extensions/net.sf.basedb.meludi/trunk/src/net/sf/basedb/meludi/dao/FfpeBlock.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4903 10 Jul 18 olle 1 package net.sf.basedb.meludi.dao;
4903 10 Jul 18 olle 2
4903 10 Jul 18 olle 3 import java.util.ArrayList;
4903 10 Jul 18 olle 4 import java.util.List;
4903 10 Jul 18 olle 5
4903 10 Jul 18 olle 6 import org.json.simple.JSONObject;
4903 10 Jul 18 olle 7
4903 10 Jul 18 olle 8 import net.sf.basedb.core.AnnotationSimpleRestriction;
4903 10 Jul 18 olle 9 import net.sf.basedb.core.AnnotationType;
4903 10 Jul 18 olle 10 import net.sf.basedb.core.DbControl;
4903 10 Jul 18 olle 11 import net.sf.basedb.core.Include;
4903 10 Jul 18 olle 12 import net.sf.basedb.core.InvalidDataException;
4903 10 Jul 18 olle 13 import net.sf.basedb.core.ItemQuery;
4903 10 Jul 18 olle 14 import net.sf.basedb.core.Operator;
4903 10 Jul 18 olle 15 import net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException;
4903 10 Jul 18 olle 16 import net.sf.basedb.core.Sample;
4903 10 Jul 18 olle 17 import net.sf.basedb.core.SessionControl;
4903 10 Jul 18 olle 18 import net.sf.basedb.core.Type;
4903 10 Jul 18 olle 19 import net.sf.basedb.core.query.Annotations;
4903 10 Jul 18 olle 20 import net.sf.basedb.core.query.Expressions;
4903 10 Jul 18 olle 21 import net.sf.basedb.core.query.Hql;
4903 10 Jul 18 olle 22 import net.sf.basedb.core.query.Orders;
4903 10 Jul 18 olle 23 import net.sf.basedb.core.query.Restrictions;
4903 10 Jul 18 olle 24 import net.sf.basedb.meludi.JsonUtil;
4903 10 Jul 18 olle 25 import net.sf.basedb.meludi.Meludi;
4903 10 Jul 18 olle 26 import net.sf.basedb.meludi.ReservedItems;
4903 10 Jul 18 olle 27 import net.sf.basedb.util.MD5;
4903 10 Jul 18 olle 28 import net.sf.basedb.util.Values;
4903 10 Jul 18 olle 29
4903 10 Jul 18 olle 30 /**
4903 10 Jul 18 olle 31   Class for loading information that is related to FFPE block items.
4903 10 Jul 18 olle 32   
4903 10 Jul 18 olle 33   @author olle
4903 10 Jul 18 olle 34   @since 1.6.0
4903 10 Jul 18 olle 35 */
4903 10 Jul 18 olle 36 public class FfpeBlock
4903 10 Jul 18 olle 37   extends MeludiItem<Sample>
4903 10 Jul 18 olle 38 {
4903 10 Jul 18 olle 39
4903 10 Jul 18 olle 40   /**
4954 31 Aug 18 olle 41     Find all FFPE block information.
4954 31 Aug 18 olle 42     This method will check for {@link Subtype#FFPE_BLOCK}
4954 31 Aug 18 olle 43     samples.
4954 31 Aug 18 olle 44     @since 1.6.0
4954 31 Aug 18 olle 45   */
4954 31 Aug 18 olle 46   public static List<FfpeBlock> findAll(DbControl dc)
4954 31 Aug 18 olle 47   {
4954 31 Aug 18 olle 48     // Look for an FFPE block item.
4954 31 Aug 18 olle 49     ItemQuery<Sample> ffpeBlockQuery = Sample.getQuery();
4954 31 Aug 18 olle 50     Subtype.FFPE_BLOCK.addFilter(dc, ffpeBlockQuery);
4954 31 Aug 18 olle 51     ffpeBlockQuery.setIncludes(Meludi.INCLUDE_IN_CURRENT_PROJECT);
4954 31 Aug 18 olle 52     ffpeBlockQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
4954 31 Aug 18 olle 53
4954 31 Aug 18 olle 54     List<Sample> tmp = ffpeBlockQuery.list(dc);
4954 31 Aug 18 olle 55     List<FfpeBlock> ffpeBlockList = new ArrayList<FfpeBlock>(tmp.size());
4954 31 Aug 18 olle 56     for (Sample s : tmp)
4954 31 Aug 18 olle 57     {
4954 31 Aug 18 olle 58       ffpeBlockList.add(new FfpeBlock(s));
4954 31 Aug 18 olle 59     }
4954 31 Aug 18 olle 60     return ffpeBlockList;
4954 31 Aug 18 olle 61   }
4954 31 Aug 18 olle 62
4954 31 Aug 18 olle 63   /**
4903 10 Jul 18 olle 64     Find all FFPE block information by case name.
4903 10 Jul 18 olle 65     This method will check for {@link Subtype#FFPE_BLOCK}
4903 10 Jul 18 olle 66     samples with a CASE_ID annotation matching the case name.
4903 10 Jul 18 olle 67     @since 1.6.0
4903 10 Jul 18 olle 68   */
4903 10 Jul 18 olle 69   public static List<FfpeBlock> findAllByCaseName(DbControl dc, String name)
4903 10 Jul 18 olle 70   {
4903 10 Jul 18 olle 71     // Look for an FFPE block item with the given case ID as annotation.
4903 10 Jul 18 olle 72     String caseId = name;
4903 10 Jul 18 olle 73     AnnotationType caseIdType = Annotationtype.CASE_ID.load(dc);
4903 10 Jul 18 olle 74     ItemQuery<Sample> ffpeBlockQuery = Sample.getQuery();
4903 10 Jul 18 olle 75     Subtype.FFPE_BLOCK.addFilter(dc, ffpeBlockQuery);
4903 10 Jul 18 olle 76     ffpeBlockQuery.restrict(new AnnotationSimpleRestriction(null, caseIdType, Operator.EQ, caseId, true, false));
4903 10 Jul 18 olle 77     ffpeBlockQuery.setIncludes(Meludi.INCLUDE_IN_CURRENT_PROJECT);
4903 10 Jul 18 olle 78     ffpeBlockQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
4903 10 Jul 18 olle 79
4903 10 Jul 18 olle 80     List<Sample> tmp = ffpeBlockQuery.list(dc);
4903 10 Jul 18 olle 81     List<FfpeBlock> ffpeBlockList = new ArrayList<FfpeBlock>(tmp.size());
4903 10 Jul 18 olle 82     for (Sample s : tmp)
4903 10 Jul 18 olle 83     {
4903 10 Jul 18 olle 84       ffpeBlockList.add(new FfpeBlock(s));
4903 10 Jul 18 olle 85     }
4903 10 Jul 18 olle 86     return ffpeBlockList;
4903 10 Jul 18 olle 87   }
4903 10 Jul 18 olle 88
4903 10 Jul 18 olle 89   /**
4903 10 Jul 18 olle 90      Find an FFPE block item with the given external ID.
4903 10 Jul 18 olle 91      @return An FFPE block item, or null if not found.
4903 10 Jul 18 olle 92      @since 1.6.0
4903 10 Jul 18 olle 93   */
4903 10 Jul 18 olle 94   public static FfpeBlock findByExternalId(DbControl dc, String externalId)
4903 10 Jul 18 olle 95   {
4903 10 Jul 18 olle 96     FfpeBlock item = null;
4903 10 Jul 18 olle 97     
4903 10 Jul 18 olle 98     ItemQuery<Sample> query = Sample.getQuery();
4903 10 Jul 18 olle 99     Subtype.FFPE_BLOCK.addFilter(dc, query);
4903 10 Jul 18 olle 100     query.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("externalId"), Expressions.string(externalId)));
4903 10 Jul 18 olle 101     query.order(Orders.desc(Hql.property("name")));
4903 10 Jul 18 olle 102     query.setIncludes(Meludi.INCLUDE_IN_CURRENT_PROJECT);
4903 10 Jul 18 olle 103     
4903 10 Jul 18 olle 104     List<Sample> items = query.list(dc);
4903 10 Jul 18 olle 105 /*
4903 10 Jul 18 olle 106     if (items.size() > 1)
4903 10 Jul 18 olle 107     {
4903 10 Jul 18 olle 108       throw new InvalidDataException(
4903 10 Jul 18 olle 109           "More than one FFPE block item with the external id '" + externalId + "' was found. " +
4903 10 Jul 18 olle 110           "This wizard can't be used until that is corrected.");
4903 10 Jul 18 olle 111     }
4903 10 Jul 18 olle 112 */
4903 10 Jul 18 olle 113     if (items.size() == 1)
4903 10 Jul 18 olle 114     {
4903 10 Jul 18 olle 115       item = new FfpeBlock(items.get(0));
4903 10 Jul 18 olle 116     }
4903 10 Jul 18 olle 117     return item;
4903 10 Jul 18 olle 118   }
4903 10 Jul 18 olle 119
4903 10 Jul 18 olle 120   
4903 10 Jul 18 olle 121   /**
4903 10 Jul 18 olle 122     Find all FFPE block information linked with a patient. A patient can have any
4903 10 Jul 18 olle 123     number of FFPE block items.
4903 10 Jul 18 olle 124   */
4903 10 Jul 18 olle 125   public static List<FfpeBlock> findByPatient(DbControl dc, Patient patient)
4903 10 Jul 18 olle 126   {
4903 10 Jul 18 olle 127     ItemQuery<Sample> ffpeBlockQuery = patient.getBioSource().getSamples();
4903 10 Jul 18 olle 128     Subtype.FFPE_BLOCK.addFilter(dc, ffpeBlockQuery);
4903 10 Jul 18 olle 129     ffpeBlockQuery.include(Include.ALL);
4903 10 Jul 18 olle 130     ffpeBlockQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
4903 10 Jul 18 olle 131     List<Sample> tmp = ffpeBlockQuery.list(dc);
4903 10 Jul 18 olle 132     List<FfpeBlock> ffpeBlock = new ArrayList<FfpeBlock>(tmp.size());
4903 10 Jul 18 olle 133     for (Sample s : tmp)
4903 10 Jul 18 olle 134     {
4903 10 Jul 18 olle 135       ffpeBlock.add(new FfpeBlock(s));
4903 10 Jul 18 olle 136     }
4903 10 Jul 18 olle 137     return ffpeBlock;
4903 10 Jul 18 olle 138   }
4903 10 Jul 18 olle 139   
4903 10 Jul 18 olle 140   /**
4903 10 Jul 18 olle 141     Find blood information by PAD number. This method will check for 
4903 10 Jul 18 olle 142     {@link Subtype#FFPE_BLOCK} samples annotated with PadNumber=name.
4903 10 Jul 18 olle 143     <p>
4903 10 Jul 18 olle 144     
4903 10 Jul 18 olle 145     @param dc DbControl The DbControl to use to connect to the database.
4903 10 Jul 18 olle 146     @param name String The PAD number to find an FFPE sample for.
4903 10 Jul 18 olle 147     @return FFPE An FFPE block item with the input PAD number, or null if not found.
4903 10 Jul 18 olle 148     @since 1.6.0
4903 10 Jul 18 olle 149    */
4903 10 Jul 18 olle 150   public static FfpeBlock findByPadNumber(DbControl dc, String name)
4903 10 Jul 18 olle 151   {
4903 10 Jul 18 olle 152     FfpeBlock ffpeBlock = null;
4903 10 Jul 18 olle 153
4903 10 Jul 18 olle 154     // Return null if input PAD number is null or empty string.
4903 10 Jul 18 olle 155     if (name == null || name.equals(""))
4903 10 Jul 18 olle 156     {
4903 10 Jul 18 olle 157       return null;
4903 10 Jul 18 olle 158     }
4903 10 Jul 18 olle 159
4903 10 Jul 18 olle 160     // Look for an FFPE block sample with annotation BloodRccidNumber=name
4903 10 Jul 18 olle 161     ItemQuery<Sample> ffpeBlockQuery = Sample.getQuery();
4903 10 Jul 18 olle 162     Subtype.FFPE_BLOCK.addFilter(dc, ffpeBlockQuery);
4903 10 Jul 18 olle 163     ffpeBlockQuery.restrict(new AnnotationSimpleRestriction(null, Annotationtype.PAD.load(dc), Operator.EQ, name, true, false));
4903 10 Jul 18 olle 164     
4903 10 Jul 18 olle 165     List<Sample> ffpeBlockSamples = ffpeBlockQuery.list(dc);
4903 10 Jul 18 olle 166
4903 10 Jul 18 olle 167 /*
4903 10 Jul 18 olle 168     // ...if more than one is found, something is incorrectly registered... abort
4903 10 Jul 18 olle 169     if (ffpeBlockSamples.size() > 1)
4903 10 Jul 18 olle 170     {
4903 10 Jul 18 olle 171       throw new InvalidDataException(
4903 10 Jul 18 olle 172           "Found " + ffpeBlockSamples.size() + " FFPE block samples with same PAD number (" + name + 
4903 10 Jul 18 olle 173           "). This wizard can't be used until that is corrected.");
4903 10 Jul 18 olle 174     }
4903 10 Jul 18 olle 175 */
4903 10 Jul 18 olle 176   
4903 10 Jul 18 olle 177     if (ffpeBlockSamples.size() == 1)
4903 10 Jul 18 olle 178     {
4903 10 Jul 18 olle 179       ffpeBlock = new FfpeBlock(ffpeBlockSamples.get(0));
4903 10 Jul 18 olle 180     }
4903 10 Jul 18 olle 181   
4903 10 Jul 18 olle 182     return ffpeBlock;
4903 10 Jul 18 olle 183   }
4903 10 Jul 18 olle 184
4903 10 Jul 18 olle 185   /**
4903 10 Jul 18 olle 186     Generate the next auto-generated FFPE block name. This method will search all FFPE block item 
4903 10 Jul 18 olle 187     samples starting with the given prefix and find the one with the highest numeric 
4903 10 Jul 18 olle 188     suffix. The returned name is the found FFPE block + 1.
4903 10 Jul 18 olle 189     @since 2.5
4903 10 Jul 18 olle 190   */
4903 10 Jul 18 olle 191   public static String generateNextName(DbControl dc, String prefix, Subtype subtype)
4903 10 Jul 18 olle 192   {
4903 10 Jul 18 olle 193     ItemQuery<Sample> ffpeBlockQuery = Sample.getQuery();
4903 10 Jul 18 olle 194     if (subtype != null) subtype.addFilter(dc, ffpeBlockQuery);
4903 10 Jul 18 olle 195     ffpeBlockQuery.restrict(Restrictions.rlike(Hql.property("name"), Expressions.string("^" + prefix + "[0-9]*$")));
4903 10 Jul 18 olle 196     ffpeBlockQuery.order(Orders.desc(Hql.property("name")));
4903 10 Jul 18 olle 197     ffpeBlockQuery.setMaxResults(1);
4903 10 Jul 18 olle 198     ffpeBlockQuery.include(Include.ALL);
4903 10 Jul 18 olle 199     List<Sample> ffpeBlock = ffpeBlockQuery.list(dc);
4903 10 Jul 18 olle 200     String name = null;
4903 10 Jul 18 olle 201     if (ffpeBlock.size() == 0)
4903 10 Jul 18 olle 202     {
4903 10 Jul 18 olle 203       // First FFPE block sample should not have any numeric suffix
4903 10 Jul 18 olle 204       name = prefix;
4903 10 Jul 18 olle 205     }
4903 10 Jul 18 olle 206     else
4903 10 Jul 18 olle 207     {
4903 10 Jul 18 olle 208       String suffix = ffpeBlock.get(0).getName().substring(prefix.length());
4903 10 Jul 18 olle 209       int nextSuffix = Values.getInt(suffix, 1) + 1;
4903 10 Jul 18 olle 210       name = prefix + nextSuffix;
4903 10 Jul 18 olle 211     }
4903 10 Jul 18 olle 212     return name;
4903 10 Jul 18 olle 213   }
4903 10 Jul 18 olle 214   
4903 10 Jul 18 olle 215   // Reserve external ids for 5 minutes
4903 10 Jul 18 olle 216   private static final ReservedItems<Integer> RESERVED_EXTERNAL_IDS = new ReservedItems<Integer>(300);
4903 10 Jul 18 olle 217
4903 10 Jul 18 olle 218   /**
4903 10 Jul 18 olle 219     Generate the next auto-generated external ID. This method will search all FFPE block items
4903 10 Jul 18 olle 220     starting with the given prefix and find the one with the highest numeric suffix. 
4903 10 Jul 18 olle 221     The returned string is the found FFPE block + 1. This method uses the
4903 10 Jul 18 olle 222     {@link ReservedItems} to make sure that the same id is not generated
4903 10 Jul 18 olle 223     twice.
4903 10 Jul 18 olle 224     @since 1.6.0
4903 10 Jul 18 olle 225   */
4903 10 Jul 18 olle 226   public static String generateNextExternalId(DbControl dc, String prefix)
4903 10 Jul 18 olle 227   {
4903 10 Jul 18 olle 228     ItemQuery<Sample> ffpeBlockQuery = Sample.getQuery();
4903 10 Jul 18 olle 229     Subtype.BLOOD.addFilter(dc, ffpeBlockQuery);
4903 10 Jul 18 olle 230     ffpeBlockQuery.restrict(Restrictions.rlike(Hql.property("externalId"), Expressions.string("^" + prefix + "[0-9]+$")));
4903 10 Jul 18 olle 231     ffpeBlockQuery.order(Orders.desc(Hql.property("externalId")));
4903 10 Jul 18 olle 232     ffpeBlockQuery.setMaxResults(1);
4903 10 Jul 18 olle 233     ffpeBlockQuery.include(Include.ALL);
4903 10 Jul 18 olle 234     List<Sample> ffpeBlock = ffpeBlockQuery.list(dc);
4903 10 Jul 18 olle 235     
4903 10 Jul 18 olle 236     int nextExternalNumber = 1;
4903 10 Jul 18 olle 237     if (ffpeBlock.size() > 0)
4903 10 Jul 18 olle 238     {
4903 10 Jul 18 olle 239       String externalNumber = ffpeBlock.get(0).getExternalId().substring(prefix.length());
4903 10 Jul 18 olle 240       nextExternalNumber = Integer.parseInt(externalNumber) + 1;
4903 10 Jul 18 olle 241     }
4903 10 Jul 18 olle 242     int maxExternalNumber = 100+nextExternalNumber;
4903 10 Jul 18 olle 243     while (!RESERVED_EXTERNAL_IDS.reserve(nextExternalNumber))
4903 10 Jul 18 olle 244     {
4903 10 Jul 18 olle 245       nextExternalNumber++;
4903 10 Jul 18 olle 246       if (nextExternalNumber == maxExternalNumber)
4903 10 Jul 18 olle 247       {
4903 10 Jul 18 olle 248         throw new RuntimeException("Failed to generate an external ID after 100 tries");
4903 10 Jul 18 olle 249       }
4903 10 Jul 18 olle 250     }
4903 10 Jul 18 olle 251     String externalId = prefix + MD5.leftPad(Integer.toString(nextExternalNumber), '0', 6);
4903 10 Jul 18 olle 252     return externalId;
4903 10 Jul 18 olle 253   }
4903 10 Jul 18 olle 254
4903 10 Jul 18 olle 255   /**
4903 10 Jul 18 olle 256     Load an FFPE block sample given the exact name of the item.
4903 10 Jul 18 olle 257     @since 1.6.0
4903 10 Jul 18 olle 258   */
4903 10 Jul 18 olle 259   public static FfpeBlock getByName(DbControl dc, String name)
4903 10 Jul 18 olle 260   {
4903 10 Jul 18 olle 261     FfpeBlock ffpeBlock = null;
4903 10 Jul 18 olle 262     
4903 10 Jul 18 olle 263     // Look for an FFPE block with the given name 
4903 10 Jul 18 olle 264     ItemQuery<Sample> ffpeBlockQuery = Sample.getQuery();
4903 10 Jul 18 olle 265     Subtype.FFPE_BLOCK.addFilter(dc, ffpeBlockQuery);
4903 10 Jul 18 olle 266     ffpeBlockQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("name"), Expressions.parameter("name", name, Type.STRING)));
4903 10 Jul 18 olle 267     
4903 10 Jul 18 olle 268     List<Sample> ffpeBlockSamples = ffpeBlockQuery.list(dc);
4903 10 Jul 18 olle 269     
4903 10 Jul 18 olle 270 /*
4903 10 Jul 18 olle 271     // ...if more than one is found, something is incorrectly registered... abort
4903 10 Jul 18 olle 272     if (ffpeBlockSamples.size() > 1)
4903 10 Jul 18 olle 273     {
4903 10 Jul 18 olle 274       throw new InvalidDataException(
4903 10 Jul 18 olle 275         "Found " + ffpeBlockSamples.size() + " FFPE block samples with the same name (" + name + 
4903 10 Jul 18 olle 276         "). This wizard can't be used until that is corrected.");
4903 10 Jul 18 olle 277     }
4903 10 Jul 18 olle 278 */
4903 10 Jul 18 olle 279     
4903 10 Jul 18 olle 280     if (ffpeBlockSamples.size() == 1)
4903 10 Jul 18 olle 281     {
4903 10 Jul 18 olle 282       ffpeBlock = new FfpeBlock(ffpeBlockSamples.get(0));
4903 10 Jul 18 olle 283     }
4903 10 Jul 18 olle 284     
4903 10 Jul 18 olle 285     return ffpeBlock;
4903 10 Jul 18 olle 286   }
4903 10 Jul 18 olle 287   
4903 10 Jul 18 olle 288   public static FfpeBlock getById(DbControl dc, int itemId)
4903 10 Jul 18 olle 289   {
4903 10 Jul 18 olle 290     Sample s = Sample.getById(dc, itemId);
4903 10 Jul 18 olle 291     return s == null ? null : new FfpeBlock(s);
4903 10 Jul 18 olle 292   }
4903 10 Jul 18 olle 293   
4903 10 Jul 18 olle 294   private FfpeBlock(Sample sample)
4903 10 Jul 18 olle 295   {
4903 10 Jul 18 olle 296     super(sample);
4903 10 Jul 18 olle 297   }
4903 10 Jul 18 olle 298   
4903 10 Jul 18 olle 299   
4903 10 Jul 18 olle 300   /**
4903 10 Jul 18 olle 301     Get the real sample that represents this case in BASE.
4903 10 Jul 18 olle 302   */
4903 10 Jul 18 olle 303   public Sample getSample()
4903 10 Jul 18 olle 304   {
4903 10 Jul 18 olle 305     return getItem();
4903 10 Jul 18 olle 306   }
4903 10 Jul 18 olle 307
4903 10 Jul 18 olle 308   private JSONObject jsonWell;
4903 10 Jul 18 olle 309
4903 10 Jul 18 olle 310   @SuppressWarnings("unchecked")
4903 10 Jul 18 olle 311   @Override
4903 10 Jul 18 olle 312   protected void initJSON(JSONObject json)
4903 10 Jul 18 olle 313   {
4903 10 Jul 18 olle 314     super.initJSON(json);
4903 10 Jul 18 olle 315     if (jsonWell != null) json.put("bioWell", jsonWell);
4903 10 Jul 18 olle 316   }
4903 10 Jul 18 olle 317   
4903 10 Jul 18 olle 318   /**
4903 10 Jul 18 olle 319     Load information about the plate and location the current FFPE block
4903 10 Jul 18 olle 320     is located on.
4903 10 Jul 18 olle 321   */
4903 10 Jul 18 olle 322   public JSONObject loadBioPlateLocation()
4903 10 Jul 18 olle 323   {
4903 10 Jul 18 olle 324     if (jsonWell == null)
4903 10 Jul 18 olle 325     {
4903 10 Jul 18 olle 326       jsonWell = JsonUtil.getBioWellAsJSON(getItem().getBioWell(), true);
4903 10 Jul 18 olle 327     }
4903 10 Jul 18 olle 328     return jsonWell;
4903 10 Jul 18 olle 329   }
4903 10 Jul 18 olle 330   
4903 10 Jul 18 olle 331   /**
4903 10 Jul 18 olle 332     Verify that the patient has given their permission to participate in the
4903 10 Jul 18 olle 333     study. Due to the order that things get registered, a non-existing "Consent"
4903 10 Jul 18 olle 334     annotation is accepted. If the annotation exists the answer must be "Yes",
4903 10 Jul 18 olle 335     or an exception is thrown.
4903 10 Jul 18 olle 336   */
4903 10 Jul 18 olle 337   public void verifyConsent(DbControl dc, Annotationtype consentType)
4903 10 Jul 18 olle 338   {
4903 10 Jul 18 olle 339     if (consentType == null)
4903 10 Jul 18 olle 340     {
4903 10 Jul 18 olle 341       consentType = Annotationtype.CONSENT;
4903 10 Jul 18 olle 342     }
4903 10 Jul 18 olle 343     String consent = (String)consentType.getAnnotationValue(dc, getItem());
4903 10 Jul 18 olle 344     if (consent != null && !consent.equals("Yes"))
4903 10 Jul 18 olle 345     {
4903 10 Jul 18 olle 346       throw new PermissionDeniedException("The case (" + getName() + 
4903 10 Jul 18 olle 347         ") has not agreed to participate in the study.");
4903 10 Jul 18 olle 348     }
4903 10 Jul 18 olle 349
4903 10 Jul 18 olle 350   }
4903 10 Jul 18 olle 351 }

Generated on Tue Nov 21 03:26:55 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)