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2933 14 Nov 14 olle 47     <div class="step-title">Enter Case Name</div>
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2933 14 Nov 14 olle 51       <tr>
2933 14 Nov 14 olle 52         <td class="prompt">Case name</td>
2933 14 Nov 14 olle 53         <td class="input">
2933 14 Nov 14 olle 54           <input type="text" name="caseName" id="caseName"
2933 14 Nov 14 olle 55             class="required auto-init" data-auto-init="focus" 
2933 14 Nov 14 olle 56             style="width: 12em;" maxlength="12">
2933 14 Nov 14 olle 57         </td>
2933 14 Nov 14 olle 58         <td class="status" id="caseName.status"></td>
2933 14 Nov 14 olle 59         <td class="help">
2933 14 Nov 14 olle 60           <span id="caseName.message" class="message"></span>
4147 03 Oct 16 olle 61           <div id="caseNameText"></div>
2933 14 Nov 14 olle 62         </td>
2933 14 Nov 14 olle 63       </tr>
2933 14 Nov 14 olle 64       </table>
2933 14 Nov 14 olle 65     </div>
2933 14 Nov 14 olle 66   </div>
2933 14 Nov 14 olle 67   
2933 14 Nov 14 olle 68   <div class="step" id="step-2">
2933 14 Nov 14 olle 69     <div class="step-no">2</div>
2933 14 Nov 14 olle 70     <div class="step-title">Enter Case information</div>
2933 14 Nov 14 olle 71     <div class="step-content">
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2933 14 Nov 14 olle 73       <table class="step-form">
4198 31 Oct 16 olle 74       <tr id="padSection">
4198 31 Oct 16 olle 75         <td class="prompt">PAD/CL</td>
4198 31 Oct 16 olle 76         <td class="input">
4198 31 Oct 16 olle 77           <input type="text" name="pad" id="pad"
4198 31 Oct 16 olle 78             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="nofTubes"
4198 31 Oct 16 olle 79             style="width: 12em;">
4198 31 Oct 16 olle 80         </td>
4198 31 Oct 16 olle 81         <td class="status" id="pad.status"></td>
4198 31 Oct 16 olle 82         <td class="help">
4198 31 Oct 16 olle 83           <span id="pad.message" class="message"></span>
4198 31 Oct 16 olle 84           <div id="padMessageText">
4198 31 Oct 16 olle 85           The PAD (Patho-Anatomical Diagnosis) or CL (cytology) number for this case.
4198 31 Oct 16 olle 86           </div>
4198 31 Oct 16 olle 87         </td>
4198 31 Oct 16 olle 88       </tr>
2933 14 Nov 14 olle 89       <tr>
2933 14 Nov 14 olle 90         <td class="prompt">Number of tubes</td>
2933 14 Nov 14 olle 91         <td class="input">
2933 14 Nov 14 olle 92           <input type="text" name="nofTubes" id="nofTubes"
2933 14 Nov 14 olle 93             class="required auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="arrivalDate"
2933 14 Nov 14 olle 94               style="width: 12em;" maxlength="4" value="1">
2933 14 Nov 14 olle 95         </td>
2933 14 Nov 14 olle 96         <td class="status" id="nofTubes.status"></td>
2933 14 Nov 14 olle 97         <td class="help">
2933 14 Nov 14 olle 98           <span id="nofTubes.message" class="message"></span>
2933 14 Nov 14 olle 99           Number of tubes in this case.
2933 14 Nov 14 olle 100         </td>
2933 14 Nov 14 olle 101       </tr>
2933 14 Nov 14 olle 102       <tr valign="top">
2933 14 Nov 14 olle 103         <td class="prompt">Arrival date</td>
2933 14 Nov 14 olle 104         <td class="input">
2933 14 Nov 14 olle 105           <input type="text" name="arrivalDate" id="arrivalDate" 
2933 14 Nov 14 olle 106             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="samplingDate"
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2933 14 Nov 14 olle 120         </td>
2933 14 Nov 14 olle 121         <td class="status" id="arrivalDate.status"></td>
2933 14 Nov 14 olle 122         <td class="help">
2933 14 Nov 14 olle 123           <span id="arrivalDate.message" class="message"></span>
2933 14 Nov 14 olle 124           Date when the specimen tubes arrived (YYYYMMDD or MMDD).
2933 14 Nov 14 olle 125         </td>
2933 14 Nov 14 olle 126       </tr>
2933 14 Nov 14 olle 127       <tr>
2933 14 Nov 14 olle 128         <td class="prompt">Sampling date</td>
2933 14 Nov 14 olle 129         <td class="input">
2933 14 Nov 14 olle 130           <input type="text" name="samplingDate" id="samplingDate"
3232 08 Apr 15 olle 131             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="projectFocus"
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3105 23 Jan 15 olle 143             />
2933 14 Nov 14 olle 144         </td>
2933 14 Nov 14 olle 145         <td class="status" id="samplingDate.status"></td>
2933 14 Nov 14 olle 146         <td class="help">
2933 14 Nov 14 olle 147           <span id="samplingDate.message" class="message"></span>
2933 14 Nov 14 olle 148           Date of surgical removal (YYYYMMDD or MMDD).
2933 14 Nov 14 olle 149         </td>
2933 14 Nov 14 olle 150       </tr>
2933 14 Nov 14 olle 151       <tr>
3232 08 Apr 15 olle 152         <td class="prompt">Project focus</td>
3232 08 Apr 15 olle 153         <td class="input">
3232 08 Apr 15 olle 154           <select name="projectFocus" id="projectFocus"
4732 04 Apr 18 olle 155             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="metastasisSite">
3232 08 Apr 15 olle 156             <option selected value="" >unknown
3232 08 Apr 15 olle 157             <option value="melanoma">Melanoma
3232 08 Apr 15 olle 158             <option value="lungcancer">Lung cancer
3232 08 Apr 15 olle 159             <option value="coloncancer">Colon cancer
3232 08 Apr 15 olle 160             <option value="GIST">GIST (Gastrointestinal stromal tumour)
4196 31 Oct 16 olle 161             <option value="breastcancer">Breast cancer
3232 08 Apr 15 olle 162           </select>
3232 08 Apr 15 olle 163         </td>
3232 08 Apr 15 olle 164         <td class="status" id="projectFocus.status"></td>
3232 08 Apr 15 olle 165         <td class="help">
3232 08 Apr 15 olle 166           <span id="projectFocus.message" class="message"></span>
3232 08 Apr 15 olle 167           Project focus for the case (cancer type).
3232 08 Apr 15 olle 168         </td>
3232 08 Apr 15 olle 169       </tr>
3232 08 Apr 15 olle 170       <tr>
4732 04 Apr 18 olle 171         <td class="prompt">Metastasis site</td>
4732 04 Apr 18 olle 172         <td class="input">
4732 04 Apr 18 olle 173           <select name="metastasisSite" id="metastasisSite"
4732 04 Apr 18 olle 174             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="mutationAnalysis">
4732 04 Apr 18 olle 175             <option selected value="" >unknown
4732 04 Apr 18 olle 176             <option value="liver">Liver
4732 04 Apr 18 olle 177             <option value="skeleton">Skeleton
4732 04 Apr 18 olle 178             <option value="bone">Bone
4732 04 Apr 18 olle 179           </select>
4732 04 Apr 18 olle 180         </td>
4732 04 Apr 18 olle 181         <td class="status" id="metastasisSite.status"></td>
4732 04 Apr 18 olle 182         <td class="help">
4732 04 Apr 18 olle 183           <span id="metastasisSite.message" class="message"></span>
4732 04 Apr 18 olle 184           Metastasis site.
4732 04 Apr 18 olle 185         </td>
4732 04 Apr 18 olle 186       </tr>
4732 04 Apr 18 olle 187       <tr>
3249 14 Apr 15 olle 188         <td class="prompt">Mutation analysis<br><br>
3249 14 Apr 15 olle 189           <base:button id="selectAllMutationAnalysis" style="font-weight: normal;" title="Select all" image="<%=home+"/images/selected.gif"%>" /></td>
3249 14 Apr 15 olle 190         </td>
2933 14 Nov 14 olle 191         <td class="input">
3123 09 Feb 15 olle 192           <label id="mutationAnalysisKras"><input type="checkbox" name="mutationAnalysisKras" id="mutationAnalysisKras">KRAS exon 2-4</label><br>
3123 09 Feb 15 olle 193           <label id="mutationAnalysisNras"><input type="checkbox" name="mutationAnalysisNras" id="mutationAnalysisNras">NRAS exon 2-4</label><br>
3123 09 Feb 15 olle 194           <label id="mutationAnalysisBraf"><input type="checkbox" name="mutationAnalysisBraf" id="mutationAnalysisBraf">BRAF codon 600</label><br>
3123 09 Feb 15 olle 195           <label id="mutationAnalysisEgfr"><input type="checkbox" name="mutationAnalysisEgfr" id="mutationAnalysisEgfr">EGFR exon 18-21</label><br>
3123 09 Feb 15 olle 196           <label id="mutationAnalysisAlkEml4"><input type="checkbox" name="mutationAnalysisAlkEml4" id="mutationAnalysisAlkEml4">ALK/EML4 translocation</label><br>
3123 09 Feb 15 olle 197           <label id="mutationAnalysisPdgfra"><input type="checkbox" name="mutationAnalysisPdgfra" id="mutationAnalysisPdgfra">PDGFRA exon 11, 13, 17</label><br>
3123 09 Feb 15 olle 198           <label id="mutationAnalysisKit"><input type="checkbox" name="mutationAnalysisKit" id="mutationAnalysisKit">KIT exon 9, 11, 13, 17, 18</label><br>
4730 04 Apr 18 olle 199           <label id="mutationAnalysisTst170"><input type="checkbox" name="mutationAnalysisTst170" id="mutationAnalysisTst170">TST170</label><br>
3123 09 Feb 15 olle 200           <label id="mutationAnalysisOther"><input type="checkbox" name="mutationAnalysisOther" id="mutationAnalysisOther">Other analysis</label><br>
2933 14 Nov 14 olle 201         </td>
2933 14 Nov 14 olle 202         <td class="status" id="mutationAnalysis.status"></td>
2933 14 Nov 14 olle 203         <td class="help">
2933 14 Nov 14 olle 204           <span id="mutationAnalysis.message" class="message"></span>
3232 08 Apr 15 olle 205           Default selections set depending on project focus (cancer type). For negative KRAS analysis and colorectal cancer, NRAS analysis should normally also be performed.
2933 14 Nov 14 olle 206         </td>
2933 14 Nov 14 olle 207       </tr>
2933 14 Nov 14 olle 208       <tr>
4727 04 Apr 18 olle 209         <td class="prompt">Hospital site</td>
2933 14 Nov 14 olle 210         <td class="input">
2933 14 Nov 14 olle 211           <select name="site" id="site"
3028 11 Dec 14 olle 212             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="tubeContentType">
2933 14 Nov 14 olle 213             <option selected value="" >unknown
4231 10 Nov 16 olle 214             <option value="Goteborg">Göteborg
4725 29 Mar 18 olle 215             <option value="Halmstad">Halmstad
3028 11 Dec 14 olle 216             <option value="Helsingborg">Helsingborg
4725 29 Mar 18 olle 217             <option value="Jonkoping">Jönköping
3028 11 Dec 14 olle 218             <option value="Karlskrona">Karlskrona
3028 11 Dec 14 olle 219             <option value="Kristianstad">Kristianstad
4211 07 Nov 16 olle 220             <option value="Linkoping" >Linköping
3028 11 Dec 14 olle 221             <option value="Lund">Lund
3028 11 Dec 14 olle 222             <option value="Malmo" >Malmö
4231 10 Nov 16 olle 223             <option value="Stockholm">Stockholm
3408 17 Jun 15 olle 224             <option value="Trelleborg">Trelleborg
4211 07 Nov 16 olle 225             <option value="Umea" >Umeå
4211 07 Nov 16 olle 226             <option value="Uppsala" >Uppsala
3028 11 Dec 14 olle 227             <option value="Vaxjo" >Växjö
2933 14 Nov 14 olle 228           </select>
2933 14 Nov 14 olle 229         </td>
2933 14 Nov 14 olle 230         <td class="status" id="site.status"></td>
2933 14 Nov 14 olle 231         <td class="help">
2933 14 Nov 14 olle 232           <span id="site.message" class="message"></span>
2933 14 Nov 14 olle 233           Hospital site
2933 14 Nov 14 olle 234         </td>
2933 14 Nov 14 olle 235       </tr>
2933 14 Nov 14 olle 236       <tr>
3028 11 Dec 14 olle 237         <td class="prompt">Tube content type</td>
2933 14 Nov 14 olle 238         <td class="input">
3028 11 Dec 14 olle 239           <select name="tubeContentType" id="tubeContentType"
3028 11 Dec 14 olle 240             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="specimenType">
3028 11 Dec 14 olle 241             <option selected value="Specimen" >Specimen
3028 11 Dec 14 olle 242             <option value="DNA">DNA
3028 11 Dec 14 olle 243             <option value="RNA">RNA
3028 11 Dec 14 olle 244             <option value="DNA_RNA">DNA + RNA
3028 11 Dec 14 olle 245           </select>
3028 11 Dec 14 olle 246         </td>
3028 11 Dec 14 olle 247         <td class="status" id="tubeContentType.status"></td>
3028 11 Dec 14 olle 248         <td class="help">
3028 11 Dec 14 olle 249           <span id="tubeContentType.message" class="message"></span>
3028 11 Dec 14 olle 250           Tube content type. (Selecting other option than "Specimen" will set number of tubes.)
3028 11 Dec 14 olle 251         </td>
3028 11 Dec 14 olle 252       </tr>
3028 11 Dec 14 olle 253       <tr>
3028 11 Dec 14 olle 254         <td class="prompt">Specimen type</td>
3028 11 Dec 14 olle 255         <td class="input">
3028 11 Dec 14 olle 256           <select name="specimenType" id="specimenType"
4195 31 Oct 16 olle 257             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="specimenInputType">
2933 14 Nov 14 olle 258             <option selected value="" >unknown
2933 14 Nov 14 olle 259             <option value="Primary">Primary tumour
2933 14 Nov 14 olle 260             <option value="MetastasisDistant">Metastasis
2933 14 Nov 14 olle 261           </select>
2933 14 Nov 14 olle 262         </td>
3028 11 Dec 14 olle 263         <td class="status" id="specimenType.status"></td>
2933 14 Nov 14 olle 264         <td class="help">
3028 11 Dec 14 olle 265           <span id="specimenType.message" class="message"></span>
3028 11 Dec 14 olle 266           Type of specimen (Analyzed malignancy).
2933 14 Nov 14 olle 267         </td>
2933 14 Nov 14 olle 268       </tr>
2933 14 Nov 14 olle 269       <tr>
4195 31 Oct 16 olle 270         <td class="prompt">Specimen input type</td>
4195 31 Oct 16 olle 271         <td class="input">
4195 31 Oct 16 olle 272           <select name="specimenInputType" id="specimenInputType"
4195 31 Oct 16 olle 273             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="viableTumourCellsPercent">
4195 31 Oct 16 olle 274             <option selected value="" >unknown
4195 31 Oct 16 olle 275             <option value="fresh_frozen">Fresh frozen
4729 04 Apr 18 olle 276             <option value="rna_later">RNAlater
4791 04 May 18 olle 277             <option value="ffpe_block">FFPE block ("kloss")
4729 04 Apr 18 olle 278             <option value="ffpe_section">FFPE section ("snitt")
4729 04 Apr 18 olle 279             <option value="ffpe_punch">FFPE punch ("stans")
4729 04 Apr 18 olle 280             <option value="ffpe_slide">FFPE slide ("glas")
4195 31 Oct 16 olle 281             <option value="cell_line">Cell line
4195 31 Oct 16 olle 282           </select>
4195 31 Oct 16 olle 283         </td>
4195 31 Oct 16 olle 284         <td class="status" id="specimenInputType.status"></td>
4195 31 Oct 16 olle 285         <td class="help">
4195 31 Oct 16 olle 286           <span id="specimenInputType.message" class="message"></span>
4195 31 Oct 16 olle 287           Form in which specimen is delivered.
4195 31 Oct 16 olle 288         </td>
4195 31 Oct 16 olle 289       </tr>
4195 31 Oct 16 olle 290       <tr>
3067 08 Jan 15 olle 291         <td class="prompt">Viable tumour cells percentage (&#37;)</td>
3067 08 Jan 15 olle 292         <td class="input">
3067 08 Jan 15 olle 293           <input type="text" name="viableTumourCellsPercent" id="viableTumourCellsPercent"
3067 08 Jan 15 olle 294             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="otherPathNote"
3067 08 Jan 15 olle 295               style="width: 12em;" maxlength="4" value="">
3067 08 Jan 15 olle 296         </td>
3067 08 Jan 15 olle 297         <td class="status" id="viableTumourCellsPercent.status"></td>
3067 08 Jan 15 olle 298         <td class="help">
3067 08 Jan 15 olle 299           <span id="viableTumourCellsPercent.message" class="message"></span>
3067 08 Jan 15 olle 300           Estimated part of viable tumour cells, in percentage of the total number of cells.
3067 08 Jan 15 olle 301         </td>
3067 08 Jan 15 olle 302       </tr>
2933 14 Nov 14 olle 303       <tr class="align-top">
2933 14 Nov 14 olle 304         <td class="prompt">Other path note</td>
2933 14 Nov 14 olle 305         <td class="input">
2933 14 Nov 14 olle 306           <textarea name="otherPathNote" id="otherPathNote" rows="3"></textarea>
2933 14 Nov 14 olle 307         </td>
2933 14 Nov 14 olle 308         <td class="status" id="otherPathNote.status"></td>
2933 14 Nov 14 olle 309         <td class="help">
2933 14 Nov 14 olle 310           <span id="otherPathNote.message" class="message"></span>
2933 14 Nov 14 olle 311           In this field, enter ALL text noted on the referral form by the pathologist.
2933 14 Nov 14 olle 312         </td>
2933 14 Nov 14 olle 313       </tr>
4246 21 Nov 16 olle 314       <tr>
4246 21 Nov 16 olle 315         <td class="prompt">Extract creation options</td>
4246 21 Nov 16 olle 316         <td class="input">
4246 21 Nov 16 olle 317           <label id="extractsFromFirstSpecimenOnly"><input type="checkbox" name="extractsFromFirstSpecimenOnlyCB" id="extractsFromFirstSpecimenOnlyCB">Extracts from first specimen only</label><br>
4246 21 Nov 16 olle 318         </td>
4246 21 Nov 16 olle 319         <td class="status" id="extractsFromFirstSpecimenOnly.status"></td>
4246 21 Nov 16 olle 320         <td class="help">
4246 21 Nov 16 olle 321           <span id="extractsFromFirstSpecimenOnly.message" class="message"></span>
4246 21 Nov 16 olle 322           Extracts from first specimen only, otherwise all specimens.
4246 21 Nov 16 olle 323         </td>
4246 21 Nov 16 olle 324       </tr>
2933 14 Nov 14 olle 325       </table>
2933 14 Nov 14 olle 326     </div>
2933 14 Nov 14 olle 327   </div>
2933 14 Nov 14 olle 328     
2933 14 Nov 14 olle 329   <div class="step" id="step-3">
2933 14 Nov 14 olle 330     <div class="step-no">3</div>
2933 14 Nov 14 olle 331     <div class="step-title">Enter tube information</div>
2933 14 Nov 14 olle 332     <div class="step-content">
2933 14 Nov 14 olle 333     
2933 14 Nov 14 olle 334       <table id="specimen-tubes" class="step-form">
2933 14 Nov 14 olle 335       </table>
2933 14 Nov 14 olle 336     </div>
2933 14 Nov 14 olle 337   </div>
2933 14 Nov 14 olle 338   
2933 14 Nov 14 olle 339   <div id="wizard-status"></div>
2933 14 Nov 14 olle 340
2933 14 Nov 14 olle 341   <table class="navigation" id="navigation">
2933 14 Nov 14 olle 342   <tr>
2933 14 Nov 14 olle 343     <td><base:button id="gocancel" title="Cancel" /></td>
2933 14 Nov 14 olle 344     <td><base:button id="gonext" title="Next" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" /></td>
2933 14 Nov 14 olle 345     <td><base:button id="goregister" title="Register" image="<%=home+"/images/import.png"%>"  /></td>
2933 14 Nov 14 olle 346     <td><base:button id="gorestart" title="Restart" image="<%=home+"/images/goback.png"%>" /></td>
2933 14 Nov 14 olle 347     <td><base:button id="gostop" title="Stop" image="cancel.png" /></td>
2933 14 Nov 14 olle 348     <td id="gonext-message" class="message"></td>
2933 14 Nov 14 olle 349   </tr>
2933 14 Nov 14 olle 350   </table>
2933 14 Nov 14 olle 351   
2933 14 Nov 14 olle 352
2933 14 Nov 14 olle 353   </form>
2933 14 Nov 14 olle 354   </div>
2933 14 Nov 14 olle 355   
2933 14 Nov 14 olle 356 </base:body>
2933 14 Nov 14 olle 357 </base:page>
2933 14 Nov 14 olle 358 <%
2933 14 Nov 14 olle 359 }
2933 14 Nov 14 olle 360 finally
2933 14 Nov 14 olle 361 {
2933 14 Nov 14 olle 362   if (dc != null) dc.close();
2933 14 Nov 14 olle 363 }
2933 14 Nov 14 olle 364 %>

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