extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/META-INF/plugin-configurations.xml

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
1562 15 Mar 12 nicklas 1 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
1562 15 Mar 12 nicklas 2 <!DOCTYPE configfile SYSTEM "plugin-configuration-file.dtd"><configfile>
1562 15 Mar 12 nicklas 3   <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.reggie.plugins.CaliperRunParametersExporter">
1562 15 Mar 12 nicklas 4     <configname>High sensitivity</configname>
1562 15 Mar 12 nicklas 5     <description />
1562 15 Mar 12 nicklas 6     <parameter>
1562 15 Mar 12 nicklas 7       <name>DataPath</name>
1562 15 Mar 12 nicklas 8       <label>Data Path</label>
1562 15 Mar 12 nicklas 9       <description>Enter the path on the Caliper computer where data files should be saved.If not specified, the descision is left to the Caliper software.</description>
1562 15 Mar 12 nicklas 10       <class>java.lang.String</class>
1562 15 Mar 12 nicklas 11       <value>C:\CaliperFiles</value>
1562 15 Mar 12 nicklas 12     </parameter>
1562 15 Mar 12 nicklas 13     <parameter>
1562 15 Mar 12 nicklas 14       <name>sensitivity</name>
1562 15 Mar 12 nicklas 15       <label>Sensitivity</label>
1562 15 Mar 12 nicklas 16       <description>This parameter decide which RNA QC aliquots from the plate are selected for a specific run:
1562 15 Mar 12 nicklas 17 Standard = extracts with QCHiSense=FALSE or missing are selected
1562 15 Mar 12 nicklas 18 High = extracts with QCHiSense=TRUE are selected</description>
1562 15 Mar 12 nicklas 19       <class>java.lang.String</class>
1562 15 Mar 12 nicklas 20       <value>High</value>
1562 15 Mar 12 nicklas 21     </parameter>
1562 15 Mar 12 nicklas 22     <parameter>
1562 15 Mar 12 nicklas 23       <name>PlateName</name>
1562 15 Mar 12 nicklas 24       <label>Plate Name</label>
1562 15 Mar 12 nicklas 25       <description>Enter the name of the plate as it appears in the Run dialog in the Caliper software. If an incorrect name is used the exported file can't be used by Caliper.</description>
1562 15 Mar 12 nicklas 26       <class>java.lang.String</class>
1562 15 Mar 12 nicklas 27       <value>FrameStar Skirted 96 [sip 2mm]</value>
1562 15 Mar 12 nicklas 28     </parameter>
1562 15 Mar 12 nicklas 29     <parameter>
1562 15 Mar 12 nicklas 30       <name>AssayType</name>
1562 15 Mar 12 nicklas 31       <label>Assay Type</label>
1562 15 Mar 12 nicklas 32       <description>Enter the name of the Assay Type parameter as it appears in the Run dialog in the Caliper software. If an incorrect name is used the exported file can't be used by Caliper.</description>
1562 15 Mar 12 nicklas 33       <class>java.lang.String</class>
1562 15 Mar 12 nicklas 34       <value>HT RNA High Sens</value>
1562 15 Mar 12 nicklas 35     </parameter>
1562 15 Mar 12 nicklas 36   </configuration>
1562 15 Mar 12 nicklas 37   <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.reggie.plugins.CaliperRunParametersExporter">
1562 15 Mar 12 nicklas 38     <configname>Standard sensitivity</configname>
1562 15 Mar 12 nicklas 39     <description />
1562 15 Mar 12 nicklas 40     <parameter>
1562 15 Mar 12 nicklas 41       <name>DataPath</name>
1562 15 Mar 12 nicklas 42       <label>Data Path</label>
1562 15 Mar 12 nicklas 43       <description>Enter the path on the Caliper computer where data files should be saved.If not specified, the descision is left to the Caliper software.</description>
1562 15 Mar 12 nicklas 44       <class>java.lang.String</class>
1562 15 Mar 12 nicklas 45       <value>C:\CaliperFiles</value>
1562 15 Mar 12 nicklas 46     </parameter>
1562 15 Mar 12 nicklas 47     <parameter>
1562 15 Mar 12 nicklas 48       <name>sensitivity</name>
1562 15 Mar 12 nicklas 49       <label>Sensitivity</label>
1562 15 Mar 12 nicklas 50       <description>This parameter decide which RNA QC aliquots from the plate are selected for a specific run:
1562 15 Mar 12 nicklas 51 Standard = extracts without the QCHiSense annotation are selected
1562 15 Mar 12 nicklas 52 High = extracts with QCHiSense=TRUE are selected</description>
1562 15 Mar 12 nicklas 53       <class>java.lang.String</class>
1562 15 Mar 12 nicklas 54       <value>Standard</value>
1562 15 Mar 12 nicklas 55     </parameter>
1562 15 Mar 12 nicklas 56     <parameter>
1562 15 Mar 12 nicklas 57       <name>PlateName</name>
1562 15 Mar 12 nicklas 58       <label>Plate Name</label>
1562 15 Mar 12 nicklas 59       <description>Enter the name of the plate as it appears in the Run dialog in the Caliper software. If an incorrect name is used the exported file can't be used by Caliper.</description>
1562 15 Mar 12 nicklas 60       <class>java.lang.String</class>
1562 15 Mar 12 nicklas 61       <value>FrameStar Skirted 96 [sip 2mm]</value>
1562 15 Mar 12 nicklas 62     </parameter>
1562 15 Mar 12 nicklas 63     <parameter>
1562 15 Mar 12 nicklas 64       <name>AssayType</name>
1562 15 Mar 12 nicklas 65       <label>Assay Type</label>
1562 15 Mar 12 nicklas 66       <description>Enter the name of the Assay Type paramter as it appears in the Run dialog in the Caliper software. If an incorrect name is used the exported file can't be used by Caliper.</description>
1562 15 Mar 12 nicklas 67       <class>java.lang.String</class>
1562 15 Mar 12 nicklas 68       <value>HT RNA Std Sens</value>
1562 15 Mar 12 nicklas 69     </parameter>
1896 05 Mar 13 nicklas 70   </configuration>
1896 05 Mar 13 nicklas 71   <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.reggie.plugins.CaliperLibPrepParametersExporter">
1900 07 Mar 13 nicklas 72     <configname>HT DNA 1K Ver2 (96)</configname>
1896 05 Mar 13 nicklas 73     <description />
1896 05 Mar 13 nicklas 74     <parameter>
1896 05 Mar 13 nicklas 75       <name>DataPath</name>
1896 05 Mar 13 nicklas 76       <label>Data Path</label>
1896 05 Mar 13 nicklas 77       <description>Enter the path on the Caliper computer where data files should be saved.If not specified, the descision is left to the Caliper software.</description>
1896 05 Mar 13 nicklas 78       <class>java.lang.String</class>
1900 07 Mar 13 nicklas 79       <value>C:\CaliperLibFiles</value>
1896 05 Mar 13 nicklas 80     </parameter>
1896 05 Mar 13 nicklas 81     <parameter>
1896 05 Mar 13 nicklas 82       <name>PlateName</name>
1896 05 Mar 13 nicklas 83       <label>Plate Name</label>
1896 05 Mar 13 nicklas 84       <description>Enter the name of the plate as it appears in the Run dialog in the Caliper software. If an incorrect name is used the exported file can't be used by Caliper.</description>
1896 05 Mar 13 nicklas 85       <class>java.lang.String</class>
1896 05 Mar 13 nicklas 86       <value>FrameStar Skirted 96 [sip 2mm]</value>
1896 05 Mar 13 nicklas 87     </parameter>
1896 05 Mar 13 nicklas 88     <parameter>
1896 05 Mar 13 nicklas 89       <name>AssayType</name>
1896 05 Mar 13 nicklas 90       <label>Assay Type</label>
1896 05 Mar 13 nicklas 91       <description>Enter the name of the Assay Type parameter as it appears in the Run dialog in the Caliper software. If an incorrect name is used the exported file can't be used by Caliper.</description>
1896 05 Mar 13 nicklas 92       <class>java.lang.String</class>
1900 07 Mar 13 nicklas 93       <value>HT DNA 1K Ver2</value>
1896 05 Mar 13 nicklas 94     </parameter>
1896 05 Mar 13 nicklas 95   </configuration>
1900 07 Mar 13 nicklas 96   <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.reggie.plugins.CaliperLibPrepParametersExporter">
2344 09 Apr 14 nicklas 97     <configname>HT DNA High Sensitivity (96)</configname>
2344 09 Apr 14 nicklas 98     <description />
2344 09 Apr 14 nicklas 99     <parameter>
2344 09 Apr 14 nicklas 100       <name>DataPath</name>
2344 09 Apr 14 nicklas 101       <label>Data Path</label>
2344 09 Apr 14 nicklas 102       <description>Enter the path on the Caliper computer where data files should be saved.If not specified, the descision is left to the Caliper software.</description>
2344 09 Apr 14 nicklas 103       <class>java.lang.String</class>
2344 09 Apr 14 nicklas 104       <value>C:\CaliperLibFiles</value>
2344 09 Apr 14 nicklas 105     </parameter>
2344 09 Apr 14 nicklas 106     <parameter>
2344 09 Apr 14 nicklas 107       <name>PlateName</name>
2344 09 Apr 14 nicklas 108       <label>Plate Name</label>
2344 09 Apr 14 nicklas 109       <description>Enter the name of the plate as it appears in the Run dialog in the Caliper software. If an incorrect name is used the exported file can't be used by Caliper.</description>
2344 09 Apr 14 nicklas 110       <class>java.lang.String</class>
2344 09 Apr 14 nicklas 111       <value>FrameStar Skirted 96 [sip 2mm]</value>
2344 09 Apr 14 nicklas 112     </parameter>
2344 09 Apr 14 nicklas 113     <parameter>
2344 09 Apr 14 nicklas 114       <name>AssayType</name>
2344 09 Apr 14 nicklas 115       <label>Assay Type</label>
2344 09 Apr 14 nicklas 116       <description>Enter the name of the Assay Type parameter as it appears in the Run dialog in the Caliper software. If an incorrect name is used the exported file can't be used by Caliper.</description>
2344 09 Apr 14 nicklas 117       <class>java.lang.String</class>
2344 09 Apr 14 nicklas 118       <value>HT DNA High Sensitivity</value>
2344 09 Apr 14 nicklas 119     </parameter>
2344 09 Apr 14 nicklas 120   </configuration>
2724 02 Oct 14 nicklas 121   <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.gtf.GtfReporterImporter">
2724 02 Oct 14 nicklas 122     <configname>SCAN-B (transcript_id)</configname>
2724 02 Oct 14 nicklas 123     <description>Create reporters and import reporter annotations from GTF files. Column mappings:
2724 02 Oct 14 nicklas 124
2724 02 Oct 14 nicklas 125  * &lt;transcript_id&gt; --&gt; reporter id and name
2724 02 Oct 14 nicklas 126  * &lt;description&gt; --&gt; Description
2724 02 Oct 14 nicklas 127  * &lt;geneSymbol&gt; --&gt; Gene symbol
2747 07 Oct 14 nicklas 128  * &lt;seqname&gt; --&gt; Chromosome
2747 07 Oct 14 nicklas 129  * &lt;refseq&gt; --&gt; RefSeq
2747 07 Oct 14 nicklas 130  * &lt;protAcc&gt; --&gt; ProtAcc</description>
2724 02 Oct 14 nicklas 131     <parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 132       <name>dataHeaderRegexp</name>
2724 02 Oct 14 nicklas 133       <label>Data header</label>
2724 02 Oct 14 nicklas 134       <description>A regular expression that matches the header line just before the data begins. For example: Block\tRow\tColumn.*</description>
2724 02 Oct 14 nicklas 135       <class>java.lang.String</class>
2724 02 Oct 14 nicklas 136       <value>&lt;seqname&gt;\t.*&lt;transcript_id&gt;.*</value>
2724 02 Oct 14 nicklas 137     </parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 138     <parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 139       <name>minDataColumns</name>
2724 02 Oct 14 nicklas 140       <label>Min data columns</label>
2724 02 Oct 14 nicklas 141       <description>The minimum number of columns for a line to be counted as a data line.</description>
2724 02 Oct 14 nicklas 142       <class>java.lang.Integer</class>
2724 02 Oct 14 nicklas 143       <value>4</value>
2724 02 Oct 14 nicklas 144     </parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 145     <parameter>
2747 07 Oct 14 nicklas 146       <name>extendedColumnMapping.refseq</name>
2747 07 Oct 14 nicklas 147       <label>Refseq</label>
2747 07 Oct 14 nicklas 148       <description />
2747 07 Oct 14 nicklas 149       <class>java.lang.String</class>
2747 07 Oct 14 nicklas 150       <value>\&lt;refseq&gt;\</value>
2747 07 Oct 14 nicklas 151     </parameter>
2747 07 Oct 14 nicklas 152     <parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 153       <name>complexExpressions</name>
2724 02 Oct 14 nicklas 154       <label>Complex column mappings</label>
2724 02 Oct 14 nicklas 155       <description>disallow = Only allow simple mappings that are constant value or pick the value from one column only, for example, '1.6' or '\Row\'
2724 02 Oct 14 nicklas 156 allow = Allow expression and complex mappings, for example, '\Row\, \Column\' or '=2*col('radius')'</description>
2724 02 Oct 14 nicklas 157       <class>java.lang.String</class>
2724 02 Oct 14 nicklas 158       <value>disallow</value>
2724 02 Oct 14 nicklas 159     </parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 160     <parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 161       <name>descriptionColumnMapping</name>
2724 02 Oct 14 nicklas 162       <label>Description</label>
2724 02 Oct 14 nicklas 163       <description>Mapping that picks the reporter's description from the data columns. For example: \Description\</description>
2724 02 Oct 14 nicklas 164       <class>java.lang.String</class>
2724 02 Oct 14 nicklas 165       <value>\&lt;description&gt;\</value>
2724 02 Oct 14 nicklas 166     </parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 167     <parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 168       <name>ignoreRegexp</name>
2724 02 Oct 14 nicklas 169       <label>Ignore</label>
2724 02 Oct 14 nicklas 170       <description>A regular expression that matches any line that should be ignored. For example, ignore lines starting with #: ^#.*</description>
2724 02 Oct 14 nicklas 171       <class>java.lang.String</class>
2724 02 Oct 14 nicklas 172       <value>^#.*</value>
2724 02 Oct 14 nicklas 173     </parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 174     <parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 175       <name>charset</name>
2724 02 Oct 14 nicklas 176       <label>Character set</label>
2724 02 Oct 14 nicklas 177       <description>The character set to use when reading the file. This setting overrides the character set specified by the file. If neither this parameter nor the file specifies a character set, the system default is used (ISO-8859-1).</description>
2724 02 Oct 14 nicklas 178       <class>java.lang.String</class>
2724 02 Oct 14 nicklas 179       <value>ISO-8859-1</value>
2724 02 Oct 14 nicklas 180     </parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 181     <parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 182       <name>decimalSeparator</name>
2724 02 Oct 14 nicklas 183       <label>Decimal separator</label>
2724 02 Oct 14 nicklas 184       <description>The decimal separator used in numeric values, if not specified dot is assumed.</description>
2724 02 Oct 14 nicklas 185       <class>java.lang.String</class>
2724 02 Oct 14 nicklas 186       <value>dot</value>
2724 02 Oct 14 nicklas 187     </parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 188     <parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 189       <name>dataSplitterRegexp</name>
2724 02 Oct 14 nicklas 190       <label>Data splitter</label>
2724 02 Oct 14 nicklas 191       <description>A regular expression that splits each data line into individual columns. For example, split on tabs: \t</description>
2724 02 Oct 14 nicklas 192       <class>java.lang.String</class>
2724 02 Oct 14 nicklas 193       <value>\t</value>
2724 02 Oct 14 nicklas 194     </parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 195     <parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 196       <name>reporterIdColumnMapping</name>
2724 02 Oct 14 nicklas 197       <label>External ID</label>
2724 02 Oct 14 nicklas 198       <description>Mapping that picks the reporter's external ID from the data columns. For example: \ID\</description>
2724 02 Oct 14 nicklas 199       <class>java.lang.String</class>
2724 02 Oct 14 nicklas 200       <value>\&lt;transcript_id&gt;\</value>
2724 02 Oct 14 nicklas 201     </parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 202     <parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 203       <name>trimQuotes</name>
2724 02 Oct 14 nicklas 204       <label>Remove quotes</label>
2724 02 Oct 14 nicklas 205       <description>If true quotes (" or ') around data value will be removed.</description>
2724 02 Oct 14 nicklas 206       <class>java.lang.Boolean</class>
2724 02 Oct 14 nicklas 207       <value>true</value>
2724 02 Oct 14 nicklas 208     </parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 209     <parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 210       <name>nameColumnMapping</name>
2724 02 Oct 14 nicklas 211       <label>Name</label>
2724 02 Oct 14 nicklas 212       <description>Mapping that picks the reporter's name from the data columns. For example: \Name\</description>
2724 02 Oct 14 nicklas 213       <class>java.lang.String</class>
2724 02 Oct 14 nicklas 214       <value>\&lt;transcript_id&gt;\</value>
2724 02 Oct 14 nicklas 215     </parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 216     <parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 217       <name>extendedColumnMapping.chromosome</name>
2724 02 Oct 14 nicklas 218       <label>Chromosome</label>
2724 02 Oct 14 nicklas 219       <description>The chromosome from which the reporter is derived</description>
2724 02 Oct 14 nicklas 220       <class>java.lang.String</class>
2724 02 Oct 14 nicklas 221       <value>\&lt;seqname&gt;\</value>
2724 02 Oct 14 nicklas 222     </parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 223     <parameter>
2747 07 Oct 14 nicklas 224       <name>extendedColumnMapping.protAcc</name>
2747 07 Oct 14 nicklas 225       <label>ProtAcc</label>
2747 07 Oct 14 nicklas 226       <description />
2747 07 Oct 14 nicklas 227       <class>java.lang.String</class>
2747 07 Oct 14 nicklas 228       <value>\&lt;protAcc&gt;\</value>
2747 07 Oct 14 nicklas 229     </parameter>
2747 07 Oct 14 nicklas 230     <parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 231       <name>symbolColumnMapping</name>
2724 02 Oct 14 nicklas 232       <label>Gene symbol</label>
2724 02 Oct 14 nicklas 233       <description>Mapping that picks the reporter's gene symbol from the data columns. For example: \Gene symbol\</description>
2724 02 Oct 14 nicklas 234       <class>java.lang.String</class>
2724 02 Oct 14 nicklas 235       <value>\&lt;geneSymbol&gt;\</value>
2724 02 Oct 14 nicklas 236     </parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 237   </configuration>
2724 02 Oct 14 nicklas 238   <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.RawDataFlatFileImporter">
2724 02 Oct 14 nicklas 239     <configname>SCAN-B (transcript_id)</configname>
2724 02 Oct 14 nicklas 240     <description>A configuration that import isoforms.fpkm_tracking files. It uses &lt;transcript_id&gt; as reporter and feature id.</description>
2724 02 Oct 14 nicklas 241     <parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 242       <name>dataHeaderRegexp</name>
2724 02 Oct 14 nicklas 243       <label>Data header</label>
2724 02 Oct 14 nicklas 244       <description>A regular expression that matches the header line just before the data begins. For example: Block\tRow\tColumn.*</description>
2724 02 Oct 14 nicklas 245       <class>java.lang.String</class>
2724 02 Oct 14 nicklas 246       <value>tracking_id\t.*FPKM.*</value>
2724 02 Oct 14 nicklas 247     </parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 248     <parameter>
2747 07 Oct 14 nicklas 249       <name>propertyMapping.length</name>
2747 07 Oct 14 nicklas 250       <label>Length</label>
2747 07 Oct 14 nicklas 251       <description />
2747 07 Oct 14 nicklas 252       <class>java.lang.String</class>
2747 07 Oct 14 nicklas 253       <value>\length\</value>
2747 07 Oct 14 nicklas 254     </parameter>
2747 07 Oct 14 nicklas 255     <parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 256       <name>complexExpressions</name>
2724 02 Oct 14 nicklas 257       <label>Complex column mappings</label>
2724 02 Oct 14 nicklas 258       <description>disallow = Only allow simple mappings that are constant value or pick the value from one column only, for example, '1.6' or '\Row\'
2724 02 Oct 14 nicklas 259 allow = Allow expression and complex mappings, for example, '\Row\, \Column\' or '=2*col('radius')'</description>
2724 02 Oct 14 nicklas 260       <class>java.lang.String</class>
2724 02 Oct 14 nicklas 261       <value>disallow</value>
2724 02 Oct 14 nicklas 262     </parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 263     <parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 264       <name>propertyMapping.status</name>
2724 02 Oct 14 nicklas 265       <label>Status</label>
2724 02 Oct 14 nicklas 266       <description>Quantification status. Can be one of OK (deconvolution successful), LOWDATA (too complex or shallowly sequenced), HIDATA (too many fragments in locus), or FAIL, when an ill-conditioned covariance matrix or other numerical exception prevents deconvolution.</description>
2724 02 Oct 14 nicklas 267       <class>java.lang.String</class>
2724 02 Oct 14 nicklas 268       <value>\FPKM_status\</value>
2724 02 Oct 14 nicklas 269     </parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 270     <parameter>
2747 07 Oct 14 nicklas 271       <name>propertyMapping.locus</name>
2747 07 Oct 14 nicklas 272       <label>Locus</label>
2747 07 Oct 14 nicklas 273       <description />
2747 07 Oct 14 nicklas 274       <class>java.lang.String</class>
2747 07 Oct 14 nicklas 275       <value>\locus\</value>
2747 07 Oct 14 nicklas 276     </parameter>
2747 07 Oct 14 nicklas 277     <parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 278       <name>charset</name>
2724 02 Oct 14 nicklas 279       <label>Character set</label>
2724 02 Oct 14 nicklas 280       <description>The character set to use when reading the file. This setting overrides the character set specified by the file. If neither this parameter nor the file specifies a character set, the system default is used (ISO-8859-1).</description>
2724 02 Oct 14 nicklas 281       <class>java.lang.String</class>
2724 02 Oct 14 nicklas 282       <value>ISO-8859-1</value>
2724 02 Oct 14 nicklas 283     </parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 284     <parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 285       <name>propertyMapping.fpkm_lo</name>
2724 02 Oct 14 nicklas 286       <label>FPKM lo</label>
2724 02 Oct 14 nicklas 287       <description>The lower bound of the 95% confidence interval on the FPKM.</description>
2724 02 Oct 14 nicklas 288       <class>java.lang.String</class>
2724 02 Oct 14 nicklas 289       <value>\FPKM_conf_lo\</value>
2724 02 Oct 14 nicklas 290     </parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 291     <parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 292       <name>featureIdColumnMapping</name>
2724 02 Oct 14 nicklas 293       <label>Feature ID</label>
2724 02 Oct 14 nicklas 294       <description>Mapping that picks the spot's feature ID from the data columns. This column is only used when the raw data is connected to an array design which uses the FEATURE_ID method for identifying features. The value is not saved to the database.For example: \Feature ID\</description>
2724 02 Oct 14 nicklas 295       <class>java.lang.String</class>
2724 02 Oct 14 nicklas 296       <value>\tracking_id\</value>
2724 02 Oct 14 nicklas 297     </parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 298     <parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 299       <name>rawDataType</name>
2724 02 Oct 14 nicklas 300       <label>Raw data type</label>
2724 02 Oct 14 nicklas 301       <description>The type of raw data that this importer will import.</description>
2724 02 Oct 14 nicklas 302       <class>java.lang.String</class>
2724 02 Oct 14 nicklas 303       <value>cufflinks</value>
2724 02 Oct 14 nicklas 304     </parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 305     <parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 306       <name>dataSplitterRegexp</name>
2724 02 Oct 14 nicklas 307       <label>Data splitter</label>
2724 02 Oct 14 nicklas 308       <description>A regular expression that splits each data line into individual columns. For example, split on tabs: \t</description>
2724 02 Oct 14 nicklas 309       <class>java.lang.String</class>
2724 02 Oct 14 nicklas 310       <value>\t</value>
2724 02 Oct 14 nicklas 311     </parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 312     <parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 313       <name>propertyMapping.coverage</name>
2724 02 Oct 14 nicklas 314       <label>Coverage</label>
2724 02 Oct 14 nicklas 315       <description>Estimate for the absolute depth of read coverage across the object.</description>
2724 02 Oct 14 nicklas 316       <class>java.lang.String</class>
2724 02 Oct 14 nicklas 317       <value>\coverage\</value>
2724 02 Oct 14 nicklas 318     </parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 319     <parameter>
2747 07 Oct 14 nicklas 320       <name>decimalSeparator</name>
2747 07 Oct 14 nicklas 321       <label>Decimal separator</label>
2747 07 Oct 14 nicklas 322       <description>The decimal separator used in numeric values, if not specified dot is assumed.</description>
2747 07 Oct 14 nicklas 323       <class>java.lang.String</class>
2747 07 Oct 14 nicklas 324       <value>dot</value>
2747 07 Oct 14 nicklas 325     </parameter>
2747 07 Oct 14 nicklas 326     <parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 327       <name>propertyMapping.fpkm_hi</name>
2724 02 Oct 14 nicklas 328       <label>FPKM hi</label>
2724 02 Oct 14 nicklas 329       <description>The upper bound of the 95% confidence interval on the FPKM.</description>
2724 02 Oct 14 nicklas 330       <class>java.lang.String</class>
2724 02 Oct 14 nicklas 331       <value>\FPKM_conf_hi\</value>
2724 02 Oct 14 nicklas 332     </parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 333     <parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 334       <name>reporterIdColumnMapping</name>
2724 02 Oct 14 nicklas 335       <label>Reporter ID</label>
2724 02 Oct 14 nicklas 336       <description>Mapping that picks the 'External ID' of the spot's reporter from the data columns. For example: \ID\</description>
2724 02 Oct 14 nicklas 337       <class>java.lang.String</class>
2724 02 Oct 14 nicklas 338       <value>\tracking_id\</value>
2724 02 Oct 14 nicklas 339     </parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 340     <parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 341       <name>trimQuotes</name>
2724 02 Oct 14 nicklas 342       <label>Remove quotes</label>
2724 02 Oct 14 nicklas 343       <description>If true quotes (" or ') around data value will be removed.</description>
2724 02 Oct 14 nicklas 344       <class>java.lang.Boolean</class>
2724 02 Oct 14 nicklas 345       <value>true</value>
2724 02 Oct 14 nicklas 346     </parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 347     <parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 348       <name>propertyMapping.fpkm</name>
2724 02 Oct 14 nicklas 349       <label>FPKM</label>
2724 02 Oct 14 nicklas 350       <description>Fragments Per Kilobase of exon per Million fragments mapped.</description>
2724 02 Oct 14 nicklas 351       <class>java.lang.String</class>
2724 02 Oct 14 nicklas 352       <value>\FPKM\</value>
2724 02 Oct 14 nicklas 353     </parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 354   </configuration>
2724 02 Oct 14 nicklas 355   <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.gtf.GtfReporterMapImporter">
2724 02 Oct 14 nicklas 356     <configname>SCAN-B (transcript_id)</configname>
2724 02 Oct 14 nicklas 357     <description>Import features for an array design from GTF files. &lt;transcript_id&gt; is used as both feature id and reporter id.</description>
2724 02 Oct 14 nicklas 358     <parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 359       <name>reporterIdColumnMapping</name>
2724 02 Oct 14 nicklas 360       <label>Reporter ID</label>
2724 02 Oct 14 nicklas 361       <description>Mapping that picks the reporter's external ID from the data columns. For example: \ID\</description>
2724 02 Oct 14 nicklas 362       <class>java.lang.String</class>
2724 02 Oct 14 nicklas 363       <value>\&lt;transcript_id&gt;\</value>
2724 02 Oct 14 nicklas 364     </parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 365     <parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 366       <name>dataHeaderRegexp</name>
2724 02 Oct 14 nicklas 367       <label>Data header</label>
2724 02 Oct 14 nicklas 368       <description>A regular expression that matches the header line just before the data begins. For example: Block\tRow\tColumn.*</description>
2724 02 Oct 14 nicklas 369       <class>java.lang.String</class>
2724 02 Oct 14 nicklas 370       <value>&lt;seqname&gt;\t.*&lt;transcript_id&gt;.*</value>
2724 02 Oct 14 nicklas 371     </parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 372     <parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 373       <name>trimQuotes</name>
2724 02 Oct 14 nicklas 374       <label>Remove quotes</label>
2724 02 Oct 14 nicklas 375       <description>If true quotes (" or ') around data value will be removed.</description>
2724 02 Oct 14 nicklas 376       <class>java.lang.Boolean</class>
2724 02 Oct 14 nicklas 377       <value>true</value>
2724 02 Oct 14 nicklas 378     </parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 379     <parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 380       <name>minDataColumns</name>
2724 02 Oct 14 nicklas 381       <label>Min data columns</label>
2724 02 Oct 14 nicklas 382       <description>The minimum number of columns for a line to be counted as a data line.</description>
2724 02 Oct 14 nicklas 383       <class>java.lang.Integer</class>
2724 02 Oct 14 nicklas 384       <value>4</value>
2724 02 Oct 14 nicklas 385     </parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 386     <parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 387       <name>featureIdentification</name>
2724 02 Oct 14 nicklas 388       <label />
2724 02 Oct 14 nicklas 389       <description />
2724 02 Oct 14 nicklas 390       <class>java.lang.String</class>
2724 02 Oct 14 nicklas 391       <value>FEATURE_ID</value>
2724 02 Oct 14 nicklas 392     </parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 393     <parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 394       <name>complexExpressions</name>
2724 02 Oct 14 nicklas 395       <label>Complex column mappings</label>
2724 02 Oct 14 nicklas 396       <description>disallow = Only allow simple mappings that are constant value or pick the value from one column only, for example, '1.6' or '\Row\'
2724 02 Oct 14 nicklas 397 allow = Allow expression and complex mappings, for example, '\Row\, \Column\' or '=2*col('radius')'</description>
2724 02 Oct 14 nicklas 398       <class>java.lang.String</class>
2724 02 Oct 14 nicklas 399       <value>disallow</value>
2724 02 Oct 14 nicklas 400     </parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 401     <parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 402       <name>charset</name>
2724 02 Oct 14 nicklas 403       <label>Character set</label>
2724 02 Oct 14 nicklas 404       <description>The character set to use when reading the file. This setting overrides the character set specified by the file. If neither this parameter nor the file specifies a character set, the system default is used (ISO-8859-1).</description>
2724 02 Oct 14 nicklas 405       <class>java.lang.String</class>
2724 02 Oct 14 nicklas 406       <value>ISO-8859-1</value>
2724 02 Oct 14 nicklas 407     </parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 408     <parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 409       <name>ignoreRegexp</name>
2724 02 Oct 14 nicklas 410       <label>Ignore</label>
2724 02 Oct 14 nicklas 411       <description>A regular expression that matches any line that should be ignored. For example, ignore lines starting with #: ^#.*</description>
2724 02 Oct 14 nicklas 412       <class>java.lang.String</class>
2724 02 Oct 14 nicklas 413       <value>^#.*</value>
2724 02 Oct 14 nicklas 414     </parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 415     <parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 416       <name>featureIdColumnMapping</name>
2724 02 Oct 14 nicklas 417       <label>Feature ID</label>
2724 02 Oct 14 nicklas 418       <description>Mapping that picks the feature's ID from the data columns. For example: \&lt;transcript_id&gt;\@\&lt;seqname&gt;\</description>
2724 02 Oct 14 nicklas 419       <class>java.lang.String</class>
2724 02 Oct 14 nicklas 420       <value>\&lt;transcript_id&gt;\</value>
2724 02 Oct 14 nicklas 421     </parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 422     <parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 423       <name>dataSplitterRegexp</name>
2724 02 Oct 14 nicklas 424       <label>Data splitter</label>
2724 02 Oct 14 nicklas 425       <description>A regular expression that splits each data line into individual columns. For example, split on tabs: \t</description>
2724 02 Oct 14 nicklas 426       <class>java.lang.String</class>
2724 02 Oct 14 nicklas 427       <value>\t</value>
2724 02 Oct 14 nicklas 428     </parameter>
2724 02 Oct 14 nicklas 429   </configuration>  
3499 21 Sep 15 nicklas 430   <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.reggie.plugins.GeneReportPlugin">
3499 21 Sep 15 nicklas 431     <configname>Gene report</configname>
3499 21 Sep 15 nicklas 432     <description>Generates a gene report for five genes (ESR1, PGR, ERBB2, MKI67 and AURKA) compared to two different reference cohorts.</description>
3499 21 Sep 15 nicklas 433     <parameter>
3499 21 Sep 15 nicklas 434       <name>report</name>
3499 21 Sep 15 nicklas 435       <label>Report</label>
3499 21 Sep 15 nicklas 436       <description>Select the report to generate by this configuration</description>
3499 21 Sep 15 nicklas 437       <class>java.lang.String</class>
3499 21 Sep 15 nicklas 438       <value>GENE_REPORT</value>
3499 21 Sep 15 nicklas 439     </parameter>
3499 21 Sep 15 nicklas 440   </configuration>
3499 21 Sep 15 nicklas 441   <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.reggie.plugins.GeneReportPlugin">
3499 21 Sep 15 nicklas 442     <configname>Pilot report</configname>
3499 21 Sep 15 nicklas 443     <description>Generates the pilot clinical report.</description>
3499 21 Sep 15 nicklas 444     <parameter>
3499 21 Sep 15 nicklas 445       <name>report</name>
3499 21 Sep 15 nicklas 446       <label>Report</label>
3499 21 Sep 15 nicklas 447       <description>Select the report to generate by this configuration</description>
3499 21 Sep 15 nicklas 448       <class>java.lang.String</class>
3499 21 Sep 15 nicklas 449       <value>PILOT_REPORT</value>
3499 21 Sep 15 nicklas 450     </parameter>
3499 21 Sep 15 nicklas 451   </configuration>
5682 22 Oct 19 nicklas 452   <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.reggie.plugins.GeneReportPlugin">
5682 22 Oct 19 nicklas 453     <configname>SCAN-B report</configname>
5682 22 Oct 19 nicklas 454     <description>Generates the SCAN-B report.</description>
5682 22 Oct 19 nicklas 455     <parameter>
5682 22 Oct 19 nicklas 456       <name>report</name>
5682 22 Oct 19 nicklas 457       <label>Report</label>
5682 22 Oct 19 nicklas 458       <description>Select the report to generate by this configuration</description>
5682 22 Oct 19 nicklas 459       <class>java.lang.String</class>
5682 22 Oct 19 nicklas 460       <value>SCANB_REPORT</value>
5682 22 Oct 19 nicklas 461     </parameter>
5682 22 Oct 19 nicklas 462   </configuration>
3500 21 Sep 15 nicklas 463   <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.reggie.plugins.GeneReportsCombinerPlugin">
3500 21 Sep 15 nicklas 464     <configname>Gene report</configname>
3500 21 Sep 15 nicklas 465     <description>Combine the gene reports.</description>
3500 21 Sep 15 nicklas 466     <parameter>
3500 21 Sep 15 nicklas 467       <name>report</name>
3500 21 Sep 15 nicklas 468       <label>Report</label>
3500 21 Sep 15 nicklas 469       <description>Select the report to combine by this configuration</description>
3500 21 Sep 15 nicklas 470       <class>java.lang.String</class>
3500 21 Sep 15 nicklas 471       <value>GENE_REPORT</value>
3500 21 Sep 15 nicklas 472     </parameter>
3500 21 Sep 15 nicklas 473   </configuration>
3500 21 Sep 15 nicklas 474   <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.reggie.plugins.GeneReportsCombinerPlugin">
3500 21 Sep 15 nicklas 475     <configname>Pilot report</configname>
3500 21 Sep 15 nicklas 476     <description>Combine the pilot clinical reports.</description>
3500 21 Sep 15 nicklas 477     <parameter>
3500 21 Sep 15 nicklas 478       <name>report</name>
3500 21 Sep 15 nicklas 479       <label>Report</label>
3500 21 Sep 15 nicklas 480       <description>Select the report to combine by this configuration</description>
3500 21 Sep 15 nicklas 481       <class>java.lang.String</class>
3500 21 Sep 15 nicklas 482       <value>PILOT_REPORT</value>
3500 21 Sep 15 nicklas 483     </parameter>
3500 21 Sep 15 nicklas 484   </configuration>
5682 22 Oct 19 nicklas 485   <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.reggie.plugins.GeneReportsCombinerPlugin">
5682 22 Oct 19 nicklas 486     <configname>SCAN-B report</configname>
5682 22 Oct 19 nicklas 487     <description>Combine the SCAN-B reports.</description>
5682 22 Oct 19 nicklas 488     <parameter>
5682 22 Oct 19 nicklas 489       <name>report</name>
5682 22 Oct 19 nicklas 490       <label>Report</label>
5682 22 Oct 19 nicklas 491       <description>Select the report to combine by this configuration</description>
5682 22 Oct 19 nicklas 492       <class>java.lang.String</class>
5682 22 Oct 19 nicklas 493       <value>SCANB_REPORT</value>
5682 22 Oct 19 nicklas 494     </parameter>
5682 22 Oct 19 nicklas 495   </configuration>
1562 15 Mar 12 nicklas 496 </configfile>

Generated on Tue Nov 21 03:29:19 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)