extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/containers/def/mbaf.def

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6677 14 Apr 22 nicklas 1 Bootstrap: library
6677 14 Apr 22 nicklas 2 From: library/default/rockylinux:8.4
6677 14 Apr 22 nicklas 3
6677 14 Apr 22 nicklas 4 %post
6686 21 Apr 22 nicklas 5 yum -y install wget tar unzip bzip2 hostname
6677 14 Apr 22 nicklas 6 mkdir -p /download
6677 14 Apr 22 nicklas 7
6677 14 Apr 22 nicklas 8 ## Minconda 4.2 with Python 3.5
6677 14 Apr 22 nicklas 9 wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-4.2.12-Linux-x86_64.sh -O /download/miniconda.sh
6677 14 Apr 22 nicklas 10 bash /download/miniconda.sh -b -p /miniconda
6677 14 Apr 22 nicklas 11 PATH=/miniconda/bin:$PATH
6677 14 Apr 22 nicklas 12 conda config --add channels defaults
6677 14 Apr 22 nicklas 13 conda config --add channels bioconda
6677 14 Apr 22 nicklas 14 conda config --add channels conda-forge
6677 14 Apr 22 nicklas 15
6677 14 Apr 22 nicklas 16 ## GATK
6677 14 Apr 22 nicklas 17 conda install -y \
6677 14 Apr 22 nicklas 18   gatk=3.8
6677 14 Apr 22 nicklas 19
6677 14 Apr 22 nicklas 20 ## Cleanup
6677 14 Apr 22 nicklas 21 rm -rf /download
6677 14 Apr 22 nicklas 22 conda clean -y --all
6677 14 Apr 22 nicklas 23 yum clean all
6677 14 Apr 22 nicklas 24
6677 14 Apr 22 nicklas 25 %environment
6677 14 Apr 22 nicklas 26 export PATH=/miniconda/bin:$PATH
6677 14 Apr 22 nicklas 27 export JAVA=/miniconda/bin/java
6685 20 Apr 22 nicklas 28 export GATK=`find /miniconda/opt -name GenomeAnalysisTK.jar -type f`
6677 14 Apr 22 nicklas 29
6677 14 Apr 22 nicklas 30 %test
6686 21 Apr 22 nicklas 31 echo "Host      : `hostname 2>&1`"
6677 14 Apr 22 nicklas 32 echo "OS        : `cat /etc/os-release | grep PRETTY_NAME | cut -d '"' -f 2`"
6677 14 Apr 22 nicklas 33 echo "Java      : `java -version 2>&1 | head -1`"
6685 20 Apr 22 nicklas 34 echo "GATK      : `gatk3 --version 2>&1`"
6685 20 Apr 22 nicklas 35 echo "Miniconda : `conda --version 2>&1`"
6685 20 Apr 22 nicklas 36 echo "Python    : `python --version 2>&1`"
6677 14 Apr 22 nicklas 37
6677 14 Apr 22 nicklas 38 %labels
6677 14 Apr 22 nicklas 39 PipelineVersion v1
6677 14 Apr 22 nicklas 40 Author Nicklas Nordborg
6677 14 Apr 22 nicklas 41
6677 14 Apr 22 nicklas 42 %help
6677 14 Apr 22 nicklas 43 A container with the tools that are needed perform genotype
6677 14 Apr 22 nicklas 44 calling for the mBAF analysis. To display versions of installed
6677 14 Apr 22 nicklas 45 programs use:
6677 14 Apr 22 nicklas 46
6677 14 Apr 22 nicklas 47 singularity test <container.sif>

Generated on Tue Nov 21 03:29:26 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)