extensions/net.sf.basedb.meludi/trunk/src/net/sf/basedb/meludi/dao/Rawbioassay.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2933 14 Nov 14 olle 1 package net.sf.basedb.meludi.dao;
2933 14 Nov 14 olle 2
2933 14 Nov 14 olle 3 import java.util.ArrayList;
2933 14 Nov 14 olle 4 import java.util.Collection;
2933 14 Nov 14 olle 5 import java.util.List;
2933 14 Nov 14 olle 6
2933 14 Nov 14 olle 7 import org.json.simple.JSONObject;
2933 14 Nov 14 olle 8
2933 14 Nov 14 olle 9 import net.sf.basedb.core.DbControl;
2933 14 Nov 14 olle 10 import net.sf.basedb.core.RawBioAssay;
2933 14 Nov 14 olle 11
2933 14 Nov 14 olle 12 /**
2933 14 Nov 14 olle 13   Class for loading information that is related to raw bioassays
2933 14 Nov 14 olle 14   
2933 14 Nov 14 olle 15   @author nicklas
2933 14 Nov 14 olle 16   @since 2.17
2933 14 Nov 14 olle 17 */
2933 14 Nov 14 olle 18 public class Rawbioassay 
2933 14 Nov 14 olle 19   extends MeludiItem<RawBioAssay>
2933 14 Nov 14 olle 20 {
2933 14 Nov 14 olle 21
2933 14 Nov 14 olle 22   /**
2933 14 Nov 14 olle 23     Get demuxed sequences item when the id is known.
2933 14 Nov 14 olle 24   */
2933 14 Nov 14 olle 25   public static Rawbioassay getById(DbControl dc, int id)
2933 14 Nov 14 olle 26   {
2933 14 Nov 14 olle 27     return new Rawbioassay(RawBioAssay.getById(dc, id));
2933 14 Nov 14 olle 28   }
2933 14 Nov 14 olle 29   
2933 14 Nov 14 olle 30   public static List<Rawbioassay> toList(Collection<RawBioAssay> bioassays)
2933 14 Nov 14 olle 31   {
2933 14 Nov 14 olle 32     List<Rawbioassay> lib = new ArrayList<Rawbioassay>(bioassays.size());
2933 14 Nov 14 olle 33     for (RawBioAssay raw : bioassays)
2933 14 Nov 14 olle 34     {
2933 14 Nov 14 olle 35       lib.add(new Rawbioassay(raw));
2933 14 Nov 14 olle 36     }
2933 14 Nov 14 olle 37     return lib;
2933 14 Nov 14 olle 38   }
2933 14 Nov 14 olle 39   
2933 14 Nov 14 olle 40   
2933 14 Nov 14 olle 41   private Rawbioassay(RawBioAssay bioAssay)
2933 14 Nov 14 olle 42   {
2933 14 Nov 14 olle 43     super(bioAssay);
2933 14 Nov 14 olle 44
2933 14 Nov 14 olle 45   }  
2933 14 Nov 14 olle 46   
2933 14 Nov 14 olle 47   /**
2933 14 Nov 14 olle 48     Get the raw bioassay that represents the raw data in BASE.
2933 14 Nov 14 olle 49   */
2933 14 Nov 14 olle 50   public RawBioAssay getRawBioAssay()
2933 14 Nov 14 olle 51   {
2933 14 Nov 14 olle 52     return getItem();
2933 14 Nov 14 olle 53   }
2933 14 Nov 14 olle 54
2933 14 Nov 14 olle 55 /*
2933 14 Nov 14 olle 56   public Library getLibrary(DbControl dc)
2933 14 Nov 14 olle 57   {
2933 14 Nov 14 olle 58     return Library.getById(dc, getItem().getParentExtract().getId());
2933 14 Nov 14 olle 59   }
2933 14 Nov 14 olle 60
2933 14 Nov 14 olle 61   public AlignedSequences getAlignedSequences(DbControl dc)
2933 14 Nov 14 olle 62   {
2933 14 Nov 14 olle 63     return AlignedSequences.getById(dc, getItem().getParentBioAssay().getId());
2933 14 Nov 14 olle 64   }
2933 14 Nov 14 olle 65 */
2933 14 Nov 14 olle 66   
2933 14 Nov 14 olle 67   @Override
2933 14 Nov 14 olle 68   protected void initJSON(JSONObject json) 
2933 14 Nov 14 olle 69   {
2933 14 Nov 14 olle 70     super.initJSON(json);
2933 14 Nov 14 olle 71   }
2933 14 Nov 14 olle 72   
2933 14 Nov 14 olle 73
2933 14 Nov 14 olle 74 }

Generated on Tue Nov 21 03:27:00 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)