extensions/net.sf.basedb.mev/trunk/resources/launch_mev.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
1541 22 Feb 12 nicklas 1 <%-- $Id$
974 26 Feb 09 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
978 27 Feb 09 nicklas 3   Copyright (C) 2009 Nicklas Nordborg
974 26 Feb 09 nicklas 4
1416 20 Oct 11 nicklas 5   This file is part of the MeV Launcher extension for BASE.
1416 20 Oct 11 nicklas 6   Available at http://baseplugins.thep.lu.se/
1416 20 Oct 11 nicklas 7   BASE main site: http://base.thep.lu.se/
1416 20 Oct 11 nicklas 8   -----------------------------------------------------------
1416 20 Oct 11 nicklas 9   
1416 20 Oct 11 nicklas 10   This is free software; you can redistribute it and/or
974 26 Feb 09 nicklas 11   modify it under the terms of the GNU General Public License
1416 20 Oct 11 nicklas 12   as published by the Free Software Foundation; either version 3
974 26 Feb 09 nicklas 13   of the License, or (at your option) any later version.
1416 20 Oct 11 nicklas 14   
1416 20 Oct 11 nicklas 15   The software is distributed in the hope that it will be useful,
974 26 Feb 09 nicklas 16   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
1416 20 Oct 11 nicklas 17   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
974 26 Feb 09 nicklas 18   GNU General Public License for more details.
1416 20 Oct 11 nicklas 19   
974 26 Feb 09 nicklas 20   You should have received a copy of the GNU General Public License
1416 20 Oct 11 nicklas 21   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
974 26 Feb 09 nicklas 22   ------------------------------------------------------------------
974 26 Feb 09 nicklas 23
974 26 Feb 09 nicklas 24   @author Jari, Nicklas
974 26 Feb 09 nicklas 25 --%>
1026 07 Apr 09 nicklas 26 <%@ page 
1026 07 Apr 09 nicklas 27   pageEncoding="UTF-8"
1026 07 Apr 09 nicklas 28   session="false"
974 26 Feb 09 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.Application"
974 26 Feb 09 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.BioAssaySet"
974 26 Feb 09 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.Experiment"
974 26 Feb 09 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.Directory"
1083 18 May 09 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.File"
974 26 Feb 09 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.User"
974 26 Feb 09 nicklas 35   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
974 26 Feb 09 nicklas 36   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
1010 30 Mar 09 nicklas 37   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
1010 30 Mar 09 nicklas 38   import="net.sf.basedb.core.Item"
1083 18 May 09 nicklas 39   import="net.sf.basedb.core.Include"
1083 18 May 09 nicklas 40   import="net.sf.basedb.core.Permission"
974 26 Feb 09 nicklas 41   import="net.sf.basedb.core.Path"
1083 18 May 09 nicklas 42   import="net.sf.basedb.core.FileStoreUtil"
1083 18 May 09 nicklas 43   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
1083 18 May 09 nicklas 44   import="net.sf.basedb.core.PluginConfiguration"
1083 18 May 09 nicklas 45   import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
1083 18 May 09 nicklas 46   import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
1083 18 May 09 nicklas 47   import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
1083 18 May 09 nicklas 48   import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
974 26 Feb 09 nicklas 49   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
974 26 Feb 09 nicklas 50   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
974 26 Feb 09 nicklas 51   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
974 26 Feb 09 nicklas 52   import="net.sf.basedb.util.Values"
1083 18 May 09 nicklas 53   import="java.util.List"
974 26 Feb 09 nicklas 54 %>
974 26 Feb 09 nicklas 55 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
1181 22 Oct 09 nicklas 56 <%!
1181 22 Oct 09 nicklas 57 // Get an attached file or null in case there is some kind of error
1181 22 Oct 09 nicklas 58 private File safeGetFile(DbControl dc, BioAssaySet bas, String fileType)
1181 22 Oct 09 nicklas 59 {
1181 22 Oct 09 nicklas 60   File file = null;
1181 22 Oct 09 nicklas 61   try
1181 22 Oct 09 nicklas 62   {
1395 15 Sep 11 nicklas 63     file = FileStoreUtil.getDataFile(dc, bas, fileType, false);
1181 22 Oct 09 nicklas 64   }
1181 22 Oct 09 nicklas 65   catch (Throwable t)
1181 22 Oct 09 nicklas 66   {}
1181 22 Oct 09 nicklas 67   return file;
1181 22 Oct 09 nicklas 68 }
1181 22 Oct 09 nicklas 69 %>
974 26 Feb 09 nicklas 70 <%
974 26 Feb 09 nicklas 71 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(request, true);
974 26 Feb 09 nicklas 72 final String ID = sc.getId();
974 26 Feb 09 nicklas 73 final int bioAssaySetId = Values.getInt(request.getParameter("bioassayset_id"));
1083 18 May 09 nicklas 74 final String title = "Launch MeV";
1083 18 May 09 nicklas 75 final String homeUrl = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.mev.launchmev");
1083 18 May 09 nicklas 76 final String root = request.getContextPath()+"/";
1083 18 May 09 nicklas 77
974 26 Feb 09 nicklas 78 DbControl dc = null;
974 26 Feb 09 nicklas 79 String defaultPath = "/";
1083 18 May 09 nicklas 80
974 26 Feb 09 nicklas 81 try
974 26 Feb 09 nicklas 82 {
974 26 Feb 09 nicklas 83   dc = sc.newDbControl();
974 26 Feb 09 nicklas 84   BioAssaySet bas = BioAssaySet.getById(dc, bioAssaySetId);
1010 30 Mar 09 nicklas 85   ItemContext cc = sc.getCurrentContext(Item.BIOASSAYSET);
1010 30 Mar 09 nicklas 86   cc.setId(bioAssaySetId);
1083 18 May 09 nicklas 87
1083 18 May 09 nicklas 88   // Get the current files
1181 22 Oct 09 nicklas 89   File tdmsFile = safeGetFile(dc, bas, "mev.tdms");
1181 22 Oct 09 nicklas 90   File cghFile = safeGetFile(dc, bas, "mev.cgh");
1181 22 Oct 09 nicklas 91   File anlFile = safeGetFile(dc, bas, "mev.anl");
1083 18 May 09 nicklas 92   boolean allowCreateFile = bas.hasPermission(Permission.WRITE)
1083 18 May 09 nicklas 93     && sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.FILE);
1083 18 May 09 nicklas 94   
1083 18 May 09 nicklas 95   // Get the avilable CGH export configurations
1083 18 May 09 nicklas 96   ItemQuery<PluginConfiguration> cghQuery = PluginConfiguration.getQuery();
1083 18 May 09 nicklas 97   cghQuery.restrict(Restrictions.eq(
1083 18 May 09 nicklas 98       Hql.property("pluginDefinition.className"),
1083 18 May 09 nicklas 99       Expressions.string("net.sf.basedb.mev.plugin.CghExporterPlugin")));
1083 18 May 09 nicklas 100   cghQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
1083 18 May 09 nicklas 101   cghQuery.include(Include.MINE, Include.IN_PROJECT, Include.SHARED, Include.OTHERS);
1083 18 May 09 nicklas 102   List<PluginConfiguration> cghConfigurations = cghQuery.list(dc);
1083 18 May 09 nicklas 103   boolean canCreateCGHFile = cghConfigurations.size() > 0;
1083 18 May 09 nicklas 104   
1083 18 May 09 nicklas 105   // Default names of export files and export jobs
1083 18 May 09 nicklas 106   String defaultTdmsFileName = Path.makeSafeFilename(bas.getName() + "-" + bas.getId() + ".tdms.txt", "");
1083 18 May 09 nicklas 107   String defaultCghFileName = Path.makeSafeFilename(bas.getName() + "-" + bas.getId() + ".cgh.txt", "");
1083 18 May 09 nicklas 108   String tdmsJobName = "Create TDMS file for " + bas.getName();
1083 18 May 09 nicklas 109   String cghJobName = "Create CGH file for " + bas.getName();
1083 18 May 09 nicklas 110   
1083 18 May 09 nicklas 111   // Default home directory of either experiment or user
974 26 Feb 09 nicklas 112   try
974 26 Feb 09 nicklas 113   {
974 26 Feb 09 nicklas 114     Experiment exp = bas.getExperiment();
974 26 Feb 09 nicklas 115     Directory dir = exp.getDirectory();
974 26 Feb 09 nicklas 116     if (dir == null)
974 26 Feb 09 nicklas 117     {
974 26 Feb 09 nicklas 118       User user = User.getById(dc, sc.getLoggedInUserId());
974 26 Feb 09 nicklas 119       dir = user.getHomeDirectory();
974 26 Feb 09 nicklas 120     }
974 26 Feb 09 nicklas 121     if (dir != null)
974 26 Feb 09 nicklas 122     {
974 26 Feb 09 nicklas 123       defaultPath = dir.getPath().toString() + "/";
974 26 Feb 09 nicklas 124     }
974 26 Feb 09 nicklas 125   }
974 26 Feb 09 nicklas 126   catch (Throwable t)
974 26 Feb 09 nicklas 127   {}
974 26 Feb 09 nicklas 128 %>
2209 03 Feb 14 nicklas 129 <base:page type="popup" title="<%=title%>" id="mev-launch">
2209 03 Feb 14 nicklas 130 <base:head scripts="~scripts/mev.js" />
974 26 Feb 09 nicklas 131 <base:body>
1541 22 Feb 12 nicklas 132   <h1><%=title%></h1>
2209 03 Feb 14 nicklas 133   
2209 03 Feb 14 nicklas 134   <div id="page-data" class="datacontainer"
2209 03 Feb 14 nicklas 135     data-bioassayset-id="<%=bioAssaySetId%>"
2209 03 Feb 14 nicklas 136   ></div>
974 26 Feb 09 nicklas 137
1083 18 May 09 nicklas 138   <form name="mev">
1541 22 Feb 12 nicklas 139   <div class="content bottomborder">
1541 22 Feb 12 nicklas 140
1541 22 Feb 12 nicklas 141   <table class="fullform">
1541 22 Feb 12 nicklas 142     <tbody class="sectionheader">
1541 22 Feb 12 nicklas 143       <tr>
1541 22 Feb 12 nicklas 144         <th colspan="2">MeV analysis file</th>
1541 22 Feb 12 nicklas 145       </tr>
1541 22 Feb 12 nicklas 146     </tbody>
1541 22 Feb 12 nicklas 147     <tbody>
1541 22 Feb 12 nicklas 148       <tr>
2209 03 Feb 14 nicklas 149         <td style="padding-bottom: 1em;"><base:button 
2209 03 Feb 14 nicklas 150           title="Start MeV" 
2209 03 Feb 14 nicklas 151           subclass="auto-init"
2209 03 Feb 14 nicklas 152           data-auto-init="start-mev"
2209 03 Feb 14 nicklas 153           data-mev-file-type="mev.anl"
2209 03 Feb 14 nicklas 154           image="<%=homeUrl + "/images/tm4.png" %>" 
1541 22 Feb 12 nicklas 155           disabled="<%=anlFile == null%>"/></td>
1541 22 Feb 12 nicklas 156         <td style="padding-bottom: 1em;">
1083 18 May 09 nicklas 157         <%
1541 22 Feb 12 nicklas 158         if (anlFile == null)
1083 18 May 09 nicklas 159         {
1083 18 May 09 nicklas 160           %>
1541 22 Feb 12 nicklas 161           There is currently no MeV analysis file associated with the bioassay set.
1083 18 May 09 nicklas 162           <%
1083 18 May 09 nicklas 163         }
1541 22 Feb 12 nicklas 164         else
1541 22 Feb 12 nicklas 165         {
1541 22 Feb 12 nicklas 166           %>
1541 22 Feb 12 nicklas 167           Start MeV with the current analysis file:<br>
1541 22 Feb 12 nicklas 168           <%=HTML.encodeTags(anlFile.getName())%> <%=Base.getFileLinks(ID, anlFile, root) %>
1541 22 Feb 12 nicklas 169           <%
1541 22 Feb 12 nicklas 170         }
1083 18 May 09 nicklas 171         %>
1541 22 Feb 12 nicklas 172         </td>
1541 22 Feb 12 nicklas 173       </tr>
1541 22 Feb 12 nicklas 174     </tbody>
1541 22 Feb 12 nicklas 175     <tbody class="sectionheader">
1541 22 Feb 12 nicklas 176       <tr>
1541 22 Feb 12 nicklas 177         <th colspan="2">TDMS - Tab-delimited multiple sample</th>
1541 22 Feb 12 nicklas 178       </tr>
1541 22 Feb 12 nicklas 179     </tbody>
1541 22 Feb 12 nicklas 180     <tbody>
1541 22 Feb 12 nicklas 181       <tr>
2209 03 Feb 14 nicklas 182         <td><base:button 
2209 03 Feb 14 nicklas 183           title="Start MeV" 
2209 03 Feb 14 nicklas 184           subclass="auto-init"
2209 03 Feb 14 nicklas 185           data-auto-init="start-mev"
2209 03 Feb 14 nicklas 186           data-mev-file-type="mev.tdms"
2209 03 Feb 14 nicklas 187           image="<%=homeUrl + "/images/tm4.png" %>" 
1541 22 Feb 12 nicklas 188           disabled="<%=tdmsFile == null%>"/></td>
1541 22 Feb 12 nicklas 189         <td>
1541 22 Feb 12 nicklas 190         <%
1541 22 Feb 12 nicklas 191         if (tdmsFile == null)
1541 22 Feb 12 nicklas 192         {
1541 22 Feb 12 nicklas 193           %>
1541 22 Feb 12 nicklas 194           There is currently no TDMS file associated with the bioassay set.
1541 22 Feb 12 nicklas 195           <%
1541 22 Feb 12 nicklas 196         }
1541 22 Feb 12 nicklas 197         else
1541 22 Feb 12 nicklas 198         {
1541 22 Feb 12 nicklas 199           %>
1541 22 Feb 12 nicklas 200           Start MeV with the current TDMS file:<br>
1541 22 Feb 12 nicklas 201           <%=HTML.encodeTags(tdmsFile.getName())%> <%=Base.getFileLinks(ID, tdmsFile, root) %>
1541 22 Feb 12 nicklas 202           <%
1541 22 Feb 12 nicklas 203         }
1541 22 Feb 12 nicklas 204         %>
1541 22 Feb 12 nicklas 205         </td>
1541 22 Feb 12 nicklas 206       </tr>
1541 22 Feb 12 nicklas 207       <tr>
2209 03 Feb 14 nicklas 208         <td style="padding-bottom: 1em;"><base:button 
2209 03 Feb 14 nicklas 209           id="export-tdms"
2209 03 Feb 14 nicklas 210           title="Export" 
1541 22 Feb 12 nicklas 211           disabled="<%=!allowCreateFile%>" 
2209 03 Feb 14 nicklas 212           data-job-name="<%=HTML.encodeTags(tdmsJobName) %>"
2209 03 Feb 14 nicklas 213           data-save-as="<%=HTML.encodeTags(defaultPath+defaultTdmsFileName)%>"
2209 03 Feb 14 nicklas 214           image="export.png" /></td>
1541 22 Feb 12 nicklas 215         <td style="padding-bottom: 1em;">
1541 22 Feb 12 nicklas 216         <%
1541 22 Feb 12 nicklas 217         if (allowCreateFile)
1541 22 Feb 12 nicklas 218         {
1541 22 Feb 12 nicklas 219           %>
1541 22 Feb 12 nicklas 220           Export the spot data to a MeV TDMS file that can be opened with MeV.
1541 22 Feb 12 nicklas 221           <%
1541 22 Feb 12 nicklas 222         }
1541 22 Feb 12 nicklas 223         else
1541 22 Feb 12 nicklas 224         {
1541 22 Feb 12 nicklas 225           %>
1541 22 Feb 12 nicklas 226           You don't have enough permissions to create a MeV TDSM file.
1541 22 Feb 12 nicklas 227           <%
1541 22 Feb 12 nicklas 228         }
1541 22 Feb 12 nicklas 229         %>
1541 22 Feb 12 nicklas 230         </td>
1541 22 Feb 12 nicklas 231       </tr>
1541 22 Feb 12 nicklas 232     </tbody>
1541 22 Feb 12 nicklas 233     <tbody class="sectionheader">
1541 22 Feb 12 nicklas 234       <tr>
1541 22 Feb 12 nicklas 235         <th colspan="2">CGH - Comparative genomics hybridization</th>
1541 22 Feb 12 nicklas 236       </tr>
1541 22 Feb 12 nicklas 237     </tbody>
1541 22 Feb 12 nicklas 238     <tbody>
1541 22 Feb 12 nicklas 239       <tr>
2209 03 Feb 14 nicklas 240         <td><base:button 
2209 03 Feb 14 nicklas 241           title="Start MeV" 
2209 03 Feb 14 nicklas 242           subclass="auto-init"
2209 03 Feb 14 nicklas 243           data-auto-init="start-mev"
2209 03 Feb 14 nicklas 244           data-mev-file-type="mev.cgh"
2209 03 Feb 14 nicklas 245           image="<%=homeUrl + "/images/tm4.png" %>" 
1541 22 Feb 12 nicklas 246           disabled="<%=cghFile == null%>"/></td>
1541 22 Feb 12 nicklas 247         <td>
1541 22 Feb 12 nicklas 248         <%
1541 22 Feb 12 nicklas 249         if (cghFile == null)
1541 22 Feb 12 nicklas 250         {
1541 22 Feb 12 nicklas 251           %>
1541 22 Feb 12 nicklas 252           There is currently no CGH file associated with the bioassay set.
1541 22 Feb 12 nicklas 253           <%
1541 22 Feb 12 nicklas 254         }
1541 22 Feb 12 nicklas 255         else
1541 22 Feb 12 nicklas 256         {
1541 22 Feb 12 nicklas 257           %>
1541 22 Feb 12 nicklas 258           Start MeV with the current CGH file:<br>
1541 22 Feb 12 nicklas 259           <%=HTML.encodeTags(cghFile.getName())%> <%=Base.getFileLinks(ID, cghFile, root) %>
1541 22 Feb 12 nicklas 260           <%
1541 22 Feb 12 nicklas 261         }
1541 22 Feb 12 nicklas 262         %>
1541 22 Feb 12 nicklas 263         </td>
1541 22 Feb 12 nicklas 264       </tr>
1541 22 Feb 12 nicklas 265       <tr>
2209 03 Feb 14 nicklas 266         <td><base:button 
2209 03 Feb 14 nicklas 267           id="export-cgh"
2209 03 Feb 14 nicklas 268           title="Export" 
1541 22 Feb 12 nicklas 269           disabled="<%=!canCreateCGHFile%>" 
2209 03 Feb 14 nicklas 270           data-job-name="<%=HTML.encodeTags(cghJobName) %>"
2209 03 Feb 14 nicklas 271           data-save-as="<%=HTML.encodeTags(defaultPath+defaultCghFileName)%>"
2209 03 Feb 14 nicklas 272           image="export.png" /></td>
1541 22 Feb 12 nicklas 273         <td>
1541 22 Feb 12 nicklas 274         <%
1541 22 Feb 12 nicklas 275         if (canCreateCGHFile)
1541 22 Feb 12 nicklas 276         {
1541 22 Feb 12 nicklas 277           %>
1541 22 Feb 12 nicklas 278           Export the spot data to a MeV CGH file that can be opened with MeV.
1541 22 Feb 12 nicklas 279           <%
1541 22 Feb 12 nicklas 280         }
1541 22 Feb 12 nicklas 281         else
1541 22 Feb 12 nicklas 282         {
1541 22 Feb 12 nicklas 283           %>
1541 22 Feb 12 nicklas 284           You don't have enough permissions to create a MeV CGH file.
1541 22 Feb 12 nicklas 285           <%
1541 22 Feb 12 nicklas 286         }
1541 22 Feb 12 nicklas 287         %>
1541 22 Feb 12 nicklas 288         </td>
1541 22 Feb 12 nicklas 289       </tr>
1541 22 Feb 12 nicklas 290       <%
1541 22 Feb 12 nicklas 291       if (canCreateCGHFile)
1541 22 Feb 12 nicklas 292       {
1541 22 Feb 12 nicklas 293         %>
1541 22 Feb 12 nicklas 294         <tr>
1541 22 Feb 12 nicklas 295           <td style="text-align: right;">-configuration</td>
1541 22 Feb 12 nicklas 296           <td>
1541 22 Feb 12 nicklas 297             <select name="cgh_configuration">
1541 22 Feb 12 nicklas 298             <%
1541 22 Feb 12 nicklas 299             for (PluginConfiguration cfg : cghConfigurations)
1541 22 Feb 12 nicklas 300             {
1541 22 Feb 12 nicklas 301               %>
1541 22 Feb 12 nicklas 302               <option value="<%=cfg.getId()%>"><%=HTML.encodeTags(cfg.getName())%>
1541 22 Feb 12 nicklas 303               <%
1541 22 Feb 12 nicklas 304             }
1541 22 Feb 12 nicklas 305             %>
1541 22 Feb 12 nicklas 306             </select>
1541 22 Feb 12 nicklas 307           </td>
1541 22 Feb 12 nicklas 308         </tr>
1541 22 Feb 12 nicklas 309         <%
1541 22 Feb 12 nicklas 310       }
1541 22 Feb 12 nicklas 311       %>
1541 22 Feb 12 nicklas 312     </tbody>
1541 22 Feb 12 nicklas 313     <tr class="dynamic">
1541 22 Feb 12 nicklas 314       <td></td>
1541 22 Feb 12 nicklas 315       <td></td>
974 26 Feb 09 nicklas 316     </tr>
1083 18 May 09 nicklas 317   </table>
974 26 Feb 09 nicklas 318   </div>
1083 18 May 09 nicklas 319   </form>
974 26 Feb 09 nicklas 320
1541 22 Feb 12 nicklas 321   <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
2209 03 Feb 14 nicklas 322     <base:button id="close" title="Close" />
1541 22 Feb 12 nicklas 323   </base:buttongroup>
1083 18 May 09 nicklas 324
974 26 Feb 09 nicklas 325 </base:body>
1083 18 May 09 nicklas 326 </base:page>
1083 18 May 09 nicklas 327   <%
1083 18 May 09 nicklas 328 }
1083 18 May 09 nicklas 329 finally
1083 18 May 09 nicklas 330 {
1083 18 May 09 nicklas 331   if (dc != null) dc.close();
1083 18 May 09 nicklas 332 }
1083 18 May 09 nicklas 333 %>

Generated on Tue Nov 21 03:27:37 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)