extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/containers/def/genotyping.def

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6680 20 Apr 22 nicklas 1 Bootstrap: library
6680 20 Apr 22 nicklas 2 From: library/default/rockylinux:8.4
6680 20 Apr 22 nicklas 3
6680 20 Apr 22 nicklas 4 %post
6686 21 Apr 22 nicklas 5 yum install -y wget unzip tar bzip2 hostname
6680 20 Apr 22 nicklas 6 mkdir -p /download
6680 20 Apr 22 nicklas 7
6680 20 Apr 22 nicklas 8 ## Minconda 4.11 with Python 3.7
6680 20 Apr 22 nicklas 9 wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py37_4.11.0-Linux-x86_64.sh -O /download/miniconda.sh
6680 20 Apr 22 nicklas 10 bash /download/miniconda.sh -b -p /miniconda
6680 20 Apr 22 nicklas 11 PATH=/miniconda/bin:$PATH
6680 20 Apr 22 nicklas 12 conda config --add channels defaults
6680 20 Apr 22 nicklas 13 conda config --add channels bioconda
6680 20 Apr 22 nicklas 14 conda config --add channels conda-forge
6680 20 Apr 22 nicklas 15
6680 20 Apr 22 nicklas 16 ## GATK, SnpEff, Vcfanno, Samtools
6680 20 Apr 22 nicklas 17 conda install -y \
6680 20 Apr 22 nicklas 18   gatk4=4.1.8.1 \
6680 20 Apr 22 nicklas 19   vcfanno=0.3.2 \
6680 20 Apr 22 nicklas 20   snpeff=4.3.1t \
6680 20 Apr 22 nicklas 21   samtools=1.9
6680 20 Apr 22 nicklas 22
6680 20 Apr 22 nicklas 23
6680 20 Apr 22 nicklas 24 ## Cleanup
6680 20 Apr 22 nicklas 25 rm -rf /download
6680 20 Apr 22 nicklas 26 conda clean -y --all
6680 20 Apr 22 nicklas 27 yum clean all
6680 20 Apr 22 nicklas 28
6680 20 Apr 22 nicklas 29
6680 20 Apr 22 nicklas 30 %environment
6680 20 Apr 22 nicklas 31 export PATH=/miniconda/bin:$PATH
6680 20 Apr 22 nicklas 32 export JAVA=/miniconda/bin/java
6685 20 Apr 22 nicklas 33 export GATK=`find /miniconda/share -name gatk*.jar -type f`
6680 20 Apr 22 nicklas 34 export VCFANNO=/miniconda/bin/vcfanno
6680 20 Apr 22 nicklas 35 export SNPEFF=`find /miniconda/share -name snpEff.jar -type f`
6680 20 Apr 22 nicklas 36
6680 20 Apr 22 nicklas 37
6680 20 Apr 22 nicklas 38 %test
6686 21 Apr 22 nicklas 39 echo "Host      : `hostname 2>&1`"
6686 21 Apr 22 nicklas 40 echo "OS        : `cat /etc/os-release | grep PRETTY_NAME | cut -d '"' -f 2`"
6686 21 Apr 22 nicklas 41 echo "Java      : `java -version 2>&1 | head -1`"
6686 21 Apr 22 nicklas 42 echo "GATK      : `java -jar ${GATK} --version 2>&1 | head -1`"
6686 21 Apr 22 nicklas 43 echo "Vcfanno   : `vcfanno 2>&1 | grep vcfanno | head -1`"
6686 21 Apr 22 nicklas 44 echo "SnpEff    : `snpEff -version 2>&1`"
6686 21 Apr 22 nicklas 45 echo "Samtools  : `samtools --version 2>&1 | head -1`"
6686 21 Apr 22 nicklas 46 echo "Miniconda : `conda --version 2>&1`"
6686 21 Apr 22 nicklas 47 echo "Python    : `python --version 2>&1`"
6680 20 Apr 22 nicklas 48
6680 20 Apr 22 nicklas 49
6680 20 Apr 22 nicklas 50 %labels
6680 20 Apr 22 nicklas 51 PipelineVersion v1
6680 20 Apr 22 nicklas 52 Author Nicklas Nordborg
6680 20 Apr 22 nicklas 53
6680 20 Apr 22 nicklas 54 %help
6680 20 Apr 22 nicklas 55 A container with the tools that are needed for the targeted
6680 20 Apr 22 nicklas 56 genotyping. To display versions of installed programs use:
6680 20 Apr 22 nicklas 57
6680 20 Apr 22 nicklas 58 singularity test <container.sif>

Generated on Tue Nov 21 03:29:24 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)