extensions/net.sf.basedb.meludi/trunk/src/net/sf/basedb/meludi/dao/PooledLibrary.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3449 28 Jul 15 olle 1 package net.sf.basedb.meludi.dao;
3449 28 Jul 15 olle 2
3449 28 Jul 15 olle 3 import java.util.ArrayList;
3449 28 Jul 15 olle 4 import java.util.Collection;
3449 28 Jul 15 olle 5 import java.util.List;
3449 28 Jul 15 olle 6
3449 28 Jul 15 olle 7 import org.json.simple.JSONArray;
3449 28 Jul 15 olle 8 import org.json.simple.JSONObject;
3449 28 Jul 15 olle 9
3449 28 Jul 15 olle 10 import net.sf.basedb.core.BioPlate;
3449 28 Jul 15 olle 11 import net.sf.basedb.core.BioWell;
3449 28 Jul 15 olle 12 import net.sf.basedb.core.DbControl;
3449 28 Jul 15 olle 13 import net.sf.basedb.core.Extract;
3449 28 Jul 15 olle 14 import net.sf.basedb.core.ItemQuery;
3449 28 Jul 15 olle 15 import net.sf.basedb.core.Type;
3449 28 Jul 15 olle 16 import net.sf.basedb.core.query.Annotations;
3449 28 Jul 15 olle 17 import net.sf.basedb.core.query.Expression;
3449 28 Jul 15 olle 18 import net.sf.basedb.core.query.Expressions;
3449 28 Jul 15 olle 19 import net.sf.basedb.core.query.Hql;
3449 28 Jul 15 olle 20 import net.sf.basedb.core.query.Orders;
3449 28 Jul 15 olle 21 import net.sf.basedb.core.query.Restrictions;
3449 28 Jul 15 olle 22 import net.sf.basedb.meludi.Meludi;
3449 28 Jul 15 olle 23 import net.sf.basedb.util.MD5;
3449 28 Jul 15 olle 24
3449 28 Jul 15 olle 25 /**
3449 28 Jul 15 olle 26   Class for loading information that is related to Pooled library extracts.
3449 28 Jul 15 olle 27   
3449 28 Jul 15 olle 28   @author nicklas
3449 28 Jul 15 olle 29   @since 2.12
3449 28 Jul 15 olle 30 */
3449 28 Jul 15 olle 31 public class PooledLibrary 
3449 28 Jul 15 olle 32   extends MeludiItem<Extract>
3449 28 Jul 15 olle 33 {  
3449 28 Jul 15 olle 34   
3449 28 Jul 15 olle 35   /**
3449 28 Jul 15 olle 36     Value for the {@link Annotationtype#POOL_MIXING_STRATEGY} annotation 
3449 28 Jul 15 olle 37     when the pool should be mixed using the FIXED strategy. This strategy
3449 28 Jul 15 olle 38     mixes all libraries to the same volume at the expense of a non-optimal
3449 28 Jul 15 olle 39     final pool molarity.
3449 28 Jul 15 olle 40     @since 2.13
3449 28 Jul 15 olle 41   */
3449 28 Jul 15 olle 42   public static final String MIXING_STRATEGY_FIXED = "fixed";
3449 28 Jul 15 olle 43
3449 28 Jul 15 olle 44   
3449 28 Jul 15 olle 45   /**
3449 28 Jul 15 olle 46     Value for the {@link Annotationtype#POOL_MIXING_STRATEGY} annotation 
3449 28 Jul 15 olle 47     when the pool should be mixed using the DYNAMIC strategy. This strategy
3449 28 Jul 15 olle 48     optimizes the final pool molarity but mixes all libraries to different
3449 28 Jul 15 olle 49     volumes.
3449 28 Jul 15 olle 50     @since 2.13
3449 28 Jul 15 olle 51   */
3449 28 Jul 15 olle 52   public static final String MIXING_STRATEGY_DYNAMIC = "dynamic";
3449 28 Jul 15 olle 53   
3449 28 Jul 15 olle 54   /**
3449 28 Jul 15 olle 55     Flag value for the {@link Annotationtype#FLAG} annotation when clustering
3449 28 Jul 15 olle 56     a pooled library failed. This flag is normally attached to 'PooledLibrary'
3449 28 Jul 15 olle 57     items, but may be found on RNA items if the pool runs out of biomaterial.
3449 28 Jul 15 olle 58     @since 2.13
3449 28 Jul 15 olle 59   */
3449 28 Jul 15 olle 60   public static final String FLAG_CLUSTERING_FAILED = "ClusteringFailed";
3449 28 Jul 15 olle 61
3449 28 Jul 15 olle 62   /**
3449 28 Jul 15 olle 63     Flag value for the {@link Annotationtype#FLAG} annotation when sequencing
3449 28 Jul 15 olle 64     a pooled library failed. This flag is normally attached to 'PooledLibrary'
3449 28 Jul 15 olle 65     items, but may be found on RNA items if the pool runs out of biomaterial.
3449 28 Jul 15 olle 66     @since 2.15
3449 28 Jul 15 olle 67   */
3449 28 Jul 15 olle 68   public static final String FLAG_SEQUENCING_FAILED = "SequencingFailed";
3449 28 Jul 15 olle 69   
3449 28 Jul 15 olle 70   /**
3449 28 Jul 15 olle 71     Flag value for the {@link Annotationtype#FLAG} annotation when
3449 28 Jul 15 olle 72     a pool has been sequenced but the demux step failed.
3449 28 Jul 15 olle 73     @since 2.16
3449 28 Jul 15 olle 74   */
3449 28 Jul 15 olle 75   public static final String FLAG_DEMUX_FAILED = Rna.FLAG_DEMUX_FAILED;
3449 28 Jul 15 olle 76
3449 28 Jul 15 olle 77   
3449 28 Jul 15 olle 78   /**
3449 28 Jul 15 olle 79     Find all pooled library items by case name. This method will check for {@link Subtype#LIBRARY}
3449 28 Jul 15 olle 80     extracts with a name matching the case name (eg. xxx.r.m.c.lib), and then list all
3449 28 Jul 15 olle 81     child extracts of type {@link Subtype#POOLED_LIBRARY}.
3449 28 Jul 15 olle 82     @since 2.13
3449 28 Jul 15 olle 83    */
3449 28 Jul 15 olle 84   public static List<PooledLibrary> findByCaseName(DbControl dc, String name)
3449 28 Jul 15 olle 85   {
3449 28 Jul 15 olle 86     // Get rid of suffixes in the name (eg. 'C' which is used for pre-neoadjuvant forms)
4149 03 Oct 16 olle 87     name = Meludi.fetchRootItemName(name, dc.getSessionControl().getActiveProjectId());
3449 28 Jul 15 olle 88
3449 28 Jul 15 olle 89     // Look for a library with the given name 
3449 28 Jul 15 olle 90     ItemQuery<Extract> libQuery = Extract.getQuery();
3449 28 Jul 15 olle 91     Subtype.LIBRARY.addFilter(dc, libQuery);
3449 28 Jul 15 olle 92     libQuery.setIncludes(Meludi.INCLUDE_IN_CURRENT_PROJECT);
3449 28 Jul 15 olle 93     libQuery.restrict(Restrictions.like(Hql.property("name"), Expressions.parameter("name", name+".%", Type.STRING)));
3449 28 Jul 15 olle 94     libQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
3449 28 Jul 15 olle 95
3449 28 Jul 15 olle 96     List<Extract> tmp = libQuery.list(dc);
3449 28 Jul 15 olle 97     List<PooledLibrary> lib = new ArrayList<PooledLibrary>();
3449 28 Jul 15 olle 98     for (Extract e : tmp)
3449 28 Jul 15 olle 99     {
3449 28 Jul 15 olle 100       ItemQuery<Extract> pooledLibQuery = e.getChildExtracts();
3449 28 Jul 15 olle 101       Subtype.POOLED_LIBRARY.addFilter(dc, pooledLibQuery);
3449 28 Jul 15 olle 102       pooledLibQuery.setIncludes(Meludi.INCLUDE_IN_CURRENT_PROJECT);
3449 28 Jul 15 olle 103       pooledLibQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
3449 28 Jul 15 olle 104
3449 28 Jul 15 olle 105       List<Extract> tmpPooled = pooledLibQuery.list(dc);
3449 28 Jul 15 olle 106       for (Extract pooledLib: tmpPooled)
3449 28 Jul 15 olle 107       {
3449 28 Jul 15 olle 108         lib.add(new PooledLibrary(pooledLib));        
3449 28 Jul 15 olle 109       }
3449 28 Jul 15 olle 110     }
3449 28 Jul 15 olle 111     return lib;
3449 28 Jul 15 olle 112   }
3449 28 Jul 15 olle 113
3449 28 Jul 15 olle 114
3449 28 Jul 15 olle 115   /**
3449 28 Jul 15 olle 116     Get a Library extract when the id is known.
3449 28 Jul 15 olle 117   */
3449 28 Jul 15 olle 118   public static PooledLibrary getById(DbControl dc, int id)
3449 28 Jul 15 olle 119   {
3449 28 Jul 15 olle 120     return new PooledLibrary(Extract.getById(dc, id));
3449 28 Jul 15 olle 121   }
3449 28 Jul 15 olle 122   
3449 28 Jul 15 olle 123   /**
3449 28 Jul 15 olle 124     Load pools used on the flow cell.
3449 28 Jul 15 olle 125   */
3449 28 Jul 15 olle 126 /*
3449 28 Jul 15 olle 127   public static List<PooledLibrary> getByFlowCell(DbControl dc, FlowCell flowCell)
3449 28 Jul 15 olle 128   {
3449 28 Jul 15 olle 129     ItemQuery<Extract> poolQuery = Extract.getQuery();
3449 28 Jul 15 olle 130     Subtype.POOLED_LIBRARY.addFilter(dc, poolQuery);
3449 28 Jul 15 olle 131     poolQuery.include(Meludi.INCLUDE_IN_CURRENT_PROJECT);
3449 28 Jul 15 olle 132     poolQuery.setDistinct(true);
3449 28 Jul 15 olle 133     
3449 28 Jul 15 olle 134     // Join intermediate aliquot
3449 28 Jul 15 olle 135     poolQuery.join(Hql.innerJoin("childCreationEvents", "cce1"));
3449 28 Jul 15 olle 136     poolQuery.join(Hql.innerJoin("cce1", "event", "evt1"));
3449 28 Jul 15 olle 137     poolQuery.join(Hql.innerJoin("evt1", "bioMaterial", "pa"));
3449 28 Jul 15 olle 138     
3449 28 Jul 15 olle 139     // Join flow cell
3449 28 Jul 15 olle 140     poolQuery.join(Hql.innerJoin("pa", "childCreationEvents", "cce2"));
3449 28 Jul 15 olle 141     poolQuery.join(Hql.innerJoin("cce2", "event", "evt2"));
3449 28 Jul 15 olle 142     poolQuery.join(Hql.innerJoin("evt2", "physicalBioAssay", "fc"));
3449 28 Jul 15 olle 143     poolQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("fc"), Hql.entity(flowCell.getItem())));
3449 28 Jul 15 olle 144     
3449 28 Jul 15 olle 145     poolQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
3449 28 Jul 15 olle 146     
3449 28 Jul 15 olle 147     List<Extract> tmp = poolQuery.list(dc);
3449 28 Jul 15 olle 148
3449 28 Jul 15 olle 149     return toList(tmp);
3449 28 Jul 15 olle 150   }
3449 28 Jul 15 olle 151 */
3449 28 Jul 15 olle 152
3449 28 Jul 15 olle 153   
3449 28 Jul 15 olle 154   public static List<PooledLibrary> toList(Collection<Extract> extracts)
3449 28 Jul 15 olle 155   {
3449 28 Jul 15 olle 156     List<PooledLibrary> lib = new ArrayList<PooledLibrary>(extracts.size());
3449 28 Jul 15 olle 157     for (Extract e : extracts)
3449 28 Jul 15 olle 158     {
3449 28 Jul 15 olle 159       lib.add(new PooledLibrary(e));
3449 28 Jul 15 olle 160     }
3449 28 Jul 15 olle 161     return lib;
3449 28 Jul 15 olle 162   }
3449 28 Jul 15 olle 163   
3449 28 Jul 15 olle 164   /**
3449 28 Jul 15 olle 165     Generate a sequence of names for the new pools. This method will search all pooled
3449 28 Jul 15 olle 166     libraries and find the one with the highest numeric suffix. 
3449 28 Jul 15 olle 167     The returned names start with the found library + offset and contains the numNames 
3449 28 Jul 15 olle 168     new names.
3449 28 Jul 15 olle 169   */
3449 28 Jul 15 olle 170   public static List<String> generateNamesForBatch(DbControl dc, int offset, int numNames)
3449 28 Jul 15 olle 171   {
3449 28 Jul 15 olle 172     String poolNamePrefix = "Pool";
3449 28 Jul 15 olle 173     int numDigitsInName = 4;
3449 28 Jul 15 olle 174     ItemQuery<Extract> query = Extract.getQuery();
3449 28 Jul 15 olle 175     Subtype.POOLED_LIBRARY.addFilter(dc, query);
3449 28 Jul 15 olle 176     query.include(Meludi.INCLUDE_IN_CURRENT_PROJECT);
3449 28 Jul 15 olle 177     query.restrict(Restrictions.rlike(Hql.property("name"), Expressions.string("^"+poolNamePrefix + "[0-9]+$")));
3449 28 Jul 15 olle 178     query.order(Orders.desc(Hql.property("name")));
3449 28 Jul 15 olle 179     query.setMaxResults(1);
3449 28 Jul 15 olle 180     List<Extract> pools = query.list(dc);
3449 28 Jul 15 olle 181     
3449 28 Jul 15 olle 182     int startIndex = offset;
3449 28 Jul 15 olle 183     if (pools.size() > 0)
3449 28 Jul 15 olle 184     {
3449 28 Jul 15 olle 185       String plateName = pools.get(0).getName().substring(poolNamePrefix.length());
3449 28 Jul 15 olle 186       startIndex = Integer.parseInt(plateName) + offset;
3449 28 Jul 15 olle 187     }
3449 28 Jul 15 olle 188     
3449 28 Jul 15 olle 189     List<String> names = new ArrayList<String>(numNames);
3449 28 Jul 15 olle 190     for (int i = 0; i < numNames; ++i)
3449 28 Jul 15 olle 191     {
3449 28 Jul 15 olle 192       names.add(poolNamePrefix + MD5.leftPad(Integer.toString(startIndex+i), '0', numDigitsInName));
3449 28 Jul 15 olle 193     }
3449 28 Jul 15 olle 194     return names;
3449 28 Jul 15 olle 195   }
3449 28 Jul 15 olle 196
3449 28 Jul 15 olle 197   /**
3449 28 Jul 15 olle 198     Find pooled libraries that have not yet been processed. The query will look for
3449 28 Jul 15 olle 199     extract with the {@link Subtype#POOLED_LIBRARY} subtype that has no 'created' date.
3449 28 Jul 15 olle 200     The list is sorted by name.
3449 28 Jul 15 olle 201   */
3449 28 Jul 15 olle 202   public static List<PooledLibrary> findUnprocessedPools(DbControl dc)
3449 28 Jul 15 olle 203   {
3449 28 Jul 15 olle 204     List<PooledLibrary> pools = new ArrayList<PooledLibrary>();
3449 28 Jul 15 olle 205     
3449 28 Jul 15 olle 206     // Create a query that load all Lysate extracts without created date
3449 28 Jul 15 olle 207     ItemQuery<Extract> query = Extract.getQuery();
3449 28 Jul 15 olle 208     query.setIncludes(Meludi.INCLUDE_IN_CURRENT_PROJECT);
3449 28 Jul 15 olle 209     // Filter on Lysate subtype
3449 28 Jul 15 olle 210     Subtype.POOLED_LIBRARY.addFilter(dc, query);
3449 28 Jul 15 olle 211     // Filter on created date
3449 28 Jul 15 olle 212     query.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("ce", "eventDate"), null));
3449 28 Jul 15 olle 213     
3449 28 Jul 15 olle 214     // Join the creation event and bioplate
3449 28 Jul 15 olle 215     query.join(Hql.innerJoin("creationEvent", "ce"));
3449 28 Jul 15 olle 216     
3449 28 Jul 15 olle 217     // Sort by name
3449 28 Jul 15 olle 218     query.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
3449 28 Jul 15 olle 219         
3449 28 Jul 15 olle 220     return toList(query.list(dc));
3449 28 Jul 15 olle 221   }
3449 28 Jul 15 olle 222
3449 28 Jul 15 olle 223   /**
3449 28 Jul 15 olle 224     Find pooled libraries that have not yet been used on a flow cell. The query will 
3449 28 Jul 15 olle 225     look for extracts with the {@link Subtype#POOLED_LIBRARY} subtype that has remaining
3449 28 Jul 15 olle 226     quantity equal to original quantity. The list is sorted by name.
3449 28 Jul 15 olle 227   */
3449 28 Jul 15 olle 228   public static List<PooledLibrary> findUnusedPools(DbControl dc)
3449 28 Jul 15 olle 229   {
3449 28 Jul 15 olle 230     List<PooledLibrary> pools = new ArrayList<PooledLibrary>();
3449 28 Jul 15 olle 231     
3449 28 Jul 15 olle 232     // Create a query that load all Lysate extracts without created date
3449 28 Jul 15 olle 233     ItemQuery<Extract> query = Extract.getQuery();
3449 28 Jul 15 olle 234     query.setIncludes(Meludi.INCLUDE_IN_CURRENT_PROJECT);
3449 28 Jul 15 olle 235     // Filter on Pooled library subtype
3449 28 Jul 15 olle 236     Subtype.POOLED_LIBRARY.addFilter(dc, query);
3449 28 Jul 15 olle 237
3449 28 Jul 15 olle 238     // Join the creation event 
3449 28 Jul 15 olle 239     query.join(Hql.innerJoin(null, "creationEvent", "ce", true));
3449 28 Jul 15 olle 240     // Filter on created date != null
3449 28 Jul 15 olle 241     query.restrict(Restrictions.neq(Hql.property("ce", "eventDate"), null));
3449 28 Jul 15 olle 242
3449 28 Jul 15 olle 243 /*
3449 28 Jul 15 olle 244     // Join AUTO_PROCESSING annotation
3449 28 Jul 15 olle 245     query.join(Annotations.leftJoin(null, Annotationtype.AUTO_PROCESSING.load(dc), "ap"));
3449 28 Jul 15 olle 246 */
3449 28 Jul 15 olle 247
3449 28 Jul 15 olle 248     /* Create filter: AUTO_PROCESS==ReProcess OR (AUTO_PROCESS=null AND original=remaining quantity) */
3449 28 Jul 15 olle 249     Expression autoProcessing = Hql.alias("ap");
3449 28 Jul 15 olle 250     query.restrict(
3449 28 Jul 15 olle 251       Restrictions.nullSafeOr(
3449 28 Jul 15 olle 252         Restrictions.eq(autoProcessing, Expressions.string("ReProcess")),
3449 28 Jul 15 olle 253         Restrictions.and(
3449 28 Jul 15 olle 254           Restrictions.eq(autoProcessing, null),
3449 28 Jul 15 olle 255           Restrictions.eq(Hql.property("originalQuantity"), Hql.property("remainingQuantity"))
3449 28 Jul 15 olle 256         )
3449 28 Jul 15 olle 257       )
3449 28 Jul 15 olle 258     );
3449 28 Jul 15 olle 259
3449 28 Jul 15 olle 260     // Sort by name
3449 28 Jul 15 olle 261     query.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
3449 28 Jul 15 olle 262         
3449 28 Jul 15 olle 263     return toList(query.list(dc));
3449 28 Jul 15 olle 264   }
3449 28 Jul 15 olle 265
3449 28 Jul 15 olle 266   private JSONObject jsonWell;
3449 28 Jul 15 olle 267   private JSONArray jsonLibPlates;
3449 28 Jul 15 olle 268   
3449 28 Jul 15 olle 269   private PooledLibrary(Extract extract)
3449 28 Jul 15 olle 270   {
3449 28 Jul 15 olle 271     super(extract);
3449 28 Jul 15 olle 272
3449 28 Jul 15 olle 273   }  
3449 28 Jul 15 olle 274   
3449 28 Jul 15 olle 275   /**
3449 28 Jul 15 olle 276     Get the real extract that represents this Pooled library in BASE.
3449 28 Jul 15 olle 277   */
3449 28 Jul 15 olle 278   public Extract getExtract()
3449 28 Jul 15 olle 279   {
3449 28 Jul 15 olle 280     return getItem();
3449 28 Jul 15 olle 281   }
3449 28 Jul 15 olle 282
3449 28 Jul 15 olle 283   @SuppressWarnings("unchecked")
3449 28 Jul 15 olle 284   @Override
3449 28 Jul 15 olle 285   protected void initJSON(JSONObject json) 
3449 28 Jul 15 olle 286   {
3449 28 Jul 15 olle 287     super.initJSON(json);
3449 28 Jul 15 olle 288     if (jsonWell != null) json.put("bioWell", jsonWell);
3449 28 Jul 15 olle 289     if (jsonLibPlates != null) json.put("libPlates", jsonLibPlates);
3449 28 Jul 15 olle 290   }
3449 28 Jul 15 olle 291
3449 28 Jul 15 olle 292   /**
3449 28 Jul 15 olle 293     Load information about the plate and location the current Library
3449 28 Jul 15 olle 294     is located on.
3449 28 Jul 15 olle 295   */
3449 28 Jul 15 olle 296   @SuppressWarnings("unchecked")
3449 28 Jul 15 olle 297   public JSONObject loadBioPlateLocation()
3449 28 Jul 15 olle 298   {
3449 28 Jul 15 olle 299     if (jsonWell != null) return jsonWell;
3449 28 Jul 15 olle 300
3449 28 Jul 15 olle 301     Extract pool = getItem();
3449 28 Jul 15 olle 302     BioWell well = pool.getBioWell();
3449 28 Jul 15 olle 303
3449 28 Jul 15 olle 304     if (well != null)
3449 28 Jul 15 olle 305     {
3449 28 Jul 15 olle 306       jsonWell = new JSONObject();
3449 28 Jul 15 olle 307       jsonWell.put("id", well.getId());
3449 28 Jul 15 olle 308       jsonWell.put("row", well.getRow());
3449 28 Jul 15 olle 309       jsonWell.put("column", well.getColumn());
3449 28 Jul 15 olle 310       
3449 28 Jul 15 olle 311       BioPlate plate = well.getPlate();
3449 28 Jul 15 olle 312       JSONObject jsonPlate = new JSONObject();
3449 28 Jul 15 olle 313       jsonPlate.put("id", plate.getId());
3449 28 Jul 15 olle 314       jsonPlate.put("name", plate.getName());
3449 28 Jul 15 olle 315     
3449 28 Jul 15 olle 316       jsonWell.put("bioPlate", jsonPlate);
3449 28 Jul 15 olle 317     }
3449 28 Jul 15 olle 318
3449 28 Jul 15 olle 319     return jsonWell;
3449 28 Jul 15 olle 320   }
3449 28 Jul 15 olle 321   
3449 28 Jul 15 olle 322   /**
3449 28 Jul 15 olle 323     Load the library bioplates that the parent libraries that
3449 28 Jul 15 olle 324     are part of this pool are coming from. The result is returned
3449 28 Jul 15 olle 325     as a JSON array and is also included in the "libPlates" property
3449 28 Jul 15 olle 326     when calling {@link #asJSONObject()} later.
3449 28 Jul 15 olle 327   */
3449 28 Jul 15 olle 328   @SuppressWarnings("unchecked")
3449 28 Jul 15 olle 329   public JSONArray loadLibPlates(DbControl dc)
3449 28 Jul 15 olle 330   {
3449 28 Jul 15 olle 331     if (jsonLibPlates != null) return jsonLibPlates;
3449 28 Jul 15 olle 332     
3449 28 Jul 15 olle 333     Extract pool = getItem();
3449 28 Jul 15 olle 334     
3449 28 Jul 15 olle 335     ItemQuery<BioPlate> libPlateQuery = BioPlate.getQuery();
3449 28 Jul 15 olle 336     libPlateQuery.setDistinct(true);
3449 28 Jul 15 olle 337     libPlateQuery.include(Meludi.INCLUDE_IN_CURRENT_PROJECT);
3449 28 Jul 15 olle 338
3449 28 Jul 15 olle 339 /*
3449 28 Jul 15 olle 340     // Library/NeoPrep bioplates
3449 28 Jul 15 olle 341     libPlateQuery.restrict(
3449 28 Jul 15 olle 342       Restrictions.or(
3449 28 Jul 15 olle 343         BioplateType.LIBRARY.restriction(dc, null),
3449 28 Jul 15 olle 344         BioplateType.NEOPREP.restriction(dc, null)
3449 28 Jul 15 olle 345       ));
3449 28 Jul 15 olle 346 */
3449 28 Jul 15 olle 347     
3449 28 Jul 15 olle 348     //BioplateType.LIBRARY.addFilter(dc, libPlateQuery, false);
3449 28 Jul 15 olle 349     libPlateQuery.join(Hql.innerJoin("bioWells", "bw"));
3449 28 Jul 15 olle 350     libPlateQuery.join(Hql.innerJoin("bw", "bioMaterial", "lib"));
3449 28 Jul 15 olle 351     
3449 28 Jul 15 olle 352     libPlateQuery.join(Hql.innerJoin("lib", "childCreationEvents", "cce"));
3449 28 Jul 15 olle 353     libPlateQuery.join(Hql.innerJoin("cce", "event", "evt"));
3449 28 Jul 15 olle 354     libPlateQuery.join(Hql.innerJoin("evt", "bioMaterial", "pool"));
3449 28 Jul 15 olle 355     
3449 28 Jul 15 olle 356     libPlateQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("pool"), Hql.entity(pool)));
3449 28 Jul 15 olle 357     
3449 28 Jul 15 olle 358     libPlateQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
3449 28 Jul 15 olle 359     List<BioPlate> result = libPlateQuery.list(dc);
3449 28 Jul 15 olle 360     
3449 28 Jul 15 olle 361     jsonLibPlates = new JSONArray();
3449 28 Jul 15 olle 362     for (BioPlate libPlate : result)
3449 28 Jul 15 olle 363     {
3449 28 Jul 15 olle 364       JSONObject jsonLibPlate = new JSONObject();
3449 28 Jul 15 olle 365       jsonLibPlate.put("id", libPlate.getId());
3449 28 Jul 15 olle 366       jsonLibPlate.put("name", libPlate.getName());
3449 28 Jul 15 olle 367       jsonLibPlates.add(jsonLibPlate);
3449 28 Jul 15 olle 368     }
3449 28 Jul 15 olle 369     return jsonLibPlates;
3449 28 Jul 15 olle 370   }
3449 28 Jul 15 olle 371   
3449 28 Jul 15 olle 372 }

Generated on Tue Nov 21 03:26:59 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)