extensions/net.sf.basedb.mev/trunk/META-INF/extensions.xml

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
666 18 Apr 08 nicklas 1 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
666 18 Apr 08 nicklas 2 <extensions xmlns="http://base.thep.lu.se/extensions.xsd">
2209 03 Feb 14 nicklas 3   <about safe-scripts="1">
666 18 Apr 08 nicklas 4     <name>MEV Launcher package</name>
666 18 Apr 08 nicklas 5     <description>
666 18 Apr 08 nicklas 6       This package adds the possibility to launch the MEV 
666 18 Apr 08 nicklas 7       application with Java web start and automatically have
666 18 Apr 08 nicklas 8       it import data from the current bioassay set.
666 18 Apr 08 nicklas 9     </description>
2477 04 Jun 14 nicklas 10     <version>1.12-dev</version>
1383 22 Aug 11 martin 11     <copyright>BASE development team</copyright>
1239 07 Sep 10 nicklas 12     <email>basedb-users@lists.sourceforge.net</email>
1240 07 Sep 10 nicklas 13     <url>http://baseplugins.thep.lu.se/wiki/net.sf.basedb.mev</url>
2209 03 Feb 14 nicklas 14     <min-base-version>3.3.0</min-base-version>    
666 18 Apr 08 nicklas 15   </about>
1383 22 Aug 11 martin 16   <plugin-definition id="PackageInstaller">
1383 22 Aug 11 martin 17     <about>
1383 22 Aug 11 martin 18       <name>MeV package installer</name>
1383 22 Aug 11 martin 19       <description>
1383 22 Aug 11 martin 20         This plug-in will install required data files types, etc. that
1383 22 Aug 11 martin 21         are required to use the MeV launcher and plug-ins. Start the installation by
1383 22 Aug 11 martin 22         selecting this plug-in from the list at Administrate -> Plugins -> Definitions.
1383 22 Aug 11 martin 23         Then click on the 'Run plugin' button.
1383 22 Aug 11 martin 24       </description>
1383 22 Aug 11 martin 25     </about>
1383 22 Aug 11 martin 26     <plugin-class>net.sf.basedb.mev.install.Install</plugin-class>
1395 15 Sep 11 nicklas 27     <settings>
1395 15 Sep 11 nicklas 28       <property name="immediate-execution">1</property>
1395 15 Sep 11 nicklas 29     </settings>
1383 22 Aug 11 martin 30   </plugin-definition>
1383 22 Aug 11 martin 31   <plugin-definition id="CghExporterPlugin">
1383 22 Aug 11 martin 32     <about>
1383 22 Aug 11 martin 33       <name>MeV CGH exporter</name>      
1383 22 Aug 11 martin 34       <description>
1383 22 Aug 11 martin 35         MeV CGH exporter Comparative Genomic Hybridization exporter for bioassay set data. 
1383 22 Aug 11 martin 36         The resulting file can be opened in MeV for further analysis.
1383 22 Aug 11 martin 37       </description>
1383 22 Aug 11 martin 38     </about>    
1383 22 Aug 11 martin 39     <plugin-class>net.sf.basedb.mev.plugin.CghExporterPlugin</plugin-class>
1395 15 Sep 11 nicklas 40     <settings>
1395 15 Sep 11 nicklas 41       <property name="everyone-use">1</property>
1395 15 Sep 11 nicklas 42     </settings>
1383 22 Aug 11 martin 43   </plugin-definition>
1383 22 Aug 11 martin 44   <plugin-definition id="TdmsExporterPlugin">
1383 22 Aug 11 martin 45     <about>
1383 22 Aug 11 martin 46       <name>MeV TDMS exporter</name>
1383 22 Aug 11 martin 47       <description>
1383 22 Aug 11 martin 48         Tab-delimited Multiple Sample exporter for bioassay set data.
1383 22 Aug 11 martin 49         The resulting file can be opened in MeV for further analysis.
1383 22 Aug 11 martin 50       </description>      
1383 22 Aug 11 martin 51     </about>    
1383 22 Aug 11 martin 52     <plugin-class>net.sf.basedb.mev.plugin.TdmsExporterPlugin</plugin-class>
1395 15 Sep 11 nicklas 53     <settings>
1395 15 Sep 11 nicklas 54       <property name="everyone-use">1</property>
1395 15 Sep 11 nicklas 55     </settings>
1383 22 Aug 11 martin 56   </plugin-definition>
666 18 Apr 08 nicklas 57   <extension
974 26 Feb 09 nicklas 58     id="net.sf.basedb.mev.launchmev"
666 18 Apr 08 nicklas 59     extends="net.sf.basedb.clients.web.bioassayset.list.tools"
666 18 Apr 08 nicklas 60     >
666 18 Apr 08 nicklas 61     <index>1</index>
666 18 Apr 08 nicklas 62     <about>
982 27 Feb 09 nicklas 63       <name>MeV Launcher</name>
666 18 Apr 08 nicklas 64       <description>
974 26 Feb 09 nicklas 65         Adds an action to the "Tools" column that starts MeV using Java
666 18 Apr 08 nicklas 66         web start and automatically loads data from the current bioassay
974 26 Feb 09 nicklas 67         set. The bioassay set must have a MeV TDMS file attached to it.
666 18 Apr 08 nicklas 68       </description>
666 18 Apr 08 nicklas 69     </about>
666 18 Apr 08 nicklas 70     <action-factory>
666 18 Apr 08 nicklas 71       <factory-class>
666 18 Apr 08 nicklas 72         net.sf.basedb.mev.factory.MevButtonFactory
666 18 Apr 08 nicklas 73       </factory-class>
666 18 Apr 08 nicklas 74       <parameters>
974 26 Feb 09 nicklas 75         <title>Start MeV</title>
1083 18 May 09 nicklas 76         <tooltip>
1083 18 May 09 nicklas 77           Launch MeV with data from this bioassay set. If
1083 18 May 09 nicklas 78           you have not yet created any MeV file you will be
1083 18 May 09 nicklas 79           given the option to do so.
1083 18 May 09 nicklas 80         </tooltip>
2209 03 Feb 14 nicklas 81         <clazz>icon link auto-init</clazz>
2209 03 Feb 14 nicklas 82         <data-auto-init>launch-mev</data-auto-init>
2209 03 Feb 14 nicklas 83         <data-home>$HOME$</data-home>
1099 28 May 09 nicklas 84         <icon>~/images/tm4.png</icon>
2209 03 Feb 14 nicklas 85         <script>~/scripts/mev.js</script>
666 18 Apr 08 nicklas 86       </parameters>
666 18 Apr 08 nicklas 87     </action-factory>
666 18 Apr 08 nicklas 88   </extension>
974 26 Feb 09 nicklas 89   <extension
978 27 Feb 09 nicklas 90     id="net.sf.basedb.mev.options"
978 27 Feb 09 nicklas 91     extends="net.sf.basedb.clients.web.menu.extensions"
978 27 Feb 09 nicklas 92     >
978 27 Feb 09 nicklas 93     <index>1</index>
978 27 Feb 09 nicklas 94     <about>
978 27 Feb 09 nicklas 95       <name>MeV Launcher options</name>
978 27 Feb 09 nicklas 96       <description>
978 27 Feb 09 nicklas 97         Opens a dialog where a user can specify options for the MeV Launcher
978 27 Feb 09 nicklas 98       </description>
978 27 Feb 09 nicklas 99     </about>
978 27 Feb 09 nicklas 100     <action-factory>
978 27 Feb 09 nicklas 101       <factory-class>
978 27 Feb 09 nicklas 102         net.sf.basedb.clients.web.extensions.menu.FixedMenuItemFactory
978 27 Feb 09 nicklas 103       </factory-class>
978 27 Feb 09 nicklas 104       <parameters>
978 27 Feb 09 nicklas 105         <title>MeV Launcher options&amp;hellip;</title>
978 27 Feb 09 nicklas 106         <tooltip>Specify options for the MeV Launcher</tooltip>
2209 03 Feb 14 nicklas 107         <data-url>$HOME$/options.jsp?ID=$SESSION-ID$</data-url>
2209 03 Feb 14 nicklas 108         <data-popup>MeVLauncherOptions, 450, 300</data-popup>
978 27 Feb 09 nicklas 109         <icon>~/images/tm4.png</icon>
978 27 Feb 09 nicklas 110       </parameters>
978 27 Feb 09 nicklas 111     </action-factory>
1383 22 Aug 11 martin 112   </extension>  
666 18 Apr 08 nicklas 113 </extensions>

Generated on Tue Nov 21 03:27:30 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)