extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/containers/def/hisat.def

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6677 14 Apr 22 nicklas 1 Bootstrap: library
6677 14 Apr 22 nicklas 2 From: library/default/rockylinux:8.4
6677 14 Apr 22 nicklas 3
6677 14 Apr 22 nicklas 4 %post
6686 21 Apr 22 nicklas 5 yum -y install wget tar unzip bzip2 hostname
6677 14 Apr 22 nicklas 6 mkdir -p /download
6677 14 Apr 22 nicklas 7
6677 14 Apr 22 nicklas 8 ## Minconda 4.2 with Python 3.5 (Need this python version with bowtie)
6677 14 Apr 22 nicklas 9 wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-4.2.12-Linux-x86_64.sh -O /download/miniconda.sh
6677 14 Apr 22 nicklas 10 bash /download/miniconda.sh -b -p /miniconda
6677 14 Apr 22 nicklas 11 PATH=/miniconda/bin:$PATH
6677 14 Apr 22 nicklas 12 conda config --add channels defaults
6677 14 Apr 22 nicklas 13 conda config --add channels bioconda
6677 14 Apr 22 nicklas 14 conda config --add channels conda-forge
6677 14 Apr 22 nicklas 15
6677 14 Apr 22 nicklas 16 ## Samtools, Bowtie2, Hisat2, Picard and GATK
6677 14 Apr 22 nicklas 17 conda install -y \
6677 14 Apr 22 nicklas 18   samtools=1.4 \
6677 14 Apr 22 nicklas 19   bowtie2=2.2.8 \
6677 14 Apr 22 nicklas 20   hisat2=2.2.1 \
6677 14 Apr 22 nicklas 21   picard-slim=2.22.3 \
6677 14 Apr 22 nicklas 22   gatk=3.8
6677 14 Apr 22 nicklas 23
6677 14 Apr 22 nicklas 24 ## Cleanup
6677 14 Apr 22 nicklas 25 rm -rf /download
6677 14 Apr 22 nicklas 26 conda clean -y --all
6677 14 Apr 22 nicklas 27 yum clean all
6677 14 Apr 22 nicklas 28
6677 14 Apr 22 nicklas 29 %environment
6677 14 Apr 22 nicklas 30 export PATH=/miniconda/bin:$PATH
6677 14 Apr 22 nicklas 31 export JAVA=/miniconda/bin/java
6677 14 Apr 22 nicklas 32 export BOWTIE=/miniconda/bin/bowtie2
6677 14 Apr 22 nicklas 33 export HISAT=/miniconda/bin/hisat2
6677 14 Apr 22 nicklas 34 export SAMTOOLS=/miniconda/bin/samtools
6685 20 Apr 22 nicklas 35 export PICARD=`find /miniconda/share -name picard.jar -type f`
6685 20 Apr 22 nicklas 36 export GATK=`find /miniconda/opt -name GenomeAnalysisTK.jar -type f`
6677 14 Apr 22 nicklas 37
6677 14 Apr 22 nicklas 38 %test
6686 21 Apr 22 nicklas 39 echo "Host      : `hostname 2>&1`"
6677 14 Apr 22 nicklas 40 echo "OS        : `cat /etc/os-release | grep PRETTY_NAME | cut -d '"' -f 2`"
6685 20 Apr 22 nicklas 41 echo "Hisat     : `hisat2 --version 2>&1 | head -1`"
6685 20 Apr 22 nicklas 42 echo "Bowtie    : `bowtie2 --version 2>&1 | head -1`"
6677 14 Apr 22 nicklas 43 echo "Java      : `java -version 2>&1 | head -1`"
6677 14 Apr 22 nicklas 44 echo "Picard    : `java -jar ${PICARD} MarkDuplicates --version 2>&1`"
6685 20 Apr 22 nicklas 45 echo "GATK      : `gatk3 --version 2>&1`"
6685 20 Apr 22 nicklas 46 echo "Samtools  : `samtools --version 2>&1 | head -1`"
6685 20 Apr 22 nicklas 47 echo "Miniconda : `conda --version 2>&1`"
6685 20 Apr 22 nicklas 48 echo "Python    : `python --version 2>&1`"
6677 14 Apr 22 nicklas 49
6677 14 Apr 22 nicklas 50 %labels
6677 14 Apr 22 nicklas 51 PipelineVersion v5
6677 14 Apr 22 nicklas 52 Author Nicklas Nordborg
6677 14 Apr 22 nicklas 53
6677 14 Apr 22 nicklas 54 %help
6677 14 Apr 22 nicklas 55 A container with the tools that are needed to align RNA-seq
6677 14 Apr 22 nicklas 56 FASTQ files with Hisat. To display versions of installed
6677 14 Apr 22 nicklas 57 programs use:
6677 14 Apr 22 nicklas 58
6677 14 Apr 22 nicklas 59 singularity test <container.sif>

Generated on Tue Nov 21 03:29:24 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)