extensions/net.sf.basedb.meludi/trunk/resources/sampleproc/extraction_preparation.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3176 06 Mar 15 olle 1 <%@ page
3176 06 Mar 15 olle 2   pageEncoding="UTF-8"
3176 06 Mar 15 olle 3   session="false"
3176 06 Mar 15 olle 4   import="net.sf.basedb.core.User"
3176 06 Mar 15 olle 5   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
3176 06 Mar 15 olle 6   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
3176 06 Mar 15 olle 7   import="net.sf.basedb.core.Application"
3176 06 Mar 15 olle 8   import="net.sf.basedb.util.formatter.DateFormatter"
3176 06 Mar 15 olle 9   import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
3176 06 Mar 15 olle 10   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"  
3176 06 Mar 15 olle 11   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"  
3176 06 Mar 15 olle 12   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
3176 06 Mar 15 olle 13   import="java.util.Date"
3176 06 Mar 15 olle 14 %>
3176 06 Mar 15 olle 15 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
3176 06 Mar 15 olle 16 <%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
3176 06 Mar 15 olle 17 <%
3176 06 Mar 15 olle 18 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(request, true);
3176 06 Mar 15 olle 19 final String ID = sc.getId();
3176 06 Mar 15 olle 20 final float scale = Base.getScale(sc);
3176 06 Mar 15 olle 21 final String home = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.meludi");
3176 06 Mar 15 olle 22 DbControl dc = null;
3176 06 Mar 15 olle 23 try
3176 06 Mar 15 olle 24 {
3176 06 Mar 15 olle 25   dc = sc.newDbControl();
3176 06 Mar 15 olle 26   final User user = User.getById(dc, sc.getLoggedInUserId());
3176 06 Mar 15 olle 27   final Formatter dateFormat = new DateFormatter("yyyyMMdd");
3176 06 Mar 15 olle 28 %>
3176 06 Mar 15 olle 29 <base:page type="default" >
3176 06 Mar 15 olle 30 <base:head 
3352 26 May 15 olle 31   scripts="~../meludi-2.js,~extraction_preparation.js,~extraction_utils.js" 
3176 06 Mar 15 olle 32   styles="path.css,~../css/meludi-2.css"
3176 06 Mar 15 olle 33   >
3176 06 Mar 15 olle 34 <style>
3176 06 Mar 15 olle 35 tr.highlight
3176 06 Mar 15 olle 36 {
3176 06 Mar 15 olle 37   border-top-width: 1px;
3176 06 Mar 15 olle 38   border-top-style: dotted;
3176 06 Mar 15 olle 39 }
3176 06 Mar 15 olle 40
3176 06 Mar 15 olle 41 #detailsTable
3176 06 Mar 15 olle 42 {
3176 06 Mar 15 olle 43   width: 100%; 
3176 06 Mar 15 olle 44   border-collapse: collapse;
3176 06 Mar 15 olle 45   border-bottom-width: 1px;
3176 06 Mar 15 olle 46   border-top-width: 1px;
3176 06 Mar 15 olle 47 }
3176 06 Mar 15 olle 48
3176 06 Mar 15 olle 49 #detailsTable td, #detailsTable th
3176 06 Mar 15 olle 50 {
3176 06 Mar 15 olle 51   text-align: center;
3176 06 Mar 15 olle 52   min-width: 5%;
3176 06 Mar 15 olle 53   padding-top: 1px;
3176 06 Mar 15 olle 54   padding-bottom: 1px;
3176 06 Mar 15 olle 55 }
3176 06 Mar 15 olle 56
3176 06 Mar 15 olle 57 #detailsTable .comment
3176 06 Mar 15 olle 58 {
3176 06 Mar 15 olle 59   min-width: 10%;
3176 06 Mar 15 olle 60 }
3176 06 Mar 15 olle 61
3176 06 Mar 15 olle 62 #detailsTable .italic
3176 06 Mar 15 olle 63 {
3176 06 Mar 15 olle 64   font-style: italic;
3176 06 Mar 15 olle 65 }
3176 06 Mar 15 olle 66
3176 06 Mar 15 olle 67 .nondefault
3176 06 Mar 15 olle 68 {
3176 06 Mar 15 olle 69   background: #FFF066;
3176 06 Mar 15 olle 70 }
3176 06 Mar 15 olle 71 .nondefault:after
3176 06 Mar 15 olle 72 {
3176 06 Mar 15 olle 73   content: '›';
3176 06 Mar 15 olle 74 }
3176 06 Mar 15 olle 75 .nondefault:before
3176 06 Mar 15 olle 76 {
3176 06 Mar 15 olle 77   content: '‹';
3176 06 Mar 15 olle 78 }
3176 06 Mar 15 olle 79 span.status
3176 06 Mar 15 olle 80 {
3176 06 Mar 15 olle 81   width: 20px;
3176 06 Mar 15 olle 82   float: right;
3176 06 Mar 15 olle 83 }
3176 06 Mar 15 olle 84 </style>
3176 06 Mar 15 olle 85 </base:head>
3176 06 Mar 15 olle 86 <base:body>
3176 06 Mar 15 olle 87
3176 06 Mar 15 olle 88   <p:path><p:pathelement 
3176 06 Mar 15 olle 89     title="MeLuDi" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
3501 21 Sep 15 olle 90     /><p:pathelement title="Lab tracking protocol for FFPE extraction" 
3176 06 Mar 15 olle 91     /></p:path>
3176 06 Mar 15 olle 92
3176 06 Mar 15 olle 93   <div class="content">
3176 06 Mar 15 olle 94
3176 06 Mar 15 olle 95   <form name="meludi" action="extraction_protocol2.jsp" method="post" target="_blank" id="wizard" class="wizard">
3176 06 Mar 15 olle 96     <input type="hidden" name="ID" value="<%=ID%>">
3176 06 Mar 15 olle 97     <input type="hidden" name="hiddenSubmitInfo" value="">
3176 06 Mar 15 olle 98     <input type="hidden" name="hiddenNumItems" value="">
3176 06 Mar 15 olle 99     <input type="hidden" name="hiddenCounterBalanceInfoRow" value="">
3176 06 Mar 15 olle 100
3176 06 Mar 15 olle 101   <div class="step auto-hide" id="step-1">
3176 06 Mar 15 olle 102     <div class="step-no">1</div>
3176 06 Mar 15 olle 103     <div class="step-title">Select unprocessed extract source items</div>
3176 06 Mar 15 olle 104     <div class="step-content">
3176 06 Mar 15 olle 105   
3176 06 Mar 15 olle 106       <table class="step-form">
3176 06 Mar 15 olle 107       <tr class="align-top">
3180 17 Mar 15 olle 108         <td class="prompt">Specimens/RNA/DNA</td>
3176 06 Mar 15 olle 109         <td class="input">
3176 06 Mar 15 olle 110           <select name="extractSourceItems" id="extractSourceItems" multiple size="30"></select>
3176 06 Mar 15 olle 111         </td>
3176 06 Mar 15 olle 112         <td class="status" id="extractSourceItems.status"></td>
3176 06 Mar 15 olle 113         <td class="help">
3176 06 Mar 15 olle 114           <span id="extractSourceItems.message" class="message" ></span>
3176 06 Mar 15 olle 115           Select 1-24 items. If the number is <= 12, locations will be reserved
3176 06 Mar 15 olle 116           in a single QIAcube, otherwise two. If 1 or 11 items are reserved for a QIAcube,
3176 06 Mar 15 olle 117           a counterbalance blank vial filled with water must be added, to ensure balance.
3176 06 Mar 15 olle 118           The list contains unprocessed specimen and unquantified RNA/DNA items.
3176 06 Mar 15 olle 119         </td>
3176 06 Mar 15 olle 120       </tr>
3176 06 Mar 15 olle 121       </table>
3176 06 Mar 15 olle 122     </div>
3176 06 Mar 15 olle 123   </div>
3176 06 Mar 15 olle 124   
3683 07 Jan 16 olle 125   <!-- 2. Deparaffinization + QIAcube information -->
3176 06 Mar 15 olle 126   <div class="step auto-hide" id="step-2">
3176 06 Mar 15 olle 127     <div class="step-no">2</div>
3683 07 Jan 16 olle 128     <div class="step-title">Common information for Deparaffinization and QIAcube step</div>
3176 06 Mar 15 olle 129     <div class="step-content">
3176 06 Mar 15 olle 130     
3501 21 Sep 15 olle 131       <div id="commonInfoSection">
3501 21 Sep 15 olle 132
3176 06 Mar 15 olle 133       <table class="step-form">
3176 06 Mar 15 olle 134       <tbody class="section-header">
3176 06 Mar 15 olle 135         <tr>
3683 07 Jan 16 olle 136           <td colspan="4">Deparaffinization</td>
3176 06 Mar 15 olle 137         </tr>
3176 06 Mar 15 olle 138       </tbody>
3176 06 Mar 15 olle 139       <tr>
3432 29 Jun 15 olle 140         <td class="prompt">Start list name</td>
3176 06 Mar 15 olle 141         <td class="input">
3432 29 Jun 15 olle 142           <input type="text" name="startListName" id="startListName" 
3501 21 Sep 15 olle 143             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="isolationDate"
3501 21 Sep 15 olle 144             maxlength="255">
3180 17 Mar 15 olle 145         </td>
3432 29 Jun 15 olle 146         <td class="status" id="startListName.status"></td>
3180 17 Mar 15 olle 147         <td class="help">
3432 29 Jun 15 olle 148           <span id="startListName.message" class="message">Start list used for this batch of extract source items.</span>
3432 29 Jun 15 olle 149           Start list for this batch of extract source items
3180 17 Mar 15 olle 150         </td>
3180 17 Mar 15 olle 151       </tr>
3180 17 Mar 15 olle 152       <tr>
3180 17 Mar 15 olle 153         <td class="prompt">Isolation date</td>
3180 17 Mar 15 olle 154         <td class="input">
3180 17 Mar 15 olle 155           <input type="text" name="isolationDate" id="isolationDate"
3176 06 Mar 15 olle 156             value="<%=dateFormat.format(new Date()) %>" 
3501 21 Sep 15 olle 157             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="extractionOperator"
3176 06 Mar 15 olle 158             style="width: 8em;" maxlength="10">
3176 06 Mar 15 olle 159             <base:icon 
3180 17 Mar 15 olle 160               id="isolationDateCalendar"
3176 06 Mar 15 olle 161               subclass="auto-init"
3176 06 Mar 15 olle 162               data-auto-init="calendar"
3180 17 Mar 15 olle 163               data-textarea-id="isolationDate"
3176 06 Mar 15 olle 164               data-date-format="yyyyMMdd"
3180 17 Mar 15 olle 165               data-title="Isolation date"
3176 06 Mar 15 olle 166               image="calendar.png" 
3176 06 Mar 15 olle 167               tooltip="Select a date from a calendar" 
3176 06 Mar 15 olle 168               tabindex="-1"
3176 06 Mar 15 olle 169             />
3176 06 Mar 15 olle 170         </td>
3180 17 Mar 15 olle 171         <td class="status" id="isolationDate.status"></td>
3176 06 Mar 15 olle 172         <td class="help">
3180 17 Mar 15 olle 173           <span id="isolationDate.message" class="message"></span>
3176 06 Mar 15 olle 174           (YYYYMMDD or MMDD)
3176 06 Mar 15 olle 175         </td>
3176 06 Mar 15 olle 176       </tr>
3176 06 Mar 15 olle 177       <tr>
3501 21 Sep 15 olle 178         <td class="prompt">Operator</td>
3501 21 Sep 15 olle 179         <td class="input">
3501 21 Sep 15 olle 180           <input type="text" name="extractionOperator" id="extractionOperator" 
3501 21 Sep 15 olle 181             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="extractionProtocol"
3501 21 Sep 15 olle 182             value="<%=HTML.encodeTags(user.getName()) %>" maxlength="255">
3501 21 Sep 15 olle 183         </td>
3501 21 Sep 15 olle 184         <td class="status" id="extractionOperator.status"></td>
3501 21 Sep 15 olle 185         <td class="help">
3501 21 Sep 15 olle 186           <span id="extractionOperator.message" class="message"></span>
3501 21 Sep 15 olle 187         </td>
3501 21 Sep 15 olle 188       </tr>
3501 21 Sep 15 olle 189       <tr>
3176 06 Mar 15 olle 190         <td class="prompt">Protocol</td>
3176 06 Mar 15 olle 191         <td class="input">
3176 06 Mar 15 olle 192           <select name="extractionProtocol" id="extractionProtocol" 
3180 17 Mar 15 olle 193             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="qiacubeDate"
3176 06 Mar 15 olle 194           ></select>
3176 06 Mar 15 olle 195         </td>
3176 06 Mar 15 olle 196         <td class="status" id="extractionProtocol.status"></td>
3176 06 Mar 15 olle 197         <td class="help">
3176 06 Mar 15 olle 198           <span id="extractionProtocol.message" class="message"></span>
3176 06 Mar 15 olle 199           Select the protocol which was used in the extraction step.
3176 06 Mar 15 olle 200         </td>
3176 06 Mar 15 olle 201       </tr>
3176 06 Mar 15 olle 202       <tr>
3180 17 Mar 15 olle 203 <!--
3176 06 Mar 15 olle 204       <tr>
3176 06 Mar 15 olle 205         <td class="prompt">RNA default volume (µl)</td>
3176 06 Mar 15 olle 206         <td class="input">
3176 06 Mar 15 olle 207           <input type="text" name="rnaDefaultVolume" id="rnaDefaultVolume" 
3176 06 Mar 15 olle 208             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="dnaDefaultVolume"
3176 06 Mar 15 olle 209             maxlength="255">
3176 06 Mar 15 olle 210         </td>
3176 06 Mar 15 olle 211         <td class="status" id="rnaDefaultVolume.status"></td>
3176 06 Mar 15 olle 212         <td class="help">
3176 06 Mar 15 olle 213           <span id="rnaDefaultVolume.message" class="message"></span>
3176 06 Mar 15 olle 214           Default RNA elution volume.
3176 06 Mar 15 olle 215         </td>
3176 06 Mar 15 olle 216       </tr>
3176 06 Mar 15 olle 217       <tr>
3176 06 Mar 15 olle 218         <td class="prompt">DNA default volume (µl)</td>
3176 06 Mar 15 olle 219         <td class="input">
3176 06 Mar 15 olle 220           <input type="text" name="dnaDefaultVolume" id="dnaDefaultVolume" 
3176 06 Mar 15 olle 221             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="qiacubeDate"
3176 06 Mar 15 olle 222             maxlength="255">
3176 06 Mar 15 olle 223         </td>
3176 06 Mar 15 olle 224         <td class="status" id="dnaDefaultVolume.status"></td>
3176 06 Mar 15 olle 225         <td class="help">
3176 06 Mar 15 olle 226           <span id="dnaDefaultVolume.message" class="message"></span>
3176 06 Mar 15 olle 227           Default DNA elution volume.
3176 06 Mar 15 olle 228         </td>
3176 06 Mar 15 olle 229       </tr>
3180 17 Mar 15 olle 230 -->
3501 21 Sep 15 olle 231       <tr>
3501 21 Sep 15 olle 232         <td class="subprompt" id="xyleneSpecimen.title">Xylene</td>
3501 21 Sep 15 olle 233         <td class="input">
3501 21 Sep 15 olle 234           <input type="text" name="xyleneSpecimen" id="xyleneSpecimen" 
3501 21 Sep 15 olle 235             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="etoh995Specimen"
3501 21 Sep 15 olle 236             maxlength="255">
3501 21 Sep 15 olle 237         </td>
3501 21 Sep 15 olle 238         <td class="status" id="xyleneSpecimen.status"></td>
3501 21 Sep 15 olle 239         <td class="help">
3501 21 Sep 15 olle 240           <span id="xyleneSpecimen.message" class="message"></span>
3501 21 Sep 15 olle 241           Lot numbers for the reagents used.
3501 21 Sep 15 olle 242         </td>
3501 21 Sep 15 olle 243       </tr>
3501 21 Sep 15 olle 244       <tr>
3501 21 Sep 15 olle 245         <td class="subprompt" id="etoh995Specimen.title">ETOH 99.5%</td>
3501 21 Sep 15 olle 246         <td class="input">
3501 21 Sep 15 olle 247           <input type="text" name="etoh995Specimen" id="etoh995Specimen" 
3501 21 Sep 15 olle 248             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="allPrepFfpeKit"
3501 21 Sep 15 olle 249             maxlength="255">
3501 21 Sep 15 olle 250         </td>
3501 21 Sep 15 olle 251         <td class="status" id="etoh995Specimen.status"></td>
3501 21 Sep 15 olle 252         <td class="help">
3501 21 Sep 15 olle 253           <span id="etoh995Specimen.message" class="message"></span>
3501 21 Sep 15 olle 254           Lot numbers for the reagents used.
3501 21 Sep 15 olle 255         </td>
3501 21 Sep 15 olle 256       </tr>
3501 21 Sep 15 olle 257       <tr>
3501 21 Sep 15 olle 258         <td class="subprompt" id="allPrepFfpeKit.title">FFPE DNA/RNA kit</td>
3501 21 Sep 15 olle 259         <td class="input">
3501 21 Sep 15 olle 260           <input type="text" name="allPrepFfpeKit" id="allPrepFfpeKit" 
3501 21 Sep 15 olle 261             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="bufferPkdSpecimen"
3501 21 Sep 15 olle 262             maxlength="255">
3501 21 Sep 15 olle 263         </td>
3501 21 Sep 15 olle 264         <td class="status" id="allPrepFfpeKit.status"></td>
3501 21 Sep 15 olle 265         <td class="help">
3501 21 Sep 15 olle 266           <span id="allPrepFfpeKit.message" class="message"></span>
3501 21 Sep 15 olle 267           Lot numbers for the reagents used.
3501 21 Sep 15 olle 268         </td>
3501 21 Sep 15 olle 269       </tr>
3501 21 Sep 15 olle 270       <tr>
3501 21 Sep 15 olle 271         <td class="subprompt" id="bufferPkdSpecimen.title">PKD buffer</td>
3501 21 Sep 15 olle 272         <td class="input">
3501 21 Sep 15 olle 273           <input type="text" name="bufferPkdSpecimen" id="bufferPkdSpecimen" 
3501 21 Sep 15 olle 274             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="bufferAtlSpecimen"
3501 21 Sep 15 olle 275             maxlength="255">
3501 21 Sep 15 olle 276         </td>
3501 21 Sep 15 olle 277         <td class="status" id="bufferPkdSpecimen.status"></td>
3501 21 Sep 15 olle 278         <td class="help">
3501 21 Sep 15 olle 279           <span id="bufferPkdSpecimen.message" class="message"></span>
3501 21 Sep 15 olle 280           Lot numbers for the reagents used.
3501 21 Sep 15 olle 281         </td>
3501 21 Sep 15 olle 282       </tr>
3501 21 Sep 15 olle 283       <tr>
3501 21 Sep 15 olle 284         <td class="subprompt" id="bufferAtlSpecimen.title">ATL buffer</td>
3501 21 Sep 15 olle 285         <td class="input">
3501 21 Sep 15 olle 286           <input type="text" name="bufferAtlSpecimen" id="bufferAtlSpecimen" 
3501 21 Sep 15 olle 287             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="proteinaseKSpecimen"
3501 21 Sep 15 olle 288             maxlength="255">
3501 21 Sep 15 olle 289         </td>
3501 21 Sep 15 olle 290         <td class="status" id="bufferAtlSpecimen.status"></td>
3501 21 Sep 15 olle 291         <td class="help">
3501 21 Sep 15 olle 292           <span id="bufferAtlSpecimen.message" class="message"></span>
3501 21 Sep 15 olle 293           Lot numbers for the reagents used.
3501 21 Sep 15 olle 294         </td>
3501 21 Sep 15 olle 295       </tr>
3501 21 Sep 15 olle 296       <tr>
3501 21 Sep 15 olle 297         <td class="subprompt" id="proteinaseKSpecimen.title">Proteinase K</td>
3501 21 Sep 15 olle 298         <td class="input">
3501 21 Sep 15 olle 299           <input type="text" name="proteinaseKSpecimen" id="proteinaseKSpecimen" 
3501 21 Sep 15 olle 300             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="rnaseASpecimen"
3501 21 Sep 15 olle 301             maxlength="255">
3501 21 Sep 15 olle 302         </td>
3501 21 Sep 15 olle 303         <td class="status" id="proteinaseKSpecimen.status"></td>
3501 21 Sep 15 olle 304         <td class="help">
3501 21 Sep 15 olle 305           <span id="proteinaseKSpecimen.message" class="message"></span>
3501 21 Sep 15 olle 306           Lot numbers for the reagents used.
3501 21 Sep 15 olle 307         </td>
3501 21 Sep 15 olle 308       </tr>
3501 21 Sep 15 olle 309       <tr>
3501 21 Sep 15 olle 310         <td class="subprompt" id="rnaseASpecimen.title">RNase A</td>
3501 21 Sep 15 olle 311         <td class="input">
3501 21 Sep 15 olle 312           <input type="text" name="rnaseASpecimen" id="rnaseASpecimen" 
3501 21 Sep 15 olle 313             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="qiacubeDate"
3501 21 Sep 15 olle 314             maxlength="255">
3501 21 Sep 15 olle 315         </td>
3501 21 Sep 15 olle 316         <td class="status" id="rnaseASpecimen.status"></td>
3501 21 Sep 15 olle 317         <td class="help">
3501 21 Sep 15 olle 318           <span id="rnaseASpecimen.message" class="message"></span>
3501 21 Sep 15 olle 319           Lot numbers for the reagents used.
3501 21 Sep 15 olle 320         </td>
3501 21 Sep 15 olle 321       </tr>
3176 06 Mar 15 olle 322       <tbody class="section-header">
3176 06 Mar 15 olle 323         <tr>
3176 06 Mar 15 olle 324           <td colspan="4">QIAcube</td>
3176 06 Mar 15 olle 325         </tr>
3176 06 Mar 15 olle 326       </tbody>
3176 06 Mar 15 olle 327       <tr>
3176 06 Mar 15 olle 328         <td class="prompt">Date</td>
3176 06 Mar 15 olle 329         <td class="input">
3176 06 Mar 15 olle 330           <input type="text" name="qiacubeDate" id="qiacubeDate"
3176 06 Mar 15 olle 331             value="<%=dateFormat.format(new Date()) %>" 
3501 21 Sep 15 olle 332             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="qiacubeOperator"
3176 06 Mar 15 olle 333             style="width: 8em;" maxlength="10">
3176 06 Mar 15 olle 334             <base:icon 
3176 06 Mar 15 olle 335               id="qiacubeDateCalendar"
3176 06 Mar 15 olle 336               subclass="auto-init"
3176 06 Mar 15 olle 337               data-auto-init="calendar"
3176 06 Mar 15 olle 338               data-textarea-id="qiacubeDate"
3176 06 Mar 15 olle 339               data-date-format="yyyyMMdd"
3176 06 Mar 15 olle 340               data-title="Qiacube date"
3176 06 Mar 15 olle 341               image="calendar.png" 
3176 06 Mar 15 olle 342               tooltip="Select a date from a calendar" 
3176 06 Mar 15 olle 343               tabindex="-1"
3176 06 Mar 15 olle 344             />
3176 06 Mar 15 olle 345         </td>
3176 06 Mar 15 olle 346         <td class="status" id="qiacubeDate.status"></td>
3176 06 Mar 15 olle 347         <td class="help">
3176 06 Mar 15 olle 348           <span id="qiacubeDate.message" class="message"></span>
3180 17 Mar 15 olle 349           (YYYYMMDD or MMDD) Used in names of sample id files
3176 06 Mar 15 olle 350         </td>
3176 06 Mar 15 olle 351       </tr>
3176 06 Mar 15 olle 352       <tr>
3501 21 Sep 15 olle 353         <td class="prompt">Operator</td>
3501 21 Sep 15 olle 354         <td class="input">
3501 21 Sep 15 olle 355           <input type="text" name="qiacubeOperator" id="qiacubeOperator" 
3501 21 Sep 15 olle 356             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="qiacubePrimaryPrefix"
3501 21 Sep 15 olle 357             value="<%=HTML.encodeTags(user.getName()) %>" maxlength="255">
3501 21 Sep 15 olle 358         </td>
3501 21 Sep 15 olle 359         <td class="status" id="qiacubeOperator.status"></td>
3501 21 Sep 15 olle 360         <td class="help">
3501 21 Sep 15 olle 361           <span id="qiacubeOperator.message" class="message"></span>
3501 21 Sep 15 olle 362         </td>
3501 21 Sep 15 olle 363       </tr>
3501 21 Sep 15 olle 364       <tr>
3176 06 Mar 15 olle 365         <td class="prompt">Primary QIAcube prefix</td>
3176 06 Mar 15 olle 366         <td class="input">
3176 06 Mar 15 olle 367           <select name="qiacubePrimaryPrefix" id="qiacubePrimaryPrefix"
3176 06 Mar 15 olle 368             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="qiacubeSecondaryPrefix">
3176 06 Mar 15 olle 369             <option value="A">A
3209 26 Mar 15 olle 370             <option selected value="B">B
3209 26 Mar 15 olle 371             <option value="C">C
3176 06 Mar 15 olle 372             <option value="D">D
3176 06 Mar 15 olle 373             <option value="E">E
3176 06 Mar 15 olle 374             <option value="F">F
3176 06 Mar 15 olle 375             <option value="G">G
3176 06 Mar 15 olle 376             <option value="H">H
3176 06 Mar 15 olle 377             <option value="I">I
3176 06 Mar 15 olle 378             <option value="J">J
3176 06 Mar 15 olle 379             <option value="K">K
3176 06 Mar 15 olle 380             <option value="L">L
3176 06 Mar 15 olle 381             <option value="M">M
3176 06 Mar 15 olle 382             <option value="N">N
3176 06 Mar 15 olle 383             <option value="O">O
3176 06 Mar 15 olle 384             <option value="P">P
3176 06 Mar 15 olle 385             <option value="Q">Q
3176 06 Mar 15 olle 386             <option value="R">R
3176 06 Mar 15 olle 387             <option value="S">S
3176 06 Mar 15 olle 388             <option value="T">T
3176 06 Mar 15 olle 389             <option value="U">U
3176 06 Mar 15 olle 390             <option value="V">V
3176 06 Mar 15 olle 391             <option value="W">W
3176 06 Mar 15 olle 392             <option value="X">X
3176 06 Mar 15 olle 393             <option value="Y">Y
3176 06 Mar 15 olle 394             <option value="Z">Z
3176 06 Mar 15 olle 395           </select>
3176 06 Mar 15 olle 396         </td>
3176 06 Mar 15 olle 397         <td class="status" id="qiacubePrimaryPrefix.status"></td>
3176 06 Mar 15 olle 398         <td class="help">
3176 06 Mar 15 olle 399           <span id="qiacubePrimaryPrefix.message" class="message"></span>
3176 06 Mar 15 olle 400           Prefix for primary QIAcube.
3176 06 Mar 15 olle 401         </td>
3176 06 Mar 15 olle 402       </tr>
3176 06 Mar 15 olle 403       <tr>
3176 06 Mar 15 olle 404         <td class="prompt">Secondary QIAcube prefix</td>
3176 06 Mar 15 olle 405         <td class="input">
3176 06 Mar 15 olle 406           <select name="qiacubeSecondaryPrefix" id="qiacubeSecondaryPrefix"
3176 06 Mar 15 olle 407             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="qiacubeRunNo">
3209 26 Mar 15 olle 408             <option value="A">A
3176 06 Mar 15 olle 409             <option value="B">B
3209 26 Mar 15 olle 410             <option selected value="C">C
3176 06 Mar 15 olle 411             <option value="D">D
3176 06 Mar 15 olle 412             <option value="E">E
3176 06 Mar 15 olle 413             <option value="F">F
3176 06 Mar 15 olle 414             <option value="G">G
3176 06 Mar 15 olle 415             <option value="H">H
3176 06 Mar 15 olle 416             <option value="I">I
3176 06 Mar 15 olle 417             <option value="J">J
3176 06 Mar 15 olle 418             <option value="K">K
3176 06 Mar 15 olle 419             <option value="L">L
3176 06 Mar 15 olle 420             <option value="M">M
3176 06 Mar 15 olle 421             <option value="N">N
3176 06 Mar 15 olle 422             <option value="O">O
3176 06 Mar 15 olle 423             <option value="P">P
3176 06 Mar 15 olle 424             <option value="Q">Q
3176 06 Mar 15 olle 425             <option value="R">R
3176 06 Mar 15 olle 426             <option value="S">S
3176 06 Mar 15 olle 427             <option value="T">T
3176 06 Mar 15 olle 428             <option value="U">U
3176 06 Mar 15 olle 429             <option value="V">V
3176 06 Mar 15 olle 430             <option value="W">W
3176 06 Mar 15 olle 431             <option value="X">X
3176 06 Mar 15 olle 432             <option value="Y">Y
3176 06 Mar 15 olle 433             <option value="Z">Z
3176 06 Mar 15 olle 434           </select>
3176 06 Mar 15 olle 435         </td>
3176 06 Mar 15 olle 436         <td class="status" id="qiacubeSecondaryPrefix.status"></td>
3176 06 Mar 15 olle 437         <td class="help">
3176 06 Mar 15 olle 438           <span id="qiacubeSecondaryPrefix.message" class="message"></span>
3176 06 Mar 15 olle 439           Prefix for secondary QIAcube (if needed).
3176 06 Mar 15 olle 440         </td>
3176 06 Mar 15 olle 441       </tr>
3176 06 Mar 15 olle 442       <tr>
3176 06 Mar 15 olle 443         <td class="prompt">Run number</td>
3176 06 Mar 15 olle 444         <td class="input">
3176 06 Mar 15 olle 445           <input type="text" name="qiacubeRunNo" id="qiacubeRunNo"
3501 21 Sep 15 olle 446             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="etoh995"
3176 06 Mar 15 olle 447             style="width: 8em;" maxlength="10" value="1">
3176 06 Mar 15 olle 448         </td>
3176 06 Mar 15 olle 449         <td class="status" id="qiacubeRunNo.status"></td>
3180 17 Mar 15 olle 450         <td class="help"><span id="qiacubeRunNo.message" class="message"></span>
3180 17 Mar 15 olle 451            Used in names of sample id files
3180 17 Mar 15 olle 452         </td>
3176 06 Mar 15 olle 453       </tr>
3176 06 Mar 15 olle 454       <tr>
3501 21 Sep 15 olle 455         <td class="subprompt" id="etoh995.title">ETOH 99.5%</td>
3176 06 Mar 15 olle 456         <td class="input">
3501 21 Sep 15 olle 457           <input type="text" name="etoh995" id="etoh995" 
3501 21 Sep 15 olle 458             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="bufferRlt"
3501 21 Sep 15 olle 459             maxlength="255">
3176 06 Mar 15 olle 460         </td>
3501 21 Sep 15 olle 461         <td class="status" id="etoh995.status"></td>
3176 06 Mar 15 olle 462         <td class="help">
3501 21 Sep 15 olle 463           <span id="etoh995.message" class="message"></span>
3501 21 Sep 15 olle 464           Lot numbers for the reagents used.
3176 06 Mar 15 olle 465         </td>
3176 06 Mar 15 olle 466       </tr>
3176 06 Mar 15 olle 467       <tr>
3501 21 Sep 15 olle 468         <td class="subprompt" id="bufferRlt.title">Buffer RLT</td>
3176 06 Mar 15 olle 469         <td class="input">
3501 21 Sep 15 olle 470           <input type="text" name="bufferRlt" id="bufferRlt" 
3501 21 Sep 15 olle 471             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="bufferFrn"
3501 21 Sep 15 olle 472             maxlength="255">
3501 21 Sep 15 olle 473         </td>
3501 21 Sep 15 olle 474         <td class="status" id="bufferRlt.status"></td>
3501 21 Sep 15 olle 475         <td class="help">
3501 21 Sep 15 olle 476           <span id="bufferRlt.message" class="message"></span>
3501 21 Sep 15 olle 477           Lot numbers for the reagents used.
3501 21 Sep 15 olle 478         </td>
3501 21 Sep 15 olle 479       </tr>
3501 21 Sep 15 olle 480       <tr>
3501 21 Sep 15 olle 481         <td class="subprompt" id="bufferFrn.title">Buffer FRN</td>
3501 21 Sep 15 olle 482         <td class="input">
3501 21 Sep 15 olle 483           <input type="text" name="bufferFrn" id="bufferFrn" 
3501 21 Sep 15 olle 484             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="bufferRpe"
3501 21 Sep 15 olle 485             maxlength="255">
3501 21 Sep 15 olle 486         </td>
3501 21 Sep 15 olle 487         <td class="status" id="bufferFrn.status"></td>
3501 21 Sep 15 olle 488         <td class="help">
3501 21 Sep 15 olle 489           <span id="bufferFrn.message" class="message"></span>
3501 21 Sep 15 olle 490           Lot numbers for the reagents used.
3501 21 Sep 15 olle 491         </td>
3501 21 Sep 15 olle 492       </tr>
3501 21 Sep 15 olle 493       <tr>
3501 21 Sep 15 olle 494         <td class="subprompt" id="bufferRpe.title">Buffer RPE</td>
3501 21 Sep 15 olle 495         <td class="input">
3501 21 Sep 15 olle 496           <input type="text" name="bufferRpe" id="bufferRpe" 
3501 21 Sep 15 olle 497             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="bufferAl"
3501 21 Sep 15 olle 498             maxlength="255">
3501 21 Sep 15 olle 499         </td>
3501 21 Sep 15 olle 500         <td class="status" id="bufferRpe.status"></td>
3501 21 Sep 15 olle 501         <td class="help">
3501 21 Sep 15 olle 502           <span id="bufferRpe.message" class="message"></span>
3501 21 Sep 15 olle 503           Lot numbers for the reagents used.
3501 21 Sep 15 olle 504         </td>
3501 21 Sep 15 olle 505       </tr>
3501 21 Sep 15 olle 506       <tr>
3501 21 Sep 15 olle 507         <td class="subprompt" id="bufferAl.title">Buffer AL</td>
3501 21 Sep 15 olle 508         <td class="input">
3501 21 Sep 15 olle 509           <input type="text" name="bufferAl" id="bufferAl" 
3501 21 Sep 15 olle 510             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="bufferAw1"
3501 21 Sep 15 olle 511             maxlength="255">
3501 21 Sep 15 olle 512         </td>
3501 21 Sep 15 olle 513         <td class="status" id="bufferAl.status"></td>
3501 21 Sep 15 olle 514         <td class="help">
3501 21 Sep 15 olle 515           <span id="bufferAl.message" class="message"></span>
3501 21 Sep 15 olle 516           Lot numbers for the reagents used.
3501 21 Sep 15 olle 517         </td>
3501 21 Sep 15 olle 518       </tr>
3501 21 Sep 15 olle 519       <tr>
3501 21 Sep 15 olle 520         <td class="subprompt" id="bufferAw1.title">Buffer AW1</td>
3501 21 Sep 15 olle 521         <td class="input">
3501 21 Sep 15 olle 522           <input type="text" name="bufferAw1" id="bufferAw1" 
3501 21 Sep 15 olle 523             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="bufferAw2"
3501 21 Sep 15 olle 524             maxlength="255">
3501 21 Sep 15 olle 525         </td>
3501 21 Sep 15 olle 526         <td class="status" id="bufferAw1.status"></td>
3501 21 Sep 15 olle 527         <td class="help">
3501 21 Sep 15 olle 528           <span id="bufferAw1.message" class="message"></span>
3501 21 Sep 15 olle 529           Lot numbers for the reagents used.
3501 21 Sep 15 olle 530         </td>
3501 21 Sep 15 olle 531       </tr>
3501 21 Sep 15 olle 532       <tr>
3501 21 Sep 15 olle 533         <td class="subprompt" id="bufferAw2.title">Buffer AW2</td>
3501 21 Sep 15 olle 534         <td class="input">
3501 21 Sep 15 olle 535           <input type="text" name="bufferAw2" id="bufferAw2" 
3501 21 Sep 15 olle 536             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="bufferAte"
3501 21 Sep 15 olle 537             maxlength="255">
3501 21 Sep 15 olle 538         </td>
3501 21 Sep 15 olle 539         <td class="status" id="bufferAw2.status"></td>
3501 21 Sep 15 olle 540         <td class="help">
3501 21 Sep 15 olle 541           <span id="bufferAw2.message" class="message"></span>
3501 21 Sep 15 olle 542           Lot numbers for the reagents used.
3501 21 Sep 15 olle 543         </td>
3501 21 Sep 15 olle 544       </tr>
3501 21 Sep 15 olle 545       <tr>
3501 21 Sep 15 olle 546         <td class="subprompt" id="bufferAte.title">Buffer ATE</td>
3501 21 Sep 15 olle 547         <td class="input">
3501 21 Sep 15 olle 548           <input type="text" name="bufferAte" id="bufferAte" 
3501 21 Sep 15 olle 549             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="bufferRdd"
3501 21 Sep 15 olle 550             maxlength="255">
3501 21 Sep 15 olle 551         </td>
3501 21 Sep 15 olle 552         <td class="status" id="bufferAte.status"></td>
3501 21 Sep 15 olle 553         <td class="help">
3501 21 Sep 15 olle 554           <span id="bufferAte.message" class="message"></span>
3501 21 Sep 15 olle 555           Lot numbers for the reagents used.
3501 21 Sep 15 olle 556         </td>
3501 21 Sep 15 olle 557       </tr>
3501 21 Sep 15 olle 558       <tr>
3501 21 Sep 15 olle 559         <td class="subprompt" id="bufferRdd.title">Buffer RDD</td>
3501 21 Sep 15 olle 560         <td class="input">
3501 21 Sep 15 olle 561           <input type="text" name="bufferRdd" id="bufferRdd" 
3501 21 Sep 15 olle 562             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="rnaseFreeWater"
3501 21 Sep 15 olle 563             maxlength="255">
3501 21 Sep 15 olle 564         </td>
3501 21 Sep 15 olle 565         <td class="status" id="bufferRdd.status"></td>
3501 21 Sep 15 olle 566         <td class="help">
3501 21 Sep 15 olle 567           <span id="bufferRdd.message" class="message"></span>
3501 21 Sep 15 olle 568           Lot numbers for the reagents used.
3501 21 Sep 15 olle 569         </td>
3501 21 Sep 15 olle 570       </tr>
3501 21 Sep 15 olle 571       <tr>
3501 21 Sep 15 olle 572         <td class="subprompt" id="rnaseFreeWater.title">RNase free water</td>
3501 21 Sep 15 olle 573         <td class="input">
3501 21 Sep 15 olle 574           <input type="text" name="rnaseFreeWater" id="rnaseFreeWater" 
3501 21 Sep 15 olle 575             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="dnaseMix"
3501 21 Sep 15 olle 576             maxlength="255">
3501 21 Sep 15 olle 577         </td>
3501 21 Sep 15 olle 578         <td class="status" id="rnaseFreeWater.status"></td>
3501 21 Sep 15 olle 579         <td class="help">
3501 21 Sep 15 olle 580           <span id="rnaseFreeWater.message" class="message"></span>
3501 21 Sep 15 olle 581           Lot numbers for the reagents used.
3501 21 Sep 15 olle 582         </td>
3501 21 Sep 15 olle 583       </tr>
3501 21 Sep 15 olle 584       <tr>
3501 21 Sep 15 olle 585         <td class="subprompt" id="dnaseMix.title">DNAse mix</td>
3501 21 Sep 15 olle 586         <td class="input">
3501 21 Sep 15 olle 587           <input type="text" name="dnaseMix" id="dnaseMix" 
3501 21 Sep 15 olle 588             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="rneasyMinEluteSpinColumn"
3501 21 Sep 15 olle 589             maxlength="255">
3501 21 Sep 15 olle 590         </td>
3501 21 Sep 15 olle 591         <td class="status" id="dnaseMix.status"></td>
3501 21 Sep 15 olle 592         <td class="help">
3501 21 Sep 15 olle 593           <span id="dnaseMix.message" class="message"></span>
3501 21 Sep 15 olle 594           Lot numbers for the reagents used.
3501 21 Sep 15 olle 595         </td>
3501 21 Sep 15 olle 596       </tr>
3501 21 Sep 15 olle 597       <tr>
3501 21 Sep 15 olle 598         <td class="subprompt" id="rneasyMinEluteSpinColumn.title">RNeasy Min Elute Spin Column</td>
3501 21 Sep 15 olle 599         <td class="input">
3501 21 Sep 15 olle 600           <input type="text" name="rneasyMinEluteSpinColumn" id="rneasyMinEluteSpinColumn" 
3501 21 Sep 15 olle 601             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="qiaampMinEluteSpinColumn"
3501 21 Sep 15 olle 602             maxlength="255">
3501 21 Sep 15 olle 603         </td>
3501 21 Sep 15 olle 604         <td class="status" id="rneasyMinEluteSpinColumn.status"></td>
3501 21 Sep 15 olle 605         <td class="help">
3501 21 Sep 15 olle 606           <span id="rneasyMinEluteSpinColumn.message" class="message"></span>
3501 21 Sep 15 olle 607           Lot numbers for the reagents used.
3501 21 Sep 15 olle 608         </td>
3501 21 Sep 15 olle 609       </tr>
3501 21 Sep 15 olle 610       <tr>
3501 21 Sep 15 olle 611         <td class="subprompt" id="qiaampMinEluteSpinColumn.title">QIAamp Min Elute Spin Column</td>
3501 21 Sep 15 olle 612         <td class="input">
3501 21 Sep 15 olle 613           <input type="text" name="qiaampMinEluteSpinColumn" id="qiaampMinEluteSpinColumn" 
3501 21 Sep 15 olle 614             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="kapaSybrFast"
3501 21 Sep 15 olle 615             maxlength="255">
3501 21 Sep 15 olle 616         </td>
3501 21 Sep 15 olle 617         <td class="status" id="qiaampMinEluteSpinColumn.status"></td>
3501 21 Sep 15 olle 618         <td class="help">
3501 21 Sep 15 olle 619           <span id="qiaampMinEluteSpinColumn.message" class="message"></span>
3501 21 Sep 15 olle 620           Lot numbers for the reagents used.
3501 21 Sep 15 olle 621         </td>
3501 21 Sep 15 olle 622       </tr>
3501 21 Sep 15 olle 623       <tbody class="section-header">
3501 21 Sep 15 olle 624         <tr>
3501 21 Sep 15 olle 625           <td colspan="4">Quality control</td>
3501 21 Sep 15 olle 626         </tr>
3501 21 Sep 15 olle 627       </tbody>
3501 21 Sep 15 olle 628       <tr>
3501 21 Sep 15 olle 629         <td class="subprompt" id="kapaSybrFast.title">Kapa SYBR Fast</td>
3501 21 Sep 15 olle 630         <td class="input">
3501 21 Sep 15 olle 631           <input type="text" name="kapaSybrFast" id="kapaSybrFast" 
3501 21 Sep 15 olle 632             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="qualityControlPrimersQcpRgt"
3501 21 Sep 15 olle 633             maxlength="255">
3501 21 Sep 15 olle 634         </td>
3501 21 Sep 15 olle 635         <td class="status" id="kapaSybrFast.status"></td>
3501 21 Sep 15 olle 636         <td class="help">
3501 21 Sep 15 olle 637           <span id="kapaSybrFast.message" class="message"></span>
3501 21 Sep 15 olle 638           Lot numbers for the reagents used.
3501 21 Sep 15 olle 639         </td>
3501 21 Sep 15 olle 640       </tr>
3501 21 Sep 15 olle 641       <tr>
3501 21 Sep 15 olle 642         <td class="subprompt" id="qualityControlPrimersQcpRgt.title">Quality Control Primers (QCP) RGT</td>
3501 21 Sep 15 olle 643         <td class="input">
3501 21 Sep 15 olle 644           <input type="text" name="qualityControlPrimersQcpRgt" id="qualityControlPrimersQcpRgt" 
3501 21 Sep 15 olle 645             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="qualityControlTemplateQct"
3501 21 Sep 15 olle 646             maxlength="255">
3501 21 Sep 15 olle 647         </td>
3501 21 Sep 15 olle 648         <td class="status" id="qualityControlPrimersQcpRgt.status"></td>
3501 21 Sep 15 olle 649         <td class="help">
3501 21 Sep 15 olle 650           <span id="qualityControlPrimersQcpRgt.message" class="message"></span>
3501 21 Sep 15 olle 651           Lot numbers for the reagents used.
3501 21 Sep 15 olle 652         </td>
3501 21 Sep 15 olle 653       </tr>
3501 21 Sep 15 olle 654       <tr>
3501 21 Sep 15 olle 655         <td class="subprompt" id="qualityControlTemplateQct.title">Quality Control Template (QCT)</td>
3501 21 Sep 15 olle 656         <td class="input">
3501 21 Sep 15 olle 657           <input type="text" name="qualityControlTemplateQct" id="qualityControlTemplateQct" 
3501 21 Sep 15 olle 658             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="qubitDnaHighSens"
3501 21 Sep 15 olle 659             maxlength="255">
3501 21 Sep 15 olle 660         </td>
3501 21 Sep 15 olle 661         <td class="status" id="qualityControlTemplateQct.status"></td>
3501 21 Sep 15 olle 662         <td class="help">
3501 21 Sep 15 olle 663           <span id="qualityControlTemplateQct.message" class="message"></span>
3501 21 Sep 15 olle 664           Lot numbers for the reagents used.
3501 21 Sep 15 olle 665         </td>
3501 21 Sep 15 olle 666       </tr>
3501 21 Sep 15 olle 667       <tr>
3501 21 Sep 15 olle 668         <td class="subprompt" id="qubitDnaHighSens.title">QUBIT DNA High Sens</td>
3501 21 Sep 15 olle 669         <td class="input">
3501 21 Sep 15 olle 670           <input type="text" name="qubitDnaHighSens" id="qubitDnaHighSens" 
3501 21 Sep 15 olle 671             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="qubitDnaBroadRange"
3501 21 Sep 15 olle 672             maxlength="255">
3501 21 Sep 15 olle 673         </td>
3501 21 Sep 15 olle 674         <td class="status" id="qubitDnaHighSens.status"></td>
3501 21 Sep 15 olle 675         <td class="help">
3501 21 Sep 15 olle 676           <span id="qubitDnaHighSens.message" class="message"></span>
3501 21 Sep 15 olle 677           Lot numbers for the reagents used.
3501 21 Sep 15 olle 678         </td>
3501 21 Sep 15 olle 679       </tr>
3501 21 Sep 15 olle 680       <tr>
3501 21 Sep 15 olle 681         <td class="subprompt" id="qubitDnaBroadRange.title">QUBIT DNA Broad Range</td>
3501 21 Sep 15 olle 682         <td class="input">
3501 21 Sep 15 olle 683           <input type="text" name="qubitDnaBroadRange" id="qubitDnaBroadRange" 
3176 06 Mar 15 olle 684             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus=""
3176 06 Mar 15 olle 685             maxlength="255">
3176 06 Mar 15 olle 686         </td>
3501 21 Sep 15 olle 687         <td class="status" id="qubitDnaBroadRange.status"></td>
3176 06 Mar 15 olle 688         <td class="help">
3501 21 Sep 15 olle 689           <span id="qubitDnaBroadRange.message" class="message"></span>
3176 06 Mar 15 olle 690           Lot numbers for the reagents used.
3176 06 Mar 15 olle 691         </td>
3176 06 Mar 15 olle 692       </tr>
3176 06 Mar 15 olle 693       </table>
3480 04 Sep 15 olle 694
3480 04 Sep 15 olle 695       <table class="step-form">
3480 04 Sep 15 olle 696       <tbody class="section-header">
3480 04 Sep 15 olle 697         <tr>
3501 21 Sep 15 olle 698           <td colspan="4">Input options</td>
3480 04 Sep 15 olle 699         </tr>
3480 04 Sep 15 olle 700       </tbody>
3480 04 Sep 15 olle 701       <tr>
3501 21 Sep 15 olle 702         <td class="prompt">Reagent lot numbers</td>
3501 21 Sep 15 olle 703         <td>
3501 21 Sep 15 olle 704           <div class="button basicbutton interactable clear-reagents" style="width: 6em;">Clear</div>
3501 21 Sep 15 olle 705         </td>
3501 21 Sep 15 olle 706         <td class="status" id="clearReagents.status"></td>
3501 21 Sep 15 olle 707         <td class="help">
3501 21 Sep 15 olle 708           <span id="clearReagents.message" class="message"></span>
3501 21 Sep 15 olle 709           Clear reagents input fields.
3501 21 Sep 15 olle 710         </td>
3501 21 Sep 15 olle 711       </tr>
3501 21 Sep 15 olle 712       <tr>
3501 21 Sep 15 olle 713         <td class="subprompt">From latest registered DNA</td>
3501 21 Sep 15 olle 714         <td>
3501 21 Sep 15 olle 715           <div class="button basicbutton interactable copy-reagents-from-latest-extract" style="width: 6em;">Use latest</div>
3501 21 Sep 15 olle 716         </td>
3501 21 Sep 15 olle 717         <td class="status" id="copyReagentsFromExtract.status"></td>
3501 21 Sep 15 olle 718         <td class="help">
3501 21 Sep 15 olle 719           <span id="copyReagentsFromExtract.message" class="message"></span>
3501 21 Sep 15 olle 720           Copy reagent lot no. from latest registered DNA.
3501 21 Sep 15 olle 721         </td>
3501 21 Sep 15 olle 722       </tr>
3501 21 Sep 15 olle 723       <tr>
3501 21 Sep 15 olle 724         <td class="subprompt">From file</td>
3501 21 Sep 15 olle 725         <td class="input">
4244 18 Nov 16 olle 726           <input type="file" name="reagentFile" id="reagentFile" class="required" style="width: 95%;" accept=".csv,.tsv">
3501 21 Sep 15 olle 727         </td>
3501 21 Sep 15 olle 728         <td class="status" id="reagentFile.status"></td>
3501 21 Sep 15 olle 729         <td class="help">
3501 21 Sep 15 olle 730           <span id="reagentFile.message" class="message"></span>
3501 21 Sep 15 olle 731           Select a CSV file containing lot numbers for the reagents.
3501 21 Sep 15 olle 732         </td>
3501 21 Sep 15 olle 733       </tr>
3501 21 Sep 15 olle 734       <tr>
3480 04 Sep 15 olle 735         <td class="prompt">Download reagent lot no. file</td>
3480 04 Sep 15 olle 736         <td class="input">
3501 21 Sep 15 olle 737           <base:button id="downloadReagentLotNoFile" title="Download..."
3480 04 Sep 15 olle 738             image="<%=home + "/images/download.png"%>" style="width:10em;" />
3480 04 Sep 15 olle 739         </td>
3501 21 Sep 15 olle 740         <td class="status" id="downloadReagentLotNoFile.status"></td>
3480 04 Sep 15 olle 741         <td class="help">
3501 21 Sep 15 olle 742           <span id="downloadReagentLotNoFile.message" class="message"></span>
3501 21 Sep 15 olle 743           Download file with current lot no.s for future import/reference.
3480 04 Sep 15 olle 744         </td>
3480 04 Sep 15 olle 745       </tr>
3480 04 Sep 15 olle 746       </table>
3501 21 Sep 15 olle 747       </div>
3176 06 Mar 15 olle 748     </div>
3176 06 Mar 15 olle 749   </div>
3176 06 Mar 15 olle 750   
3176 06 Mar 15 olle 751   <!-- 3. DNA/RNA information -->
3176 06 Mar 15 olle 752   <div class="step" id="step-3">
3176 06 Mar 15 olle 753     <div class="step-no">3</div>
3176 06 Mar 15 olle 754     <div class="step-title">RNA/DNA details</div>
3176 06 Mar 15 olle 755     <div class="step-content">
3176 06 Mar 15 olle 756
3176 06 Mar 15 olle 757 <!--    
3176 06 Mar 15 olle 758       <div class="bg-filled-50" style="padding: 2px;">
3176 06 Mar 15 olle 759         The table below show values from the QIAcube run.
3176 06 Mar 15 olle 760         <span class="nondefault">Highlighted</span> values have been manually 
3176 06 Mar 15 olle 761         changed from their default values. If the QIAcube positions are not correct,
3176 06 Mar 15 olle 762         they must be fixed before the <i>NanoDrop Sample ID</i> file is downloaded
3176 06 Mar 15 olle 763         since the order in this file depends on the positions. The concentrations
3176 06 Mar 15 olle 764         and other values are loaded from the file after the NanoDrop has been completed.
3176 06 Mar 15 olle 765       </div>
3176 06 Mar 15 olle 766 -->
3432 29 Jun 15 olle 767       <div class="bg-filled-50" id="detailsStartListName" style="padding: 2px;"></div>
3176 06 Mar 15 olle 768       <div class="bg-filled-50" style="padding: 2px;">
3229 08 Apr 15 olle 769         1. Check QIAcube positions (instrument prefix ID ['A'-'Z'] + position [1-12], e.g. "B3") and edit if necessary.<br>
3176 06 Mar 15 olle 770         2. Download NanoDrop sample ID file for import by NanoDrop software.<br>
3176 06 Mar 15 olle 771         3. Download qPCR sample ID file for import by qPCR software.<br>
3336 13 May 15 olle 772         4. Create lab tracking protocol (opens in new tab/window).<br>
3336 13 May 15 olle 773         5. Important! If you want to import DNA concentration values from a Qubit value file, the items must be measured in exactly the same order, as in the lab tracking protocol.<br>
3432 29 Jun 15 olle 774         6. If everything is OK, click "Register" to register the new start list.<br>
3176 06 Mar 15 olle 775         <br>
3176 06 Mar 15 olle 776         <span class="nondefault">Highlighted</span> values in the table below have been manually 
3176 06 Mar 15 olle 777         changed from their default values. If the QIAcube positions are not correct,
3176 06 Mar 15 olle 778         they must be fixed before the <i>NanoDrop Sample ID</i> file is downloaded
3176 06 Mar 15 olle 779         since the order in this file depends on the positions. The concentrations
3176 06 Mar 15 olle 780         and other values are loaded in the next wizard after the NanoDrop, qPCR, and Qubit
3176 06 Mar 15 olle 781         runs/measurements have been completed.
3176 06 Mar 15 olle 782       </div>
3176 06 Mar 15 olle 783
3176 06 Mar 15 olle 784       <div id="detailsSection"></div>
3176 06 Mar 15 olle 785
3176 06 Mar 15 olle 786       <table class="step-form">
3176 06 Mar 15 olle 787       <tr class="align-top">
3176 06 Mar 15 olle 788         <td class="prompt">NanoDrop Sample ID</td>
3176 06 Mar 15 olle 789         <td class="input">
3176 06 Mar 15 olle 790           <base:button id="downloadSampleIdFile" title="Download..."
3176 06 Mar 15 olle 791             image="<%=home + "/images/download.png"%>" style="width:10em;" />
3255 17 Apr 15 olle 792           <label><input type="checkbox" name="blankControlColumn" id="blankControlColumn" value="true" checked>Column with blank controls</label>
3176 06 Mar 15 olle 793         </td>
3176 06 Mar 15 olle 794         <td class="status" id="downloadSampleIdFile.status"></td>
3176 06 Mar 15 olle 795         <td class="help">
3176 06 Mar 15 olle 796           <span id="downloadSampleIdFile.message" class="message"></span>
3176 06 Mar 15 olle 797           Download and import this file to the NanoDrop software before analyzing the RNA.
3176 06 Mar 15 olle 798           <b>Note that the samples are sorted by QIAcube position!</b>
3176 06 Mar 15 olle 799         </td>
3176 06 Mar 15 olle 800       </tr>
3176 06 Mar 15 olle 801       <tr>
3176 06 Mar 15 olle 802         <td class="prompt">qPCR Sample ID</td>
3176 06 Mar 15 olle 803         <td class="input">
3176 06 Mar 15 olle 804           <base:button id="downloadQPcrSampleIdFile" title="Download..."
3176 06 Mar 15 olle 805             image="<%=home + "/images/download.png"%>" style="width:10em;" />
3176 06 Mar 15 olle 806         </td>
3176 06 Mar 15 olle 807         <td class="status" id="downloadQPcrSampleIdFile.status"></td>
3176 06 Mar 15 olle 808         <td class="help">
3176 06 Mar 15 olle 809           <span id="downloadQPcrSampleIdFile.message" class="message"></span>
3176 06 Mar 15 olle 810           Download and import this file to the qPCR software before analyzing the DNA.
3176 06 Mar 15 olle 811         </td>
3176 06 Mar 15 olle 812       </tr>
3176 06 Mar 15 olle 813       </table>
3176 06 Mar 15 olle 814     </div>
3176 06 Mar 15 olle 815   </div>
3176 06 Mar 15 olle 816   
3176 06 Mar 15 olle 817   <div id="wizard-status"></div>
3176 06 Mar 15 olle 818   
3176 06 Mar 15 olle 819   <table class="navigation" id="navigation">
3176 06 Mar 15 olle 820   <tr>
3176 06 Mar 15 olle 821     <td><base:button id="gocancel" title="Cancel" /></td>
3176 06 Mar 15 olle 822     <td><base:button id="gonext" title="Next" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" /></td>
3180 17 Mar 15 olle 823 <!--
3432 29 Jun 15 olle 824     <td><base:button id="goregister" title="Register start list" image="<%=home+"/images/import.png"%>"  /></td>
3180 17 Mar 15 olle 825 -->
3180 17 Mar 15 olle 826     <td><base:button id="goregister" title="Register" image="<%=home+"/images/import.png"%>"  /></td>
3180 17 Mar 15 olle 827     <td><base:button id="gorestart" title="Restart" image="<%=home+"/images/goback.png"%>" /></td>
3336 13 May 15 olle 828     <td><base:button id="gocreate" title="Create lab tracking protocol" image="<%=home+"/images/import.png"%>" /></td>
5858 10 Mar 20 olle 829     <td><base:button id="downloaddnarnalabelfile" title="Download DNA/RNA labels file" image="<%=home+"/images/download.png"%>" /></td>
3176 06 Mar 15 olle 830     <td id="gonext-message" class="message"></td>
3176 06 Mar 15 olle 831   </tr>
3176 06 Mar 15 olle 832   </table>
3176 06 Mar 15 olle 833   
3176 06 Mar 15 olle 834   </form>
3176 06 Mar 15 olle 835   
3176 06 Mar 15 olle 836   <div id="debug-tools">
3176 06 Mar 15 olle 837   </div>
3176 06 Mar 15 olle 838   
3176 06 Mar 15 olle 839   </div>
3176 06 Mar 15 olle 840   
3176 06 Mar 15 olle 841 </base:body>
3176 06 Mar 15 olle 842 </base:page>
3176 06 Mar 15 olle 843 <%
3176 06 Mar 15 olle 844 }
3176 06 Mar 15 olle 845 finally
3176 06 Mar 15 olle 846 {
3176 06 Mar 15 olle 847   if (dc != null) dc.close();
3176 06 Mar 15 olle 848 }
3176 06 Mar 15 olle 849 %>

Generated on Tue Nov 21 03:26:30 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)