extensions/net.sf.basedb.mev/trunk/resources/mev_jnlp.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
666 18 Apr 08 nicklas 1 <%-- $Id$
666 18 Apr 08 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
1028 07 Apr 09 nicklas 3   Copyright (C) 2007 Jari Häkkinen
978 27 Feb 09 nicklas 4   Copyright (C) 2009 Nicklas Nordborg
666 18 Apr 08 nicklas 5
1416 20 Oct 11 nicklas 6   This file is part of the MeV Launcher extension for BASE.
1416 20 Oct 11 nicklas 7   Available at http://baseplugins.thep.lu.se/
1416 20 Oct 11 nicklas 8   BASE main site: http://base.thep.lu.se/
1416 20 Oct 11 nicklas 9   -----------------------------------------------------------
1416 20 Oct 11 nicklas 10   
1416 20 Oct 11 nicklas 11   This is free software; you can redistribute it and/or
666 18 Apr 08 nicklas 12   modify it under the terms of the GNU General Public License
1416 20 Oct 11 nicklas 13   as published by the Free Software Foundation; either version 3
666 18 Apr 08 nicklas 14   of the License, or (at your option) any later version.
1416 20 Oct 11 nicklas 15   
1416 20 Oct 11 nicklas 16   The software is distributed in the hope that it will be useful,
666 18 Apr 08 nicklas 17   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
1416 20 Oct 11 nicklas 18   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
666 18 Apr 08 nicklas 19   GNU General Public License for more details.
1416 20 Oct 11 nicklas 20   
666 18 Apr 08 nicklas 21   You should have received a copy of the GNU General Public License
1416 20 Oct 11 nicklas 22   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
666 18 Apr 08 nicklas 23   ------------------------------------------------------------------
666 18 Apr 08 nicklas 24
666 18 Apr 08 nicklas 25   @author Jari, Nicklas
666 18 Apr 08 nicklas 26 --%>
666 18 Apr 08 nicklas 27 <%@ page 
1026 07 Apr 09 nicklas 28   pageEncoding="UTF-8"
666 18 Apr 08 nicklas 29   contentType="application/x-java-jnlp-file"
666 18 Apr 08 nicklas 30   session="false"
666 18 Apr 08 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
1098 28 May 09 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
1098 28 May 09 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.BioAssaySet"
1098 28 May 09 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.File"
1098 28 May 09 nicklas 35   import="net.sf.basedb.core.FileStoreUtil"
1098 28 May 09 nicklas 36   import="net.sf.basedb.core.ItemNotFoundException"
666 18 Apr 08 nicklas 37   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
666 18 Apr 08 nicklas 38   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
666 18 Apr 08 nicklas 39   import="net.sf.basedb.util.Values"
666 18 Apr 08 nicklas 40 %>
666 18 Apr 08 nicklas 41 <%
666 18 Apr 08 nicklas 42 response.setHeader("Expires", "0");
666 18 Apr 08 nicklas 43
666 18 Apr 08 nicklas 44 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(request, true);
666 18 Apr 08 nicklas 45 final String ID = sc.getId();
666 18 Apr 08 nicklas 46 final int bioAssaySetId = Values.getInt(request.getParameter("bioassayset_id"));
1083 18 May 09 nicklas 47 final String fileType = Values.getString(request.getParameter("filetype"));
1156 14 Sep 09 nicklas 48 final String mevFileType = fileType.substring(4);
995 25 Mar 09 nicklas 49 final String scheme = request.getScheme();
666 18 Apr 08 nicklas 50 final String serverName = request.getServerName();
666 18 Apr 08 nicklas 51 final int serverPort = request.getServerPort();
1163 22 Sep 09 nicklas 52 final String homePath = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.mev.launchmev");
1163 22 Sep 09 nicklas 53 final String servletPath = ExtensionsControl.getServletUrl("net.sf.basedb.mev.launchmev", "");
1163 22 Sep 09 nicklas 54 final String serverUrl = scheme + "://" + serverName + ":" + serverPort;
978 27 Feb 09 nicklas 55 final int jvmMaxMemory = Values.getInt(sc.getUserClientSetting("net.sf.basedb.mev.launchmev.jvm.maxmemory"), 512);
1163 22 Sep 09 nicklas 56 String filePath = "";
1098 28 May 09 nicklas 57 DbControl dc = sc.newDbControl();
1098 28 May 09 nicklas 58 try
1098 28 May 09 nicklas 59 {
1098 28 May 09 nicklas 60   BioAssaySet bas = BioAssaySet.getById(dc, bioAssaySetId);
1395 15 Sep 11 nicklas 61   File mevFile = FileStoreUtil.getDataFile(dc, bas, fileType, false);
1098 28 May 09 nicklas 62   if (mevFile == null)
1098 28 May 09 nicklas 63   {
1098 28 May 09 nicklas 64     throw new ItemNotFoundException("No " + fileType + " file found on bioassay set: " + 
1098 28 May 09 nicklas 65       bas.getName());
1098 28 May 09 nicklas 66   }
1165 25 Sep 09 nicklas 67   filePath = mevFile.getPath().toString();
1098 28 May 09 nicklas 68 }
1098 28 May 09 nicklas 69 finally
1098 28 May 09 nicklas 70 {
1098 28 May 09 nicklas 71   if (dc != null) dc.close();
1098 28 May 09 nicklas 72 }
666 18 Apr 08 nicklas 73 out.clearBuffer();
666 18 Apr 08 nicklas 74 %><?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
666 18 Apr 08 nicklas 75 <!DOCTYPE jnlp PUBLIC "-//Sun Microsystems, Inc.//DTD JNLP 1.5//EN" "http://www.netbeans.org/jnlp/DTD/jnlp.dtd">
2211 03 Feb 14 nicklas 76 <jnlp spec="6.0+"
1163 22 Sep 09 nicklas 77   codebase="<%=serverUrl + homePath%>/jar"
2211 03 Feb 14 nicklas 78   version="4.9.0">
666 18 Apr 08 nicklas 79
666 18 Apr 08 nicklas 80   <information>
666 18 Apr 08 nicklas 81     <title>MeV: MultiExperiment Viewer</title>
666 18 Apr 08 nicklas 82     <vendor>http://www.tm4.org</vendor>
666 18 Apr 08 nicklas 83     <homepage href="http://www.tm4.org"/>
666 18 Apr 08 nicklas 84   </information>
666 18 Apr 08 nicklas 85
666 18 Apr 08 nicklas 86   <security>
666 18 Apr 08 nicklas 87     <all-permissions/>
666 18 Apr 08 nicklas 88   </security>
666 18 Apr 08 nicklas 89
666 18 Apr 08 nicklas 90   <resources>
1157 15 Sep 09 nicklas 91     <jar href="base-mev-wrapper.jar" /><!-- must be first since main class is here -->
1157 15 Sep 09 nicklas 92     <jar href="mev-base.jar"/> 
976 26 Feb 09 nicklas 93     <jar href="mev-algorithm-impl.jar"/>
976 26 Feb 09 nicklas 94     <jar href="mev-algorithm-support.jar"/>
976 26 Feb 09 nicklas 95     <jar href="mev-gui-impl.jar"/>
976 26 Feb 09 nicklas 96     <jar href="mev-gui-support.jar"/>
976 26 Feb 09 nicklas 97     <jar href="mev-util.jar"/>
976 26 Feb 09 nicklas 98
976 26 Feb 09 nicklas 99     <jar href="args4j-2.0.9.jar"/>
666 18 Apr 08 nicklas 100     <jar href="base64.jar"/>
666 18 Apr 08 nicklas 101     <jar href="colt.jar"/>
666 18 Apr 08 nicklas 102     <jar href="comcgh.jar"/>
666 18 Apr 08 nicklas 103     <jar href="educgh.jar"/>
666 18 Apr 08 nicklas 104     <jar href="ftpbean.jar"/>
1228 19 Aug 10 nicklas 105     <jar href="goose.jar"/>
976 26 Feb 09 nicklas 106     <jar href="HTTPClient.jar"/>
666 18 Apr 08 nicklas 107     <jar href="images.jar"/>
666 18 Apr 08 nicklas 108     <jar href="j3dcore.jar"/>
976 26 Feb 09 nicklas 109      <jar href="j3dutils.jar"/>
666 18 Apr 08 nicklas 110     <jar href="jai_codec.jar"/>
666 18 Apr 08 nicklas 111     <jar href="jai_core.jar"/>
666 18 Apr 08 nicklas 112     <jar href="jama.jar"/>
976 26 Feb 09 nicklas 113     <jar href="jbcl.jar"/>
1702 14 Jun 12 nicklas 114     <jar href="jcommon-1.0.16.jar"/>
1702 14 Jun 12 nicklas 115     <jar href="jfreechart-1.0.13.jar"/>
976 26 Feb 09 nicklas 116     <jar href="jsch-0.1.39.jar"/>
1190 17 Feb 10 nicklas 117     <jar href="JRI.jar"/>
976 26 Feb 09 nicklas 118     <jar href="JSciCore.jar"/>
976 26 Feb 09 nicklas 119     <jar href="JSciPartial.jar"/>
1145 29 Jul 09 nicklas 120     <jar href="magetab-parser.jar" />
666 18 Apr 08 nicklas 121     <jar href="normalization.jar"/>
976 26 Feb 09 nicklas 122     <jar href="piccolo.jar"/>
976 26 Feb 09 nicklas 123     <jar href="piccolox.jar"/>
666 18 Apr 08 nicklas 124     <jar href="servlet.jar"/>
976 26 Feb 09 nicklas 125     <jar href="Text_JDBC30.jar"/>
666 18 Apr 08 nicklas 126     <jar href="vecmath.jar"/>
976 26 Feb 09 nicklas 127     <jar href="weka.jar"/>
666 18 Apr 08 nicklas 128     <jar href="xerces.jar"/>
976 26 Feb 09 nicklas 129     <jar href="xml-apis.jar"/>
976 26 Feb 09 nicklas 130     
2211 03 Feb 14 nicklas 131     <j2se version="1.7.0+"
978 27 Feb 09 nicklas 132          max-heap-size="<%=jvmMaxMemory%>M"
976 26 Feb 09 nicklas 133         href="http://java.sun.com/products/autodl/j2se"
976 26 Feb 09 nicklas 134       />
666 18 Apr 08 nicklas 135   </resources>
976 26 Feb 09 nicklas 136   
1157 15 Sep 09 nicklas 137   <application-desc main-class="net.sf.basedb.mev.webstart.StartMev">
1163 22 Sep 09 nicklas 138     <argument>-base:servletdir</argument>
1163 22 Sep 09 nicklas 139     <argument><%=serverUrl+servletPath%></argument>
2211 03 Feb 14 nicklas 140     <argument>-base:resourcedir</argument>
2211 03 Feb 14 nicklas 141     <argument><%=serverUrl+homePath%>/resources</argument>
1163 22 Sep 09 nicklas 142     <argument>-base:session</argument>
1163 22 Sep 09 nicklas 143     <argument><%=ID%></argument>
1163 22 Sep 09 nicklas 144     <argument>-base:file</argument>
1163 22 Sep 09 nicklas 145     <argument><%=filePath%></argument>
976 26 Feb 09 nicklas 146     <argument>-fileType</argument>
1083 18 May 09 nicklas 147     <argument><%=mevFileType%></argument>
1163 22 Sep 09 nicklas 148     <argument>-base:bioAssaySet</argument>
1163 22 Sep 09 nicklas 149     <argument><%=bioAssaySetId%></argument>
666 18 Apr 08 nicklas 150   </application-desc>
666 18 Apr 08 nicklas 151 </jnlp>

Generated on Tue Nov 21 03:27:37 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)