extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/containers/def/hisat2023.def

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6806 24 Aug 22 nicklas 1 Bootstrap: library
6806 24 Aug 22 nicklas 2 From: library/default/rockylinux:9.0
6806 24 Aug 22 nicklas 3
6806 24 Aug 22 nicklas 4 %post
6806 24 Aug 22 nicklas 5 yum -y install glibc-langpack-en libxcrypt-compat 
6806 24 Aug 22 nicklas 6 yum -y install findutils wget unzip tar bzip2 hostname
6806 24 Aug 22 nicklas 7
6806 24 Aug 22 nicklas 8 ## Minconda 4.12 with Python 3.9
6806 24 Aug 22 nicklas 9 mkdir -p /download
6806 24 Aug 22 nicklas 10 wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py39_4.12.0-Linux-x86_64.sh -O /download/miniconda.sh
6806 24 Aug 22 nicklas 11
6806 24 Aug 22 nicklas 12 bash /download/miniconda.sh -b -p /miniconda
6806 24 Aug 22 nicklas 13 PATH=/miniconda/bin:$PATH
6806 24 Aug 22 nicklas 14 conda config --add channels defaults
6806 24 Aug 22 nicklas 15 conda config --add channels bioconda
6806 24 Aug 22 nicklas 16 conda config --add channels conda-forge
6806 24 Aug 22 nicklas 17
6806 24 Aug 22 nicklas 18 ## Samtools, Bowtie2, Hisat2, Picard and GATK
6806 24 Aug 22 nicklas 19 conda install -y \
6806 24 Aug 22 nicklas 20   samtools=1.15.1 \
6806 24 Aug 22 nicklas 21   bowtie2=2.4.5 \
6806 24 Aug 22 nicklas 22   hisat2=2.2.1 \
6806 24 Aug 22 nicklas 23   picard-slim=2.27.4 \
6806 24 Aug 22 nicklas 24   gatk4=4.2.6.1
6806 24 Aug 22 nicklas 25
6806 24 Aug 22 nicklas 26 ## Need ncurses to avoid issues with samtools
6806 24 Aug 22 nicklas 27 conda install -y -c conda-forge ncurses=6.3
6806 24 Aug 22 nicklas 28
6806 24 Aug 22 nicklas 29 ## Cleanup
6806 24 Aug 22 nicklas 30 rm -rf /download
6806 24 Aug 22 nicklas 31 conda clean -y --all
6806 24 Aug 22 nicklas 32 yum clean all
6806 24 Aug 22 nicklas 33
6806 24 Aug 22 nicklas 34 %environment
6806 24 Aug 22 nicklas 35 export PATH=/miniconda/bin:$PATH
6806 24 Aug 22 nicklas 36 export JAVA=/miniconda/bin/java
6806 24 Aug 22 nicklas 37 export BOWTIE=/miniconda/bin/bowtie2
6806 24 Aug 22 nicklas 38 export HISAT=/miniconda/bin/hisat2
6806 24 Aug 22 nicklas 39 export SAMTOOLS=/miniconda/bin/samtools
6806 24 Aug 22 nicklas 40 export PICARD=`find /miniconda/share -name picard.jar -type f`
6806 24 Aug 22 nicklas 41 export GATK=`find /miniconda/share -name gatk*.jar -type f`
6806 24 Aug 22 nicklas 42
6806 24 Aug 22 nicklas 43 %test
6806 24 Aug 22 nicklas 44 echo "Host      : `hostname 2>&1`"
6806 24 Aug 22 nicklas 45 echo "OS        : `cat /etc/os-release | grep PRETTY_NAME | cut -d '"' -f 2`"
6806 24 Aug 22 nicklas 46 echo "Hisat     : `hisat2 --version 2>&1 | head -1`"
6806 24 Aug 22 nicklas 47 echo "Bowtie    : `bowtie2 --version 2>&1 | head -1`"
6806 24 Aug 22 nicklas 48 echo "Java      : `java -version 2>&1 | head -1`"
6806 24 Aug 22 nicklas 49 echo "Picard    : `java -jar ${PICARD} MarkDuplicates --version 2>&1`"
6806 24 Aug 22 nicklas 50 echo "GATK      : `gatk --version 2> /dev/null | head -1`"
6806 24 Aug 22 nicklas 51 echo "Samtools  : `samtools --version 2>&1 | head -1`"
6806 24 Aug 22 nicklas 52 echo "Miniconda : `conda --version 2>&1`"
6806 24 Aug 22 nicklas 53 echo "Python    : `python --version 2>&1`"
6806 24 Aug 22 nicklas 54
6806 24 Aug 22 nicklas 55 %labels
6806 24 Aug 22 nicklas 56 PipelineVersion 2023.v1
6806 24 Aug 22 nicklas 57 Author Nicklas Nordborg
6806 24 Aug 22 nicklas 58
6806 24 Aug 22 nicklas 59 %help
6806 24 Aug 22 nicklas 60 A container with the tools that are needed to align RNA-seq
6806 24 Aug 22 nicklas 61 FASTQ files with Hisat. To display versions of installed
6806 24 Aug 22 nicklas 62 programs use:
6806 24 Aug 22 nicklas 63
6806 24 Aug 22 nicklas 64 singularity test <container.sif>

Generated on Tue Nov 21 03:29:25 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)