extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/config/reggie-raw-data-types.xml

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2747 07 Oct 14 nicklas 1 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
2747 07 Oct 14 nicklas 2 <!DOCTYPE raw-data-types SYSTEM "raw-data-types.dtd" >
2747 07 Oct 14 nicklas 3 <!--
2747 07 Oct 14 nicklas 4   Raw data properties file with definitions for raw data columns
2747 07 Oct 14 nicklas 5   that are specific to the SCANB sequencing platform. You should
2747 07 Oct 14 nicklas 6   do either A or B:
2747 07 Oct 14 nicklas 7   
2747 07 Oct 14 nicklas 8   A. Place a copy this file into your  [base2home]/www/WEB-INF/
2747 07 Oct 14 nicklas 9      classes/extended-properties/ directory
2747 07 Oct 14 nicklas 10      
2747 07 Oct 14 nicklas 11      AND
2747 07 Oct 14 nicklas 12      
2747 07 Oct 14 nicklas 13      Remove the 'cufflinks' definition from the main raw-data-types.xml file
2747 07 Oct 14 nicklas 14   
2747 07 Oct 14 nicklas 15   B. Replace the 'cufflinks' definition in the main raw-data-types.xml file
2747 07 Oct 14 nicklas 16      with the definition in this file.
2747 07 Oct 14 nicklas 17   
2747 07 Oct 14 nicklas 18 -->
2747 07 Oct 14 nicklas 19 <raw-data-types>
2747 07 Oct 14 nicklas 20   <raw-data-type
2747 07 Oct 14 nicklas 21     id="cufflinks" 
2747 07 Oct 14 nicklas 22     channels="1" 
2747 07 Oct 14 nicklas 23     name="Cufflinks" 
2747 07 Oct 14 nicklas 24     table="RawDataCufflinks"
2747 07 Oct 14 nicklas 25     description="Cufflinks isoforms/gene-level expression values in FPKM tracking format">
2747 07 Oct 14 nicklas 26     <property
2747 07 Oct 14 nicklas 27       name="coverage"
2747 07 Oct 14 nicklas 28       title="Coverage"
2747 07 Oct 14 nicklas 29       description="Estimate for the absolute depth of read coverage across the object."
2747 07 Oct 14 nicklas 30       column="coverage"
2747 07 Oct 14 nicklas 31       type="float"
2747 07 Oct 14 nicklas 32       averagemethod="arithmetic_mean"
2747 07 Oct 14 nicklas 33     />
2747 07 Oct 14 nicklas 34     <property
2747 07 Oct 14 nicklas 35       name="fpkm"
2747 07 Oct 14 nicklas 36       title="FPKM"
2747 07 Oct 14 nicklas 37       description="Fragments Per Kilobase of exon per Million fragments mapped."
2747 07 Oct 14 nicklas 38       column="fpkm"
2747 07 Oct 14 nicklas 39       type="float"
2747 07 Oct 14 nicklas 40       averagemethod="geometric_mean"
2747 07 Oct 14 nicklas 41     />
2747 07 Oct 14 nicklas 42     <property
2747 07 Oct 14 nicklas 43       name="fpkm_lo"
2747 07 Oct 14 nicklas 44       title="FPKM lo"
2747 07 Oct 14 nicklas 45       description="The lower bound of the 95% confidence interval on the FPKM."
2747 07 Oct 14 nicklas 46       column="fpkm_lo"
2747 07 Oct 14 nicklas 47       type="float"
2747 07 Oct 14 nicklas 48       averagemethod="geometric_mean"
2747 07 Oct 14 nicklas 49     />
2747 07 Oct 14 nicklas 50     <property
2747 07 Oct 14 nicklas 51       name="fpkm_hi"
2747 07 Oct 14 nicklas 52       title="FPKM hi"
2747 07 Oct 14 nicklas 53       description="The upper bound of the 95% confidence interval on the FPKM."
2747 07 Oct 14 nicklas 54       column="fpkm_hi"
2747 07 Oct 14 nicklas 55       type="float"
2747 07 Oct 14 nicklas 56       averagemethod="geometric_mean"
2747 07 Oct 14 nicklas 57     />
2747 07 Oct 14 nicklas 58     <property
2747 07 Oct 14 nicklas 59       name="status"
2747 07 Oct 14 nicklas 60       title="Status"
2747 07 Oct 14 nicklas 61       description="Quantification status. Can be one of OK (deconvolution successful), LOWDATA (too complex or shallowly sequenced), HIDATA (too many fragments in locus), or FAIL, when an ill-conditioned covariance matrix or other numerical exception prevents deconvolution."
2747 07 Oct 14 nicklas 62       column="status"
2747 07 Oct 14 nicklas 63       type="string"
2747 07 Oct 14 nicklas 64       length="255"
2747 07 Oct 14 nicklas 65       averagemethod="none"
2747 07 Oct 14 nicklas 66     />
2747 07 Oct 14 nicklas 67     <property
2747 07 Oct 14 nicklas 68       name="locus"
2747 07 Oct 14 nicklas 69       title="Locus"
2747 07 Oct 14 nicklas 70       description=""
2747 07 Oct 14 nicklas 71       column="locus"
2747 07 Oct 14 nicklas 72       type="string"
2747 07 Oct 14 nicklas 73       length="255"
2747 07 Oct 14 nicklas 74       averagemethod="none"
2747 07 Oct 14 nicklas 75     />
2747 07 Oct 14 nicklas 76     <property
2747 07 Oct 14 nicklas 77       name="length"
2747 07 Oct 14 nicklas 78       title="Length"
2747 07 Oct 14 nicklas 79       description=""
2747 07 Oct 14 nicklas 80       column="length"
2747 07 Oct 14 nicklas 81       type="int"
2747 07 Oct 14 nicklas 82       averagemethod="arithmetic_mean"
2747 07 Oct 14 nicklas 83     />
2747 07 Oct 14 nicklas 84     <intensity-formula
2747 07 Oct 14 nicklas 85       name="fpkm"
2747 07 Oct 14 nicklas 86       title="FPKM"
2747 07 Oct 14 nicklas 87       description="Fragments Per Kilobase of exon per Million fragments mapped."
2747 07 Oct 14 nicklas 88       >
2747 07 Oct 14 nicklas 89       <formula 
2747 07 Oct 14 nicklas 90         channel="1"
2747 07 Oct 14 nicklas 91         expression="raw('fpkm')"
2747 07 Oct 14 nicklas 92       />
2747 07 Oct 14 nicklas 93     </intensity-formula>
2747 07 Oct 14 nicklas 94     <intensity-formula
2747 07 Oct 14 nicklas 95       name="fpkm_nohidata"
2747 07 Oct 14 nicklas 96       title="FPKM (no hidata)"
2747 07 Oct 14 nicklas 97       description="Fragments Per Kilobase of exon per Million fragments mapped."
2747 07 Oct 14 nicklas 98       >
2747 07 Oct 14 nicklas 99       <formula 
2747 07 Oct 14 nicklas 100         channel="1"
2747 07 Oct 14 nicklas 101         expression="if(raw('status') == 'HIDATA', null, raw('fpkm'))"
2747 07 Oct 14 nicklas 102       />
2747 07 Oct 14 nicklas 103     </intensity-formula>
2747 07 Oct 14 nicklas 104   </raw-data-type>
2747 07 Oct 14 nicklas 105 </raw-data-types>
2747 07 Oct 14 nicklas 106

Generated on Tue Nov 21 03:29:23 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)