extensions/net.sf.basedb.meludi/trunk/resources/reports/case_summary.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2933 14 Nov 14 olle 1 <%@ page
2933 14 Nov 14 olle 2   pageEncoding="UTF-8"
2933 14 Nov 14 olle 3   session="false"
2933 14 Nov 14 olle 4   import="net.sf.basedb.core.Application"
2933 14 Nov 14 olle 5   import="net.sf.basedb.core.User"
2933 14 Nov 14 olle 6   import="net.sf.basedb.core.Role"
2933 14 Nov 14 olle 7   import="net.sf.basedb.core.Group"
2933 14 Nov 14 olle 8   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
2933 14 Nov 14 olle 9   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
2933 14 Nov 14 olle 10   import="net.sf.basedb.core.SystemItems"
2933 14 Nov 14 olle 11   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
2933 14 Nov 14 olle 12   import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
2933 14 Nov 14 olle 13   import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
2933 14 Nov 14 olle 14   import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
2933 14 Nov 14 olle 15   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
2933 14 Nov 14 olle 16   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
2933 14 Nov 14 olle 17   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
2933 14 Nov 14 olle 18   import="net.sf.basedb.util.Values"
2933 14 Nov 14 olle 19   import="java.util.List"
2933 14 Nov 14 olle 20 %>
2933 14 Nov 14 olle 21 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
2933 14 Nov 14 olle 22 <%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
2933 14 Nov 14 olle 23 <%
2933 14 Nov 14 olle 24 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(request, true);
2933 14 Nov 14 olle 25 final String ID = sc.getId();
2933 14 Nov 14 olle 26 final float scale = Base.getScale(sc);
2933 14 Nov 14 olle 27 final String home = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.meludi");
2933 14 Nov 14 olle 28 final String homeLabEnv = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.labenv.service");
2933 14 Nov 14 olle 29 DbControl dc = null;
2933 14 Nov 14 olle 30 try
2933 14 Nov 14 olle 31 {
2933 14 Nov 14 olle 32   dc = sc.newDbControl();
2933 14 Nov 14 olle 33   final User user = User.getById(dc, sc.getLoggedInUserId());
2933 14 Nov 14 olle 34   
2933 14 Nov 14 olle 35   boolean isAdmin = user.getId() == SystemItems.getId(User.ROOT);
2933 14 Nov 14 olle 36   boolean isPatientCurator = false;
2933 14 Nov 14 olle 37   if (!isAdmin)
2933 14 Nov 14 olle 38   {
2933 14 Nov 14 olle 39     try
2933 14 Nov 14 olle 40     {
2933 14 Nov 14 olle 41       Role admin = Role.getById(dc, SystemItems.getId(Role.ADMINISTRATOR));
2933 14 Nov 14 olle 42       isAdmin = sc.isMemberOf(admin);
2933 14 Nov 14 olle 43     }
2933 14 Nov 14 olle 44     catch (RuntimeException ex)
2933 14 Nov 14 olle 45     {}
2933 14 Nov 14 olle 46   }
2933 14 Nov 14 olle 47   try
2933 14 Nov 14 olle 48   {
2933 14 Nov 14 olle 49     ItemQuery<Group> query = Group.getQuery();
2933 14 Nov 14 olle 50     query.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("name"), Expressions.string("PatientCurator")));
2933 14 Nov 14 olle 51     List<Group> result = query.list(dc);
2933 14 Nov 14 olle 52     if (result.size() == 1)
2933 14 Nov 14 olle 53     {
2933 14 Nov 14 olle 54       isPatientCurator = sc.isMemberOf(result.get(0));
2933 14 Nov 14 olle 55     }
2933 14 Nov 14 olle 56   }
2933 14 Nov 14 olle 57   catch (RuntimeException ex)
2933 14 Nov 14 olle 58   {}
2933 14 Nov 14 olle 59   
2933 14 Nov 14 olle 60   final String caseName = request.getParameter("caseName");
2933 14 Nov 14 olle 61   final String pageType = Values.getString(request.getParameter("pageType"), "default");
2933 14 Nov 14 olle 62   
2933 14 Nov 14 olle 63   boolean iframe = "iframe".equals(pageType);
2933 14 Nov 14 olle 64   boolean popup = "popup".equals(pageType);
2933 14 Nov 14 olle 65   boolean fullPage = !iframe && !popup;
2933 14 Nov 14 olle 66 %>
2933 14 Nov 14 olle 67 <base:page type="<%=pageType %>" >
2933 14 Nov 14 olle 68 <base:head 
3028 11 Dec 14 olle 69   scripts="~case_summary.js,~../meludi-2.js" 
2933 14 Nov 14 olle 70   styles="path.css,~../css/meludi-2.css,~../css/case_summary.css" 
2933 14 Nov 14 olle 71 />
2933 14 Nov 14 olle 72 <base:body data-read-only="1">
2933 14 Nov 14 olle 73   <div id="page-data" class="datacontainer"
2933 14 Nov 14 olle 74     data-case-name="<%=HTML.encodeTags(caseName)%>"
2933 14 Nov 14 olle 75     data-admin="<%=isAdmin ? 1 : 0%>"
2933 14 Nov 14 olle 76     data-patient-curator="<%=isPatientCurator ? 1 : 0%>"
2933 14 Nov 14 olle 77     data-page-type="<%=pageType%>"
2933 14 Nov 14 olle 78     data-home-labenv="<%=HTML.encodeTags(homeLabEnv)%>"
2933 14 Nov 14 olle 79   ></div>
2933 14 Nov 14 olle 80   <div id="all-content">
2933 14 Nov 14 olle 81   <%
2933 14 Nov 14 olle 82   if (fullPage)
2933 14 Nov 14 olle 83   {
2933 14 Nov 14 olle 84     %>
2933 14 Nov 14 olle 85     <p:path><p:pathelement id="path-meludi" clazz="pathelement noprint"
2933 14 Nov 14 olle 86       title="" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>"
2933 14 Nov 14 olle 87       /><p:pathelement id="path-case-summary" title="<%="Case summary - " + HTML.encodeTags(caseName)%>" 
2933 14 Nov 14 olle 88       /></p:path>
2933 14 Nov 14 olle 89     <%
2933 14 Nov 14 olle 90   }
2933 14 Nov 14 olle 91   else if (popup)
2933 14 Nov 14 olle 92   {
2933 14 Nov 14 olle 93     %>
2933 14 Nov 14 olle 94     <h1 id="path-case-summary">Case summary - <%= HTML.encodeTags(caseName)%></h1>
2933 14 Nov 14 olle 95     <%
2933 14 Nov 14 olle 96   }
2933 14 Nov 14 olle 97   %>
2933 14 Nov 14 olle 98   <div class="content">
2933 14 Nov 14 olle 99   <form name="meludi" id="wizard" class="wizard">
2933 14 Nov 14 olle 100   <%
2933 14 Nov 14 olle 101   if (fullPage || popup)
2933 14 Nov 14 olle 102   {
2933 14 Nov 14 olle 103     %>
2933 14 Nov 14 olle 104     <div class="filled noprint" id="toolbar">
2933 14 Nov 14 olle 105       <table>
2933 14 Nov 14 olle 106       <tr>
2933 14 Nov 14 olle 107         <th style="padding: 0.5em 0.75em 0.5em 0.75em;">Find another case</th>
2933 14 Nov 14 olle 108         <td><input type="text" class="text auto-init" data-auto-init="focus" style="width: 25em;"
3041 15 Dec 14 olle 109           name="caseName" id="caseName" title="Please enter a case id (&quot;ML&quot; + 5 digits)"></td>
2933 14 Nov 14 olle 110         <td style="padding-left: 0.5em; padding-right: 0.5em; border-right: 1px dotted #A0A0A0; "><base:icon id="btnCaseSummary" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" /></td>
2933 14 Nov 14 olle 111         <%
2933 14 Nov 14 olle 112         if (isAdmin || isPatientCurator)
2933 14 Nov 14 olle 113         {
2933 14 Nov 14 olle 114           %>
2933 14 Nov 14 olle 115           <th style="padding-left: 0.5em; padding-right: 0.5em; border-right: 1px dotted #A0A0A0;">
2933 14 Nov 14 olle 116             <label for="showConfidential">Show confidential information</label>
2933 14 Nov 14 olle 117             <input type="checkbox" id="showConfidential" name="showConfidential">
2933 14 Nov 14 olle 118           </th>
2933 14 Nov 14 olle 119           <%
2933 14 Nov 14 olle 120         }
2933 14 Nov 14 olle 121         %>
2933 14 Nov 14 olle 122         <th style="padding-left: 0.5em; padding-right: 0.5em; border-right: 1px dotted #A0A0A0;">
2933 14 Nov 14 olle 123           <span id="printButton" class="link"><img src="../images/print.png" style="padding-right: 0.5em;">Print version&hellip;</span>
2933 14 Nov 14 olle 124         </th>
2933 14 Nov 14 olle 125         <th style="width: 90%;"></th>
2933 14 Nov 14 olle 126       </tr>
2933 14 Nov 14 olle 127       </table>
2933 14 Nov 14 olle 128     </div>
2933 14 Nov 14 olle 129     <%
2933 14 Nov 14 olle 130   }
2933 14 Nov 14 olle 131   %>
2933 14 Nov 14 olle 132   <div class="hide-confidential" id="all-info" style="display: none;">
2933 14 Nov 14 olle 133     <div id="left-column">
2933 14 Nov 14 olle 134       <div>
2933 14 Nov 14 olle 135         <%
2933 14 Nov 14 olle 136         if (sc.getActiveProjectId() == 0)
2933 14 Nov 14 olle 137         {
2933 14 Nov 14 olle 138           %>
2933 14 Nov 14 olle 139           <div class="messagecontainer note" style="margin-bottom: 20px; font-weight: bold; color: #cc0000;">
2933 14 Nov 14 olle 140             No project has been selected. You may not be able to see all registered information.
2933 14 Nov 14 olle 141           </div>
2933 14 Nov 14 olle 142           <%
2933 14 Nov 14 olle 143         }
2933 14 Nov 14 olle 144         %>
4241 16 Nov 16 olle 145         <div class="info-section" id="project-info">
4241 16 Nov 16 olle 146           <div>
4241 16 Nov 16 olle 147           <table class="info-table">
4241 16 Nov 16 olle 148           <thead>
4241 16 Nov 16 olle 149             <tr id="project.name">
4241 16 Nov 16 olle 150               <th id="project-header">Project</th>
4241 16 Nov 16 olle 151             </tr>
4241 16 Nov 16 olle 152           </thead>
4241 16 Nov 16 olle 153           <tbody id="project-details" class="info-details">
4241 16 Nov 16 olle 154             <tr id="project.description" class="comment dynamic-column">
4241 16 Nov 16 olle 155               <th>Description</th>
4241 16 Nov 16 olle 156             </tr>
4241 16 Nov 16 olle 157           </tbody>
4241 16 Nov 16 olle 158           </table>
4241 16 Nov 16 olle 159           </div>
4241 16 Nov 16 olle 160         </div>
4241 16 Nov 16 olle 161
2933 14 Nov 14 olle 162         <div class="info-section" id="case-info">
2933 14 Nov 14 olle 163           <div>
2933 14 Nov 14 olle 164           <table class="info-table">
2933 14 Nov 14 olle 165           <thead>
2933 14 Nov 14 olle 166             <tr id="case.name">
2933 14 Nov 14 olle 167               <th id="case-header">Case</th>
2933 14 Nov 14 olle 168             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 169           </thead>
2933 14 Nov 14 olle 170           <tbody id="case-details" class="info-details">
2933 14 Nov 14 olle 171             <tr id="case.registrationDate">
2933 14 Nov 14 olle 172               <th>Registration date</th>
2933 14 Nov 14 olle 173             </tr>
3028 11 Dec 14 olle 174             <tr id="case.tubeContentType">
3028 11 Dec 14 olle 175               <th>Tube content type</th>
3028 11 Dec 14 olle 176             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 177             <tr id="case.mutationAnalysis">
2933 14 Nov 14 olle 178               <th>Mutation analysis</th>
2933 14 Nov 14 olle 179             </tr>
4842 08 Jun 18 olle 180             <tr id="case.consent">
4842 08 Jun 18 olle 181               <th>Consent</th>
4842 08 Jun 18 olle 182             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 183             <tr id="case.site">
4727 04 Apr 18 olle 184               <th>Hospital site</th>
2933 14 Nov 14 olle 185             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 186             <tr id="case.projectFocus">
2933 14 Nov 14 olle 187               <th>Project focus</th>
2933 14 Nov 14 olle 188             </tr>
4732 04 Apr 18 olle 189             <tr id="case.metastasisSite">
4732 04 Apr 18 olle 190               <th>Metastasis site</th>
4732 04 Apr 18 olle 191             </tr>
3028 11 Dec 14 olle 192             <tr id="case.nofTubes">
3028 11 Dec 14 olle 193               <th>No. tubes</th>
2933 14 Nov 14 olle 194             </tr>
3028 11 Dec 14 olle 195             <tr id="case.otherPathNote" class="comment dynamic-column">
3028 11 Dec 14 olle 196               <th>Other path note</th>
2933 14 Nov 14 olle 197             </tr>
3028 11 Dec 14 olle 198             <tr id="case.description" class="comment dynamic-column">
3028 11 Dec 14 olle 199               <th>Description</th>
2933 14 Nov 14 olle 200             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 201           </tbody>
2933 14 Nov 14 olle 202           </table>
2933 14 Nov 14 olle 203           </div>
2933 14 Nov 14 olle 204         </div>
2933 14 Nov 14 olle 205
2933 14 Nov 14 olle 206         <div class="info-section" id="patient-info">
2933 14 Nov 14 olle 207           <div>
2933 14 Nov 14 olle 208           <table class="info-table">
2933 14 Nov 14 olle 209           <thead>
2933 14 Nov 14 olle 210             <tr id="patient.name">
2933 14 Nov 14 olle 211               <th id="patient-header">Patient</th>
2933 14 Nov 14 olle 212             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 213           </thead>
2933 14 Nov 14 olle 214           <tbody id="patient-details" class="info-details">
2933 14 Nov 14 olle 215             <tr id="patient.registrationDate">
2933 14 Nov 14 olle 216               <th>Registration date</th>
2933 14 Nov 14 olle 217             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 218             <tr id="patient.personalNumber" class="confidential">
2933 14 Nov 14 olle 219               <th>Personal number</th>
2933 14 Nov 14 olle 220             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 221             <tr id="patient.allFirstNames" class="confidential">
2933 14 Nov 14 olle 222               <th>All first names</th>
2933 14 Nov 14 olle 223             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 224             <tr id="patient.familyName" class="confidential">
2933 14 Nov 14 olle 225               <th>Family name</th>
2933 14 Nov 14 olle 226             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 227             <tr id="patient.gender">
2933 14 Nov 14 olle 228               <th>Gender</th>
2933 14 Nov 14 olle 229             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 230             <tr id="patient.allCases" class="dynamic-column">
2933 14 Nov 14 olle 231               <th>All cases</th>
2933 14 Nov 14 olle 232             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 233           </tbody>
2933 14 Nov 14 olle 234           </table>
2933 14 Nov 14 olle 235           </div>
2933 14 Nov 14 olle 236         </div>
2933 14 Nov 14 olle 237         
2933 14 Nov 14 olle 238         <div class="info-section" id="specimen-info">
2933 14 Nov 14 olle 239           <div>
2933 14 Nov 14 olle 240           <table class="info-table">
2933 14 Nov 14 olle 241           <thead>
2933 14 Nov 14 olle 242             <tr id="specimen.name">
2933 14 Nov 14 olle 243               <th id="specimen-header">Specimen</th>
2933 14 Nov 14 olle 244             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 245           </thead>
2933 14 Nov 14 olle 246           <tbody id="specimen-details" class="info-details">
2933 14 Nov 14 olle 247             <tr id="specimen.registrationDate">
2933 14 Nov 14 olle 248               <th>Registration date</th>
2933 14 Nov 14 olle 249             </tr>
3028 11 Dec 14 olle 250             <tr id="specimen.specimenType">
3028 11 Dec 14 olle 251               <th>Specimen type</th>
2933 14 Nov 14 olle 252             </tr>
4195 31 Oct 16 olle 253             <tr id="specimen.specimenInputType">
4195 31 Oct 16 olle 254               <th>Specimen input type</th>
4195 31 Oct 16 olle 255             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 256             <tr id="specimen.storageBox">
2933 14 Nov 14 olle 257               <th>Storage box</th>
2933 14 Nov 14 olle 258             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 259             <tr id="specimen.samplingDate">
2933 14 Nov 14 olle 260               <th>Sampling date</th>
2933 14 Nov 14 olle 261             </tr>
3067 08 Jan 15 olle 262             <tr id="specimen.viableTumourCellsPercent">
3120 06 Feb 15 olle 263               <th>&#37; Viab. tumour cells</th>
3067 08 Jan 15 olle 264             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 265             <tr id="specimen.plNumber" class="confidential">
2933 14 Nov 14 olle 266               <th>PL-number</th>
2933 14 Nov 14 olle 267             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 268             <tr id="specimen.pad" class="confidential">
2933 14 Nov 14 olle 269               <th>PAD/CL</th>
2933 14 Nov 14 olle 270             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 271 <!--
2933 14 Nov 14 olle 272             <tr id="specimen.remainingQuantity">
2933 14 Nov 14 olle 273               <th>Remaining quantity</th>
2933 14 Nov 14 olle 274             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 275             <tr id="specimen.originalQuantity">
2933 14 Nov 14 olle 276               <th>Original quantity</th>
2933 14 Nov 14 olle 277             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 278 -->
3028 11 Dec 14 olle 279             <tr id="specimen.nofSections">
3028 11 Dec 14 olle 280               <th>No. sections</th>
2933 14 Nov 14 olle 281             </tr>
3028 11 Dec 14 olle 282             <tr id="specimen.operatorDeliveryComment" class="comment dynamic-column">
3120 06 Feb 15 olle 283               <th>Op. delivery comm.</th>
2933 14 Nov 14 olle 284             </tr>
3028 11 Dec 14 olle 285             <tr id="specimen.description" class="comment dynamic-column">
3028 11 Dec 14 olle 286               <th>Description</th>
2933 14 Nov 14 olle 287             </tr>
3434 29 Jun 15 olle 288 <!--
3207 23 Mar 15 olle 289             <tr id="specimen.startPlate">
3207 23 Mar 15 olle 290               <th>Start plate</th>
3207 23 Mar 15 olle 291             </tr>
3434 29 Jun 15 olle 292 -->
3434 29 Jun 15 olle 293             <tr id="specimen.startList">
3434 29 Jun 15 olle 294               <th>Start list</th>
3434 29 Jun 15 olle 295             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 296           </tbody>
2933 14 Nov 14 olle 297           </table>
2933 14 Nov 14 olle 298           </div>
2933 14 Nov 14 olle 299         </div>
2933 14 Nov 14 olle 300
2933 14 Nov 14 olle 301       </div>
2933 14 Nov 14 olle 302     </div>
2933 14 Nov 14 olle 303     <div id="right-column">
2933 14 Nov 14 olle 304       <div>
2933 14 Nov 14 olle 305         <div class="info-section" id="rna-info">
2933 14 Nov 14 olle 306           <div>
2933 14 Nov 14 olle 307           <table class="info-table dynamic-columns">
2933 14 Nov 14 olle 308           <thead>
2933 14 Nov 14 olle 309             <tr id="rna.name">
2933 14 Nov 14 olle 310               <th id="rna-header">RNA</th>
2933 14 Nov 14 olle 311             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 312           </thead>
2933 14 Nov 14 olle 313           <tbody id="rna-details" class="info-details">
2933 14 Nov 14 olle 314             <tr id="rna.flag" class="dynamic-column">
2933 14 Nov 14 olle 315               <th>Flag</th>
2933 14 Nov 14 olle 316             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 317             <tr id="rna.registrationDate">
2933 14 Nov 14 olle 318               <th>Registration date</th>
2933 14 Nov 14 olle 319             </tr>
3318 08 May 15 olle 320             <tr id="rna.specimenType">
3318 08 May 15 olle 321               <th>Specimen type</th>
3318 08 May 15 olle 322             </tr>
3318 08 May 15 olle 323             <tr id="rna.samplingDate">
3318 08 May 15 olle 324               <th>Sampling date</th>
3318 08 May 15 olle 325             </tr>
3318 08 May 15 olle 326             <tr id="rna.viableTumourCellsPercent">
3318 08 May 15 olle 327               <th>&#37; Viab. tumour cells</th>
3318 08 May 15 olle 328             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 329             <tr id="rna.storageBox">
2933 14 Nov 14 olle 330               <th>Storage box</th>
2933 14 Nov 14 olle 331             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 332             <tr id="rna.extractionDate">
2933 14 Nov 14 olle 333               <th>Extraction date</th>
2933 14 Nov 14 olle 334             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 335             <tr id="rna.usedQuantity">
2933 14 Nov 14 olle 336               <th>Used quantity</th>
2933 14 Nov 14 olle 337             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 338             <tr id="rna.extractionProtocol">
2933 14 Nov 14 olle 339               <th>Protocol</th>
2933 14 Nov 14 olle 340             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 341             <tr id="rna.remainingQuantity">
2933 14 Nov 14 olle 342               <th>Remaining quantity</th>
2933 14 Nov 14 olle 343             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 344             <tr id="rna.originalQuantity">
2933 14 Nov 14 olle 345               <th>Original quantity</th>
2933 14 Nov 14 olle 346             </tr>
3028 11 Dec 14 olle 347 <!--
2933 14 Nov 14 olle 348             <tr id="rna.ndConc">
2933 14 Nov 14 olle 349               <th>ND Conc.</th>
2933 14 Nov 14 olle 350             </tr>
3028 11 Dec 14 olle 351 -->
3318 08 May 15 olle 352             <tr id="rna.operatorDeliveryComment" class="comment dynamic-column">
3318 08 May 15 olle 353               <th>Op. delivery comm.</th>
3318 08 May 15 olle 354             </tr>
3028 11 Dec 14 olle 355             <tr id="rna.description" class="comment dynamic-column">
3028 11 Dec 14 olle 356               <th>Description</th>
2933 14 Nov 14 olle 357             </tr>
3434 29 Jun 15 olle 358 <!--
3237 10 Apr 15 olle 359             <tr id="rna.startPlate">
3237 10 Apr 15 olle 360               <th>Start plate</th>
3237 10 Apr 15 olle 361             </tr>
3434 29 Jun 15 olle 362 -->
3434 29 Jun 15 olle 363             <tr id="rna.startList">
3434 29 Jun 15 olle 364               <th>Start list</th>
3434 29 Jun 15 olle 365             </tr>
3028 11 Dec 14 olle 366 <!--
2933 14 Nov 14 olle 367             <tr id="rna.qc" class="subtitle">
2933 14 Nov 14 olle 368               <th>QC (last)</th>
2933 14 Nov 14 olle 369             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 370             <tr id="rna.nofQc" class="dynamic-column">
2933 14 Nov 14 olle 371               <th>No. QC</th>
2933 14 Nov 14 olle 372             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 373             <tr id="rna.qcProtocol" class="dynamic-column">
2933 14 Nov 14 olle 374               <th>Protocol</th>
2933 14 Nov 14 olle 375             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 376             <tr id="rna.qcPlate" class="dynamic-column">
2933 14 Nov 14 olle 377               <th>Plate</th>
2933 14 Nov 14 olle 378             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 379             <tr id="rna.qcRqs" class="dynamic-column">
2933 14 Nov 14 olle 380               <th>RQS</th>
2933 14 Nov 14 olle 381             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 382             <tr id="rna.qcRin" class="dynamic-column">
2933 14 Nov 14 olle 383               <th>RIN</th>
2933 14 Nov 14 olle 384             </tr>
3028 11 Dec 14 olle 385             <tr id="rna.qcDescription" class="comment dynamic-column">
3028 11 Dec 14 olle 386               <th>Description</th>
2933 14 Nov 14 olle 387             </tr>
3028 11 Dec 14 olle 388 -->
2933 14 Nov 14 olle 389           </tbody>
2933 14 Nov 14 olle 390           </table>
2933 14 Nov 14 olle 391           </div>
2933 14 Nov 14 olle 392         </div>
2933 14 Nov 14 olle 393
2933 14 Nov 14 olle 394         <div class="info-section" id="dna-info">
2933 14 Nov 14 olle 395           <div>
2933 14 Nov 14 olle 396           <table class="info-table dynamic-columns">
2933 14 Nov 14 olle 397           <thead>
2933 14 Nov 14 olle 398             <tr id="dna.name">
2933 14 Nov 14 olle 399               <th id="dna-header">DNA</th>
2933 14 Nov 14 olle 400             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 401           </thead>
2933 14 Nov 14 olle 402           <tbody id="dna-details" class="info-details">
2933 14 Nov 14 olle 403             <tr id="dna.registrationDate">
2933 14 Nov 14 olle 404               <th>Registration date</th>
2933 14 Nov 14 olle 405             </tr>
3318 08 May 15 olle 406             <tr id="dna.specimenType">
3318 08 May 15 olle 407               <th>Specimen type</th>
3318 08 May 15 olle 408             </tr>
3318 08 May 15 olle 409             <tr id="dna.samplingDate">
3318 08 May 15 olle 410               <th>Sampling date</th>
3318 08 May 15 olle 411             </tr>
3318 08 May 15 olle 412             <tr id="dna.viableTumourCellsPercent">
3318 08 May 15 olle 413               <th>&#37; Viab. tumour cells</th>
3318 08 May 15 olle 414             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 415             <tr id="dna.storageBox">
2933 14 Nov 14 olle 416               <th>Storage box</th>
2933 14 Nov 14 olle 417             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 418             <tr id="dna.extractionDate">
2933 14 Nov 14 olle 419               <th>Extraction date</th>
2933 14 Nov 14 olle 420             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 421             <tr id="dna.extractionProtocol">
2933 14 Nov 14 olle 422               <th>Protocol</th>
2933 14 Nov 14 olle 423             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 424             <tr id="dna.remainingQuantity">
2933 14 Nov 14 olle 425               <th>Remaining quantity</th>
2933 14 Nov 14 olle 426             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 427             <tr id="dna.originalQuantity">
2933 14 Nov 14 olle 428               <th>Original quantity</th>
2933 14 Nov 14 olle 429             </tr>
3028 11 Dec 14 olle 430 <!--
2933 14 Nov 14 olle 431             <tr id="dna.ndConc">
2933 14 Nov 14 olle 432               <th>ND Conc.</th>
2933 14 Nov 14 olle 433             </tr>
3028 11 Dec 14 olle 434 -->
3318 08 May 15 olle 435             <tr id="dna.operatorDeliveryComment" class="comment dynamic-column">
3318 08 May 15 olle 436               <th>Op. delivery comm.</th>
3318 08 May 15 olle 437             </tr>
3028 11 Dec 14 olle 438             <tr id="dna.description" class="comment dynamic-column">
3028 11 Dec 14 olle 439               <th>Description</th>
2933 14 Nov 14 olle 440             </tr>
3434 29 Jun 15 olle 441 <!--
3237 10 Apr 15 olle 442             <tr id="dna.startPlate">
3237 10 Apr 15 olle 443               <th>Start plate</th>
3237 10 Apr 15 olle 444             </tr>
3434 29 Jun 15 olle 445 -->
3434 29 Jun 15 olle 446             <tr id="dna.startList">
3434 29 Jun 15 olle 447               <th>Start list</th>
3434 29 Jun 15 olle 448             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 449           </tbody>
2933 14 Nov 14 olle 450           </table>
2933 14 Nov 14 olle 451           </div>
2933 14 Nov 14 olle 452         </div>
2933 14 Nov 14 olle 453
3028 11 Dec 14 olle 454 <!--        
2933 14 Nov 14 olle 455         <div class="info-section" id="mrna-info">
2933 14 Nov 14 olle 456           <div>
2933 14 Nov 14 olle 457           <table class="info-table dynamic-columns">
2933 14 Nov 14 olle 458           <thead>
2933 14 Nov 14 olle 459             <tr id="mrna.name">
2933 14 Nov 14 olle 460               <th id="mrna-header">mRNA</th>
2933 14 Nov 14 olle 461             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 462           </thead>
2933 14 Nov 14 olle 463           <tbody id="mrna-details" class="info-details">
2933 14 Nov 14 olle 464             <tr id="mrna.registrationDate">
2933 14 Nov 14 olle 465               <th>Registration date</th>
2933 14 Nov 14 olle 466             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 467             <tr id="mrna.storageBox">
2933 14 Nov 14 olle 468               <th>Work plate</th>
2933 14 Nov 14 olle 469             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 470             <tr id="mrna.result" class="dynamic-column">
2933 14 Nov 14 olle 471               <th>Plate result</th>
2933 14 Nov 14 olle 472             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 473             <tr id="mrna.cleanupDate">
2933 14 Nov 14 olle 474               <th>Cleanup date</th>
2933 14 Nov 14 olle 475             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 476             <tr id="mrna.usedQuantity">
2933 14 Nov 14 olle 477               <th>Used quantity</th>
2933 14 Nov 14 olle 478             </tr>
3028 11 Dec 14 olle 479             <tr id="mrna.description" class="comment dynamic-column">
3028 11 Dec 14 olle 480               <th>Description</th>
2933 14 Nov 14 olle 481             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 482           </tbody>
2933 14 Nov 14 olle 483           </table>
2933 14 Nov 14 olle 484           </div>
2933 14 Nov 14 olle 485         </div>
2933 14 Nov 14 olle 486         
2933 14 Nov 14 olle 487         <div class="info-section" id="cdna-info">
2933 14 Nov 14 olle 488           <div>
2933 14 Nov 14 olle 489           <table class="info-table dynamic-columns">
2933 14 Nov 14 olle 490           <thead>
2933 14 Nov 14 olle 491             <tr id="cdna.name">
2933 14 Nov 14 olle 492               <th id="cdna-header">cDNA</th>
2933 14 Nov 14 olle 493             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 494           </thead>
2933 14 Nov 14 olle 495           <tbody id="cdna-details" class="info-details">
2933 14 Nov 14 olle 496             <tr id="cdna.registrationDate">
2933 14 Nov 14 olle 497               <th>Registration date</th>
2933 14 Nov 14 olle 498             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 499             <tr id="cdna.storageBox">
2933 14 Nov 14 olle 500               <th>Work plate</th>
2933 14 Nov 14 olle 501             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 502             <tr id="cdna.result" class="dynamic-column">
2933 14 Nov 14 olle 503               <th>Plate result</th>
2933 14 Nov 14 olle 504             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 505             <tr id="cdna.synthesisDate">
2933 14 Nov 14 olle 506               <th>Synthesis date</th>
2933 14 Nov 14 olle 507             </tr>
3028 11 Dec 14 olle 508             <tr id="cdna.description" class="comment dynamic-column">
3028 11 Dec 14 olle 509               <th>Description</th>
2933 14 Nov 14 olle 510             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 511           </tbody>
2933 14 Nov 14 olle 512           </table>
2933 14 Nov 14 olle 513           </div>
2933 14 Nov 14 olle 514         </div>
3526 05 Oct 15 olle 515 -->  
2933 14 Nov 14 olle 516         <div class="info-section" id="lib-info">
2933 14 Nov 14 olle 517           <div>
2933 14 Nov 14 olle 518           <table class="info-table dynamic-columns">
2933 14 Nov 14 olle 519           <thead>
2933 14 Nov 14 olle 520             <tr id="lib.name">
2933 14 Nov 14 olle 521               <th id="lib-header">Library</th>
2933 14 Nov 14 olle 522             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 523           </thead>
2933 14 Nov 14 olle 524           <tbody id="lib-details" class="info-details">
2933 14 Nov 14 olle 525             <tr id="lib.registrationDate">
2933 14 Nov 14 olle 526               <th>Registration date</th>
2933 14 Nov 14 olle 527             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 528             <tr id="lib.storageBox">
2933 14 Nov 14 olle 529               <th>Library plate</th>
2933 14 Nov 14 olle 530             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 531             <tr id="lib.result" class="dynamic-column">
2933 14 Nov 14 olle 532               <th>Plate result</th>
2933 14 Nov 14 olle 533             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 534             <tr id="lib.cleanupDate">
2933 14 Nov 14 olle 535               <th>Cleanup date</th>
2933 14 Nov 14 olle 536             </tr>
3660 09 Dec 15 olle 537             <tr id="lib.libPrepProtocol">
3660 09 Dec 15 olle 538               <th>Protocol</th>
3660 09 Dec 15 olle 539             </tr>
3660 09 Dec 15 olle 540             <tr id="lib.libPrepKit">
3660 09 Dec 15 olle 541               <th>Kit</th>
3660 09 Dec 15 olle 542             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 543             <tr id="lib.remainingQuantity">
2933 14 Nov 14 olle 544               <th>Remaining quantity</th>
2933 14 Nov 14 olle 545             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 546             <tr id="lib.originalQuantity">
2933 14 Nov 14 olle 547               <th>Original quantity</th>
2933 14 Nov 14 olle 548             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 549             <tr id="lib.barcode.name">
2933 14 Nov 14 olle 550               <th>Tag</th>
2933 14 Nov 14 olle 551             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 552             <tr id="lib.ca_size">
2933 14 Nov 14 olle 553               <th>CA_Size</th>
2933 14 Nov 14 olle 554             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 555             <tr id="lib.molarity">
2933 14 Nov 14 olle 556               <th>Molarity</th>
2933 14 Nov 14 olle 557             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 558             <tr id="lib.adapterFrac">
2933 14 Nov 14 olle 559               <th>Adapter fraction</th>
2933 14 Nov 14 olle 560             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 561             <tr id="lib.qubitconc">
2933 14 Nov 14 olle 562               <th>QubitConc</th>
2933 14 Nov 14 olle 563             </tr>
3028 11 Dec 14 olle 564             <tr id="lib.description" class="comment dynamic-column">
3028 11 Dec 14 olle 565               <th>Description</th>
2933 14 Nov 14 olle 566             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 567           </tbody>
2933 14 Nov 14 olle 568           </table>
2933 14 Nov 14 olle 569           </div>
2933 14 Nov 14 olle 570         </div>
3526 05 Oct 15 olle 571 <!--        
2933 14 Nov 14 olle 572         <div class="info-section" id="pooledlib-info">
2933 14 Nov 14 olle 573           <div>
2933 14 Nov 14 olle 574           <table class="info-table dynamic-columns">
2933 14 Nov 14 olle 575           <thead>
2933 14 Nov 14 olle 576             <tr id="pooledlib.name">
2933 14 Nov 14 olle 577               <th id="pooledlib-header">Pooled Library</th>
2933 14 Nov 14 olle 578             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 579           </thead>
2933 14 Nov 14 olle 580           <tbody id="pooledlib-details" class="info-details">
2933 14 Nov 14 olle 581             <tr id="pooledlib.registrationDate">
2933 14 Nov 14 olle 582               <th>Registration date</th>
2933 14 Nov 14 olle 583             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 584             <tr id="pooledlib.poolDate">
2933 14 Nov 14 olle 585               <th>Pool date</th>
2933 14 Nov 14 olle 586             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 587             <tr id="pooledlib.remainingQuantity">
2933 14 Nov 14 olle 588               <th>Remaining quantity</th>
2933 14 Nov 14 olle 589             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 590             <tr id="pooledlib.originalQuantity">
2933 14 Nov 14 olle 591               <th>Original quantity</th>
2933 14 Nov 14 olle 592             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 593             <tr id="pooledlib.poolMolarity">
2933 14 Nov 14 olle 594               <th>PoolMolarity</th>
2933 14 Nov 14 olle 595             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 596             <tr id="pooledlib.poolConc">
2933 14 Nov 14 olle 597               <th>PoolConc</th>
2933 14 Nov 14 olle 598             </tr>
3028 11 Dec 14 olle 599             <tr id="pooledlib.description" class="comment dynamic-column">
3028 11 Dec 14 olle 600               <th>Description</th>
2933 14 Nov 14 olle 601             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 602           </tbody>
2933 14 Nov 14 olle 603           </table>
2933 14 Nov 14 olle 604           </div>
2933 14 Nov 14 olle 605         </div>
2933 14 Nov 14 olle 606   
2933 14 Nov 14 olle 607         <div class="info-section" id="sequencingRun-info">
2933 14 Nov 14 olle 608           <div>
2933 14 Nov 14 olle 609           <table class="info-table dynamic-columns">
2933 14 Nov 14 olle 610           <thead>
2933 14 Nov 14 olle 611             <tr id="sequencingRun.name">
2933 14 Nov 14 olle 612               <th id="sequencingRun-header">Sequencing runs</th>
2933 14 Nov 14 olle 613             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 614           </thead>
2933 14 Nov 14 olle 615           <tbody id="sequencingRun-details" class="info-details">
2933 14 Nov 14 olle 616             <tr id="sequencingRun.flowCell">
2933 14 Nov 14 olle 617               <th>Flow cell</th>
2933 14 Nov 14 olle 618             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 619             <tr id="sequencingRun.clusterDate">
2933 14 Nov 14 olle 620               <th>Cluster date</th>
2933 14 Nov 14 olle 621             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 622             <tr id="sequencingRun.startDate">
2933 14 Nov 14 olle 623               <th>Start date</th>
2933 14 Nov 14 olle 624             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 625             <tr id="sequencingRun.endDate">
2933 14 Nov 14 olle 626               <th>End date</th>
2933 14 Nov 14 olle 627             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 628             <tr id="sequencingRun.result" class="dynamic-column">
2933 14 Nov 14 olle 629               <th>Sequencing result</th>
2933 14 Nov 14 olle 630             </tr>
3028 11 Dec 14 olle 631             <tr id="sequencingRun.description" class="comment dynamic-column">
3028 11 Dec 14 olle 632               <th>Description</th>
2933 14 Nov 14 olle 633             </tr>
2933 14 Nov 14 olle 634           </tbody>
2933 14 Nov 14 olle 635           </table>
2933 14 Nov 14 olle 636           </div>
2933 14 Nov 14 olle 637         </div>
3028 11 Dec 14 olle 638 -->
2933 14 Nov 14 olle 639         
2933 14 Nov 14 olle 640       </div>
2933 14 Nov 14 olle 641     </div>
2933 14 Nov 14 olle 642   </div>
2933 14 Nov 14 olle 643
2933 14 Nov 14 olle 644   <div id="wizard-status"></div>
2933 14 Nov 14 olle 645   
2933 14 Nov 14 olle 646   </form>
2933 14 Nov 14 olle 647   </div>
2933 14 Nov 14 olle 648   <%
2933 14 Nov 14 olle 649   if (popup)
2933 14 Nov 14 olle 650   {
2933 14 Nov 14 olle 651     %>
2933 14 Nov 14 olle 652     <base:buttongroup subclass="dialogbuttons topborder" id="dialogbuttons">
2933 14 Nov 14 olle 653       <base:button id="close" title="Close" />
2933 14 Nov 14 olle 654     </base:buttongroup>
2933 14 Nov 14 olle 655     <%
2933 14 Nov 14 olle 656   }
2933 14 Nov 14 olle 657   %>
2933 14 Nov 14 olle 658 </base:body>
2933 14 Nov 14 olle 659 </base:page>
2933 14 Nov 14 olle 660 <%
2933 14 Nov 14 olle 661 }
2933 14 Nov 14 olle 662 finally
2933 14 Nov 14 olle 663 {
2933 14 Nov 14 olle 664   if (dc != null) dc.close();
2933 14 Nov 14 olle 665 }
2933 14 Nov 14 olle 666 %>

Generated on Tue Nov 21 03:26:21 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)