 olle 283           <base:button id="selectAllMutationAnalysis" style="font-weight: normal;" title="Select all" image="<%=home+"/images/selected.gif"%>" /></td>
4734 05 Apr 18 olle 284 -->
4733 05 Apr 18 olle 285         </td>
4733 05 Apr 18 olle 286         <td class="input">
4734 05 Apr 18 olle 287 <!--
4733 05 Apr 18 olle 288           <label id="mutationAnalysisKras"><input type="checkbox" name="mutationAnalysisKras" id="mutationAnalysisKras">KRAS exon 2-4</label><br>
4733 05 Apr 18 olle 289           <label id="mutationAnalysisNras"><input type="checkbox" name="mutationAnalysisNras" id="mutationAnalysisNras">NRAS exon 2-4</label><br>
4733 05 Apr 18 olle 290           <label id="mutationAnalysisBraf"><input type="checkbox" name="mutationAnalysisBraf" id="mutationAnalysisBraf">BRAF codon 600</label><br>
4733 05 Apr 18 olle 291           <label id="mutationAnalysisEgfr"><input type="checkbox" name="mutationAnalysisEgfr" id="mutationAnalysisEgfr">EGFR exon 18-21</label><br>
4733 05 Apr 18 olle 292           <label id="mutationAnalysisAlkEml4"><input type="checkbox" name="mutationAnalysisAlkEml4" id="mutationAnalysisAlkEml4">ALK/EML4 translocation</label><br>
4733 05 Apr 18 olle 293           <label id="mutationAnalysisPdgfra"><input type="checkbox" name="mutationAnalysisPdgfra" id="mutationAnalysisPdgfra">PDGFRA exon 11, 13, 17</label><br>
4733 05 Apr 18 olle 294           <label id="mutationAnalysisKit"><input type="checkbox" name="mutationAnalysisKit" id="mutationAnalysisKit">KIT exon 9, 11, 13, 17, 18</label><br>
4734 05 Apr 18 olle 295 -->
4733 05 Apr 18 olle 296           <label id="mutationAnalysisTst170"><input type="checkbox" name="mutationAnalysisTst170" id="mutationAnalysisTst170">TST170</label><br>
4733 05 Apr 18 olle 297           <label id="mutationAnalysisOther"><input type="checkbox" name="mutationAnalysisOther" id="mutationAnalysisOther">Other analysis</label><br>
4733 05 Apr 18 olle 298         </td>
4733 05 Apr 18 olle 299         <td class="status" id="mutationAnalysis.status"></td>
4733 05 Apr 18 olle 300         <td class="help">
4733 05 Apr 18 olle 301           <span id="mutationAnalysis.message" class="message"></span>
4734 05 Apr 18 olle 302 <!--
4733 05 Apr 18 olle 303           Default selections set depending on project focus (cancer type). For negative KRAS analysis and colorectal cancer, NRAS analysis should normally also be performed.
4734 05 Apr 18 olle 304 -->
4734 05 Apr 18 olle 305           Mutation analysis to use.
4733 05 Apr 18 olle 306         </td>
4733 05 Apr 18 olle 307       </tr>
4733 05 Apr 18 olle 308       <tr id="siteSection">
4733 05 Apr 18 olle 309         <td class="prompt">Hospital site</td>
4733 05 Apr 18 olle 310         <td class="input">
4733 05 Apr 18 olle 311           <select name="site" id="site"
4733 05 Apr 18 olle 312             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="tubeContentType">
4733 05 Apr 18 olle 313             <option selected value="" >unknown
4733 05 Apr 18 olle 314             <option value="Goteborg">Göteborg
4733 05 Apr 18 olle 315             <option value="Halmstad">Halmstad
4733 05 Apr 18 olle 316             <option value="Helsingborg">Helsingborg
4733 05 Apr 18 olle 317             <option value="Jonkoping">Jönköping
4733 05 Apr 18 olle 318             <option value="Karlskrona">Karlskrona
4733 05 Apr 18 olle 319             <option value="Kristianstad">Kristianstad
4733 05 Apr 18 olle 320             <option value="Linkoping" >Linköping
4733 05 Apr 18 olle 321             <option value="Lund">Lund
4733 05 Apr 18 olle 322             <option value="Malmo" >Malmö
4733 05 Apr 18 olle 323             <option value="Stockholm">Stockholm
4733 05 Apr 18 olle 324             <option value="Trelleborg">Trelleborg
4733 05 Apr 18 olle 325             <option value="Umea" >Umeå
4733 05 Apr 18 olle 326             <option value="Uppsala" >Uppsala
4733 05 Apr 18 olle 327             <option value="Vaxjo" >Växjö
4733 05 Apr 18 olle 328           </select>
4733 05 Apr 18 olle 329         </td>
4733 05 Apr 18 olle 330         <td class="status" id="site.status"></td>
4733 05 Apr 18 olle 331         <td class="help">
4733 05 Apr 18 olle 332           <span id="site.message" class="message"></span>
4733 05 Apr 18 olle 333           Hospital site
4733 05 Apr 18 olle 334         </td>
4733 05 Apr 18 olle 335       </tr>
4733 05 Apr 18 olle 336       <tr id="tubeContentTypeSection">
4733 05 Apr 18 olle 337         <td class="prompt">Tube content type</td>
4733 05 Apr 18 olle 338         <td class="input">
4733 05 Apr 18 olle 339           <select name="tubeContentType" id="tubeContentType"
4733 05 Apr 18 olle 340             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="specimenType">
4733 05 Apr 18 olle 341             <option selected value="Specimen" >Specimen
4733 05 Apr 18 olle 342             <option value="DNA">DNA
4733 05 Apr 18 olle 343             <option value="RNA">RNA
4733 05 Apr 18 olle 344             <option value="DNA_RNA">DNA + RNA
4733 05 Apr 18 olle 345           </select>
4733 05 Apr 18 olle 346         </td>
4733 05 Apr 18 olle 347         <td class="status" id="tubeContentType.status"></td>
4733 05 Apr 18 olle 348         <td class="help">
4733 05 Apr 18 olle 349           <span id="tubeContentType.message" class="message"></span>
4733 05 Apr 18 olle 350           Tube content type. (Selecting other option than "Specimen" will set number of tubes.)
4733 05 Apr 18 olle 351         </td>
4733 05 Apr 18 olle 352       </tr>
4733 05 Apr 18 olle 353       <tr id="specimenTypeSection">
4733 05 Apr 18 olle 354         <td class="prompt">Specimen type</td>
4733 05 Apr 18 olle 355         <td class="input">
4733 05 Apr 18 olle 356           <select name="specimenType" id="specimenType"
4733 05 Apr 18 olle 357             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="specimenInputType">
4733 05 Apr 18 olle 358             <option selected value="" >unknown
4733 05 Apr 18 olle 359             <option value="Primary">Primary tumour
4733 05 Apr 18 olle 360             <option value="MetastasisDistant">Metastasis
4733 05 Apr 18 olle 361           </select>
4733 05 Apr 18 olle 362         </td>
4733 05 Apr 18 olle 363         <td class="status" id="specimenType.status"></td>
4733 05 Apr 18 olle 364         <td class="help">
4733 05 Apr 18 olle 365           <span id="specimenType.message" class="message"></span>
4733 05 Apr 18 olle 366           Type of specimen (Analyzed malignancy).
4733 05 Apr 18 olle 367         </td>
4733 05 Apr 18 olle 368       </tr>
4733 05 Apr 18 olle 369       <tr>
4733 05 Apr 18 olle 370         <td class="prompt">Specimen input type</td>
4733 05 Apr 18 olle 371         <td class="input">
4733 05 Apr 18 olle 372           <select name="specimenInputType" id="specimenInputType"
4733 05 Apr 18 olle 373             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="viableTumourCellsPercent">
4733 05 Apr 18 olle 374             <option selected value="" >unknown
4733 05 Apr 18 olle 375             <option value="fresh_frozen">Fresh frozen
4733 05 Apr 18 olle 376             <option value="rna_later">RNAlater
4791 04 May 18 olle 377             <option value="ffpe_block">FFPE block ("kloss")
4733 05 Apr 18 olle 378             <option value="ffpe_section">FFPE section ("snitt")
4733 05 Apr 18 olle 379             <option value="ffpe_punch">FFPE punch ("stans")
4733 05 Apr 18 olle 380             <option value="ffpe_slide">FFPE slide ("glas")
4733 05 Apr 18 olle 381             <option value="cell_line">Cell line
4733 05 Apr 18 olle 382           </select>
4733 05 Apr 18 olle 383         </td>
4733 05 Apr 18 olle 384         <td class="status" id="specimenInputType.status"></td>
4733 05 Apr 18 olle 385         <td class="help">
4733 05 Apr 18 olle 386           <span id="specimenInputType.message" class="message"></span>
4733 05 Apr 18 olle 387           Form in which specimen is delivered.
4733 05 Apr 18 olle 388         </td>
4733 05 Apr 18 olle 389       </tr>
4733 05 Apr 18 olle 390       <tr id="viableTumourCellsPercentSection">
4733 05 Apr 18 olle 391         <td class="prompt">Viable tumour cells percentage (&#37;)</td>
4733 05 Apr 18 olle 392         <td class="input">
4733 05 Apr 18 olle 393           <input type="text" name="viableTumourCellsPercent" id="viableTumourCellsPercent"
4733 05 Apr 18 olle 394             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="otherPathNote"
4733 05 Apr 18 olle 395               style="width: 12em;" maxlength="4" value="">
4733 05 Apr 18 olle 396         </td>
4733 05 Apr 18 olle 397         <td class="status" id="viableTumourCellsPercent.status"></td>
4733 05 Apr 18 olle 398         <td class="help">
4733 05 Apr 18 olle 399           <span id="viableTumourCellsPercent.message" class="message"></span>
4733 05 Apr 18 olle 400           Estimated part of viable tumour cells, in percentage of the total number of cells.
4733 05 Apr 18 olle 401         </td>
4733 05 Apr 18 olle 402       </tr>
4733 05 Apr 18 olle 403       <tr id="otherPathNoteSection" class="align-top">
4733 05 Apr 18 olle 404         <td class="prompt">Other path note</td>
4733 05 Apr 18 olle 405         <td class="input">
4733 05 Apr 18 olle 406           <textarea name="otherPathNote" id="otherPathNote" rows="3"></textarea>
4733 05 Apr 18 olle 407         </td>
4733 05 Apr 18 olle 408         <td class="status" id="otherPathNote.status"></td>
4733 05 Apr 18 olle 409         <td class="help">
4733 05 Apr 18 olle 410           <span id="otherPathNote.message" class="message"></span>
4733 05 Apr 18 olle 411           In this field, enter ALL text noted on the referral form by the pathologist.
4733 05 Apr 18 olle 412         </td>
4733 05 Apr 18 olle 413       </tr>
4733 05 Apr 18 olle 414       <tr>
4733 05 Apr 18 olle 415         <td class="prompt">Extract creation options</td>
4733 05 Apr 18 olle 416         <td class="input">
4733 05 Apr 18 olle 417           <label id="extractsFromFirstSpecimenOnly"><input type="checkbox" name="extractsFromFirstSpecimenOnlyCB" id="extractsFromFirstSpecimenOnlyCB">Extracts from first specimen only</label><br>
4733 05 Apr 18 olle 418         </td>
4733 05 Apr 18 olle 419         <td class="status" id="extractsFromFirstSpecimenOnly.status"></td>
4733 05 Apr 18 olle 420         <td class="help">
4733 05 Apr 18 olle 421           <span id="extractsFromFirstSpecimenOnly.message" class="message"></span>
4733 05 Apr 18 olle 422           Extracts from first specimen only, otherwise all specimens.
4733 05 Apr 18 olle 423         </td>
4733 05 Apr 18 olle 424       </tr>
4733 05 Apr 18 olle 425       </table>
4733 05 Apr 18 olle 426     </div>
4733 05 Apr 18 olle 427   </div>
4733 05 Apr 18 olle 428     
4733 05 Apr 18 olle 429   <div class="step" id="step-4">
4733 05 Apr 18 olle 430     <div class="step-no">4</div>
4733 05 Apr 18 olle 431     <div class="step-title" id="step-4-title">Enter tube information</div>
4733 05 Apr 18 olle 432     <div class="step-content">
4733 05 Apr 18 olle 433     
4733 05 Apr 18 olle 434       <table id="specimen-tubes" class="step-form">
4733 05 Apr 18 olle 435       </table>
4733 05 Apr 18 olle 436     </div>
4733 05 Apr 18 olle 437   </div>
4733 05 Apr 18 olle 438
4733 05 Apr 18 olle 439   <div id="wizard-status"></div>
4733 05 Apr 18 olle 440
4733 05 Apr 18 olle 441   <table class="navigation" id="navigation">
4733 05 Apr 18 olle 442   <tr>
4733 05 Apr 18 olle 443     <td><base:button id="gocancel" title="Cancel" /></td>
4733 05 Apr 18 olle 444     <td><base:button id="gonext" title="Next" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" /></td>
4733 05 Apr 18 olle 445     <td><base:button id="goregister" title="Register" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" /></td>
4733 05 Apr 18 olle 446     <td><base:button id="goupdate" title="Update" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" /></td>
4733 05 Apr 18 olle 447     <td><base:button id="gorestart" title="Restart" image="<%=home+"/images/goback.png"%>" /></td>
4733 05 Apr 18 olle 448     <td id="gonext-message" class="message"></td>
4733 05 Apr 18 olle 449   </tr>
4733 05 Apr 18 olle 450   </table>
4733 05 Apr 18 olle 451     
4733 05 Apr 18 olle 452   </form>
4733 05 Apr 18 olle 453   </div>
4733 05 Apr 18 olle 454   
4733 05 Apr 18 olle 455 </base:body>
4733 05 Apr 18 olle 456 </base:page>
4733 05 Apr 18 olle 457 <%
4733 05 Apr 18 olle 458 }
4733 05 Apr 18 olle 459 finally
4733 05 Apr 18 olle 460 {
4733 05 Apr 18 olle 461   if (dc != null) dc.close();
4733 05 Apr 18 olle 462 }
4733 05 Apr 18 olle 463 %>

Generated on Tue Nov 21 03:26:19 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)