extensions/net.sf.basedb.meludi/trunk/resources/sampleproc/extraction_protocol2.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3176 06 Mar 15 olle 1 <%@ page
3176 06 Mar 15 olle 2   pageEncoding="UTF-8"
3176 06 Mar 15 olle 3   session="false"
3176 06 Mar 15 olle 4   import="net.sf.basedb.core.User"
3176 06 Mar 15 olle 5   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
3176 06 Mar 15 olle 6   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
3176 06 Mar 15 olle 7   import="net.sf.basedb.core.Application"
3176 06 Mar 15 olle 8   import="net.sf.basedb.core.Extract"
3176 06 Mar 15 olle 9   import="net.sf.basedb.core.BioMaterial"
3176 06 Mar 15 olle 10   import="net.sf.basedb.core.MeasuredBioMaterial"
3176 06 Mar 15 olle 11   import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEventSource"
3176 06 Mar 15 olle 12   import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
3176 06 Mar 15 olle 13   import="net.sf.basedb.core.BioWell"
3176 06 Mar 15 olle 14   import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
4128 26 Sep 16 olle 15   import="net.sf.basedb.core.Project"
3176 06 Mar 15 olle 16   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
3176 06 Mar 15 olle 17   import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
3176 06 Mar 15 olle 18   import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
3176 06 Mar 15 olle 19   import="net.sf.basedb.util.Values"
3176 06 Mar 15 olle 20   import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
3176 06 Mar 15 olle 21   import="net.sf.basedb.util.extensions.Extension"
3176 06 Mar 15 olle 22   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"  
3176 06 Mar 15 olle 23   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
3176 06 Mar 15 olle 24   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
3176 06 Mar 15 olle 25   import="java.util.Arrays"
3176 06 Mar 15 olle 26   import="java.util.Enumeration"
3176 06 Mar 15 olle 27   import="java.util.Collections"
3176 06 Mar 15 olle 28 %>
3176 06 Mar 15 olle 29 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
3176 06 Mar 15 olle 30 <%
3176 06 Mar 15 olle 31 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(request, true);
3176 06 Mar 15 olle 32 final String ID = sc.getId();
3176 06 Mar 15 olle 33 final String home = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.meludi");
3176 06 Mar 15 olle 34 final String root = request.getContextPath();
3176 06 Mar 15 olle 35 DbControl dc = null;
3176 06 Mar 15 olle 36 try
3176 06 Mar 15 olle 37 {
3176 06 Mar 15 olle 38   dc = sc.newDbControl();
3176 06 Mar 15 olle 39   final Extension meludi = ExtensionsControl.get(dc).getExtension("net.sf.basedb.meludi");
3176 06 Mar 15 olle 40   final User user = User.getById(dc, sc.getLoggedInUserId());
4128 26 Sep 16 olle 41   Project activeProject = Project.getById(dc, sc.getActiveProjectId());
4128 26 Sep 16 olle 42   String projectName = activeProject.getName();
3176 06 Mar 15 olle 43
3176 06 Mar 15 olle 44   String submitInfoJsonStr = Values.getStringOrNull(request.getParameter("hiddenSubmitInfo"));
3176 06 Mar 15 olle 45   Integer numItems = Values.getInteger(request.getParameter("hiddenNumItems"), null);
3176 06 Mar 15 olle 46   Boolean counterBalanceInfoRow = Values.getBoolean(request.getParameter("hiddenCounterBalanceInfoRow"));
3176 06 Mar 15 olle 47 %>
3176 06 Mar 15 olle 48 <base:page id="protocol" type="iframe" favicon="<%=home+"/images/report.png"%>" noskin="true">
3176 06 Mar 15 olle 49 <base:head
3176 06 Mar 15 olle 50   scripts="~../meludi-2.js,~extraction_protocol.js" 
3176 06 Mar 15 olle 51   styles="~../css/meludi-2.css,~../css/printable.css"
3176 06 Mar 15 olle 52   >
3176 06 Mar 15 olle 53
3176 06 Mar 15 olle 54   <style>
3176 06 Mar 15 olle 55   h1
3176 06 Mar 15 olle 56   {
3176 06 Mar 15 olle 57     margin-top: 1em;
3176 06 Mar 15 olle 58   }
3176 06 Mar 15 olle 59   
3176 06 Mar 15 olle 60   h2
3176 06 Mar 15 olle 61   {
3176 06 Mar 15 olle 62     margin-bottom: 0;
3176 06 Mar 15 olle 63     font-size: 1.2em;
3176 06 Mar 15 olle 64   }
3176 06 Mar 15 olle 65   
3176 06 Mar 15 olle 66   table.protocolheader
3176 06 Mar 15 olle 67   {
3176 06 Mar 15 olle 68     width: 100%;
3176 06 Mar 15 olle 69     border: 1px solid #000000;
3176 06 Mar 15 olle 70     margin-bottom: 1em;
3176 06 Mar 15 olle 71 /*
3176 06 Mar 15 olle 72     border-collapse: collapse;
3176 06 Mar 15 olle 73 */
3176 06 Mar 15 olle 74   }
3176 06 Mar 15 olle 75   
3176 06 Mar 15 olle 76   table.protocolheader > tbody > tr
3176 06 Mar 15 olle 77   {
3176 06 Mar 15 olle 78     vertical-align: middle;
3176 06 Mar 15 olle 79     height: 2.5em;
3176 06 Mar 15 olle 80     max-height: 2.5em;
3176 06 Mar 15 olle 81     border-bottom: 1px solid #000000;
3176 06 Mar 15 olle 82     border-top: 1px solid #000000;
3176 06 Mar 15 olle 83   }
3176 06 Mar 15 olle 84
3176 06 Mar 15 olle 85   table.protocolheader > tbody > tr > th
3176 06 Mar 15 olle 86   {
3176 06 Mar 15 olle 87     text-align: left;
3176 06 Mar 15 olle 88     font-size: 1em;
3176 06 Mar 15 olle 89     background-color: #F0F0F0;
3176 06 Mar 15 olle 90     padding: 4px;
3176 06 Mar 15 olle 91     border-left: 1px solid #000000;
3176 06 Mar 15 olle 92     border-right: 1px solid #000000;
3176 06 Mar 15 olle 93   }
3176 06 Mar 15 olle 94
3176 06 Mar 15 olle 95   table.protocolheader > tbody > tr > th.subprompt
3176 06 Mar 15 olle 96   {
3176 06 Mar 15 olle 97     text-align: right;
3176 06 Mar 15 olle 98     font-weight: normal;
3176 06 Mar 15 olle 99   }
3176 06 Mar 15 olle 100
3176 06 Mar 15 olle 101   
3176 06 Mar 15 olle 102   table.protocolheader > tbody > tr > td
3176 06 Mar 15 olle 103   {
3176 06 Mar 15 olle 104     text-align: left;
3176 06 Mar 15 olle 105     font-size: 1em;
3176 06 Mar 15 olle 106     padding: 4px;
3176 06 Mar 15 olle 107   }
3176 06 Mar 15 olle 108   
3176 06 Mar 15 olle 109   .colorbox 
3176 06 Mar 15 olle 110   {
3176 06 Mar 15 olle 111     display: inline-block;
3176 06 Mar 15 olle 112     width: 0.75em; 
3176 06 Mar 15 olle 113     height: 0.75em; 
3176 06 Mar 15 olle 114     border: 1px solid #000000;
3176 06 Mar 15 olle 115     margin-left: 0em;
3176 06 Mar 15 olle 116     margin-right: 0.5em;
3176 06 Mar 15 olle 117   }
3176 06 Mar 15 olle 118   
3176 06 Mar 15 olle 119   .patient-legend
3176 06 Mar 15 olle 120   {
3176 06 Mar 15 olle 121     width: 8em;
3176 06 Mar 15 olle 122     text-align: center !important;
3176 06 Mar 15 olle 123   }
3176 06 Mar 15 olle 124   
3176 06 Mar 15 olle 125   .allcases-legend
3176 06 Mar 15 olle 126   {
3176 06 Mar 15 olle 127     width: 8em;
3176 06 Mar 15 olle 128     text-align: center !important;
3176 06 Mar 15 olle 129   }
3176 06 Mar 15 olle 130   
3176 06 Mar 15 olle 131   .green
3176 06 Mar 15 olle 132   {
3176 06 Mar 15 olle 133     background-color: #D8F8D8;
3176 06 Mar 15 olle 134   }
3176 06 Mar 15 olle 135   .green.darker
3176 06 Mar 15 olle 136   {
3176 06 Mar 15 olle 137     background-color: #A0F8A0;
3176 06 Mar 15 olle 138   }
3176 06 Mar 15 olle 139   
3176 06 Mar 15 olle 140   .blue
3176 06 Mar 15 olle 141   {
3176 06 Mar 15 olle 142     background-color: #D8E8FF;
3176 06 Mar 15 olle 143   }
3176 06 Mar 15 olle 144   .blue.darker
3176 06 Mar 15 olle 145   {
3176 06 Mar 15 olle 146     background-color: #B8B8FF;
3176 06 Mar 15 olle 147   }
3176 06 Mar 15 olle 148   
3176 06 Mar 15 olle 149   .yellow
3176 06 Mar 15 olle 150   {
3176 06 Mar 15 olle 151     background-color: #FFFFD8;
3176 06 Mar 15 olle 152   }
3176 06 Mar 15 olle 153   .yellow.darker
3176 06 Mar 15 olle 154   {
3176 06 Mar 15 olle 155     background-color: #FFFFA0;
3176 06 Mar 15 olle 156   }
3176 06 Mar 15 olle 157   
3176 06 Mar 15 olle 158   .red
3176 06 Mar 15 olle 159   {
3176 06 Mar 15 olle 160     background-color: #FFC8C8;
3176 06 Mar 15 olle 161   }
3176 06 Mar 15 olle 162   .red.darker
3176 06 Mar 15 olle 163   {
3176 06 Mar 15 olle 164     background-color: #F8A0A0;
3176 06 Mar 15 olle 165   }
3501 21 Sep 15 olle 166
3501 21 Sep 15 olle 167   #allprepLabTrackingProtocolHeader
3501 21 Sep 15 olle 168   {
3501 21 Sep 15 olle 169     font-size: 1.2em;
3501 21 Sep 15 olle 170   }
3501 21 Sep 15 olle 171
3501 21 Sep 15 olle 172   .reagent
3501 21 Sep 15 olle 173   {
3501 21 Sep 15 olle 174     width: 70%;
3501 21 Sep 15 olle 175     height: 80%;
3501 21 Sep 15 olle 176     font-size: 0.9em;
3501 21 Sep 15 olle 177   }
3501 21 Sep 15 olle 178
3501 21 Sep 15 olle 179   .reagentheader
3501 21 Sep 15 olle 180   {
3501 21 Sep 15 olle 181     width: 30%;
3501 21 Sep 15 olle 182     height: 80%;
3501 21 Sep 15 olle 183     font-size: 0.9em;
3501 21 Sep 15 olle 184   }
3176 06 Mar 15 olle 185   </style>
3176 06 Mar 15 olle 186 </base:head>
3176 06 Mar 15 olle 187 <base:body>
3176 06 Mar 15 olle 188   <div class="paper">
3176 06 Mar 15 olle 189   <form name="meludi" id="wizard">
3176 06 Mar 15 olle 190
3176 06 Mar 15 olle 191   <div id="page-data" class="datacontainer"
3176 06 Mar 15 olle 192     data-submitinfo="<%=HTML.encodeTags(submitInfoJsonStr)%>"
3176 06 Mar 15 olle 193     data-numitems="<%=numItems%>"
4128 26 Sep 16 olle 194     data-projectname="<%=projectName%>"
3176 06 Mar 15 olle 195     data-meludiversion="<%=meludi.getAbout().getVersion()%>"
3176 06 Mar 15 olle 196   ></div>
3176 06 Mar 15 olle 197   
3176 06 Mar 15 olle 198   <div id="wizard-status"></div>
3176 06 Mar 15 olle 199   
3176 06 Mar 15 olle 200   <div id="all-protocol" style="display: none;">
3176 06 Mar 15 olle 201
3176 06 Mar 15 olle 202   <div id="print-instructions" class="noprint fullwidth">
3176 06 Mar 15 olle 203     <base:button id="print-button" image="<%=home+"/images/print.png"%>" title="Print&hellip;" />
3176 06 Mar 15 olle 204     <span id="printNote">
3176 06 Mar 15 olle 205     <b>Note!</b> 
3176 06 Mar 15 olle 206     For better printing reduce margins to about <i>5mm</i> and set page orientation
3176 06 Mar 15 olle 207     to <i>portrait</i>.
3176 06 Mar 15 olle 208     </span>
3176 06 Mar 15 olle 209     <br clear="all">
3176 06 Mar 15 olle 210   </div>
3176 06 Mar 15 olle 211
3501 21 Sep 15 olle 212 <!--
3336 13 May 15 olle 213   <h1 id="allprepLabTrackingProtocolHeader">Lab Tracking Protocol for Allprep isolation v1.0<span class="meludi">MeLuDI <%=meludi.getAbout().getVersion() %></span></h1>
3501 21 Sep 15 olle 214 -->
3501 21 Sep 15 olle 215   <h1 id="allprepLabTrackingProtocolHeader">Lab Tracking Protocol for FFPE extraction v1.0<span class="meludi">MeLuDI <%=meludi.getAbout().getVersion() %></span></h1>
3501 21 Sep 15 olle 216 <!--
3336 13 May 15 olle 217   <h1 id="allprepLabTrackingProtocolHeader2"></h1>
3501 21 Sep 15 olle 218 -->
3176 06 Mar 15 olle 219
3501 21 Sep 15 olle 220 <!--
3176 06 Mar 15 olle 221   <table class="protocolheader" border="1">
3176 06 Mar 15 olle 222     <tr>
3432 29 Jun 15 olle 223       <th style="width: 10%;">Start list:</th>
3432 29 Jun 15 olle 224       <td style="width: 30%;" id="startlistid"></td>
3176 06 Mar 15 olle 225       <th style="width: 10%;">Operator:</th>
3176 06 Mar 15 olle 226       <td style="width: 50%;" id="operator"></td>
3176 06 Mar 15 olle 227     </tr>
3176 06 Mar 15 olle 228   </table>
3176 06 Mar 15 olle 229
3176 06 Mar 15 olle 230   <table border="1">
3176 06 Mar 15 olle 231     <tr>
3328 11 May 15 olle 232       <td style="width: 60%;">Date for isolation:</td>
3328 11 May 15 olle 233       <td style="width: 40%;" id="isolationdate"></td>
3176 06 Mar 15 olle 234     </tr>
3176 06 Mar 15 olle 235     <tr>
3336 13 May 15 olle 236       <td style="width: 60%;">FFPE DNA/RNA kit lot no.:</td>
3328 11 May 15 olle 237       <td style="width: 40%;" id="ffpeDnaRnaKitLotNo"></td>
3176 06 Mar 15 olle 238     </tr>
3176 06 Mar 15 olle 239
3176 06 Mar 15 olle 240     <tr>
3436 02 Jul 15 olle 241       <td style="width: 60%;">Proteinase K lot no.:</td>
3436 02 Jul 15 olle 242       <td style="width: 40%;" id="proteinaseKLotNo"></td>
3436 02 Jul 15 olle 243     </tr>
3436 02 Jul 15 olle 244
3436 02 Jul 15 olle 245     <tr>
3436 02 Jul 15 olle 246       <td style="width: 60%;">DNAse mix lot no.:</td>
3436 02 Jul 15 olle 247       <td style="width: 40%;" id="dnaseMixLotNo"></td>
3436 02 Jul 15 olle 248     </tr>
3436 02 Jul 15 olle 249
3436 02 Jul 15 olle 250     <tr>
3336 13 May 15 olle 251       <td style="width: 60%;">Kapa SYBR Fast lot no.:</td>
3328 11 May 15 olle 252       <td style="width: 40%;" id="kapaSybrFastLotNo"></td>
3176 06 Mar 15 olle 253     </tr>
3176 06 Mar 15 olle 254
3176 06 Mar 15 olle 255     <tr>
3328 11 May 15 olle 256       <td style="width: 60%;">Quality Control Primers (QCP) RGT no.:</td>
3328 11 May 15 olle 257       <td style="width: 40%;" id="qualityControlPrimersQcpRgtNo"></td>
3176 06 Mar 15 olle 258     </tr>
3176 06 Mar 15 olle 259
3176 06 Mar 15 olle 260     <tr>
3438 03 Jul 15 olle 261       <td style="width: 60%;">Quality Control Template (QCT) lot no.:</td>
3438 03 Jul 15 olle 262       <td style="width: 40%;" id="qualityControlTemplateQctLotNo"></td>
3438 03 Jul 15 olle 263     </tr>
3438 03 Jul 15 olle 264
3438 03 Jul 15 olle 265     <tr>
3336 13 May 15 olle 266       <td style="width: 60%;">QUBIT DNA High Sens lot no.:</td>
3328 11 May 15 olle 267       <td style="width: 40%;" id="qubitDnaHighSensLotNo"></td>
3176 06 Mar 15 olle 268     </tr>
3176 06 Mar 15 olle 269
3176 06 Mar 15 olle 270     <tr>
3336 13 May 15 olle 271       <td style="width: 60%;">QUBIT DNA Broad Range lot no.:</td>
3328 11 May 15 olle 272       <td style="width: 40%;" id="qubitDnaBroadRangeLotNo"></td>
3176 06 Mar 15 olle 273     </tr>
3176 06 Mar 15 olle 274   </table>
3501 21 Sep 15 olle 275 -->
3501 21 Sep 15 olle 276 <!-- Table with two columns; left for isolation, right for QIAcube -->
3501 21 Sep 15 olle 277   <table class="protocolheader">
4128 26 Sep 16 olle 278   <tr>
4128 26 Sep 16 olle 279     <th style="max-height: 1.5em; font-size: 0.9em;">Project</th>
4128 26 Sep 16 olle 280     <td><span id="projectnameid" style="max-height: 1.5em; font-size: 0.9em;"></span></td>
4128 26 Sep 16 olle 281     <th style="max-height: 1.5em; font-size: 0.9em;"></th>
4128 26 Sep 16 olle 282     <td><span id="projectunusedid" style="max-height: 1.5em; font-size: 0.9em;"></span></td>
4128 26 Sep 16 olle 283   </tr>
3501 21 Sep 15 olle 284 <!--
3501 21 Sep 15 olle 285   <tr>
3501 21 Sep 15 olle 286     <th style="height: 60%; font-size: 0.9em;">Start list</th>
3501 21 Sep 15 olle 287     <td><span id="startlistid" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 288     <th style="height: 60%; font-size: 0.9em;">QIAcube date</th>
3501 21 Sep 15 olle 289     <td><span id="qiacubeDate" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 290   </tr>
3501 21 Sep 15 olle 291 -->
3501 21 Sep 15 olle 292   <tr>
3501 21 Sep 15 olle 293     <th style="max-height: 1.5em; font-size: 0.9em;">Start list</th>
3501 21 Sep 15 olle 294 <!--
3501 21 Sep 15 olle 295     <td><span id="startlistid" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 296 -->
3501 21 Sep 15 olle 297     <td><span id="startlistid" style="max-height: 1.5em; font-size: 0.9em;"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 298     <th style="max-height: 1.5em; font-size: 0.9em;">QIAcube date</th>
3501 21 Sep 15 olle 299 <!--
3501 21 Sep 15 olle 300     <td><span id="qiacubeDate" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 301 -->
3501 21 Sep 15 olle 302     <td><span id="qiacubeDate" style="max-height: 1.5em; font-size: 0.9em;"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 303   </tr>
3501 21 Sep 15 olle 304   <tr>
3501 21 Sep 15 olle 305     <th style="height: 80%; font-size: 0.9em;">Start date</th>
3501 21 Sep 15 olle 306     <td><span id="isolationdate" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 307     <th style="height: 80%; font-size: 0.9em;">Operator</th>
3501 21 Sep 15 olle 308     <td><span id="qiacubeOperator" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 309   </tr>
3501 21 Sep 15 olle 310   <tr>
3501 21 Sep 15 olle 311     <th style="height: 80%; font-size: 0.9em;">Operator</th>
3501 21 Sep 15 olle 312     <td><span id="operator" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 313     <th style="height: 80%; font-size: 0.9em;">EtOH 99.5%</th>
3501 21 Sep 15 olle 314     <td><span id="etoh995" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 315   </tr>
3501 21 Sep 15 olle 316   <tr>
3501 21 Sep 15 olle 317     <th style="height: 80%; font-size: 0.9em;">Protocol</th>
3501 21 Sep 15 olle 318     <td><span id="extractionprotocol" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 319     <th style="height: 80%; font-size: 0.9em;">Buffer RLT</th>
3501 21 Sep 15 olle 320     <td><span id="bufferRlt" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 321   </tr>
3501 21 Sep 15 olle 322   <tr>
3501 21 Sep 15 olle 323     <th style="height: 80%; font-size: 0.9em;">Xylene</th>
3501 21 Sep 15 olle 324     <td><span id="xyleneSpecimen" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 325     <th style="height: 80%; font-size: 0.9em;">Buffer FRN</th>
3501 21 Sep 15 olle 326     <td><span id="bufferFrn" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 327   </tr>
3501 21 Sep 15 olle 328   <tr>
3501 21 Sep 15 olle 329     <th style="height: 80%; font-size: 0.9em;">EtOH 99.5%</th>
3501 21 Sep 15 olle 330     <td><span id="etoh995Specimen" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 331     <th style="height: 80%; font-size: 0.9em;">Buffer RPE</th>
3501 21 Sep 15 olle 332     <td><span id="bufferRpe" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 333   </tr>
3501 21 Sep 15 olle 334   <tr>
3501 21 Sep 15 olle 335     <th style="height: 80%; font-size: 0.9em;">FFPE DNA/RNA kit</th>
3501 21 Sep 15 olle 336     <td><span id="allPrepFfpeKit" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 337     <th style="height: 80%; font-size: 0.9em;">RNase-free water</th>
3501 21 Sep 15 olle 338     <td><span id="rnaseFreeWater" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 339   </tr>
3501 21 Sep 15 olle 340   <tr>
3501 21 Sep 15 olle 341     <th style="height: 80%; font-size: 0.9em;">PKD buffer</th>
3501 21 Sep 15 olle 342     <td><span id="bufferPkdSpecimen" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 343     <th style="height: 80%; font-size: 0.9em;">DNAse mix</th>
3501 21 Sep 15 olle 344     <td><span id="dnaseMix" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 345   </tr>
3501 21 Sep 15 olle 346   <tr>
3501 21 Sep 15 olle 347     <th style="height: 80%; font-size: 0.9em;">ATL buffer</th>
3501 21 Sep 15 olle 348     <td><span id="bufferAtlSpecimen" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 349     <th style="height: 80%; font-size: 0.9em;">Buffer RDD</th>
3501 21 Sep 15 olle 350     <td><span id="bufferRdd" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 351   </tr>
3501 21 Sep 15 olle 352   <tr>
3501 21 Sep 15 olle 353     <th style="height: 80%; font-size: 0.9em;">Proteinase K</th>
3501 21 Sep 15 olle 354     <td><span id="proteinaseKSpecimen" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 355     <th style="height: 80%; font-size: 0.9em;">RNeasy Spin Column</th>
3501 21 Sep 15 olle 356     <td><span id="rneasyMinEluteSpinColumn" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 357   </tr>
3501 21 Sep 15 olle 358   <tr>
3501 21 Sep 15 olle 359     <th style="height: 80%; font-size: 0.9em; border-bottom: 2px solid #000000;">RNase A</th>
3501 21 Sep 15 olle 360     <td style="border-bottom: 2px solid #000000;"><span id="rnaseASpecimen" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 361     <th style="height: 80%; font-size: 0.9em;">Buffer AL</th>
3501 21 Sep 15 olle 362     <td><span id="bufferAl" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 363   </tr>
3501 21 Sep 15 olle 364   <tr>
3501 21 Sep 15 olle 365     <th style="height: 80%; font-size: 0.9em;">Kapa SYBR Fast</th>
3501 21 Sep 15 olle 366     <td><span id="kapaSybrFast" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 367     <th style="height: 80%; font-size: 0.9em;">Buffer AW1</th>
3501 21 Sep 15 olle 368     <td><span id="bufferAw1" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 369   </tr>
3501 21 Sep 15 olle 370   <tr>
3501 21 Sep 15 olle 371     <th style="height: 80%; font-size: 0.9em;">QC Template (QCT)</th>
3501 21 Sep 15 olle 372     <td><span id="qualityControlTemplateQct" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 373     <th style="height: 80%; font-size: 0.9em;">Buffer AW2</th>
3501 21 Sep 15 olle 374     <td><span id="bufferAw2" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 375   </tr>
3501 21 Sep 15 olle 376   <tr>
3501 21 Sep 15 olle 377     <th style="height: 80%; font-size: 0.9em;">QC Primers (QCP)</th>
3501 21 Sep 15 olle 378     <td><span id="qualityControlPrimersQcpRgt" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 379     <th style="height: 80%; font-size: 0.9em;">Buffer ATE</th>
3501 21 Sep 15 olle 380     <td><span id="bufferAte" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 381   </tr>
3501 21 Sep 15 olle 382   <tr>
3501 21 Sep 15 olle 383     <th style="height: 80%; font-size: 0.9em;">QUBIT DNA BR</th>
3501 21 Sep 15 olle 384     <td><span id="qubitDnaBroadRange" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 385     <th style="height: 80%; font-size: 0.9em;">QIAamp Spin Column</th>
3501 21 Sep 15 olle 386     <td><span id="qiaampMinEluteSpinColumn" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 387   </tr>
3501 21 Sep 15 olle 388 <!--
3501 21 Sep 15 olle 389   <tr>
3501 21 Sep 15 olle 390     <th>Xylene</th>
3501 21 Sep 15 olle 391     <td><span id="xyleneSpecimen" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 392     <th>EtOH 99.5% (specimen)</th>
3501 21 Sep 15 olle 393     <td><span id="etoh995Specimen" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 394   </tr>
3501 21 Sep 15 olle 395   <tr>
3501 21 Sep 15 olle 396     <th>PKD buffer</th>
3501 21 Sep 15 olle 397     <td><span id="bufferPkdSpecimen" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 398     <th>ATL buffer</th>
3501 21 Sep 15 olle 399     <td><span id="bufferAtlSpecimen" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 400   </tr>
3501 21 Sep 15 olle 401   <tr>
3501 21 Sep 15 olle 402     <th>Proteinase K</th>
3501 21 Sep 15 olle 403     <td><span id="proteinaseKSpecimen" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 404     <th>RNase A</th>
3501 21 Sep 15 olle 405     <td><span id="rnaseASpecimen" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 406   </tr>
3501 21 Sep 15 olle 407   <tr>
3501 21 Sep 15 olle 408     <th>QIAcube date</th>
3501 21 Sep 15 olle 409     <td><span id="qiacubeDate" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 410     <th>QIAcube operator</th>
3501 21 Sep 15 olle 411     <td><span id="qiacubeOperator" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 412   </tr>
3501 21 Sep 15 olle 413   <tr>
3501 21 Sep 15 olle 414     <th>FFPE DNA/RNA kit</th>
3501 21 Sep 15 olle 415     <td><span id="allPrepFfpeKit" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 416     <th>EtOH 99.5%</th>
3501 21 Sep 15 olle 417     <td><span id="etoh995" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 418   </tr>
3501 21 Sep 15 olle 419   <tr>
3501 21 Sep 15 olle 420     <th>Buffer RLT</th>
3501 21 Sep 15 olle 421     <td><span id="bufferRlt" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 422     <th>Buffer FRN</th>
3501 21 Sep 15 olle 423     <td><span id="bufferFrn" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 424   </tr>
3501 21 Sep 15 olle 425   <tr>
3501 21 Sep 15 olle 426     <th>Buffer RPE</th>
3501 21 Sep 15 olle 427     <td><span id="bufferRpe" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 428     <th>Buffer AL</th>
3501 21 Sep 15 olle 429     <td><span id="bufferAl" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 430   </tr>
3501 21 Sep 15 olle 431   <tr>
3501 21 Sep 15 olle 432     <th>Buffer AW1</th>
3501 21 Sep 15 olle 433     <td><span id="bufferAw1" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 434     <th>Buffer AW2</th>
3501 21 Sep 15 olle 435     <td><span id="bufferAw2" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 436   </tr>
3501 21 Sep 15 olle 437   <tr>
3501 21 Sep 15 olle 438     <th>Buffer ATE</th>
3501 21 Sep 15 olle 439     <td><span id="bufferAte" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 440     <th>Buffer RDD</th>
3501 21 Sep 15 olle 441     <td><span id="bufferRdd" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 442   </tr>
3501 21 Sep 15 olle 443   <tr>
3501 21 Sep 15 olle 444     <th>RNase-free water</th>
3501 21 Sep 15 olle 445     <td><span id="rnaseFreeWater" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 446     <th>DNAse mix</th>
3501 21 Sep 15 olle 447     <td><span id="dnaseMix" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 448   </tr>
3501 21 Sep 15 olle 449   <tr>
3501 21 Sep 15 olle 450     <th>RNeasy Min Elute Spin Column</th>
3501 21 Sep 15 olle 451     <td><span id="rneasyMinEluteSpinColumn" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 452     <th>QIAamp Min Elute Spin Column</th>
3501 21 Sep 15 olle 453     <td><span id="qiaampMinEluteSpinColumn" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 454   </tr>
3501 21 Sep 15 olle 455   <tr>
3501 21 Sep 15 olle 456     <th>Kapa SYBR Fast</th>
3501 21 Sep 15 olle 457     <td><span id="kapaSybrFast" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 458     <th>QC Primers (QCP) RGT</th>
3501 21 Sep 15 olle 459     <td><span id="qualityControlPrimersQcpRgt" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 460   </tr>
3501 21 Sep 15 olle 461   <tr>
3501 21 Sep 15 olle 462     <th>QC Template (QCT)</th>
3501 21 Sep 15 olle 463     <td><span id="qualityControlTemplateQct" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 464     <th>QUBIT DNA High Sens</th>
3501 21 Sep 15 olle 465     <td><span id="qubitDnaHighSens" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 466   </tr>
3501 21 Sep 15 olle 467   <tr>
3501 21 Sep 15 olle 468     <th>QUBIT DNA Broad Range</th>
3501 21 Sep 15 olle 469     <td><span id="qubitDnaBroadRange" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 470     <th></th>
3501 21 Sep 15 olle 471     <td><span id="qcreagentlotnounused" class="reagent"></span></td>
3501 21 Sep 15 olle 472   </tr>
3501 21 Sep 15 olle 473 -->
3501 21 Sep 15 olle 474 <!--
3501 21 Sep 15 olle 475   <tr>
3501 21 Sep 15 olle 476     <td colspan="2" rowspan="6" style="text-align: center; font-style: italic;">
3501 21 Sep 15 olle 477       <table style="width: 100%;">
3501 21 Sep 15 olle 478       <tr style="border-bottom-width: 0;">
3501 21 Sep 15 olle 479         <td style="vertical-align: top; text-align: left; font-weight: bold; font-style: normal;">
3501 21 Sep 15 olle 480           QIAcube<br>loading<br>chart
3501 21 Sep 15 olle 481         </td>
3501 21 Sep 15 olle 482         <td>
3501 21 Sep 15 olle 483         </td>
3501 21 Sep 15 olle 484       </tr>
3501 21 Sep 15 olle 485       </table>
3501 21 Sep 15 olle 486     </td>
3501 21 Sep 15 olle 487     <th>QUBIT DNA Broad Range lot no.</th>
3501 21 Sep 15 olle 488     <td><span id="qubitDnaBroadRangeLotNo" class="reagent"></td>
3501 21 Sep 15 olle 489   </tr>
3501 21 Sep 15 olle 490   <tr>
3501 21 Sep 15 olle 491     <th>Buffer AW2</th>
3501 21 Sep 15 olle 492     <td><span id="bufferAw2" class="reagent"></td>
3501 21 Sep 15 olle 493   </tr>
3501 21 Sep 15 olle 494   <tr>
3501 21 Sep 15 olle 495     <th>Buffer EB</th>
3501 21 Sep 15 olle 496     <td><span id="bufferEb" class="reagent"></td>
3501 21 Sep 15 olle 497   </tr>
3501 21 Sep 15 olle 498   <tr>
3501 21 Sep 15 olle 499     <th>RNase free water</th>
3501 21 Sep 15 olle 500     <td><span id="rnaseFreeWater" class="reagent"></td>
3501 21 Sep 15 olle 501   </tr>
3501 21 Sep 15 olle 502   <tr>
3501 21 Sep 15 olle 503     <th>AllPrep DNA Mini Spin Column</th>
3501 21 Sep 15 olle 504     <td><span id="allPrepDnaColumn" class="reagent"></td>
3501 21 Sep 15 olle 505   </tr>
3501 21 Sep 15 olle 506   <tr>
3501 21 Sep 15 olle 507     <th>RNeasy Mini Spin Column</th>
3501 21 Sep 15 olle 508     <td><span id="rneasyColumn" class="reagent"></td>
3501 21 Sep 15 olle 509   </tr>
3501 21 Sep 15 olle 510 -->
3501 21 Sep 15 olle 511   </tbody>
3501 21 Sep 15 olle 512   </table>
3176 06 Mar 15 olle 513 <BR>
3176 06 Mar 15 olle 514   <table class="protocolheader" border="1">
3176 06 Mar 15 olle 515     <tr id="extractionlist">
3501 21 Sep 15 olle 516       <th style="font-size: 0.9em; width: 10%;">Sample</th>
3501 21 Sep 15 olle 517       <th style="font-size: 0.9em; width: 3%;">QIA Pos.</th>
3501 21 Sep 15 olle 518       <th style="font-size: 0.9em; width: 3%;">ND Pos.</th>
5852 06 Mar 20 olle 519       <th style="font-size: 0.9em; width: 10%;">RNA Box Pos.</th>
3501 21 Sep 15 olle 520       <th style="font-size: 0.9em; width: 12%;">RNA conc. ND (ng/µl)</th>
5852 06 Mar 20 olle 521       <th style="font-size: 0.9em; width: 10%;">DNA Box Pos.</th>
3501 21 Sep 15 olle 522       <th style="font-size: 0.9em; width: 12%;">DNA conc. Qubit (ng/µl)</th>
3501 21 Sep 15 olle 523       <th style="font-size: 0.9em; width: 14%;">Delta Ct</th>
3501 21 Sep 15 olle 524       <th style="font-size: 0.9em; width: 26%;">Remark</th>
3176 06 Mar 15 olle 525     </tr>
3176 06 Mar 15 olle 526   <%
3176 06 Mar 15 olle 527   if (counterBalanceInfoRow != null && counterBalanceInfoRow)
3176 06 Mar 15 olle 528   {
3176 06 Mar 15 olle 529     // Add extra row for QIAcube counterbalance
3176 06 Mar 15 olle 530     numItems++;
3176 06 Mar 15 olle 531   }
3176 06 Mar 15 olle 532   for (int itemNo = 0; itemNo < numItems; ++itemNo)
3176 06 Mar 15 olle 533   {
3176 06 Mar 15 olle 534     %>
3176 06 Mar 15 olle 535     <tr>
3501 21 Sep 15 olle 536       <td style="font-size: 0.9em; width: 10%; border-right: 1px solid #000000;"><div id="sample.<%=itemNo%>" >Sample <%=itemNo%></div></td>
3501 21 Sep 15 olle 537       <td style="font-size: 0.9em; width: 8%; text-align: center; border-right: 1px solid #000000;"><div id="qiacubePosition.<%=itemNo%>" >QIAcube position <%=itemNo%></div></td>
5852 06 Mar 20 olle 538       <td style="font-size: 0.9em; width: 10%; text-align: center; border-right: 1px solid #000000;"><div id="nanodropPlatePosition.<%=itemNo%>" >NanoDrop box position <%=itemNo%></div></td>
3501 21 Sep 15 olle 539       <td style="font-size: 0.9em; width: 10%; text-align: center; border-right: 1px solid #000000;"><div id="rnaStorageBox.<%=itemNo%>" >RNA position <%=itemNo%></div></td>
3587 10 Nov 15 olle 540       <td style="font-size: 0.9em; width: 9%; border-right: 1px solid #000000;"><div id="rnaConc.<%=itemNo%>" >RNA conc. <%=itemNo%></div></td>
3501 21 Sep 15 olle 541       <td style="font-size: 0.9em; width: 10%; text-align: center; border-right: 1px solid #000000;"><div id="dnaStorageBox.<%=itemNo%>" >DNA position <%=itemNo%></div></td>
3587 10 Nov 15 olle 542       <td style="font-size: 0.9em; width: 9%; border-right: 1px solid #000000;"><div id="dnaConc.<%=itemNo%>" >DNA conc. <%=itemNo%></div></td>
3501 21 Sep 15 olle 543       <td style="font-size: 0.9em; width: 9%; border-right: 1px solid #000000;"><div id="deltaCt.<%=itemNo%>" >Delta-Ct <%=itemNo%></div></td>
3501 21 Sep 15 olle 544       <td style="font-size: 0.9em; width: 25%; border-right: 1px solid #000000;"><div id="remark.<%=itemNo%>" >Remark <%=itemNo%></div></td>
3176 06 Mar 15 olle 545     </tr>
3176 06 Mar 15 olle 546     <%
3176 06 Mar 15 olle 547   }
3176 06 Mar 15 olle 548   %>
3176 06 Mar 15 olle 549   </table>
3291 30 Apr 15 olle 550 <!--
3176 06 Mar 15 olle 551   <table border="1">
3176 06 Mar 15 olle 552     <tr>
3176 06 Mar 15 olle 553       <td style="width: 25%;">DNA elution volume:</td>
3176 06 Mar 15 olle 554       <td style="width: 75%;" id="dnaElutionVolume"></td>
3176 06 Mar 15 olle 555     </tr>
3176 06 Mar 15 olle 556     <tr>
3176 06 Mar 15 olle 557       <td style="width: 25%;">DNAse treated RNA:</td>
3176 06 Mar 15 olle 558       <td style="width: 75%;"></td>
3176 06 Mar 15 olle 559     </tr>
3176 06 Mar 15 olle 560
3176 06 Mar 15 olle 561     <tr style="height: 10em; vertical-align: top;">
3176 06 Mar 15 olle 562       <td style="width: 25%;">Proteinase K treatment:</td>
3176 06 Mar 15 olle 563       <td style="width: 75%;"></td>
3176 06 Mar 15 olle 564     </tr>
3176 06 Mar 15 olle 565   </table>
3291 30 Apr 15 olle 566 -->
3176 06 Mar 15 olle 567   <div class="pagebreak"></div>
3176 06 Mar 15 olle 568       
3176 06 Mar 15 olle 569   </div>
3176 06 Mar 15 olle 570   </form>
3176 06 Mar 15 olle 571   </div>
3176 06 Mar 15 olle 572 </base:body>
3176 06 Mar 15 olle 573 </base:page>
3176 06 Mar 15 olle 574 <%
3176 06 Mar 15 olle 575 }
3176 06 Mar 15 olle 576 finally
3176 06 Mar 15 olle 577 {
3176 06 Mar 15 olle 578   if (dc != null) dc.close();
3176 06 Mar 15 olle 579 }
3176 06 Mar 15 olle 580 %>

Generated on Tue Nov 21 03:26:31 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)