extensions/net.sf.basedb.meludi/trunk/resources/reports/case_summary.js

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3028 11 Dec 14 olle 1 var CaseSummary = function()
3028 11 Dec 14 olle 2 {
3028 11 Dec 14 olle 3   var cs = {};
3028 11 Dec 14 olle 4   var debug = 0;
4151 04 Oct 16 olle 5   var sampleItemPrefix = '';
4221 09 Nov 16 olle 6   var sampleItemNumDigits = 5;
3028 11 Dec 14 olle 7   var TRUNCATE_SIZE = [-1, 30, 20, 15];
3028 11 Dec 14 olle 8
3028 11 Dec 14 olle 9   cs.initPage = function()
3028 11 Dec 14 olle 10   {
3028 11 Dec 14 olle 11     Events.addEventHandler('showConfidential', 'change', cs.showConfidentialOnChange);
3028 11 Dec 14 olle 12     Events.doOnEnter('caseName', cs.caseSummary);
3028 11 Dec 14 olle 13     Buttons.addClickHandler('btnCaseSummary', cs.caseSummary);
3028 11 Dec 14 olle 14     Buttons.addClickHandler('printButton', cs.goPrint);
3028 11 Dec 14 olle 15     Buttons.addClickHandler('close', App.closeWindow);
3028 11 Dec 14 olle 16     
3028 11 Dec 14 olle 17     var caseName = Data.get('page-data', 'case-name');
3028 11 Dec 14 olle 18     var isAdmin = Data.int('page-data', 'admin');
3028 11 Dec 14 olle 19     var isPatientCurator = Data.int('page-data', 'patient-curator');
3028 11 Dec 14 olle 20
3028 11 Dec 14 olle 21     var url = '../CaseSummary.servlet?ID='+App.getSessionId();
3028 11 Dec 14 olle 22     url += '&cmd=GetCaseInfo';
3028 11 Dec 14 olle 23     url += '&caseName='+encodeURIComponent(caseName);
3028 11 Dec 14 olle 24     Wizard.showLoadingAnimation('Loading information about case: ' + Strings.encodeTags(caseName));
3028 11 Dec 14 olle 25     Wizard.asyncJsonRequest(url, cs.caseInfoLoaded);
3028 11 Dec 14 olle 26   }
3028 11 Dec 14 olle 27   
3028 11 Dec 14 olle 28   cs.caseInfoLoaded = function(response)
3028 11 Dec 14 olle 29   {
3028 11 Dec 14 olle 30     Doc.show('all-info');
3028 11 Dec 14 olle 31     
3028 11 Dec 14 olle 32     var caseName = Data.get('page-data', 'case-name');
3028 11 Dec 14 olle 33     var caseInfo = response.caseInfo;
3028 11 Dec 14 olle 34     var site = response.site;
3028 11 Dec 14 olle 35     var patient = response.patient;
3028 11 Dec 14 olle 36     cs.initSections(response.sections);
4780 20 Apr 18 olle 37     var consentOk = true;
4151 04 Oct 16 olle 38     sampleItemPrefix = response.sampleItemPrefix;
4221 09 Nov 16 olle 39     sampleItemNumDigits = response.sampleItemNumDigits;
4830 04 Jun 18 olle 40     if (Doc.element('caseName') != null)
4830 04 Jun 18 olle 41     {
4830 04 Jun 18 olle 42       Doc.element('caseName').setAttribute('title', 'Please enter a case id ("' + sampleItemPrefix + '" + ' + sampleItemNumDigits + ' digits)');
4830 04 Jun 18 olle 43     }
4241 16 Nov 16 olle 44     var projInfo = response.projInfo;
3028 11 Dec 14 olle 45
4241 16 Nov 16 olle 46     if (projInfo)
4241 16 Nov 16 olle 47     {
4241 16 Nov 16 olle 48       cs.addColumn('project.name', cs.asLink('PROJECT', projInfo));
4241 16 Nov 16 olle 49       cs.addColumn('project.description', Strings.encodeTags(projInfo.description));
4241 16 Nov 16 olle 50     }
4241 16 Nov 16 olle 51     else
4241 16 Nov 16 olle 52     {
4241 16 Nov 16 olle 53       cs.addColumn('project.name', cs.asNoInfo('No project information has been registered'));
4241 16 Nov 16 olle 54       Doc.hide('project-details');
4241 16 Nov 16 olle 55     }
4241 16 Nov 16 olle 56
3028 11 Dec 14 olle 57     if (caseInfo)
3028 11 Dec 14 olle 58     {
3028 11 Dec 14 olle 59       // Use returned case name, as it may have been found from personal number
3028 11 Dec 14 olle 60       if (!patient || patient.allCases.indexOf(caseName) == -1)
3028 11 Dec 14 olle 61       {
3028 11 Dec 14 olle 62         caseName = caseInfo.name;
3028 11 Dec 14 olle 63         Data.set('page-data', 'case-name', caseName);
3028 11 Dec 14 olle 64         // Update header text to use the potentially changed case name
3028 11 Dec 14 olle 65         if (Doc.element('path-case-summary'))
3028 11 Dec 14 olle 66         {
3028 11 Dec 14 olle 67           Doc.element('path-case-summary').innerHTML = 'Case summary - ' + Strings.encodeTags(caseName);
3028 11 Dec 14 olle 68         }
3028 11 Dec 14 olle 69       }
3028 11 Dec 14 olle 70
4780 20 Apr 18 olle 71       consentOk = !caseInfo.consent || caseInfo.consent == 'Yes';
3028 11 Dec 14 olle 72       cs.addColumn('case.name', cs.asLink('SAMPLE', caseInfo));
3028 11 Dec 14 olle 73       cs.addColumn('case.registrationDate', cs.asDate(caseInfo.registrationDate));
3028 11 Dec 14 olle 74       cs.addColumn('case.tubeContentType', Strings.encodeTags(caseInfo.tubeContentType));
3028 11 Dec 14 olle 75       cs.addColumn('case.mutationAnalysis', Strings.encodeTags(caseInfo.mutationAnalysis));
3028 11 Dec 14 olle 76       cs.addColumn('case.site', site ? site.name : null);
4780 20 Apr 18 olle 77       cs.addColumn('case.consent', cs.asConsent(caseInfo.consent, cs.asDate(caseInfo.consentDate)));
3028 11 Dec 14 olle 78       cs.addColumn('case.projectFocus', Strings.encodeTags(caseInfo.projectFocus));
4732 04 Apr 18 olle 79       cs.addColumn('case.metastasisSite', Strings.encodeTags(caseInfo.metastasisSite));
3028 11 Dec 14 olle 80       cs.addColumn('case.nofTubes', caseInfo.nofTubes);
3028 11 Dec 14 olle 81       cs.addColumn('case.otherPathNote', Strings.encodeTags(caseInfo.otherPathNote));
3028 11 Dec 14 olle 82       cs.addColumn('case.description', Strings.encodeTags(caseInfo.description));
3028 11 Dec 14 olle 83     }
3028 11 Dec 14 olle 84     else
3028 11 Dec 14 olle 85     {
3028 11 Dec 14 olle 86       cs.addColumn('case.name', cs.asNoInfo('No case information has been registered'));
3028 11 Dec 14 olle 87       Doc.hide('case-details');
3028 11 Dec 14 olle 88     }
3028 11 Dec 14 olle 89
3028 11 Dec 14 olle 90     if (patient)
3028 11 Dec 14 olle 91     {
4780 20 Apr 18 olle 92       if (consentOk)
4780 20 Apr 18 olle 93       {
4780 20 Apr 18 olle 94         try
4780 20 Apr 18 olle 95         {
4780 20 Apr 18 olle 96           cs.addColumn('patient.name', cs.asLink('BIOSOURCE', patient));
4780 20 Apr 18 olle 97           cs.addColumn('patient.registrationDate', cs.asDate(patient.registrationDate));
4780 20 Apr 18 olle 98           cs.addColumn('patient.personalNumber', cs.warnIfMissing(Strings.encodeTags(patient.personalNumber)));
4780 20 Apr 18 olle 99           cs.addColumn('patient.allFirstNames', cs.warnIfMissing(Strings.encodeTags(patient.allFirstNames)));
4780 20 Apr 18 olle 100           cs.addColumn('patient.familyName', cs.warnIfMissing(Strings.encodeTags(patient.familyName)));
4780 20 Apr 18 olle 101           cs.addColumn('patient.gender', Strings.encodeTags(patient.gender));
4780 20 Apr 18 olle 102           cs.addColumn('patient.allCases', cs.asCaseList(patient.allCases, caseName));
4780 20 Apr 18 olle 103         }
4780 20 Apr 18 olle 104         catch (e)
4780 20 Apr 18 olle 105         {
4780 20 Apr 18 olle 106           cs.logError('patient-info', e);
4780 20 Apr 18 olle 107         }
4780 20 Apr 18 olle 108       }
4780 20 Apr 18 olle 109       else
4780 20 Apr 18 olle 110       {
4780 20 Apr 18 olle 111         Doc.hide('patient-info');
4780 20 Apr 18 olle 112       }
3028 11 Dec 14 olle 113     }
3028 11 Dec 14 olle 114     else
3028 11 Dec 14 olle 115     {
3028 11 Dec 14 olle 116       cs.addColumn('patient.name', cs.asNoInfo('No patient information has been registered'));
3028 11 Dec 14 olle 117       Doc.hide('patient-details');
3028 11 Dec 14 olle 118     }
3028 11 Dec 14 olle 119
3028 11 Dec 14 olle 120     var specimen = response.specimen;
3028 11 Dec 14 olle 121     var numSpecimen = 0;
3028 11 Dec 14 olle 122     if (specimen && specimen.length > 0)
3028 11 Dec 14 olle 123     {
3028 11 Dec 14 olle 124       var truncateAt = TRUNCATE_SIZE[Math.min(specimen.length-1, TRUNCATE_SIZE.length)];
3028 11 Dec 14 olle 125       for (var i = 0; i < specimen.length; i++)
3028 11 Dec 14 olle 126       {
3028 11 Dec 14 olle 127         var s = specimen[i];
3028 11 Dec 14 olle 128         cs.addColumn('specimen.name', cs.asLink('SAMPLE', s));
3028 11 Dec 14 olle 129         cs.addColumn('specimen.registrationDate', cs.asDate(s.registrationDate));
3028 11 Dec 14 olle 130         cs.addColumn('specimen.specimenType', Strings.encodeTags(s.specimenType));
4195 31 Oct 16 olle 131         cs.addColumn('specimen.specimenInputType', Strings.encodeTags(s.specimenInputType));
3028 11 Dec 14 olle 132         cs.addColumn('specimen.storageBox', cs.asBioPlateLocation(s.bioWell));
3028 11 Dec 14 olle 133         cs.addColumn('specimen.samplingDate', cs.warnIfMissing(cs.asDateTime(s.samplingDate)));
3067 08 Jan 15 olle 134         cs.addColumn('specimen.viableTumourCellsPercent', s.viableTumourCellsPercent);
3028 11 Dec 14 olle 135         cs.addColumn('specimen.plNumber', cs.warnIfMissing(Strings.encodeTags(s.plNumber)));
3028 11 Dec 14 olle 136         cs.addColumn('specimen.pad', cs.warnIfMissing(Strings.encodeTags(s.pad)));
3028 11 Dec 14 olle 137 /*
3028 11 Dec 14 olle 138         cs.addColumn('specimen.remainingQuantity', cs.asQuantity(s.remainingQuantity, ' mg', 1000));
3028 11 Dec 14 olle 139         cs.addColumn('specimen.originalQuantity', cs.asQuantity(s.originalQuantity, ' mg', 1000));
3028 11 Dec 14 olle 140 */
3028 11 Dec 14 olle 141         cs.addColumn('specimen.nofSections', s.nofSections);
3028 11 Dec 14 olle 142         cs.addColumn('specimen.operatorDeliveryComment', cs.truncate(s.operatorDeliveryComment, truncateAt));
3028 11 Dec 14 olle 143         cs.addColumn('specimen.description', cs.truncate(s.description, truncateAt));
3434 29 Jun 15 olle 144 /*
3207 23 Mar 15 olle 145         cs.addColumn('specimen.startPlate', cs.asLink('BIOPLATE', s.startPlate));
3434 29 Jun 15 olle 146 */
3434 29 Jun 15 olle 147         cs.addColumn('specimen.startList', cs.asLink('ITEMLIST', s.startList));
3028 11 Dec 14 olle 148         numSpecimen++;
3028 11 Dec 14 olle 149       }
3028 11 Dec 14 olle 150     }
3028 11 Dec 14 olle 151     if (numSpecimen == 0)
3028 11 Dec 14 olle 152     {
3028 11 Dec 14 olle 153       cs.addColumn('specimen.name', cs.asNoInfo('No specimen information has been registered'));
3028 11 Dec 14 olle 154       Doc.hide('specimen-details');
3028 11 Dec 14 olle 155     }
3028 11 Dec 14 olle 156
3028 11 Dec 14 olle 157     var rna = response.rna;
3028 11 Dec 14 olle 158     if (rna && rna.length > 0)
3028 11 Dec 14 olle 159     {
3028 11 Dec 14 olle 160       var truncateAt = TRUNCATE_SIZE[Math.min(rna.length-1, TRUNCATE_SIZE.length)];
3028 11 Dec 14 olle 161       for (var i = 0; i < rna.length; i++)
3028 11 Dec 14 olle 162       {
3028 11 Dec 14 olle 163         var r = rna[i];
3028 11 Dec 14 olle 164         cs.addColumn('rna.name', cs.asLink('EXTRACT', r));
3028 11 Dec 14 olle 165         cs.addColumn('rna.flag', r.flag ? cs.asFlagInfo(r.flag, 'flag.png') : null);
3028 11 Dec 14 olle 166         cs.addColumn('rna.registrationDate', cs.asDate(r.registrationDate));
3318 08 May 15 olle 167         cs.addColumn('rna.specimenType', Strings.encodeTags(r.specimenType));
3318 08 May 15 olle 168         cs.addColumn('rna.samplingDate', cs.warnIfMissing(cs.asDateTime(r.samplingDate)));
3318 08 May 15 olle 169         cs.addColumn('rna.viableTumourCellsPercent', r.viableTumourCellsPercent);
3028 11 Dec 14 olle 170         cs.addColumn('rna.storageBox', cs.asBioPlateLocation(r.bioWell));
3028 11 Dec 14 olle 171         cs.addColumn('rna.usedQuantity', cs.asQuantity(r.usedQuantity, ' µg'));
3028 11 Dec 14 olle 172         cs.addColumn('rna.extractionDate', cs.asDate(r.extractionDate)+cs.asLabEnvLink('http://givare2.onk.lu.se/', r.extractionDate, 'RNA extraction: ' + r.name, 'thermometer.png'));
3028 11 Dec 14 olle 173         cs.addColumn('rna.extractionProtocol', cs.asLink('PROTOCOL', r.extractionProtocol, truncateAt));
3028 11 Dec 14 olle 174         cs.addColumn('rna.remainingQuantity', cs.asQuantity(r.remainingQuantity, ' µg'));
3028 11 Dec 14 olle 175         cs.addColumn('rna.originalQuantity', cs.asQuantity(r.originalQuantity, ' µg'));
3028 11 Dec 14 olle 176 /*
3028 11 Dec 14 olle 177         cs.addColumn('rna.ndConc', cs.asQuantity(r.ndConc, ' ng/µl'));
3028 11 Dec 14 olle 178 */
3318 08 May 15 olle 179         cs.addColumn('rna.operatorDeliveryComment', cs.truncate(r.operatorDeliveryComment, truncateAt));
3028 11 Dec 14 olle 180         cs.addColumn('rna.description', cs.truncate(r.description, truncateAt));
3434 29 Jun 15 olle 181 /*
3237 10 Apr 15 olle 182         cs.addColumn('rna.startPlate', cs.asLink('BIOPLATE', r.startPlate));
3434 29 Jun 15 olle 183 */
3434 29 Jun 15 olle 184         cs.addColumn('rna.startList', cs.asLink('ITEMLIST', r.startList));
3028 11 Dec 14 olle 185 /*
3028 11 Dec 14 olle 186         
3028 11 Dec 14 olle 187         var hasQc = r.nofQc ? true : false;
3028 11 Dec 14 olle 188         cs.addColumn('rna.qc', hasQc ? (r.qcDate ? cs.asDate(r.qcDate) : cs.asNoInfo('Waiting for Caliper...')) : 'No');
3028 11 Dec 14 olle 189         cs.addColumn('rna.nofQc', hasQc ? r.nofQc : null);
3028 11 Dec 14 olle 190         cs.addColumn('rna.qcProtocol', hasQc ? cs.asLink('PROTOCOL', r.qcProtocol, truncateAt) : null);
3028 11 Dec 14 olle 191         cs.addColumn('rna.qcPlate', hasQc ? cs.asBioPlateLocation(r.qcPlate)+cs.asFileLink(r.qcPdf, 'pdffile.png') : null);
3028 11 Dec 14 olle 192         cs.addColumn('rna.qcRqs', hasQc && r.qcRqs ? Meludi.formatNumber(r.qcRqs, null, 1) : null);
3028 11 Dec 14 olle 193         cs.addColumn('rna.qcRin', hasQc && r.qcRin ? Meludi.formatNumber(r.qcRin, null, 1) : null);
3028 11 Dec 14 olle 194         cs.addColumn('rna.qcDescription', hasQc ? cs.truncate(r.qcDescription, truncateAt) : null);
3028 11 Dec 14 olle 195 */
3028 11 Dec 14 olle 196       }
3028 11 Dec 14 olle 197     }
3028 11 Dec 14 olle 198     else
3028 11 Dec 14 olle 199     {
3028 11 Dec 14 olle 200       cs.addColumn('rna.name', cs.asNoInfo('No RNA information has been registered'));
3028 11 Dec 14 olle 201       Doc.hide('rna-details');
3028 11 Dec 14 olle 202     }
3028 11 Dec 14 olle 203
3028 11 Dec 14 olle 204     var dna = response.dna;
3028 11 Dec 14 olle 205     if (dna && dna.length > 0)
3028 11 Dec 14 olle 206     {
3028 11 Dec 14 olle 207       var truncateAt = TRUNCATE_SIZE[Math.min(dna.length-1, TRUNCATE_SIZE.length)];
3028 11 Dec 14 olle 208       for (var i = 0; i < dna.length; i++)
3028 11 Dec 14 olle 209       {
3028 11 Dec 14 olle 210         var d = dna[i];
3028 11 Dec 14 olle 211         cs.addColumn('dna.name', cs.asLink('EXTRACT', d));
3028 11 Dec 14 olle 212         cs.addColumn('dna.registrationDate', cs.asDate(d.registrationDate));
3318 08 May 15 olle 213         cs.addColumn('dna.specimenType', Strings.encodeTags(d.specimenType));
3318 08 May 15 olle 214         cs.addColumn('dna.samplingDate', cs.warnIfMissing(cs.asDateTime(d.samplingDate)));
3318 08 May 15 olle 215         cs.addColumn('dna.viableTumourCellsPercent', d.viableTumourCellsPercent);
3028 11 Dec 14 olle 216         cs.addColumn('dna.storageBox', cs.asBioPlateLocation(d.bioWell));
3028 11 Dec 14 olle 217         cs.addColumn('dna.extractionDate', cs.asDate(d.extractionDate)+cs.asLabEnvLink('http://givare2.onk.lu.se/', d.extractionDate, 'DNA extraction: ' + d.name, 'thermometer.png'));
3028 11 Dec 14 olle 218         cs.addColumn('dna.extractionProtocol', cs.asLink('PROTOCOL', d.extractionProtocol, truncateAt));
3028 11 Dec 14 olle 219         cs.addColumn('dna.remainingQuantity', cs.asQuantity(d.remainingQuantity, ' µg'));
3028 11 Dec 14 olle 220         cs.addColumn('dna.originalQuantity', cs.asQuantity(d.originalQuantity, ' µg'));
3028 11 Dec 14 olle 221 /*
3028 11 Dec 14 olle 222         cs.addColumn('dna.ndConc', cs.asQuantity(d.ndConc, ' ng/µl'));
3028 11 Dec 14 olle 223 */
3318 08 May 15 olle 224         cs.addColumn('dna.operatorDeliveryComment', cs.truncate(d.operatorDeliveryComment, truncateAt));
3028 11 Dec 14 olle 225         cs.addColumn('dna.description', cs.truncate(d.description, truncateAt));
3434 29 Jun 15 olle 226 /*
3237 10 Apr 15 olle 227         cs.addColumn('dna.startPlate', cs.asLink('BIOPLATE', d.startPlate));
3434 29 Jun 15 olle 228 */
3434 29 Jun 15 olle 229         cs.addColumn('dna.startList', cs.asLink('ITEMLIST', d.startList));
3028 11 Dec 14 olle 230       }
3028 11 Dec 14 olle 231     }
3028 11 Dec 14 olle 232     else
3028 11 Dec 14 olle 233     {
3028 11 Dec 14 olle 234       cs.addColumn('dna.name', cs.asNoInfo('No DNA information has been registered'));
3028 11 Dec 14 olle 235       Doc.hide('dna-details');
3028 11 Dec 14 olle 236     }
3028 11 Dec 14 olle 237
3028 11 Dec 14 olle 238 /*
3028 11 Dec 14 olle 239     var mrna = response.mrna;
3028 11 Dec 14 olle 240     if (mrna && mrna.length > 0)
3028 11 Dec 14 olle 241     {
3028 11 Dec 14 olle 242       var truncateAt = TRUNCATE_SIZE[Math.min(mrna.length-1, TRUNCATE_SIZE.length)];
3028 11 Dec 14 olle 243       for (var i = 0; i < mrna.length; i++)
3028 11 Dec 14 olle 244       {
3028 11 Dec 14 olle 245         var r = mrna[i];
3028 11 Dec 14 olle 246         cs.addColumn('mrna.name', cs.asLink('EXTRACT', r));
3028 11 Dec 14 olle 247         cs.addColumn('mrna.registrationDate', cs.asDate(r.registrationDate));
3028 11 Dec 14 olle 248         cs.addColumn('mrna.storageBox', cs.asBioPlateLocation(r.bioWell)+cs.asFileLink(r.platePdf, 'pdffile.png'));
3028 11 Dec 14 olle 249         cs.addColumn('mrna.result', (r.result && r.result != 'Successful') ? cs.asFailInfo(r.result, 'error.png') : null);
3028 11 Dec 14 olle 250         cs.addColumn('mrna.cleanupDate', cs.asDate(r.cleanupDate)+cs.asLabEnvLink('http://givare2.onk.lu.se/', r.cleanupDate, 'mRNA cleanup: ' + r.name, 'thermometer.png'));
3028 11 Dec 14 olle 251         cs.addColumn('mrna.usedQuantity', cs.asQuantity(r.usedQuantity, ' µg'));
3028 11 Dec 14 olle 252         cs.addColumn('mrna.description', cs.truncate(r.description, truncateAt));
3028 11 Dec 14 olle 253       }
3028 11 Dec 14 olle 254     }
3028 11 Dec 14 olle 255     else
3028 11 Dec 14 olle 256     {
3028 11 Dec 14 olle 257       cs.addColumn('mrna.name', cs.asNoInfo('No mRNA information has been registered'));
3028 11 Dec 14 olle 258       Doc.hide('mrna-details');
3028 11 Dec 14 olle 259     }
3028 11 Dec 14 olle 260
3028 11 Dec 14 olle 261     var cdna = response.cdna;
3028 11 Dec 14 olle 262     if (cdna && cdna.length > 0)
3028 11 Dec 14 olle 263     {
3028 11 Dec 14 olle 264       var truncateAt = TRUNCATE_SIZE[Math.min(cdna.length-1, TRUNCATE_SIZE.length)];
3028 11 Dec 14 olle 265       for (var i = 0; i < cdna.length; i++)
3028 11 Dec 14 olle 266       {
3028 11 Dec 14 olle 267         var r = cdna[i];
3028 11 Dec 14 olle 268         cs.addColumn('cdna.name', cs.asLink('EXTRACT', r));
3028 11 Dec 14 olle 269         cs.addColumn('cdna.registrationDate', cs.asDate(r.registrationDate));
3028 11 Dec 14 olle 270         cs.addColumn('cdna.storageBox', cs.asBioPlateLocation(r.bioWell));
3028 11 Dec 14 olle 271         cs.addColumn('cdna.result', (r.result && r.result != 'Successful') ? cs.asFailInfo(r.result, 'error.png') : null);
3028 11 Dec 14 olle 272         cs.addColumn('cdna.synthesisDate', cs.asDate(r.synthesisDate)+cs.asLabEnvLink('http://givare2.onk.lu.se/', r.synthesisDate, 'cDNA synthesis: ' + r.name, 'thermometer.png'));
3028 11 Dec 14 olle 273         cs.addColumn('cdna.description', cs.truncate(r.description, truncateAt));
3028 11 Dec 14 olle 274       }
3028 11 Dec 14 olle 275     }
3028 11 Dec 14 olle 276     else
3028 11 Dec 14 olle 277     {
3028 11 Dec 14 olle 278       cs.addColumn('cdna.name', cs.asNoInfo('No cDNA information has been registered'));
3028 11 Dec 14 olle 279       Doc.hide('cdna-details');
3028 11 Dec 14 olle 280     }
3526 05 Oct 15 olle 281 */    
3028 11 Dec 14 olle 282     var lib = response.lib;
3028 11 Dec 14 olle 283     if (lib && lib.length > 0)
3028 11 Dec 14 olle 284     {
3028 11 Dec 14 olle 285       var truncateAt = TRUNCATE_SIZE[Math.min(lib.length-1, TRUNCATE_SIZE.length)];
3028 11 Dec 14 olle 286       for (var i = 0; i < lib.length; i++)
3028 11 Dec 14 olle 287       {
3526 05 Oct 15 olle 288         var d = lib[i];
3532 05 Oct 15 olle 289         var barcodeInfo = 'NA';
3532 05 Oct 15 olle 290         if (d.index1 != null && d.index2 != null)
3526 05 Oct 15 olle 291         {
3532 05 Oct 15 olle 292           barcodeInfo = cs.asLink('TAG', d.index2) + ',' + cs.asLink('TAG', d.index1);
3526 05 Oct 15 olle 293         }
3526 05 Oct 15 olle 294         cs.addColumn('lib.name', cs.asLink('EXTRACT', d));
3526 05 Oct 15 olle 295         cs.addColumn('lib.registrationDate', cs.asDate(d.registrationDate));
3526 05 Oct 15 olle 296         cs.addColumn('lib.storageBox', cs.asBioPlateLocation(d.bioWell));
3526 05 Oct 15 olle 297         cs.addColumn('lib.result', (d.result && d.result != 'Successful') ? cs.asFailInfo(d.result, 'error.png') : null);
3526 05 Oct 15 olle 298         cs.addColumn('lib.cleanupDate', cs.asDate(d.cleanupDate)+cs.asLabEnvLink('http://givare2.onk.lu.se/', d.cleanupDate, 'Library cleanup: ' + d.name, 'thermometer.png'));
3660 09 Dec 15 olle 299         cs.addColumn('lib.libPrepProtocol', cs.asLink('PROTOCOL', d.libPrepProtocol, truncateAt));
3660 09 Dec 15 olle 300         cs.addColumn('lib.libPrepKit', cs.asLink('KIT', d.libPrepKit, truncateAt));
3526 05 Oct 15 olle 301         cs.addColumn('lib.remainingQuantity', cs.asQuantity(d.remainingQuantity, ' ng', 0.001));
3526 05 Oct 15 olle 302         cs.addColumn('lib.originalQuantity', cs.asQuantity(d.originalQuantity, ' ng', 0.001));
3532 05 Oct 15 olle 303         cs.addColumn('lib.barcode.name', barcodeInfo);
3526 05 Oct 15 olle 304         cs.addColumn('lib.ca_size', cs.asQuantity(d.ca_size, ''));
3526 05 Oct 15 olle 305         cs.addColumn('lib.molarity', cs.asQuantity(d.library_molarity_est, ' nM'));
3526 05 Oct 15 olle 306         cs.addColumn('lib.adapterFrac', cs.asPercent(d.library_frac_adpt));
3526 05 Oct 15 olle 307         cs.addColumn('lib.qubitconc', cs.asQuantity(d.qubitconc, ' ng/µl'));
3526 05 Oct 15 olle 308         cs.addColumn('lib.description', cs.truncate(d.description, truncateAt));
3028 11 Dec 14 olle 309       }
3028 11 Dec 14 olle 310     }
3028 11 Dec 14 olle 311     else
3028 11 Dec 14 olle 312     {
3028 11 Dec 14 olle 313       cs.addColumn('lib.name', cs.asNoInfo('No library information has been registered'));
3028 11 Dec 14 olle 314       Doc.hide('lib-details');
3028 11 Dec 14 olle 315     }
3526 05 Oct 15 olle 316 /*
3028 11 Dec 14 olle 317     var pooledLib = response.pooledlib;
3028 11 Dec 14 olle 318     if (pooledLib && pooledLib.length > 0)
3028 11 Dec 14 olle 319     {
3028 11 Dec 14 olle 320       var truncateAt = TRUNCATE_SIZE[Math.min(pooledLib.length-1, TRUNCATE_SIZE.length)];
3028 11 Dec 14 olle 321       for (var i = 0; i < pooledLib.length; i++)
3028 11 Dec 14 olle 322       {
3028 11 Dec 14 olle 323         var r = pooledLib[i];
3028 11 Dec 14 olle 324         cs.addColumn('pooledlib.name', cs.asLink('EXTRACT', r));
3028 11 Dec 14 olle 325         cs.addColumn('pooledlib.registrationDate', cs.asDate(r.registrationDate));
3028 11 Dec 14 olle 326         cs.addColumn('pooledlib.poolDate', cs.asDate(r.poolDate)+cs.asLabEnvLink('http://givare2.onk.lu.se/', r.poolDate, 'Pooled library pooling: ' + r.name, 'thermometer.png'));
3028 11 Dec 14 olle 327         cs.addColumn('pooledlib.remainingQuantity', cs.asQuantity(r.remainingQuantity, ' ng', 0.001));
3028 11 Dec 14 olle 328         cs.addColumn('pooledlib.originalQuantity', cs.asQuantity(r.originalQuantity, ' ng', 0.001));
3028 11 Dec 14 olle 329         cs.addColumn('pooledlib.poolMolarity', cs.asQuantity(r.poolMolarity, ' nM'));
3028 11 Dec 14 olle 330         cs.addColumn('pooledlib.poolConc', cs.asQuantity(r.poolConc, ' ng/µl'));
3028 11 Dec 14 olle 331         cs.addColumn('pooledlib.description', cs.truncate(r.description, truncateAt));
3028 11 Dec 14 olle 332       }
3028 11 Dec 14 olle 333     }
3028 11 Dec 14 olle 334     else
3028 11 Dec 14 olle 335     {
3028 11 Dec 14 olle 336       cs.addColumn('pooledlib.name', cs.asNoInfo('No pooled library information has been registered'));
3028 11 Dec 14 olle 337       Doc.hide('pooledlib-details');
3028 11 Dec 14 olle 338     }
3028 11 Dec 14 olle 339
3028 11 Dec 14 olle 340     var sequencingRuns = response.sequencingRun;
3028 11 Dec 14 olle 341     if (sequencingRuns && sequencingRuns.length > 0)
3028 11 Dec 14 olle 342     {
3028 11 Dec 14 olle 343       var truncateAt = TRUNCATE_SIZE[Math.min(sequencingRuns.length-1, TRUNCATE_SIZE.length)];
3028 11 Dec 14 olle 344       for (var i = 0; i < sequencingRuns.length; i++)
3028 11 Dec 14 olle 345       {
3028 11 Dec 14 olle 346         var sr = sequencingRuns[i];
3028 11 Dec 14 olle 347         var fc = sr.flowCell;
3028 11 Dec 14 olle 348         cs.addColumn('sequencingRun.name', cs.asLink('DERIVEDBIOASSAY', sr));
3028 11 Dec 14 olle 349         cs.addColumn('sequencingRun.flowCell', cs.asLink('PHYSICALBIOASSAY', fc));
3028 11 Dec 14 olle 350         cs.addColumn('sequencingRun.result', (sr.result && sr.result != 'Successful') ? cs.asFailInfo(sr.result, 'error.png') : null);
3028 11 Dec 14 olle 351         cs.addColumn('sequencingRun.clusterDate', cs.asDate(fc.clusterDate));
3028 11 Dec 14 olle 352         cs.addColumn('sequencingRun.startDate', cs.asDate(sr.startDate));
3028 11 Dec 14 olle 353         cs.addColumn('sequencingRun.endDate', cs.asDate(sr.endDate));
3028 11 Dec 14 olle 354         cs.addColumn('sequencingRun.description', cs.truncate(sr.description, truncateAt));
3028 11 Dec 14 olle 355       }
3028 11 Dec 14 olle 356     }
3028 11 Dec 14 olle 357     else
3028 11 Dec 14 olle 358     {
3028 11 Dec 14 olle 359       cs.addColumn('sequencingRun.name', cs.asNoInfo('No sequencing information has been registered'));
3028 11 Dec 14 olle 360       Doc.hide('sequencingRun-details');
3028 11 Dec 14 olle 361     }
3028 11 Dec 14 olle 362 */
3028 11 Dec 14 olle 363
3028 11 Dec 14 olle 364     var linkedItems = document.getElementsByClassName('linked-item');
3028 11 Dec 14 olle 365     for (var itemNo = 0; itemNo < linkedItems.length; itemNo++)
3028 11 Dec 14 olle 366     {
3028 11 Dec 14 olle 367       Events.addEventHandler(linkedItems[itemNo], 'click', Items.itemOnClick);
3028 11 Dec 14 olle 368     }
3028 11 Dec 14 olle 369     
3028 11 Dec 14 olle 370     var linkedFiles = document.getElementsByClassName('linked-file');
3028 11 Dec 14 olle 371     for (var fileNo = 0; fileNo < linkedFiles.length; fileNo++)
3028 11 Dec 14 olle 372     {
3028 11 Dec 14 olle 373       Events.addEventHandler(linkedFiles[fileNo], 'click', Files.viewFileOnClick);
3028 11 Dec 14 olle 374     }
3191 18 Mar 15 olle 375
3191 18 Mar 15 olle 376 /*    
3028 11 Dec 14 olle 377     var linkedLabEnvs = document.getElementsByClassName('linked-labenv');
3028 11 Dec 14 olle 378     for (var labEnvNo = 0; labEnvNo < linkedLabEnvs.length; labEnvNo++)
3028 11 Dec 14 olle 379     {
3028 11 Dec 14 olle 380       Events.addEventHandler(linkedLabEnvs[labEnvNo], 'click', LabEnvs.viewDataOnClick);
3028 11 Dec 14 olle 381     }
3191 18 Mar 15 olle 382 */
3028 11 Dec 14 olle 383     
3028 11 Dec 14 olle 384     var linkedCases = document.getElementsByClassName('linked-case');
3028 11 Dec 14 olle 385     for (var caseNo = 0; caseNo < linkedCases.length; caseNo++)
3028 11 Dec 14 olle 386     {
3028 11 Dec 14 olle 387       Events.addEventHandler(linkedCases[caseNo], 'click', cs.caseSummary);
3028 11 Dec 14 olle 388     }
3028 11 Dec 14 olle 389   }
3028 11 Dec 14 olle 390   
3028 11 Dec 14 olle 391   cs.initSections = function(sections)
3028 11 Dec 14 olle 392   {
3028 11 Dec 14 olle 393     for (var s = 0; s < sections.length; s++)
3028 11 Dec 14 olle 394     {
3028 11 Dec 14 olle 395       var section = sections[s];
3028 11 Dec 14 olle 396
3028 11 Dec 14 olle 397       var details = Doc.element(section.id+'-details');
3028 11 Dec 14 olle 398       // If the details section is 'forcibly' hidden (eg. no items of that type), ignore this call
3028 11 Dec 14 olle 399       if (details && details.style.display != 'none')
3028 11 Dec 14 olle 400       {
3028 11 Dec 14 olle 401         var headerDiv = Doc.element(section.id+'-header');
3028 11 Dec 14 olle 402         if (headerDiv)
3028 11 Dec 14 olle 403         {
3028 11 Dec 14 olle 404           Doc.addClass(headerDiv, 'link');
3028 11 Dec 14 olle 405           headerDiv.title = 'Hide/show details';
3028 11 Dec 14 olle 406           headerDiv.sectionId = section.id;
3028 11 Dec 14 olle 407           Events.addEventHandler(headerDiv, 'click', cs.toggleDetails);
3028 11 Dec 14 olle 408         }
3028 11 Dec 14 olle 409         
3028 11 Dec 14 olle 410         var sectionDiv = Doc.element(section.id+'-info');
3028 11 Dec 14 olle 411         Doc.addOrRemoveClass(sectionDiv, 'hide-details', section.hiddenDetails);
3028 11 Dec 14 olle 412       }
3028 11 Dec 14 olle 413     }
3028 11 Dec 14 olle 414   }
3028 11 Dec 14 olle 415
3028 11 Dec 14 olle 416   cs.toggleDetails = function(event)
3028 11 Dec 14 olle 417   {
3028 11 Dec 14 olle 418     var sectionId = event.currentTarget.sectionId;
3028 11 Dec 14 olle 419     var details = Doc.element(sectionId+'-details');
3028 11 Dec 14 olle 420     // If the details section is 'forcibly' hidden (eg. no items of that type), ignore this call
3028 11 Dec 14 olle 421     if (details.style.display == 'none') return;
3028 11 Dec 14 olle 422     
3028 11 Dec 14 olle 423     // Add 'hide-details' class to main <div section-info> if it is visible
3028 11 Dec 14 olle 424     var section = Doc.element(sectionId+'-info');
3028 11 Dec 14 olle 425     var isVisible = section.className.indexOf('hide-details') == -1;
3028 11 Dec 14 olle 426     Doc.addOrRemoveClass(section, 'hide-details', isVisible);
3028 11 Dec 14 olle 427
3028 11 Dec 14 olle 428     // Save to BASE setting
3028 11 Dec 14 olle 429     var url = '../CaseSummary.servlet?ID='+App.getSessionId();
3028 11 Dec 14 olle 430     url += '&cmd=SetSectionVisibility';
3028 11 Dec 14 olle 431     url += '&section='+sectionId+'&hidden='+(isVisible ? 1 : 0);
3028 11 Dec 14 olle 432     Wizard.asyncJsonRequest(url, null, 'POST');
3028 11 Dec 14 olle 433   }
3028 11 Dec 14 olle 434
3028 11 Dec 14 olle 435   cs.addColumn = function(id, value)
3028 11 Dec 14 olle 436   {
3028 11 Dec 14 olle 437     var tr = Doc.element(id);
3028 11 Dec 14 olle 438     var td = document.createElement('td');
3028 11 Dec 14 olle 439     if (tr.hasAddedColumns)
3028 11 Dec 14 olle 440     {
3028 11 Dec 14 olle 441       td.className = 'extra-column';
3028 11 Dec 14 olle 442       tr.childNodes[tr.childNodes.length-1].className += ' fixed-column';
3028 11 Dec 14 olle 443     }
3028 11 Dec 14 olle 444     tr.hasAddedColumns = true;
3028 11 Dec 14 olle 445     if (value != null)
3028 11 Dec 14 olle 446     {
3028 11 Dec 14 olle 447       td.innerHTML = value == '' ? '&nbsp;' : value;
3028 11 Dec 14 olle 448       if (tr.className.indexOf('dynamic-column') >= 0)
3028 11 Dec 14 olle 449       {
3028 11 Dec 14 olle 450         tr.style.display = 'table-row';
3028 11 Dec 14 olle 451       }
3028 11 Dec 14 olle 452     }
3028 11 Dec 14 olle 453     else
3028 11 Dec 14 olle 454     {
3028 11 Dec 14 olle 455       td.innerHTML = '&nbsp;';
3028 11 Dec 14 olle 456     }
3028 11 Dec 14 olle 457     tr.appendChild(td);
3028 11 Dec 14 olle 458   }
3028 11 Dec 14 olle 459
3028 11 Dec 14 olle 460   cs.asLink = function(itemType, item, maxLength)
3028 11 Dec 14 olle 461   {
3028 11 Dec 14 olle 462     var link = '';
3028 11 Dec 14 olle 463     if (item)
3028 11 Dec 14 olle 464     {
3028 11 Dec 14 olle 465       var name = cs.truncate(item.name, maxLength);
3028 11 Dec 14 olle 466       if (item.id)
3028 11 Dec 14 olle 467       {
3028 11 Dec 14 olle 468         link = '<span class="link linked-item" data-item-type="'+itemType+'" data-item-id="'+item.id+'" data-no-edit="'+(item.editable ? 0 : 1)+'">';
3028 11 Dec 14 olle 469         link += name + '</span>';
3028 11 Dec 14 olle 470       }
3028 11 Dec 14 olle 471       else
3028 11 Dec 14 olle 472       {
3028 11 Dec 14 olle 473         link = name;
3028 11 Dec 14 olle 474       }
3028 11 Dec 14 olle 475     }
3028 11 Dec 14 olle 476     return link;
3028 11 Dec 14 olle 477   }
3028 11 Dec 14 olle 478   
3028 11 Dec 14 olle 479   cs.asFileLink = function(file, icon)
3028 11 Dec 14 olle 480   {
3028 11 Dec 14 olle 481     var link = '';
3028 11 Dec 14 olle 482     if (file)
3028 11 Dec 14 olle 483     {
3028 11 Dec 14 olle 484       link = '<span class="link linked-file" data-file-id="'+file.id+'"><img src="../images/'+icon+'"></span>';
3028 11 Dec 14 olle 485     }
3028 11 Dec 14 olle 486     return link;
3028 11 Dec 14 olle 487   }
3028 11 Dec 14 olle 488
3028 11 Dec 14 olle 489   cs.asLabEnvLink = function(sensor, date, title, icon)
3028 11 Dec 14 olle 490   {
3028 11 Dec 14 olle 491     var link = '';
3028 11 Dec 14 olle 492     // Check if BASE extension LabEnv is installed
3028 11 Dec 14 olle 493     var homeLabEnv = Data.get('page-data', 'home-labenv');
3028 11 Dec 14 olle 494     if (homeLabEnv)
3028 11 Dec 14 olle 495     {
3028 11 Dec 14 olle 496       if (date)
3028 11 Dec 14 olle 497       {
3028 11 Dec 14 olle 498         if (sensor)
3028 11 Dec 14 olle 499         {
3028 11 Dec 14 olle 500           // Link to pop-up window with lab environment data for the chosen sensor and date
3028 11 Dec 14 olle 501           link = '<span class="link linked-labenv" data-sensor="'+sensor+'" data-date="'+date+'" data-title="'+title+'"><img src="../images/'+icon+'"></span>';
3028 11 Dec 14 olle 502         }
3028 11 Dec 14 olle 503       }
3028 11 Dec 14 olle 504     }
3028 11 Dec 14 olle 505     return link;
3028 11 Dec 14 olle 506   }
3028 11 Dec 14 olle 507
3028 11 Dec 14 olle 508   cs.asCaseList = function(allCases, mainCase)
3028 11 Dec 14 olle 509   {
3028 11 Dec 14 olle 510     var html = '';
3028 11 Dec 14 olle 511     for (var i = 0; i < allCases.length; i++)
3028 11 Dec 14 olle 512     {
3028 11 Dec 14 olle 513       var cse = allCases[i];
3028 11 Dec 14 olle 514       var cse2 = Strings.encodeTags(cse);
3028 11 Dec 14 olle 515       if (html != '') html += ', ';
3028 11 Dec 14 olle 516       if (cse != mainCase)
3028 11 Dec 14 olle 517       {
3028 11 Dec 14 olle 518         html += '<span class="link linked-case" data-case-name="'+cse2+'" title="Show summary of case #'+cse2+'">'+cse2+'</span>';
3028 11 Dec 14 olle 519       }
3028 11 Dec 14 olle 520       else
3028 11 Dec 14 olle 521       {
3028 11 Dec 14 olle 522         html += '<b>' + cse2 + '</b>';
3028 11 Dec 14 olle 523       }
3028 11 Dec 14 olle 524     }
3028 11 Dec 14 olle 525     return allCases.length > 1 ? html : null;
3028 11 Dec 14 olle 526   }
3028 11 Dec 14 olle 527
3028 11 Dec 14 olle 528   
3028 11 Dec 14 olle 529   // Format value as a date
3028 11 Dec 14 olle 530   cs.asDate = function(value)
3028 11 Dec 14 olle 531   {
3028 11 Dec 14 olle 532     if (!value) return '';
3028 11 Dec 14 olle 533     if (value.length == 8)
3028 11 Dec 14 olle 534     {
3028 11 Dec 14 olle 535       value = value.substr(0, 4) + '-' + value.substr(4, 2) + '-' + value.substr(6, 2);
3028 11 Dec 14 olle 536     }
3028 11 Dec 14 olle 537     return value;
3028 11 Dec 14 olle 538   }
3028 11 Dec 14 olle 539
3028 11 Dec 14 olle 540   // Format as date+time value
3028 11 Dec 14 olle 541   cs.asDateTime = function(value, compareToDate)
3028 11 Dec 14 olle 542   {
3028 11 Dec 14 olle 543     if (!value) return '';
3028 11 Dec 14 olle 544     if (value.length == 8)
3028 11 Dec 14 olle 545     {
3028 11 Dec 14 olle 546       value = cs.asDate(value);
3028 11 Dec 14 olle 547     }
3028 11 Dec 14 olle 548     else if (value.length == 13)
3028 11 Dec 14 olle 549     {
3028 11 Dec 14 olle 550       // If the compareToDate is the same day as the 'value' date, skip the date and replace with white-space
3028 11 Dec 14 olle 551       if (compareToDate && value.substr(0, 8) == compareToDate.substr(0, 8))
3028 11 Dec 14 olle 552       {
3028 11 Dec 14 olle 553         value = '<span class="invisible">'+cs.asDate(value.substr(0, 8)) + '</span> ' + value.substr(9, 2) + ':'+value.substr(11, 2)
3028 11 Dec 14 olle 554       }
3028 11 Dec 14 olle 555       else
3028 11 Dec 14 olle 556       {
3028 11 Dec 14 olle 557         value = cs.asDate(value.substr(0, 8)) + ' ' + value.substr(9, 2) + ':'+value.substr(11, 2);
3028 11 Dec 14 olle 558       }
3028 11 Dec 14 olle 559     }
3028 11 Dec 14 olle 560     return value;
3028 11 Dec 14 olle 561   }
3028 11 Dec 14 olle 562
3028 11 Dec 14 olle 563   // Style the value as a quantity with (optional) unit
3028 11 Dec 14 olle 564   cs.asQuantity = function(value, unit, scale)
3028 11 Dec 14 olle 565   {
3028 11 Dec 14 olle 566     var result = '';
3028 11 Dec 14 olle 567     if (value != null)
3028 11 Dec 14 olle 568     {
3028 11 Dec 14 olle 569       if (scale) value = value / scale;
3028 11 Dec 14 olle 570       result = Meludi.formatNumber(value, unit, 2);
3028 11 Dec 14 olle 571     }
3028 11 Dec 14 olle 572     return result;
3028 11 Dec 14 olle 573   }
3028 11 Dec 14 olle 574   
3028 11 Dec 14 olle 575   // Style the value as a percentage value
3028 11 Dec 14 olle 576   cs.asPercent = function(value)
3028 11 Dec 14 olle 577   {
3028 11 Dec 14 olle 578     var result = '';
3028 11 Dec 14 olle 579     if (value != null)
3028 11 Dec 14 olle 580     {
3028 11 Dec 14 olle 581       result = value + '%';
3028 11 Dec 14 olle 582     }
3028 11 Dec 14 olle 583     return result;
3028 11 Dec 14 olle 584   }
3028 11 Dec 14 olle 585
3028 11 Dec 14 olle 586
3028 11 Dec 14 olle 587   // Style the message as a warning message
3028 11 Dec 14 olle 588   cs.asWarning = function(message)
3028 11 Dec 14 olle 589   {
3028 11 Dec 14 olle 590     message = '<span class="warning">' + message + '</span>';
3028 11 Dec 14 olle 591     return message;
3028 11 Dec 14 olle 592   }
3028 11 Dec 14 olle 593
3028 11 Dec 14 olle 594   // Generate a 'Missing' warning if the value is missing
3028 11 Dec 14 olle 595   cs.warnIfMissing = function(value)
3028 11 Dec 14 olle 596   {
3028 11 Dec 14 olle 597     var message = value ? value : cs.asWarning('Missing');
3028 11 Dec 14 olle 598     return message;
3028 11 Dec 14 olle 599   }
3028 11 Dec 14 olle 600   
3028 11 Dec 14 olle 601   // Style the message as a 'no information' message
3028 11 Dec 14 olle 602   cs.asNoInfo = function(message)
3028 11 Dec 14 olle 603   {
3028 11 Dec 14 olle 604     message = '<span class="no-info">' + message + '</span>';
3028 11 Dec 14 olle 605     return message;
3028 11 Dec 14 olle 606   }
3028 11 Dec 14 olle 607   
3028 11 Dec 14 olle 608   // Style the message as a 'flag information' message
3028 11 Dec 14 olle 609   cs.asFlagInfo = function(message, icon)
3028 11 Dec 14 olle 610   {
3028 11 Dec 14 olle 611     message = '<span class="flag-info">' + message + '&nbsp;' + '<img src="../images/'+icon+'"></span>';
3028 11 Dec 14 olle 612     return message;
3028 11 Dec 14 olle 613   }
3028 11 Dec 14 olle 614
3028 11 Dec 14 olle 615   // Style the message as a 'fail information' message
3028 11 Dec 14 olle 616   cs.asFailInfo = function(message, icon)
3028 11 Dec 14 olle 617   {
3028 11 Dec 14 olle 618     message = '<span class="fail-info">' + message + '&nbsp;' + '<img src="../images/'+icon+'"></span>';
3028 11 Dec 14 olle 619     return message;
3028 11 Dec 14 olle 620   }
3028 11 Dec 14 olle 621
4780 20 Apr 18 olle 622   cs.asConsent = function(consent, consentDate)
4780 20 Apr 18 olle 623   {
4780 20 Apr 18 olle 624     var warn = !consent || !consentDate;
4780 20 Apr 18 olle 625     var message;
4780 20 Apr 18 olle 626     if (!consent)
4780 20 Apr 18 olle 627     {
4780 20 Apr 18 olle 628       message = 'Missing' + (consentDate ? ', ' + consentDate : '');
4780 20 Apr 18 olle 629     }
4780 20 Apr 18 olle 630     else
4780 20 Apr 18 olle 631     {
4780 20 Apr 18 olle 632       message = consent + ', ' + (consentDate ? consentDate : 'Missing date');
4780 20 Apr 18 olle 633       
4780 20 Apr 18 olle 634     }
4780 20 Apr 18 olle 635     return warn ? cs.asWarning(message) : message;
4780 20 Apr 18 olle 636   }
4780 20 Apr 18 olle 637   
3028 11 Dec 14 olle 638   // A biowell as the location
3028 11 Dec 14 olle 639   cs.asBioPlateLocation = function(well)
3028 11 Dec 14 olle 640   {
3028 11 Dec 14 olle 641     if (!well) return '';
3028 11 Dec 14 olle 642     var plate = well.bioPlate;
3028 11 Dec 14 olle 643     var text = cs.asLink('BIOPLATE', plate)  + ' ' + well.location;
3028 11 Dec 14 olle 644     if (plate.storage)
3028 11 Dec 14 olle 645     {
3028 11 Dec 14 olle 646       var storage = plate.storage;
3028 11 Dec 14 olle 647       var tmp = [];
3028 11 Dec 14 olle 648       if (storage.name) tmp[tmp.length] = Strings.encodeTags(storage.name);
3028 11 Dec 14 olle 649       if (storage.section) tmp[tmp.length] = 'section: ' +storage.section;
3028 11 Dec 14 olle 650       if (storage.tray) tmp[tmp.length] = 'tray: ' +storage.tray;
3028 11 Dec 14 olle 651       if (storage.position) tmp[tmp.length] = 'position: ' +storage.position;
3028 11 Dec 14 olle 652
3028 11 Dec 14 olle 653       text = '<span class="more-info" title="' + tmp.join('; ')+'">' + text + ' </span>';
3028 11 Dec 14 olle 654     }
3028 11 Dec 14 olle 655     return text;
3028 11 Dec 14 olle 656   }
3028 11 Dec 14 olle 657
3028 11 Dec 14 olle 658   cs.truncate = function(value, maxLength)
3028 11 Dec 14 olle 659   {
3028 11 Dec 14 olle 660     if (!value) return value;
3028 11 Dec 14 olle 661     if (maxLength > 2 && value.length > maxLength) 
3028 11 Dec 14 olle 662     {
3028 11 Dec 14 olle 663       var tmp = '<span class="truncated" title="'+value+'">'+Strings.encodeTags(value.substring(0, maxLength-2)) + '...</span>';
3028 11 Dec 14 olle 664       value = tmp;
3028 11 Dec 14 olle 665     }
3028 11 Dec 14 olle 666     else
3028 11 Dec 14 olle 667     {
3028 11 Dec 14 olle 668       value = Strings.encodeTags(value);
3028 11 Dec 14 olle 669     }
3028 11 Dec 14 olle 670     return value;
3028 11 Dec 14 olle 671   }
3028 11 Dec 14 olle 672
3028 11 Dec 14 olle 673   cs.showConfidentialOnChange = function()
3028 11 Dec 14 olle 674   {
3028 11 Dec 14 olle 675     var frm = document.forms['meludi'];
3028 11 Dec 14 olle 676     Doc.addOrRemoveClass('all-info', 'hide-confidential', !frm.showConfidential.checked);
3028 11 Dec 14 olle 677   }
3028 11 Dec 14 olle 678
3028 11 Dec 14 olle 679   cs.caseSummary = function(event)
3028 11 Dec 14 olle 680   {
3028 11 Dec 14 olle 681     var frm = document.forms['meludi'];
3028 11 Dec 14 olle 682     var caseName = Data.get(event.currentTarget, 'case-name');
3028 11 Dec 14 olle 683     if (!caseName)
3028 11 Dec 14 olle 684     {
3028 11 Dec 14 olle 685       caseName = frm.caseName.value;
3028 11 Dec 14 olle 686       if (!caseName)
3028 11 Dec 14 olle 687       {
4221 09 Nov 16 olle 688         Forms.showNotification('caseName', 'Please enter a case id (&quot;' + sampleItemPrefix + '&quot; + ' + sampleItemNumDigits + ' digits)', null, null, 'left');
3028 11 Dec 14 olle 689         return;
3028 11 Dec 14 olle 690       }
3028 11 Dec 14 olle 691     }
3028 11 Dec 14 olle 692     var url = 'case_summary.jsp?ID='+App.getSessionId();
3028 11 Dec 14 olle 693     url += '&caseName='+encodeURIComponent(caseName);
3028 11 Dec 14 olle 694     url += '&pageType='+Data.get('page-data', 'page-type');
3028 11 Dec 14 olle 695     location.href = url;
3028 11 Dec 14 olle 696   }
3028 11 Dec 14 olle 697
3028 11 Dec 14 olle 698   cs.goPrint = function()
3028 11 Dec 14 olle 699   {
3028 11 Dec 14 olle 700     var caseName = Data.get('page-data', 'case-name');
3028 11 Dec 14 olle 701     var printNote = '<b>Note!</b> For better printing set page orientation to <i>portrait</i>.<br>';
3028 11 Dec 14 olle 702     printNote += ' You may have to <i>scale down</i> to fit everything on the width of the page.';
3028 11 Dec 14 olle 703     Meludi.openPrintWindow('all-content', 'Case summary - ' + Strings.encodeTags(caseName), 'portrait', printNote, '../', 'case_summary.css');
3028 11 Dec 14 olle 704   }
3028 11 Dec 14 olle 705
4780 20 Apr 18 olle 706   cs.logError = function(section, err)
4780 20 Apr 18 olle 707   {
4780 20 Apr 18 olle 708     console.error(err);
4780 20 Apr 18 olle 709     section = Doc.element(section);
4780 20 Apr 18 olle 710     var div = document.createElement('div');
4780 20 Apr 18 olle 711     div.className = 'messagecontainer error';
4780 20 Apr 18 olle 712     div.innerHTML = err;
4780 20 Apr 18 olle 713     section.parentNode.insertBefore(div, section.nextSibling);
4780 20 Apr 18 olle 714   }
4780 20 Apr 18 olle 715   
3028 11 Dec 14 olle 716   return cs;
3028 11 Dec 14 olle 717 }();
3028 11 Dec 14 olle 718
3028 11 Dec 14 olle 719 var LabEnvs = function()
3028 11 Dec 14 olle 720 {
3028 11 Dec 14 olle 721   var labenvs = {};
3028 11 Dec 14 olle 722
3028 11 Dec 14 olle 723   /**
3028 11 Dec 14 olle 724     Event handler that calls 'labenv.jar/reports/labenvironmentdatabaseeventpopup.jsp'
3028 11 Dec 14 olle 725     when clicking on the attached target. The sensor id should be stored
3028 11 Dec 14 olle 726     in attribute 'data-sensor', the date in 'data-date',
3028 11 Dec 14 olle 727     and the title in 'data-title'.
3028 11 Dec 14 olle 728   */
3028 11 Dec 14 olle 729   labenvs.viewDataOnClick = function(event)
3028 11 Dec 14 olle 730   {
3028 11 Dec 14 olle 731     var homeLabEnv = Data.get('page-data', 'home-labenv');
3028 11 Dec 14 olle 732     var title = Data.get(event.currentTarget, 'title');
3028 11 Dec 14 olle 733     var sensor = Data.get(event.currentTarget, 'sensor');
3028 11 Dec 14 olle 734     var date = Data.get(event.currentTarget, 'date');
3028 11 Dec 14 olle 735     var url = homeLabEnv;
3028 11 Dec 14 olle 736     url += '/reports/labenvironmentdatabaseeventpopup.jsp';
3028 11 Dec 14 olle 737     url += '?ID='+App.getSessionId();
3028 11 Dec 14 olle 738     url += '&pageTitle='+encodeURIComponent(title);
3028 11 Dec 14 olle 739     url += '&labSensorUrl='+encodeURIComponent(sensor);
3028 11 Dec 14 olle 740     url += '&originDate='+encodeURIComponent(date);
3028 11 Dec 14 olle 741     Dialogs.openPopup(url, title, 820, 768);
3028 11 Dec 14 olle 742   }
3028 11 Dec 14 olle 743   
3028 11 Dec 14 olle 744   return labenvs;
3028 11 Dec 14 olle 745 }();
3028 11 Dec 14 olle 746
3028 11 Dec 14 olle 747 Doc.onLoad(CaseSummary.initPage);

Generated on Tue Nov 21 03:26:20 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)