extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/META-INF/extensions.xml

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
1282 25 Jan 11 nicklas 1 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
1282 25 Jan 11 nicklas 2 <extensions xmlns="http://base.thep.lu.se/extensions.xsd">
2834 20 Oct 14 nicklas 3   <about safe-resources="1">
1282 25 Jan 11 nicklas 4     <name>Reggie package</name>
1282 25 Jan 11 nicklas 5     <description>
1282 25 Jan 11 nicklas 6       A package for simplified registration of biosources
1282 25 Jan 11 nicklas 7       and samples.
1282 25 Jan 11 nicklas 8     </description>
7446 20 Nov 23 nicklas 9     <version>4.51-dev</version>
7405 08 Nov 23 nicklas 10     <min-base-version>3.19.10</min-base-version>
1282 25 Jan 11 nicklas 11     <copyright>BASE development team</copyright>
1282 25 Jan 11 nicklas 12     <email>basedb-users@lists.sourceforge.net</email>
6309 11 Jun 21 nicklas 13     <url>https://baseplugins.thep.lu.se/wiki/net.sf.basedb.reggie</url>
1282 25 Jan 11 nicklas 14   </about>
1544 29 Feb 12 nicklas 15
1544 29 Feb 12 nicklas 16   <plugin-definition id="CaliperSampleNameExporter">
1544 29 Feb 12 nicklas 17     <about>
1544 29 Feb 12 nicklas 18       <name>Caliper sample name exporter</name>
1544 29 Feb 12 nicklas 19       <description>
1544 29 Feb 12 nicklas 20         Plug-in that export the sample names on a bioplate to a
1544 29 Feb 12 nicklas 21         CSV file that can be used by the Caliper software. The
1544 29 Feb 12 nicklas 22         exported file has one line for each non-empty well with
1544 29 Feb 12 nicklas 23         five columns. Only the first two columns are used:
1544 29 Feb 12 nicklas 24         Well coordinate, sample name.
1544 29 Feb 12 nicklas 25       </description>
1544 29 Feb 12 nicklas 26     </about>
1544 29 Feb 12 nicklas 27     <plugin-class>net.sf.basedb.reggie.plugins.CaliperSampleNameExporter</plugin-class>
1544 29 Feb 12 nicklas 28     <settings>
1544 29 Feb 12 nicklas 29       <property name="everyone-use">1</property>
1544 29 Feb 12 nicklas 30       <property name="immediate-execution">1</property>
1544 29 Feb 12 nicklas 31     </settings>
1544 29 Feb 12 nicklas 32   </plugin-definition>
1544 29 Feb 12 nicklas 33
1562 15 Mar 12 nicklas 34   <plugin-definition id="CaliperRunParametersExporter">
1562 15 Mar 12 nicklas 35     <about>
1562 15 Mar 12 nicklas 36       <name>Caliper run parameters exporter</name>
1562 15 Mar 12 nicklas 37       <description>
1562 15 Mar 12 nicklas 38         Plug-in that export run file parameters that can be used by the
1562 15 Mar 12 nicklas 39         Caliper software. The run file include information about Assay Type,
1562 15 Mar 12 nicklas 40         Plate Name, selected wells, etc.
1562 15 Mar 12 nicklas 41       </description>
1562 15 Mar 12 nicklas 42     </about>
1562 15 Mar 12 nicklas 43     <plugin-class>net.sf.basedb.reggie.plugins.CaliperRunParametersExporter</plugin-class>
1562 15 Mar 12 nicklas 44     <settings>
1562 15 Mar 12 nicklas 45       <property name="everyone-use">1</property>
1562 15 Mar 12 nicklas 46       <property name="immediate-execution">1</property>
1562 15 Mar 12 nicklas 47     </settings>
1562 15 Mar 12 nicklas 48   </plugin-definition>
1562 15 Mar 12 nicklas 49
1896 05 Mar 13 nicklas 50   <plugin-definition id="CaliperLibPrepParametersExporter">
1896 05 Mar 13 nicklas 51     <about>
1896 05 Mar 13 nicklas 52       <name>Caliper library preparation parameters exporter</name>
1896 05 Mar 13 nicklas 53       <description>
1896 05 Mar 13 nicklas 54         Plug-in that export run file parameters that can be used by the
1896 05 Mar 13 nicklas 55         Caliper software. The run file include information about Assay Type,
1896 05 Mar 13 nicklas 56         Plate Name, selected wells, etc.
1896 05 Mar 13 nicklas 57       </description>
1896 05 Mar 13 nicklas 58     </about>
1896 05 Mar 13 nicklas 59     <plugin-class>net.sf.basedb.reggie.plugins.CaliperLibPrepParametersExporter</plugin-class>
1896 05 Mar 13 nicklas 60     <settings>
1896 05 Mar 13 nicklas 61       <property name="everyone-use">1</property>
1896 05 Mar 13 nicklas 62       <property name="immediate-execution">1</property>
1896 05 Mar 13 nicklas 63     </settings>
1896 05 Mar 13 nicklas 64   </plugin-definition>
1896 05 Mar 13 nicklas 65
1900 07 Mar 13 nicklas 66   <plugin-definition id="QubitSampleNameExporter">
1900 07 Mar 13 nicklas 67     <about>
1900 07 Mar 13 nicklas 68       <name>Qubit sample name exporter</name>
1900 07 Mar 13 nicklas 69       <description>
1900 07 Mar 13 nicklas 70         Plug-in that export the sample names on a bioplate to a
1900 07 Mar 13 nicklas 71         tab-separated file that the operator can use to fill in
1900 07 Mar 13 nicklas 72         concentration measurements from the Qubit. When all data
1900 07 Mar 13 nicklas 73         has been filled in, the file can be uploaded to BASE and
1900 07 Mar 13 nicklas 74         the concentration values are imported as annotations.
1900 07 Mar 13 nicklas 75       </description>
1900 07 Mar 13 nicklas 76     </about>
1900 07 Mar 13 nicklas 77     <plugin-class>net.sf.basedb.reggie.plugins.QubitSampleNameExporter</plugin-class>
1900 07 Mar 13 nicklas 78     <settings>
1900 07 Mar 13 nicklas 79       <property name="everyone-use">1</property>
1900 07 Mar 13 nicklas 80       <property name="immediate-execution">1</property>
1900 07 Mar 13 nicklas 81     </settings>
1900 07 Mar 13 nicklas 82   </plugin-definition>
5054 26 Oct 18 nicklas 83   <plugin-definition id="MBafPlotterPlugin">
5054 26 Oct 18 nicklas 84     <about>
5054 26 Oct 18 nicklas 85       <name>mBAF plotter plug-in</name>
5054 26 Oct 18 nicklas 86       <description>
5054 26 Oct 18 nicklas 87         Plug-in for extracting and plotting mBAF data from existing
5054 26 Oct 18 nicklas 88         VCF files.
5054 26 Oct 18 nicklas 89       </description>
5054 26 Oct 18 nicklas 90     </about>
5054 26 Oct 18 nicklas 91     <plugin-class>net.sf.basedb.reggie.plugins.MBafPlotterPlugin</plugin-class>
5054 26 Oct 18 nicklas 92     <settings>
5054 26 Oct 18 nicklas 93       <property name="everyone-use">0</property>
5054 26 Oct 18 nicklas 94       <property name="immediate-execution">1</property>
5054 26 Oct 18 nicklas 95     </settings>
5054 26 Oct 18 nicklas 96   </plugin-definition>
1896 05 Mar 13 nicklas 97
2871 28 Oct 14 nicklas 98   <plugin-definition id="GeneReportPlugin">
2871 28 Oct 14 nicklas 99     <about>
3499 21 Sep 15 nicklas 100       <name>Report creator</name>
2871 28 Oct 14 nicklas 101       <description>
3499 21 Sep 15 nicklas 102         Plug-in for generating reports of cufflinks data.
2871 28 Oct 14 nicklas 103       </description>
2871 28 Oct 14 nicklas 104     </about>
2871 28 Oct 14 nicklas 105     <plugin-class>net.sf.basedb.reggie.plugins.GeneReportPlugin</plugin-class>
2871 28 Oct 14 nicklas 106     <settings>
2871 28 Oct 14 nicklas 107       <property name="everyone-use">0</property>
2871 28 Oct 14 nicklas 108       <property name="immediate-execution">1</property>
2871 28 Oct 14 nicklas 109     </settings>
2871 28 Oct 14 nicklas 110   </plugin-definition>
3498 18 Sep 15 nicklas 111   <plugin-definition id="ReportsCombinerPlugin">
2911 10 Nov 14 nicklas 112     <about>
3499 21 Sep 15 nicklas 113       <name>Report combiner</name>
2911 10 Nov 14 nicklas 114       <description>
2911 10 Nov 14 nicklas 115         Plug-in for combining multiple existing 
3498 18 Sep 15 nicklas 116         reports to a single PDF/ZIP file and adding
2911 10 Nov 14 nicklas 117         personal information about the patients.
2911 10 Nov 14 nicklas 118       </description>
2911 10 Nov 14 nicklas 119     </about>
2911 10 Nov 14 nicklas 120     <plugin-class>net.sf.basedb.reggie.plugins.GeneReportsCombinerPlugin</plugin-class>
2911 10 Nov 14 nicklas 121     <settings>
2911 10 Nov 14 nicklas 122       <property name="everyone-use">0</property>
2911 10 Nov 14 nicklas 123       <property name="immediate-execution">1</property>
2911 10 Nov 14 nicklas 124     </settings>
2911 10 Nov 14 nicklas 125   </plugin-definition>
3932 13 May 16 nicklas 126   <plugin-definition id="ReleaseExporterPlugin">
3932 13 May 16 nicklas 127     <about>
3932 13 May 16 nicklas 128       <name>Release exporter</name>
3932 13 May 16 nicklas 129       <description>
3932 13 May 16 nicklas 130         Plug-in for exporting released data based
3932 13 May 16 nicklas 131         on raw bioassays in a list.
3932 13 May 16 nicklas 132       </description>
3932 13 May 16 nicklas 133     </about>
3932 13 May 16 nicklas 134     <plugin-class>net.sf.basedb.reggie.plugins.release.ReleaseExporterPlugin</plugin-class>
3932 13 May 16 nicklas 135     <settings>
3932 13 May 16 nicklas 136       <property name="everyone-use">0</property>
3932 13 May 16 nicklas 137     </settings>
3932 13 May 16 nicklas 138   </plugin-definition>
5777 06 Dec 19 nicklas 139   <plugin-definition id="TMASpecimenImporter">
5777 06 Dec 19 nicklas 140     <about>
5777 06 Dec 19 nicklas 141       <name>TMA Specimen importer</name>
5777 06 Dec 19 nicklas 142       <description>
5777 06 Dec 19 nicklas 143         Plug-in for importing TMA specimen.
5777 06 Dec 19 nicklas 144       </description>
5777 06 Dec 19 nicklas 145     </about>
5777 06 Dec 19 nicklas 146     <plugin-class>net.sf.basedb.reggie.plugins.TMASpecimenImporter</plugin-class>
5777 06 Dec 19 nicklas 147     <settings>
5777 06 Dec 19 nicklas 148       <property name="everyone-use">0</property>
5777 06 Dec 19 nicklas 149     </settings>
5777 06 Dec 19 nicklas 150   </plugin-definition>
5628 24 Sep 19 nicklas 151   <plugin-definition id="SingleSamplePredictorPlugin">
5628 24 Sep 19 nicklas 152     <about>
5628 24 Sep 19 nicklas 153       <name>Single Sample Predictor plug-in</name>
5628 24 Sep 19 nicklas 154       <description>
5628 24 Sep 19 nicklas 155         Plug-in for running Single Sample Predictor models on raw
5628 24 Sep 19 nicklas 156         bioassays with StringTie data.
5628 24 Sep 19 nicklas 157       </description>
5628 24 Sep 19 nicklas 158     </about>
5628 24 Sep 19 nicklas 159     <plugin-class>net.sf.basedb.reggie.ssp.SspPlugin</plugin-class>
5628 24 Sep 19 nicklas 160     <settings>
5628 24 Sep 19 nicklas 161       <property name="everyone-use">0</property>
5628 24 Sep 19 nicklas 162     </settings>
5628 24 Sep 19 nicklas 163   </plugin-definition>
4034 29 Jul 16 nicklas 164   <plugin-definition id="SetPermissionsForDelivery">
4034 29 Jul 16 nicklas 165     <about>
4034 29 Jul 16 nicklas 166       <name>Set access permissions for delivery</name>
4034 29 Jul 16 nicklas 167       <description>
4034 29 Jul 16 nicklas 168         Plug-in for setting access permissions on items that
4034 29 Jul 16 nicklas 169         are delivered to sites. This plug-in can't be used
4034 29 Jul 16 nicklas 170         interactively. The plug-in gains elevated permissions
4034 29 Jul 16 nicklas 171         for setting permissions on items that the user would 
4034 29 Jul 16 nicklas 172         normally not be allowed to change.
4034 29 Jul 16 nicklas 173       </description>
4034 29 Jul 16 nicklas 174     </about>
4034 29 Jul 16 nicklas 175     <plugin-class>net.sf.basedb.reggie.plugins.SetPermissionsForDeliveryPlugin</plugin-class>
4034 29 Jul 16 nicklas 176     <settings>
4034 29 Jul 16 nicklas 177       <property name="everyone-use">0</property>
4034 29 Jul 16 nicklas 178     </settings>
4034 29 Jul 16 nicklas 179   </plugin-definition>
1282 25 Jan 11 nicklas 180   <extension
1282 25 Jan 11 nicklas 181     id="net.sf.basedb.reggie"
1282 25 Jan 11 nicklas 182     extends="net.sf.basedb.clients.web.menu.extensions"
1282 25 Jan 11 nicklas 183     >
1282 25 Jan 11 nicklas 184     <index>10</index>
2291 14 Mar 14 nicklas 185     <about safe-scripts="1">
1282 25 Jan 11 nicklas 186       <name>Reggie</name>
1282 25 Jan 11 nicklas 187       <description>
1282 25 Jan 11 nicklas 188         Menu entry for accessing reggie-specific operations.
1282 25 Jan 11 nicklas 189       </description>
1282 25 Jan 11 nicklas 190     </about>
1282 25 Jan 11 nicklas 191     <action-factory>
1282 25 Jan 11 nicklas 192       <factory-class>
3977 26 May 16 nicklas 193         net.sf.basedb.reggie.extensions.MenuItemFactory
1282 25 Jan 11 nicklas 194       </factory-class>
1282 25 Jan 11 nicklas 195       <parameters>
1282 25 Jan 11 nicklas 196         <title>Reggie</title>
2844 21 Oct 14 nicklas 197         <icon>~/images/snake-icon.png</icon>
1282 25 Jan 11 nicklas 198         <tooltip>Access reggie operations</tooltip>
2291 14 Mar 14 nicklas 199         <data-url>~/index.jsp?ID=$SESSION-ID$</data-url>
1282 25 Jan 11 nicklas 200       </parameters>
1282 25 Jan 11 nicklas 201     </action-factory>
1282 25 Jan 11 nicklas 202   </extension>
1824 06 Feb 13 nicklas 203   
1824 06 Feb 13 nicklas 204   <extension
3860 22 Apr 16 nicklas 205     id="net.sf.basedb.reggie.start-page"
3860 22 Apr 16 nicklas 206     extends="net.sf.basedb.clients.web.start-page"
3860 22 Apr 16 nicklas 207     >
3860 22 Apr 16 nicklas 208     <index>10</index>
3860 22 Apr 16 nicklas 209     <about>
3860 22 Apr 16 nicklas 210       <name>Reggie</name>
3860 22 Apr 16 nicklas 211       <description>
3860 22 Apr 16 nicklas 212         Use the Reggie index page as a start page.
3860 22 Apr 16 nicklas 213       </description>
3860 22 Apr 16 nicklas 214     </about>
3860 22 Apr 16 nicklas 215     <action-factory>
3860 22 Apr 16 nicklas 216       <factory-class>
3977 26 May 16 nicklas 217         net.sf.basedb.reggie.extensions.StartPageFactory
3860 22 Apr 16 nicklas 218       </factory-class>
3860 22 Apr 16 nicklas 219       <parameters>
3860 22 Apr 16 nicklas 220         <name>Extensions › Reggie</name>
3860 22 Apr 16 nicklas 221         <url>~/index.jsp?ID=$SESSION-ID$</url>
3860 22 Apr 16 nicklas 222         <description>Use Reggie as the start page</description>
3860 22 Apr 16 nicklas 223       </parameters>
3860 22 Apr 16 nicklas 224     </action-factory>
3860 22 Apr 16 nicklas 225   </extension>
3860 22 Apr 16 nicklas 226   
3860 22 Apr 16 nicklas 227   
3860 22 Apr 16 nicklas 228   <extension
1839 13 Feb 13 nicklas 229     id="net.sf.basedb.reggie.toolbar.case-summary"
1824 06 Feb 13 nicklas 230     >
1824 06 Feb 13 nicklas 231     <extends>
1824 06 Feb 13 nicklas 232       <ref index="1">net.sf.basedb.clients.web.toolbar.item.sample</ref>
1824 06 Feb 13 nicklas 233       <ref index="1">net.sf.basedb.clients.web.toolbar.item.extract</ref>
2913 11 Nov 14 nicklas 234       <ref index="1">net.sf.basedb.clients.web.toolbar.item.derivedbioassay</ref>
2912 11 Nov 14 nicklas 235       <ref index="1">net.sf.basedb.clients.web.toolbar.item.rawbioassay</ref>
1824 06 Feb 13 nicklas 236     </extends>
2291 14 Mar 14 nicklas 237     <about safe-scripts="1">
1839 13 Feb 13 nicklas 238       <name>Case summary</name>
1824 06 Feb 13 nicklas 239       <description>
2913 11 Nov 14 nicklas 240         Adds a button to the toolbar of sample, extracts, derived and
2913 11 Nov 14 nicklas 241         raw bioassay pages that opens the 'case summary' for the case that the current
1824 06 Feb 13 nicklas 242         item is part of. Works for all items that have a name pattern
1824 06 Feb 13 nicklas 243         that starts with 7 digits.
1824 06 Feb 13 nicklas 244       </description>
1824 06 Feb 13 nicklas 245     </about>
1824 06 Feb 13 nicklas 246     <action-factory>
1824 06 Feb 13 nicklas 247       <factory-class>
1839 13 Feb 13 nicklas 248         net.sf.basedb.reggie.extensions.CaseSummaryButtonFactory
1824 06 Feb 13 nicklas 249       </factory-class>
2291 14 Mar 14 nicklas 250       <parameters>
2291 14 Mar 14 nicklas 251         <title>Case summary</title>
2291 14 Mar 14 nicklas 252         <clazz>button auto-init</clazz>
2291 14 Mar 14 nicklas 253         <data-auto-init>reggie-case-summary-link</data-auto-init>
2291 14 Mar 14 nicklas 254         <data-home>$HOME$</data-home>
2291 14 Mar 14 nicklas 255         <icon>~/images/case_summary.png</icon>
2291 14 Mar 14 nicklas 256         <script>~/scripts/case-summary.js</script>
3771 26 Feb 16 nicklas 257         <stylesheet>~/css/reggie-inside-base.css</stylesheet>
2291 14 Mar 14 nicklas 258       </parameters>
1824 06 Feb 13 nicklas 259     </action-factory>
1824 06 Feb 13 nicklas 260   </extension>
1824 06 Feb 13 nicklas 261   
1824 06 Feb 13 nicklas 262   <extension
1827 07 Feb 13 nicklas 263     id="net.sf.basedb.reggie.list-column"
1827 07 Feb 13 nicklas 264     >
1827 07 Feb 13 nicklas 265     <extends>
1827 07 Feb 13 nicklas 266       <ref index="1">net.sf.basedb.clients.web.listcolumn.sample</ref>
1827 07 Feb 13 nicklas 267       <ref index="1">net.sf.basedb.clients.web.listcolumn.extract</ref>
2913 11 Nov 14 nicklas 268       <ref index="1">net.sf.basedb.clients.web.listcolumn.derivedbioassay</ref>
2912 11 Nov 14 nicklas 269       <ref index="1">net.sf.basedb.clients.web.listcolumn.rawbioassay</ref>
2134 11 Nov 13 nicklas 270       <ref index="1">net.sf.basedb.clients.web.listcolumn.bioplate</ref>
6964 19 Dec 22 nicklas 271       <ref index="1">net.sf.basedb.clients.web.listcolumn.job</ref>
1827 07 Feb 13 nicklas 272     </extends>
1827 07 Feb 13 nicklas 273     <index>2</index>
2291 14 Mar 14 nicklas 274     <about safe-scripts="1">
1827 07 Feb 13 nicklas 275       <name>Reggie column</name>
1827 07 Feb 13 nicklas 276       <description>
2913 11 Nov 14 nicklas 277         Add a column to the list page of samples, extract, derived bioassays,
2913 11 Nov 14 nicklas 278         raw bioassays and bioplates  for including some reggie-specific links.
1827 07 Feb 13 nicklas 279       </description>
1827 07 Feb 13 nicklas 280     </about>
1827 07 Feb 13 nicklas 281     <action-factory>
1827 07 Feb 13 nicklas 282       <factory-class>
1827 07 Feb 13 nicklas 283         net.sf.basedb.reggie.extensions.ReggieListColumnsFactory
1827 07 Feb 13 nicklas 284       </factory-class>
1827 07 Feb 13 nicklas 285     </action-factory>
1827 07 Feb 13 nicklas 286   </extension>
1827 07 Feb 13 nicklas 287   
3407 16 Jun 15 nicklas 288   <extension
3410 18 Jun 15 nicklas 289     id="net.sf.basedb.reggie.histology-thumbnail-column"
3407 16 Jun 15 nicklas 290     extends="net.sf.basedb.clients.web.listcolumn.sample"
3407 16 Jun 15 nicklas 291     >
3407 16 Jun 15 nicklas 292     <index>3</index>
3407 16 Jun 15 nicklas 293     <about safe-scripts="1">
3407 16 Jun 15 nicklas 294       <name>Stained image</name>
3407 16 Jun 15 nicklas 295       <description>
3407 16 Jun 15 nicklas 296         Add a column to the list page of samples that display
3407 16 Jun 15 nicklas 297         a thumbnail of the stained histology image.
3407 16 Jun 15 nicklas 298       </description>
3407 16 Jun 15 nicklas 299     </about>
3407 16 Jun 15 nicklas 300     <action-factory>
3407 16 Jun 15 nicklas 301       <factory-class>
3407 16 Jun 15 nicklas 302         net.sf.basedb.reggie.extensions.ThumbnailsColumnFactory
3407 16 Jun 15 nicklas 303       </factory-class>
3420 24 Jun 15 nicklas 304       <parameters>
3420 24 Jun 15 nicklas 305         <id>his-image</id>
3420 24 Jun 15 nicklas 306         <title>Stained image</title>
3420 24 Jun 15 nicklas 307         <link-name>image</link-name>
3420 24 Jun 15 nicklas 308         <subtype>STAINED</subtype>
3420 24 Jun 15 nicklas 309       </parameters>
3407 16 Jun 15 nicklas 310     </action-factory>
3407 16 Jun 15 nicklas 311   </extension>
3420 24 Jun 15 nicklas 312   
3420 24 Jun 15 nicklas 313   <extension
6050 12 Nov 20 nicklas 314     id="net.sf.basedb.reggie.ndpi-thumbnail-column"
6050 12 Nov 20 nicklas 315     extends="net.sf.basedb.clients.web.listcolumn.bioplate"
6050 12 Nov 20 nicklas 316     >
6050 12 Nov 20 nicklas 317     <index>3</index>
6050 12 Nov 20 nicklas 318     <about safe-scripts="1">
6050 12 Nov 20 nicklas 319       <name>NDPI image</name>
6050 12 Nov 20 nicklas 320       <description>
6050 12 Nov 20 nicklas 321         Add a column to the list page of bioplates that display
6050 12 Nov 20 nicklas 322         a thumbnail of the NDPI image for HE glass slides.
6050 12 Nov 20 nicklas 323       </description>
6050 12 Nov 20 nicklas 324     </about>
6050 12 Nov 20 nicklas 325     <action-factory>
6050 12 Nov 20 nicklas 326       <factory-class>
6050 12 Nov 20 nicklas 327         net.sf.basedb.reggie.extensions.ThumbnailsColumnFactory
6050 12 Nov 20 nicklas 328       </factory-class>
6050 12 Nov 20 nicklas 329       <parameters>
6050 12 Nov 20 nicklas 330         <id>ndpi-thumbnail</id>
6050 12 Nov 20 nicklas 331         <title>NDPI thumbnail</title>
6050 12 Nov 20 nicklas 332         <link-name>NDPI Image</link-name>
6050 12 Nov 20 nicklas 333         <platetype>HE_GLASS</platetype>
6050 12 Nov 20 nicklas 334       </parameters>
6050 12 Nov 20 nicklas 335     </action-factory>
6050 12 Nov 20 nicklas 336   </extension>
6050 12 Nov 20 nicklas 337   
6050 12 Nov 20 nicklas 338   <extension
3420 24 Jun 15 nicklas 339     id="net.sf.basedb.reggie.genereport-thumbnail-column"
3420 24 Jun 15 nicklas 340     extends="net.sf.basedb.clients.web.listcolumn.rawbioassay"
3420 24 Jun 15 nicklas 341     >
3420 24 Jun 15 nicklas 342     <index>3</index>
3420 24 Jun 15 nicklas 343     <about safe-scripts="1">
3420 24 Jun 15 nicklas 344       <name>Gene report PDF</name>
3420 24 Jun 15 nicklas 345       <description>
3420 24 Jun 15 nicklas 346         Add a column to the list page of raw bioassays that display
3420 24 Jun 15 nicklas 347         a thumbnail of the gene report PDF.
3420 24 Jun 15 nicklas 348       </description>
3420 24 Jun 15 nicklas 349     </about>
3420 24 Jun 15 nicklas 350     <action-factory>
3420 24 Jun 15 nicklas 351       <factory-class>
3420 24 Jun 15 nicklas 352         net.sf.basedb.reggie.extensions.ThumbnailsColumnFactory
3420 24 Jun 15 nicklas 353       </factory-class>
3420 24 Jun 15 nicklas 354       <parameters>
3420 24 Jun 15 nicklas 355         <id>genereport-pdf</id>
3420 24 Jun 15 nicklas 356         <title>Gene report</title>
3420 24 Jun 15 nicklas 357         <link-name>genereport.pdf</link-name>
6041 11 Nov 20 nicklas 358         <rawdatatype>CUFFLINKS</rawdatatype>
3420 24 Jun 15 nicklas 359       </parameters>
3420 24 Jun 15 nicklas 360     </action-factory>
3420 24 Jun 15 nicklas 361   </extension>
3557 21 Oct 15 nicklas 362   
3557 21 Oct 15 nicklas 363   <extension
3557 21 Oct 15 nicklas 364     id="net.sf.basedb.reggie.pilot-thumbnail-column"
3557 21 Oct 15 nicklas 365     extends="net.sf.basedb.clients.web.listcolumn.rawbioassay"
3557 21 Oct 15 nicklas 366     >
3557 21 Oct 15 nicklas 367     <index>4</index>
3557 21 Oct 15 nicklas 368     <about safe-scripts="1">
3557 21 Oct 15 nicklas 369       <name>Pilot report PDF</name>
3557 21 Oct 15 nicklas 370       <description>
3557 21 Oct 15 nicklas 371         Add a column to the list page of raw bioassays that display
3557 21 Oct 15 nicklas 372         a thumbnail of the pilot report PDF.
3557 21 Oct 15 nicklas 373       </description>
3557 21 Oct 15 nicklas 374     </about>
3557 21 Oct 15 nicklas 375     <action-factory>
3557 21 Oct 15 nicklas 376       <factory-class>
3557 21 Oct 15 nicklas 377         net.sf.basedb.reggie.extensions.ThumbnailsColumnFactory
3557 21 Oct 15 nicklas 378       </factory-class>
3557 21 Oct 15 nicklas 379       <parameters>
3557 21 Oct 15 nicklas 380         <id>pilotreport-pdf</id>
3557 21 Oct 15 nicklas 381         <title>Pilot report</title>
3557 21 Oct 15 nicklas 382         <link-name>pilotreport.pdf</link-name>
6041 11 Nov 20 nicklas 383         <rawdatatype>CUFFLINKS</rawdatatype>
3557 21 Oct 15 nicklas 384       </parameters>
3557 21 Oct 15 nicklas 385     </action-factory>
3557 21 Oct 15 nicklas 386   </extension>
5120 21 Nov 18 nicklas 387   
3410 18 Jun 15 nicklas 388   <extension
6041 11 Nov 20 nicklas 389     id="net.sf.basedb.reggie.scanbreport-thumbnail-column"
6041 11 Nov 20 nicklas 390     extends="net.sf.basedb.clients.web.listcolumn.rawbioassay"
6041 11 Nov 20 nicklas 391     >
6041 11 Nov 20 nicklas 392     <index>3</index>
6041 11 Nov 20 nicklas 393     <about safe-scripts="1">
6041 11 Nov 20 nicklas 394       <name>SCAN-B report PDF</name>
6041 11 Nov 20 nicklas 395       <description>
6041 11 Nov 20 nicklas 396         Add a column to the list page of raw bioassays that display
6041 11 Nov 20 nicklas 397         a thumbnail of the SCAN-B report PDF.
6041 11 Nov 20 nicklas 398       </description>
6041 11 Nov 20 nicklas 399     </about>
6041 11 Nov 20 nicklas 400     <action-factory>
6041 11 Nov 20 nicklas 401       <factory-class>
6041 11 Nov 20 nicklas 402         net.sf.basedb.reggie.extensions.ThumbnailsColumnFactory
6041 11 Nov 20 nicklas 403       </factory-class>
6041 11 Nov 20 nicklas 404       <parameters>
6041 11 Nov 20 nicklas 405         <id>scanbreport-pdf</id>
6041 11 Nov 20 nicklas 406         <title>SCAN-B report</title>
6041 11 Nov 20 nicklas 407         <link-name>scanbreport.pdf</link-name>
6041 11 Nov 20 nicklas 408         <rawdatatype>STRINGTIE</rawdatatype>
6041 11 Nov 20 nicklas 409       </parameters>
6041 11 Nov 20 nicklas 410     </action-factory>
6041 11 Nov 20 nicklas 411   </extension>
6041 11 Nov 20 nicklas 412   
6041 11 Nov 20 nicklas 413   
6041 11 Nov 20 nicklas 414   <extension
5120 21 Nov 18 nicklas 415     id="net.sf.basedb.reggie.mbafplot-thumbnail-column"
5120 21 Nov 18 nicklas 416     extends="net.sf.basedb.clients.web.listcolumn.derivedbioassay"
5120 21 Nov 18 nicklas 417     >
5120 21 Nov 18 nicklas 418     <index>3</index>
5120 21 Nov 18 nicklas 419     <about safe-scripts="1">
5120 21 Nov 18 nicklas 420       <name>mBAF plot</name>
5120 21 Nov 18 nicklas 421       <description>
5120 21 Nov 18 nicklas 422         Add a column to the list page of derived bioassays that display
5120 21 Nov 18 nicklas 423         a thumbnail of the mBAF plot.
5120 21 Nov 18 nicklas 424       </description>
5120 21 Nov 18 nicklas 425     </about>
5120 21 Nov 18 nicklas 426     <action-factory>
5120 21 Nov 18 nicklas 427       <factory-class>
5120 21 Nov 18 nicklas 428         net.sf.basedb.reggie.extensions.ThumbnailsColumnFactory
5120 21 Nov 18 nicklas 429       </factory-class>
5120 21 Nov 18 nicklas 430       <parameters>
5120 21 Nov 18 nicklas 431         <id>mbaf-plot</id>
5120 21 Nov 18 nicklas 432         <title>mBAF plot</title>
5120 21 Nov 18 nicklas 433         <link-name>mbaf_genotype.png</link-name>
5120 21 Nov 18 nicklas 434         <subtype>ALIGNED_SEQUENCES</subtype>
5120 21 Nov 18 nicklas 435       </parameters>
5120 21 Nov 18 nicklas 436     </action-factory>
5120 21 Nov 18 nicklas 437   </extension>
5120 21 Nov 18 nicklas 438   
5120 21 Nov 18 nicklas 439   
5120 21 Nov 18 nicklas 440   <extension
4651 08 Jan 18 nicklas 441     id="net.sf.basedb.reggie.libplate-column-derivedbioassay"
4651 08 Jan 18 nicklas 442     extends="net.sf.basedb.clients.web.listcolumn.derivedbioassay"
4651 08 Jan 18 nicklas 443     >
4651 08 Jan 18 nicklas 444     <index>2</index>
4651 08 Jan 18 nicklas 445     <about safe-scripts="1">
4651 08 Jan 18 nicklas 446       <name>LibPlate</name>
4651 08 Jan 18 nicklas 447       <description>
4651 08 Jan 18 nicklas 448         Add a column to the list page of derived bioassays that display
4651 08 Jan 18 nicklas 449         the name of the library plate (assumes that the extract that is
4651 08 Jan 18 nicklas 450         linked is a library item).
4651 08 Jan 18 nicklas 451       </description>
4651 08 Jan 18 nicklas 452     </about>
4651 08 Jan 18 nicklas 453     <action-factory>
4651 08 Jan 18 nicklas 454       <factory-class>
4651 08 Jan 18 nicklas 455         net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.PropertyPathActionFactory
4651 08 Jan 18 nicklas 456       </factory-class>
4651 08 Jan 18 nicklas 457       <parameters>
4651 08 Jan 18 nicklas 458         <id>extract.bioPlate</id>
4651 08 Jan 18 nicklas 459         <title>LibPlate</title>
4651 08 Jan 18 nicklas 460         <property>extract.bioWell.bioPlate</property>
4651 08 Jan 18 nicklas 461         <filter-property>extract.bioWell.bioPlate.name</filter-property>
4651 08 Jan 18 nicklas 462         <sort-property>extract.bioWell.bioPlate.name</sort-property>
4651 08 Jan 18 nicklas 463         <valueType>STRING</valueType>
4651 08 Jan 18 nicklas 464         <formatter-class>net.sf.basedb.reggie.extensions.LinkedItemFormatter</formatter-class>
4651 08 Jan 18 nicklas 465         <export-formatter-class>net.sf.basedb.util.formatter.NameableFormatter</export-formatter-class>
4651 08 Jan 18 nicklas 466       </parameters>
4651 08 Jan 18 nicklas 467     </action-factory>
4651 08 Jan 18 nicklas 468   </extension>
4651 08 Jan 18 nicklas 469   <extension
4651 08 Jan 18 nicklas 470     id="net.sf.basedb.reggie.libplate-column-rawbioassay"
4651 08 Jan 18 nicklas 471     extends="net.sf.basedb.clients.web.listcolumn.rawbioassay"
4651 08 Jan 18 nicklas 472     >
4651 08 Jan 18 nicklas 473     <index>2</index>
4651 08 Jan 18 nicklas 474     <about safe-scripts="1">
4651 08 Jan 18 nicklas 475       <name>LibPlate</name>
4651 08 Jan 18 nicklas 476       <description>
4651 08 Jan 18 nicklas 477         Add a column to the list page of raw bioassays that display
4651 08 Jan 18 nicklas 478         the name of the library plate (assumes that the extract that is
4651 08 Jan 18 nicklas 479         linked is a library item).
4651 08 Jan 18 nicklas 480       </description>
4651 08 Jan 18 nicklas 481     </about>
4651 08 Jan 18 nicklas 482     <action-factory>
4651 08 Jan 18 nicklas 483       <factory-class>
4651 08 Jan 18 nicklas 484         net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.PropertyPathActionFactory
4651 08 Jan 18 nicklas 485       </factory-class>
4651 08 Jan 18 nicklas 486       <parameters>
4651 08 Jan 18 nicklas 487         <id>parentExtract.bioPlate</id>
4651 08 Jan 18 nicklas 488         <title>LibPlate</title>
4651 08 Jan 18 nicklas 489         <property>parentExtract.bioWell.bioPlate</property>
4651 08 Jan 18 nicklas 490         <filter-property>parentExtract.bioWell.bioPlate.name</filter-property>
4651 08 Jan 18 nicklas 491         <sort-property>parentExtract.bioWell.bioPlate.name</sort-property>
4651 08 Jan 18 nicklas 492         <valueType>STRING</valueType>
4651 08 Jan 18 nicklas 493         <formatter-class>net.sf.basedb.reggie.extensions.LinkedItemFormatter</formatter-class>
4651 08 Jan 18 nicklas 494         <export-formatter-class>net.sf.basedb.util.formatter.NameableFormatter</export-formatter-class>
4651 08 Jan 18 nicklas 495       </parameters>
4651 08 Jan 18 nicklas 496     </action-factory>
4651 08 Jan 18 nicklas 497   </extension>
4651 08 Jan 18 nicklas 498   <extension
3410 18 Jun 15 nicklas 499     id="net.sf.basedb.reggie.histology-thumbnail-view"
3410 18 Jun 15 nicklas 500     extends="net.sf.basedb.clients.web.toolbar.item.sample"
3410 18 Jun 15 nicklas 501     >
3410 18 Jun 15 nicklas 502     <index>3</index>
3410 18 Jun 15 nicklas 503     <about safe-scripts="1">
3410 18 Jun 15 nicklas 504       <name>Stained image</name>
3410 18 Jun 15 nicklas 505       <description>
3410 18 Jun 15 nicklas 506         Add a thumbnail to the sample view page for  stained 
3410 18 Jun 15 nicklas 507         histology samples that has a link to an image file.
3410 18 Jun 15 nicklas 508       </description>
3410 18 Jun 15 nicklas 509     </about>
3410 18 Jun 15 nicklas 510     <action-factory>
3410 18 Jun 15 nicklas 511       <factory-class>
3410 18 Jun 15 nicklas 512         net.sf.basedb.reggie.extensions.ThumbnailsProxyFactory
3410 18 Jun 15 nicklas 513       </factory-class>
3420 24 Jun 15 nicklas 514       <parameters>
3420 24 Jun 15 nicklas 515         <link-name>image</link-name>
3420 24 Jun 15 nicklas 516         <subtype>STAINED</subtype>
3420 24 Jun 15 nicklas 517       </parameters>
3410 18 Jun 15 nicklas 518     </action-factory>
3410 18 Jun 15 nicklas 519   </extension>
1827 07 Feb 13 nicklas 520   <extension
6049 12 Nov 20 nicklas 521     id="net.sf.basedb.reggie.ndpi-thumbnail-view"
6049 12 Nov 20 nicklas 522     extends="net.sf.basedb.clients.web.toolbar.item.bioplate"
6049 12 Nov 20 nicklas 523     >
6049 12 Nov 20 nicklas 524     <index>3</index>
6049 12 Nov 20 nicklas 525     <about safe-scripts="1">
6049 12 Nov 20 nicklas 526       <name>NDPI image</name>
6049 12 Nov 20 nicklas 527       <description>
6049 12 Nov 20 nicklas 528         Add a thumbnail to the bioplate view page for HE glass 
6049 12 Nov 20 nicklas 529         has a link to an NDPI image file.
6049 12 Nov 20 nicklas 530       </description>
6049 12 Nov 20 nicklas 531     </about>
6049 12 Nov 20 nicklas 532     <action-factory>
6049 12 Nov 20 nicklas 533       <factory-class>
6049 12 Nov 20 nicklas 534         net.sf.basedb.reggie.extensions.ThumbnailsProxyFactory
6049 12 Nov 20 nicklas 535       </factory-class>
6049 12 Nov 20 nicklas 536       <parameters>
6049 12 Nov 20 nicklas 537         <link-name>NDPI Image</link-name>
6049 12 Nov 20 nicklas 538         <platetype>HE_GLASS</platetype>
6049 12 Nov 20 nicklas 539       </parameters>
6049 12 Nov 20 nicklas 540     </action-factory>
6049 12 Nov 20 nicklas 541   </extension>
6049 12 Nov 20 nicklas 542   <extension
3420 24 Jun 15 nicklas 543     id="net.sf.basedb.reggie.genereport-thumbnail-view"
3420 24 Jun 15 nicklas 544     extends="net.sf.basedb.clients.web.toolbar.item.rawbioassay"
3420 24 Jun 15 nicklas 545     >
3420 24 Jun 15 nicklas 546     <index>3</index>
3420 24 Jun 15 nicklas 547     <about safe-scripts="1">
3420 24 Jun 15 nicklas 548       <name>Gene report PDF</name>
3420 24 Jun 15 nicklas 549       <description>
3420 24 Jun 15 nicklas 550         Add a thumbnail to the raw bioassay view page for 
3420 24 Jun 15 nicklas 551         that has a link to "genereport.pdf".
3420 24 Jun 15 nicklas 552       </description>
3420 24 Jun 15 nicklas 553     </about>
3420 24 Jun 15 nicklas 554     <action-factory>
3420 24 Jun 15 nicklas 555       <factory-class>
3420 24 Jun 15 nicklas 556         net.sf.basedb.reggie.extensions.ThumbnailsProxyFactory
3420 24 Jun 15 nicklas 557       </factory-class>
3420 24 Jun 15 nicklas 558       <parameters>
3420 24 Jun 15 nicklas 559         <link-name>genereport.pdf</link-name>
6041 11 Nov 20 nicklas 560         <rawdatatype>CUFFLINKS</rawdatatype>
3420 24 Jun 15 nicklas 561       </parameters>
3420 24 Jun 15 nicklas 562     </action-factory>
3420 24 Jun 15 nicklas 563   </extension>
3420 24 Jun 15 nicklas 564   
3420 24 Jun 15 nicklas 565   <extension
6041 11 Nov 20 nicklas 566     id="net.sf.basedb.reggie.scanbreport-thumbnail-view"
6041 11 Nov 20 nicklas 567     extends="net.sf.basedb.clients.web.toolbar.item.rawbioassay"
6041 11 Nov 20 nicklas 568     >
6041 11 Nov 20 nicklas 569     <index>3</index>
6041 11 Nov 20 nicklas 570     <about safe-scripts="1">
6041 11 Nov 20 nicklas 571       <name>SCAN-B report PDF</name>
6041 11 Nov 20 nicklas 572       <description>
6041 11 Nov 20 nicklas 573         Add a thumbnail to the raw bioassay view page for 
6041 11 Nov 20 nicklas 574         that has a link to "scanbreport.pdf".
6041 11 Nov 20 nicklas 575       </description>
6041 11 Nov 20 nicklas 576     </about>
6041 11 Nov 20 nicklas 577     <action-factory>
6041 11 Nov 20 nicklas 578       <factory-class>
6041 11 Nov 20 nicklas 579         net.sf.basedb.reggie.extensions.ThumbnailsProxyFactory
6041 11 Nov 20 nicklas 580       </factory-class>
6041 11 Nov 20 nicklas 581       <parameters>
6041 11 Nov 20 nicklas 582         <link-name>scanbreport.pdf</link-name>
6041 11 Nov 20 nicklas 583         <rawdatatype>STRINGTIE</rawdatatype>
6041 11 Nov 20 nicklas 584       </parameters>
6041 11 Nov 20 nicklas 585     </action-factory>
6041 11 Nov 20 nicklas 586   </extension>
6041 11 Nov 20 nicklas 587   
6041 11 Nov 20 nicklas 588   <extension
6877 18 Nov 22 nicklas 589     id="net.sf.basedb.reggie.methylation-thumbnail-view"
6877 18 Nov 22 nicklas 590     extends="net.sf.basedb.clients.web.toolbar.item.derivedbioassay"
6877 18 Nov 22 nicklas 591     >
6877 18 Nov 22 nicklas 592     <index>3</index>
6877 18 Nov 22 nicklas 593     <about safe-scripts="1">
6877 18 Nov 22 nicklas 594       <name>Methylation beta adjustment plot</name>
6877 18 Nov 22 nicklas 595       <description>
6877 18 Nov 22 nicklas 596         Add a thumbnail to the Methylation derived bioassay
6877 18 Nov 22 nicklas 597         view page that has a link to "adjustmentPlots.pdf".
6877 18 Nov 22 nicklas 598       </description>
6877 18 Nov 22 nicklas 599     </about>
6877 18 Nov 22 nicklas 600     <action-factory>
6877 18 Nov 22 nicklas 601       <factory-class>
6877 18 Nov 22 nicklas 602         net.sf.basedb.reggie.extensions.ThumbnailsProxyFactory
6877 18 Nov 22 nicklas 603       </factory-class>
6877 18 Nov 22 nicklas 604       <parameters>
6877 18 Nov 22 nicklas 605         <link-name>adjustmentPlots.pdf</link-name>
6877 18 Nov 22 nicklas 606         <subtype>METHYLATION</subtype>
6877 18 Nov 22 nicklas 607       </parameters>
6877 18 Nov 22 nicklas 608     </action-factory>
6877 18 Nov 22 nicklas 609   </extension>
6877 18 Nov 22 nicklas 610   
6877 18 Nov 22 nicklas 611   <extension
6877 18 Nov 22 nicklas 612     id="net.sf.basedb.reggie.methylation-thumbnail-column"
6877 18 Nov 22 nicklas 613     extends="net.sf.basedb.clients.web.listcolumn.derivedbioassay"
6877 18 Nov 22 nicklas 614     >
6877 18 Nov 22 nicklas 615     <index>3</index>
6877 18 Nov 22 nicklas 616     <about safe-scripts="1">
6877 18 Nov 22 nicklas 617       <name>Methylation beta adjustment plot</name>
6877 18 Nov 22 nicklas 618       <description>
6877 18 Nov 22 nicklas 619         Add a column to the list page of derived bioassays that display
6877 18 Nov 22 nicklas 620         a thumbnail of the Methylation beta adjustment plot.
6877 18 Nov 22 nicklas 621       </description>
6877 18 Nov 22 nicklas 622     </about>
6877 18 Nov 22 nicklas 623     <action-factory>
6877 18 Nov 22 nicklas 624       <factory-class>
6877 18 Nov 22 nicklas 625         net.sf.basedb.reggie.extensions.ThumbnailsColumnFactory
6877 18 Nov 22 nicklas 626       </factory-class>
6877 18 Nov 22 nicklas 627       <parameters>
6877 18 Nov 22 nicklas 628         <id>beta-plot</id>
6877 18 Nov 22 nicklas 629         <title>Beta plot</title>
6877 18 Nov 22 nicklas 630         <link-name>adjustmentPlots.pdf</link-name>
6877 18 Nov 22 nicklas 631         <subtype>METHYLATION</subtype>
6877 18 Nov 22 nicklas 632       </parameters>
6877 18 Nov 22 nicklas 633     </action-factory>
6877 18 Nov 22 nicklas 634   </extension>
6877 18 Nov 22 nicklas 635   
6877 18 Nov 22 nicklas 636   <extension
7288 16 Aug 23 nicklas 637     id="net.sf.basedb.reggie.ascat-sunriseplot-view"
7288 16 Aug 23 nicklas 638     extends="net.sf.basedb.clients.web.toolbar.item.derivedbioassay"
7288 16 Aug 23 nicklas 639     >
7288 16 Aug 23 nicklas 640     <index>3</index>
7288 16 Aug 23 nicklas 641     <about safe-scripts="1">
7288 16 Aug 23 nicklas 642       <name>Ascat sunrise plot</name>
7288 16 Aug 23 nicklas 643       <description>
7288 16 Aug 23 nicklas 644         Add a thumbnail to the ASCAT derived bioassay
7288 16 Aug 23 nicklas 645         view page that has a link to "sunrise.png".
7288 16 Aug 23 nicklas 646       </description>
7288 16 Aug 23 nicklas 647     </about>
7288 16 Aug 23 nicklas 648     <action-factory>
7288 16 Aug 23 nicklas 649       <factory-class>
7288 16 Aug 23 nicklas 650         net.sf.basedb.reggie.extensions.ThumbnailsProxyFactory
7288 16 Aug 23 nicklas 651       </factory-class>
7288 16 Aug 23 nicklas 652       <parameters>
7288 16 Aug 23 nicklas 653         <link-name>sunrise.png</link-name>
7288 16 Aug 23 nicklas 654         <subtype>COPY_NUMBER</subtype>
7288 16 Aug 23 nicklas 655       </parameters>
7288 16 Aug 23 nicklas 656     </action-factory>
7288 16 Aug 23 nicklas 657   </extension>
7288 16 Aug 23 nicklas 658   
7288 16 Aug 23 nicklas 659   <extension
7288 16 Aug 23 nicklas 660     id="net.sf.basedb.reggie.ascat-sunriseplot-column"
7288 16 Aug 23 nicklas 661     extends="net.sf.basedb.clients.web.listcolumn.derivedbioassay"
7288 16 Aug 23 nicklas 662     >
7288 16 Aug 23 nicklas 663     <index>31</index>
7288 16 Aug 23 nicklas 664     <about safe-scripts="1">
7288 16 Aug 23 nicklas 665       <name>Ascat sunrise plot</name>
7288 16 Aug 23 nicklas 666       <description>
7288 16 Aug 23 nicklas 667         Add a column to the list page of derived bioassays that display
7288 16 Aug 23 nicklas 668         a thumbnail of the ASCAT sunrise plot.
7288 16 Aug 23 nicklas 669       </description>
7288 16 Aug 23 nicklas 670     </about>
7288 16 Aug 23 nicklas 671     <action-factory>
7288 16 Aug 23 nicklas 672       <factory-class>
7288 16 Aug 23 nicklas 673         net.sf.basedb.reggie.extensions.ThumbnailsColumnFactory
7288 16 Aug 23 nicklas 674       </factory-class>
7288 16 Aug 23 nicklas 675       <parameters>
7288 16 Aug 23 nicklas 676         <id>sunrise-plot</id>
7288 16 Aug 23 nicklas 677         <title>ASCAT sunrise plot</title>
7288 16 Aug 23 nicklas 678         <link-name>sunrise.png</link-name>
7288 16 Aug 23 nicklas 679         <subtype>COPY_NUMBER</subtype>
7288 16 Aug 23 nicklas 680       </parameters>
7288 16 Aug 23 nicklas 681     </action-factory>
7288 16 Aug 23 nicklas 682   </extension>
7288 16 Aug 23 nicklas 683   
7288 16 Aug 23 nicklas 684   <extension
7288 16 Aug 23 nicklas 685     id="net.sf.basedb.reggie.ascat-segmentationplot-column"
7288 16 Aug 23 nicklas 686     extends="net.sf.basedb.clients.web.listcolumn.derivedbioassay"
7288 16 Aug 23 nicklas 687     >
7288 16 Aug 23 nicklas 688     <index>32</index>
7288 16 Aug 23 nicklas 689     <about safe-scripts="1">
7288 16 Aug 23 nicklas 690       <name>Ascat segmentation plot</name>
7288 16 Aug 23 nicklas 691       <description>
7288 16 Aug 23 nicklas 692         Add a column to the list page of derived bioassays that display
7288 16 Aug 23 nicklas 693         a thumbnail of the ASCAT segmentation plot.
7288 16 Aug 23 nicklas 694       </description>
7288 16 Aug 23 nicklas 695     </about>
7288 16 Aug 23 nicklas 696     <action-factory>
7288 16 Aug 23 nicklas 697       <factory-class>
7288 16 Aug 23 nicklas 698         net.sf.basedb.reggie.extensions.ThumbnailsColumnFactory
7288 16 Aug 23 nicklas 699       </factory-class>
7288 16 Aug 23 nicklas 700       <parameters>
7288 16 Aug 23 nicklas 701         <id>segmentation-plot</id>
7288 16 Aug 23 nicklas 702         <title>ASCAT segmentation plot</title>
7288 16 Aug 23 nicklas 703         <link-name>ASPCF.png</link-name>
7288 16 Aug 23 nicklas 704         <subtype>COPY_NUMBER</subtype>
7288 16 Aug 23 nicklas 705       </parameters>
7288 16 Aug 23 nicklas 706     </action-factory>
7288 16 Aug 23 nicklas 707   </extension>
7288 16 Aug 23 nicklas 708
7288 16 Aug 23 nicklas 709   <extension
7288 16 Aug 23 nicklas 710     id="net.sf.basedb.reggie.ascat-profileplot-column"
7288 16 Aug 23 nicklas 711     extends="net.sf.basedb.clients.web.listcolumn.derivedbioassay"
7288 16 Aug 23 nicklas 712     >
7288 16 Aug 23 nicklas 713     <index>33</index>
7288 16 Aug 23 nicklas 714     <about safe-scripts="1">
7288 16 Aug 23 nicklas 715       <name>Ascat profile plot</name>
7288 16 Aug 23 nicklas 716       <description>
7288 16 Aug 23 nicklas 717         Add a column to the list page of derived bioassays that display
7288 16 Aug 23 nicklas 718         a thumbnail of the ASCAT profile plot.
7288 16 Aug 23 nicklas 719       </description>
7288 16 Aug 23 nicklas 720     </about>
7288 16 Aug 23 nicklas 721     <action-factory>
7288 16 Aug 23 nicklas 722       <factory-class>
7288 16 Aug 23 nicklas 723         net.sf.basedb.reggie.extensions.ThumbnailsColumnFactory
7288 16 Aug 23 nicklas 724       </factory-class>
7288 16 Aug 23 nicklas 725       <parameters>
7288 16 Aug 23 nicklas 726         <id>profile-plot</id>
7288 16 Aug 23 nicklas 727         <title>ASCAT profile plot</title>
7288 16 Aug 23 nicklas 728         <link-name>ASCATprofile.png</link-name>
7288 16 Aug 23 nicklas 729         <subtype>COPY_NUMBER</subtype>
7288 16 Aug 23 nicklas 730       </parameters>
7288 16 Aug 23 nicklas 731     </action-factory>
7288 16 Aug 23 nicklas 732   </extension>
7288 16 Aug 23 nicklas 733
7288 16 Aug 23 nicklas 734   
7288 16 Aug 23 nicklas 735   <extension
1839 13 Feb 13 nicklas 736     id="net.sf.basedb.reggie.overview.case-summary"
1824 06 Feb 13 nicklas 737     extends="net.sf.basedb.clients.web.overview.info-details"
1824 06 Feb 13 nicklas 738     >
1824 06 Feb 13 nicklas 739     <index>1</index>
2291 14 Mar 14 nicklas 740     <about safe-scripts="1">
1824 06 Feb 13 nicklas 741       <name>Case overview</name>
1824 06 Feb 13 nicklas 742       <description>
1824 06 Feb 13 nicklas 743         Adds a section to the information pane in the "Item overview"
1839 13 Feb 13 nicklas 744         functionality that display a link to the "Case summary" 
1824 06 Feb 13 nicklas 745         function in Reggie for all items that have a name pattern
1824 06 Feb 13 nicklas 746         that starts with 7 digits.
1824 06 Feb 13 nicklas 747       </description>
1824 06 Feb 13 nicklas 748     </about>
1824 06 Feb 13 nicklas 749     <action-factory>
1824 06 Feb 13 nicklas 750       <factory-class>
1839 13 Feb 13 nicklas 751         net.sf.basedb.reggie.extensions.CaseSummarySectionFactory
1824 06 Feb 13 nicklas 752       </factory-class>
1824 06 Feb 13 nicklas 753       <parameters>
1839 13 Feb 13 nicklas 754         <id>reggie.case-summary</id>
1824 06 Feb 13 nicklas 755         <title>Reggie</title>
1915 21 Mar 13 nicklas 756         <include>~/reports/case_summary_hook.jsp</include>
1824 06 Feb 13 nicklas 757       </parameters>
1824 06 Feb 13 nicklas 758     </action-factory>
1824 06 Feb 13 nicklas 759   </extension>
1824 06 Feb 13 nicklas 760   
2134 11 Nov 13 nicklas 761   <extension
2134 11 Nov 13 nicklas 762     id="net.sf.basedb.reggie.toolbar.histology-score"
2134 11 Nov 13 nicklas 763     extends="net.sf.basedb.clients.web.toolbar.item.bioplate"
2134 11 Nov 13 nicklas 764     >
2291 14 Mar 14 nicklas 765     <about safe-scripts="1">
2134 11 Nov 13 nicklas 766       <name>Histology score</name>
2134 11 Nov 13 nicklas 767       <description>
2134 11 Nov 13 nicklas 768         Adds a button to the toolbar of paraffin blocks and
2134 11 Nov 13 nicklas 769         HE stain bioplates that start the 'histology scoring wizard'.
2134 11 Nov 13 nicklas 770       </description>
2134 11 Nov 13 nicklas 771     </about>
2134 11 Nov 13 nicklas 772     <action-factory>
2134 11 Nov 13 nicklas 773       <factory-class>
2134 11 Nov 13 nicklas 774         net.sf.basedb.reggie.extensions.HistologyScoreButtonFactory
2134 11 Nov 13 nicklas 775       </factory-class>
2291 14 Mar 14 nicklas 776       <parameters>
2291 14 Mar 14 nicklas 777         <title>Score HE glass</title>
2291 14 Mar 14 nicklas 778         <clazz>button auto-init</clazz>
2291 14 Mar 14 nicklas 779         <data-auto-init>reggie-he-score-link</data-auto-init>
2291 14 Mar 14 nicklas 780         <data-home>$HOME$</data-home>
2291 14 Mar 14 nicklas 781         <icon>~/images/microscope.png</icon>
2291 14 Mar 14 nicklas 782         <script>~/scripts/he-score.js</script>
2291 14 Mar 14 nicklas 783       </parameters>
2134 11 Nov 13 nicklas 784     </action-factory>
2134 11 Nov 13 nicklas 785   </extension>
1824 06 Feb 13 nicklas 786   
2296 18 Mar 14 nicklas 787   <extension
4306 17 Jan 17 nicklas 788     id="net.sf.basedb.reggie.grid.job-complete"
4306 17 Jan 17 nicklas 789     extends="net.sf.basedb.opengrid.job-complete"
2296 18 Mar 14 nicklas 790     >
2296 18 Mar 14 nicklas 791     <about>
4306 17 Jan 17 nicklas 792       <name>Reggie job completion handler</name>
2296 18 Mar 14 nicklas 793       <description>
4306 17 Jan 17 nicklas 794         Handles completion of jobs started by Reggie.
4306 17 Jan 17 nicklas 795         Depending on the job type it will typically initiate
4306 17 Jan 17 nicklas 796         parsing of some result files, etc.
2296 18 Mar 14 nicklas 797       </description>
2296 18 Mar 14 nicklas 798     </about>
2296 18 Mar 14 nicklas 799     <action-factory>
2296 18 Mar 14 nicklas 800       <factory-class>
4306 17 Jan 17 nicklas 801         net.sf.basedb.reggie.grid.JobCompletionHandlerFactory
2296 18 Mar 14 nicklas 802       </factory-class>
2296 18 Mar 14 nicklas 803     </action-factory>
2296 18 Mar 14 nicklas 804   </extension>
2296 18 Mar 14 nicklas 805   
2296 18 Mar 14 nicklas 806   <extension
4306 17 Jan 17 nicklas 807     id="net.sf.basedb.reggie.extensions.nextseq-signal"
2296 18 Mar 14 nicklas 808     extends="net.sf.basedb.core.signal.job"
2296 18 Mar 14 nicklas 809     >
2296 18 Mar 14 nicklas 810     <about>
4306 17 Jan 17 nicklas 811       <name>Reggie signal handler</name>
2296 18 Mar 14 nicklas 812       <description>
2296 18 Mar 14 nicklas 813         Responds to signals sent from BASE. Support
4306 17 Jan 17 nicklas 814         for STATUS signal to get the progress of a 
4306 17 Jan 17 nicklas 815         NextSeq sequencing run.
2296 18 Mar 14 nicklas 816       </description>
2296 18 Mar 14 nicklas 817     </about>
2296 18 Mar 14 nicklas 818     <action-factory>
2296 18 Mar 14 nicklas 819       <factory-class>
4306 17 Jan 17 nicklas 820         net.sf.basedb.reggie.extensions.ReggieSignalHandlerFactory
2296 18 Mar 14 nicklas 821       </factory-class>
2296 18 Mar 14 nicklas 822     </action-factory>
2296 18 Mar 14 nicklas 823   </extension>
2296 18 Mar 14 nicklas 824   
3032 12 Dec 14 nicklas 825   <extension
3032 12 Dec 14 nicklas 826     id="net.sf.basedb.reggie.auto-confirm-service"
3032 12 Dec 14 nicklas 827     extends="net.sf.basedb.clients.web.services"
3032 12 Dec 14 nicklas 828     >
3032 12 Dec 14 nicklas 829     <about>
4306 17 Jan 17 nicklas 830       <name>Reggie auto-confirm service</name>
3032 12 Dec 14 nicklas 831       <description>
3032 12 Dec 14 nicklas 832         A service that checks for secondary analysis
3032 12 Dec 14 nicklas 833         items that has been flagged with AutoProcessing=AutoConfirm.
3032 12 Dec 14 nicklas 834         If rules are met, the item is automatically
3032 12 Dec 14 nicklas 835         confirmed and the next step in the analysis is started.
3032 12 Dec 14 nicklas 836       </description>
3032 12 Dec 14 nicklas 837     </about>
3032 12 Dec 14 nicklas 838     <action-factory>
3032 12 Dec 14 nicklas 839       <factory-class>
3032 12 Dec 14 nicklas 840         net.sf.basedb.reggie.autoconfirm.AutoConfirmServiceFactory
3032 12 Dec 14 nicklas 841       </factory-class>
3032 12 Dec 14 nicklas 842     </action-factory>
3032 12 Dec 14 nicklas 843   </extension>
3032 12 Dec 14 nicklas 844   
3059 19 Dec 14 nicklas 845   <extension
3059 19 Dec 14 nicklas 846     id="net.sf.basedb.reggie.counter-service"
3059 19 Dec 14 nicklas 847     extends="net.sf.basedb.clients.web.services"
3059 19 Dec 14 nicklas 848     >
3059 19 Dec 14 nicklas 849     <about>
4306 17 Jan 17 nicklas 850       <name>Reggie counter service</name>
3059 19 Dec 14 nicklas 851       <description>
3059 19 Dec 14 nicklas 852         A service that count the number of items at
3059 19 Dec 14 nicklas 853         various stages in the lab and analysis process.
3059 19 Dec 14 nicklas 854         The counters are presented on the Reggie index page.
3059 19 Dec 14 nicklas 855         If this service is stopped the counter will not
3059 19 Dec 14 nicklas 856         be updated.
3059 19 Dec 14 nicklas 857       </description>
3059 19 Dec 14 nicklas 858     </about>
3059 19 Dec 14 nicklas 859     <action-factory>
3059 19 Dec 14 nicklas 860       <factory-class>
3059 19 Dec 14 nicklas 861         net.sf.basedb.reggie.counter.CounterServiceFactory
3059 19 Dec 14 nicklas 862       </factory-class>
3059 19 Dec 14 nicklas 863     </action-factory>
3059 19 Dec 14 nicklas 864   </extension>
3032 12 Dec 14 nicklas 865   
3802 21 Mar 16 nicklas 866   <extension
3802 21 Mar 16 nicklas 867     id="net.sf.basedb.reggie.project-archive-service"
3802 21 Mar 16 nicklas 868     extends="net.sf.basedb.clients.web.services"
3802 21 Mar 16 nicklas 869     >
3802 21 Mar 16 nicklas 870     <about>
4306 17 Jan 17 nicklas 871       <name>Reggie project-archive file permission service</name>
3802 21 Mar 16 nicklas 872       <description>
3802 21 Mar 16 nicklas 873         Checks and manages file permissions in the project-archive
3802 21 Mar 16 nicklas 874         based on the consent information on the related case.
3802 21 Mar 16 nicklas 875         Files that belong to a case with Consent=Yes will get
3802 21 Mar 16 nicklas 876         group-level read permission, all other files will get
3802 21 Mar 16 nicklas 877         private permissions only.
3802 21 Mar 16 nicklas 878       </description>
3802 21 Mar 16 nicklas 879     </about>
3802 21 Mar 16 nicklas 880     <action-factory>
3802 21 Mar 16 nicklas 881       <factory-class>
3802 21 Mar 16 nicklas 882         net.sf.basedb.reggie.projectarchive.ProjectArchiveServiceFactory
3802 21 Mar 16 nicklas 883       </factory-class>
3802 21 Mar 16 nicklas 884     </action-factory>
3802 21 Mar 16 nicklas 885   </extension>
3802 21 Mar 16 nicklas 886   
5850 04 Mar 20 nicklas 887   <extension 
5850 04 Mar 20 nicklas 888     id="net.sf.basedb.reggie.vcf-actions"
5850 04 Mar 20 nicklas 889     extends="net.sf.basedb.clients.web.file-viewer"
5850 04 Mar 20 nicklas 890     >
7115 17 Apr 23 nicklas 891     <index>5</index>
5850 04 Mar 20 nicklas 892     <about>
5850 04 Mar 20 nicklas 893       <name>Genotype and variant call VCF viewer</name>
5850 04 Mar 20 nicklas 894       <description>
5850 04 Mar 20 nicklas 895         Add links for viewing the genotype QC VCF (qc_genotype.vcf) 
5850 04 Mar 20 nicklas 896         file and the filtered variant call VCF file (variants-filtered.vcf).
5850 04 Mar 20 nicklas 897       </description>
5850 04 Mar 20 nicklas 898     </about>
5850 04 Mar 20 nicklas 899     <action-factory>
5850 04 Mar 20 nicklas 900       <factory-class>
5850 04 Mar 20 nicklas 901         net.sf.basedb.reggie.extensions.VcfViewerActionFactory
5850 04 Mar 20 nicklas 902       </factory-class>
5850 04 Mar 20 nicklas 903       <parameters>
5850 04 Mar 20 nicklas 904         <script>~/scripts/vcf-actions.js</script>
5850 04 Mar 20 nicklas 905       </parameters>
5850 04 Mar 20 nicklas 906     </action-factory>
5850 04 Mar 20 nicklas 907   </extension>
5850 04 Mar 20 nicklas 908   
7115 17 Apr 23 nicklas 909   <extension 
7115 17 Apr 23 nicklas 910     id="net.sf.basedb.reggie.tabular-view"
7115 17 Apr 23 nicklas 911     extends="net.sf.basedb.clients.web.file-viewer"
7115 17 Apr 23 nicklas 912     >
7115 17 Apr 23 nicklas 913     <index>10</index>
7115 17 Apr 23 nicklas 914     <about>
7115 17 Apr 23 nicklas 915       <name>View text files as tabular data</name>
7115 17 Apr 23 nicklas 916       <description>
7115 17 Apr 23 nicklas 917         View text files and apply some basic formatting for tabular data.
7115 17 Apr 23 nicklas 918       </description>
7115 17 Apr 23 nicklas 919     </about>
7115 17 Apr 23 nicklas 920     <action-factory>
7115 17 Apr 23 nicklas 921       <factory-class>
7115 17 Apr 23 nicklas 922         net.sf.basedb.reggie.extensions.TabularViewActionFactory
7115 17 Apr 23 nicklas 923       </factory-class>
7115 17 Apr 23 nicklas 924       <parameters>
7115 17 Apr 23 nicklas 925         <script>~/scripts/view-tabular.js</script>
7115 17 Apr 23 nicklas 926       </parameters>
7115 17 Apr 23 nicklas 927     </action-factory>
7115 17 Apr 23 nicklas 928   </extension>
7115 17 Apr 23 nicklas 929   
6864 04 Nov 22 nicklas 930   <extension
6864 04 Nov 22 nicklas 931     id="net.sf.basedb.reggie.toolbar.download-as-zip"
6864 04 Nov 22 nicklas 932     extends="net.sf.basedb.clients.web.file-viewer"
6864 04 Nov 22 nicklas 933     >
6864 04 Nov 22 nicklas 934     <about safe-scripts="1">
6864 04 Nov 22 nicklas 935       <name>Download file as ZIP</name>
6864 04 Nov 22 nicklas 936       <description>
6864 04 Nov 22 nicklas 937         Implements an action that can be used on files to download
6864 04 Nov 22 nicklas 938         them as a ZIP file. The ZIP file is created on the fly and
6864 04 Nov 22 nicklas 939         has support for encryption with AES256.
6864 04 Nov 22 nicklas 940         
6864 04 Nov 22 nicklas 941         The action is currently only enabled CSV files inside
6864 04 Nov 22 nicklas 942         the /home/SCANB/ReferralIdLogs directory.
6864 04 Nov 22 nicklas 943       </description>
6864 04 Nov 22 nicklas 944     </about>
6864 04 Nov 22 nicklas 945     <action-factory>
6864 04 Nov 22 nicklas 946       <factory-class>
6864 04 Nov 22 nicklas 947         net.sf.basedb.reggie.extensions.DownloadAsZipActionFactory
6864 04 Nov 22 nicklas 948       </factory-class>
6864 04 Nov 22 nicklas 949       <parameters>
6864 04 Nov 22 nicklas 950         <script>~/download-as-zip.js</script>
6864 04 Nov 22 nicklas 951       </parameters>
6864 04 Nov 22 nicklas 952     </action-factory>
6864 04 Nov 22 nicklas 953   </extension>
6864 04 Nov 22 nicklas 954   
1282 25 Jan 11 nicklas 955 </extensions>

Generated on Tue Nov 21 03:29:18 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)