extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/containers/def/legacy.def

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6681 20 Apr 22 nicklas 1 Bootstrap: library
6681 20 Apr 22 nicklas 2 From: library/default/rockylinux:8.4
6681 20 Apr 22 nicklas 3
6681 20 Apr 22 nicklas 4 %post
6686 21 Apr 22 nicklas 5 yum install -y wget unzip tar bzip2 hostname
6681 20 Apr 22 nicklas 6 mkdir -p /download
6681 20 Apr 22 nicklas 7
6681 20 Apr 22 nicklas 8 ## Minconda 2 with Python 2.7
6681 20 Apr 22 nicklas 9 wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda2-py27_4.8.3-Linux-x86_64.sh -O /download/miniconda.sh
6681 20 Apr 22 nicklas 10 bash /download/miniconda.sh -b -p /miniconda
6681 20 Apr 22 nicklas 11 PATH=/miniconda/bin:$PATH
6681 20 Apr 22 nicklas 12 conda config --add channels defaults
6681 20 Apr 22 nicklas 13 conda config --add channels bioconda
6681 20 Apr 22 nicklas 14 conda config --add channels conda-forge
6681 20 Apr 22 nicklas 15
6681 20 Apr 22 nicklas 16 ## Bowtie2, Tophat, Samtools, Cufflinks, Picard
6681 20 Apr 22 nicklas 17 conda install -y \
6681 20 Apr 22 nicklas 18   bowtie2=2.2.8 \
6681 20 Apr 22 nicklas 19   tophat=2.1.0 \
6681 20 Apr 22 nicklas 20   samtools=1.9 \
6681 20 Apr 22 nicklas 21   cufflinks=2.2.1 \
6681 20 Apr 22 nicklas 22   picard-slim=2.22.3
6681 20 Apr 22 nicklas 23
6681 20 Apr 22 nicklas 24 ## Cleanup
6681 20 Apr 22 nicklas 25 rm -rf /download
6681 20 Apr 22 nicklas 26 conda clean -y --all
6681 20 Apr 22 nicklas 27 yum clean all
6681 20 Apr 22 nicklas 28
6681 20 Apr 22 nicklas 29
6681 20 Apr 22 nicklas 30 %environment
6681 20 Apr 22 nicklas 31 export PATH=/miniconda/bin:$PATH
6681 20 Apr 22 nicklas 32 export JAVA=/miniconda/bin/java
6681 20 Apr 22 nicklas 33 export BOWTIE=/miniconda/bin/bowtie2
6681 20 Apr 22 nicklas 34 export TOPHAT=/miniconda/bin/tophat
6681 20 Apr 22 nicklas 35 export SAMTOOLS=/miniconda/bin/samtools
6681 20 Apr 22 nicklas 36 export CUFFLINKS=/miniconda/bin/cufflinks
6685 20 Apr 22 nicklas 37 export PICARD=`find /miniconda/share -name picard.jar -type f`
6681 20 Apr 22 nicklas 38
6681 20 Apr 22 nicklas 39
6681 20 Apr 22 nicklas 40 %test
6686 21 Apr 22 nicklas 41 echo "Host      : `hostname 2>&1`"
6686 21 Apr 22 nicklas 42 echo "OS        : `cat /etc/os-release | grep PRETTY_NAME | cut -d '"' -f 2`"
6686 21 Apr 22 nicklas 43 echo "Bowtie    : `bowtie2 --version 2>&1 | head -1`"
6686 21 Apr 22 nicklas 44 echo "Tophat    : `tophat --version 2>&1`"
6686 21 Apr 22 nicklas 45 echo "Cufflinks : `cufflinks 2>&1 | head -1`"
6686 21 Apr 22 nicklas 46 echo "Picard    : `java -jar ${PICARD} MarkDuplicates --version 2>&1`"
6686 21 Apr 22 nicklas 47 echo "Samtools  : `samtools --version 2>&1 | head -1`"
6686 21 Apr 22 nicklas 48 echo "Java      : `java -version 2>&1 | head -1`"
6686 21 Apr 22 nicklas 49 echo "Miniconda : `conda --version 2>&1`"
6686 21 Apr 22 nicklas 50 echo "Python    : `python --version 2>&1`"
6681 20 Apr 22 nicklas 51
6681 20 Apr 22 nicklas 52
6681 20 Apr 22 nicklas 53 %labels
6681 20 Apr 22 nicklas 54 PipelineVersion v13
6681 20 Apr 22 nicklas 55 Author Nicklas Nordborg
6681 20 Apr 22 nicklas 56
6681 20 Apr 22 nicklas 57 %help
6681 20 Apr 22 nicklas 58 A container with the tools that are needed to align RNA-seq
6681 20 Apr 22 nicklas 59 FASTQ files with Tophat and get expression data with Cufflinks.
6681 20 Apr 22 nicklas 60 To display versions of installed programs use:
6681 20 Apr 22 nicklas 61
6681 20 Apr 22 nicklas 62 singularity test <container.sif>

Generated on Tue Nov 21 03:29:25 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)