extensions/net.sf.basedb.opengrid/trunk/src/net/sf/basedb/opengrid/engine/slurm/run.sh

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6629 07 Mar 22 nicklas 1 #!/bin/bash
6629 07 Mar 22 nicklas 2 ##
6629 07 Mar 22 nicklas 3 ## This script is a wrapper before starting the actual job.
6629 07 Mar 22 nicklas 4 ## It will setup working and temporary directories and
6629 07 Mar 22 nicklas 5 ## error handlers for aborting and exiting in a well-defined fashion
6629 07 Mar 22 nicklas 6 ##
6629 07 Mar 22 nicklas 7
6829 01 Sep 22 nicklas 8 ## Handle manual abort, but only when accounting is disabled
6829 01 Sep 22 nicklas 9 abortedByUser()
6829 01 Sep 22 nicklas 10 {
6829 01 Sep 22 nicklas 11   if [ -n "${STATUS_FILE}" ]; then
6829 01 Sep 22 nicklas 12     echo "Aborted: 1" >> ${STATUS_FILE}
6829 01 Sep 22 nicklas 13   fi
6829 01 Sep 22 nicklas 14   exit 137
6829 01 Sep 22 nicklas 15 }
6829 01 Sep 22 nicklas 16
6629 07 Mar 22 nicklas 17 ## This function is executed when the script exits
6629 07 Mar 22 nicklas 18 cleanupOnExit()
6629 07 Mar 22 nicklas 19 {
6629 07 Mar 22 nicklas 20   EXIT_CODE=$?
6829 01 Sep 22 nicklas 21   if [ -n "${STATUS_FILE}" ]; then
6829 01 Sep 22 nicklas 22     echo "Ended: `date +'%Y-%m-%d %T'`" >> ${STATUS_FILE}
6829 01 Sep 22 nicklas 23     echo "ExitCode: ${EXIT_CODE}" >> ${STATUS_FILE}
6829 01 Sep 22 nicklas 24   fi
6829 01 Sep 22 nicklas 25   
6629 07 Mar 22 nicklas 26   ## Remove temporary directory unless debugging
6629 07 Mar 22 nicklas 27   cd ${WD}
6826 31 Aug 22 nicklas 28   if [ -z "${JOB_DEBUG}" ] && [ -d "${_tmpdir}" ]; then
6826 31 Aug 22 nicklas 29     rm -rf ${_tmpdir}
6629 07 Mar 22 nicklas 30   fi
6629 07 Mar 22 nicklas 31 }
6629 07 Mar 22 nicklas 32
6829 01 Sep 22 nicklas 33 ## Register as started to $STATUS_FILE
6829 01 Sep 22 nicklas 34 if [ -n "${STATUS_FILE}" ]; then
6829 01 Sep 22 nicklas 35   echo "Name: ${SLURM_JOB_NAME}" > ${STATUS_FILE} 
6829 01 Sep 22 nicklas 36   echo "Started: `date +'%Y-%m-%d %T'`" >> ${STATUS_FILE}
6829 01 Sep 22 nicklas 37   echo "NodeList: ${SLURM_JOB_NODELIST}" >> ${STATUS_FILE}
6829 01 Sep 22 nicklas 38   echo "Partition: ${SLURM_JOB_PARTITION}" >> ${STATUS_FILE}
6829 01 Sep 22 nicklas 39
6829 01 Sep 22 nicklas 40   ## Add handler for catching 'kill' signals
6829 01 Sep 22 nicklas 41   trap abortedByUser TERM
6829 01 Sep 22 nicklas 42 fi
6829 01 Sep 22 nicklas 43
6629 07 Mar 22 nicklas 44 ## Add handler for cleaning up after the job has ended
6629 07 Mar 22 nicklas 45 trap cleanupOnExit EXIT
6629 07 Mar 22 nicklas 46
7379 18 Oct 23 nicklas 47 ## Create temporary directory and ensure that it is empty (unless debugging)
6826 31 Aug 22 nicklas 48 mkdir -p ${_tmpdir}
7379 18 Oct 23 nicklas 49 if [ -z "${JOB_DEBUG}" ]; then
7379 18 Oct 23 nicklas 50   rm -rf ${_tmpdir}/*
7379 18 Oct 23 nicklas 51 fi
6629 07 Mar 22 nicklas 52
6629 07 Mar 22 nicklas 53 ## Finally, we can now run the actual job
6629 07 Mar 22 nicklas 54 cd ${WD}
6629 07 Mar 22 nicklas 55 srun ./job.sh
6629 07 Mar 22 nicklas 56 JOB_EXIT_CODE=$?
6629 07 Mar 22 nicklas 57
6629 07 Mar 22 nicklas 58 ## Exit with the exit code from the job
6629 07 Mar 22 nicklas 59 ## (not really needed in the current implementation since job.sh is the last cmd)
6629 07 Mar 22 nicklas 60 exit ${JOB_EXIT_CODE}

Generated on Tue Nov 21 03:28:15 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)